Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-04-18Bitstream added on 2014-06-13T20:33:49Z : No. of bitstreams: 1 galeazzi_pm_me_jabo.pdf: 271602 bytes, checksum: a23deef5dbc3886b20b583de5242ab23 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Na expectativa de contribuir com os programas de melhoramento genético de bubalinos, o objetivo desse estudo foi verificar a influência dos efeitos ambientais e genéticos sobre a habilidade de permanência no rebanho de búfalas leiteiras da raça Murrah. Utilizaram-se informações de 1016 búfalas, participantes do programa de controle leiteiro mantido pelo Departamento de Zootecnia da UNESP/Jaboticabal(SP) desde 1987. A característica habilidade de permanência (HP) foi definida como a habilidade de permanecer no rebanho um (HP1), dois (HP2), três (HP3), quatro (HP4), cinco (HP5) e seis anos (HP6) após o primeiro parto. As mesmas características foram também consideradas como variável contínua, e denominadas Habilidade de Permanência em Dias até um (HPD1), dois (HPD2), três (HPD3), quatro (HPD4), cinco (HPD5) e seis anos (HPD6) após o primeiro parto. Os efeitos ambientais foram estudados por meio de análise de sobrevivência, ajustando-se os efeitos fixos de fazenda, ano e época de nascimento, classe de produção de leite na primeira lactação e idade ao primeiro parto. Fazenda, ano de nascimento e produção de leite na primeira lactação são efeitos que influenciam de forma significativa (p<0,0001) a permanência da fêmea no rebanho de 1 a 6 anos após o primeiro parto. Búfalas com maior idade ao primeiro parto têm maiores probabilidades de serem descartadas até um ano, sem efeito no descarte em idades mais avançadas. Búfalas com maior produção de leite têm menor probabilidade de descarte, permanecendo mais tempo no rebanho. Os efeitos genético-aditivo para as HP foram estimados por máxima verossimilhança restrita aproximada com modelo de limiar, enquanto que para as HPD foram estimados por máxima verossimilhança restrita... / In order of contributing to the buffalo genetic improvement programs , the objective of this study was to assess the influence of environmental and genetic effects on the stayability of the Murrah dairy buffaloes. Records from 1016 buffaloes, participants in the control dairy program maintained by the Departamento de Génetica e Melhoramento Animal of UNESP / Jaboticabal (SP) since 1987, were used. Stayability (HP) was defined as the ability to remain in the herd for one (HP1), two (HP2), three (HP3), four (HP4), five (HP5), and six years (HP6) after the first calving. The same traits were also considered continuous, and called as age of culling up to one (HPD1), two (HPD2), three (HPD3), four (HPD4), five (HPD5) and six years (HPD6) after the first calving. The environmental effects were studied by survival analysis. The model included the fixed effects of farm, year and season of birth, milk production class in the first lactation and age at first calving. The effects of farm, year of birth and milk production in the first lactation were significant (p <0.0001) for stayability from 1 to 6 years after the first calving.. Buffaloes cows with higher age at first calving are more likely to be culling a year after the first calve, without effect on the disposal at more advanced ages. Buffaloes with higher milk production are less likely to culling, staying longer in the herd. Additive genetic effects for HP were estimated by quasi-restricted maximum likelihood, fitting a threshold model, and the additive genetic effects for HPD were estimated by restricted maximum likelihood. The models included the additive genetic effects as random, ...(Complete abstract, click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-29Bitstream added on 2014-06-13T20:23:17Z : No. of bitstreams: 1 miziara_mn_dr_sjrp.pdf: 8388230 bytes, checksum: 735d0547b6a7d4ff2141893c4f8644a7 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Nsf - Nacional Science Foundation / O cromossomo 1 do genoma bubalino (BBU1), o maior cromossomo do cariótipo do búfalo de rio, é um cromossomo submetacêntrico que possui homologia com os cromossomos 1 e 27 do genoma bovino. Neste trabalho, apresentamos o primeiro mapa RH para este cromossomo, construído por meio da utilização de um painel de células somáticas híbridas irradiadas búfalo-roedor, denominado BBURH5000. O mapa consistiu em 69 marcadores derivados dos cromossomos bovinos BTA1 e BTA27, incluindo 48 genes codificantes, 17 microssatélites e quatro ESTs distribuídos em dois grupos de ligação. A freqüência de retenção observada entre os marcadores variou de 17.8% a 52.2%. A ordem dos marcadores dentro dos grupos de ligação foi, em sua maioria, idêntica a ordem encontrada nos mapas RH e de seqüência do genoma bovino. A análise comparativa do mapa RH obtido para BBU1 com o genoma humano revelou oito blocos homólogos de sintenia entre BBU1 e segmentos correspondentes dos cromossomos humanos 3, 4, 8 e 21, sendo a maioria deles rearranjados quanto à ordem dos genes e orientação dos blocos. Os blocos de sintenia também foram comparados com os genomas de outras espécies de mamíferos, como boi, chimpanzé, cachorro e cavalo. Considerando a inexistência de mapas de ligação para o búfalo de rio, o mapa RH obtido neste estudo fornece dados essenciais para os estudos comparativos deste cromossomo com qualquer outra espécie de mamífero. / The largest chromosome in the river buffalo karyotype, BBU1, is a submetacentric chromosome with reported homology between BBU1q and bovine chromosome 1 and between BBU1p and BTA27. We present the first radiation hybrid map of this chromosome containing 69 cattle derived markers including 48 coding genes, 17 microsatellites and four ESTs distributed in two linkage groups. The RH map was constructed based on the analysis of a recently developed river buffalo-hamster whole genome radiation hybrid panel (BBURH5000). The retention frequency of individual markers across the panel ranged from 17.8% to 52.2%. With few exceptions, the order of markers within linkage groups is identical to the order established for corresponding cattle sequence and RH maps. Comparative analysis between BBU1-RH5000 and the human genome revealed eight homologous synteny blocks corresponding to HSA3q, HSA4q, HSA8p and HSA21q. Most of the blocks showed rearrangements in the gene order and in the orientation of the synteny blocks. The synteny blocks were also compared with other mammalian genomes, such as bovine, chimpanzee, dog and horse. Considering that a genetic linkage map does not exist for river buffalo, the radiation hybrid map generated in this study provides valuable data for comparative mapping of BBU1 chromosome.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-11-05Bitstream added on 2014-06-13T19:02:48Z : No. of bitstreams: 1 mendozasanchez_g_dr_jabo.pdf: 284774 bytes, checksum: 92c1507cf74421e8e38247e70aded393 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Considerando-se que a contagem de células somáticas (CCS) de amostras de leite é um valioso indicador da saúde do úbere de búfalas, foi desenvolvido este trabalho com o objetivo de estimar a relação existente entre a CCS e a produção de leite (PL). Foram analisadas informações de 9404 amostras de controles de CCS e PL, referentes a 2198 lactações de animais da raça Murrah com idades entre 2 e 15 anos, filhas de 187 reprodutores, que ocorreram entre os anos 1997 e 2005. Para quantificar as perdas de PL em relação à CCS, nas análises de variância para a variável PL, foram incluídos no modelo os efeitos fixos de fazenda, ordem e ano de parto e estação do parto o escore da contagem de células somáticas (ECCS) como covariável, o efeito de animal dentro da fazenda foi considerado como aleatório. Para a estimação de parâmetros genéticos para a CCS, utilizaram-se “test day models”, a média da contagem de células somáticas na lactação (CCSt270) e a produção de leite aos 270 dias (PL270); os componentes de (co) variância foram estimados usando método de máxima verossimilhança restrita. A CCS de cada mês da lactação foi considerada como uma característica distinta, em análises uni e bicaracterísticas, o modelo incluiu como efeitos aleatórios, o genético aditivo direto e de ambiente permanente e residual. Além disso, foram considerados como efeitos fixos: grupo de contemporâneos, número de controle e idade da vaca ao parto como covariável (efeito linear e quadrático). Para a CCSt nos diferentes meses, os grupos de contemporâneos foram definidos como... / Considering that the somatic cells count (SCC) of samples of milk is a valuable indicator of the health of the buffaloes’ udder, this work was developed with the objective of estimating the relationship between SCC and milk yield (MY). Information on 9404 SCC and MY controls were analyzed. Data contained 2198 lactations of Murrah animals aging between 2 and 15 years, daughters of 187 sires, from 1997 and 2005. To quantify the decreases of MY in relation to SCC, the analyses of variance for the variable MY, included in the model a random animal effect nested in farm and the fixed effects of farm, order and year of parity and season of parity, somatic cells count score (SCCE) as covariate. For estimating genetic parameters for SCC, “test day models were used. For average of somatic cells count in the lactation (SCCt270) and milk yield to 270 days (MY270); the (co) variance components were estimated using Restricted Maximum Likelihood (MTDFREML). SCCs of every month of lactation were considered as different traits in single and double trait analyses. The model included genetic additive, permanent environmental (for SCCt270 and for MY270) and residual random effects. Other fixed effects were: contemporary group; control number and age of cow at parity as a covariate (linear and quadratic effects). For CCSt, contemporary groups were defined as flock-year-month of the control, and for SCCt270 and MY270 as herd-year- season of the parity. x It was found that all effects influenced the expression of SCCE. For first parity females, no relationship between MY and SCC was found. The results indicated that the largest decreases were observed in females with more than one parity. This category... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-07Bitstream added on 2014-06-13T19:56:25Z : No. of bitstreams: 1 menegucci_pfnbf_me_botfmvz.pdf: 175517 bytes, checksum: b817f2f44409d1c3fc03cfae63ec93ce (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A produção de carne de búfalos é uma atividade que tem conquistado cada vez mais espaço na pecuária de corte brasileira, principalmente em função da sua boa adaptabilidade aos trópicos. A estimativa do rendimento da carcaça e dos cortes primários e comerciais, por ocasião do abate, é de suma importância para complementar a avaliação do desempenho do animal durante o seu desenvolvimento O objetivo do trabalho foi avaliar as características de carcaça de búfalos Murrah castrados terminados em confinamento. Foram utilizados 20 bubalinos, da raça Murrah, com 15 meses de idade com peso inicial de 207 kg, castrados e descornados, sendo estes animais divididos em quatro grupos homogêneos que foram abatidos aos 75, 100, 125, 150 dias de confinamento após o período de adaptação. Após os períodos de permanência pré-estabelecidas no confinamento, os animais foram abatidos em frigorífico comercial obedecendo o fluxo normal. Ao abate as carcaças foram identificadas, resfriadas por 24 horas e pesadas as meia-carcaças, dianteiro, ponta de agulha, traseiro total, especial e cortes do traseiro especial e foram calculados os seus respectivos rendimentos. Não houve diferença estatística para rendimento de carcaça. Os pesos de traseiro total, especial e dianteiro apresentaram efeito de aumento linear, porém para rendimento dos cortes primários foi observado efeito cúbico para traseiro total e dianteiro. Para peso dos cortes comerciais foi observado aumento linear para o filé mignon, contra filé, fraldinha, coxão mole, coxão duro, lagarto, sebo porção comestível e ossos. Para os rendimentos desses cortes houve efeito linear decrescente para patinho, músculo traseiro, maminha+alcatra e crescente para fraldinha e sebo. / The production of buffalo meat is an activity that has won more and more space in the Brazilian cattle raise, specially, because of its good adaptability to the tropics. The estimative of the carcass yield, primary and commercial cuts, per slaughter, is of great importance to complete the performance evaluation of the animal during its development. The purpose of this work was to evaluate the carcass traits of castrated Murrah buffaloes in feedlot. Twenty castrated, hornless Murrah buffaloes, with 15 months and initial weight 207 kg were used, these animals were separated in four groups that were slaughter in 75, 100, 125, 150 days of feedlot after the adaptation stage. After the determined days of feedlot, the animals were slaughtered in a commercial slaughterhouse submitting the normal flux. In the slaughter the carcasses were identified, cooled for 24 hours, and weighted the half carcass, hindquarter, spare ribs, forequarter, pistola style cut, and the yield was calculated. There was not statistics difference for the carcass yield. The weight of the pistola style cut, forequarter and hindquarter presented linear increase effect, however the yield of primary cuts were noticed cubic effect for forequarter and hindquarter. For commercial cut weight was showed linear increase, to full tenderloin, strip-loin, bottom sirloin, inside round, outside round, eye of round, tallow, retail beef cuts and bones, however to the yield of these cuts there were linear effect decrease to knucle, shank, top sirloin butt+bottom sirloin butt, and increase to bottom sirloin and tallow.

Orientador: Roberto de Oliveira Roça / Banca: Mateus Jose Rodrigues Paranhos da Costa / Banca: Germano Francisco Biondi / Resumo: O objetivo deste estudo foi avaliar a influência do transporte fluvial na incidência de lesões tissulares em carcaças de bovinos abatidos no Pantanal Sul Mato-grossense, por meio da quantificação do número e tamanho das lesões, bem como a identificação e determinação da idade das lesões em função do tempo ocorrido e a localização dessas lesões nos principais cortes comerciais brasileiros. Apurou-se que do total de 88 carcaças avaliadas, 83 (94,3%) tiveram uma ou mais lesões, totalizando 253 lesões que resultaram na remoção de 39,988 kg de carne, com média geral de 0,454 kg por animal ou 0,481 kg por animal considerando-se apenas os animais que tiveram lesões. Com relação ao tamanho das lesões, as maiores médias foram encontradas em animais oriundos das condições I e II. Foi encontrada a maior média em bovinos procedentes da condição II para a idade de lesões em carcaças. Foi constituída diferença na freqüência de lesões nos cortes comerciais nas condições avaliados. Conclui-se que o sistema de transporte dos bovinos no Pantanal influenciou a incidência de lesões, sendo o aumento da distância tempo de transporte associado ao à longa distância, jejum e maior número de interação homem-animal durante o manejo da fazenda até o frigorífico, provocaram maior número de lesões, porém de menor tamanho. / Abstract: The aim of this study was to assess the influence of fluvial transport on the incidence of tissue bruises of beef cattle slaughtered in the Pantanal of Mato Grosso do Sul state, by quantifying the number and size of bruises, as well as their age related to the time spent and by locating the bruises in the main Brazilian commercial cuts. From a total of 88 carcasses assessed, 83 (94.3%) had one or more bruises, totaling 253 bruises, which resulted in the removal of 39,988 kg meat, with a general mean of 0,454 kg by animal or 0,481 kg by animal, considering only the animals that had bruises. Regarding the size of bruises, the highest means were found in animals submitted to conditions I and II. The animals submitted to condition II presented the highest mean of bruise age. A difference was established among the conditions assessed in terms of frequency of bruises in the commercial cuts. The results show that the system of transport of cattle in the Pantanal influenced the incidence of bruises. The increase of distances spent for transport, associated to fast and a higher number of interactions man-animal from the farm handling to the slaughterhouse, resulted in a higher number of bruises, although smaller in size. / Mestre

Resumo: Na expectativa de contribuir com os programas de melhoramento genético de bubalinos, o objetivo desse estudo foi verificar a influência dos efeitos ambientais e genéticos sobre a habilidade de permanência no rebanho de búfalas leiteiras da raça Murrah. Utilizaram-se informações de 1016 búfalas, participantes do programa de controle leiteiro mantido pelo Departamento de Zootecnia da UNESP/Jaboticabal(SP) desde 1987. A característica habilidade de permanência (HP) foi definida como a habilidade de permanecer no rebanho um (HP1), dois (HP2), três (HP3), quatro (HP4), cinco (HP5) e seis anos (HP6) após o primeiro parto. As mesmas características foram também consideradas como variável contínua, e denominadas Habilidade de Permanência em Dias até um (HPD1), dois (HPD2), três (HPD3), quatro (HPD4), cinco (HPD5) e seis anos (HPD6) após o primeiro parto. Os efeitos ambientais foram estudados por meio de análise de sobrevivência, ajustando-se os efeitos fixos de fazenda, ano e época de nascimento, classe de produção de leite na primeira lactação e idade ao primeiro parto. Fazenda, ano de nascimento e produção de leite na primeira lactação são efeitos que influenciam de forma significativa (p<0,0001) a permanência da fêmea no rebanho de 1 a 6 anos após o primeiro parto. Búfalas com maior idade ao primeiro parto têm maiores probabilidades de serem descartadas até um ano, sem efeito no descarte em idades mais avançadas. Búfalas com maior produção de leite têm menor probabilidade de descarte, permanecendo mais tempo no rebanho. Os efeitos genético-aditivo para as HP foram estimados por máxima verossimilhança restrita aproximada com modelo de limiar, enquanto que para as HPD foram estimados por máxima verossimilhança restrita...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In order of contributing to the buffalo genetic improvement programs , the objective of this study was to assess the influence of environmental and genetic effects on the stayability of the Murrah dairy buffaloes. Records from 1016 buffaloes, participants in the control dairy program maintained by the Departamento de Génetica e Melhoramento Animal of UNESP / Jaboticabal (SP) since 1987, were used. Stayability (HP) was defined as the ability to remain in the herd for one (HP1), two (HP2), three (HP3), four (HP4), five (HP5), and six years (HP6) after the first calving. The same traits were also considered continuous, and called as age of culling up to one (HPD1), two (HPD2), three (HPD3), four (HPD4), five (HPD5) and six years (HPD6) after the first calving. The environmental effects were studied by survival analysis. The model included the fixed effects of farm, year and season of birth, milk production class in the first lactation and age at first calving. The effects of farm, year of birth and milk production in the first lactation were significant (p <0.0001) for stayability from 1 to 6 years after the first calving.. Buffaloes cows with higher age at first calving are more likely to be culling a year after the first calve, without effect on the disposal at more advanced ages. Buffaloes with higher milk production are less likely to culling, staying longer in the herd. Additive genetic effects for HP were estimated by quasi-restricted maximum likelihood, fitting a threshold model, and the additive genetic effects for HPD were estimated by restricted maximum likelihood. The models included the additive genetic effects as random, ...(Complete abstract, click electronic access below) / Orientador: Humberto Tonhati / Coorientadora: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Lenira El Faro Zadra / Mestre

Resumo: O búfalo de rio (Bubalus bubalis) é uma espécie de interesse econômico pertencente à família Bovidae, utilizado para a produção de carne e leite, além de força de trabalho no campo, constituindo-se em um animal de tripla aptidão. Recentemente, a construção de um painel de células somáticas híbridas irradiadas (linhagens celulares) contendo fragmentos do genoma do búfalo de rio, incorporado ao genoma de hamster (BBURH5000), está permitindo, pela primeira vez, o mapeamento de todos os cromossomos bubalinos. A utilização desse painel de células associado a análises estatísticas, está gerando mapas genômicos de alta resolução contendo diferentes tipos de marcadores moleculares. O presente trabalho teve por objetivo utilizar este painel de células para gerar grupos de ligação com os marcadores mapeados no cromossomo 9 bubalino e assim comparar a organização dos grupos de ligação obtidos com aqueles já descritos para o cromossomo 7 bovino. Para tal, foram testados com DNA bubalino, seqüências de "primers" para PCR de 26 marcadores moleculares previamente mapeados no cromossomo 7 bovino, o qual foi descrito na literatura como o homólogo ao cromossomo 9 de búfalo. Do total de marcadores testados, 18 geraram produtos de PCR adequados ao mapeamento utilizando o painel BBURH5000, sendo que destes 18, foi possível a genotipagem final de 10 marcadores. A partir das análises de ligação com os 10 marcadores genotipados, foi possível distribuir os mesmos em três grupos de ligação no BBU9. A análise comparativa entre os grupos de ligação do BBU9 e do BTA7 revelou a presença dos mesmos grupos de ligação nos cromossomos de ambas espécies, evidenciando conservação de sintenia. / Abstract: The river buffalo (Bubalus bubalis), a member of the Bovidae family, is an economically important livestock specie useful to produce milk and meat, as well as source of labor, comprising an animal of triple aptness. The recent construction of a whole-genome 5000-rad radiation hybrid somatic cell panel for the river buffalo genome (BBURH5000), is allowing for the first time the mapping of all chromosomes from the specie. The use of BBURH5000 panel associated with statistical analyses is generating high-resolution RH maps integrating different types of molecular markers. The goal of this study was to genarate linkage groups with the markers mapped on the river buffalo chromosome 9 (BBU9), using the BBURH5000 panel, and then compare these groups with those already described in BTA7. Previous studies have identified bovine chromosome 7 as homologous to BBU9. Cattle derived PCR primers from 26 markers, previously mapped in cattle, were tested with buffalo DNA. A total of 18 of the 26 markers amplified PCR products suitable for RH mapping. From these 18 markers, it was possible the genotyping of 10. The analyses of linkage with the 10 markers genotyped turned possible to distribute them in three linkage groups on the BBU9. The comparative analyses between the linkage groups of BBU9 and BTA7 revealed the presence of the same linkage groups on the chromosome of both species, revealing conservation of synteny between them. / Orientadora: Maria Elisabete Jorge Amaral / Coorientadora: Vera Fernanda Martins H. de Lima / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Mestre