This study characterized Salmonella enterica serovar Heidelberg from human, abattoir poultry and retail poultry isolates to examine the molecular relationships of cefoxitin resistance between these groups. A total of 147 S. Heidelberg (70 cefoxitin-resistant and 77 cefoxitin-susceptible) isolates were studied. All cefoxitin-resistant isolates were also resistant to amoxicillin-clavulanic acid, ampicillin, ceftiofur and ceftriaxone, and all contained the CMY-2 gene. Pulsed-field gel electrophoresis typing illustrated that 93.9% isolates clustered together with ≥ 90% similarity. Core genome analysis using whole genome sequencing identified 12 clusters of isolates with zero to four single nucleotide variations. These clusters consisted of cefoxitin-resistant and susceptible human, abattoir poultry and retail poultry isolates. Analysis of CMY-2 plasmids from cefoxitin-resistant isolates revealed all belonged to incompatibility group I1. Analysis of plasmid sequences using WGS revealed high identity (95-99%) to a previously described plasmid (pCVM29188_101) found in Salmonella Kentucky. When compared to pCVM29188_101, all sequenced cefoxitin-resistant isolates were found to carry one of ten possible variant plasmids. The discovery of several clusters of isolates from different sources with zero to four SNVs suggests that transmission between human, abattoir poultry and retail poultry sources may be occurring. The classification of newly sequenced plasmids into one of ten sequence variant types suggests transmission of a common CMY-2 plasmid amongst S. Heidelberg with variable genetic backgrounds. / October 2016

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-10-30Bitstream added on 2014-06-13T19:20:21Z : No. of bitstreams: 1 tozo_gcg_dr_arafcf.pdf: 1418802 bytes, checksum: 299e470daf39de736e522b2d987e1a61 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A cefoxitina sódica (CAS 33564-30-6), antimicrobiano cefalosporínico, apresenta espectro de atividade contra microrganismos Gram-negativos mais amplo que as cefalosporinas mais antigas. Também é eficaz contra Proteus e Serratia indol-positivos, mostrando alta resistência à hidrólise por b-lactamases. Indicada no tratamento de peritonites e outras infecções intra-abdominais e intrapélvicas; sinusites, infecções ginecológicas, septicemias; endocardites; infecções do trato urinário, gonorréia não complicada, infecções do trato respiratório, ossos, articulações e pele. Apesar de este fármaco ser altamente estudado e pesquisado no que concerne à atividade antimicrobiana, farmacocinética e farmacodinâmica, há poucos estudos na literatura em relação ao desenvolvimento de metodologia analítica para esta cefalosporina. Desta forma, pesquisas envolvendo métodos analíticos são de fundamental importância e altamente relevantes para otimizar sua análise na indústria farmacêutica e farmpacia magistral de modo a garantir a qualidade do produto já comercializado. A proposta deste projeto foi desenvolver metodologias de análise para a cefoxitina sódica, fármaco comercializado no mercado médico-farmacêutico brasileiro. Foram desenvolvidos e validados métodos por CLAE com detector UV a 235 nm, com acetonitrila: água: ácido acético 5 M (22 : 78 : 1) como fase móvel e faixa de concentração de 20,0 à 30,0 μg/mL, tempo de retenção de 7,5 minutos. O coeficiente de correlação obtido foi de 0,9995 e a equação da reta y = 335,67x + 2391,9. O teste recuperação média obtido foi de 100,50%, com desvio padrão de 1,70%. O teor médio... / Sodium cefatoxin (CAS 33564-30-6), a cephalosporinic antibiotic, has a wider spectrum of activity against Gram-negative microrganisms than older cephalosporin. It is also efficient against the indol-positive Proteus and Serratia and has a high resistance to b- lactamases hydrolysis. Sodium cefatoxin is recommended for the treatment of peritonitis and other intra-abdominal and intra-pelvic infections; sinusitis, gynecological infections, septicemy, endocarditis; urinary tract infections, non-complicated gonorrhea, respiratory tract infections, bones, articulations and skin. Although this drug has been strongly studied and many researches have been developed about its antibiotics activity, pharmacokinetics and pharmacodynamics, there are few studies in the literature about the development of analytical methodology to this cephalosporin. Researches dealing with analytical methods are extremely important and highly relevant to optimize its analysis at the pharmaceutical industry and manipulation pharmacy, guaranteeing quality of the commercialized product. This project proposes the development of methodologies for analysis of sodium cefatoxin, a commercialized drug at the medical-pharmaceutical Brazilian market. Methods for CLAE with UV detector at 235nm were developed and validated with acetonitrile: water: acetic acid 5M (22: 78:1) as mobile phase and concentration range of 20.0 to 30.0 μg/mL, detention time of 7.5 minutes. The correlation coefficient obtained was 0.9995 and the line equation y = 335.67x + 2391.9. The medium recovery test was 100.50% with standard deviation of 1.70%. The medium content of sodium cefoxitin determined by CLAE... (Complete abstract click electronic access below)

For many years coagulase negative Staphylococcus (CoNS), skin commensals, were regarded as mere contaminants. However, in recent decades, they emerged as important agents of nosocomial infections, particularly in immunocompromised patients and patients with biomaterials. This is attributed to increasing antimicrobial resistance by these microorganisms, and oxacillin resistance was the main mechanism presented by CoNS. Thus, this study aimed to characterize this resistance, as well as the susceptibility of 160 isolates of CoNS obtained from patients admitted to HUSM, and also compare phenotypic tests used in laboratory detection of oxacillin resistance with genotypic detection of mecA gene, considered the gold standard. The antimicrobial susceptibility tests were performed by the qualitative technique of disk diffusion (CLSI 2009), as well as by semi-quantitative method (MicroScan ®). The phenotypic detection of resistance was performed by using cefoxitin and oxacillin disk. The genotypic identification of mecA gene was performed by PCR. Together with the molecular detection of mecA gene was performed the detection of gene icaD, responsible for biofilm formation. S. epidermidis (62%) was the main species identified among the samples selected for this study, and the prevalent clinical material was blood (38%). Due to the fact that they are skin commensals, an evaluation of clinical significance of the selected samples was performed. It presented that 48% of the isolates were considered more likely to be the etiologic agents of infections. The adult and neonatal ICUs represent prevalent clinical units in isolation of CoNS, with 33% and 29% of the isolates, respectively. Regarding the antimicrobial susceptibility, a high rate of resistance among the isolates was observed. These were grouped into seven prevalent susceptibility profiles, in which three were characterized by resistance to most of the antimicrobials tested. All strains were susceptible to linezolid, teicoplanin and tigecycline, in total 59 isolates (36.8%). All isolates were susceptible to vancomycin. Through the results of phenotypic tests, 89% and 94% of the isolates were characterized as oxacillin resistant by using cefoxitin and oxacillin disks, respectively. The molecular technique revealed that 79% of isolates carried mecA gene. A susceptibility of 96% to cefoxitin disk and 95% to oxacillin disk could be found from the statistical analysis when compared to the gold standard. Biofilm formation was observed in 45% of samples tested, in which S. epidermidis has been identified as prevalent in positive biofilm samples (74%). The phenotypic methods used in this study are equivalent for detecting oxacillin resistance when compared to the gold standard, and the use of oxacillin disk together with cefoxitin disk should be encouraged, since the oxacillin disk can identify other resistance mechanisms not mediated by mecA. In relation to susceptibility of the isolates, there was a high resistance to first-choice antimicrobial used for the treatment of CoNS. / Por muitos anos os Staphylococcus coagulase negativos (SCoN), comensais da pele, foram considerados como simples contaminantes. No entanto, nas últimas décadas, emergiram como importantes agentes de infecções nosocomiais, principalmente em imunocomprometidos e portadores de biomateriais. Isso é atribuído a crescente resistência antimicrobiana apresentada por estes microrganismos, sendo a resistência à oxacilina o principal mecanismos apresentado pelos SCoN. Desta forma, este estudo objetivou caracterizar esta resistência, bem como o perfil de sensibilidade de 160 isolados de SCoN obtidos de pacientes admitidos no HUSM. Além de comparar testes fenotípicos utilizados na detecção laboratorial da resistência à oxacilina com a detecção genotípica do gene mecA, considerado padrão ouro. Os testes de sensibilidade aos antimicrobianos foram efetuados pela técnica qualitativa de difusão do disco (CLSI 2009), bem como pelo método semi-quantitativo (MicroScan®). A detecção fenotípica da resistência foi realizada com os discos de cefoxitina e oxacilina. A identificação genotípica do gene mecA foi realizada por PCR. Juntamente a detecção molecular do gene mecA foi realizado a detecção do gene icaD, responsável pela formação de biofilme. S. epidermidis (62%) foi à principal espécie identificada entre as amostras selecionadas para este estudo e sangue, o material clínico prevalente (38%). Devido a serem comensais da pele, foi realizada uma avaliação da significância clínica das amostras selecionadas, de onde evidenciamos que 48% dos isolados foram considerados os prováveis agentes etiológicos das infecções. As UTIs adulto e neonatal representam as unidades clínicas prevalentes no isolamento de SCoN, com 33% e 29% dos isolados, respectivamente. Em relação a sensibilidade aos antimicrobianos observou-se um elevado índice de resistência entre os isolados. Estes foram agrupados em 7 perfis de sensibilidade prevalentes, sendo que 3 caracterizaram-se pela resistência a maioria dos antimicrobianos testados. Todas as cepas foram sensíveis à linezolida, teicoplamina e tigeciclina, totalizando 59 (36,8%). Todos os isolados foram sensíveis à vancomicina. Através dos resultados dos testes fenotípicos, verificou-se que 89% e 94% dos isolados foram caracterizados como resistentes à oxacilina, utilizando os discos de cefoxitina e oxacilina, respectivamente. Pela técnica molecular, 79% dos isolados carreavam o gene mecA. A partir da análise estatística evidenciou-se sensibilidade de 96% para o disco de cefoxitina e de 95% para o disco de oxacilina, quando comparados ao padrão ouro. A formação de biofilme foi evidenciada em 45% das amostras testadas, onde o S. epidermidis foi identificado como prevalente nas amostras biofilme positivas (74%). Os métodos fenotípicos utilizados neste estudo mostrarm-se equivalentes na detecção da resistência à oxacilina quando comparados ao padrão ouro, sendo que o uso do disco de oxacilina em conjunto com o de cefoxitina deve ser encorajado, uma vez que, o disco de oxacilina pode identificar outros mecanismos de resistência não mediados pelo gene mecA. Em relação ao perfil de sensibilidade dos isolados houve grande resistência aos antimicrobianos de primeira escolha usados para o tratamento de SCoN. Palavras-chave: SCoN, resistência, oxacilina, cefoxitina, gene mecA.

Orientador: Hérida Regina Nunes Salgado / Banca: Marcos Antonio Segatto / Banca: Cristiane Masetto de Gaitani / Banca: Maria Virgínia Costa Scarpa / Banca: Thereza Christina Vessoni Penna / Resumo: A cefoxitina sódica (CAS 33564-30-6), antimicrobiano cefalosporínico, apresenta espectro de atividade contra microrganismos Gram-negativos mais amplo que as cefalosporinas mais antigas. Também é eficaz contra Proteus e Serratia indol-positivos, mostrando alta resistência à hidrólise por b-lactamases. Indicada no tratamento de peritonites e outras infecções intra-abdominais e intrapélvicas; sinusites, infecções ginecológicas, septicemias; endocardites; infecções do trato urinário, gonorréia não complicada, infecções do trato respiratório, ossos, articulações e pele. Apesar de este fármaco ser altamente estudado e pesquisado no que concerne à atividade antimicrobiana, farmacocinética e farmacodinâmica, há poucos estudos na literatura em relação ao desenvolvimento de metodologia analítica para esta cefalosporina. Desta forma, pesquisas envolvendo métodos analíticos são de fundamental importância e altamente relevantes para otimizar sua análise na indústria farmacêutica e farmpacia magistral de modo a garantir a qualidade do produto já comercializado. A proposta deste projeto foi desenvolver metodologias de análise para a cefoxitina sódica, fármaco comercializado no mercado médico-farmacêutico brasileiro. Foram desenvolvidos e validados métodos por CLAE com detector UV a 235 nm, com acetonitrila: água: ácido acético 5 M (22 : 78 : 1) como fase móvel e faixa de concentração de 20,0 à 30,0 μg/mL, tempo de retenção de 7,5 minutos. O coeficiente de correlação obtido foi de 0,9995 e a equação da reta y = 335,67x + 2391,9. O teste recuperação média obtido foi de 100,50%, com desvio padrão de 1,70%. O teor médio... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Sodium cefatoxin (CAS 33564-30-6), a cephalosporinic antibiotic, has a wider spectrum of activity against Gram-negative microrganisms than older cephalosporin. It is also efficient against the indol-positive Proteus and Serratia and has a high resistance to b- lactamases hydrolysis. Sodium cefatoxin is recommended for the treatment of peritonitis and other intra-abdominal and intra-pelvic infections; sinusitis, gynecological infections, septicemy, endocarditis; urinary tract infections, non-complicated gonorrhea, respiratory tract infections, bones, articulations and skin. Although this drug has been strongly studied and many researches have been developed about its antibiotics activity, pharmacokinetics and pharmacodynamics, there are few studies in the literature about the development of analytical methodology to this cephalosporin. Researches dealing with analytical methods are extremely important and highly relevant to optimize its analysis at the pharmaceutical industry and manipulation pharmacy, guaranteeing quality of the commercialized product. This project proposes the development of methodologies for analysis of sodium cefatoxin, a commercialized drug at the medical-pharmaceutical Brazilian market. Methods for CLAE with UV detector at 235nm were developed and validated with acetonitrile: water: acetic acid 5M (22: 78:1) as mobile phase and concentration range of 20.0 to 30.0 μg/mL, detention time of 7.5 minutes. The correlation coefficient obtained was 0.9995 and the line equation y = 335.67x + 2391.9. The medium recovery test was 100.50% with standard deviation of 1.70%. The medium content of sodium cefoxitin determined by CLAE... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Resumo: A alta frequência de Estafilococos Coagulase-Negativa (CoNS) na pele de indivíduos saudáveis e em doenças associadas ao sangue, associados à seleção de cepas resistentes devido a uso indiscriminado de antimicrobianos, tornou mais estreitos os limites entre o ambiente hospitalar e o comunitário quanto à distribuição de cepas. Objetivou-se, com este estudo, caracterizar isolados de CoNS de origem hospitalar e comunitária da cidade de Botucatu-SP quanto ao perfil clonal, analisar os aspectos de resistência à oxacilina pela aferição de metodologia de detecção, e investigar os determinantes de heterorresistência à vancomicina nessas cepas. As espécies estudadas incluíram S. epidermidis, S. haemolyticus, S. warneri, S. hominis, S. lugdunensis, S. capitis, S. saprophyticus, S. pasteuri, S. simulans e S. xylosus. O teste de disco-difusão (TDD) com discos de oxacilina e cefoxitina, fitas de Etest impregnadas com oxacilina e pesquisa do gene mecA por PCR em tempo real foram realizadas. A triagem em ágar com 6 e 8 µg/ml de vancomicina, microdiluição em caldo para aferição da Concentração Inibirtória Mínima (MIC), microscopia eletrônica de transmissão para verificar espessamento da parede celular e alterações fenotípicas por testes bioquímicos foram realizadas. O perfil clonal foi determinado por PFGE (Pulsed-Field Gel Eletrophoresis) e para clones de S. epidermidis, o MLST (Multilocus Sequence Typing). S. epidermidis apresentou alta diversidade clonal, mas presença de clusters no ambien... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The high frequency of Coagulase-Negative Staphylococci (CoNS) on the skin of healthy individuals and in bloodstream infections, together with the selection of resistant strains, has narrowed the boundaries between the hospital and the community environment for the distribution of strains. This study aimed to characterize CoNS isolated from clinical and colonization specimens of patients and individuals from Botucatu-SP, to compare their clonal profile, to analyze the determination of oxacillin resistance by the evaluation of the methodology of detection, and to investigate the determinants of reduced susceptibility to vancomycin in those strains. CoNS species included S. epidermidis, S. haemolyticus, S. warneri, S. hominis, S. lugdunensis, S. capitis, S. saprophyticus, S. pasteuri, S. simulans and S. xylosus. The disc diffusion test (DDT) using oxacillin and cefoxitin discs was employed, Etest strips impregnated with oxacillin and mecA gene detection by real-time PCR were used. An agar screening with 6 and 8 µg/ml of vancomycin, the broth microdiluition method for the Minimal Inhibitory Concentration (MIC), the transmission eletronic microscopy for evaluation of cellwall thickening and phenotypic modifications by biochemical tests were performed. Clonal profile was determined by PFGE (Pulsed-Field Gel Eletrophoresis) and, for S. epidermidis clones, MLST (Multilocus Sequence Typing). S. epidermidis presented high clonal diversity, despite some clusters circulating within hospi... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor