As aves silvestres são consideradas importantes reservatórios de diversos vírus aviários que podem afetar aves comerciais. Dessa forma, o monitoramento das aves silvestres é fundamental para garantir a sanidade dos plantéis avícolas brasileiros. Nos últimos anos, o número de espécies de aves nas quais os coronavírus aviários foram encontrados aumentou vertiginosamente em diversos países. Contudo, poucos estudos envolvendo a detecção de coronavírus aviários em aves de cativeiro e aves silvestres ou sinantrópicas foram realizados no Brasil. Assim, o presente estudo teve como objetivo identificar a presença dos coronavírus aviários em aves silvestres no Brasil e caracterizá-los molecularmente. As amostras foram testadas através do teste de RRT-PCR para detecção do gene UTR do IBV, bem como uma nested-PCR para detecção do gene S1 dos coronavírus aviários. O sequenciamento de alto desempenho foi utilizado para caracterizar os vírus detectados. No total, foram testadas 300 amostras de aves silvestres (147 suabes orofaringeanos e 153 suabes cloacais). No total, 27 amostras foram positivas pelo teste RRT-PCR. Duas amostras de Anseriformes das amostras positivas no teste de RRT-PCR foram selecionadas para sequenciamento de alto desempenho. Em ambas as amostras sequenciadas foi constatada a co-infecção pelos vírus da bronquite infecciosa e vírus da doença de Newcastle. A análise das amostras demonstrou alta identidade com vírus vacinais, o que demonstra que estirpes vacinais utilizadas na imunização de aves de produção circulam em aves silvestres e de produção de subsistência. / Wild birds are an important reservoir of different viruses that can affect poultry. Viral surveillance in wild birds is, thus, extremely important to ensure the poultry heal in Brazil. In recent years, the number of species of birds in which avian coronaviruses have been found skyrocketed in several countries. However, few studies involving the detection of avian coronaviruses in captive wild birds or wild life birds were conducted in Brazil. Thus, the present study aimed to identify the presence of avian coronaviruses in Brazil and characterize them molecularly. Samples were tested by RRT-PCR test for detection of the UTR gene of IBV, as well as a nested-PCR for detection of S1 gene. In total, 300 samples of wild birds (147 oropharyngeal swabs and 153 cloacal swabs) were tested. In total, 27 samples were positive in RT-PCR assay. Two positive samples in RRT-PCR assay were selected for Next-generation sequencing. In both sequenced samples, co-infection with infectious bronchitis virus and Newcastle disease virus was found. The analysis of samples showed identity with vaccinal strains used in immunization of commercial flocks circulate in wild birds and subsistence flocks.

As infecções respiratórias agudas (IRA) são as doenças infecciosas mais frequentes em seres humanos e os vírus respiratórios são os agentes de maior ocorrência na etiologia das mesmas. Os coronavírus humanos (HCoVs) são reconhecidos como causa comum de infecções do trato respiratório superior e, menos comumente, do trato respiratório inferior. Dados da ocorrência do HCoV na população brasileira são escassos. O presente estudo tem por objetivo avaliar a ocorrência de HCoV em crianças acometidas por IRA atendidas no Hospital Universitário da Universidade de São Paulo , São Paulo-SP, entre o período de 1995 a 2008. Amostras em cDNA foram utilizadas em ensaio de PCR em Tempo Real para detecção dos 4 tipos de coronavírus. Amostras positivas foram utilizadas em ensaio de PCR convencional e posteriormente tipificadas por sequenciamento. Amostras negativas pelo método de PCR convencional foram tipificadas através de PCR em Tempo Real e Nested PCR específico para cada tipo de HCoV. Quatrocentos e dez amostras foram positivas pelo ensaio de PCR Real Time, sendo o coronavírus detectado em 8.94% das amostras. Duzentos e noventa e oito amostras foram tipificadas, sendo o tipo OC43 o de maior ocorrência, seguido pelos tipos NL63; HKU1 e 229E. / Acute respiratory infections (ARI) are the most common infectious diseases in humans and respiratory viruses are the most frequent agents in the etiology of the same. The human coronaviruses (HCoVs) are recognized as a common cause of upper respiratory tract infections and, less commonly, lower respiratory tract. Data from the occurrence of HCoV in the Brazilian population are scarce, despite the high incidence of respiratory infections during the winter. This study aims to evaluate the occurrence of HCoV in children affected by acute respiratory infections treated at University Hospital of São Paulo (USP), São Paulo-SP, between the periods 1995 to 2008. Samples of cDNA were screened by Real Time PCR for detection of the four types of coronavirus. Positive samples were used in standard PCR assay and subsequently typed by sequencing. Samples positive by Real Time but negative by standard PCR assay were typed by specific Nested PCR and Real-Time for each type of HCoV. Four hundred and ten samples were positive by Real Time PCR assay, and the occurrence of coronaviruses in our samples of 8.94%. Two hundred and ninety eight were typed, the type OC43 being the most frequent, followed by the recently discovered types, NL63 ; HKU1 and HCoV-229E.

Diversas doenças virais emergentes e re-emergentes têm sido descritas em morcegos. As alterações ambientais provocadas por seres humanos associada a adaptação dos morcegos às áreas urbanas aumentam as chances da transmissão dessas doenças para humanos e animais domésticos. O estudo das coronaviroses associadas a esse hospedeiro tem evidenciado que os morcegos atuam como reservatório dessa doença, enquanto o estudo das rotaviroses ainda foi pouco explorado. Este estudo tem como objetivo verificar a ocorrência de coronavírus e rotavírus em diversas espécies de morcegos do Estado de São Paulo, Brasil, e realizar inferências filogenéticas a partir dos genes RdRp e S dos coronavírus, assim como de genes de proteínas estruturais e não estruturais dos rotavírus. Para tanto, foi utilizada a RT-PCR seguida de sequenciamento de DNA. Para análise filogenética e de diversidade molecular foi utilizado critério de otimização de distância e cálculo das identidades de nucleotídeos e aminoácidos entre as sequências obtidas e sequências recuperadas do GenBank. A ocorrência de coronavírus foi de 2,95% (9/305) e a de rotavírus de 9,18% (28/305). De acordo com a análise filogenética do gene da RdRp oito amostras foram classificadas como alphacoronavirus. A análise do gene S dos CoV mostrou que as amostras deste estudo formaram uma linhagem única, segregadas das demais amostras de alphacoronavírus. Em relação aos rotavírus, foi possível a identificação de um genótipo G3-P[3]-IX-RX-CX-MX-AX-NX-T3-E3-H6, similar a encontrada em morcegos, equinos e humanos. Além disso, outra amostra foi classificada como G20, similar ao genótipo encontrado em humano, sendo que os genótipos encontrados para os genes VP4, NSP3 e NSP5 desse vírus podem ser classificados como novos genótipos. Os resultados obtidos mostram que esses animais podem carrear agentes infecciosos de importância na saúde pública, sendo que mais estudos são necessários para o esclarecimento do papel dos morcegos como reservatório e fonte de infecção destas zoonoses virais. / Several viral emerging and re-emerging diseases have been described in bats. Environmental changes caused by humans associated with the adaptation of bats to urban areas increase the chance of transmission of these infectious diseases to humans and domestic animals. Coronaviruses studies associated with bats have shown that these hosts act as reservoirs for these viruses, while rotaviruses has been poorly studied in these hosts. This study aimed to determine the occurrence of Rotavirus and Coronavirus in several species of bats from São Paulo State, Brazil, and to perform phylogenetic inferences from Coronavirus RdRp and S genes, as well as from Rotavirus structural and non-structural proteins genes. To this end, RT-PCR followed by DNA sequencing was used. Optimization criterion of distance and identities calculation of the nucleotides and amino acids among the obtained sequences and sequences retrieved from the GenBank were used for phylogenetic and molecular diversity analysis. The occurrence of Coronavirus was 2.95% (9/305) and of Rotavirus was 9.18% (28/305). According to phylogenetic analysis of the RdRp gene, eight strains were classified as Alphacoronavirus. The analysis of the CoV S gene showed that the starins of this study formed a single lineage, segregated from other alphacoronaviruses lineages. Regarding Rotavirus, it was possible to identify the genotype G3-P [3] -IX-RX-CX-MX-AX-NX-T3-E3-H6, similar to that reported in bats, horses and humans. In addition, another strain was classified as G20, similar to the genotype described in humans, while the genotypes found for VP4, NSP3 and NSP5 genes may be classified as new genotypes. These results show that bats may carry infectious agents of public health interest, but further studies are necessary to clarify the role of these animals as reservoirs and infectious sources of these viral zoonoses.

As aves silvestres são consideradas importantes reservatórios de diversos vírus aviários que podem afetar aves comerciais. Dessa forma, o monitoramento das aves silvestres é fundamental para garantir a sanidade dos plantéis avícolas brasileiros. Nos últimos anos, o número de espécies de aves nas quais os coronavírus aviários foram encontrados aumentou vertiginosamente em diversos países. Contudo, poucos estudos envolvendo a detecção de coronavírus aviários em aves de cativeiro e aves silvestres ou sinantrópicas foram realizados no Brasil. Assim, o presente estudo teve como objetivo identificar a presença dos coronavírus aviários em aves silvestres no Brasil e caracterizá-los molecularmente. As amostras foram testadas através do teste de RRT-PCR para detecção do gene UTR do IBV, bem como uma nested-PCR para detecção do gene S1 dos coronavírus aviários. O sequenciamento de alto desempenho foi utilizado para caracterizar os vírus detectados. No total, foram testadas 300 amostras de aves silvestres (147 suabes orofaringeanos e 153 suabes cloacais). No total, 27 amostras foram positivas pelo teste RRT-PCR. Duas amostras de Anseriformes das amostras positivas no teste de RRT-PCR foram selecionadas para sequenciamento de alto desempenho. Em ambas as amostras sequenciadas foi constatada a co-infecção pelos vírus da bronquite infecciosa e vírus da doença de Newcastle. A análise das amostras demonstrou alta identidade com vírus vacinais, o que demonstra que estirpes vacinais utilizadas na imunização de aves de produção circulam em aves silvestres e de produção de subsistência. / Wild birds are an important reservoir of different viruses that can affect poultry. Viral surveillance in wild birds is, thus, extremely important to ensure the poultry heal in Brazil. In recent years, the number of species of birds in which avian coronaviruses have been found skyrocketed in several countries. However, few studies involving the detection of avian coronaviruses in captive wild birds or wild life birds were conducted in Brazil. Thus, the present study aimed to identify the presence of avian coronaviruses in Brazil and characterize them molecularly. Samples were tested by RRT-PCR test for detection of the UTR gene of IBV, as well as a nested-PCR for detection of S1 gene. In total, 300 samples of wild birds (147 oropharyngeal swabs and 153 cloacal swabs) were tested. In total, 27 samples were positive in RT-PCR assay. Two positive samples in RRT-PCR assay were selected for Next-generation sequencing. In both sequenced samples, co-infection with infectious bronchitis virus and Newcastle disease virus was found. The analysis of samples showed identity with vaccinal strains used in immunization of commercial flocks circulate in wild birds and subsistence flocks.

Diversas doenças virais emergentes e re-emergentes têm sido descritas em morcegos. As alterações ambientais provocadas por seres humanos associada a adaptação dos morcegos às áreas urbanas aumentam as chances da transmissão dessas doenças para humanos e animais domésticos. O estudo das coronaviroses associadas a esse hospedeiro tem evidenciado que os morcegos atuam como reservatório dessa doença, enquanto o estudo das rotaviroses ainda foi pouco explorado. Este estudo tem como objetivo verificar a ocorrência de coronavírus e rotavírus em diversas espécies de morcegos do Estado de São Paulo, Brasil, e realizar inferências filogenéticas a partir dos genes RdRp e S dos coronavírus, assim como de genes de proteínas estruturais e não estruturais dos rotavírus. Para tanto, foi utilizada a RT-PCR seguida de sequenciamento de DNA. Para análise filogenética e de diversidade molecular foi utilizado critério de otimização de distância e cálculo das identidades de nucleotídeos e aminoácidos entre as sequências obtidas e sequências recuperadas do GenBank. A ocorrência de coronavírus foi de 2,95% (9/305) e a de rotavírus de 9,18% (28/305). De acordo com a análise filogenética do gene da RdRp oito amostras foram classificadas como alphacoronavirus. A análise do gene S dos CoV mostrou que as amostras deste estudo formaram uma linhagem única, segregadas das demais amostras de alphacoronavírus. Em relação aos rotavírus, foi possível a identificação de um genótipo G3-P[3]-IX-RX-CX-MX-AX-NX-T3-E3-H6, similar a encontrada em morcegos, equinos e humanos. Além disso, outra amostra foi classificada como G20, similar ao genótipo encontrado em humano, sendo que os genótipos encontrados para os genes VP4, NSP3 e NSP5 desse vírus podem ser classificados como novos genótipos. Os resultados obtidos mostram que esses animais podem carrear agentes infecciosos de importância na saúde pública, sendo que mais estudos são necessários para o esclarecimento do papel dos morcegos como reservatório e fonte de infecção destas zoonoses virais. / Several viral emerging and re-emerging diseases have been described in bats. Environmental changes caused by humans associated with the adaptation of bats to urban areas increase the chance of transmission of these infectious diseases to humans and domestic animals. Coronaviruses studies associated with bats have shown that these hosts act as reservoirs for these viruses, while rotaviruses has been poorly studied in these hosts. This study aimed to determine the occurrence of Rotavirus and Coronavirus in several species of bats from São Paulo State, Brazil, and to perform phylogenetic inferences from Coronavirus RdRp and S genes, as well as from Rotavirus structural and non-structural proteins genes. To this end, RT-PCR followed by DNA sequencing was used. Optimization criterion of distance and identities calculation of the nucleotides and amino acids among the obtained sequences and sequences retrieved from the GenBank were used for phylogenetic and molecular diversity analysis. The occurrence of Coronavirus was 2.95% (9/305) and of Rotavirus was 9.18% (28/305). According to phylogenetic analysis of the RdRp gene, eight strains were classified as Alphacoronavirus. The analysis of the CoV S gene showed that the starins of this study formed a single lineage, segregated from other alphacoronaviruses lineages. Regarding Rotavirus, it was possible to identify the genotype G3-P [3] -IX-RX-CX-MX-AX-NX-T3-E3-H6, similar to that reported in bats, horses and humans. In addition, another strain was classified as G20, similar to the genotype described in humans, while the genotypes found for VP4, NSP3 and NSP5 genes may be classified as new genotypes. These results show that bats may carry infectious agents of public health interest, but further studies are necessary to clarify the role of these animals as reservoirs and infectious sources of these viral zoonoses.

As infecções respiratórias agudas (IRA) são as doenças infecciosas mais frequentes em seres humanos e os vírus respiratórios são os agentes de maior ocorrência na etiologia das mesmas. Os coronavírus humanos (HCoVs) são reconhecidos como causa comum de infecções do trato respiratório superior e, menos comumente, do trato respiratório inferior. Dados da ocorrência do HCoV na população brasileira são escassos. O presente estudo tem por objetivo avaliar a ocorrência de HCoV em crianças acometidas por IRA atendidas no Hospital Universitário da Universidade de São Paulo , São Paulo-SP, entre o período de 1995 a 2008. Amostras em cDNA foram utilizadas em ensaio de PCR em Tempo Real para detecção dos 4 tipos de coronavírus. Amostras positivas foram utilizadas em ensaio de PCR convencional e posteriormente tipificadas por sequenciamento. Amostras negativas pelo método de PCR convencional foram tipificadas através de PCR em Tempo Real e Nested PCR específico para cada tipo de HCoV. Quatrocentos e dez amostras foram positivas pelo ensaio de PCR Real Time, sendo o coronavírus detectado em 8.94% das amostras. Duzentos e noventa e oito amostras foram tipificadas, sendo o tipo OC43 o de maior ocorrência, seguido pelos tipos NL63; HKU1 e 229E. / Acute respiratory infections (ARI) are the most common infectious diseases in humans and respiratory viruses are the most frequent agents in the etiology of the same. The human coronaviruses (HCoVs) are recognized as a common cause of upper respiratory tract infections and, less commonly, lower respiratory tract. Data from the occurrence of HCoV in the Brazilian population are scarce, despite the high incidence of respiratory infections during the winter. This study aims to evaluate the occurrence of HCoV in children affected by acute respiratory infections treated at University Hospital of São Paulo (USP), São Paulo-SP, between the periods 1995 to 2008. Samples of cDNA were screened by Real Time PCR for detection of the four types of coronavirus. Positive samples were used in standard PCR assay and subsequently typed by sequencing. Samples positive by Real Time but negative by standard PCR assay were typed by specific Nested PCR and Real-Time for each type of HCoV. Four hundred and ten samples were positive by Real Time PCR assay, and the occurrence of coronaviruses in our samples of 8.94%. Two hundred and ninety eight were typed, the type OC43 being the most frequent, followed by the recently discovered types, NL63 ; HKU1 and HCoV-229E.

Boletín que incluye información científica sobre el COVID-19, incluye artículos científicos y artículos preprint actualizados al 27 de Mayo de 2020.

Boletín que incluye información científica sobre el COVID-19, incluye artículos científicos y artículos preprint actualizados al 23 de Junio de 2020.

Boletín que incluye información científica sobre el COVID-19, incluye artículos científicos y artículos preprint actualizados al 24 de Junio de 2020.

Boletín que incluye información científica sobre el COVID-19, incluye artículos científicos y artículos preprint actualizados al 25 de Junio de 2020. Tipo