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Métodos de estimação de componentes de variância em modelos mistos desbalanceados / not available

Marcelino, Sandra Denisen do Rocio 18 April 2000 (has links)
O presente trabalho tem por objetivo descrever de forma simples e concisa alguns métodos utilizados para a obtenção das estimativas dos componentes de variância em modelos mistos desbalanceados. O presente trabalho tem por objetivo descrever, de forma simples e concisa, alguns métodos utilizados para a obtenção das estimativas dos componentes de variância em modelos mistos desbalanceados. Há muitos métodos disponíveis, cada qual levando, em geral a resultados diferentes, e escolher um deles pode não ser uma tarefa simples. Alguns métodos exigem álgebra extensa enquanto que outros necessitam de métodos iterativos para suas soluções. Neste estudo são apresentados nove métodos: Método da Análise de Variância (ANOVA); Métodos 1,11 e IU de Henderson; Métodos da Máxima Verossimilhança (ML) e da Máxima Verossimilhança Restrita (REMI), Método do Estimador Quadrático Não-viesado de Norma Mínima (MINQUE), Métodos do Estimador Quadrático Não-viesado de Variância Mínima(MIVQUE) e do MINQUE- Iterativo (I-MINQUE). Com o objetivo de ilustrar comparativamente, sem o apelo de competição, os nove métodos considerados, de modo a estar tão próximo quanto possível da realidade do pesquisador, usuário dos métodos de estimação, considera-se um conjunto de dados desbalanceados, adaptado de Searle et al.(1992), para o qual adota-se o modelo misto de dois fatores com interação. A ilustração é feita, então, em duas partes: na primeira as estimativas são obtidas tomando-se uma matriz de variâncias e covariâncias com estrutura do tipo VC, considerada default na grande maioria dos sistemas estatísticos disponíveis. Na segunda, para o mesmo conjunto de dados, exemplifica-se a utilização do PROC MIXED do sistema estatístico SAS na obtenção de estimativas através dos métodos ali disponíveis, considerando a ocorrência de diferentes matrizes de variâncias e covariâncias. Exceto através das propriedades dos estimadores, não se pode concluir sobre um melhor método de estimação, mesmo porque os verdadeiros valores dos componentes de variância, para o conjunto de dados adotado para ilustração, são desconhecidos. Poder-se-ia comparar os métodos, por exemplo, se fosse adotado um conjunto de dados simulados, com determinada distribuição e para o qual os componentes de variâncias fossem à priori, conhecidos. Para o conjunto de dados adotado para ilustração nesse estudo, observou-se que a matriz G de variâncias e covariâncias com estrutura do tipo TOEP (1) foi a que"melhor"descreveu os dados, independente do método adotado para obtenção das estimativas dos componentes de variância. No entanto, a experiência do pesquisador associada à natureza dos dados deve indicar a estrutura mais apropriada dentre as muitas disponíveis nos sistemas computacionais estatísticos / not available
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Métodos de estimação de componentes de variância em modelos mistos desbalanceados / not available

Sandra Denisen do Rocio Marcelino 18 April 2000 (has links)
O presente trabalho tem por objetivo descrever de forma simples e concisa alguns métodos utilizados para a obtenção das estimativas dos componentes de variância em modelos mistos desbalanceados. O presente trabalho tem por objetivo descrever, de forma simples e concisa, alguns métodos utilizados para a obtenção das estimativas dos componentes de variância em modelos mistos desbalanceados. Há muitos métodos disponíveis, cada qual levando, em geral a resultados diferentes, e escolher um deles pode não ser uma tarefa simples. Alguns métodos exigem álgebra extensa enquanto que outros necessitam de métodos iterativos para suas soluções. Neste estudo são apresentados nove métodos: Método da Análise de Variância (ANOVA); Métodos 1,11 e IU de Henderson; Métodos da Máxima Verossimilhança (ML) e da Máxima Verossimilhança Restrita (REMI), Método do Estimador Quadrático Não-viesado de Norma Mínima (MINQUE), Métodos do Estimador Quadrático Não-viesado de Variância Mínima(MIVQUE) e do MINQUE- Iterativo (I-MINQUE). Com o objetivo de ilustrar comparativamente, sem o apelo de competição, os nove métodos considerados, de modo a estar tão próximo quanto possível da realidade do pesquisador, usuário dos métodos de estimação, considera-se um conjunto de dados desbalanceados, adaptado de Searle et al.(1992), para o qual adota-se o modelo misto de dois fatores com interação. A ilustração é feita, então, em duas partes: na primeira as estimativas são obtidas tomando-se uma matriz de variâncias e covariâncias com estrutura do tipo VC, considerada default na grande maioria dos sistemas estatísticos disponíveis. Na segunda, para o mesmo conjunto de dados, exemplifica-se a utilização do PROC MIXED do sistema estatístico SAS na obtenção de estimativas através dos métodos ali disponíveis, considerando a ocorrência de diferentes matrizes de variâncias e covariâncias. Exceto através das propriedades dos estimadores, não se pode concluir sobre um melhor método de estimação, mesmo porque os verdadeiros valores dos componentes de variância, para o conjunto de dados adotado para ilustração, são desconhecidos. Poder-se-ia comparar os métodos, por exemplo, se fosse adotado um conjunto de dados simulados, com determinada distribuição e para o qual os componentes de variâncias fossem à priori, conhecidos. Para o conjunto de dados adotado para ilustração nesse estudo, observou-se que a matriz G de variâncias e covariâncias com estrutura do tipo TOEP (1) foi a que"melhor"descreveu os dados, independente do método adotado para obtenção das estimativas dos componentes de variância. No entanto, a experiência do pesquisador associada à natureza dos dados deve indicar a estrutura mais apropriada dentre as muitas disponíveis nos sistemas computacionais estatísticos / not available
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Modelos de populações finitas e máxima verossimilhança restrita no problema de estimativas negativas para componentes de variância / not available

Fernandez, Dinara Westphalen Xavier 11 June 1991 (has links)
Discutiram-se dois procedimentos com o intuito de contornar o problema de estimativas negativas para componentes de variância. Constatou-se que o procedimento de adotar o modelo supondo populações finitas funciona satisfatoriamente para algumas situações. Já o procedimento da máxima verossimilhança restrita exige que sejam desenvolvidos novos algoritmos que não apresentem dificuldades de cálculo / Two statistical procedures were discussed in order to solve the problem of negative estimates in variance components. When finite population model is adopted it worked out fine for some special situations. However the Restricted Maximum Likelihood Procedure showed the necessity of new algorithms developments free of calculations difficulties
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Estudo comparativo de métodos de estimação da variância de coeficiente de herdabilidade / not available

Pereira Neto, Joaquim 04 November 1994 (has links)
Este trabalho apresenta um estudo comparativo de fórmulas aproximadas para o cálculo da variância do coeficiente de herdabilidade considerando-se um modelo hierárquico. Foram utilizadas estimativas dos componentes de variâncias e covariâncias pelo método dos momentos no cálculo do coeficiente de herdabilidade. Os dados foram obtidos a partir de simulação de 50 experimentos com várias combinações do número de machos e fêmeas e 2 descendentes por acasalamento. A formúla de Osborne & Paterson (1952) adaptada por Barbin (1969) apresentou menor estimativa da variância do coeficiente de herdabilidade do que as fórmulas de Falconer (1960) e Dickerson (1969) / not available
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Modelos de populações finitas e máxima verossimilhança restrita no problema de estimativas negativas para componentes de variância / not available

Dinara Westphalen Xavier Fernandez 11 June 1991 (has links)
Discutiram-se dois procedimentos com o intuito de contornar o problema de estimativas negativas para componentes de variância. Constatou-se que o procedimento de adotar o modelo supondo populações finitas funciona satisfatoriamente para algumas situações. Já o procedimento da máxima verossimilhança restrita exige que sejam desenvolvidos novos algoritmos que não apresentem dificuldades de cálculo / Two statistical procedures were discussed in order to solve the problem of negative estimates in variance components. When finite population model is adopted it worked out fine for some special situations. However the Restricted Maximum Likelihood Procedure showed the necessity of new algorithms developments free of calculations difficulties
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Efeito da interação reprodutor x rebanho sobre a produção de leite em bubalinos / Sire-by-herd interaction effect on the milk yield of buffaloes

Silva, Herluce Cavalcanti da 16 August 2002 (has links)
Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-07-06T18:01:27Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 151291 bytes, checksum: c7f381d9b243133c7618a177339b110a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-06T18:01:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 151291 bytes, checksum: c7f381d9b243133c7618a177339b110a (MD5) Previous issue date: 2002-08-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Foram utilizados dados de produção de leite, provenientes de rebanhos bubalinos do Estado de São Paulo, coletados pelo Programa de Controle Leiteiro do Departamento de Zootecnia da UNESP – Jaboticabal. A análise visava verificar a efetividade da inclusão do termo da interação reprodutor x rebanho ou reprodutor x rebanho-ano no modelo para as estimativas dos componentes de variância, para a avaliação genética dos reprodutores e para a tendência genética no período de 1987 a 2001.Os dados de produção de leite até 305 dias de lactação foram distribuídos de acordo com a idade ao parto e duração da lactação. Os componentes de variância foram estimados através da máxima verossimilhança restrita (REML), utilizando-se três modelos animais de característica simples. O teste da razão de verossimilhança foi utilizado para se avaliar a importância da inclusão do termo da interação no modelo. A estimativa do componente de (co)variância genética aditiva apresentou reduções de 0,62% e 2,42%, já para o componente de (co)variância permanente de meio reduziu em viii0,098% e aumentou 0,10% ,para o componente de (co)variância residual as reduções foram de 1,92% e 4%, para os modelos que continham a interação reprodutor x rebanho e reprodutor x rebanho-ano, respectivamente, em relação ao modelo sem o termo da interação. Os valores de herdabilidade obtidos para a produção de leite foram 0,32 para os modelos sem e com o termo da interação reprodutor x rebanho e de 0,31 para o modelo com a interação reprodutor x rebanho-ano. O teste da razão de verossimilhança foi significativo (P<0,05) para o modelo com a interação reprodutor x rebanho-ano. A média dos valores genéticos aditivos preditos praticamente não se alterou entre os modelos sem e com interação reprodutor x rebanho, com redução para o modelo que continha o termo da interação reprodutor x rebanho-ano. Do mesmo modo se comportou a amplitude entre os valores genéticos aditivos. As correlações de Pearson e Spearman entre os valores genéticos aditivos preditos e entre a ordem de classificação destes valores, foram iguais a unidade para os modelos sem e com a interação reprodutor x rebanho e ligeiramente abaixo da unidade para o modelo que continha a interação reprodutor x rebanho-ano. A acurácia dos valores genéticos aditivos preditos foi pouco afetada quando o modelo de análise considerou o termo referente a interação reprodutor x rebanho-ano. Avaliação semelhante foi realizada para 5, 10, 25, 40, 50 e 100% dos animais com resultados próximos aos encontrados para as avaliações dos reprodutores. A estimativa da tendência genética anual para a produção de leite com base nos 436 animais foi de -4,32 ± 4,00 kg entre os anos de 1987 a 1993. No período de 1993 a 2001 a tendência genética estimada foi de 24,86 ± 5,88 kg. Quando foi considerado o período total entre os anos de 1987 a 2001 a estimativa foi de 19,01 ± 2,89 kg. / Milk yield records from buffaloes herds of São Paulo State, provided by the Milking Recording Program of the Department of Animal Science/UNESP – Jaboticabal, was used. The objective of the analysis was to verify the effectiveness of including a sire-by-herd or sire-by-herd-year interaction effect in the model for the variance components estimates, for the sire genetic evaluation and the genetic trend, from 1987 to 2001. Milk yield records adjusted for 305 days of lactation were estimated according to the age at calving and lactation length. The variance components were estimated by the Restricted Maximum Likelihood Methodology, using three single trait animal models. Likelihood ratio test was used to estimate the importance of including a interaction effect in the model. The additive genetic covariance component estimate showed reduction of .62 and 2.42%, while the environment permanent covariance component showed reduction of .098% and increase of .10%. The residual covariance component showed reduction of 1.92 and 4%, for the models including a sire-by-herd and sire-by-herd-year interaction, respectively, compared to the model without the interaction effect. The heritability values obtained for milk yield were .32 for the xmodels including or not sire-by-herd interaction effect and .31 for the model including sire-by-herd-year interaction effect. Likelihood ratio test was significant (P<.05) for the model including a sire-by-herd-year interaction effect. The average predicted additive genetic values did not change between the models including or not sire-by-herd interaction effect, showing reduction for the model including sire-by-herd-year interaction effect. The range among the additive genetic values showed the same results. Pearson and Spearman correlations among the predicted additive genetic values and the rank order of these values were similar to the unit for the models without and with a sire-by-herd interaction effect and smaller than the unit for the model with a sire-by-herd-year interaction effect. The accuracy of the predicted additive genetic values was less affected when the model included the sire-by-herd-year interaction effect. Similar evaluation was performed for 5, 10, 25, 40, 50 and 100% of animals, with results similar to those obtained with sire evaluations. Annual genetic trend estimate for milk yield, based on the 436 animals, was of –4.32 ± 4.00 kg from 1987 to 1993. Estimated genetic trend from 1993 to 2001 was of 24.86 ± 5.88 kg. When the total period (from 1987 to 2001) was considered, the estimate was of 19.01 ± 2.89 kg.
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Estudo comparativo de métodos de estimação da variância de coeficiente de herdabilidade / not available

Joaquim Pereira Neto 04 November 1994 (has links)
Este trabalho apresenta um estudo comparativo de fórmulas aproximadas para o cálculo da variância do coeficiente de herdabilidade considerando-se um modelo hierárquico. Foram utilizadas estimativas dos componentes de variâncias e covariâncias pelo método dos momentos no cálculo do coeficiente de herdabilidade. Os dados foram obtidos a partir de simulação de 50 experimentos com várias combinações do número de machos e fêmeas e 2 descendentes por acasalamento. A formúla de Osborne & Paterson (1952) adaptada por Barbin (1969) apresentou menor estimativa da variância do coeficiente de herdabilidade do que as fórmulas de Falconer (1960) e Dickerson (1969) / not available
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Estresse térmico e a qualidade do leite em vacas da raça Holandesa: uma abordagem genômica / Heat stress and milk quality in Holtein cows: a genomic approach

Carrara, Eula Regina 04 April 2018 (has links)
O estresse térmico causa prejuízos para a atividade leiteira. É possível selecionar animais para tolerância ao calor, uma vez que existe variação genética de características produtivas quando avaliadas em diferentes ambientes climáticos. Para uma correta avaliação genética em função de diferentes ambientes, a utilização de modelos que se ajustem aos dados é fundamental. Ao mesmo tempo, ferramentas genômicas podem auxiliar nos processos de avaliação e seleção genética para tolerância ao calor. Nesse contexto, foram desenvolvidos dois estudos. No primeiro, objetivou-se estudar as funções de variância de características de produção e qualidade do leite em relação a um índice de temperatura e umidade (THI), ajustadas por polinômios de Legendre de ordens dois a sete, avaliar qual função melhor se ajusta aos dados e compreender como os componentes de variância e os coeficientes de herdabilidade se comportam em função do THI. Para isso, foram utilizadas 74.470 informações de produção de leite (PROD, kg/dia), escore de células somáticas (ECS), porcentagens de gordura (GOR), proteína (PROT), lactose (LACT), caseína (CAS) e perfil de ácidos graxos (saturados - SAT; insaturados - INSAT; monoinsaturados - MONO; poli-insaturados - POLI; ácido palmítico - C16:0; ácido esteárico - C18:0; e ácido oléico - C18:1) de 5.224 vacas da raça Holandesa avaliadas por meio de modelos de regressão aleatória em 167 valores distintos do THI. À exceção de POLI, houve variação em todos os componentes de variância ao longo do THI para todas as características. As estimativas de herdabilidade variaram de 0,07 a 0,43. Para PROD, GOR, LACT, ECS, SAT e C16:0, as estimativas de herdabilidade diminuíram com o aumento do THI e para CAS, MONO, INSAT e C18:1, aumentaram. Para PROT e C18:0 as estimativas de herdabilidade foram maiores em valores intermediários do THI e menores nos extremos. No segundo estudo, objetivou-se estimar o efeito de marcadores SNP (polimorfismos de nucleotídeo único) sobre as características PROD, CAS, ECS, SAT e INSAT e estimar o valor genético genômico (GEBV) considerando dois valores de THI, um representando o conforto térmico e outro o estresse térmico. Os valores genéticos dos animais para os dois ambientes foram usados como fenótipos nos estudos de associação genômica (GWAS). Foram utilizados genótipos de 1.157 vacas para 60.671 marcadores SNP. Para as análises genômicas, foram utilizadas somente vacas com fenótipo e genótipo. Foi utilizado o método GBLUP (melhor predição linear não-viesada genômica) sob abordagem bicaracterística para realizar o GWAS. Com objetivo de comparar os ambientes, foram considerados os 55 SNP de maior variância aditiva explicada para cada situação e 10% dos animais com maiores valores genéticos genômicos. Em geral, os SNP apresentaram poucas diferenças em suas variâncias aditivas explicadas quando comparados em ambiente de conforto e estresse térmico. Com relação aos valores genéticos genômicos, houve reclassificação dos animais para PROD (correlações 0,90 e 0,90), CAS (correlações 0,88 e 0,86), SAT (correlações 0,88 e 0,87) e INSAT (correlações 0,97 e 0,97). Para ECS, apenas um animal foi reclassificado entre os ambientes (correlações 1,00). O primeiro estudo permitiu avaliar os componentes de variância ao longo de todo o gradiente ambiental. Por sua vez, o segundo estudo permitiu avaliar a variância individual dos marcadores moleculares, complementando o estudo genético das características. Mesmo que pequenas, foi possível verificar diferenças genéticas entre os animais entre os ambientes considerados. / Heat stress causes damage to dairy farming activities. It is possible to select animals for heat tolerance, because there is genetic variation of productive traits when evaluated in different climatic environments. For a correct genetic evaluation according to different environments, the use of models that fit to the data is fundamental. At the same time, genomic tools can aid in the evaluation and genetic selection processes for heat tolerance. In this context, two studies were developed. In the first, the aim was to study the variance functions of milk production and quality traits in relation to a temperature and humidity index (THI), adjusted by Legendre polynomials of orders two to seven, to evaluate which function best fits the data and understand how the variance components and heritability coefficients behave as a function of THI. For this, records of milk yield (MY), somatic cell score (SCS), percentage of fat (FP), protein (PP), lactose (LP), casein (CP) and acid fatty acids (saturated - SAT, unsaturated - UNSAT, monounsaturated - MONO, polyunsaturated - POLY, palmitic acid - C16:0, stearic acid - C18:0; and oleic acid - C18:1) from 5,224 Holstein cows and evaluated using random regression models in 167 different levels of THI were used. With the exception of POLY, there was variation in all variance components along the THI for all traits. Estimates of heritability ranged from 0.07 to 0.43. For MY, FP, LP, SCS, SAT and C16:0, estimates of heritability decreased with increasing THI and for CP, MONO, UNSAT and C18:1 increased. For PP and C18:0, heritability estimates were higher in intermediate THI values and lower at the extremes. In the second study, the objective was to estimate the effect of SNP markers on traits MY, CP, SCS, SAT and UNSAT and to predict the genomic breeding values (GEBV) using these effects, considering two levels of THI: a thermal comfort and an heat stress. The breeding values of the animals for the two environments were used as phenotypes for the genomic wide association studies (GWAS). Genotypes of 1,157 cows to 60,671 SNP markers were used. The GBLUP method (genomic best linear unbiased prediction) was used under a bitrait approach to perform GWAS. With the aim of comparing the environments, the 55 SNP with the greater variance explained for each situation and the 10% animals with the greater GEBV were used. Differences were observed in the variance explained by SNP between the comfort and heat stress environment. There was a re-rankink of animals considering the GEBV for MY (correlations 0.90 and 0.90), CP (correlations 0.88 and 0.86), SAT (correlations 0.88 and 0.87) and UNSAT (correlations 0.97 and 0.97). For SCS, only one animal was reclassified between the environments (correlations 1.00). The first study allowed to evaluate the components of variance along the entire environmental gradient. In turn, the second study allowed to evaluate the individual variance of the molecular markers, complementing the genetic study of the traits. Although small, it was possible to verify genetic differences among the animals among the considered environments.
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Associação genômica e parâmetros genéticos para características de perfil de ácidos graxos e qualidade de carne em ovinos da raça Santa Inês / Genome-wide association and genetic parameters for fatty acids profile and meat quality traits in Santa Inês sheep

Rovadoscki, Gregorí Alberto 07 February 2017 (has links)
No cenário brasileiro, a ovinocultura representa uma importante atividade econômica e social, entretanto, a atividade não se encontra bem estruturada, e o setor de compra e venda de carne é o mais afetado. Existe uma baixa oferta do produto no Brasil, existindo a necessidade de importação do produto para atender o mercado interno. Aliado a isso, o mercado nacional oferece animais de idade avançada, com péssimas características de carcaça, acarretando no surgimento de tabus alimentares, devido à baixa qualidade da carne ovina ofertada pelos produtores brasileiros. Contudo, nos últimos anos houve uma crescente preocupação pelo consumo de alimentos que sejam considerados benéficos a saúde humana. Diante desta condição, os consumidores de carne vermelha estão mais preocupados, exigentes e conscientes, sobretudo quanto a composição de ácidos graxos da carne. Apesar da importância das características de qualidade de carne e perfil de ácidos graxos, são escassos os trabalhos na literatura que envolvam as estimativas de parâmetros genéticos, principalmente em se tratando de ovinos. Estudos envolvendo informações genômicas nos últimos anos tem sido uma importante ferramenta para investigar a arquitetura genética de características complexas por meio da identificação de variantes associadas a genes ou elementos reguladores de grande efeito sobre variância fenotípica das características de interesse. Diante do exposto, o objetivo deste estudo foi estimar os parâmetros genéticos (herdabilidades e correlações genéticas), e identificar regiões genômicas e genes candidatos para as características de perfil de ácidos graxos e de qualidade de carne em ovinos da raça Santa Inês sob metodologia multicaracterística. Foram utilizadas informações genotípicas e fenotípicas de 396 indivíduos machos da raça de ovinos Santa Inês, criados sob confinamento. Para o estudo de associação genômica ampla (GWAS) e estimativas dos parâmetros genéticos foi utilizado o método GBLUP sob abordagem multicaracterística. A análise de associação genômica identificou 38 diferentes regiões genômicas (as quais explicaram > 0,30% da variância genética) e 28 diferentes genes candidatos relacionados às características de qualidade de carne e perfil de ácidos graxos em ovinos Santa Inês. Este estudo revelou a existência de variação genética importante em todas as características estudadas, com herdabilidades variando entre 0,26 e 0,45. Portanto, as características de perfil de ácidos graxos e qualidade de carne podem ser melhoradas, manipuladas ou modificadas por meio da seleção baseada no mérito genético dos indivíduos. No geral, as correlações genéticas entre as características avaliadas foram favoráveis, indicativo que pode haver seleção de indivíduos com intuito de melhorar múltiplas características simultaneamente. Desta forma, os resultados encontrados contribuem para um melhor entendimento do controle genético de características de qualidade da carne e podem ser aplicados em programas de seleção genética de animais com o objetivo de deixar a carne com o perfil de ácidos graxos mais saudável, e ao mesmo tempo, melhorando atributos de qualidade da carne em ovinos da raça Santa Inês. / In Brazil, sheep farming represents an important economic and social activity, however, it is not well structured, and the commercialization of meat products is the most affected sector. In addition, there is a low offer of the sheep meat in Brazil, and there is a need to import the product to supply the national market. Allied to this, the national market offers animals of old age, with low carcass traits, leading to a rejection of this kind of meat by the consumers, mostly because of the low quality of sheep meat produced in Brazil. Nevertheless, recently the concern about nutritional aspects of foods is growing, increasing the demand for foods that are considered beneficial to human health. In this sense, consumers of red meat are more worried and conscious, especially with the fatty acid composition of meat. Despite of the importance of meat quality traits and fatty acid profile, there are few studies in the literature that involve the estimation of genetic parameters in sheep. Studies involving genomic information have been an important tool for investigating the genetic architecture of complex traits, mainly through the identification of genetic variants associated with genes or regulatory elements of great effect on the phenotypic variance of traits of interest. Thus, the objective in this study was to estimate the genetic parameters (heritabilities and genetic correlations), and to identify genomic regions and candidate genes for fatty acids profile and meat quality traits in Santa Inês sheep under a multitrait methodology. Genotypic and phenotypic information of 396 male Santa Inês sheep raised under confinement were used. For the genomewide association studies and estimates of the genetic parameters, the GBLUP method was used under a multitrait approach. Genome-wide association analysis identified 38 different genomic regions (which explained > 0.30% of the additive genetic variance) and 28 different candidate genes related to meat quality and fatty acid profile traits in Santa Inês sheep. This study revealed the existence of significant genetic variation in all traits studied, with heritabilities varying between 0.26 and 0.45. Therefore, the fatty acid profile and meat quality traits can be improved, manipulated or modified through selection based on the genetic merit of individuals. In general, the genetic correlations among the traits evaluated were favorable, indicating that genetic progress in several traits can be achieved through the selection of individuals for multiple traits simultaneously. The results obtained in this study can contribute to a better understanding of the genetic control under the evaluated traits, and those can be applied in genetic selection programs in order to improve the fatty acids profile, making the meat healthier, and at the same time to improve the meat quality attributes in Santa Inês sheep.
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Associação genômica e parâmetros genéticos para características de perfil de ácidos graxos e qualidade de carne em ovinos da raça Santa Inês / Genome-wide association and genetic parameters for fatty acids profile and meat quality traits in Santa Inês sheep

Gregorí Alberto Rovadoscki 07 February 2017 (has links)
No cenário brasileiro, a ovinocultura representa uma importante atividade econômica e social, entretanto, a atividade não se encontra bem estruturada, e o setor de compra e venda de carne é o mais afetado. Existe uma baixa oferta do produto no Brasil, existindo a necessidade de importação do produto para atender o mercado interno. Aliado a isso, o mercado nacional oferece animais de idade avançada, com péssimas características de carcaça, acarretando no surgimento de tabus alimentares, devido à baixa qualidade da carne ovina ofertada pelos produtores brasileiros. Contudo, nos últimos anos houve uma crescente preocupação pelo consumo de alimentos que sejam considerados benéficos a saúde humana. Diante desta condição, os consumidores de carne vermelha estão mais preocupados, exigentes e conscientes, sobretudo quanto a composição de ácidos graxos da carne. Apesar da importância das características de qualidade de carne e perfil de ácidos graxos, são escassos os trabalhos na literatura que envolvam as estimativas de parâmetros genéticos, principalmente em se tratando de ovinos. Estudos envolvendo informações genômicas nos últimos anos tem sido uma importante ferramenta para investigar a arquitetura genética de características complexas por meio da identificação de variantes associadas a genes ou elementos reguladores de grande efeito sobre variância fenotípica das características de interesse. Diante do exposto, o objetivo deste estudo foi estimar os parâmetros genéticos (herdabilidades e correlações genéticas), e identificar regiões genômicas e genes candidatos para as características de perfil de ácidos graxos e de qualidade de carne em ovinos da raça Santa Inês sob metodologia multicaracterística. Foram utilizadas informações genotípicas e fenotípicas de 396 indivíduos machos da raça de ovinos Santa Inês, criados sob confinamento. Para o estudo de associação genômica ampla (GWAS) e estimativas dos parâmetros genéticos foi utilizado o método GBLUP sob abordagem multicaracterística. A análise de associação genômica identificou 38 diferentes regiões genômicas (as quais explicaram > 0,30% da variância genética) e 28 diferentes genes candidatos relacionados às características de qualidade de carne e perfil de ácidos graxos em ovinos Santa Inês. Este estudo revelou a existência de variação genética importante em todas as características estudadas, com herdabilidades variando entre 0,26 e 0,45. Portanto, as características de perfil de ácidos graxos e qualidade de carne podem ser melhoradas, manipuladas ou modificadas por meio da seleção baseada no mérito genético dos indivíduos. No geral, as correlações genéticas entre as características avaliadas foram favoráveis, indicativo que pode haver seleção de indivíduos com intuito de melhorar múltiplas características simultaneamente. Desta forma, os resultados encontrados contribuem para um melhor entendimento do controle genético de características de qualidade da carne e podem ser aplicados em programas de seleção genética de animais com o objetivo de deixar a carne com o perfil de ácidos graxos mais saudável, e ao mesmo tempo, melhorando atributos de qualidade da carne em ovinos da raça Santa Inês. / In Brazil, sheep farming represents an important economic and social activity, however, it is not well structured, and the commercialization of meat products is the most affected sector. In addition, there is a low offer of the sheep meat in Brazil, and there is a need to import the product to supply the national market. Allied to this, the national market offers animals of old age, with low carcass traits, leading to a rejection of this kind of meat by the consumers, mostly because of the low quality of sheep meat produced in Brazil. Nevertheless, recently the concern about nutritional aspects of foods is growing, increasing the demand for foods that are considered beneficial to human health. In this sense, consumers of red meat are more worried and conscious, especially with the fatty acid composition of meat. Despite of the importance of meat quality traits and fatty acid profile, there are few studies in the literature that involve the estimation of genetic parameters in sheep. Studies involving genomic information have been an important tool for investigating the genetic architecture of complex traits, mainly through the identification of genetic variants associated with genes or regulatory elements of great effect on the phenotypic variance of traits of interest. Thus, the objective in this study was to estimate the genetic parameters (heritabilities and genetic correlations), and to identify genomic regions and candidate genes for fatty acids profile and meat quality traits in Santa Inês sheep under a multitrait methodology. Genotypic and phenotypic information of 396 male Santa Inês sheep raised under confinement were used. For the genomewide association studies and estimates of the genetic parameters, the GBLUP method was used under a multitrait approach. Genome-wide association analysis identified 38 different genomic regions (which explained > 0.30% of the additive genetic variance) and 28 different candidate genes related to meat quality and fatty acid profile traits in Santa Inês sheep. This study revealed the existence of significant genetic variation in all traits studied, with heritabilities varying between 0.26 and 0.45. Therefore, the fatty acid profile and meat quality traits can be improved, manipulated or modified through selection based on the genetic merit of individuals. In general, the genetic correlations among the traits evaluated were favorable, indicating that genetic progress in several traits can be achieved through the selection of individuals for multiple traits simultaneously. The results obtained in this study can contribute to a better understanding of the genetic control under the evaluated traits, and those can be applied in genetic selection programs in order to improve the fatty acids profile, making the meat healthier, and at the same time to improve the meat quality attributes in Santa Inês sheep.

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