O complexo C. neoformans (no qual as espécies C. neoformans e C. gattii estão inseridas) é constituído por leveduras encapsuladas que causam infecção em humanos e animais, com distribuição mundial. Diante do reconhecimento da importância dessas leveduras, seja no meio ambiente ou na área médica, há um crescente interesse no desenvolvimento de pesquisas que possam levar a uma melhor compreensão de sua epidemiologia e estrutura. Cepas clínicas e ambientais pertencentes ao acervo de amostras do Departamento de Microbiologia do HCFMUSP e ao Laboratório de Leveduras Patogênicas do ICB-USP foram reidentificadas, estudadas quanto aos fatores relacionados à virulência (por pesquisa de exoenzimas), quanto ao perfil de suscetibilidade in vitro frente aos antifúngicos: anfotericina B, fluconazol e voriconazol pela utilização da técnica E-test®, e quanto aos aspectos epidemiológicos (estudo de prontuários dos pacientes). As cepas de origem clínica (60) e ambiental (42) foram reidentificadas e condiziam com o estabelecido pela literatura. Nota-se que quanto às cepas clínicas, 90% delas pertenciam à espécie C. neoformans e 10% à espécie C. gattii e das cepas ambientais, 95,2% eram C. neoformans e 4,8% eram C. gattii. Com relação à produção de exoenzimas, cepas de origem clínica (45%) apresentaram índice 2 (positiva) e cepas de origem ambiental (45,2%) apresentaram índice 3 (fortemente positiva) quanto à proteinase; quanto à fosfolipase, 71,7% das cepas de origem clínica apresentaram índice 2 e, 52,4% das cepas ambientais apresentaram índice 3. Todas as cepas foram sensíveis aos antifúngicos testados (com exceção de uma que era sensível de forma dose dependente ao fluconazol). Em estudo epidemiológico, a maioria dos pacientes acometidos de criptococose foi do sexo masculino (70%), com média de acometimento aos 47 anos; 25 pacientes (41,7%) foram ao óbito; a criptococose mais frequente (50%) foi a neurocriptococose; 50% dos pacientes tinham sorologia positiva para o HIV e 26,7% dos pacientes utilizaram anfotericina B associada ao fluconazol como tratamento. Ao final do trabalho chegamos a importantes conclusões: o meio CGB não se apresentou como método capaz de identificar eficazmente cepas C. gattii, sendo útil apenas como uma primeira triagem, devendo ser acoplado à técnica de PCR-RFLP; ensaios de produção da atividade fosfolipásica são extremamente relevantes, podendo-se afirmar que a fosfolipase pode ser a mais importante enzima na patogênese da criptococose (servindo como indicador das espécies do gênero Cryptococcus spp.); homens são mais acometidos de criptococose do que mulheres, sendo estas acometidas mais cedo. A leucemia de células linfoides granulares grandes (LGL), com expressão anômala de CD16+CD56+CD19+, encontrada em 1 paciente HIV negativo, infectado por C. gattii pode sugerir que a substituição de células imunocompetentes por células aberrantes com ineficiência funcional poderia ser a responsável pela imunossupressão do paciente. Esse fato sugere a importância de uma investigação detalhada em pacientes com meningite causada por Cryptococcus spp. com um sistema imune aparentemente competente / C. neoformans complex (the species C. neoformans and C. gattii are inserted) consists of encapsulated yeasts that cause infection in humans and animals, with worldwide distribution. With the recognition of the importance of these yeasts, either in the environment or in the medical field, there is a growing interest in developing research that may lead to a better understanding of its epidemiology and structure. Clinical and environmental strains of the collection of samples from the Department of Microbiology, HC-USP and the Laboratory of Pathogenic Yeasts of ICB- USP were reidentified, studied concerning the factors related to virulence (by exoenzymes research), as the susceptibility profile in vitro front of antifungal: amphotericin B, fluconazole and voriconazole by use of the E-test® technique, and as to the epidemiological (study of medical handbooks of patients). The strains of clinical (60) and environmental origin (42) were reidentified and established in the literature. We notice that as the clinical strains, 90% of them belonged to the species C. neoformans and (10%) to the species C. gattii and of theenvironmental strains, 95,2% were C. neoformans and 4,8 % were C. gattii. With respect to exoenzyme production, strains of clinical origin (4 %) had an index 2 and strains of environmental origin (45,2%) had an index 3, as the phospholipase, 71,7 % of the strains of clinical origin showed index 2 (positive) and 52,4 % of the environmental strains exhibited index 3 (strongly positive). All strains were susceptible to antifungal agents tested (except one that was sensitive dose dependente to fluconazole). In an epidemiological study, the majority of patients with cryptococcosis were male (70%), with age of 47 years, 25 patients (41,7%) died; the cryptococcosis more frequent (50%) was the neurocryptococcosis, 50 % of patients were seropositive for HIV and 26,7 % of patients received amphotericin B associated to fluconazole treatment. At the end of the study we got some important conclusions: the middle CGB is not presented as a method that effectively identify C. gattii strains , being useful only as a first triage, and should be coupled with PCR-RFLP; tests that measuring phospholipase activity are extremely relevant, we can affirm that the phospholipase may be the most important enzyme in the pathogenesis of cryptococcosis (serving as an indicator species of the genus Cryptococcus spp.), men are more affected of cryptococcosis than women, which are affected earlier as men with the age. The NK-cell leukemia found in 1 patient, HIV negative, infected by C. gattii and with a special expression of both their NK cells (CD19+CD16+CD56+ aberrant cells) gave origin to a lymphoid population anomalous CD56+CD19+, and this lymphoid tumor cells lineage may suggest that the substitution of immunocompetent cells by aberrant cells with a functional inefficiency could be responsible for the immunosuppression of the patient, and this suggests the importance of a detailed investigation in patients with meningitis caused by Cryptococcus spp., with an apparently competent immune system

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:22:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Luciane_Arantes_de_Paula.pdf: 858789 bytes, checksum: 8b70288e22f4a33dd49c0ffd4f1e0624 (MD5) Previous issue date: 2009-07-23 / The Rio Grande do Sul state (RS) represents great importance in the stone fruit, with approximately 65% of the area cultivated with peach country. This should highlight the contribution of the breeding of new cultivars crown, which extend the period allowed for collection and quality of fruit. Still, the average productivity in the RS is still considered low, mainly due to lack of knowledge about factors related to incidence of pests, diseases and lack of root stock suitable for cultivation, because unlike other countries, the improvement in Brazil genetic of the rootstocks for stone fruit of importance has taken only a few years ago. This thesis is divided into three chapters, with chapter 1 was to evaluate the reaction of five peach rootstocks, from front to inoculation with Meloidogyne incognita, in a home-de-vegetation. And we can conclude that 'Selection UFPel-0402', 'Okinawa', 'Flordaguard', Nagano Wild‟ and 'Select NR-0080407' are immune to Meloidogyne incognita, and may be used in genetic improvement programs for the rootstocks of peach and as alternative use for the deployment of orchards in areas with occurrence of the pest, and the strength of the 'Nagano Wild' needs further studies to identify more clearly this characteristic. Chapter 2 objective evaluated the genetic variability and differentiation of 14 rootstocks, peach, setting a standard for molecular characterization of each genotype, based on loci of SSR, SCAR and STS, for future work on genetic improvement and it is concluded that markers of microsatellites can be relatively easily a pattern of molecular genotypes of the rootstocks of peach and solve problem of homonymy, the example of the evaluated genotypes of Okinawa, and shows which are more contrasting genotypes for use in breeding. Chapter 3 objective to estimate frequencies of recombination among molecular markers, and the color of leaf, from the analysis of a F2 segregating population ('Capdeboscq' x 'Flordaguard'), and check if the connection is similar to that obtained in other mapping populations. It can be concluded that based on molecular maps for Prunus spp. available in the literature and from results obtained in this work, it was concluded that the markers UDP96-013 and BPPCT-034 are linked in different mapping populations, and potential candidates for use in the selection of new resistant genotypes to Meloidogyne spp. . / O Rio Grande do Sul (RS) é o principal produtor de frutas de caroço do Brasil, com aproximadamente 65% da área cultivada com pêssego do país. Esse destaque se deve a contribuição dos programas de melhoramento genético de novas cultivares copa, que possibilitou ampliar o período de colheita e a qualidade das frutas. Mesmo assim, a produtividade média no RS ainda é considerada baixa, principalmente devido à falta de conhecimento sobre fatores relacionados à incidência de pragas, doenças e a falta de porta-enxertos adequados para a cultura, pois ao contrário de outros países, no Brasil o melhoramento genético de porta-enxertos para frutíferas de caroço tem assumido importância apenas há poucos anos. Esta tese está dividida em três capítulos, sendo que o capítulo 1 teve como objetivo avaliar a reação de cinco porta-enxertos de pessegueiro à Meloidogyne incognita, em condições de casa-de-vegetação. Pode-se concluir que Seleção UFPel-0402‟, Okinawa‟, Flordaguard‟, Nagano Wild‟ e Seleção NR-0080407‟ são imunes a Meloidogyne incognita, podendo ser utilizados em programas de melhoramento genético de porta-enxertos de pessegueiro e também como alternativa de uso para implantação de pomares em áreas com ocorrência da praga. A resistência do Nagano Wild‟ necessita de estudos complementares para identificar, de forma mais clara, a amplitude dessa característica. No capítulo 2 objetivou-se avaliar a variabilidade genética e diferenciar 14 porta-enxertos de pessegueiro, estabelecendo-se um padrão molecular de caracterização para cada genótipo, baseado em locos de SSR, SCAR e STS, para futuros trabalhos de melhoramento genético. Neste estudo concluindo-se que marcadores de microssatélites permitem estabelecer com relativa facilidade um padrão molecular de genótipos de porta-enxertos de pessegueiro e resolver problema de homonímia, a exemplo dos genótipos de Okinawa avaliados, bem como seu uso permite verificar quais genótipos são mais contrastantes para uso em melhoramento genético. O capítulo 3 teve como objetivo estimar freqüências de recombinação, entre marcadores moleculares e o caractere cor de folha, a partir da análise de uma população F2 segregante ( Capdeboscq‟ x Flordaguard‟), e também verificar se a ligação ocorre de forma similar ao obtido em outras populações de mapeamento. Foram avaliados nove locos de microssatélites, sendo possível verificar, com base nos dados do presente trabalho e em mapas moleculares para Prunus spp. disponíveis na literatura, que os marcadores UDP96-013 e BPPCT-034 estão ligados em diferentes populações de mapeamento, sendo potenciais candidatos para uso na seleção de novos genótipos resistentes à M. incognita.

A esquistossomose é uma doença causada por trematódeos do gênero Schistosoma. Dentre os genes identificados no transcriptoma do parasita, membros da família gênica SmVAL (Schistosoma mansoni Venom Allergen-Like) foram apontados como candidatos vacinais. SmVALs foram identificadas em secreções de cercárias e esquistossômulos cultivados in vitro, os transcritos SmVAL4 e 24 foram localizados nas glândulas acetabulares de germ ball e a proteína nativa SmVAL4 foi identificada em extrato de cercárias, indicando funções durante a penetração da pele. Já os transcritos SmVAL13 e 14 foram localizados na glândula esofágica anterior de vermes adultos, sugerindo papéis no processo de alimentação sanguínea. A imunização com as proteínas rSmVAL4, 6, 7, 13, 14 e 18 coadministradas não protegeu camundongos contra o desafio experimental, porém, observou-se uma diminuição do número de fêmeas e do número de ovos no grupo imunizado. A investigação de funções para as proteínas secretadas mostrou que a rSmVAL18 interage com plasminogênio in vitro favorecendo a invasão do hospedeiro. / Schistosomiasis is a disease caused by trematodes of the genus Schistosoma. Among the genes identified in the parasite transcriptome, members of SmVAL (Schistosoma mansoni Venom Allergen-Like) gene family were proposed as vaccine candidates. SmVALs were identified in cercariae and schistosomule secretions in vitro, the SmVAL4 and 24 transcripts were located to the germ ball acetabular glands and SmVAL4 native protein was identified in cercariae extract, indicating functions in skin penetration. On the other hand, SmVAL13 and 14 transcripts were located to the anterior esophageal gland of adult worms, suggesting roles in the blood feeding processes. Immunization with rSmVAL4, 6, 7, 13, 14 and 18 proteins co-administered did not protected mice against experimental challenge, however, there was a decrease in the number of females and the number of eggs in the immunized group. The investigation of functions for secreted proteins showed that rSmVAL18 interacts with plasminogen in vitro thus favoring the host invasion.

O coronavírus de perus (TCoV) é o agente etiológico associado a síndrome de mortalidade entérica das aves (PEMS). PEMS é uma enfermidade entérica, aguda e altamente contagiosa dos perus caracterizada por depressão, anorexia, diarréia e alta mortalidade em lotes de perus comerciais. A presença do coronavírus de perus (TCov) foi pesquisada em 29 amostras de conteúdo intestinal de perus entre 10 e 104 dias de idade que apresentaram enterite severa no período de 2004 a 2006. A detecção do TcoV foi realizada realizada através da técnica da transcriptase reversa e da reação em cadeia pela polimerase (RT-PCR), mediante a amplificação da região 3 UTR, seguida pela amplificação dos genes 3 e 5. A caracterização molecular dos vírus foi realizada mediante a amplificação dos genes 3 e 5, que mostrou similaridade genética entre as amostras, mas diferenças com as sequencias dos outros TCoVs publicados previamente. Em relação ao gene 3, as amostras apresentaram maior relação com o vírus da bronquite infecciosa das aves (IBV), enquanto que com o gene 5 houve maior identidade com os cronavírus de faisão (PhCoV). Nossos resultados sugerem que a estratégia de amplificação da região 3 UTR provou ser uma estratégia eficaz para a detecção do TcoV em conteúdo intestinal. / Turkey coronavirus (TCoV) is causative agent associated to Poult Enteritis and Mortality Syndrome (PEMS) in turkeys wideworld. The disease is characterized by an acute highly contagious enteric disease of turkeys characterized by depression, anorexia, diarrhea and high mortality in co mMercial turkey flocks. The presence of turkey coronavirus (TCoV) in 29 intestinal content samples from turkey flocks aged between 10 and 104 days with severe enteritis was monitored in the period of 2004 to 2006. TCoV detection was accomplished by the reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), through amplification of the 3´UTR region, followed by amplification of genes 3 and 5. Molecular characterization of the viruses was done through amplification of genes 3 and 5, and showed evidence of genetic similarity between them, although they differed of sequences of other TCoVs described in the literature. In relation to gene 3, samples showed greater relationship with chicken infectious bronchitis virus (IBV), and while gene 5 showed greater identity with pheasant coronavirus (PhCoV). Our results suggest that the strategy of amplification of the 3´UTR region has proved to an effective means of detection of TCoV in intestinal contents.

O coronavírus de perus (TCoV) é o agente etiológico associado a síndrome de mortalidade entérica das aves (PEMS). PEMS é uma enfermidade entérica, aguda e altamente contagiosa dos perus caracterizada por depressão, anorexia, diarréia e alta mortalidade em lotes de perus comerciais. A presença do coronavírus de perus (TCov) foi pesquisada em 29 amostras de conteúdo intestinal de perus entre 10 e 104 dias de idade que apresentaram enterite severa no período de 2004 a 2006. A detecção do TcoV foi realizada realizada através da técnica da transcriptase reversa e da reação em cadeia pela polimerase (RT-PCR), mediante a amplificação da região 3 UTR, seguida pela amplificação dos genes 3 e 5. A caracterização molecular dos vírus foi realizada mediante a amplificação dos genes 3 e 5, que mostrou similaridade genética entre as amostras, mas diferenças com as sequencias dos outros TCoVs publicados previamente. Em relação ao gene 3, as amostras apresentaram maior relação com o vírus da bronquite infecciosa das aves (IBV), enquanto que com o gene 5 houve maior identidade com os cronavírus de faisão (PhCoV). Nossos resultados sugerem que a estratégia de amplificação da região 3 UTR provou ser uma estratégia eficaz para a detecção do TcoV em conteúdo intestinal. / Turkey coronavirus (TCoV) is causative agent associated to Poult Enteritis and Mortality Syndrome (PEMS) in turkeys wideworld. The disease is characterized by an acute highly contagious enteric disease of turkeys characterized by depression, anorexia, diarrhea and high mortality in co mMercial turkey flocks. The presence of turkey coronavirus (TCoV) in 29 intestinal content samples from turkey flocks aged between 10 and 104 days with severe enteritis was monitored in the period of 2004 to 2006. TCoV detection was accomplished by the reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), through amplification of the 3´UTR region, followed by amplification of genes 3 and 5. Molecular characterization of the viruses was done through amplification of genes 3 and 5, and showed evidence of genetic similarity between them, although they differed of sequences of other TCoVs described in the literature. In relation to gene 3, samples showed greater relationship with chicken infectious bronchitis virus (IBV), and while gene 5 showed greater identity with pheasant coronavirus (PhCoV). Our results suggest that the strategy of amplification of the 3´UTR region has proved to an effective means of detection of TCoV in intestinal contents.

O Brasil é considerado o país com o maior número absoluto de indivíduos infectados pelos vírus linfotrópicos de células T humanas dos tipos 1 e 2 (HTLV-1 e HTLV2), perto de 2,5 milhões; além disso, é também considerado epidêmico para o HIV e, portanto, casos de coinfecção HIV/HTLV são frequentes no país. O presente trabalho efetuou o seqüenciamento das regiões LTR, env e tax do genoma proviral do HTLV-1 e do HTLV-2 isolados das amostras de sangue de pacientes coinfectados pelo HIV-1 de Londrina e região (n=34) e de São Paulo (n=20), para realizar a caracterização molecular e determinar subtipos virais. Foram utilizadas na análise das sequências as ferramentas Sequencher 4.7, BLAST, Genotyping-NCBI, Subtyping-REGA, BioEdit 7.0.5.3, ClustalW, GenBank, PAUP 4.0.b10, Modeltest 3.7, TreeView 1.6.6 e MEGA4. As diversas análises confirmaram como subtipos prevalentes o HTLV-1a, subgrupo Transcontinental A, e o HTLV-2a (variante -2c). Foram detectadas assinaturas moleculares nos isolados do Brasil. Detectou-se o genótipo brasileiro taxA para o HTLV-1 e para o HTLV-2 a Tax longa, a qual é característica da variante HTLV-2c. Houve também a confirmação da troca de aminoácido S1909P no env dos HTLV-2. Especulou-se sobre duas entradas do HTLV-1 no Brasil e sobre a disseminação do HTLV-2c em grupos distintos quanto ao comportamento de risco e região geográfica. O estabelecimento de métodos laboratoriais otimizados para isolados brasileiros de HTLV-1 e HTLV-2 possibilitou melhor compreensão da diversidade genômica e da origem e disseminação dos HTLVs em populações coinfectadas pelo HIV no Brasil. / Brazil is considered the country with the major absolute number of individuals infected with human T-lymphotropic virus types 1 and 2 (HTLV-1 and HTLV-2), close to 2,500,000; moreover, it is also considered epidemic for HIV/Aids =and therefore HIV/HTLV coinfection is frequent in the country. This study aimed at sequencing the LTR, env and tax regions of the proviral genome of HTLV-1 and HTLV-2 isolated from blood samples obtained from patients coinfected with HIV-1 from Londrina and vicinities (n=34) and São Paulo (n=20), in order to perform the molecular characterization and viral subtyping. For sequences analysis, several bioinformatics tools were employed: Sequencher 4.7, BLAST, Genotyping-NCBI, Subtyping-REGA, BioEdit 7.0.5.3, ClustalW, GenBank, PAUP 4.0.b10, Modeltest 3.7, TreeView 1.6.6 and MEGA4. The results confirmed as prevalent the HTLV-1a subtype, the Transcontinental subgroup A, and the HTLV-2a (variant-2c). Molecular signatures characteristic of Brazilian isolates were detected: taxA Brazilian genotype in HTLV-1, and the long Tax which is characteristic of the HTLV-2c in HTLV-2. Also, it was confirmed the S1909P amino acid change in the env region of HTLV-2c. It was speculated on two entrances of HTLV-1 in Brazil, and on the spread of HTLV-2c in distinct groups related to risk factors and geographic region. The establishment and optimization of laboratory methods performed in this study allowed to get a better understanding on HTLVs genomic diversity, and to give insights on the origin and spread of HTLVs in populations coinfected with HIV in Brazil.

O Brasil é considerado o país com o maior número absoluto de indivíduos infectados pelos vírus linfotrópicos de células T humanas dos tipos 1 e 2 (HTLV-1 e HTLV2), perto de 2,5 milhões; além disso, é também considerado epidêmico para o HIV e, portanto, casos de coinfecção HIV/HTLV são frequentes no país. O presente trabalho efetuou o seqüenciamento das regiões LTR, env e tax do genoma proviral do HTLV-1 e do HTLV-2 isolados das amostras de sangue de pacientes coinfectados pelo HIV-1 de Londrina e região (n=34) e de São Paulo (n=20), para realizar a caracterização molecular e determinar subtipos virais. Foram utilizadas na análise das sequências as ferramentas Sequencher 4.7, BLAST, Genotyping-NCBI, Subtyping-REGA, BioEdit 7.0.5.3, ClustalW, GenBank, PAUP 4.0.b10, Modeltest 3.7, TreeView 1.6.6 e MEGA4. As diversas análises confirmaram como subtipos prevalentes o HTLV-1a, subgrupo Transcontinental A, e o HTLV-2a (variante -2c). Foram detectadas assinaturas moleculares nos isolados do Brasil. Detectou-se o genótipo brasileiro taxA para o HTLV-1 e para o HTLV-2 a Tax longa, a qual é característica da variante HTLV-2c. Houve também a confirmação da troca de aminoácido S1909P no env dos HTLV-2. Especulou-se sobre duas entradas do HTLV-1 no Brasil e sobre a disseminação do HTLV-2c em grupos distintos quanto ao comportamento de risco e região geográfica. O estabelecimento de métodos laboratoriais otimizados para isolados brasileiros de HTLV-1 e HTLV-2 possibilitou melhor compreensão da diversidade genômica e da origem e disseminação dos HTLVs em populações coinfectadas pelo HIV no Brasil. / Brazil is considered the country with the major absolute number of individuals infected with human T-lymphotropic virus types 1 and 2 (HTLV-1 and HTLV-2), close to 2,500,000; moreover, it is also considered epidemic for HIV/Aids =and therefore HIV/HTLV coinfection is frequent in the country. This study aimed at sequencing the LTR, env and tax regions of the proviral genome of HTLV-1 and HTLV-2 isolated from blood samples obtained from patients coinfected with HIV-1 from Londrina and vicinities (n=34) and São Paulo (n=20), in order to perform the molecular characterization and viral subtyping. For sequences analysis, several bioinformatics tools were employed: Sequencher 4.7, BLAST, Genotyping-NCBI, Subtyping-REGA, BioEdit 7.0.5.3, ClustalW, GenBank, PAUP 4.0.b10, Modeltest 3.7, TreeView 1.6.6 and MEGA4. The results confirmed as prevalent the HTLV-1a subtype, the Transcontinental subgroup A, and the HTLV-2a (variant-2c). Molecular signatures characteristic of Brazilian isolates were detected: taxA Brazilian genotype in HTLV-1, and the long Tax which is characteristic of the HTLV-2c in HTLV-2. Also, it was confirmed the S1909P amino acid change in the env region of HTLV-2c. It was speculated on two entrances of HTLV-1 in Brazil, and on the spread of HTLV-2c in distinct groups related to risk factors and geographic region. The establishment and optimization of laboratory methods performed in this study allowed to get a better understanding on HTLVs genomic diversity, and to give insights on the origin and spread of HTLVs in populations coinfected with HIV in Brazil.