Orientador: Antônio Leão Castilho / Banca: Sabrina Morilhas Simões / Banca: Pitágoras da Conceição Bispo / Resumo: Estudos sobre a distribuição de organismos marinhos são essenciais para obtenção de informações sobre regiões afetadas por atividades antrópicas e para o entendimento da dinâmica populacional das espécies. Assim, o presente estudo visou investigar a abundância, a distribuição espaço-temporal e a biologia populacional do siri Callinectes danae na região adjacente à baía da Babitonga. O material biológico e abiótico foram obtidos mensalmente na região, no período de julho/2010 a junho/2011. As coletas foram efetuadas nas profundidades 5, 8, 11, 14 e 17m, com um barco de pesca com redes tipo "double-rig". Em cada profundidade foram verificados o número de indivíduos e os parâmetros de salinidade e temperatura de fundo, matéria orgânica e textura do sedimento. Um total de 3.999 indivíduos foi coletado, com diferença entre o número de machos (229) e fêmeas (3770). Os indivíduos foram mensurados na largura de carapaça (LC), bem como classificados quanto ao estágio de desenvolvimento. O valor estimado onde 50% dos indivíduos estão aptos à reprodução foi de 75,2 mm (LC) para os machos e 62,9 mm (LC) para as fêmeas. Para a análise do crescimento foi fixado o valor de L∞ com base nos valores da literatura, sendo que os machos e fêmeas apresentaram respectivamente a largura assintótica de 102,01 e 84,41, as contantes de crescimento de 0,007 e 0,006/dia, bem como a longevidade de 633 e 702 dias. A predominância de fêmeas nas maiores classes de tamanho pode estar associada a características da espécie, cujos indivíduos migram para diferentes regiões conforme o estágio de vida. Fêmeas reprodutivas buscam áreas com maior salinidade enquanto juvenis e machos preferencialmente vivem em áreas estuarinas, corroborando ao encontrado na bibliografia. A reprodução foi contínua, portanto a área de coleta demonstra ser de suma importância para a perpetuação... / Abstract: Studies on the distribution of marine organisms are essential for obtaining information on regions affected by human activities and for the understanding of the population dynamics of species. Thus, the present study aimed to investigate the abundance, spatial-temporal distribution and population dynamics of the crab Callinectes danae in adjacent region of the Babitonga Bay. Biological and abiotic samples were obtained monthly in the region from July/2010 until June/2011. Samples were collected at 5, 8, 11, 14 and 17m deep, using a fishing boat equipped with doble -rig nets. The number of individuals and the following abiotic factors were recorded at each depth: salinity and bottom temperature, organic matter and sediment texture. A total of 3,999 individuals were collected, with difference between the numbers of males (229) and females (3770). The individuals were measured concerning the carapace width (CW) and classified according to the development stage. The estimated value where 50 % of individuals were able to reproduce was 75.2 mm (CW) for males and 62.9 mm (CW) for females. The value of L ∞ for the growth analysis was fixed based on literature values, where males and females showed the asymptotic width of 102.01 and 84.41 respectively, the growth constants of 0.007 and 0.006/day, as well as the longevity of 633 and 702 days. Prevalence of female in larger size classes may be associated with characteristics of this species, which individuals migrate to different regions depending on the life stage. Reproductive females search for areas with higher salinity, while juvenile and males preferably live in estuarine areas, corroborating with is found in the current literature. Reproduction was continuous showing that the sampled area has a primordial importance for the perpetuation of this species, since it shelters a very high percentage of reproductive females. The information from this study... / Mestre

Orientador: Marcelo Antonio Amaro Pinheiro / Banca: Camilo Seabra Pereira / Banca: Sergio Luiz de Siqueira Bueno / Banca: Rodrigo Brasil Choueri / Banca: Luciana Cavalcanti Maia Santos / Resumo: Atividades antrópicas geram uma quantidade significativa de poluentes que são lançados no ambiente, muitas vezes ocasionando distúrbios ecológicos e possíveis alterações biológicas em vários níveis: molecular, celular, tecidual, individual, populacional e de comunidade. Entre os xenobiontes presentes nos ecossistemas aquáticos, inúmeros compostos químicos e orgânicos possuem potencial oxidativo, danificando membranas e aumentando os efeitos subletais. Desta forma, as quantificações dos danos celulares e defesas antioxidantes podem ser usadas como biomarcadores de contaminação. Foram coletados espécimes machos de U. cordatus em intermuda, em seis áreas de manguezal do litoral do Estado de São Paulo, com diferentes panoramas de contaminação, a fim de investigar possíveis diferenças sazonais, considerando duas épocas do ano verão (chuvosa) e inverno (estiagem). Inicialmente foi investigada a citogenotoxicidade dos espécimes, com registro das maiores médias de frequência de células micronucleadas (MN‰) nos manguezais de Cubatão e São Vicente, coincidindo ao menor tempo de retenção do vermelho neutro (NRRT, em minutos), indicando sua alta interação com processos degenerativos, causados pelo contato com substâncias tóxicas. O inverso ocorreu nos manguezais de Cananéia e Juréia, considerados prístinos na avaliação dos dois biomarcadores. Os valores para NRRT demonstraram alterações sazonais, indicando uma maior sensibilidade desse marcador citotóxico em relação ao genotóxico. Os ani... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Anthropic activities generate a significant amount of pollutants that are released into the environment, often causing ecological disturbances and possible biological changes at molecular, cellular, tissue, individual, population and community levels. Among xenobiotics in aquatic ecosystems, many chemical and organic compounds have oxidative potential, damaging membranes and increasing sublethal effects. Therefore, cell damage and antioxidant defenses measurements can be used as contamination biomarkers. U. cordatus intermolt male specimens were collected in six mangrove areas on the coast of the state of São Paulo, all in different contamination scenarios, in order to investigate possible seasonal differences, considering two weather seasons: summer (rainy) and winter (dry). Initially we investigated specimens' cytogenotoxicity, registering the highest average of micronucleated cells frequency (MN ‰)in the mangrove of Cubatão and São Vicente, matching the lowest neutral red retention time (NRRT, in minutes), indicating its high interaction with degenerative processes caused by the contact with xenobiotics. The opposite occurred in the mangroves of Cananéia and Juréia, considered pristine by the two biomarkers. NRRT values showed seasonal changes indicating a greater sensitivity of the cytotoxic marker in relation to the genotoxic one. Animals were submitted to biometrics to detect possible changes in weight (in grams, using a precision scale) through carapace width (in millimeters, using a precision caliper). The condition factor for all areas, regardless of the sampled period (rainy - summer, and dry - winter), did not show significant differences (p<0.05), while in winter occurred the highest averages. There were also physiological tests (metallothionein - MT and lipid peroxidation - LPO) in three tissues: AG, ... (Complete abstract electronic access below) / Doutor

Orientador: Maria Lucia Negreiros-Fransozo / Coorientador: Antonio Leão Castilho / Banca: Rogério Caetano da Costa / Banca: Gustavo Luis Hirose / Banca: Karine Delevati Colpo / Banca: Fernando José Zara / Resumo: O estado atual do conhecimento sobre a dinâmica populacional de espécies de invertebrados, que ocorrem ao longo da costa brasileira, pode ser considerado ainda pouco significativo. Estudos ecológicos envolvendo crustáceos decápodos marinhos são importantes para a manutenção e preservação das espécies, sejam elas exploradas pela pesca de arrasto, ou ainda, aquelas que são capturadas como fauna acompanhante de tal atividade. Deste modo, este trabalho analisou a dinâmica populacional do camarão-pedra Sicyonia typica, enfocando a distribuição espaço-temporal, a estrutura populacional e os padrões reprodutivos, em Ubatuba, e Caraguatatuba, litoral norte do Estado de São Paulo. Os camarões e os fatores abióticos foram coletados mensalmente de janeiro de 1998 a junho de 2003, em estações de amostragem estabelecidas em diversas profundidades. No entanto, os dados provenientes de 5,5 anos de coleta foram utilizados apenas nas análises do primeiro capítulo, o qual abordou a biologia reprodutiva desta espécie. Para estas coletas, utilizou-se um barco camaroeiro equipado com redes de arrasto para a captura dos camarões, uma garrafa de Nansen (água) e um coletor de sedimento tipo Van Veen para as coletas dos fatores ambientais (temperatura e salinidade da água, textura e concentração de matéria orgânica do sedimento). De modo geral, as fêmeas de S. typica atingiram tamanhos maiores que machos, evidenciando um dimorfismo sexual relacionado ao tamanho corpóreo. A atividade reprodutiva quase que constante ao longo do ano, mas com um pico reprodutivo em certo período (inverno) é uma tendência que indica que a população segue um padrão de reprodução característico de regiões tropicais/subtropicais. O tipo de sedimento, a temperatura e salinidade de fundo estão entre as mais importantes variáveis que afetam a distribuição ecológica de S. typica na região estudada... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Not available / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-15Bitstream added on 2014-06-13T20:20:30Z : No. of bitstreams: 1 dantas_dp_me_botib.pdf: 1589348 bytes, checksum: c5d0003d06c0b38fbca5512bceeaa8d1 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O objetivo do presente estudo foi descrever e comparar a comunidade de Anomura estabelecida no substrato não consolidado da Enseada de Ubatuba em um intervalo de sete anos. As coletas foram realizadas na Enseada de Ubatuba, entre os períodos de Julho/98 a Junho/99 (primeiro período) e Julho/06 a Junho/07 (segundo período), com um barco camaroneiro equipado com redes de arrasto double rig. Para a amostragem, foram escolhidos quatro transectos na enseada de Ubatuba: dois paralelos à linha da praia: 10m e 20m de profundidade; e dois próximos à costa: área batida (Exp), ou sujeita á ação de correntes marítimas; e área abrigada (Abr), ou protegida da enseada. Para análise dos fatores ambientais, foram coletadas amostras de água e de sedimento, utilizando-se garrafa de Nansen e pegador de Van Veen, respectivamente. Os organismos foram identificados, mensurados e separados em macho, fêmea e fêmeas ovígeras. Para a comunidade, foram determinados os parâmetros ecológicos: riqueza, diversidade, equidade, dominância e abundância e ocorrência relativa das espécies e da comunidade. Os parâmetros ecológicos foram associados pela correlação de Spearman (p<0,05). A composição da comunidade foi analisada pela análise de similaridade e a associação das espécies com os fatores ambientais foi determinada pela Análise de Correspondência Canônica (ACC) (α=0,1). A matéria orgânica apresentou diferença significativa entre os transectos no segundo período. Nove espécies de anomuros foram obtidas e estiveram distribuídas entre sete gêneros, três famílias e duas superfamílias, representando quase 20% de toda a fauna ao longo da costa de São Paulo. A espécie D. insignis foi as mais abundantes em ambos os períodos. Sua ocorrência na maioria dos meses e transectos permite considerá-la dominante e adaptada a diversas... / Not available

The HPLC and LC/MS analyses of the CNS from isopod crustacean the woodlouse, Porcellio scaber revealed a presence of the red pigment-concentrating hormone (Panbo-RPCH) in this species. It has been shown that this neuropeptide plays a role in mobilization of energy stores: topical treatments of P. scaber individuals by Panbo-RPCH in a concentration 20 pmol/{$\mu$}l increased the level of glucose in haemolymph about 4 times. Glucose was the main carbohydrate mobilized by the Panbo-RPCH treatment. Despite the demonstration of hyperglycaemic activity of Panbo-RPCH, no stimulatory effect of this hormone on the locomotory activity of P. scaber was observed. The present study is the first discovery of an occurrence of Panbo-RPCH and its hyperglycaemic activity in the representative of the isopod crustacean.

No presente trabalho caracterizou-se o padrão de utilização de conchas pelo ermitão Paguristes tortugae, habitante do infralitoral da Ilha Anchieta (Ubatuba), analisando-se comparativamente o padrão de seleção e de ocupação de conchas no ambiente natural e em laboratório. Para o estudo de ocupação de conchas no ambiente, os indivíduos foram coletados mensalmente (janeiro a dezembro/1998) na região infralitorânea de quatro áreas da Ilha, por mergulho autônomo. Os ermitões foram medidos quanto ao comprimento e largura do escudo cefalotorácico, altura e comprimento do própodo quelar, contados, determinado seu sexo e pesados. Para os experimentos de seleção de conchas, os animais foram mantidos vivos em aquário de vidro. Nestes experimentos laboratoriais, os animais foram retirados de suas conchas e colocados com um número suficiente de conchas com tamanhos apropriados. Após 72h os animais e as conchas escolhidas foram analisados quanto ao peso dos ermitões e das conchas e as respectivas medidas. A escolha quanto ao tipo de concha foi analisada de acordo com a porcentagem de ocupação de uma espécie em relação à outra. Para a escolha quanto ao tamanho da concha, avaliou-se as análises de regressão entre as dimensões dos ermitões e das conchas. Um total de 2429 exemplares de P. tortugae foram analisados (1092 machos, 495 fêmeas não-ovígeras e 842 fêmeas ovígeras), ocupando 21 espécies de conchas de gastrópodos. Este perfil, indicativo de ampla diversidade no padrão de ocupação, apresentou Pisania auritula (35.49%), Cerithium atratum (27.83%) e Morula nodulosa (12.70%) como as mais ocupadas. Os machos (38.46%) e as fêmeas ovígeras (38.00%) ocuparam, em maior porcentagem, as conchas de P. auritula, enquanto que as fêmeas não-ovígeras (39.40%) ocuparam C. atratum. Houve dimorfismo sexual quanto ao tamanho em favor dos machos e, a razão sexual foi de 1:1.2, em favor das fêmeas. Verificou-se que as conchas mais ocupadas foram as menos adequadas. Leucozonia nassa foi a mais adequada tanto no ambiente quanto no laboratório, corroborando a hipótese de que a ocupação das conchas está associada ao ambiente em que vivem e à sua disponibilidade. A maior correlação ocorreu entre as dimensões dos ermitões e o peso da concha, sendo esta a relação que melhor caracterizou a escolha e a ocupação das conchas por P. tortugae. Quanto ao sexo, as fêmeas ovígeras apresentaram as melhores correlações, estando melhor adequadas ao peso e ao volume interno da concha, favorecendo a fecundidade e o processo reprodutivo anual. Tal condição foi corroborada com os experimentos de laboratório, onde constatou-se que as fêmeas ovígeras apresentaram preferência por conchas com maior volume interno (L. nassa e C. atratum). Em laboratório, dentre as seis espécies de conchas com maior ocorrência de ocupação no ambiente, o padrão de preferência foi L. nassa > P. auritula > S. haemastoma > T. viridula para os indivíduos maiores e C. atratum > M. nodulosa para os indivíduos menores. Estes resultados, comparados aos da natureza, demonstraram que P. tortugae apresentou um padrão de preferência pelas conchas mais disponíveis na natureza, mesmo não sendo as mais adequadas quanto às dimensões. Neste sentido podemos inferir que o padrão de utilização de conchas de P. tortugae pode estar fortemente associado à disponibilidade de conchas, ao tamanho e à condição reprodutiva dos indivíduos. / This study characterized the pattern of shell utilization by the hermit crab Paguristes tortugae, inhabiting infralittoral areas of Anchieta Island (Ubatuba), analyzing comparatively the pattern of the shell occupation in the field and in the laboratory. For the shell occupation study in the field, the individuals were collected monthly (January to December/1998), by scuba methods in four infralittoral areas of the Island. The hermit crabs were measured on the basis of shield width and length, propodus height and length, sexed and weighed. In the shells selection experiments, the animals were maintained alive in the laboratory. All experiments were conducted in a glass aquarium where the hermit crabs were placed naked with a large number of shells of appropriate sizes. After 72h the hermit crabs and chosen shells were analyzed by preference and measured. The shell type preference was estimated by the percentage of occupation of the chosen species. The preferred shell type and size were determined by regression analysis. A total of 2429 individuals of P. tortugae were analyzed (1092 males, 495 non-ovigerous females and 842 ovigerous females), occupying 21 species of gastropod shells characterizing a considerable diversity in the shell occupation pattern. The most occupied shells were Pisania auritula (35.49%), Cerithium atratum (27.83%) and Morula nodulosa (12.70%). The males (38.46%) and the ovigerous females (38.00%) occupied in higher percentage P. auritula shells, while the non-ovigerous females (39.40%) occupied C. atratum. It was verified sexual size dimorphism, being the males larger than females. The sex ratio was 1:1.2 in favor of females. It was verified that the most occupied shells least adequate and that L. nassa was the most adequate in the field and in the laboratory, corroborating the hypothesis that the shell utilization is associated to the habitat and to the availability in the field. The highest correlation coefficients were obtained for the relations between the crab dimensions and shell dry weight. In relation to sex, the ovigerous females showed the best correlation coefficients being more adequate to the shell weight and internal volume, that may favor the fecundity and the annual reproductive process. This condition was corroborated by the laboratory experiments when the ovigerous females preferred shells with higher internal volume (L. nassa e C. atratum). In laboratory, among the six most occupied shell species in the field, the preference pattern was L. nassa > P. auritula > S. haemastoma > T. viridula to larger individuals and C. atratum > M. nodulosa to the small ones. These results, compared to the field study, showed that P. tortugae exhibited a pattern of preference for the most available shells in the field, even if they’re not the most adequate to the crab dimensions. In this sense we may infer that the shell utilization pattern of P. tortugae may be associated to the shell availability and to the size and reproductive conditions of the individuals.

A Ilha da Trindade dista aproximadamente 1.167 km da costa, estando situada no mesmo paralelo de Vitória, capital do estado do Espírito Santo. Diversos estudos sobre a biologia de organismos da Ilha e do mar no seu entorno já foram realizados, mas nenhum sobre a fauna de ostracodes. Nas amostras analisadas foram encontrados 19 gêneros e 21 espécies de ostracodes, sendo que destes apenas Australimoosella Hartmann não era conhecido para o Oceano Atlântico. Uma diagnose para Loxoconcha bullata Hartmann, é aqui proposta e também está sendo apresentada uma descrição mais detalhada da morfologia da carapaça, uma vez que no trabalho original não há diagnose e a descrição é baseada principalmente em características das partes moles. É provável que a maioria das espécies de ostracodes da Ilha da Trindade tenha migrado da costa brasileira através dos seamounts do lineamento Vitória-Trindade. Apenas duas espécies de Caudites, uma de Auradilus e outra de Australimoosella se originaram nos oceanos Índico ou Pacífico, e tiveram sua migração para o Atlântico Oeste facilitada por esta feição geomorfológica do fundo oceânico. Um número significativo das espécies identificadas ocorre também em outras ilhas oceânicas, sendo típicas de águas rasas e quentes.

Submitted by Danielle Karla Martins Silva (danielle.martins@ufpe.br) on 2015-03-12T17:11:38Z No. of bitstreams: 2 Dissertação (Ricardo José de Carvalho Paiva).pdf: 8041338 bytes, checksum: 02d0fc585d6ac86415c5ad9e70a79512 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-12T17:11:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação (Ricardo José de Carvalho Paiva).pdf: 8041338 bytes, checksum: 02d0fc585d6ac86415c5ad9e70a79512 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012 / Cirolanidae é a segunda maior família dentre os Isopoda marinhos (excetuando-se na região abissal), sendo inferior apenas a Sphaeromatidae. Seus representantes são encontrados no médio litoral e em profundidades do sublitoral, em diversos substratos praias arenosas, manguezais, madeira morta, costões rochosos, fazendo parte do talude continental. Apresenta também uma biodiversidade considerável e dentro da cadeia trófica tem um papel fundamental, servindo de presa para o nectobentos, como predadores de invertebrados e constitui em um dos principais comedores de restos de cadáveres. O objetivo deste trabalho foi fazer uma revisão taxonômica da família Cirolanidae no Nordeste do Brasil, registrando novas ocorrências para a área de estudo, enfocando alguns aspectos ecológicos, além de comentários sobre a distribuição geográfica das espécies estudadas. Foi examinado o material depositado nas coleções de carcinologia do Museu de Oceanografia da Universidade Federal de Pernambuco, Museu Nacional do Rio de Janeiro e Universidade Estadual de Santa Cruz. Os exemplares estudados foram dissecados e desenhados com auxílio de microscópio e estereomicroscópio com câmara clara acoplada. Os exemplares foram corados em Negro de clorazol e suas peças montadas em lâminas semi-permanentes com gelatina glicerinada. Os desenhos digitais foram confeccionados no programa gráfico Corel Draw®. Foram encontradas doze espécies distribuídas em seis gêneros, sendo duas do gênero Bathynomus (B. giganteus e B. miyarei), três de Cirolana (Cirolana (Anopsilana) browni, C. (A.) jonesi e C. parva), uma de Eurydice, Excirolana, Natatolana e Politolana (E. littoralis, E. latipes, N. gracilis e P. impressa, respectivamente). Além dessas, foram registradas três espécies novas para ciência: Cirolana sp.nov. sp, anteriormente registrada para o Brasil como Cirolana palifrons, Metacirolana sp. nov. A e Metacirolana sp. nov. B. Dentre as espécies estudadas, B. miyarei, Cirolana nov. sp, Metacirolana sp. nov. A e Metacirolana sp. nov. B até o momento são endêmicas para o Brasil

Hermit crabs form an important component of the marine benthos and globally more than 1,200 species have been described. In the unique bioregion of South Africa, hermit crabs are poorly known, and the last taxonomic revision of the group was that of K. H. Barnard in 1950, who recorded only 32 species. This study combines morphological taxonomy, threedimensional (3D) micro-computed tomography (µCT) visualisations, and molecular barcoding to add to, revise, and provide an updated listing of, the regional fauna. The first section of the thesis comprises four chapters, each giving a detailed account of a species either new to science, or to the region. The pagurid hermit crab Goreopagurus poorei, a new species and genus record to the country, is reported and described from deep sea habitats along the Agulhas Shelf, extending the distribution by >10,000 km across the Indian Ocean. Furthermore, three species are described as new to science, one each from the three most common families. The first of these, a deep-water species from a genus of the family Parapaguridae that was previously unknown to South Africa, Paragiopagurus atkinsonae n. sp., is fully described and illustrated, and compared with two other parapagurids that each play a dominant role in the regional benthic offshore invertebrate community. The other two species new to science, Diogenes n. sp. from the family Diogenidae, and Pagurus n. sp. from the family Paguridae, inhabit coastal reefs in subtidal waters off southern KwaZulu-Natal. For the first time in crustacean taxonomy, species descriptions, particularly the one of Pagurus n. sp., are informed by, or based on, µCT imagery of calcified body parts. Following on this technique, Chapter 6 is a short presentation of the 3D raw dataset of seven µCT scans of types and rare museum specimens used in this thesis, which is made publicly available for download. The taxonomic use of the scanning method, with disseminating volumetric data of hermit crabs, is discussed briefly. The final section investigates the fauna as a whole. In Chapter 7, 194 cytochrome c oxidase subunit I gene segments (COI ‘barcodes’) of 43 nominal species plus 12 additional putative species (n = 55 species-like units) were used to validate morphological identifications. Testing this dataset revealed high barcoding efficacy, with nearly 99% identification success rates, and with the best Kimura 2-parameter distance to safely delimit species of hermit crabs of about 3.5%. Chapter 8 updates the regional fauna and provides taxonomic accounts for 62 nominal species which have either been added subsequent to the previous monographic review, or which have undergone taxonomic revision since that time. Of these, 12 are added for the first time here, increasing the number of known South African hermit crab species to 72, an expansion of 56% since Barnard, and about 20% since a recent species list published by W. Emmerson in 2016. Because colour images are provided for 51 out of 72 species, Chapter 8 can also be used as a preliminary guide. However, this study has shown that the hermit crabs of South Africa are by far more diverse than originally thought, and the summary, which includes only the 72 nominal taxa and none of the additional 10 putative species included in the barcoding dataset, is speculated to be only 60–70% complete. Future taxonomic work, especially in the genera Diogenes and Paguristes, will most likely result in many more species descriptions. Therefore, this current study is to be seen as important step towards a fully illustrated taxonomic catalogue on the South African hermit crabs to be produced in the near future.

Les écosystèmes des eaux souterraines sont de plus en plus reconnus pour leur faune endémique, phylogénétiquement ancienne et écologiquement spécialisée. Avec plus de 425 espèces décrites, les amphipodes niphargidés constituent la famille des eaux souterraines la plus riche en espèces au monde et un système modèle intéressant pour la biologie de l'évolution. Cependant, les scientifiques doivent faire face à des données incomplètes et biaisées en raison de trois déficits majeurs: le déficit Linnéen pour la taxonomie, le déficit Darwinien pour la phylogénie, et le déficit Wallacien pour la biogéographie. La présente thèse vise à évaluer l'importance de ces déficits chez les niphargidés, ouvrant ainsi la voie pour y remédier. Le premier chapitre est une évaluation des effets de la découverte d'espèces cryptiques (une des causes du déficit Linnéen) sur notre compréhension des modèles de distribution à grande échelle de la diversité des niphargidés. Contrairement à ce que l'on attendait, les espèces cryptiques putatives sont réparties de manière homogène le long des gradients environnementaux, et leur découverte ne modifie donc pas notre compréhension des modèles de distribution. Le deuxième chapitre analyse l'importance de l'application des techniques moléculaires à la taxonomie des niphargidés. En étudiant le genre Microniphargus, la morphologie seule s'est avérée peu informative en raison de la pédomorphose et de l'homoplasie. L'utilisation de marqueurs ADN a permis d'attribuer le genre à une famille différente (Pseudoniphargidae), venant éclaircir les relations phylogénétiques au sein des Niphargidae (et contribuant ainsi à remédier au déficit Darwinien). Le troisième chapitre traite du rôle des régressions et transgressions marines sur la distribution des niphargidés en utilisant la biogéographie moléculaire et une modélisation biogéographique innovante (afin de remédier au déficit Wallacien). Les résultats soutiennent l'idée que la dispersion a joué un rôle essentiel dans la biogéographie historique des niphargidés, en montrant que leurs voies de dispersion sont corrélées à des événements paléogéographiques anciens. Enfin, le quatrième chapitre traite de la taxonomie, de la phylogénie et de la biogéographie d'un clade de niphargidés distribué dans la région des Alpes et des Carpates, et illustre un cas de discordance mitonucléaire dans la délimitation d'espèces vivant dans des zones affectées par les glaciations quaternaires. Une histoire complexe de divergence de lignées évolutives et de contacts secondaires pendant les fluctuations climatiques du Pléistocène explique la plus grande variabilité de l'ADN mitochondrial par rapport aux marqueurs nucléaires. Dans une telle situation, la description formelle d'espèces cryptiques basée sur le seul barcodage de l'ADN mitochondrial, comme dans certains articles récents sur les niphargidés, n'est pas recommandée. Cette thèse ouvre plusieurs perspectives pour des recherches futures basées sur la taxonomie intégrative et la modélisation biogéographique, permettant aux niphargidés très diversifiés de jouer un rôle majeur dans la surveillance des écosystèmes des eaux souterraines. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished