Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-13T13:05:25Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Alexandre P. Almeida.pdf: 2445427 bytes, checksum: 70fa6522a85c67acdc86d3fa2c070809 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-13T13:05:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Alexandre P. Almeida.pdf: 2445427 bytes, checksum: 70fa6522a85c67acdc86d3fa2c070809 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-13T13:05:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Alexandre P. Almeida.pdf: 2445427 bytes, checksum: 70fa6522a85c67acdc86d3fa2c070809 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-13T13:05:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Alexandre P. Almeida.pdf: 2445427 bytes, checksum: 70fa6522a85c67acdc86d3fa2c070809 (MD5) Previous issue date: 2011-03-30 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / In this study, we evaluate the effects of spatial and environmental factors on the structure of tadpole assemblages in Central Amazonia testing the following hypotheses: (1) environmental factors are more important than spatial ones in tadpole richness distribution and (2) habitat structure variables are more important than biotic variables in tadpole richness distribution. Tadpoles were sampled at 20 riparian plots between February and June 2010. Spatial and environmental components explained the major part of the variation in observed and estimated tadpole richness, respectively. Among all fitted models, the best model that explains species richness distribution is the one that contains only the number of ponds. Our results showed that tadpole richness in streamside ponds is influenced by niche-based processes and can be explained by local factors related to habitat structure. Predator density was not an important biotic factor in our study, contradicting the results found by other studies conducted in tropical areas. However, neutral processes are also important because spatial variation can explain the spatial distribution of species richness, probably as a result of dispersal limitation. Therefore, our results contribute to understanding of the local and landscape features which influence the amphibian species diversity in a tropical forest / No presente estudo avaliamos o efeito de fatores espaciais e ambientais na estrutura da assembléia de girinos em uma área da Amazônia Central testando as seguintes hipóteses: (1) fatores ambientais são mais importantes que fatores espaciais na distribuição da riqueza de girinos; e (2) variáveis abióticas (estrutura do habitat) são mais importantes que variáveis bióticas (predação) na distribuição da riqueza de espécies de girinos. Girinos foram coletados em 20 parcelas ripárias entre os meses de fevereiro a junho de 2010. Os componentes espaciais e ambientais explicaram a maior parte da variação encontrada para a riqueza observada e estimada de girinos respectivamente. Entre todos os modelos ajustados, o melhor modelo que explicou a distribuição da riqueza de espécies é o que contem apenas a variável Número de poças. Nossos resultados mostram que a riqueza de espécies de girinos em poças de áreas ripárias é influenciada por processos baseados em nicho e pode ser explicada por fatores locais relacionados à estrutura do habita. No presente estudo a densidade de predadores não se apresentou como um fator biótico importante, diferente do que foi encontrado em outros estudos realizados em regiões tropicais. No entanto, processos neutros também são importantes, uma vez que a variação espacial pôde explicar a distribuição espacial da riqueza de espécies, possivelmente como resultado da limitação da dispersão das espécies. Portanto, nossos resultados contribuem para o entendimento dos fatores locais e da paisagem que influenciam a diversidade de espécies de anfíbios em florestas tropicais.

Submitted by bruna ortiz (brunaortiz.f@gmail.com) on 2016-07-04T13:23:51Z No. of bitstreams: 1 Dissertação-Gisiane R. Lima.pdf: 2658393 bytes, checksum: ad7192984a0e2312329813835b3b2a1d (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-07-21T13:17:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação-Gisiane R. Lima.pdf: 2658393 bytes, checksum: ad7192984a0e2312329813835b3b2a1d (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-07-21T13:21:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação-Gisiane R. Lima.pdf: 2658393 bytes, checksum: ad7192984a0e2312329813835b3b2a1d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-21T13:22:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação-Gisiane R. Lima.pdf: 2658393 bytes, checksum: ad7192984a0e2312329813835b3b2a1d (MD5) Previous issue date: 2016-01-22 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Riverine forests, locally known as varzeas, represent the second main habitat in terms of area of the Amazon basin. The varzeas are directly influenced by the seasonal flooding caused by raise of the level of the rivers, and reveal a series of different riverine habitats which have specific avifaunas and are directly influenced by a flooding gradient. In the rio Branco basin, these habitats include the rivers themselves, as well as beaches, sandbars, riverine florests, flooded and transitional forests. On the upper rio Branco, flooded forests are replaced by gallery forests. The main goal of this study was to describe the association between those different habitats and the avifauna, and understand how these animal assemblages are functionally and phylogenetically structured. Specifically, I aimed to i) describe patterns of species richness across different riverine habitats; ii) describe how the structural complexity of habitats found along a flooding gradient determines patterns of functional and phylogenetic diversity; iii) compare and relate different diversity metrics (species richness, and functional and phylogenetic diversity); and iv) identify which functional traits are selected by the different habitats. To reach these goals, we conducted three expeditions into the rio Branco from 2012 to 2014. Where we conducted systematic avian surveys across the entire length of the river. Overall, we detected 315 bird species during our surveys, and these were used for all the analyses. To define the list of bird species that occur in each habitat, we complemented the result of our surveys with mist-nets and specimen collections. These specimens were used to obtain morphological measurements related to different functional traits of each species, including measurements of mass, bill length, height, and width, lenght of the tarsus, tail, and nail, and the kipp index, a measurement of flying capacity. To describe phylogenetic diversity, I used data from Jetz et al. (2012) to built a tree with all the 315 species. Our results showed that forest habitats presented higher species richness than relatively simpler habitats, such as rivers, beaches and sand banks.However, bird assemblages associated to rivers and beaches presented higher levels of functional and phylogenetic diversity, showing no correlation between species richness and other diversity metrics. Some functional traits were clearly associated to different habitats; for ex., larger birds with longer bills and tarsi were clearly associated to rivers and beaches, likely related to the life style of aquatic birds and shorebirds. On the other hand, taller and wider bills, typical of granivorous birds, dominated sandbar scrubs. Smaller birds with shorter bills and tarsi were associated to forested environments. This study shows that habitats affect bird species composition, filtering morphologic traits and selecting which species can leave in each habitat. In general, we found a high degree of species especialization, given that 1/3 of the species were exc;usive of certain habitats. This habitat especificity turns riverine birds vulnerable to changes in river hydrology, and changes in riverine habitats due to human interventions can affect dramaticaly the avifauna of the varzeas. / As várzeas amazônicas representam o segundo principal habitat da bacia em termos de área, e se caracterizam por serem alagadas anualmente pelo pulso de inundação resultante do padrao de chuvas da região. As várzeas revelam uma série de ambientes ribeirinhos que são diretamente influencidos por um gradiente de alagamento, e que possuem avifaunas específicas, muitas vezes exclusivas de cada ambiente. Na bacia do Rio Branco, estes ambientes incluem os proprios rios, as praias, bancos de areia com gramíneas e arbustos, embaubais, florestas de várzea, e florestas de transição. Na região do alto rio Branco, as florestas de várzea são substituidas pela florestas de galeria. O principal objetivo deste estudo foi descrever a relação entre as espécies de aves e os ambientes ribeirinhos na bacia do rio Branco, e estudar como as comunidades de aves desses diferentes ambientes se estruturam funcional e filogeneticamente. Especificamente, procurou-se i) avaliar a riqueza de espécies de aves associadas aos diferentes ambientes ribeirinhos do rio; ii) descrever como a complexidade estrutural dos ambientes de várzea encontrados ao longo do gradiente de alagamento determina a diversidade filogenética e funcional das assembleias de aves; iii)_comparar e relacionar diferentes métricas de diversidade de aves (riqueza de espécies, diversidade filogenética e funcional) nos ambientes sucessionais de várzea; e iv) identificar as características funcionais que mais se relacionam aos diferentes ambientes. Para atingir esses resultados, foram realizadas três expedições onde foram realizados inventários padronizados de aves na bacia do rio Branco entre 2012 e 2014. Ao todo, foram registradas 315 espécies de aves durante os censos, as quais foram usadas para as análises. Para definir a lista de espécies que ocorre em cada um dos habitats, os dados obtidos dos censos foram complemantados com capturas com redes de neblina e coleta de especimes. Estes especimes foram usados para obter medidas da morfologia, as quais estariam ligadas às características funcionais de cada espécie, incluindo medidas de peso, comprimento, largura, e altura do bico, comprimento do tarso, cauda e unha, e o índice de kipp, um medida relacionada com a capacidade de voo. Para descrever a diversidade filogenética, foi gerada uma ávore filogenética com dados de terceiros, incluindo as 315 espécies. Os ambientes florestais apresentaram maior riqueza de espécies do que ambientes relativamente mais simples, como ambientes aquáticos, as praias e os bancos de areia. Entretanto, as assembleias de aves associadas aos rios e praias apresentaram maior diversidade filogenética e funcional, mostrando que não existe uma correlação clara entre a riqueza de espécies e a diversidade funcional e filogenética. Alguns atributos funcionais estao claramente associados com os diferentes ambientes da várzea; por ex., aves maiores, bicos e tarsos mais compridos estão associados com os ambintes aquáticos e as praias, diretamente relacionados com o estilo de vida das aves piscívoras ou limícolas, que constituem em sua maioria estes ambientes. Por outro lado, bicos mais altos e largos, típicos de aves granívoras, ocorrem principalmente nos bancos de areia com gramíneas. Aves menores, com bicos e tarsos curtos estão claramente associados com os ambientes florestais. Este trabalho mostra que os ambientes afetam a composição de espécies e filtram dimensões morfológicas funcionais das aves, selecionando espécies. Em termos gerais, este estudo aponta um elevado grau de especializacao da avifauna da várzea, pois cerca de 1/3 das espécies são exclusivas de pelo menos um tipo de ambiente. Esta especificidade de ambiente torna as aves ribeirinhas vulneráveis a mudanças na hidrologia dos rios, que pode afetar de forma drástica a avifauna dos ambientes ribeirinhos.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-11-29T13:20:47Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Rogério de O. Neves.pdf: 1385774 bytes, checksum: ffa92314f32d6b5261145ca973e972c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-11-29T13:21:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Rogério de O. Neves.pdf: 1385774 bytes, checksum: ffa92314f32d6b5261145ca973e972c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-11-29T13:21:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Rogério de O. Neves.pdf: 1385774 bytes, checksum: ffa92314f32d6b5261145ca973e972c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-29T13:21:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Rogério de O. Neves.pdf: 1385774 bytes, checksum: ffa92314f32d6b5261145ca973e972c7 (MD5) Previous issue date: 2013-03-11 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The microorganisms of the community aquatic system of the Solimões and Negro rivers, as well as the diversity of these ecosystems have not been thoroughly investigated so far. The aim of this study was to characterize the bacterial microbiota of the Negro River in relation to seasonality, both in its quantitative aspect (forming units count colonies - CFUs) and qualitative (taxonomic identification via DNA sequencing RNA encoding small ribosomal subunit SSU -rRNA). Negro River water samples were collected at five different points on 4 and 5 depths dates from different times of the year, and all samples CFUs were counted. Total DNA was extracted from the biomass contained in the water of the Negro in full periods (N2) and receding (RN3) and analyzed spectrophotometrically and by agarose gel electrophoresis 0.8%. They were amplified variable regions V3 and V4 SSU-rRNA PCR (Reaction Polymerase Chain DNA) and the amplicons were sequenced by pyrosequencing using equipment 454 (Roche®). Files (reading DNA) of RN2 and Rio Negro RN3 libraries were submitted to the Mothur program suite for quality control, alignment of sequences, calculation of genetic distances and definition of Operational Taxonomic Units - OTUs, plus an estimate of the richness and diversity of species. The CFU count was possible to compare the number of culturable bacteria in the different collection points and due to seasonality. By molecular analysis we found that the phylum Proteobacteria proved dominant in these two collections of the river (full and low tide), the dominant genera of this phylum in full were Limnohabitans, methylomonas, and other expressive filo was Acidobacteria the GP3 race. In the ebb period abundant genera were Polynucleobacter, Acinetobacter and Curvibacter within the phylum Proteobacteria. Rarefaction curves demonstrated that RN3 library is more diverse in number of species than the RN2 library and confirmed by Shannon and InvSimpson index. It can be seen from the ACE 1 indexes and Cha RN3 the library is richer in species compared to RN2. / A comunidade de microrganismos do sistema aquático dos rios Solimões e Negro, bem como a diversidade destes ecossistemas não foram exaustivamente estudadas até o momento. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a microbiota bacteriana do rio Negro em relação a sazonalidade, tanto em seu aspecto quantitativo (contagem de Unidades Formadoras de Colônias - UFCs) e no qualitativo (identificação taxonômica via sequenciamento do DNA codificador do RNA de pequena subunidade ribossomal SSU-rRNA). Amostras de água do rio Negro foram coletadas em cinco diferentes pontos, em 4 profundidades e em 5 datas de diferentes épocas do ano, sendo que de todas amostras as UFCs foram contadas. O DNA total foi extraído da biomassa contida na água do rio Negro em períodos de cheia (RN2) e vazante (RN3) e analisado espectrofotometricamente e por eletroforese em gel de agarose 0,8%. Foram amplificadas as regiões variáveis V3 e V4 do SSU-rRNA por PCR (Reação em Cadeia da DNA Polimerase) e os amplicons foram sequenciados por pirosequenciamento utilizando o equipamento 454 (Roche®). Os arquivos brutos das bibliotecas RN2 e RN3 do Rio Negro foram submetidas à suíte do programa Mothur para o controle de qualidade, alinhamento das sequências, cálculo das distâncias genéticas e definição das Unidades Taxonômicas Operacionais – OTUs, além de, estimativa da riqueza e diversidade das espécies. Pela contagem de UFCs foi possível comparar o número de bactérias cultiváveis nos diferentes pontos de coleta e em função da sazonalidade. Pela análise molecular verificou-se que o filo Proteobacteria mostrou-se dominante nestas duas coletas do rio (cheia e vazante), os gêneros dominantes deste filo na cheia foram Limnohabitans, Methylomonas, e outro filo expressivo foi Acidobacteria do gênero Gp3. No período de vazante os gêneros abundantes foram Polynucleobacter, Acinetobacter e Curvibacter, dentro do filo Proteobacteria. As curvas de rarefação demonstraram que a biblioteca RN3 é mais diversa em número de espécies do que a biblioteca RN2 e confirmado pelo índice de Shannon e InvSimpson. Pode-se observar a partir dos índices de ACE e Cha 1 que a biblioteca RN3 é mais rica em espécies comparada com a RN2.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-01T19:40:07Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Lucas Gabriel A. Pereira.pdf: 8559526 bytes, checksum: b0f6ba0982104d5a1057b1207b6f4c0e (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-01T19:40:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Lucas Gabriel A. Pereira.pdf: 8559526 bytes, checksum: b0f6ba0982104d5a1057b1207b6f4c0e (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-01T19:40:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Lucas Gabriel A. Pereira.pdf: 8559526 bytes, checksum: b0f6ba0982104d5a1057b1207b6f4c0e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-01T19:41:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Lucas Gabriel A. Pereira.pdf: 8559526 bytes, checksum: b0f6ba0982104d5a1057b1207b6f4c0e (MD5) Previous issue date: 2015-10-09 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The width of riparian zones and its conservation has been topic of discussion in political and scientific circles. The Brazilian Forest Code (BFC), which regulates creation of Permanent Protection Areas (PPA) prescribes protection of riparian vegetation up to 30 m on both stream sides. Studies conducted in Central Amazon showed that this width is not efficient in maintaining plant and animal biodiversity and ecosystem processes associated to them. We investigated the influence of distance to the stream on bat guild and species abundance, number and composition. We hypothesize that bat assemblage changes with distance to the stream. We believe that this change occurs at species composition level with increasing abundance, mainly of frugivorous and nectarivorous bats in areas close to streams. Bats were captured with mist-nets in 24 riparian plots and 25 non-riparian plots within a trail grid in a primary terra-firme forest at northeast of Manaus, Amazonas State, Brazil. Each plot was sampled thrice in 7056 net-hours. A total of 1.138 bats were captured, composing 51 species, five families and five trophic guilds. We used model selection by AIC (Akaike Information Criterion) in linear and piecewise regressions to estimate existence of ecological threshold for bat assemblage. For animalivorous and nectarivorous bat abundance, quantitative and qualitative species composition and guild composition, piecewise models with one breakpoint were more parsimonious and had greater Akaike weights than linear models. Animalivorous bat abundance was higher close to the stream up to 181 m and frugivorous bat abundance decreased up to 50 m of distance to the stream. The change on animalivorous bat abundance suggests that feeding areas away from streams may provide enough food to maintain more individuals of that guild and the opposite of that may occur for frugivorous bat abundance. The width of riparian zone recognized by bat species was up to 114 m of distance to the stream and was given by qualitative composition model. Given this width, requirements of 30 m for forest protection in riparian PPAs with streams of up to 10 m do not incorporate composition of bat species in riparian areas. Clearing of vegetation after 30 m allowed by law reduces 380% of riparian forest habitat that is necessary for conservation of bat assemblage in riparian zones. Ecological thresholds obtained from studies in primary forests at community level, combined with landscape descriptors suitable to animal and plant species ecology should be an effective strategy to predict width of riparian habitats necessary for biodiversity preservation. / A largura das zonas ripárias e sua conservação tem sido assunto de discussões no meio científico e político. O Código Florestal Brasileiro (CFB), que regulamenta a criação de Áreas de Proteção Permanente, determina a proteção de até 30 m de vegetação ripária em ambos os lados de pequenos riachos. Estudos realizados na Amazônia Central verificaram que esta largura não é eficiente em preservar a biodiversidade de alguns grupos animais e vegetais e processos ecossistêmicos associados a eles. Nós investigamos a influência da distância ao riacho sobre a abundância, número e composição de espécies e guildas tróficas de morcegos. A nossa hipótese é que a assembleia de morcegos muda com a distância ao riacho. Nós acreditamos que essa mudança se dê no nível de composição de espécies com o aumento da abundância, principalmente dos morcegos frugívoros e nectarívoros, nas áreas próximas aos riachos. Morcegos foram capturados com redes de neblina em 24 parcelas ripárias e 25 parcelas não-ripárias inseridas em uma grade de trilhas em uma floresta primária de terra firme a nordeste de Manaus, Estado do Amazonas, Brasil. Cada parcela foi amostrada três vezes, totalizando 7.056 horas-rede. Ao total foram capturados 1.138 morcegos, distribuídos em cinco famílias e 51 espécies, compondo cinco guildas tróficas. Utilizamos seleção de modelos por AIC (Akaike Information Criterion) nas regressões lineares e piecewise para estimar a existência de um limiar ecológico para a assembleia de morcegos. Para abundância de animalívoros e frugívoros, composição quantitativa e qualitativa de espécies e composição de guildas tróficas os modelos piecewise com um ponto de quebra foram mais parcimoniosos e tiveram maior peso do que os modelos lineares. A abundância dos morcegos animalívoros foi maior na região próxima ao riacho até 181 m e a abundância de morcegos frugívoros diminuiu até 50 m. Essa mudança na abundância de animalívoros sugere que áreas de forrageio mais afastadas do riacho devem fornecer alimento suficiente para manter maior número de indivíduos dessa guilda trófica e o inverso deve acontecer para os frugívoros. A largura da zona ripária reconhecida pelas espécies de morcegos foi de 114 m de distância ao riacho e foi dada pelo modelo de composição qualitativa. Considerando essa largura, as prescrições do CFB para proteção de 30 m de floresta em APP’s ripárias com riachos de até 10 m não incorporam a composição das espécies de morcegos de áreas ripárias. O desmatamento da vegetação depois de 30 m permitido pela legislação reduz 380% do habitat de floresta ripária necessário para a manutenção da assembleia de morcegos em zonas ripárias. Limiares ecológicos obtidos de estudos de comunidades em florestas primárias, combinados com descritores da paisagem apropriados à ecologia de espécies vegetais e animais devem constituir uma estratégia eficiente para prever a largura de habitats ripários necessária à preservação da biodiversidade.