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Variabilidade entre isolados de Cowpea severe mosaic virus por meio de caracterização biológica, sorológica e molecular / Variability between isolates of Cowpea severe mosaic virus of biological, serological and molecular characterizationSilva, Ana Kelly Firmino da January 2017 (has links)
SILVA, Ana Kelly Firmino. Variabilidade entre isolados de Cowpea severe mosaic virus por meio de caracterização biológica, sorológica e molecular. 2017. 81 f. Tese (Doutorado em Agronomia/Fitotecnia)-Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by Deocleciano Xavier (dixavier.ufc@gmail.com) on 2017-08-21T18:26:04Z
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Previous issue date: 2017 / Cowpea (Vigna unguiculata subsp. unguiculata) is grown as staple food for the rural and urban populations inf the North and Northeast Brazil. It has great importance as a generator and income, being cultivated by small to medium producers. Brazil is the largest producer of beans [ commob bean (Phaseolus vulgaris) and cowpea] with production of 2.5 milion tons in the 2015/16 harvest, being the States of Paraná and Minas Gerais the largest producers of common bean, and State of Ceará in ninth position. Several factors affect the cowpea crop influencing the quality and quantity produced, highlighting the viruses as responsible for large losses in the crop. Several species of virus can naturally infect cowpea, especially the Cowpea severe mosaic virus (CPSMV). The objective of this research was to study the genetic variability among eight isolates of CPSMV obtained in different States of the Northeast region, through biological, serological and molecular characterization studies. The experiments were carried out in a greenhouse and in the Plant Virology Laboratory of the Federal University of Ceará. The CPSMV-MC isolate was purified from cowpea cv. Macaibo, obtaining a virus preparation with a concentration of 64.83 mg of virus per kg of infected tissue and antiserum title of 1: 1024 in Double Immune Diffusion Test. The biological study, by partial range of host plants showed symptomatological difference between the CPSMV-MC isolate of the others. The results of the serological study showed that the CPSMV-MC isolate may be serologically distinct when using antiserum produced from this isolate. The electrophoretic analyzes revealed two bands related to the weight of the capsidial protein formed by 22.5 kDa and 39 kDa structural proteins. Comparison between variations in the PTA-ELISA technique, showed that IP-PTA-ELISA, was efficient and reliable for detection of CPSMV suppressing the problems of virus of the genus Comovirus that do not adhere adequately to the Of ELISA plates. In the molecular study, the primers designed for the partial genome of RNA1 and RNA2 regions could be used for both detection and sequencing of the virus. The phylogenetic analyzes of the sequences of the CPSMV isolates, using primers for the RNA1 region revealed a difference between the CPSMV-MC isolate and the others, making it possible to fit them into two groups. One group that causes severe symptoms, adding seven isolates of CPSMV and the other group with only one isolate that causes mild symptom (CPSMV-MC) in cowpea. The study of the interaction between the virus that infects cowpea 'Setentão' showed strong synergism between CPSMV, Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV) and Cucumber mosaic virus (CMV), leading in some cases to death of the plant, mainly when interacting Of these three viruses, and two of these isolates showed severe symptoms in the plants when in simple infection. Studies of this nature involving aspects related to pathogens and the plant produce important information in the research programs that aim at the selection and production of virus resistant cultivars. / O feijão caupi Vigna unguiculata subsp. unguiculata constitui um alimento básico das populações rurais e urbanas das regiões Norte e Nordeste, possui grande importância como gerador de emprego e renda, sendo cultivado por pequenos e médios produtores. O Brasil é o maior produtor de feijão [feijão comum (Phaseolus vulgaris) e feijão caupi] com produção de 2,5 mil toneladas na safra de 2015/16, sendo os estados do Paraná e Minas Gerais os maiores produtores de feijão comum, ficando o estado do Ceará na nona posição. Vários fatores afetam a cultura do feijão caupi influenciando na qualidade e na quantidade produzida, destacando as viroses como responsáveis por grandes perdas na cultura. Várias espécies de vírus podem infectar naturalmente o feijão caupi, destacando-se o Cowpea severe mosaic virus (CPSMV). O objetivo desta pesquisa foi estudar a variabilidade genética entre oito isolados de CPSMV obtidos em diferentes Estados da Região Nordeste, mediante estudos de caracterização biológica, sorológica e molecular. Os experimentos realizados foram conduzidos em casa de vegetação e no Laboratório de Virologia Vegetal da Universidade Federal do Ceará. O isolado de CPSMV-MC foi purificado a partir de plantas de feijão caupi cv. Macaibo, obtendo uma preparação viral com concentração de 64,83 mg de vírus por Kg de tecido infectado e título do antissoro de 1:1.024 em teste de Dupla Difusão em Ágar (DDA). No estudo biológico, por gama parcial de plantas hospedeiras mostrou diferença sintomatológica entre o isolado CPSMV-MC dos demais. O resultado do estudo sorológico mostrou que o isolado CPSMV-MC pode ser sorologicamente distinto quando utilizando antissoro produzido a partir deste isolado. As análises eletroforética revelaram bandas referentes ao peso da proteína capsidial formada por duas proteínas estruturais de 22,5 kDa e de 39 kDa, aproximadamente. Estudo de comparação entre PTA-ELISA e IP-PTA-ELISA, variações da técnica de ELISA, mostrou que o IP-ELISA foi eficiente e confiável para a detecção do CPSMV contornando alguns problemas de vírus do gênero Comovirus que não aderem adequadamente aos fundos dos orifícios das placas de ELISA. No estudo molecular, os primers desenhados para o genoma parcial de regiões dos RNA1 e RNA2 podem ser utilizados tanto para detecção quanto para sequenciamento do vírus. As análises filogenéticas das sequências dos isolados de CPSMV utilizando primers para a região do RNA1 revelaram diferença entre o isolado CPSMV-MC e os demais, possibilitando o enquadramento dos mesmos em dois grupos. Um grupo que causam sintomas severos, agregando sete isolados de CPSMV e o outro grupo com apenas um isolado que causa sintoma leve (CPSMV-MC) em feijão caupi. O estudo de interação entre vírus que infecta o feijão caupi ‘Setentão’ mostrou forte sinergismo entre CPSMV, Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV) e Cucumber mosaic virus (CMV), levando em alguns caso morte da planta, principalmente, quando da interação desses três vírus, sendo que dois desse isolados apresentaram sintomas severos nas plantas quando em infecção simples. Estudos desta natureza, envolvendo aspectos relacionados ao patógenos e a planta produzem informações importantes nos programas de pesquisam que visam a seleção e produção de cultivares resistentes a vírus.
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Transporte e homeostase Na+/K+ sob condições de sodicidade em feijão caupi / Na+ and K+ transport and homeostasis under sodicity conditions in cowpea.Voigt, Eduardo Luiz January 2008 (has links)
VOIGT, E. L. Transporte e homeostase Na+/K+ sob condições de sodicidade em feijão caupi. 2008. 143 f. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2008. / Submitted by Francisco Lacerda (lacerda@ufc.br) on 2014-12-03T13:35:44Z
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Previous issue date: 2008 / High soil salinity can be associated with K+ starvation enabling interactive stresses on plant nutrition that impair crop production. The transport mechanisms on the soil-root symplast-xylem boundaries are crucial to the establishment of Na+ toxicity under salt stress, especially under low K+ availability. Then, the aim of this work was the physiological characterization of Na+ and K+ uptake and xylem loading in the roots of cowpea [Vigna unguiculata (L.) Walp.]. Low-affinity Na+ uptake, investigated by influx experiments using detached roots, was mediated by Ca2+-sensitive and Ca2+-insensitive pathways. The Ca2+-sensitive pathway may involve non-selective cation channels (NSCCs), while the Ca2+-insensitive pathway may depend on K+ channels and NH4+-sensitive K+ transporters. High-affinity K+ uptake, examined by the excided root technique, involved NH4+-sensitive and NH4+-insensitive pathways. The NH4+-sensitive pathway may be mediated by K+ transporters from the KT/HAK/KUP e HKT families and the NH4+-insensitive pathway may depend on K+ channels. Xylem loading, assessed by root exudation experiments, indicates that the high K+/Na+ selectivity showed by cowpea was collapsed under external Na+ concentrations above 20 mM in the presence of 1 mM K+. The Na+ access to the root xylem was almost unrestricted and it was compensated by enhanced K+ release to the sap. The Na+ compartmentation into the root cells may act as a physiological barrier to Na+ exclusion from the leaves, avoiding Na+ toxicity in cowpea due to the maintenance of the high leaf K+/Na+ ratio. K+ starvation associated with salt stress intensified the Na+ flux and restricted the K+ flux into the root xylem, as it enhanced Na+ accumulation in the young leaves, allowing unfavourable conditions to ionic homeostasis in cowpea in comparison with salt stress applied individually. / A salinidade elevada do solo pode estar associada à escassez de K+, propiciando estresses interativos sobre a nutrição das plantas, os quais prejudicam a produção agrícola. Os mecanismos de transporte de Na+ e K+ nas interfaces solo-simplasto radicular-xilema são decisivos para o estabelecimento da toxicidade de Na+ nas plantas submetidas ao estresse salino, especialmente sob baixa disponibilidade de K+. Assim sendo, o objetivo desse trabalho foi caracterizar fisiologicamente os mecanismos de transporte de Na+ e K+ envolvidos com a absorção e o carregamento do xilema nas raízes de feijão caupi [Vigna unguiculata (L.) Walp.]. A absorção de Na+ por mecanismos de baixa afinidade, investigada por experimentos de influxo em raízes destacadas, foi mediada por uma via sensível e uma via insensível ao Ca2+. A via sensível ao Ca2+ deve envolver os canais de cátions não-seletivos (NSCCs), enquanto a via insensível deve depender dos canais de K+ e dos transportadores de K+ sensíveis ao NH4+. A absorção de K+ por mecanismos de alta afinidade, examinada pela técnica de influxo em raízes destacadas, envolveu uma via sensível e uma via insensível ao NH4+. A via sensível ao NH4+ deve ser mediada pelos transportadores das famílias KT/HAK/KUP e HKT e a via insensível, pelos canais de K+. O carregamento de Na+ e K+ no xilema, estudado por experimentos de exudação radicular, indicou que a elevada seletividade K+/Na+ apresentada por feijão caupi foi colapsada sob concentrações externas de Na+ superiores a 20 mM, na presença de K+ 1 mM. O acesso quase irrestrito de Na+ ao xilema radicular foi compensado pela liberação aumentada de K+ na seiva e pela manutenção do fluxo de K+ para a parte aérea. A compartimentalização de Na+ nas raízes deve atuar como barreira fisiológica para excluir Na+ das folhas e, conseqüentemente, deve evitar a toxicidade desse íon em feijão caupi pela manutenção da alta relação K+/Na+ foliar. A privação de K+ aliada ao tratamento salino intensificou o fluxo de Na+ e restringiu o fluxo de K+ no xilema radicular, além de aumentar a acumulação de Na+ nas folhas novas, propiciando condições menos favoráveis à homeostase iônica em feijão caupi, em comparação com o estresse salino aplicado isoladamente.
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Interação entre genótipos e estirpes de rizóbio em feijão-caupi / Interaction between genotypes and strains of rhizobia in cowpeaPinheiro, Marcelo de Sousa January 2014 (has links)
PINHEIRO, M. S. Interação entre genótipos e estirpes de rizóbio em feijão-caupi. 2014. 39 F. Dissertação (Mestrado em Agronomia/Fitotecnia) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Fortaleza, 2014. / Submitted by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2015-05-14T17:29:39Z
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Previous issue date: 2014 / Cowpea is a crop widely produced in the North and Northeast of Brazil, and quite adapted to adverse environmental conditions. However, the cowpea is still a culture with low productivity, mainly by low technological level employee. In this respect Biological Nitrogen Fixation (BNF) is a viable option for the supply of nitrogen on the cheap alternative, but it is important to select cowpea varieties most efficient and adapted to the FBN process. The objective of this work was to test the ability of strains of rhizobia and semiarid regions, generating gains in the production of cowpea, able to match the fertilized crop and verify the existence of interaction between cowpea and rhizobia. 21 genotypes obtained from the germplasm bank of the UFC and four strains of native rhizobia obtained semiarid from the culture collection of the laboratory of environmental microbiology at UFC were tested. Four experiments were conducted in a randomized block design in a factorial 6X8 being six genotypes of cowpea, eight sources of nitrogen and three replications. The nitrogen sources were composed of four native strains plus two standard strains and fertilized witness over the uninoculated control (without fertilizer and without rhizobia). The CE-930 genotype was repeated for all trials. The experiments were conducted in a greenhouse of the UFC and genotypes was sown in pots such as "Leonard", with sterile and inert substrate composed of sand and vermiculite. After 35-40 days of planting was carried out collect data for analysis. No significant interaction was found between genotypes and strains of rhizobia. There was no response variation for total nitrogen between any of the genotypes in the four experiments, all were statistically equal, but as the other variables there were very different values in some cases. When we analyzed the sources of nitrogen in the four tests all strains except LAMAB-8 generated increased production almost always similar nitrogen witness. The genotypes of cowpea did not influence the responses of strains of rhizobia, not being revealed interaction between them. The LAMAB-40, LAMAB-48 and LAMAB-65 strains expressed ability to fix nitrogen assimilated form already strains recommended for culture and when chemically fertilized. / O feijão-caupi é uma cultura amplamente produzida nas regiões norte e nordeste do Brasil, e bastante adaptada à condições edafoclimáticas adversas. Entretanto, o feijão-caupi ainda é uma cultura com baixa produtividade, principalmente pelo baixo nível tecnológico empregado. Nesse aspecto a Fixação Biológica de Nitrogênio (FBN) é uma alternativa viável para o fornecimento de nitrogênio de forma barata, porém é importante selecionar variedades de feijão-caupi mais eficientes e adaptadas ao processo de FBN. Objetivou-se com esse trabalho, testar a capacidade de estirpes de rizóbios nativos de regiões semiáridas, em gerar ganhos na produção do feijão-caupi, capazes de se equiparar a cultura adubada e verificar a existência de interação entre o feijão-caupi e os rizóbios. Foram testados 21 genótipos obtidos do banco de germoplasma da UFC e quatro estirpes de rizóbios nativas do semiárido obtidas da coleção de culturas do laboratório de microbiologia ambiental da UFC. Foram realizados quatro experimentos em delineamento de blocos ao acaso no esquema fatorial 6X8 sendo seis genótipos de feijão-caupi, oito fontes de nitrogênio e três repetições. As fontes de nitrogênio foram compostas por quatro estirpes nativas mais duas estirpes padrões e a testemunha adubada mais o controle sem inoculação (sem adubo e sem rizóbio). O genótipo CE-930 foi repetido em todos ensaios. Os experimentos foram realizados em casa de vegetação da UFC e os genótipos semeados em vasos do tipo “Leonard”, com substrato estéril e inerte composto por areia e vermiculita. Após 35 a 40 dias do plantio realizou-se a coleta de dados para análise. Não foi encontrada interação significativa entre os genótipos e as estirpes de rizóbios. Não houve variação de resposta quanto ao nitrogênio total entre nenhum dos genótipos avaliados nos quatro experimentos, todos foram estatisticamente iguais, porém quanto as demais variáveis houveram valores bem diferentes em alguns casos. Quando se analisou as fontes de nitrogênio, nos quatro ensaios todas as estirpes com exceção da LAMAB-8 geraram aumento de produção quase sempre similar a testemunha nitrogenada. Os genótipos de feijão-caupi não influenciaram as respostas das estirpes de rizóbios, não sendo revelada interação entre ambos. As estirpes LAMAB-40, LAMAB-48 e LAMAB-65 expressaram capacidade de fixar nitrogênio de forma equiparada as estirpes já recomendadas para a cultura e quando adubada quimicamente.
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Caracterização protéica do estresse salino em feijão-caupi [Vigna unguiculata (L.) Walp.]LEITE, Nathália Gabrielle de Araújo 22 February 2017 (has links)
Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-07-31T22:22:37Z
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Previous issue date: 2017-02-22 / FACEPE / feijão-caupi é amplamente cultivado em regiões áridas e semiáridas, locais onde a salinização dos solos constitui-se em um dos principais estresses à cultura. Dentre os métodos que visam reduzir os danos causados pela salinidade, a utilização de genótipos menos sensíveis se constitui como o melhor método para a solução do problema. Diante do exposto, o presente trabalho objetivou identificar as proteínas diferencialmente abundantes em genótipos de feijão-caupi durante o estresse salino, como ponto de partida para a identificação dos genes associados aos mecanismos de tolerância ao estresse, visando à obtenção de genótipos que associem características desejáveis com a menor sensibilidade à salinidade. Nesse sentido, sementes de cinquenta genótipos de feijão-caupi foram submetidas a tratamentos com diferentes concentrações de NaCl (0, 25, 50, 100 e 200 mM). Foram observadas alterações na taxa de germinação em função do aumento das concentrações de NaCl (sal). Dentre os genótipos avaliados, Maravilha, Paulistinha, Sempre Verde Baiano, e Sempre Verde Salgueiro demonstraram menor sensibilidade ao sal, enquanto BRS Pajeú, Mosqueado 383, Mut 300 gy, Mut 50 gy, e Pele de Moça foram os genótipos mais sensíveis ao sal. Esses genótipos, juntamente com o genótipo Pitiúba, foram novamente submetidos ao estresse salino nas cinco concentrações supracitadas, para realização da contagem de folhas, medição do comprimento caulinar, determinação da matéria seca e conteúdo iônico, assim como mensuração da condutividade elétrica do substrato, capacidade de troca catiônica e saturação de sódio. Os resultados indicam que o incremento na concentração de sal reduziu a quantidade de matéria seca, comprimento do caule e número de folhas em todos os genótipos avaliados, causando aumento no teor de íons, justificado pelos valores de condutividade elétrica do substrato, capacidade de troca catiônica e saturação de sódio. Sempre Verde Salgueiro foi o genótipo que demonstrou menor sensibilidade frente aos demais, enquanto que Mosqueado 383 foi selecionado como o genótipo de maior sensibilidade ao sal. Posteriormente, esses dois genótipos foram estressados com 100 mM de NaCl, para coleta das folhas, extração de proteínas totais, quantificação e identificação das proteínas diferencialmente abundantes, por cromatografia líquida acoplada ao espectrômetro de massas, seguido por comparação com o banco de dados disponível no NCBI (National Center for Biotechnology Information). A partir dessa avaliação, foi possível identificar 251 proteínas diferencialmente abundantes entre os tratamentos (0 mM - controle, e 100 mM de NaCl) e entre os genótipos avaliados. Dessa forma, é possível inferir sobre a participação direta de algumas dessas proteínas em vias metabólicas que possam estar relacionadas com os mecanismos de tolerância ao estresse salino em feijão-caupi. / Cowpea is widely cultivated in arid and semi-arid regions, places where salinization of soils is one of the major stresses for this culture. Among the methods utilized to reduce the damage caused by salinity, the use of less sensitive genotypes constitutes the best method to solve the problem. By the way, the present work aimed to identify differentially abundant proteins in cowpea genotypes during saline stress, as a starting point for the identification of genes associated with stress tolerance mechanisms, in order to obtain genotypes associating desirable traits with lowest sensitivity to salinity. In this sense, seeds of fifty cowpea genotypes were submitted to treatments with different concentrations of NaCl (0, 25, 50, 100 and 200 mM). Alterations in germination rates were observed due to the increasing of NaCl (salt) concentrations. Among the evaluated genotypes, Maravilha, Paulistinha, Sempre Verde Baiano, and Sempre Verde Salgueiro showed lower salt sensitivity, while BRS Pajeú, Mosqueado 383, Mut 300 gy, Mut 50 gy, and Pele de Moça were the most salt sensitive genotypes. Those genotypes, including Pitiúba genotype, were submitted again to saline stress using the five NaCl concentrations mentioned above, for leaf counting, measurement of stem length, determination of dry matter and ion content, as well as measurement of electrical conductivity of the substrate, cation exchange capacity and sodium saturation. The results indicate that the increase in salt concentration reduced the amount of dry matter, stem length and number of leaves in all evaluated genotypes, causing an increase in ion content, justified by the values of electrical conductivity of the substrate, cation exchange capacity and sodium saturation. Sempre Verde Salgueiro was the genotype that showed less sensitivity in relation to the others, while Mosqueado 383 was selected as the genotype of greater salt sensitivity. After, these two genotypes were stressed with 100 mM NaCl, to collect leaves, total protein extraction, quantification of proteins, and identification of differentially abundant proteins, by liquid chromatography coupled to the mass spectrometer, followed by comparison with the available database on NCBI (National Center for Biotechnology Information). Through this evaluation, it was possible to identify 251 differentially abundant proteins between the treatments (0 mM - control, and 100 mM NaCl) and among the evaluated genotypes. Thus, it is possible to infer about the direct participation of some of these proteins in metabolic pathways that may be related to the mechanisms of tolerance to saline stress in cowpea.
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Clonagem, sequenciamento e modelagem molecular por homologia da sequência parcial de uma vicilina de genótipos de feijão-de-corda [Vigna unguiculata (L.) Walp.] contrastantes em relação à resistência ao caruncho Callosobruchus maculatus. / Cloning, sequencing and molecular modeling by homology of a partial sequence of genotypes vicilin - of -string [Vigna unguiculata (L.) Walp.] In relation to the contrasting resistance weevil Callosobruchus maculatus.Silva, Bruno Henrique Maia January 2014 (has links)
SILVA, B. H. M. Clonagem, sequenciamento e modelagem molecular por homologia da sequência parcial de uma vicilina de genótipos de feijão-de-corda [Vigna unguiculata (L.) Walp.] contrastantes em relação à resistência ao caruncho Callosobruchus maculatus. 2014. 51 f. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by Francisco Lacerda (lacerda@ufc.br) on 2014-12-03T12:02:29Z
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Previous issue date: 2014 / The cowpea bean [Vigna unguiculata (L.) Walp.] is a legume with high protein levels, largely cultivated and consumed in the Northeast of Brazil. Due to your economic importance, there are several studies that search resistant forms of cultivars of this kind of bean, as they is often attacked by different kinds of pests and predators. One of the most common is the weevil Callosobruchus maculatos. With the discovery of resistant cultivars for this insect many questions emerged about what biological component of the plant was responsible for such defensive action. Some studies suggest that this resistance is due to vicilin, which are reserve nutritious proteins, present in the seeds of cowpea. In this work, regions belonging to the vicilin gene of two contrasting cultivars in relation to resistence to weevil were sequenced, one resistant (IT81D-1053) and a susceptible (EPACE-10). These sequences, which come from several clones, were analyzed and thereby deducting its three-dimensional structure was made through a homology modeling using as template one 7S globulin from adzuki bean (Vigna angularis) identified as 2EA7 in the PDB database. Sequence analysis revealed that there are two regions highly variable in sequence from the vicilin gene, and these regions are rich in glutamine. Previous studies suggest that resistance to weevil occurs in the fact that the vicilin can bind to chitin and such glutamine rich regions are potentially chitin binding due to the high ability to form hydrogen bonds between the residues of glutamine and residues of N-acetylglucosamine. The structural analysis also supports this assumption, because the region rich in glutamine is very exposed, in relation to the protein surface, which facilitates the interaction of these amino acid residues with chitin. However more refined studies are needed to have a certainty of how is this interaction between vicilin and chitin, and if these same proteins are in fact fundamental in the resistance against the weevil. / O feijão-de-corda [Vigna unguiculata (L.) Walp.] é uma leguminosa com alto teor de proteínas, muito consumida e cultivada na região Nordeste do Brasil. Devido a sua importância econômica, existem vários estudos que procuram formas de cultivares resistentes desta espécie de feijão, pois esta é muito atacada por diversos tipos de pragas e predadores. Um dos mais comuns é o caruncho Callosobruchus maculatos. Com a descoberta de cultivares resistentes a este inseto, questionou-se sobre o componente biológico da planta responsável por tal ação defensiva. Alguns estudos sugerem que essa resistência ocorre devido as vicilinas, que são proteínas de reserva nutritiva, presentes nas sementes do feijão-de-corda. No presente trabalho, foram sequenciadas regiões pertencentes ao gene de vicilina de dois cultivares contrastantes em relação ao ataque do caruncho, sendo um resistente (IT81D-1053) e outro suscetível (EPACE-10). Essas sequências, advindas de vários clones, foram analisadas e com isso foi feita a dedução de sua estrutura tridimensional através de uma modelagem por homologia, utilizando como molde uma globulina 7S de feijão-azuki (Vigna angularis) identificada como 2EA7 no banco de dados PDB. A análise das sequências revelou que há duas regiões bastante variáveis na sequência do gene da vicilina, sendo essas regiões ricas em glutamina. Estudos anteriores sugerem que a resistência ao gorgulho se dá no fato de que as vicilinas conseguem se ligar a quitina, e tais regiões são potencialmente ligantes a quitina devido a grande capacidade de formar ligações de hidrogênio entre os resíduos de glutamina e os resíduos de N-acetilglucosamina. A análise estrutural também corrobora esta hipótese, pois a região rica em glutamina é bastante exposta, em relação à superfície proteica, o que facilita a interação destes resíduos de aminoácidos interagirem com a quitina. Entretanto estudos mais refinados são necessários para se ter uma maior certeza de como se dá esta interação entre vicilinas e a quitina, e se de fato essas proteínas são mesmo fundamentais na resistência contra o caruncho.
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Oxidative damages and ageing bean seeds Caupi / Danos oxidativos e o envelhecimento de sementes de feijÃo CaupiTheresa Christine Filgueiras Russo AragÃo 04 May 2007 (has links)
FundaÃÃo Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e TecnolÃgico / The present study was carried out to elucidate the relationship between seed ageing and oxidative damage in two cowpea (Vigna unguiculata (L.) Walp.) cultivars, namely PitiÃba and PÃrola.The seeds were articially aged at 45 ÂC and 99% relative humidity until 72 h and daily harvested. Seed germination, electrolyte leakage, lipid and protein oxidation were evaluated. Moreover, changes in superoxide dismutase (SOD), ascorbate peroxidase (APX) and catalase (CAT) activity as their isoform pattern and CAT and APX mRNA expression were also investigated. Only in PÃrola seeds germinability was decreased whereas electrolyte leakage was increased with artificial ageing, indicating membrane damage. Moreover, PÃrola seeds presented higher lipid and protein oxidative damage than the PitiÃba ones. Total SOD activity was not altered by the treatment in both cultivars. Zymogram analysis reveled five different isoforms, designated SOD1 to SOD5 according to the eletrophoretic migration. No significant difference in the SOD isoenzyme pattern up to 72 h were detected. Specific inhibition with peroxide and cyanide showed SOD1 and SOD2 as SOD-Mn and SOD3, SOD4 and SOD5 as SOD-Cu/Zn isoforms. It was verified a cross-talk between CAT and APX activities through artificial ageing. At 72 h of treatment, CAT mRNA expression and activity increased in PitiÃba seeds and decreased in the PÃrola ones. Conversely, APX mRNA expression and activity showed an opposite pattern in the studied cultivars. Imunoblot analysis demostrated that no significant changes in CAT content were verified in PÃrola and PitiÃba seeds during induced aging. Thus, the CAT turnover did not necessarily involve coordinated mRNA synthesis, protein synthesis and protein degradation. In conclusion, lipid and protein oxidative damage were narrowly involved in seed aging in cowpea. PitiÃba seeds were more resistant to age-induced oxidative damage than that of PÃrola. PitiÃba seed resistance against aging were related to induced CAT expression and its activity, suggesting that this enzime play a role in oxidative damage protection. / O presente estudo foi desenvolvido na intenÃÃo de elucidar a relaÃÃo entre o envelhecimento de sementes e danos oxidativos em duas cultivares contrastantes de caupi (Vigna unguiculata (L.) Walp.), denominadas PitiÃba e PÃrola. As sementes foram artificialmente envelhecidas a 45 ÂC e 99% de umidade relativa atà 72 h e coletadas diariamente. GerminaÃÃo de sementes, vazamento de eletrÃlitos, oxidaÃÃo de lipÃdios e proteÃnas foram avaliados. AlÃm disso, alteraÃÃes em atividade de enzimas como dismutase de superÃxido (SOD), peroxidase de ascorbato (APX) e catalase (CAT) assim como o padrÃo de suas isoformas e expressÃo de RNAm de CAT e APX tambÃm foram investigados. Somente em sementes de PÃrola decresceu a germinabilidade enquanto que aumentou significativamente o vazamento de eletrÃlitos com o envelhecimento artificial, indicando danos de membrana. AlÃm disso, sementes de PÃrola apresentaram maiores danos oxidativos em lipÃdios e proteÃnas do que sementes de PitiÃba. A atividade total da SOD nÃo foi alterada durante o tratamento de sementes em ambas cultivares. AnÃlise de zimograma revelou cinco diferentes isoformas, designadas SOD1 a SOD5 de acordo com a migraÃÃo eletroforÃtica. NÃo houve diferenÃa significativa no padrÃo isoenzimÃtico de SOD durante as 72 h de tratamento. InibiÃÃo especÃfica com perÃxido de hidrogÃnio e cianeto revelou as isoformas SOD1 e SOD2 como SOD-Mn e SOD3, SOD4 e SOD5 com SOD Cu/Zn. Foi verificado um âcross-talkâ entre as atividades de CAT e APX durante o envelhecimento artificial. As 72 h de tratamento, a expressÃo de RNAm de CAT e sua atividade aumentaram em PitiÃba e diminuÃram em sementes de PÃrola. A expressÃo e a atividade de APX demonstrou um padrÃo oposto nas cultivares estudadas. AnÃlise de imunoblot demonstrou que nÃo houve alteraÃÃes significativas no conteÃdo de CAT em ambas as cultivares durante a induÃÃo do envelhecimento. Desse modo, o turnover de CAT nÃo envolve necessariamente a sÃntese coordenada de RNAm, sÃntese de proteÃna e degradaÃÃo de proteÃna. Em conclusÃo, danos oxidativos em lipÃdios e proteÃnas estÃo estreitamente envolvidos no envelhecimento de sementes de caupi. Sementes de PitiÃba sÃo mais resistentes aos danos oxidativos induzidos por envelhecimento do que sementes de PÃrola. A resistÃncia de sementes de PitiÃba contra o envelhecimento parece estar relacionada à induÃÃo da expressÃo e atividade de CAT, sugerindo que esta enzima realiza uma funÃÃo protetora contra danos oxidativos.
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Demanda hídrica do caupi (Vigna unguiculata (L) Walp, cult. V-69) em área do trópico úmido brasileiro / Water requirements of cowpea (Vigna unguiculata (L) Walp, Cult. V-69) crops in a humid tropical area of BrazilIgreja, Sara Maria Siqueira da 22 December 1987 (has links)
No presente trabalho determinou-se experimentalmente o consumo de água de uma cultura do caupi (Vigna unguiculata (L) Wa1p), sem restrição hídrica no solo, em duas épocas de plantio (maio-julho e setembro novembro/ 1985) em Belem/PA 1°28 S, longitude 47°55 W e altitude 12,8 m acima do nível do mar). Para cada época foi medida a evapotranspiração máxima (ETm) através de evapotranspirômetros tipo Thornthwaite. Foram estimadas, para cada época, a evapotranspiração de referência pelos métodos de Penman, de Thornthwaite, do tanque classe A, de Hargreaves, de Linacre, de Benavides & Lopez, da radiação solar, de Turc e de Makking. Na segunda época foi também medida a evapotranspiração de referência (ETo) pelo uso de evapotranspirômetros cobertos com grama. Na comparação entre métodos de estimativa de ETo com os valores medidos desse parâmetro, na segunda época de plantio, verificou-se que os métodos de Makking e de Linacre forneceram valores estatisticamente diferentes dos medidos, enquanto o da radiação solar esteve no limite da significância estatística; os três forneceram sub-estimativas de ETo em relação aos valores medidos. Os outros métodos forneceram valores de ETo estatisticamente não diferentes dos medidos, mas o de Thornthwaite e o de Benavides & Lopez foram os que deram valores mais próximos aos de ETo medidos sendo que os de Penman e de Turc tenderam a fornecer sub-estimativas, enquanto o do tanque classe e o de Hargreaves tenderam a fornecer super-estimativas. A evapotranspiração máxima do caupi foi de 206,76 e 276,76 mm no ciclo, para a primeira e segunda épocas de plantio, respectivamente, com valores médios de 3,69 e 4,33 mm/dia. O maior consumo na segunda época pode ter sido de corrente de maiores valores de radiação global e de um número maior de plantas nos evapotranspirômetros nessa época. Os valores de coeficiente de cultura (Kc-relação ETm/ETo) variaram ao longo do ciclo da Caupi, partindo de valores em torno de 0,5-0,6 nos estádios iniciais até valores máximos nos estádios de emissão de botões florais, abertura das flores e formação das vagens, diminuindo posteriormente. Os valores máximos de Kc variaram entre 1,1 e 1,6 nas duas épocas de plantio, dependendo do método utilizado na estimativa de ETo. Os métodos de Makking, de Linacre e da radiação solar super-estimaram sistematicamente, os valores de Kc, além de fornecerem valores de Kc estatisticamente diferentes quando comparados com os valores de Kc obtidos via ETo medida, na segunda época de plantio. Os valores de Kc obtidos a partir dos outros métodos não diferiram estatisticamente do Kc obtido via ETo medido, sendo que o de Thornthwaite e o de Benavides & Lopez deram estimativas com menor desvio. Esses dois métodos, mais o de Hargreaves e o do tanque classe A foram os que forneceram valores máximos de Kc mais próximos dos valores sugeridos pela FAO para Phaseolus vulgaris L. (espécie da mesma família do caupi). / The water consumption was experimentally determined for a cowpea (Vigna unguiculata (L) Walp) crop, under condition of non-restricted soil water, at two planting times (May-July and September-November1985), in Belem - State of Pará (latitude 1°28'S, longitude 47°55'W and altitude 12.8 m above sea level). The·maximum evapotranspiration (ETm) was measured for each planting time through Thornthwaite-type evapotranspirometers. For each time the reference evapotranspiration was estimated by the methods of Penman, Thornthwaite, Class-A Pan, Hargreaves, Linacre, Henevides & Lopez, solar .radiation, Ture, and Makking. At the second planting time also the reference evapotranspiration (ETo) was measured with grass-covered evapotranspirometers. When estimated values of ETo were compared with the measured values it was observed that the methods of Makking and of Linacre provided values which were statistically different from those measured, s61ar radiation method reached the limit of while the statistical significance; the three methods under-estimated ETo as compared to the measured values. The other methods utilized provided ETo values which were not statistically different from those measured, but the' Thornthwaite method and Benevides & Lopez method provided values which were closest to the measured values of ETo; the methods of Penman and of Ture showed a tendency to give under-estimates, while the Class-A Pan method and the Hargreaves method showed a tendency to provide over-estimates. The maximum evapotranspiration for cowpea was 206.76 and 27676 mm during its cycle, for the first and the second planting times, respectively, with mean values of 3.69 and 4.33 mm/day. The higher consumption in the second planting time may be a consequence of higher values of solar radiation and of a larger number of plants on the evapotranspirometer at the time. The crop coefficient values (ratio ETm/ETo) varied along the cowpea cycle, from values around 0.5-0.6 in the early stages to maximum values at flower-budding, flowering and pod formation, subsequently decreasing. The maximum values of Kc varied from 1.1 to 1.6 in the two planting times, as a consequence of the method utilized for estimating ETo. The methods of Makking, of Linacre and of solar radiation systematically overestimated the Kc values in addition to showing statistically different Kc values, when compared with those obtained from the measured value of ETo at the second planting time. The Kc values obtained through the other methods did not statistically differ from the Kc values, obtained via measured ETo; the Thornthwaite method and the Benevides & Lopez method provided estimates with smaller deviations. The methods of Thornthwaite, Benevides & Lopez, Hargreaves and the Class-A Pan method provided maximum Kc values which were closest to the values suggested by FAO for Phaseolus vulgaris (a species of the same family of the cowpea).
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Prospecção in silico de esnaquinas no transcriptoma de duas leguminosas de importância econômica: soja e feijão-caupiLIMA, Marx Oliveira de 14 February 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014-02-14 / FACEPE / Esnaquinas são peptídeos antimicrobianos (AMPs, do inglês Antimicrobial peptide) pertencentes a família Snakin/GASA, compostos de cerca de 90 resíduos de aminoácidos e 12 cisteínas conservadas, cuja expressão pode ser constitutiva ou induzida por patógenos, conforme observado em Solanum tuberosum. O presente estudo objetivou catalogar genes codificadores para esnaquinas nos transcriptomas de Glycine max e Vigna unguiculata, bem como analisar suas estruturas e expressão, com vistas à identificação e triagem de elementos úteis para programas de melhoramento destas culturas e posterior uso biotecnológico dos peptídeos isolados. Utilizando sequências proteicas de membros da família Snakin/GASA, realizou-se uma busca por homólogos nos transcriptomas das culturas, representadas por etiquetas de sequências expressas (EST, Expressed Sequence Tag), RNA-Seq e bibliotecas de SuperSAGE, como também realizadas análises de genômica comparativa. Um total de 48 possíveis genes codificadores para esnaquinas foram identificados, sendo 20 na soja e 28 no feijão, apresentando grande homologia estrutural com genes desta família (Snakin/GASA), distribuídas em 15 dos 20 cromossomos da soja, bem como em 6 dos 11 cromossomos de Phaseolus vulgaris, refletindo possíveis rearranjos genômicos que as espécies sofreram. A expressão destes genes parece estar associada ao crescimento e desenvolvimento vegetal, resposta a infecção por patógenos e estresses abióticos. As análises de expressão serial mostraram que tanto para estresses bióticos como para abióticos, a expressão destes genes reflete padrões encontrados para a família. Além disso, através da análise de similaridade foi verificada uma ampla diversidade estrutural destes peptídeos antimicrobianos nas culturas estudadas, evidenciando sua diversidade funcional, potencializando seu uso biotecnológico. / Snakins are AMPs - antimicrobial peptides, belonging to the Snakin/GASA family, composed of about 90 aminoacids waste and 12 conserved cysteine, whose expression may be constitutive or induced by pathogens, as observed in Solanum tuberosum. The present study aims to catalogue snakin genes in the transcriptomes of Glycine max and Vigna unguiculata, as well as analyze its structure and expression, aiming the identification and screening of useful elements intending a biotechnological use of the isolated peptides. Using protein sequences from Snakin/GASA family members, it was performed a search for homologues in the cultures transcriptomes, represented by expressed sequence tags (EST), RNA-Seq and superSAGE libraries, we also performed a comparative genomic analysis. A total of 48 possible Snakins were identified, 20 on soybean and 28 on bean, presenting great structural homology with genes from this family (Sankin/GASA), disperse into 15 of the 20 soybean chromosomes, as much as 6 of 11 Phaseolus vulgaris chromosomes, reflecting possible genomic rearrangements in which the species suffered. The expression of these genes showed an association with growth, plant development, and in response to infection caused by pathogens and abiotic stress. The serial analysis shows that either for biotic or abiotic stress, the gene expression reflects patterns found for the family. Trough the similarity analysis it was verified a wide structural diversity of these antimicrobial peptides on the studied cultures, showing its functional diversity and enhancing its biotechnological use.
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Dessecação em pré-colheita na produtividade e qualidade fisiológica de sementes de feijão-caupi / Desiccation pre-harvest in productivity and physiological quality of cowpea seedsAssis, Miquéias de Oliveira 21 June 2016 (has links)
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Previous issue date: 2016-06-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O feijão-caupi é uma das fontes alimentares mais importantes para as regiões tropicais e subtropicais do planeta. Contudo, colher sementes de alta qualidade mecanicamente é um desafio para o produtor, pois, as plantas dessa espécie apresentam quantidade relativamente grande de folhas e ramos verdes, mesmo em final de ciclo, que dificultam substancialmente a utilização de colhedoras autopropelidas. Objetivou-se avaliar o efeito de épocas de dessecação e herbicidas dessecantes sobre a produtividade e a qualidade fisiológica de sementes de feijão- caupi. As épocas de dessecação foram estabelecidas com base na porcentagem de vagens das plantas com determinada coloração: E1 (50% das vagens com sementes formadas, mas ainda com coloração verde), E2 (70% das vagens na coloração roxa), E3 (90% das vagens na coloração marrom) e E4 (100% das vagens na coloração marrom). Usaram-se como dessecantes: paraquat, paraquat com reaplicação de paraquat após desfolha total das plantas (PQ+PQ), glufosinato de amônio, glyphosate com aplicação seguinte de paraquat após morte das plantas (G+PQ) e mistura paraquat+diuron. No tratamento controle não houve aplicação de dessecante e a colheita foi realizada com 100% de vagens na coloração marrom. Avaliou- se o grau de umidade das sementes, massa de cem sementes, teste de uniformidade, produtividade, no de dias de antecipação de colheita, germinação e vigor das sementes. A dessecação das plantas, nas épocas E1 e E2 afetou negativamente a produtividade de sementes em relação ao tratamento controle. Não houve diferença entre os tratamentos e o controle para a variavel emergência de plântulas. A dessecação com paraquat, glufosinato de amônio e mistura paraquat+ diuron, na época E3, permitiu a antecipação da colheita em 12 dias. Independente da época de aplicação, a qualidade fisiológica das sementes não foi afetada pelos herbicidas dessecantes. A aplicação dos dessecantes nas épocas E1 e E2 afetou negativamente a produtividade de sementes de feijão-caupi. A aplicação dos dessecantes paraquat, glufosinato de amônio e a mistura paraquat+diuron, na época E3, permitiu antecipar a colheita em 12 dias, sem afeta a produtividade e a qualidade fisiológica das sementes. / Cowpea is one of the most important food sources for tropical and subtropical regions of the planet . However , harvesting high quality seeds mechanically is a challenge for the producer , because the plants have relatively large amount of green leaves and branches, even in the final cycle, which substantially impair the use of self-propelled harvesters. This study aimed to evaluate the effect of desiccation epoch and desiccants on productivity and physiological quality of cowpea seeds. The desiccation epochs were established based on the percentage of pods of plants with determined coloring: E1 (50% of pods with formed seeds, but still green color), E2 (70% of pods purple in color), E3 (90 % of pods in brown color) and E4 (100% of pods in brown color). Were used as desiccants: paraquat, paraquat with reapplication of paraquat after total defoliation of plants (PQ + PQ), glufosinate-ammonium, Glyphosate with following application of paraquat after plant death (G + PQ) and mix paraquat + diuron. In the control treatment there was no desiccant application and harvest was performed with 100% of pods in brown color. We evaluated the degree of humidity of seeds, mass of one hundred seeds, uniformity test, productivity, number of days prior to harvest, germination and seed vigor. The desiccation of plants in the E1 and E2 epoch, negatively affected the seed yield compared to the control treatment. There was no difference between treatments and control for variable seedling emergence.The desiccation with paraquat, glufosinate ammonium and mixture paraquat + diuron at E3 time, allows early harvest in 12 days. Independent of the application epoch, seed quality was not affected by desiccants. The application of desiccants in epochs E1 and E2 negatively affected productivity of cowpea seeds. The application of paraquat desiccants, ammonium glufosinate and paraquat + diuron mixture at E3 epoch, allowed to anticipate the harvest in 12 days without affecting productivity and seed quality.
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Controles biofísicos da evapotranspiração em cultivo de feijão-caupi sob diferentes regimes hídricos no Nordeste Paraense, BrasilSOUZA, Daniely Florencia Silva de January 2018 (has links)
The cowpea (Vigna unguiculata (L.) Walp.) Is one of the main legumes grown in Brazil, however, the crop has a low average productivity, mainly due to the climatic conditions that represent one of the main limiting factors of the productivity of this culture. Although cowpea is a relatively drought tolerant species, water deficit can cause a considerable reduction in productivity, characterizing it as one of the major barriers to crop consolidation in Brazil. The exchange of water vapor between the crop and the atmosphere is controlled by the climatic conditions and surface characteristics. Therefore, the objective of this study was to analyze the variations of the decoupling factor of the atmosphere for the irrigated cowpea during the reproductive phenological stages of the crop in northeast of Para. The study was conducted in the municipality of Castanhal, Northeast of the state of Pará, in cowpea cv. BR3-Tracuate, in the years 2013, 2014 and 2015 submitted to four treatments of irrigation slides (T100 - replacement of 100% of crop evapotranspiration (ETc); T50 - 50% replacement of ETc; T25 - 25% of ETc and T0 - 0% replacement of ETc). The meteorological data were collected by sensors installed in a micrometeorological tower located in the center of the experimental area. The following meteorological variables were monitored: air temperature and humidity, incident solar radiation, atmospheric pressure, wind speed, precipitation and soil moisture. The biosphere-atmosphere interaction in the processes of vegetal evapotranspiration that allows to distinguish the factors that influence the exchange of water vapor with the atmosphere was estimated by the decoupling factor (Ω). The values of Ω were always higher than 0.5 for all the treatments tested and in the three years of study, evidencing a moderate to high decoupling between the culture and the atmosphere, so that the water vapor exchange process was controlled by the energy supply, rather than stomatal control. However, for the treatment without irrigation this control was less expressive. / O feijão-caupi (Vigna unguiculata (L.) Walp.) é uma das principais leguminosas cultivadas no Brasil, contudo, a cultura apresenta uma produtividade média baixa, sobretudo devido as condições relacionadas ao clima que representam um dos principais fatores limitantes a produtividade desta cultura. Apesar do feijão-caupi ser uma espécie relativamente tolerante à seca, o déficit hídrico pode ocasionar considerável redução na produtividade, caracterizando-se como uma das maiores barreiras para a consolidação da cultura no País. A troca de vapor d’água entre a cultura e a atmosfera é controlada pelas condições climáticas e as características da superfície. Por isso, objetivou-se através do presente estudo, analisar as variações do fator desacoplamento da atmosfera para o feijão-caupi irrigado durante os estádios fenológicos reprodutivos da cultura no nordeste paraense. O estudo foi conduzido no município de Castanhal, Nordeste do estado do Pará, em cultivo de feijão-caupi cv. BR3-Tracuateua, nos anos de 2013, 2014 e 2015 submetidos à quatro tratamentos de lâminas de irrigação (T100 – reposição de 100% da evapotranspiração de cultura (ETc); T50 – reposição de 50% da ETc; T25 – reposição de 25% da ETc e T0 – reposição de 0% da ETc). Os dados meteorológicos foram coletados por sensores instalados em uma torre micrometeorológica alocada no centro da área experimental. Foram monitoradas as seguintes variáveis meteorológicas: temperatura e umidade do ar, radiação solar incidente, pressão atmosférica, velocidade do vento, precipitação e umidade do solo. A interação biosfera-atmosfera nos processos de evapotranspiração vegetal que permite distinguir os fatores que influenciam a troca de vapor d’água com a atmosfera foi estimada por meio do fator de desacoplamento (Ω). Os valores de Ω foram sempre maiores que 0,5 para todos os tratamentos testados e nos três anos de estudo, evidenciando um desacoplamento de moderado a alto entre a cultura e a atmosfera, de modo que o processo de troca de vapor d’água foi controlado pelo suprimento de energia, ao invés do controle estomático. Porém, para o tratamento sem irrigação esse controle foi menos expressivo.
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