Orientador: Aranaldo Y. Kuaye ; Antonio de M. Serrano / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engeharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-19T23:55:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Almeida_RogeriaComastrideCastro_D.pdf: 4799351 bytes, checksum: 6ab89d95d68cf0032e6712e6cba57f1e (MD5) Previous issue date: 1995 / Resumo: Análise de perigos e pontos críticos de controle- APPCC- na preparação de quatro pratos cárneos foi conduzida em um restaurante institucional da Universidade Estadual de Campinas, em Campinas, SP. Esta análise consistiu do acompanhamento dos processamentos de bife a role, bifes ao molho, à "pizzaiollo" e acebolado, carne moída e carne assada para elaboração do fluxograma dessas preparações, para identificação dos pontos críticos de controle (PCC) em cada processamento. Os pontos críticos de controle identificados foram monitorados através da checagem do binômio tempo-temperatura de processamento e de análises microbiológicas dos alimentos, dos utensílios e das mãos de manipuladores consistindo de contagem de microrganismos aeróbios mesófilos totais, Staphylococcus aureus, Clostridium perfringens e Salmonella spp. e da contagem de aeróbios mesófilos totais do ar ambiente. Para alguns pontos críticos de controle foram adotadas medidas corretivas e avaliação da eficácia das mesmas. Os PCC identificados nos processamentos de todos os bifes e da carne moída foram as matérias primas e as etapas da cocção, adição de ingredientes e a manutenção. No processamento da carne assada os PCC identificados foram as matérias primas e as etapas da cocção, resfriamento, fatiamento e aquecimento. Em geral, os alimentos foram cozidos a temperaturas que destruíram as formas vegetativas dos microrganismos patogênicos responsáveis por toxinfecções alimentares. Embora, na manutenção, os alimentos tenham sido deixados à temperatura ambiente, o intervalo de tempo inferior a 2 horas, impediu grandes aumentos da população microbiana, permanecendo as contagens baixas. Foram observados perigos microbiológicos nos PCC em relação à contagem de S. aureus nas matérias primas do bife à role e carne moída. Durante o resfriamento da carne assada, verificou-se que 83% das amostras apresentavam condições de tempo-temperatura que permitiam a multiplicação de células vegetativas de microrganismos patogênicos e na etapa do aquecimento, 67% das amostras apresentaram condições para a sobrevivência dos microrganismos mencionados. Também observou-se práticas inadequadas no fatiamento, tais como manipulação por mãos nuas e utilização de utensílios não sanificados, que permitiam a ocorrência de contaminação cruzada. Na investigação dos utensílios usados, 83% das pás de madeira e 73% das cubas apresentaram contagens de microrganismos aeróbios mesófilos totais na classificação "perigoso" ou "insatisfatório" (>20 UFC/cm2), de acordo com os padrões sugeridos na literatura. As facas e assadeiras utilizadas no processamento da carne assada também apresentaram-se com as contagens microbianas nessa classificação em 80% e 20% das amostras, respectivamente. S. aureus foram isolados das pás de madeira, cubas e facas e C. perfringens foram isolados das cubas. Na investigação das mãos dos manipuladores as contagens de microrganismos aeróbios mesófilos totais atingiram valores de até 107 UFC/mão e estavam contaminadas com S. aureus e C. perfringens. Estes resultados evidenciaram os riscos da transmissão de microrganismos patogênicos aos alimentos pelas mãos destes manipuladores. No monitoramento do ar ambiente a contagem média de microrganismos aeróbios mesófilos totais na seção entre fritura e cocção foi de 8,2 X 10 UFC/cm2/semana e na seção de fatiamento foi de 7,4 X 10 UFC/cm2/semana, superiores ao padrão da NASA, 3,2 X 10 UFC/cm2/semana, porém inferiores àquelas encontradas em outras cozinhas de restaurantes nacionais. A adoção de medidas corretivas como controle de tempo-temperatura nos processamentos, antissepsia das mãos dos manipuladores com um iodóforo, emprego de luvas descartáveis e sanitização dos utensílios com hipoclorito de sódio, contribuiu para abaixar o nível de contaminantes anteriormente observado e, dessa forma, ter sob controle aqueles pontos críticos que não atendiam aos critérios adotados no sistema. / Abstract: Hazard analysis critical control points (HACCP) evaluations were made on the manufacture of four meat dishes in an institutional restaurant of the Campinas State University, in Campinas city of the state of São Paulo, Brazil. These analyses consisted in detailed studies of the manufacture process of role beef, beef slices, beef slices in sauces, onion beef slices, pizzaiollo beef slices, ground beef and roast beef in order to construct flow diagrams (flow charts) of these preparations to identify the critical control points (CCP). Identified critical control points were monitored by recorded time-temperature processing data and by microbiological testing of these meat dishes, of the utensils, and workers' hands. Samples were examined for the common indicators, including total aerobic mesofilic plate counts (APC), as well as the common food pathogens such as S. aureus, C. perfringens and Salmonella spp., air samples were also submitted to APC. Appropriated corretive measures were implemented at CCP that showed hazards to the manufacturing of these meat dishes and evaluation of their efficacy. The critical control points identified from all beef and gound beef processing are raw meat and ingredients, and the stages of cooking, addition of ingredients and holding. In the process of roast beef the CCP are raw meat at the stages of cooking, cooling, slicing and heating. Meat dishes were usually cooked in temperatures that should have killed vegetative forms of foodborne pathogens. Although, at holding, the dishes were held at ambient temperatures, the periods were short to preclude multiplication of these bacteria. Hazards of CCP were primarily associated to S. aureus counts from raw meats used to the manufacture of role beef and ground beef. During cooling of roast beef, the potential for multiplication of vegetative cells of foodborne pathogens existed in 83% of the samples and during reheating, these organisms would have survived in 67% of the geometric centers of the roast beef. Opportunities were observed for cross contamination of roast beef during slicing operations by workers' hands and utensils. Investigations on the utensils showed that 83% of the wooden paddle and 73% of the stainless steel containers had high counts of APC (>20 CFU/cm2) and were classified as "hazardous" or "unsatisfactory", according to standards of literature. Eighty percent of the knives and 20% of aluminum baking pans used in the processing of roast beef were out of the standards. S. aureus was isolated from the wooden paddles, stainless steel containers and knives and C. perfringens was isolated from the containers. Workers¿ hands showed PC A counts up to 107 CFU/hand and presence of S. aureus and C. perfringens. These results show that handling of food by such workers would be a risk in transmitting pathogenic microrganisms to them. Monitoring ambient air, the APC counts range in the cooking section were 8,2 X 10 CFU/cm2/week and the slicing section were 7,4 X 10 CFU/cm2/week, which are greater than NASA standard, 3,2 X 10 CFU/cm2/week, but at lower levels than those in national restaurants. The adoption of apropriate measures such as time-temperature control, antiseptic treatment of hands with iodophors; utilization of plastic gloves, utilization of sanitized utensils with sodium hipoclorite, contributed to the reduction of the microbiological counts as well as to control the critical points. / Doutorado / Doutor em Tecnologia de Alimentos

Orientador: Hirasilva Borba / Resumo: O objetivo deste estudo foi avaliar as possíveis alterações de qualidade da carne de peito de frango contendo estrias brancas durante o congelamento por 12 meses (prazo de validade determinado para carne de frango congelada, pelo MAPA), para comprovar se é possível armazenar esse tipo de carne durante o tempo preconizado nas embalagens sem que haja alteração de qualidade que comprometa o consumo. Foram utilizadas amostras do músculo Pectoralis major, provenientes de frangos de corte machos, da linhagem Cobb 500, contendo estrias brancas nos graus moderado e severo, bem como amostras de um grupo controle (ausência de estrias - normal). Parte das amostras (n=60; n=20 para cada grau de severidade) foi analisada no dia da coleta (início). As demais amostras (n=240) foram armazenadas (-20°C) por até 12 meses. No final de cada período de congelamento proposto (3, 6, 9 e 12 meses) foram avaliados cor, pH, capacidade de retenção e água, perda de peso por cozimento, maciez, oxidação lipídica, composição química, concentrações de colesterol e colágeno, índice de fragmentação miofibrilar e comprimento de sarcômero. Foi realizada também análise microbiológica de amostras no início e após 12 meses de congelamento. Nota-se que a miopatia, atrelada ao congelamento, proporciona aumento na maciez da carne; com redução da proteína bruta e matéria mineral e aumento da umidade, gordura e colesterol, sem afetar os teores de colágeno da carne. Houve processos de degradação miofibrilar e lipidose d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to analyze the possible quality changes of white striping containing chicken breast meat during freezing for 12 months (industry-determined shelf-life for frozen chicken meat) to establish whether it is possible to store this type of meat during the recommended time on the packaging without any quality change that may compromise the consumption. Pectoralis major muscle samples were used from male Cobb 500 broiler chickens containing moderate and severe white strips, as well as samples from a control group (absence of strips - normal). Part of the samples (n = 60; n = 20 for each degree of severity) was analyzed on the day of collection (at the beginning). The remaining samples (n = 240) was stored (-20 ° C) for up to 12 months. At the end of each proposed freezing period (3, 6, 9 and 12 months), color, pH, retention capacity of water, cooking weight loss, softness, lipid oxidation, chemical composition, cholesterol and collagen concentration, myofibrillar fragmentation index and sarcomere length were evaluated. Microbiological analyses of samples were also performed at the beginning and after 12 months of freezing. It is observed that myopathy, due to freezing, provides an increase in meat tenderness, with a reduction in crude protein and mineral matter, and an increase in meat moisture, fat, cholesterol. White Striping did not affect meat collagen levels. The consumption of frozen broiler meat kept its quality even with myopathy and it could be used... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Hirasilva Borba / Resumo: Este estudo foi desenvolvido com o objetivo de caracterizar as possíveis variações da qualidade da carne de peito de frango amadeirado durante o congelamento por 12 meses, de modo a comprovar se há possibilidade de armazenar esse tipo de carne durante o tempo preconizado nas embalagens sem que haja alteração de qualidade que possa comprometer o consumo. Foram utilizadas em total 300 amostras, sendo 40 amostras acometidas por peito de madeira (graus moderado (n=20) e severo (n=20) e também amostras classificadas como normais (n=20) (ausência da miopatia – grupo controle) de frangos machos da linhagem Cobb 500, abatidos aos 42 dias de idade. Parte das amostras (n=60; n=20 para cada grau de severidade) foi analisada no dia da coleta (início). As demais amostras (n=120) foram armazenadas (-18°C) por até 12 meses. Ao final de cada período de congelamento proposto (3, 6, 9 e 12 meses) foram realizadas as análises físicas e químicas. Foram avaliadas cor, pH, capacidade de retenção e água, perda de peso por cozimento, maciez, oxidação lipídica, composição química, concentração de colesterol, colágeno, analise microbiológica. Houve interação significativa (p<0.05) entre os graus de miopatia e tempo de armazenamento para as variáveis de intensidade de amarelo, colágeno total e insolúvel, volume de exsudato, oxidação lipídica e concentração de colesterol. Além disso, houve uma redução dos percentuais de capacidade de retenção de água, cinzas e proteína, acompanhados de aumento de valore... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This study will be developed with the aim of studying the possible effects of the freezing for up to 12 months (validity period determined by the industry for frozen chicken meat) on the meat quality from broiler chickens affected by the different degrees of wooden breast myopathy, in order to verify if it’s possible to store this meat during the time recommended in the packaging without there being a change of quality that could compromise the safe consumption. We used 60 samples affected by wooden breast (moderate (n = 20) and severe (n = 20)) and also samples classified as normal (n = 20) (absence of myopathy - control group) of male broilers Cobb 500, slaughtered at 42 days of age. Part of the samples (n = 60; n = 20 for each degree of severity) was analyzed on the day of collection (beginning). The remaining samples (n=120) will be stored (-18 °C) for up to 12 months. At the end of each proposed freezing period (3, 6, 9 and 12 months), physical and chemical analyzes will be carried out. Color, pH, water holding capacity, cooking loss, tenderness, lipid oxidation, chemical composition, cholesterol concentration, total, soluble and insoluble collagen, microbiologic analyses. There was a significant interaction (p <0,05) between the degrees of myopathy and storage time for the variable’s intensity of yellow, total and insoluble collagen, exudate volume, lipid oxidation and cholesterol concentration. In addition, there was a reduction in the percentages of moisture, ash and ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Ricardo Andrade Reis / Resumo: O objetivo do trabalho foi avaliar o efeito da suplementação sobre o desempenho, utilização de nitrogênio e mitigação de gás metano (CH4) em tourinhos Nelore na recria e, como o histórico de suplementação influencia no desempenho, expressão gênica e qualidade da carne desses animais. O trabalho foi dividido em experimento de recria e em experimento de terminação. Na recria, foram utilizados 60 tourinhos Nelores com idade média de 12 meses distribuidos em 9 piquetes de capim Marandú recebendo três tipos de suplementação a 0,3% PC: FS) suplemento múltiplo (proteico – energético) com farelo de soja; SE) suplemento energético e SD) suplemento múltiplo com DDG. Concomitante a este experimento, seis animais castrados e fistulados no rúmen, foram distribuidos nos três tratamentos para avaliação de consumo dos nutrientes, parâmetros ruminais e balanço e eficiência microbiana em delineamento quadrado latino duplo incompleto. Dentre os 60 animais destinados a avaliação de desempenho, foram escolhidos 18 tourinhos para determinação de produção de CH4. A análise estatística utilizada no experimento de desempenho e produção de gás metano foi o delineamento interamente casualizado. No experimento de terminação, foram utilizados 80 tourinhos Nelore que, na recria, receberam quatro tipos de suplementos: MM) mistura mineral ad libitum; FS; SE e SD foram terminados em dois sistemas. Dez animais de cada tratamento permaneceram em pasto e receberam suplemento de alto consumo a base de milho e DD... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to evaluate the effect of supplementation on performance, nitrogen use and methane gas (CH4) mitigation in Nellore bulls on post weaning phase and, investigate how the history of supplementation influences performance, gene expression and meat quality of these bulls. The study was divided into post weaning experiment and finishing experiment. On post weaning phase, 60 Nellore’s bulls with an average age of 12 months, were distributed in 9 paddocks receiving three types of supplementation at 0.3% PC: SB) multiple supplementation (protein - energy) with soybean meal; ES) energy supplement and SD) multiple supplement with DDG. Concomitant to this experiment, six castrated and fistulated animals were distributed in three treatments (two animals per treatment) for nutrient intake evaluation, ruminal parameters, nitrogen balance and microbial efficiency in the incomplete double-square Latin design. Among those 60 animals used for performance evaluation, 18 bulls were selected for determination of CH4 production. The statistical analysis used in the methane gas production and performance experiment was randomly designed as the data analysis was performed using the SAS (2008). On finishing experiment, 80 Nellore bulls were used receiving four types of supplements: MM) mineral mixture ad libitum; FS; SE and SD (20 animals per treatment) on post weaning phases were finished in two systems. Ten animals from each treatment keep on pasture and receive high intake... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Mário De Beni Arrigoni / Coorientador: Danilo Domingues Millen / Banca: Marco Aurílio Factori / Banca: Rodrigo Silva Goulart / Resumo: Objetivou-se com este trabalho avaliar a inclusão de Cloridrato de Zilpaterol (CZ) na ração de bovinos Nelore quanto ao efeito no desempenho produtivo, nas características de carcaça, no comportamento ingestivo e na qualidade de carne de bovinos Nelore confinados. Foram utilizados 72 animais machos, sendo 36 castrados e 36 não castrados, com peso vivo médio inicial de 347,5 kg ± 21.61 kg, e provenientes de recria em sistema de pastejo contínuo. O delineamento experimental foi de blocos casualizados em arranjo fatorial 2 x 2 (sexo e adição de CZ), constituindo os seguintes tratamentos: castrados sem adição de CZ (C) ou com adição de CZ (CZ) e não castrados sem adição de CZ (NC) ou com adição de CZ (NCZ). Cada tratamento foi composto por 6 baias (3 animais/baia), sendo estas consideradas as unidades experimentais para este estudo. A administração de 7,5 mg/kg de MS de CZ ocorreu por 20 dias durante o período final de confinamento, respeitando a carência de três dias antes do abate. Houve efeito significavo (P < 0,01) de CZ para GPD e EA durante o período tratado. Para o mesmo período houve interação (CZ x Sexo) (P < 0,04) com redução de IMAS e IMASPV para os animais CCZ apenas. A administração de CZ durante o período total de confinamento resultou (P < 0,04) em redução na IMASPV e melhora da EA e EB. Houve incremento (P < 0,04) no PCQ, RC, PCF, e AOL para os animais alimentados com CZ. A suplementação com CZ aumentou significativamente (P < 0,05) os pesos da maioria dos cortes carneos da região do quarto traseiro. Não foi observado efeito significativo (P > 0,05) sobre a EGSF, força de cisalhamento e coloração da carne. Para a análise sensorial de carne, bovinos castrados não foram prejudicados quando suplementados com CZ. Assim sendo, a adição de CZ em dietas de terminação para bovinos Nelore castrados e não castrados, proporcionou melhora no desempenho ... / Abstract: This objective was to evaluate the inclusion of Zilpaterol hydrochloride (CZ) ration on performance, carcass characteristics, feeding behavior and meat quality of feedlot Nellore. 72 male animals were used, 36 steers and bulls 36, with average weight of 347.5 kg ± 21.61 kg, and from rearing in continuous grazing. The experimental design was a randomized block in a 2 x 2 factorial arrangement of treatments (sex and ZH), as follows: steers without CZ (CC) or with CZ (CCZ), bulls without CZ (NCC) or with CZ (NCCZ). Each treatment consisted of 6 pens (3 animals/pen), which were considered the experimental units for this study. The CZ was administrated during the last 20 days of feeding (7,5 mg/kg of dry matter), allowing 3 days of withdrawl priot to slaughter. There was CZ main effect (P < 0,01) for average daily gain and feed efficiency during CZ treatment period. Morevoer, it was an interaction (Sex x CZ) (P < 0,04) where both dry matter intake in kilos (DMI) and as percentage of body weight (IMSPV) were reduced for CCZ. The administration of CZ considering the entire trial resulted (P < 0,04) in reduction of IMSPV and improved feed and biological efficiencies. Also, it was observed a CZ main effect (P < 0,04), where animals fed CZ presented heavier hot and cold carcass weight, and larger LM area. The feeding of CZ led to heavier weights for most of the meat cuts analyzed, especially the cuts from the hindquarter. No significant CZ main effect was observed for final 12th back fat thickness, shear force and meat color. For sensory analysis of meat, steers were not harmed when supplemented with CZ. Thus, the addition of CZ in diets for finishing Nellore bulls and steers improves performance and carcass yield without substantially affecting the quality of the final product. / Mestre

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Coorientador: Luis Artur Loyola Chardulo / Banca: Saulo da luz e Silva / Banca: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Fernando Sebastian Baldi Rey / Resumo: A atuação das enzimas proteolíticas durante o post-mortem é um dos principais fatores que determinam a qualidade da carne, sendo as enzimas calpaína e calpastatina uma das principais atuantes neste processo. O objetivo deste estudo foi avaliar a relação entre a expressão gênica dos genes CAPN1, CAPN2 e CAST, a quantificação das enzimas µ-calpaína, m-calpaína e calpastatina, dentro de grupos contrastantes para maciez e crescimento animal. Foram utilizados dados de 90 animais machos não castrados da raça Nelore, com idade aproximada de 24 meses, permanecendo em confinamento por 95 dias. Após o abate foram colhidas amostras do músculo Longissimus thoracis entre a 9ª e 13ª costelas, da meia-carcaça esquerda. As amostras coletadas foram utilizadas para medir a área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS), índice de marmorização (IM), perdas por cozimento, coloração instrumental da carne e força de cisalhamento (FC). A partir do restante da carne, foram coletadas alíquotas para a realização das análises de índice de fragmentação miofibrilar (MFI) e lipídeos totais (LT). Foram coletadas alíquotas para a análise da expressão gênica e quantificação das enzimas. Os dados de força de cisalhamento foram utilizados como critério para a separação em carne macia e dura. Também foram utilizadas o ganho de peso para a separação quanto ao crescimento animal. Os seguintes grupos (n=10) foram formados: Leve, Pesado, Duro e Macio. As análises estatísticas foram realizadas ut... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The role of proteolytic enzymes during the post-mortem is one of the main factors that determine the quality of the meat, and the enzymes calpain and calpastatin are one of the main factors in this process. The aim of this study was to evaluate the gene expression of the genes CAPN1, CAPN2 and CAST, and quantify the enzymes μ-calpain, m-calpain and calpastatin within contrasting groups animal growth, and thougness. 90 animals data were used uncastrated male Nellore, aged approximately 24 months remaining in confinement for 95 days. After slaughter were harvested Longissimus muscle samples thoracis between the 9th and 13th ribs, the left half-carcase. The samples were used to measure the ribeye area (REA), subcutaneous fat thickness (SFT), marbling index (MI), cooking loss, instrumental color of the meat and shear force (SF). From the rest of the meat, aliquots were collected to perform the myofibrillar fragmentation index analysis (MFI) and total lipids (TL). Were collected aliquots for the analysis of gene expression and quantification of enzymes. The data of shear force were used as criteria for the separation of tender and tough meat. The characteristics of weight gain for the separation on the animal growth were also used. The following groups (n=10) were formed: lightweight, Heavy, tough meat and tender meat. Statistical analyzes were performed using the GLM and MIXED procedure of Statistical Analysis System program. In this study there was no difference in the expressio... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Gregório Miguel Ferreira de Camargo / Banca: Danisio Prado Munari / Banca: Saulo da Luz e Silva / Banca: Ana Fabrícia Braga Magalhães / Resumo: Este estudo propôs avaliar uma outra forma de detecção de variações estruturais no genoma bovino, as variações no número de cópias CNVs, e sua associação com características de qualidade de carne. O capitulo 1 aborda considerações gerais e revisão de literatura das características de qualidade da carne e de sua inclusão em estudos genômicos, bem como a utilização das variações do número de cópias em estudos de associação com características de interesse econômico para a agropecuária brasileira. O capítulo 2 teve como objetivo explorar diferentes softwares para avaliar diferenças na detecção de CNVs em uma população de bovinos da raça Nelore. A diferença metodológica entre os softwares pode ser a causa da diferença de CNVR detectados em ambos os métodos. Os grupos funcionais enriquecidos significativos foram relacionados a funções de ligações de ATP, bem como estruturas das membranas celulares e resposta do sistema imunológico. A presença de genes do tipo LOC também é bastante interessante, pois estes são genes os quais ainda não foram confirmadas sua função biológica, necessitando de mais estudos para a determinação da mesma. O estudo de diferentes algoritmos na detecção de CNVRs pode divergir dependendo das plataformas e metodologias aplicadas em cada software, como foi observado no presente estudo. A sobreposição dos mesmos nos fornece maior confiabilidade na detecção de regiões de CNVs. O capítulo 3 propôs identificar regiões no genoma de bovinos da raça Nelore que apresen... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to evaluate another way to detect structural variations in bovine genome, the variations in CNVs number of copies and its association with meat quality traits. Chapter 1 addresses general considerations and literature review of meat quality traits and their inclusion in genomic studies, as well as the use of variations in the number of copies in association studies with characteristics of economic interest for Brazilian agribusiness. Chapter 2 aimed to explore different softwares to evaluate differences in the detection of CNVs in a population of Nellore cattle. The difference in methodologies between the softwares can be the cause of the difference in CNVR detected in both methods. Significant enriched functional groups were related to ATP binding functions, as well as cell membrane structures and immune system response. The presence of genes of the LOC type is also very interesting, since the biological function of these genes have not been confirmed yet, requiring further studies to determine the same. The study of different algorithms in CNVRs detection can differ depending on the applied platforms and methodologies in each software, as it was observed in this study. The overlaps can provide more reliability in the detection of CNVs regions. Chapter 3 proposed to identify genome regions of Nellore cattle that presented variations in the number of copies (CNV: copy number variation) and to study the genetic association of CNVs with quantitative an... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Telma Teresinha Berchielli / Coorientador: Giovani Fiorentini / Banca: Saulo da Luz e Silva / Banca: Otavio Rodrigues Machado Neto / Banca: Paulo Henrique Moura Dian / Banca: Juliana Duarte Messana / Resumo: O glicerol é um substrato utilizado por bactérias que metabolizam o lactato ruminal e a virginiamicina é um antibiótico não ionóforo que inibe o crescimento de bactérias gram-positivas produtoras de lactato. Foram realizados dois experimentos para avaliar os efeitos da glicerina bruta (GB) e da virginiamicina (VM) na ingestão, digestibilidade, fermentação ruminal, população microbiana, desempenho, características de carcaça e perfil de ácidos graxos da carne de bovinos Nelore. Os tratamentos experimentais foram organizados em um arranjo fatorial 2 × 2: dietas sem virginiamicina (VM-) ou 25 mg de virginiamicina/kg de matéria seca (VM+) combinadas com dietas sem glicerina bruta (GB-) ou 100 g de glicerina bruta/kg de matéria seca (GB+). O bagaço de cana-de-açúcar foi usado como forragem na proporção de 20% na matéria seca (MS) da dieta e a GB substituiu o milho na formulação da dieta. No primeiro experimento, foram utilizados oito bovinos Nelore fistulados no rúmen (Peso corporal = 600 ± 34 kg, 26 ± 3 meses) em um quadrado latino 4×4 replicado (período= 21 dias) para se avaliar a digestibilidade dos nutrientes, fermentação ruminal e população microbiana. A ingestão de MS teve uma tendência a aumentar em dietas com GB (P = 0,07). As digestibilidades aparentes totais dos nutrientes foram semelhantes entre as dietas (P ≥ 0,10). As dietas com GB ou VM apresentaram valores de pH similares (média = 6,15; P ≥ 0,10). A proporção de propionato aumentou 27,5% nas dietas com GB+, independ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Glycerol is a substrate used for bacteria that metabolize ruminal lactate and virginiamicyn is a non-ionophore antibiotic that inhibits the growth of gram-positive lactate-producing bacteria. Two experiments were conducted to evaluate the effects of crude glycerin (CG) combined with virginiamycin (VM) on intake, digestibility, ruminal fermentation, microbial population, performance, carcass traits and fatty acid profile of meat from feedlot Nellore cattle. Treatments were arranged in 2 × 2 factorial design: diets without virginiamycin (VM-) or virginiamycin at 25 mg/kg DM (VM+) combined with diets without crude glycerin (CG-) or CG (80% glycerol) at 100 g/kg DM (CG+). The sugar cane bagasse was used as the exclusive roughage in the proportion of 20% in the dry matter (DM) of diet and crude glycerin replaced corn in the diet formulation. In the first experiment, eight rumen fistulated bulls (BW= 600 ± 34 kg; 26 ± 3 months) were used in a replicated 4 × 4 Latin square (21-d periods) to evaluate the digestibility, ruminal fermentation and microbial population. The intake of DM had a tendency to be greater in CG+ than CG- diets (P = 0.07). Apparent total tract digestibilities of nutrients were similar among diets (P ≥ 0.10). Diets with CG or VM had similar values of pH (mean=6.15; P ≥ 0.10). The proportion of propionate increased 27.5% in CG+ diets, regardless of VM inclusion (P = 0.01). In the second experiment, forty-eight bulls with initial BW (408.4 ± 22.2 kg; 21 ± 2 months) ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Gregório Miguel Ferreira de Camargo / Coorientador: Rafael Medeiros de Oliveira Silva / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Angélica Simone Cravo Pereira / Banca: Danísio Prado Munari / Resumo: O objetivo deste estudo foram realizar associação genômica ampla (GWAS) e predição genômica utilizando haplótipos como marcadores genéticos para o perfil de ácidos graxos da gordura intramuscular do músculo Longissimus dorsi em bovinos Nelore. Foram utilizados dados de 963 machos da raça Nelore terminados em confinamento, provenientes de fazendas que integram três programas de melhoramento genético. O grupo de contemporâneo foi formado por animais nascidos na mesma fazenda e safra, e do mesmo grupo de manejo ao sobreano. Para a determinação do perfil de ácidos graxos foi utilizado para a extração dos lipídeos o método Folch e para a metilação o método Kramer. Para a genotipagem foi utilizado um painel com mais de 777.000 SNPs do BovineHD BeadChip (High-Density Bovine BeadChip) da Illumina. O controle de qualidade foi feito considerando MAF < 0,05 e Call rate < 90%. Após o CQ, 469.981 SNPs permaneceram nas análises. A imputação dos "missing" e o "phasing" do genótipo foram realizados utilizando o software FImpute. A definição dos blocos de haplótipos foi realizada baseada no desequilíbrio de ligação utilizando o software HaploView. No capítulo 2 as análises estatísticas incorporando as informações dos haplótipos foram realizadas utilizando o software ASREML implementando o método REML. O modelo incluiu efeitos fixos do grupo contemporâneo (62 níveis), haplótipo (regressão linear no número de cópias) e idade ao abate como covariável linear. Os valores de p foram ajustados pelo ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study were genome-wide association (GWAS) and genomic prediction using haplotypes approach for fatty acid profile of intramuscular fat of longissimus dorsi muscle in Nellore cattle. The investigated dataset contained records from 963 Nellore bulls, finished in feedlot (90 days) and slaughter with about two years old. Meat samples of Longissimus dorsi muscle, between the 12th and 13th ribs of the left half-carcasses, were taken to measure the fatty acids (FAs). FAs were quantified by gas chromatography (GC-2010 Plus - Shimadzu AOC 20i autoinjector) using SP-2560 capillary column (100 m x 0.25 mm diameter with 0.02 mm thickness, Supelco, Bellefonte, PA). The animals were genotyped using the high-density SNP panel (BovineHD BeadChip assay 777k, Illumina Inc., San Diego, CA). Those SNP markers with minor allele frequency less than 0.05, call rate less than 90%, monomorphic, located on sex chromosomes, and those with unknown position were removed from the analysis. After genomic quality control, 469,981 SNPs and 892 animals were available for the analyses. Missing genotypes were imputed and genotypes were phased to haplotypes using FImpute software. Haplotype blocks were defined based on linkage disequilibrium using HaploView software. In chapter 2, statistical analyzes incorporating the haplotype information were performed using ASREML software implementing the REML method. The model included fixed effects of the contemporary group (62 levels), haplotype (linear r... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Flávio Dutra de Resende / Banca: Izabelle Auxiliadora M. de Almeida Teixeira / Banca: Pedro Veiga Rodrigues Paulino / Resumo: O objetivo do estudo foi avaliar o efeito do método de castração (cirúrgico ou imunológico) sobre a deposição de tecido muscular e adiposo, desempenho, características da carcaça e da carne de machos F1 Aberdeen Angus x Nelore. Foram utilizados 30 animais com peso corporal de 233,0 ± 38,2 kg e 8 meses de idade, divididos em três grupos distintos: animais não castrados (NC), castrados cirurgicamente (CC) e imunocastrados (IC) com Bopriva® (anti-GnRH). Para o estudo da dinâmica de deposição de tecido muscular e adiposo foi feita ultrassonografia no início do experimento e posteriormente a cada 42 dias, juntamente com pesagem e coleta de sangue para determinar a concentração sérica de testosterona. Ao final do período experimental todos os animais foram abatidos e suas carcaças avaliadas. O delineamento experimental utilizado foi o inteiramente casualisado. Houve interação entre tratamento e período de avaliação para ganho médio diário, peso corporal, testosterona, circunferência escrotal, e deposição de musculo e gordura. Em média, as estratégias de castração reduziram o ganho em peso em 12,7 %, conferindo pesos ao abate 7 % superior aos animais não castrados. Não houve diferença significativa para a taxa de deposição de tecido muscular entre os tratamentos, porém o grupo CC teve a maior taxa de deposição de gordura, seguido do IC e NC, resultando em maior espessura de gordura final na carcaça. Os animais NC apresentaram maiores pesos de carcaça quente e fria em relação aos castrados (CC e IC). Os grupos castrados apresentaram as menores perdas por resfriamento em relação aos NC. Em relação aos cortes primários os machos NC tiveram maiores pesos absolutos e rendimentos de dianteiro e menor de ponta de agulha... / Abstract: The objective of the study was to evaluate the effect of castration methods (surgical or immunological) on the deposition of muscular and subcutaneous fat tissues, performance, carcass traits and meat quality traits of beef cattle F1 males Aberdeen Angus x Nellore . Thirty animals were used with body weights of 38.2 kg ± 233.0 and 8 months old. These were divided into three groups: non-castrated animals (NC), castrated (CC) and immunocastrated (IC) with Bopriva ® (anti - GnRH). To study the dynamics of deposition of muscle and adipose tissues was performed ultrasonography at baseline and then every 42 days, along with weighing and blood sampling to determine the serum testosterone concentration. At the end of the experiment all animals were slaughtered and their carcasses evaluated. The experimental design was a completely randomized design. There was an interaction between treatment and evaluation period for average daily gain, body weight, testosterone, CE, and deposition of muscle and fat. On average strategies castration reduced the weight gain of 12.7 %, giving slaughter weights 7 % higher than the uncastrated animals. There was no significant difference in the rate of deposition of muscle tissue between treatments, but the CC group had a higher rate of fat deposition, followed by the IC and NC, resulting in greater fat thickness end of the housing. NC animals showed higher hot and cold carcass than steers (CC and IC). Castrated groups presented lower cooling losses compared to NC. Regarding the primary cuts NC males had higher absolute weights and yields lower front and side cut... / Mestre