Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 422673.pdf: 2300017 bytes, checksum: 2442a220c237880099c56943e10dbc17 (MD5) Previous issue date: 2009-03-26 / Estudos filogeogr?ficos comparados s?o ?teis na compreens?o de processos hist?ricos compartilhados que afetam faunas regionais, bem como na identifica??o de padr?es esp?cie-espec?ficos que podem influenciar suas atuais caracter?sticas gen?ticas. Neste estudo, foram realizadas an?lises filogeogr?ficas de dois carn?voros Neotropicais de m?dio porte, o quati de focinho marrom (Nasua nasua) e o m?o pelada (Procyon cancrivorus), usando marcadores mitocondriais e microssat?lites, afim de caracterizar e comparar seus padr?es de diversidade gen?tica e compreender sua hist?ria evolutiva. Adicionalmente, descreve-se o isolamento e a caracteriza??o de oito loci polim?rficos de microssat?lites para Nasua nasua. Ambas as esp?cies s?o bastante comuns na natureza e est?o presentes em uma ampla variedade de habitats, sendo simp?tricas ao longo da maior parte de sua distribui??o. No entanto, diferentes padr?es filogeogr?ficos e de diversidade gen?tica foram encontrados para N. nasua e P. cancrivorus: an?lises de DNA mitocondrial mostraram n?veis de diversidade at? dez vezes superiores para N. nasua com rela??o a P. cancrivorus. Adicionalmente, os mesmos marcadores revelaram a exist?ncia de 6 filogrupos reciprocamente monofil?ticos para N. nasua, os quais tamb?m s?o suportados como popula??es distintas pelas an?lises de microssat?lites. De maneira distinta, as an?lises de DNA mitocondrial para P. cancrivorus indicam a exist?ncia de tr?s unidades populacionais; no entanto, a magnitude desta diferencia??o foi muito menos evidente do que a observada em N. nasua. Al?m disso, os dados de microssat?lites n?o suportaram a exist?ncia de qualquer subdivis?o gen?tica para P. cancrivorus, sugerindo que persiste uma completa conectividade entre todas as ?reas amostradas. Estes resultados demonstram que estas esp?cies apresentam uma historia evolutiva bastante distinta, a qual pelo menos em parte pode ser atribu?da a diferen?as na estrutura social e no padr?o de dispers?o das mesmas. Tais resultados destacam a complexidade evolutiva da biota Neotropical e ressaltam a necessidade de an?lises multi-esp?cies empregando conjuntos de dados compar?veis, de forma que padr?es comuns e contrastantes possam ser adequadamente investigados.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 433349.pdf: 359550 bytes, checksum: e052ef7e8f6b6b30cecbb1a1eee1112e (MD5) Previous issue date: 2011-03-30 / A Am?rica do Sul possui a maior diversidade de can?deos (Mammalia, Carnivora, Canidae) do mundo, contendo representantes de seis g?neros e um total de 10 esp?cies. O registro f?ssil indica que representantes da fam?lia Canidae teriam sa?do da Am?rica do Norte e conquistado a Am?rica do Sul durante o Grande Interc?mbio Americano, h? cerca de 2,5 milh?es de anos. Estima-se que tenham ocorrido desde uma ?nica at? quatro invas?es independentes do continente sul-americano, sendo que o n?mero exato ? ainda motivo de controv?rsias. Diversos estudos morfol?gicos e moleculares buscaram compreender as rela??es filogen?ticas entre os can?deos, por?m ainda h? muitas incertezas, especialmente no que se refere ao clado de raposas da Am?rica do Sul formado pelo g?nero Lycalopex, que conta com seis esp?cies atuais. Estudos recentes indicam que este g?nero sofreu uma radia??o muito r?pida h? aproximadamente um milh?o de anos, o que explica a dificuldade hist?rica em resolver a filogenia destes can?deos. Em virtude disto, este estudo buscou reconstruir as rela??es filogen?ticas e datar a diverg?ncia entre as esp?cies componentes deste g?nero, atrav?s do uso de diferentes segmentos do DNA mitocondrial (mtDNA), perfazendo um total de 6000 pb. Foram utilizados diferentes m?todos de reconstru??o filogen?tica, e todas as an?lises apoiaram a mesma ?rvore. M?ltiplos indiv?duos de cada esp?cie foram inclu?dos, viabilizando a avalia??o da monofilia de cada uma delas (incluindo L. sechurae, testado aqui pela primeira vez). Todas as esp?cies formaram grupos monofil?ticos bem apoiados, corroborando seu reconhecimento como entidades taxon?micas. Uma ?nica exce??o a este padr?o foi a presen?a de dois indiv?duos de L. vetulus provenientes de S?o Paulo portando mtDNA de L. gymnocercus, indicando um potencial caso de expans?o na distribui??o desta ?ltima, ou hibrida??o entre estas esp?cies. As an?lises de data??o molecular indicaram que o g?nero iniciou sua radia??o evolutiva h? cerca de 1 milh?o de anos, corroborando estudos anteriores que reportaram uma origem muito recente para este grupo de can?deos. A esp?cie mais basal foi L. vetulus, seguida de L. sechurae, e o grupo mais interno cont?m L. culpaeus e L. fulvipes, cuja diverg?ncia ocorreu h? apenas cerca de 390 mil anos. A partir dos padr?es filogen?ticos inferidos, discutimos hip?teses sobre a biogeografia hist?rica do g?nero, buscando compreender este r?pido processo de diversifica??o end?mico da regi?o neotropical.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 391707.pdf: 2971609 bytes, checksum: a9216aeb1ce4d126df03778a30c8c0a6 (MD5) Previous issue date: 2007-03-23 / O conhecimento sobre a estrutura??o geogr?fica da diversidade gen?tica em popula??es naturais permite inferir os processos hist?ricos atuantes sobre as esp?cies e ? fundamental para o planejamento de estrat?gias eficazes de conserva??o biol?gica. Neste contexto, o presente estudo ? o primeiro a identificar e caracterizar a variabilidade gen?tica, padr?es de estrutura??o populacional e hist?ria demogr?fica de Lontra longicaudis. Para tanto, foram utilizados tr?s segmentos do DNA mitocondrial (mtDNA; por??o hipervari?vel I da regi?o controladora, gene ATP8 e gene ND5), bem como 12 locos de microssat?lite, em indiv?duos amostrados em diferentes regi?es de sua distribui??o geogr?fica. Ambos os marcadores revelaram moderados a altos n?veis de variabilidade gen?tica e padr?es filogeogr?ficos claros, os quais sugerem que as popula??es brasileiras desta esp?cie encontram-se geneticamente diferenciadas das outras regi?es amostradas a Noroeste da Am?rica do Sul. As an?lises de mtDNA indicam a prov?vel exist?ncia de quatro entidades filogeogr?ficas: Col?mbia, Bol?via, Guiana Francesa/Peru e Brasil. Col?mbia e Bol?via foram representadas por apenas um indiv?duo cada, os quais revelaram grande diverg?ncia gen?tica dos outros indiv?duos amostrados, sugerindo profunda subdivis?o filogeogr?fica envolvendo estas regi?es. A alopatria entre Guiana Francesa e Brasil ? quase completa, sugerindo que a incongru?ncia entre filogenia e geografia possa ser decorrente de um processo de coloniza??o ancestral no sentido Norte-Sul. A infer?ncia de diferencia??o gen?tica entre Brasil e as outras ?reas amostradas na Am?rica do Sul s?o apoiadas pelas an?lises de microssat?lite. Os resultados obtidos a partir das an?lises de mtDNA indicam aus?ncia de estrutura??o gen?tica no Brasil e s?o indicativos de um cen?rio de expans?o populacional recente nesta regi?o. Os padr?es observados neste estudo t?m implica??es para a conserva??o de popula??es naturais de Lontra longicaudis. As quatro entidades filogeogr?ficas reconhecidas demonstram-se suficientemente diferenciadas e deveriam, portanto, ser conservadas e manejadas independentemente. Estudos adicionais s?o necess?rios para melhorar o conhecimento sobre estas popula??es, bem como para investigar a exist?ncia de outras unidades demogr?ficas ao longo da distribui??o da lontra Neotropical

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 432629.pdf: 1205132 bytes, checksum: 285a03123ae11a282e2fd8cb75c42095 (MD5) Previous issue date: 2011-03-29 / A regi?o Neotropical abriga aproximadamente 30% da diversidade de esp?cies das fam?lias Felidae (subordem Feliformia) e Canidae (subordem Caniformia) (Eisenberg & Redford 1999), as quais migraram para a Am?rica do Sul ap?s a forma??o do istmo do Panam?, h? cerca de 3 milh?es de anos. Devido ao recente processo de especia??o que caracteriza estes grupos, alguns aspectos de sua estrutura filogen?tica permanecem controversos, especialmente no que tange ?s rela??es evolutivas entre esp?cies pertencentes a duas linhagens, o g?nero Leopardus (Feliformia, Felidae) e o g?nero Lycalopex (Caniformia, Canidae). O objetivo do presente estudo ? caracterizar de forma comparativa a hist?ria evolutiva dos g?neros Leopardus e Lycalopex, empregando seq??ncias de m?ltiplos segmentos nucleares e m?ltiplos indiv?duos por esp?cie, avaliando a efic?cia deste tipo abordagem para a resolu??o de processos recentes de diversifica??o atrav?s do programa *BEAST. Para cada um dos genes analisados, observamos a ocorr?ncia de varia??o interespec?fica e intra-espec?fica em ambas as linhagens. Discrep?ncias geneal?gicas consider?veis foram constatadas entre os segmentos, evidenciando a complexidade da tarefa de reconstruir a filogenia destes grupos com marcadores nucleares. As genealogias estimadas demonstraram que em muitos casos as esp?cies n?o se apresentam monofil?ticas, o que ocorre em paralelo com o compartilhamento de hapl?tipos entre esp?cies. N?o obstante, para Leopardus, obtivemos uma species tree com alta resolu??o. Para Lycalopex, entretanto, a maior parte dos n?s internos permaneceu com baixo suporte, indicando que um n?mero maior de genes ser? provavelmente necess?rio para que se busque uma resolu??o consistente da filogenia deste grupo empregando estrat?gias multi-locus. De forma geral, nossos resultados demonstraram de forma emp?rica a ocorr?ncia de discord?ncia geneal?gica em ambas as linhagens, e ilustraram o potencial de an?lises multi-locus na resolu??o de filogenias que envolvam processos recentes de diversifica??o.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-11-27T13:31:20Z No. of bitstreams: 1 476493 - Texto Completo.pdf: 10028874 bytes, checksum: 9fa9c4e7c9a4562d60d6d4f21cbd7baa (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-27T13:31:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 476493 - Texto Completo.pdf: 10028874 bytes, checksum: 9fa9c4e7c9a4562d60d6d4f21cbd7baa (MD5) Previous issue date: 2015-03-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / The hoary fox (Lycalopex vetulus) is the smallest Brazilian canid and an endemic species of the Cerrado biome, including adjacent transitional areas harboring open habitats. Recent studies reported some evidence suggesting a potential hybridization process between L. vetulus and L. gymnocercus in a contact zone that has likely been formed recently. Using microsatellite and mtDNA markers, we investigated the influence of historical processes on the population structure of L. vetulus, as well as the occurrence of hybridization between this species and L. gymnocercus. For these purposes, tissue and blood samples from animals representing most of the hoary fox distribution were obtained (n = 61), as well as from L. gymnocercus (n = 30) sampled in their contact zone and adjacent areas. Our results showed high levels of genetic diversity for L. vetulus (haplotype diversity: Hd = 0.98 and expected heterozygosity: He = 0.81) and different population scenarios with each of the molecular marker types, suggesting male-mediated gene flow. We also observed a south-north partition, with no haplotype sharing between these regions. This pattern is similar to the one observed in a sympatric canid (Cerdocyon thous) and in various other Atlantic Forest vertebrates, raising the hypothesis that species occurring in open habitats may undergo equivalent vicariant processes. Six individuals caught in the contact zone showed signs of mixing with L. gymnocercus in the composition of their microsatellite genotypes, five of which presenting introgressed mtDNA haplotypes from the same species. These results support the inference of hybridization between these canids, likely induced by anthropogenic effects (i.e. deforestation in the Atlantic Forest). Our study illustrates how the fragmentation and alteration of natural habitats can play an important role in the genetic composition of wild populations, and should provide useful data for the design of conservation strategies on behalf of both species. / A raposinha-do-campo (Lycalopex vetulus) ? o menor dos can?deos brasileiros sendo end?mica do bioma Cerrado, por?m podendo ser encontrada tamb?m em ?reas de transi??o adjacentes. Estudos recentes investigaram as rela??es filogen?ticas entre as esp?cies do g?nero Lycalopex e indicaram que L. vetulus ? a esp?cie mais basal deste grupo, cuja diversifica??o ocorreu h? apenas 1 milh?o de anos. Al?m disso, obtiveram evid?ncias que sugerem a ocorr?ncia de um potencial processo de hibrida??o entre L. vetulus e L. gymnocercus em uma zona de contato rec?m-formada. Usando dados de microssat?lites e DNA mitocondrial, investigamos a influ?ncia dos processos hist?ricos nos padr?es de estrutura populacional de L. vetulus, bem como a ocorr?ncia de hibrida??o entre esta esp?cie e L. gymnocercus. Com este objetivo, foram obtidas amostras de tecido e sangue provenientes de animais que representam a maior parte da distribui??o de L. vetulus (n = 61), bem como amostras de L. gymnocercus (n = 30) oriundas da zona de contato entre ambas as esp?cies e ?reas adjacentes. Nossos resultados mostraram altos n?veis de diversidade gen?tica para L. vetulus (diversidade haplot?pica: Hd = 0,98 e heterozigosidade esperada: He = 0,81) e diferentes cen?rios populacionais de acordo com o marcador molecular utilizado, o que sugere um fluxo g?nico influenciado pelos machos e filopatria das f?meas. Observou-se tamb?m uma parti??o norte-sul entre dois grupos filogeogr?ficos, n?o existindo o compartilhamento de hapl?tipos entre essas regi?es. Este padr?o ? semelhante ao observado em outra esp?cie simp?trica de can?deo (Cerdocyon thous) e em v?rios outros vertebrados da Floresta Atl?ntica, levantando a hip?tese de que tamb?m esp?cies que ocorrem em habitats abertos possam ser afetadas por processos vicariantes equivalentes. Seis indiv?duos capturados na zona de contato mostraram sinais de mistura com L. gymnocercus na composi??o de seu gen?tipo, com cinco destes apresentando hapl?tipos de mtDNA compartilhados. Estes resultados suportam a exist?ncia de hibrida??o entre estas esp?cies, provavelmente induzida por efeitos antropog?nicos (desmatamento na Mata Atl?ntica). Nosso estudo ilustra como a fragmenta??o e a altera??o de habitats naturais pode afetar a constitui??o gen?tica de popula??es nativas, fornecendo dados ?teis para o delineamento de estrat?gias de conserva??o para as duas esp?cies.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 401047.pdf: 2592282 bytes, checksum: e66bbe58a6b50d908b9402f9668879bc (MD5) Previous issue date: 2008-03-23 / A habilidade para detectar e analisar ind?cios de animais na natureza, parte integral da pesquisa e manejo da vida silvestre, se torna fundamental quando a esp?cie em estudo ? um carn?voro. Para as esp?cies desse grupo, geralmente raras e/ou dif?ceis de capturar, a an?lise das fezes ? um dos melhores m?todos n?o-invasivos para a identifica??o, caracteriza??o e monitoramento das popula??es. Contudo, identifica??es de esp?cies a partir de amostras fecais podem ser subjetivas quando baseadas em crit?rios tradicionais. Neste estudo, comparamos a efici?ncia de dois m?todos de identifica??o de esp?cies de carn?voros: an?lise do DNA fecal e microscopia ?ptica de p?los-guarda encontrados em fezes. Ambos foram aplicados a 102 amostras de fezes coletadas em uma ?rea de Mata Atl?ntica no Rio Grande do Sul. Atrav?s da an?lise das seq??ncias de mtDNA obtidas a partir de 70 fezes foi poss?vel identificar 75,7% destas amostras como pertencentes a 3 esp?cies de felinos, 21,3% a uma esp?cie de can?deo silvestre e 3% ao c?o dom?stico. P?los-guarda foram encontrados em 56% das fezes coletadas. Atrav?s da an?lise microsc?pica desses p?los identificou-se 55,6% das amostras em n?vel de esp?cie (tr?s esp?cies de fel?deos) e 44% em n?vel de fam?lia (Canidae ou Felidae). Foram analisadas comparativamente 44 amostras sobrepostas pelos dois m?todos. Desacordos na identifica??o entre os m?todos ocorreram em apenas tr?s amostras. No total, 77 amostras de fezes foram identificadas em n?vel de esp?cie por pelo menos um dos m?todos, permitindo uma caracteriza??o da dieta destes carn?voros. A identifica??o baseada em microscopia de p?los requer poucos gastos ou tecnologia, sendo simples e r?pida para an?lises em campo. Contudo, algumas caracter?sticas morfol?gicas dos p?los-guarda podem influenciar o poder de identifica??o por microscopia, em alguns casos podendo levar a uma interpreta??o err?nea ou incompleta dos padr?es observados. A identifica??o baseada na an?lise do DNA fecal pode ter alto custo e ser tecnicamente dif?cil, mas as informa??es que podem ser obtidas atrav?s deste m?todo superam em quantidade e qualidade outros m?todos. Assim, considerando as vantagens e desvantagens dos m?todos analisados, as diferen?as entre eles permitem que sejam usados de forma a se complementarem mutuamente em diversos estudos, propiciando maior acur?cia na identifica??o de esp?cies a partir de fezes.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 426215.pdf: 1203023 bytes, checksum: a4c95024eb4a04a350ac7a3aeb621944 (MD5) Previous issue date: 2010-02-25 / Atualmente, a redu??o do tamanho populacional constitui um problema real para muitas popula??es selvagens e cativas, e muitos estudos t?m sido realizados nesse contexto com o intuito de identificar ?reas de manejo e prote??o de esp?cies amea?adas. O manejo de popula??es naturais tem como objetivo assegurar h?bitats adequados para manter popula??es em tamanhos vi?veis evitando assim que os efeitos do endocruzamento se pronunciem, al?m de manter corredores para facilitar a dispers?o dos organismos e consequentemente o fluxo g?nico entre popula??es. Os grandes carn?voros, por necessitarem de grandes ?reas de vida e serem usualmente perseguidos por ca?adores, s?o bastante vulner?veis ? fragmenta??o de h?bitats Devido ao fato de serem predadores-topo, sua extin??o local geralmente leva ? altera??o de todo o ecossistema. Desta forma, sua conserva??o afeta, de maneira direta e indireta, muitos outros organismos. Os carn?voros est?o entre os organismos que causam maiores desafios e preocupa??es ?s autoridades referentes ? conserva??o. ?reas consideravelmente grandes s?o necess?rias para englobar a ?rea de vida de um ?nico individuo, e territ?rios ainda maiores s?o necess?rios para abranger uma comunidade inteira deste grupo. A on?a-pintada, o maior fel?deo das Am?ricas, encontra-se atualmente em menos de 50% da sua distribui??o original e muitas ?reas remanescentes n?o apresentam tamanho e disponibilidade suficiente de presas para manter uma popula??o saud?vel em longo prazo. No Brasil, a Bacia Amaz?nica e o Pantanal s?o as maiores ?reas de distribui??o da esp?cie onde ainda se encontra popula??es grandes o suficiente para uma viabilidade por um longo per?odo de tempo. No entanto, pouco se sabe sobre a din?mica das popula??es de on?a-pintada nesses biomas, havendo assim uma extrema necessidade de an?lises em n?vel gen?tico-populacional da esp?cie. O presente trabalho teve como objetivo analisar 52 indiv?duos provenientes do Pantanal brasileiro amostrados no per?odo de 2001 a 2008, e fazer infer?ncias gen?ticas sobre esta popula??o, bem como compar?-la com uma ?rea previamente estudada na Mata Atl?ntica, onde altos n?veis de estrutura??o foram encontrados. Foram analisados ?ndices de diversidade gen?tica intra-populacional e calculados ?ndices de estrutura??o (Fst e Rst) assim como an?lise Bayesiana de estrutura??o no programa STRUCTURE. Os n?veis de variabilidade foram bastante altos e compar?veis com aqueles encontrados para a esp?cie quando analisada de uma forma mais ampla (em escala filogeogr?fica). Quando as amostras do Pantanal foram analisadas em rela??o ? sua estrutura??o, os dados indicaram a presen?a de apenas uma popula??o, sugerindo que a regi?o amostrada (Pantanal sul) consiste de uma s? unidade gen?tica. No entanto, quando as popula??es da Mata Atl?ntica foram inclu?das na an?lise, as amostras do Pantanal foram alocadas em duas unidades gen?ticas incompletamente diferenciadas, devido provavelmente ? influ?ncia de parentesco entre alguns dos indiv?duos desta regi?o, em combina??o ? prov?vel miscigena??o hist?rica com ?reas transicionais entre os dois biomas. Este parece ter sido o caso da popula??o amostrada na ?rea de influ?ncia da UHE Porto Primavera (MS/SP), situada no limite interior do bioma Mata Atl?ntica e que atualmente encontra-se extinta por a??o humana. Os resultados obtidos ap?iam a infer?ncia de que, no passado, havia conectividade gen?tica entre popula??es do Pantanal e da Mata Atl?ntica de Interior, embasando o delineamento de poss?veis a??es de manejo a fim de retomar a conex?o entre estes dois biomas. Al?m disso, os dados do Pantanal representam a primeira amostragem de uma popula??o geneticamente saud?vel de on?as-pintadas, podendo servir como base para a avalia??o e monitoramento da variabilidade observada nesta esp?cie em regi?es fragmentadas.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 438122.pdf: 3145728 bytes, checksum: b418ed52b6536be2e9efb41f6b7dc59b (MD5) Previous issue date: 2012-03-23 / Taxonomy forms the basis for all biological sciences, since it is through this discipline that natural units are recognized and described. Without the correct delimitation, researches from other disciplines would be unable to report their results because they would not be sure about the identity of their study units. The current estimate that millions of species are still to be described reinforces the centrality of taxonomy, because is through its use that species are found, delimited and described. Carnivores are usually thought to be well-known mammals, but some of these taxa have not been described yet, while others have received little biogeographic and taxonomic attention, preventing a correct assessment of their richness and conservation status. The genus Galictis (Carnivora, Mustelidae) is an example of a little-studied mustelid from the Neotropics, one of the richest and most endangered regions of the world. Basic information, such as number of species, delimitation between them, diagnosis and geographic distribution, have never been thoroughly tested before, leading to uncertainties regarding the taxonomy of this genus. In order to perform a comprehensive revision of Galictis, morphological and molecular approaches were applied on the basis of records encompassing all the distribution of the genus. For the former approach, we analyzed skulls and skins from 22 zoological collections and the statistical tests showed the presence of two clusters of Galictis specimens, representing G. cuja and G. vittata. Phylogenetic analyses of mitochondrial and nuclear segments supported morphological results showing two monophyletic groups, corresponding again to G. cuja and G. vittata. No other morphological grouping or evidence of a third clade was recognized with our data. All these results corroborate the existence of only two species and indicate morphological characters that effectively diagnose them. These are very useful to identify museum specimens and should also help field-based work in some situations. The correct delimitation between these units allowed the investigation of some long-standing issues about the geographic distribution of Galictis species. For example, we demonstrate the exclusive presence of G. cuja in the northeastern region of Brazil, and established the southernmost limits of G. vittata in the Amazon basin. Finally, as species were well identified and characterized, it was possible to conduct phylogeographic inferences as well as analyses of intra-specific morphological variation in G. cuja. This species contains moderate to high levels of variability and some interesting geographic patterns. These included the morphological distinction of southern Chile and Argentina, the significant genetic structuring among three broad geographic domains, and the evidence of recent demographic expansion in the Brazilian southeast. The results presented here contribute to substantially enhance our knowledge on the genus Galictis, and should help enable further studies focusing on the evolutionary history of these carnivores in the Neotropics. / A taxonomia forma a base para todas as demais ci?ncias da Biologia, uma vez que ? atrav?s dessa disciplina que as unidades de vida na natureza s?o reconhecidas e descritas. Sem a correta delimita??o das esp?cies, pesquisas de outras ?reas n?o poderiam reportar seus resultados, pois n?o teriam a certeza da identifica??o das unidades de estudo. A estimativa de que existem milh?es de esp?cies ainda para serem descritas refor?a a import?ncia da taxonomia, pois ? utilizando as ferramentas dessa disciplina que as esp?cies s?o descobertas, delineadas e descritas. Mam?feros carn?voros s?o animais tidos como bem conhecidos; contudo, alguns t?xons desse grupo ainda n?o foram descritos e tantos outros receberam pouca aten??o biogeogr?fica e taxon?mica, impedindo estimativas corretas de riqueza, abund?ncia e status de conserva??o. O g?nero Galictis (Mustelidae, Carnivora) ? um exemplo de t?xon ainda pouco estudado na regi?o Neotropical, justamente uma das mais ricas e mais amea?adas regi?es do mundo. Informa??es b?sicas sobre esses mustel?deos, tais como n?mero exato de esp?cies, delimita??o entre elas, diagnose e distribui??o geogr?fica das mesmas, n?o foram ainda investigadas com rigor, o que acarreta incertezas sobre alguns t?picos e compromete a sua taxonomia. Para realizar uma revis?o taxon?mica ampla de Galictis, foram realizadas an?lises morfol?gicas e moleculares com base em registros provenientes de toda a distribui??o geogr?fica do g?nero. Para a primeira t?cnica, foram analisados cr?nios e peles tombados em 22 institui??es cient?ficas, e os testes morfol?gicos assim como a visualiza??o das peles evidenciaram a presen?a de dois conjuntos de esp?cimes de Galictis, representando as duas esp?cies usualmente reconhecidas, G. cuja e G. vittata. An?lises filogen?ticas com base em segmentos mitocondriais e nucleares corroboraram os resultados morfol?gicos, com a presen?a de dois clados bem apoiados que correspondem tamb?m a G. cuja e G. vittata. Nenhum outro agrupamento morfol?gico ou mesmo ind?cios de um terceiro clado no g?nero foi identificado. Esses resultados confirmam a exist?ncia de duas esp?cies e possibilitam o reconhecimento de caracteres morfol?gicos diagn?sticos para elas. Esses caracteres s?o de utilidade para a identifica??o de esp?cimes de museu e podem tamb?m auxiliar a identifica??o de indiv?duos na natureza. Com o correto delineamento das esp?cies, foi poss?vel definir a distribui??o geogr?fica das mesmas e resolver algumas quest?es atualmente controversas, como a defini??o da ocorr?ncia exclusiva de G. cuja na regi?o Nordeste do Brasil e o limite austral de G. vittata para a Bacia Amaz?nia. Por fim, a partir da defini??o confi?vel e robusta das esp?cies, obtida na primeira etapa desta tese, foi poss?vel realizar um estudo intra-espec?fico mais detalhado com foco em G. cuja, englobando an?lises filogeogr?ficas de marcadores moleculares, bem como varia??o morfol?gica ao longo de sua distribui??o. Essa esp?cie se caracteriza de forma geral por consider?vel variabilidade gen?tica e morfol?gica, em que se observam alguns padr?es geogr?ficos interessantes. Entre estes, pode-se destacar a diferencia??o morfol?gica de popula??es do Sul do Chile e Argentina, bem como, uma estrutura??o gen?tica significativa entre tr?s grandes dom?nios geogr?ficos, e evid?ncia de uma expans?o demogr?fica relativamente recente no sudeste brasileiro. Todos esses resultados embasam o conhecimento sobre o g?nero e propiciam ferramentas para estudos futuros que visem a entender a hist?ria evolutiva de Galictis na regi?o Neotropical.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 451414.pdf: 10722032 bytes, checksum: b8263340ed1091c069ea4b99a9f81848 (MD5) Previous issue date: 2013-09-09 / Conepatus (Mammalia: Carnivora) comprises one of the least known groups of Neotropical mammals. Despite its broad distribution, ranging from southern North America to southernmost South America, few studies have been conducted on this genus. The lack of knowledge regarding the ecology, morphology and distribution of different populations hampers comparative studies, resulting in much of the group's diversity remaining unknown. The most basic problem, however, seems to be the lack of studies regarding the evolutionary history and phylogenetic relationships among its populations, which are the main grounds for modern taxonomic classifications. A solid taxonomic arrangement is critical, since it is the principie that guides the description of ali other aspects of a given population. Finaily, understanding the evolutionary history of a taxon is important not only due to taxonomic concerns, but also because it is the cumulative knowledge on the diversification of different groups that allows the description of major biogeographic patterns. Attempting to shed light on several of these aspects, this study investigated phyiogenetic patterns, evolutionary history, population structure, morphological variation and general distribution of Conepatus, which altogether led to a taxonomic revision. To accomplish this, molecular analyses were performed, based on 1,902 base pairs of the mitochondrial DNA and eight microsatellite loci. We also conducted two types of morphological surveys. The first one was based on a panel of 29 craniodental measurements, while the second one investigated the differentiation of external body features among previousiy identified populations. Finally, we performed an extensive search for geographic records in original publications and scientific collection databases. Overall, the results indicated that Conepatus is a highly structured genus, encompassing at least 10 distinct geographic groups. In addition, at least some of these groups presented a noticeabie levei of morphological differentiation in terms of general body aspects, which reinforces the identified population structure. With respect to distributional aspects, Conepatus seems to inhabit almost exclusively open habitats and dry forests, rarely being found in moist dense forests. Some distributional discontinuities could be identified, which may be directly linked to the complete or partial isolation between groups. The evolution of the genus is complex, and appears to be linked to broad biogeographic patterns. The coalescence of Central and South American groups was estimated in ca. 3.2 million years ago (MYA), supporting the hypothesis that this genus colonized South America right after the complete closure of the Panama Isthmus, ca. 2.8 MYA, during the Great American Biotic Interchange. The coalescence of the South American populations, however, is far more recent (ca. 0.85 MYA), suggesting a complex evolutionary history, possibiy linked to the peculiar vegetation dynamics that took place in South America during the cycles of Pleistocene ice ages. Finally, a new taxonomic arrangement is proposed, suggesting that ali 10 identified groups could be elevated to the rank of species, due to the observed pattern of differentiation among these lineages. / Conepatus (Mammalia: Carn?vora) compreende um dos grupos de mam?feros neotropicais menos conhecidos. Apesar de apresentar uma extensa ?rea de distribui??o, indo sul da Am?rica do Norte ao extremo sul da Am?rica do Sul, poucos estudos foram conduzidos at? o momento sobre o g?nero. A falta de conhecimento envolvendo ecologia, morfologia e distribui??o das diferentes popula??es dificulta estudos comparativos, fazendo com que grande parte da diversidade do grupo permane?a desconhecida. O problema mais b?sico, contudo, parece ser a falta de estudos envolvendo sua hist?ria evolutiva e rela??es filogen?ticas, disciplinas balizadoras da taxonomia moderna. Uma classifica??o taxon?mica s?lida ? primordial para o estudo de qualquer grupo, j? que ? o princ?pio que norteia a descri??o dos demais aspectos de uma determinada popula??o. Al?m das contribui??es taxon?micas, conhecer a hist?ria evolutiva de um t?xon ? importante tamb?m por que ? a partir do entendimento cumulativo da estrutura da diversidade de v?rios grupos que se pode entender grandes padr?es hist?ricos. Assim, para contribuir com o conhecimento relativo a essas quest?es fundamentais, este estudo procurou revisar v?rios aspectos deste g?nero. Entre eles est?o padr?es filogen?ticos, evolutivos, morfol?gicos, de distribui??o e de estrutura populacional, culminando assim em uma revis?o taxon?mica. Para tanto, foram realizadas an?lises moleculares baseadas em 1.902 pares de base pertencentes a tr?s fragmentos do DNA mitocondrial, al?m de oito tocos de microssat?lites nucleares. Tamb?m foram conduzidos dois tipos de an?lise morfol?gica. A primeira baseou-se em um painel de 29 medidas de cr?nio e dentes para identificar padr?es de estrutura populacional, enquanto a segunda procurou por diferen?as no padr?o corporal geral entre algumas das popula??es identificadas. Finalmente, realizou-se uma extensa busca por registros de ocorr?ncia geogr?fica do g?nero em publica??es originais e bases de dados de cole??es cient?ficas. Os resultados obtidos indicam que Conepatus ? um g?nero bastante estruturado geograficamente, apresentando, no m?nimo, 10 grupos distintos. Tamb?m ? poss?vel afirmar que ao menos alguns dos grupos identificados apresentam um n?vel percept?vel de diferencia??o morfol?gica em termos de aspectos corporais gerais, o que refor?a a id?ia de estrutura??o neste grupo. A respeito dos padr?es de distribui??o, fica claro que o g?nero habita quase que exclusivamente ?reas de campo e florestas secas, sendo raramente encontrado em florestas densas. Algumas descontinuidades de distribui??o podem ser percebidas, podendo estar diretamente ligadas ao isolamento total ou parcial dos grupos. A hist?ria evolutiva do g?nero ? complexa, e parece estar ligada a padr?es biogeogr?ficos amplos. A coalesc?ncia dos grupos da Am?rica do Sul e Central ? de cerca de 3,2 milh?es de anos atr?s (MAA), apoiando a hip?tese de que o g?nero invadiu o continente sul-americano logo ap?s o fechamento do Istmo do Panam?, h? 2.8 MAA. A coalesc?ncia das amostras sul-americanas, contudo, ? bem mais recente (cerca de 0.85 MAA), sugerindo uma evolu??o complexa, possivelmente ligada ? din?mica vegetacional intrincada da Am?rica do Sul ao longo das eras glaciais do Pleistoceno. Finalmente, a revis?o taxon?mica proposta sugere que os 10 grupos identificados sejam elevados ? categoria de esp?cie, devido ao padr?o observado de diferencia??o entre estas linhagens.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 459622.pdf: 7068084 bytes, checksum: 30b184abdf871f7ee7438f18072e7ddb (MD5) Previous issue date: 2014-03-06 / Mitochondrial genomes (mitogenomes) are usually obtained through DNA sequencing produced by a set of conserved PCR primers that are designed to generate overlapping segments, thus completing the whole mitochondrial DNA. This may be a good strategy for some organisms. However, the translocation of cytoplasmic mitochondrial DNA (cymtDNA) into the nuclear genome (numt) is known to be a frequent phenomenon in many taxa, including the felid genus Panthera. Some strategies have been developed to avoid the unwanted amplification of numt, such as mitochondrial isolation followed by PCR or long-PCR. Recently, next-generation sequencing (NGS) approaches have begun to be extensively used in this field. Among these, RNA sequencing (RNAseq) seems to be extremely useful to generate mitogenomes and to avoid numts, as it allows the efficient capture at high coverage of mtDNA transcripts, avoiding pseudogenized nuclear copies. When we initiated this study, mitochondrial genomes of all species of the Panthera genus except the jaguar (P. onca) were available in public databases such as GenBank. Given the importance of this molecular marker for jaguar population studies and for phylogenetic analyses within the Panthera genus, the goals of this project were to (i) characterize the Panthera onca mitogenome, eliminating the possibility of erroneous amplification of numt; and (ii) to conduct the first mitogenomic analysis of the Panthera genus. We have characterized the mitochondrial genome of the jaguar employing RNA-seq data. The transcripts covered about 95% of the mitogenome, with the remaining gaps being complemented by PCR-based DNA sequencing, using specific primers designed for this purpose. All mitogenomic phylogenetic analyses (Maximum Likelihood, Maximum Parsimony, Neighbor-Joining and Bayesian Inference) supported a congruent topology (((N. nebulosa ((P. tigris (P. onca (P. uncia, (P. leo, P. pardus))))). This topology is unprecedented for the genus, but our results indicate that it correctly reflects the evolutionary history of mitochondrial DNA in this group. This study demonstrated that, with RNA-seq approach, almost the entire mitochondrial genome from an individual can be quickly characterized. Furthermore, this approach holds great promise especially in the case of groups plagued by the presence of large and recent numts, as is the case of Panthera species. / Genomas mitocondriais (mitogenomas) geralmente s?o obtidos atrav?s do sequenciamento de DNA realizado com uma s?rie de primers conservados desenhados de maneira a se sobreporem, completando assim todo o DNA mitocondrial. Esta estrat?gia ? bastante eficaz para alguns organismos. Entretanto, a transloca??o de segmentos do DNA mitocondrial citoplasm?tico (cymtDNA) para o genoma nuclear (numt) ? um fen?meno conhecido para muitos t?xons, incluindo os felinos pertencentes ao g?nero Panthera. Algumas estrat?gias foram desenvolvidas para evitar a amplifica??o indesejada do numt, como por exemplo o isolamento de DNA mitocondrial seguido de PCR ou de PCR longo. Recentemente, as t?cnicas de sequenciamento de alto desempenho v?m sendo amplamente utilizadas. Dentre estas, o sequenciamento de RNA (RNA-seq) parece ser extremamente ?til para gerar mitogenomas e evitar numts, uma vez que captura com alta cobertura apenas DNA mitocondrial transcrito, evitando as c?pias nucleares pseudogenizadas. Quando este estudo foi iniciado, genomas mitocondriais de todas as esp?cies do g?nero Panthera exceto P. onca estavam dispon?veis em bases de dados como o GenBank. Tendo em vista a import?ncia deste marcador molecular para estudos populacionais de on?a-pintada (Panthera onca) e para estudos filogen?ticos entre as esp?cies do g?nero Panthera, os objetivos deste trabalho foram (i) caracterizar o mitogenoma de Panthera onca de forma a eliminar a possibilidade de amplifica??o err?nea de numt e (ii) realizar a primeira an?lise mitogen?mica do g?nero Panthera. O genoma mitocondrial da on?a-pintada foi caracterizado utilizando dados de RNA-seq. Os transcritos cobriram cerca de 95% do mitogenoma, sendo os demais segmentos cobertos por sequenciamento de DNA baseado em PCR, atrav?s da utiliza??o de primers espec?ficos desenhados para esta finalidade. Todos os quatro tipos principais de an?lises filogen?ticas do mitogenoma (Maximum Likelihood, M?xima Parcim?nia, Neighbor- Joining e Infer?ncia Bayesiana) suportaram uma topologia congruente (((N. nebulosa ((P. tigris (P. onca (P. uncia, (P. leo, P. pardus))))). Esta topologia ? in?dita para o g?nero, por?m os resultados indicam ser esta a verdadeira hist?ria evolutiva do DNA mitocondrial dentro deste grupo. Neste trabalho, demonstrou-se que atrav?s de RNA-seq ? poss?vel obter-se praticamente todo o genoma mitocondrial de um indiv?duo. Al?m disso, esta abordagem parece ser bastante promissora especialmente em casos onde grandes e recentes numts ocorrem, como ? o caso das esp?cies pertencentes ao g?nero Panthera.