Made available in DSpace on 2015-03-05T13:53:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 3 / Universidade do Vale do Rio dos Sinos / A expressão dos genes em procariotos é desencadeada quando a enzima RNApolimerase interage com uma região adjacente ao gene, chamada de promotor, onde se encontram os principais elementos regulatórios do processo de transcrição. Apesar do crescente avanço das técnicas experimentais em biologia molecular, caracterizar e identificar um número significante de promotores, presentes em um dado genoma, continua sendo uma tarefa demorada e cara. Abordagens in silico são bastante utilizadas para reconhecer essas regiões em procariotos. Entretanto, além do alto número de falsos positivos obtidos, elas enfrentam a inexistência de um número adequado de promotores conhecidos para identificar padrões conservados entre as espécies. Logo, um método criterioso e confiável para predizêlos em qualquer organismo procariótico ainda é um desafio. Esta dissertação propõe um protocolo de uso de hidden Markov models (HMMs) que emprega Estimação de Limiar de Decisão (ELD) e Análise de Discriminação (AD) neste problema. Quatro espécie / Gene expression on prokaryotes initiates when the RNA-polymerase enzyme interacts with DNA regions called promoters. In these regions are located the main regulatory elements of the transcription process. Despite the improvement of in vitro techniques for molecular biology analysis, characterizing and identifying a great number of promoters on a genome is a complex task. In silico approaches are usually employed to recognize theses regions on prokaryotes. Nevertheless, the main drawback is the absence of a large set of promoters to identify conserved patterns among the species. Hence, a in silico method to predict them on any species is a challenge. This work proposes a protocol to use hidden Markov models (HMMs) methodology with Decision Threshold Estimation and Discrimination Analysis on this problem. Four prokaryotic species are investigated (Escherichia coli, Bacillus subtilis, Helicobacter pylori e Helicobacter hepaticus). The influence of different aspects in the recognition and prediction are examined:

Made available in DSpace on 2015-03-05T13:53:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Esse trabalho tem por objetivo apresentar um modelo para geração e animação de céus em tempo-real, onde as nuvens possuem uma representação volumétrica e sua visualização é feita através de billboards. A iluminação das nuvens utiliza vertex-shaders e uma técnica de absorção de luz similar a ray-casting. A principal aplicação deste modelo é em jogos e entretenimento interativo, onde grandes áreas de natureza são exibidas e portanto faz-se necessário uma representação realista do céu. As principais contribuições deste trabalho são: a geração semi-automática de modelos tridimensionais de nuvens, iluminação das nuvens levando-se em conta a perda de energia da luz no interior da nuvem e o conceito de variação climática. / The objective of this work is to present a model for generation and animation of skies, in real-time, where clouds have a volumetric representation implemented using billboards. Clouds illumination performed using vertex-shader and a technique of light absorption similar to ray-casting algorithms. The main application of the model is for games and interactive entertainment, where large areas of nature must be visualized in a realistic representation. The main contributions of this work are: semi-automatic generation of three-dimensional clouds models, cloud illumination using a technique of light absorption to simulate dark areas of the cloud and the concept of climatic variation.

Made available in DSpace on 2015-03-05T13:53:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Este trabalho apresenta um modelo para síntese de texturas a partir de amostras, mais especificamente para síntese de texturas com elementos que variam progressivamente ao longo da textura, conhecidas como Progressively-Variant Textures (PVT). Este tipo de textura é comum na Natureza, particularmente na pelagem de animais como leopardos. Os algoritmos de síntese existentes, na grande maioria, não permitem qualquer controle sobre o resultado final, ou então, os que permitem, são limitados ou tem problemas de performance inerente ao método de síntese utilizado (pixel-a-pixel). Para resolvermos estes problemas, propomos um algoritmo baseado numa nova unidade de síntese: o texel. O nosso algoritmo sintetiza uma nova textura agrupando texels que satisfazem um critério de similaridade numa vizinhança. As características de uma PVT são obtidas com transformações afim e operações morfológicas aplicadas sobre os texels e definidas pelo usuário. Os resultados obtidos apresentam uma ótima qualidade visual para uma / We present a model for texture synthesis from samples, particularly for synthesis of textures with smooth variation of the texture elements, known as Progressively-Variant Textures (PVT). This type of textures is common in Nature, specially in animal coat markings such as leopards. Current solutions, for the most part, do not allow much control by the user or the ones which do allow control are limited or have problems due to the pixel-at-a-time nature of synthesis. We address these problems with the introduction of an algorithm based on a new building block for synthesis: the texel. Our solution builds a new texture grouping texels which satisfy a neighborhood similarity criterion. The PVT features are introduced with affine transformations and morphological operators defined by the user and applied to the texels. The results show a good visual quality for a large number of sample textures, including cases where current solutions for natural textures fail. Besides, the many possibilities for variation of te

Made available in DSpace on 2015-03-05T13:56:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 14 / Nenhuma / Aplicações Peer-to-Peer (P2P) vêm ganhando espaço em ambientes acadêmicos e, sobretudo, corporativos. Nesses ambientes, a ampla adoção de tais aplicações está condicionada ao atendimento de diversos requisitos de segurança, como autenticação, con-fidencialidade e autorização. Existem algumas soluções que buscam suprir necessidades isoladas de segurança, mas possuem a desvantagem de não poderem ser usadas de maneira integrada e exigirem do usuário e do programador das aplicações a manipulação de uma interface de programação complexa, seguida de uma configuração exaustiva. Esta disser tação apresenta uma arquitetura de segurança que isola da aplicação P2P e do middleware de comunicação subjacente a implementação e a configuração dos aspectos de segurança. Esses são atendidos através de módulos isolados que implementam técnicas de segurança já consolidadas. A arquitetura foi implementada tendo como base JXTA, um middleware P2P bastante disseminado. Como estudo de caso, a arquitetura foi incorporada ao Our-Gri / Peer-to-peer (P2P) applications are becoming increasingly important in academic environments and, in particular, corporative ones. In such environments, the wide adop- tion of P2P applications is subject to the fulfilment of several security requirements, including authentication, confidentiality, and authorization. There exist approaches that aim to provide specific security needs, but have two disadvantages: cannot be employed integratedly, and require the user/application programmer to manipulate a complex pro- gramming interface, followed by a cumbersome configuring process. This thesis presents a security architecture that isolates from the P2P application and the underlying com- munication middleware the implementation and configuration of security aspects. The latter are achieved through independent modules that implement well-known security techniques. The architecture was implemented using JXTA, a popular P2P middleware. As a study case, the architecture was incorporated to OurGrid, an applicati

Made available in DSpace on 2015-03-05T13:56:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 20 / Hewlett-Packard Brasil Ltda / Este trabalho apresenta um modelo para extrair informações do mundo real, capturadas com a utilização de técnicas de visão computacional, no que tange acompanhamento de indivíduos, com o fim de simular e validar comportamentos de multidões de humanos virtuais. Uma grande dificuldade ao se tentar reproduzir de forma realista (por meio de simulação) o comportamento de uma multidão em um determinado espaço é informar para o modelo de simulação todos os atributos necessários para descrever o movimento das pessoas virtuais. Além das características individuais e coletivas das pessoas poderem produzir uma grande variedade de comportamentos, tornando sua modelagem complexa, o espaço também contém restrições que podem interferir no comportamento das pessoas. Neste trabalho é proposto um modelo onde pessoas do mundo real têm suas trajetórias capturadas de forma automática. Numa etapa de pós-processamento, as trajetórias capturadas são utilizadas para gerar campos de vetores velocidade que serão utilizados para aux / This study presents a model to extract information from the real world using computer vision techniques. In particular, we use tracking algorithms to extract the trajectories of filmed people, aiming to simulate and validate the behavior of virtual human crowds.A great challenge when trying to reproduce in a realistic manner (by means of simulation) the behavior of a crowd in a determined space is to inform to the simulation model all necessary attributes to describe the movement of virtual people. Individual and general features of people can produce a great variety of behaviors, making its modeling complex. Furthermore, the space also contains restrictions that can interfere on people behavior. In this study it is proposed a model in which people from the real world have their trajectories captured in an automatic manner. In a post-processing step, captured trajectories are used to generate velocity fields that will be used to help in the calculation of virtual human movement, providing more realistic s

Made available in DSpace on 2015-03-05T13:56:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 14 / Hewlett-Packard Brasil Ltda / Atualmente o uso de aglomerados de computadores para fins de alto desempenho tem aumentado. Contudo, a programação desse tipo de arquitetura não é trivial. Pois,além de desenvolver a aplicação, detectar e explicitar a concorrência nela existente, o programador também é responsável por implementar o escalonamento de sua aplicação para efetivamente usar o paralelismo dos aglomerados. Existem ferramentas que se propõem a solucionar esses problemas; a ferramenta de programação Anahy é uma destas. Este trabalho se propõe a implementar um módulo para Anahy com fins de provêla de suporte à execução em ambientes dotados de memória distribuída. Para isso seu núcleo executivo foi estendido para que se possa ter acesso as estruturas de dados imprescindíveis à distribuição da carga computacional. Também será necessário desenvolver um mecanismo de comunicação entre os nós do aglomerado para que estes troquem as informações necessárias para o andamento da computação. Por fim, o módulo desenvolvido é avaliado através do / Lately, the usage of computer clusters has increased. However, programming for this class of architecture is non trivial. This happens due the fact that, besides programming the application, detecting and specifying its concurrency, the programmer is also responsible for coding the scheduler of the application so it can use computer clusters efficiently. There are programming tools that propose solutions for these problems, one of these tools is Anahy. This work proposes an extension for Anahy runtime in order to provide support for distributed memory environments. In order to achieve this objective, the execution core of Anahy is extended so the necessary data structures can be accessed by this module. It is also necessary to develop a comunication mechanism among the nodes of the cluster so they can exchange the necessary information to complete the computation. Finally, the module is evaluated using a synthetic application. Through this evaluation, the module is analyzed relating to its usability in the

Made available in DSpace on 2015-03-05T13:56:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 23 / Hewlett-Packard Brasil Ltda / Contabilizar e caracterizar o uso de grades computacionais constitui uma tarefa de gerenciamento indispensável, especialmente quando essas grades são usadas em larga escala, envolvendo várias instituições e participantes. As soluções de gerência de grades existentes atualmente são limitadas: (a) por se destinarem a monitorar apenas o estado dos recursos que compõem o ambiente (como consumo de memória e espaço de armazenamento em disco),omitindo dados estatísticos e históricos sobre a execução de aplicações; (b) por não oferecem suporte à coleta, ao processamento e à consolidação de informações que são geradas por diferentes tecnologias de grade; e (c) por não oferecem um esquema seletivo para a divulgação das informações gerenciais que são obtidas. Para suprir as lacunas recém mencionadas, esta dissertação propõe uma abordagem baseada em políticas para contabilização e caracterização de uso de grades computacionais compostas por sistemas heterogêneos. A abordagem proposta se materializa através de uma arquit / Accounting and characterizing the use of computational grids constitutes a management task of paramount importance, especially when they are used in large scale, involving many institutions and participants. Current grid computing management solutions are limited since they: (a) solely monitor the status of environment resources (like CPU and disk space consumption), omitting statistical and historical data about the execution of applications; (b) do not offer support for gathering, processing and consolidation of information that is generated by heterogeneous grid technologies; and (c) do not allow the specification of policies to distribute the collected information. To fullfil this gap, this work proposes an approach based on polices to account and characterize usage of grid computing infrastructures, even when such grids are formed by heterogeneous middleware. The approach is materialized through an architecture based on the Web Services Distributed Management standard. This work presents the architec

Made available in DSpace on 2015-03-05T13:56:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 13 / Hewlett-Packard Brasil Ltda / O avanço do poder computacional de dispositivos móveis e a popularização destes equipamentos, tem avançado a demanda por uma nova classe de aplicações: aplicações móveis. Com isso, surgem novos modelos de programação que buscam explorar um novo cenário computacional. Com o objetivo de explorar ao máximo a característicade mobilidades dos dispositivos recém mencionados, temos como resultado, a materialização de modelos de programação em estruturas computacionais, implementadas por ferramentas de desenvolvimento e suporte à execução de software. Esta dissertação apresenta um estudo sobre estas ferramentas de suporte a execução de aplicação móveis, tendo como foco a exploração do ambiente de computação móvel MHolo. Para isso, foi construída uma aplicação móvel real, denominada "Acompanhamento de um Evento Científico", que abrange mobilidade, distribuição e consciência ao contexto. O modelo para esta aplicação foi baseado em um evento científico genérico e, como apectos de trabalho, este modelo foi mapeado e impl / The growth of computational power in mobile devices and the popularization of these devices, has introduced the need of a new class of applications: mobile applications. As a consequence, the number of programming models which try to explore a new computational scenery. Aiming to explore the mobility of such devices at their maximum, we have as result, the materialization of programming models in computational structures, implemented by software development and execution support tools. This work presents a study about those tools that support the execution of mobile applications, focusing the exploration of MHolo mobile computing enviroment.

Made available in DSpace on 2015-03-05T13:58:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Apesar de ser uma das principais aplicações da Internet na atualidade, o compartilhamento de arquivos P2P tem sido fortemente prejudicado por ataques de poluição de conteúdo. Esta dissertação propõe e analisa uma classe de métodos de contenção de poluição cujo princípio básico é a limitação do número instantâneo de downloads de acordo com a reputação de versões. Inicialmente, o método é proposto e avaliado em termos de um ambiente idealizado, mostrando sua eficiência na contenção de poluição e baixa sobrecarga induzida quando o título não é poluído. A seguir, valendo-se de modelos clássicos para projeto de redes P2P, são propostos e comparados métodos de contenção distribuída / Despite currently one of the main Internet applications, P2P file sharing has been hampered by content pollution attacks. This work proposes and analyzes a class of contention methods to reduce the dissemination of polluted content whose basic principle is to limit the amount of instantaneous downloads according to its reputation. The method is firstly proposed and evaluated in terms of an idealized environment. The evaluation shows the eficiency of the contention method and the low overhead induced when the content is not polluted. Then, inspired by classic P2P designs, we propose and compare distributed contention methods

Made available in DSpace on 2015-03-05T13:58:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 22 / Nenhuma / Uma vez que o desenvolvimento e a necessidade de novos paradigmas de desenvolvimento de software com o objetivo de facilitar a criação de soluções para os problemas cada vez mais complexos são gradativos, e considerando o desenvolvimento de uma solução em um ciclo cascata clássico (análise, projeto, codificação, testes e manutenção), pode-se afirmar que todas as etapas devem prover um framework para contemplar os artefatos que fazem parte desses novos paradigmas. Sendo assim, cita-se o desenvolvimento da UML para representar um software que utiliza o paradigma de desenvolvimento orientado a objetos, o qual tem algumas funcionalidades que estão espalhadas durante todo o software dificultando a implementação e conseqüentemente a evolução. Então, com vistas a solucionar esse problema, propõem-se a utilização do paradigma de desenvolvimento orientado a aspecto para suprir a carência do paradigma orientado a objeto. Porém, há a necessidade, conforme mencionado anteriormente, de que todos os frameworks acompanhem / Since the development and the necessity of new paradigms of software development with the objective of facilitating the creation of solutions for problems that are more and more complex are gradual, and considering the solution development in a classic cascade cycle (analysis, project, codification, tests and maintenance), it is possible to state that all the stages must provide a framework to contemplate the devices that are part of these new paradigms. Thus, the development of the UML is mentioned in order to represent a software that uses the development paradigm oriented to objects, which has some functionalities that are spread throughout the software, making it difficult for its implementation and consequently its the evolution. So, aiming to solve this problem, the usage of the development paradigm oriented to aspect is proposed in order to supply this lack of the paradigm oriented to object. However, there is the necessity, as previously mentioned, of all frameworks following this evolution. Theref