Le carbonate de potassium (K₂CO₃) est un additif alimentaire disponible sur le marché souvent recommandé dans l'alimentation des bovins laitiers pour limiter l'acidité du rumen à la suite d'une ingestion importante de glucides rapidement fermentescibles et prévenir la baisse du taux de matière grasse du lait qui en résulte. Chez la chèvre laitière, les effets du K₂CO₃ sont méconnus. L'objectif de ce projet de recherche vise à évaluer l'utilisation du K₂CO₃ comme traitements préventif et/ou curatif, pouvant empêcher la chute des matières grasses du lait chez des chèvres laitières en début de lactation recevant une ration riche en concentrés. Chez des chèvres de race Alpine, l'apport d'une ration riche en concentrés en début de lactation (rapport fourrage : concentrés de 45:55) a eu à long terme, des répercussions sur les performances et a provoqué une inversion des composantes du lait, c.-à-d. que le taux de matière grasse était inférieur au taux de protéines au terme des 56 jours de traitement. Dans les conditions de l'expérience actuelle, l'ajout du K₂CO₃ comme traitement préventif et/ou curatif n'a pas permis d'éviter le risque d'une chute des matières grasses laitières chez des chèvres en début de lactation recevant une ration riche en concentrés. / The objective of this study was to verify the use of potassium carbonate (K₂CO₃) as a preventive and/or a recovery treatment to prevent a low milk fat production when early-lactating dairy goats are receiving a diet rich in concentrates. A commercially available supplement of K₂CO₃ is often recommended for dairy cattle in early lactation to limit the rumen acidity following the intake of diets high in rapidly fermentable carbohydrates. In dairy goats, the effects of K₂CO₃ are unknown. In this experiment conducted in Alpine dairy goats, high intake in concentrates (forage: concentrate ratio 45:55) had long-term effects on lactation performances, and caused a reversal in the proportion of major components of the milk, i.e., the fat content was lower than the protein content after 56 days of treatment. Under the conditions of this current experiment, the addition of K₂CO₃ as a preventive and/or a recovery treatment did not affect milk fat production when early lactating dairy goats were receiving a high-concentrate diet.

L'augmentation de la densité d'une population amplifie la compétition pour les ressources, ce qui amène généralement des processus dépendants de la densité qui influencent la dynamique d'une population. Bien que les effets dépendants de la densité soient documentés chez plusieurs grands herbivores, l'importance relative des effets dépendants et indépendants de la densité est peu connue dans les populations d'ongulés relativement isolées, comme les espèces alpines qui vivent généralement en petits groupes. J'ai évalué l'influence relative de la densité, des conditions environnementales et des épisodes de pneumonie et de spécialisation d'un prédateur sur le taux d'accroissement des populations, le taux de reproduction, la proportion de femelles primipares, ainsi que la survie des femelles adultes et des jeunes de l'année de trois populations d'ongulés alpins. Les suivis à long-terme se sont déroulés sur deux populations de mouflons d'Amérique (Ovis canadensis) et une population de chèvres de montagne (Oreamnos americanus) où les individus étaient marqués annuellement depuis 30 à 47 ans. Les facteurs indépendants de la densité avaient la plus forte influence sur le taux d'accroissement des populations, en particulier les épisodes de pneumonie et de spécialisation du cougar (Puma concolor) qui diminuaient le taux d'accroissement de 22,2% et 16,6%, respectivement. Alors que la pneumonie a diminué les taux de survie et que la prédation a influencé négativement tous les paramètres démographiques étudiés, les effets dépendants de la densité ont eu un impact négatif seulement sur la survie juvénile. Mes analyses démontrent que les populations d'ongulés relativement isolées, contrairement aux autres populations, sont plus sensibles aux événements stochastiques qu'aux effets dépendants de la densité. Comme plusieurs de ces populations se retrouvent de plus en plus fragmentées, ces résultats soulignent l'importance de considérer les événements stochastiques qui peuvent jouer un rôle important sur le risque d'extinction de ces populations. / Increases in population density can amplify competition for resources, which generally leads to density-dependent processes regulating population dynamics. Density dependence is documented in multiple large herbivores, but the relative influence of density-dependent and independent effects has been questioned in isolated ungulate populations, such as in mountain species that are generally found in small groups. I evaluated the relative influence of population density, environmental conditions, pneumonia outbreaks, and occurrence of specialist predators on population growth rate, female reproductive rate, proportion of primiparous females, and survival of adult females and young of the year in three mountain ungulate populations. Long-term monitoring was conducted on two bighorn sheep (Ovis canadensis) populations and one mountain goat (Oreamnos americanus) population, following marked animals annually for 30 to 47 years in each population. Long-term studies are useful for understanding large herbivore dynamics, but they are rarely replicated. My study is therefore a major asset for disentangling the relative influence of density-dependent and independent effects on the dynamics of isolated populations. Globally, density-independent factors had the greatest influence on population growth rate, with stochastic pneumonia and cougar (Puma concolor) predation episodes decreasing population growth rate by 22.2% and 16.6%, respectively. While pneumonia outbreaks reduced adult female and juvenile survival rates and predation episodes decreased all demographic rates, population density only decreased juvenile survival. A four-fold increase in density decreased juvenile summer survival by 8.3% and winter survival by 15.0%. My analysis of three mountain ungulate populations reveals how isolated populations, in contrast with well-connected and larger populations, are more sensitive to stochastic events than to density dependence. As many populations of mountain ungulates are declining worldwide and are increasingly isolated, these results highlight the necessity of considering stochastic events because they can greatly increase the risk of extinction of these populations.

La chèvre (Capra hircus) est l'un des premiers ongulés domestiqués il y a plus de 10 000 ans dans le croissant fertile. L'histoire de la domestication a été abordée par l'analyse comparée de la diversité génétique des chèvres domestiques et de celle de son ancêtre sauvage (Capra aegagrus). Nous avons tout d'abord mis au point une méthode standard permettant d'établir une nomenclature claire des haplogroupes mitochondriaux, et aussi de définir de nouveaux haplogroupes lorsque cela s'avère pertinent. Cette méthode a été utilisée pour analyser 2430 séquences d'ADN mitochondrial (fragment HV1 de la région de contrôle), incluant 946 nouveaux échantillons issus de régions très peu étudiées jusqu'ici (notamment le Croissant Fertile). Les haplogroupes mitochondriaux présentent une forte diversité génétique qui est essentiellement distribuée entre haplogroupes au sein des régions géographiques. Même avec un jeu de donnée aussi important que celui-ci, il est très difficile de comprendre l'histoire de la domestication en se basant uniquement sur l'analyse des animaux domestiques. L'étude conjointe de la diversité des chèvres et de leurs ancêtres sauvages (les aegagres) ont apporté les informations permettant de reconstituer l'histoire de la domestication. Ces données ont été acquises à partir de 487 aegagres issus de 43 localités recouvrant l'ensemble de l'aire de répartition de l'espèce. Chez les 308 aegagres génétiquement proches des chèvres, nous avons trouvé la signature d'une croissance démographique plus forte que chez les autres aegagres. Cela suggère un nouveau scénario de domestication de la chèvre en deux étapes. La domestication sensu stricto aurait été précédée d'une phase de gestion des troupeaux sauvages par l'homme (la pré-domestication). Ces processus se sont déroulés sur une vaste zone comprenant l'Est de l'Anatolie, l'ensemble du Zagros, le Plateau Iranien Central et le Nord Est de l'Iran, où les aegagres génétiquement proches des chèvres sont toujours présents. L'analyse comparée de la diversité nucléaire et mitochondriale chez les chèvres et les aegagres démontre qu'une grande partie de la diversité génétique sauvage a été capturée par les domestiques. Il n'y a donc pas eu de goulot d'étranglement au moment de la domestication de la chèvre. Ce scénario est très différent des modèles précédents qui mettaient en avant des processus à échelle réduite, avec des centres de domestication très localisés et une forte réduction de diversité génétique.

Les systèmes d'élevage des petits ruminants au pâturage sont les plus répandus en zone tropicale humide mais l'exposition aux strongles gastro-intestinaux entraîne des pertes importantes de production. L'objectif de ce travail est d'évaluer un système de gestion mixte du pâturage associant diverses espèces animales permettant à priori d'accroître les performances via la réduction du parasitisme et!ou une meilleure alimentation. L'étude de la littérature a conduit à une méta-analyse confirmant de meilleures performances individuelles ou à l'hectare pour les ovins en mixte. Préalablement un dispositif visant à vérifier la non-transmission des larves d'Haemonchus contortus des caprinsaux génisses Créoles a été validé. Un second dispositif avec des chevrettes conduites en mixte, infestées ou pas par Haemonchus comortus (Ml et MnI) ont été comparées à des chevrettes contrôles infestées ou non (CI et CnI). Ce dispositif a été conduit pendant 2 ans avec des mesures du couvert pâturé, des mesures individuelles des quantités ingérées, de la digestibilité, du parasitisme et de la croissance. De plus fortes croissances ont étéobservées en pâturage mixte que les chevrettes soient infestées ou pas (43.25 et 31.68 glj pour MDI et MI vs. 32.44 et 17.91 glj) avec une moindre biomasse. Les mesures d'ingestion et d'ingéré digéré ont été corrélées aux croissances des chevrettes contrairement aux variables parasitaires et met en évidence le rôle de l'alimentation et de la résilience dans le bénéfice du pâturage mixte. Une autre gestion intégrée du pâturage a été étudiée basée sur l'utilisation du vermicompost et s' ant sur les mêmes leviers d'action: l'alimentation et le itisme / Systems of small ruminant grazing are most prevalent in the humid tropics but this environment exposes animals to gastro-intestinal with production losses. The objective ofthis thesis is to evaluate a system ofmixed management ofthe pasture combining various animal species, which allows a priori to increase animal performance by reducing the parasitism and/or better nutrition. The study of literature bas led to a meta-analysis confirming the better individual performances or calculated per ha for sheep reared mixed. The first experiment validated the non-transmission of Iarvae ofHaemonchus contortus from goats to heifers. In a second experiment, goats mixed with heifers, infested or not with Haemonchus contortus (Ml vs MnI) were compared with controls goats, reared alone, infested or not (CI and CNI). This deviee with a continuous driving was studied for two years with measurements on the sward, individual measures of intake, digestibility, parasitism and growth ofthe goats. The highest growth rates were measured with the mixed pasture as goats are infested or not (43.25 and 31.68 g / d for MN! and MI vs. 32.44 and 17,91 g / d) with lower biomass. The herbage intake and the digested herbage intake were well correlated to the growth rate, unIike parasitic variables, and highlight the role of diet in the benefit of mixed driving for goats. Therefore, the infested goats with Haemonchus, expressed greater resilience with improved growth performance compared with controls. Parallel to the study ofmixed pasture, another integrated management of grazing was studied, based on the use of vermicompost and relying on the same levers. namelv throuzh feedinz and parasitism

Titre de l'écran-titre (visionné le 27 novembre 2023) / Le sevrage est une étape cruciale dans l'élevage des chevrettes laitières. Une gestion inadéquate de cette phase peut entraîner non seulement des problèmes de morbidité et de mortalité, qui coûtent cher à l'éleveur, mais peut aussi avoir des répercussions défavorables sur la croissance corporelle et le développement de la glande mammaire des chèvres. L'objectif de cette recherche était d'examiner l'impact du moment de sevrage sur divers aspects tels que la croissance et la reproduction des chèvres, sur la production et la composition du lait et son rendement fromager, ainsi que sur l'expression des gènes impliqués dans le métabolisme protéique et lipidique de la glande mammaire. L'étude a été réalisée sur 40 chevrettes, qui ont été séparées de leur mère à la naissance et réparties en trois groupes selon le moment du sevrage (à 6, 8 et 10 semaines). Les résultats ont montré que les chevrettes sevrées tardivement (à 10 semaines) présentaient un poids significativement plus élevé que celles sevrées plus tôt (à 6 semaines), avec une différence moyenne de poids de 3 kg (P < 0,05) aux deuxième, troisième et quatrième mois, suite à quoi aucune différence significative n'a été notée et ce jusqu'à 200 jours de lactation (P > 0,10). Les chèvres ont en moyenne mis bas à l'âge de 373 jours, ont eu 1,60 chevreaux par chèvre, ceux-ci ayant un poids moyen de 4,17 kg par chevreau (P > 0,10). Concernant la production de lait, il a été observé que toutes les chèvres produisaient en moyenne 2,9 kg de lait par jour, indépendamment du moment du sevrage, et ce pendant les 200 jours de lactation (P > 0,10) et aussi pour les deuxième (3,95 kg par jour) et troisième lactations (4,66 kg par jour) (P > 0,10). Le moment du sevrage n'a pas eu d'impact sur la composition du lait en termes de matières grasses et de protéines. Aucune différence significative n'a non plus été observée quant la répartition des caséines, le profil des acides gras et le rendement fromager (P > 0,10). En revanche, l'étude a mis en évidence un effet significatif de la période de lactation sur ces paramètres. En particulier, une diminution de la teneur en matière grasse, des protéines, de la quantité de caséines et du rendement fromager a été observée au cours de la lactation, notamment aux jours 18, 45 et 100 (P < 0,01). L'étude de l'expression des gènes liés à la lactation de la lactation n'a pas révélé d'effet significatif du moment du sevrage sur l'expression des gènes liés au métabolisme protéique et lipidique de la glande mammaire (P > 0,10). Toutefois, elle a mis en évidence des corrélations significatives entre l'expression de certains gènes et le métabolisme des acides gras. La concentration en acides gras de novo a été positivement corrélée à l'expression des gènes FASN, ACACA, GPAM, G6PD, SREBF1 et PPARA (0,25 ≤ r ≤ 0,81; P < 0,01). D'autre part, la concentration en acides gras préformés dans le lait était positivement corrélée à l'expression des gènes LPL, FADS1, SCD1, CD36, FABP3 et PPARG (0,29 ≤ r ≤ 0,72; P < 0,01). Ces résultats soulignent l'importance de ces gènes dans la régulation de la composition de la matière grasse laitière chez la chèvre.

Les couts et bénéfices des soins parentaux ont été largement démontrés durant la période de lactation et croissance des jeunes, mais rarement après le sevrage. Pour nous permettre de mieux comprendre l’effet de ces soins à plus long terme, nous avons étudié les associations post-sevrage chez une population de chèvres de montagne (Oreamnos americanus) suivie depuis plus de 25 ans. Nous avons évalué l’effet des caractéristiques maternelles et de la taille de population sur l’occurrence et la fréquence des associations post-sevrage et avons étudié les couts potentiels de la reproduction et les bénéfices pour la mère et le juvénile âgé de 1 à 3 ans. Les femelles non reproductrices s’associent plus souvent avec les juvéniles d’un an que les mères reproductrices qui perdent leur chevreau et les mères lactantes, tandis que l’occurrence des associations avec un juvénile de 2 ans est plus élevée pour les femelles que pour les mâles. Un indice d’association élevé avec un juvénile de 2 ans augmente la probabilité qu’une mère ne se reproduise pas l’année suivante. Nous n’avons pas détecté de bénéfices des associations sur la croissance à court terme et la survie des juvéniles associés. Les associations post-sevrage induisent des couts reproductifs pour la mère, qui augmentent avec l’âge du juvénile. / The costs and benefits of parental care have been largely demonstrated during the lactation and offspring growth periods, but rarely after weaning. To better understand the effects of post-weaning parental care, we examined post-weaning associations in a population of mountain goats (Oreamnos americanus) monitored for &gt; 25 years. We assessed the effect of maternal characteristics and population size on the occurrence and frequency of post-weaning associations and investigated potential reproductive costs and benefits for mothers and juveniles aged 1 to 3 years old. Barren mothers associated more frequently with yearlings than summer yeld mothers, and lactating mothers, whereas the occurrence of associations was higher for 2-year females than 2-year males. A higher association index with 2-year-olds increased the probability that a mother would be barren the following year. We did not detect benefits of associations on the short-term growth and survival of associated juveniles. Post-weaning associations induced reproductive costs for mothers, which exacerbated as associated juveniles aged.

Ce travail de thèse a pour but de fournir les bases scientifiques et techniques nécessaires au développement d'un programme de sélection en milieu tropical appliqué à une race caprine locale de Guadeloupe. La chèvre Créole est une chèvre de petite taille, aux bonnes aptitudes maternelles, issue du métissage de chèvres d'Afrique et d'Europe de l'ouest. Cette chèvre rustique est bien adaptée au climat tropical et présente une certaine tolérance aux parasites internes. Les éleveurs guadeloupéens l'utilisent pour la production de viande. En 2008, un projet de programme de sélection pour la chèvre Créole a démarré, projet qui réunit la coopérative caprine Cabricoop, la chambre d'agriculture et l'INRA. Les différentes étapes nécessaires à la conception et à l'optimisation de ce programme sont présentées dans ce travail de thèse. En termes d'objectif de sélection, des enquêtes auprès des éleveurs de la Cabricoop ont montré l'importance que les éleveurs attribuent tant à la croissance de leurs animaux qu'aux qualités maternelles des femelles. Afin de quantifier cette importance sur des bases économiques explicites, la modélisation des différentes composantes de la marge brute d'un atelier caprin a permis de déterminer les pondérations économiques des différents caractères à inclure dans l'objectif de sélection de la race. L'objectif de sélection intègre des caractères de production (poids et rendement carcasse à 11 mois), de reproduction (fertilité) et de résistance (OPG = nombre d'oeufs de strongles par gramme de fèces) et résilience (hématocrite) au parasitisme. Quel que soit le scénario envisagé en termes de quantité ou coût des intrants, le poids et la fertilité sont les deux composantes pour lesquelles une amélioration d'un écart type génétique de caractère amène le bénéfice escompté le plus grand. Les pondérations standardisées et cumulées de ces deux caractères expliquent entre 70 et 90% du total des pondérations économiques standardisées des caractères inclus dans l'objectif. A l'exception du rendement carcasse, les paramètres phénotypiques et génétiques des différents caractères inclus dans l'objectif de sélection ont été estimés pour la chèvre Créole à partir des données recueillies à l'unité expérimentale de Gardel. L'héritabilité est modérée pour le poids (0,32), faible pour la fertilité (0,11) et intermédiaire pour l'hématocrite (0,13) et l'OPG (0,18). Les corrélations génétiques estimées entre les caractères sont soit très faibles ou plutôt favorables. Les simulations de réponses à la sélection pour un noyau de sélection de 300 mères Créoles ont montré qu'il était possible d'améliorer à la fois le poids, le rendement carcasse, la fertilité, l'hématocrite et l'OPG. Améliorer résistance et résilience au parasitisme ne diminue que très légèrement la réponse à la sélection espérée sur les caractères de production. Il est donc possible de concilier des objectifs de production, de reproduction et d'adaptation au milieu pour la chèvre Créole en Guadeloupe. Ce travail de thèse a donc fourni les bases pour le développement d'un programme de sélection durable, pour une race locale, en milieu tropical. / This thesis aims at providing the scientific and technical basis needed for the settingup of a breeding programme applied to an indigenous guadeloupean breed of goat in the tropics.The local Creole breed of goat in Guadeloupe is a small-sized breed with good maternal qualities. This hardy breed comes from the natural mixing of breeds from Africa and Europe. It is well adapted to tropical climates and tolerates internal parasites. Guadeloupean farmers use Creole breed for meat production. Since 2008, the breeder's association Cabricoop, extension services and INRA collaborate to implement a breeding programme for Creole goat. This thesis presents the different steps needed for the design and optimisation of this programme. Concerning the breeding objective, a survey of Cabricoop farmers has shown the importance given to growth and maternal qualities in goats. In order to quantify this importance on sound economic basis, we modelled the components of the goat farm profit and derive the economic values of the different traits included in the breeding objective. We derived the economic values for production (body weight and dressing percentage at 11 months of age) and reproduction traits (fertility) as well as parasites resistance and resilience traits (FEC= number of worm eggs in the faeces and PCV= packed cell volume). Whatever the quantity or cost of input, the increase of one genetic standard deviation of body weight or fertility traits generated the highest profit. The standardised economic values of these traits explained 70 to 90% of the sum of the standardised economic values of all traits in the breeding objective. Genetic parameters of all traits except dressing percentage were derived for Creole goat. Heritability was moderate for body weight (0.32), low for fertility (0.11) and intermediate for PCV (0.13) and OPG (0.18). Genetic correlations were either low or favourable. Simulations of selection responses for a closed nucleus herd of 300 Creole does show that it is possible to improve weight, dressing percentage, fertility, PCV, and FEC simultaneously. Improving resistance and resilience to parasites decreases slightly the expected selection response on production traits without much trade-off. It is therefore possible to conciliate production, reproduction, and adaptation objectives for Creole goat in Guadeloupe. This thesis has provided the basis for the implementation of a sustainable breeding programme for a local breed in a tropical environment.

La « biotransformation ruminale » est un concept qui regroupe l'ensemble des réactions se produisant dans le rumen (dégradation, synthèse et conversion). Ces réactions sont pilotées par trois forces motrices majeures : les lois de la cinétique chimique, de la thermodynamique et de la dynamique des populations microbiennes. Cette thèse a pour objectif d'étudier l'impact d'un facteur alimentaire (pourcentage de concentrés incorporés dans la ration, supplémentation en huile) sur le fonctionnement du rumen et la biotransformation ruminale des constituants alimentaires en termes de dynamique et d'intensité. Cette thèse a combiné trois types d'approches : un essai in vivo sur des chèvres en milieu de lactation, deux essais in vitro (méthode du gaz-test) et une approche de modélisation mécaniste. In vivo, les réactions de biotransformation ont été évaluées par un suivi de la dynamique postprandiale et des mesures de bilans duodénaux. De plus, nous avons étudié l'influence réciproque des phénomènes ruminaux et de l'animal-hôte (comportement d'ingestion, métabolisme, paramètres zootechniques, et qualité du lait) sur le long terme (6 semaines). Nos résultats sont en accord avec la plupart des études antérieures effectuées chez la chèvre ou la vache laitières. Les modifications du comportement d'ingestion observées après 6 semaines avec le régime riche en concentrés ont eu un effet sur les phénomènes digestifs ruminaux. Les flux duodénaux d'acides gras ont expliqué les profils en acides gras du lait. Les études in vitro ont donné des résultats très cohérents par rapport à l'in vivo lorsque les animaux donneurs recevaient les régimes incubés. Enfin, nous avons développé un modèle mécaniste de fonctionnement de rumen in vitro décrivant de manière spécifique les lois physico-chimiques expliquant les dynamiques d'évolution du pH et de formation de gaz. Ce modèle aboutit à des résultats satisfaisants et pourrait être intégré à un modèle de rumen plus complet. La modélisation semble être le meilleur moyen pour intégrer toutes les réactions de biotransformation observées lors d'expérimentations. / “Ruminal biotransformation” is a concept aggregating all the reactions occurring in the rumen (degradation, synthesis and conversion). These reactions are driven by three major driving forces: laws of chemical kinetics, thermodynamics and the dynamics of microbial populations. The principal objective of the thesis was to study how a dietary factor (percentage of concentrate in the ration, oil supplementation) can modify rumen function and the ruminal biotransformation of dietary components in terms of pattern and extent. To answer to this question, three approaches were used: an in vivo experiment on mid-lactation goats, two in vitro experiments (with the gas-test method) and the development of a mechanistic model. In vivo biotransformation reactions were assessed by post-feeding measurements or by duodenal flow determination. Further, the relationships between the rumen and the host animal (intake behaviour, metabolism, performance parameters, and milk quality) were studied over a period of 6 weeks. Our results were consistent with previous reports in goats and dairy cows. Animals adapted their intake behaviour in 6 weeks with the high-concentrate diet. As a consequence, modifications of ruminal digestion patterns were observed. Duodenal flow of fatty acids explained the milk fatty acid profile. The in vitro studies gave consistent results with the in vivo study when donor animals were fed the incubated diets. Finally, a mechanistic model of rumen functioning in in vitro devices was developed. It describes specifically the physicochemical laws explaining pH and gas production patterns. This model gives satisfying results and could be integrated to a larger mechanistic model of rumen. Modelling provides a logical framework within which to mathematically integrate all the biotransformation reactions observed in experiments.

La " biotransformation ruminale " est un concept qui regroupe l'ensemble des réactions se produisant dans le rumen (dégradation, synthèse et conversion). Ces réactions sont pilotées par trois forces motrices majeures : les lois de la cinétique chimique, de la thermodynamique et de la dynamique des populations microbiennes. Cette thèse a pour objectif d'étudier l'impact d'un facteur alimentaire (pourcentage de concentrés incorporés dans la ration, supplémentation en huile) sur le fonctionnement du rumen et la biotransformation ruminale des constituants alimentaires en termes de dynamique et d'intensité. Cette thèse a combiné trois types d'approches : un essai in vivo sur des chèvres en milieu de lactation, deux essais in vitro (méthode du gaz-test) et une approche de modélisation mécaniste. In vivo, les réactions de biotransformation ont été évaluées par un suivi de la dynamique postprandiale et des mesures de bilans duodénaux. De plus, nous avons étudié l'influence réciproque des phénomènes ruminaux et de l'animal-hôte (comportement d'ingestion, métabolisme, paramètres zootechniques, et qualité du lait) sur le long terme (6 semaines). Nos résultats sont en accord avec la plupart des études antérieures effectuées chez la chèvre ou la vache laitières. Les modifications du comportement d'ingestion observées après 6 semaines avec le régime riche en concentrés ont eu un effet sur les phénomènes digestifs ruminaux. Les flux duodénaux d'acides gras ont expliqué les profils en acides gras du lait. Les études in vitro ont donné des résultats très cohérents par rapport à l'in vivo lorsque les animaux donneurs recevaient les régimes incubés. Enfin, nous avons développé un modèle mécaniste de fonctionnement de rumen in vitro décrivant de manière spécifique les lois physico-chimiques expliquant les dynamiques d'évolution du pH et de formation de gaz. Ce modèle aboutit à des résultats satisfaisants et pourrait être intégré à un modèle de rumen plus complet. La modélisation semble être le meilleur moyen pour intégrer toutes les réactions de biotransformation observées lors d'expérimentations.

Ce travail de thèse a pour but de fournir les bases scientifiques et techniques nécessaires au développement d'un programme de sélection en milieu tropical appliqué à une race caprine locale de Guadeloupe. La chèvre Créole est une chèvre de petite taille, aux bonnes aptitudes maternelles, issue du métissage de chèvres d'Afrique et d'Europe de l'ouest. Cette chèvre rustique est bien adaptée au climat tropical et présente une certaine tolérance aux parasites internes. Les éleveurs guadeloupéens l'utilisent pour la production de viande. En 2008, un projet de programme de sélection pour la chèvre Créole a démarré, projet qui réunit la coopérative caprine Cabricoop, la chambre d'agriculture et l'INRA. Les différentes étapes nécessaires à la conception et à l'optimisation de ce programme sont présentées dans ce travail de thèse. En termes d'objectif de sélection, des enquêtes auprès des éleveurs de la Cabricoop ont montré l'importance que les éleveurs attribuent tant à la croissance de leurs animaux qu'aux qualités maternelles des femelles. Afin de quantifier cette importance sur des bases économiques explicites, la modélisation des différentes composantes de la marge brute d'un atelier caprin a permis de déterminer les pondérations économiques des différents caractères à inclure dans l'objectif de sélection de la race. L'objectif de sélection intègre des caractères de production (poids et rendement carcasse à 11 mois), de reproduction (fertilité) et de résistance (OPG = nombre d'oeufs de strongles par gramme de fèces) et résilience (hématocrite) au parasitisme. Quel que soit le scénario envisagé en termes de quantité ou coût des intrants, le poids et la fertilité sont les deux composantes pour lesquelles une amélioration d'un écart type génétique de caractère amène le bénéfice escompté le plus grand. Les pondérations standardisées et cumulées de ces deux caractères expliquent entre 70 et 90% du total des pondérations économiques standardisées des caractères inclus dans l'objectif. A l'exception du rendement carcasse, les paramètres phénotypiques et génétiques des différents caractères inclus dans l'objectif de sélection ont été estimés pour la chèvre Créole à partir des données recueillies à l'unité expérimentale de Gardel. L'héritabilité est modérée pour le poids (0,32), faible pour la fertilité (0,11) et intermédiaire pour l'hématocrite (0,13) et l'OPG (0,18). Les corrélations génétiques estimées entre les caractères sont soit très faibles ou plutôt favorables. Les simulations de réponses à la sélection pour un noyau de sélection de 300 mères Créoles ont montré qu'il était possible d'améliorer à la fois le poids, le rendement carcasse, la fertilité, l'hématocrite et l'OPG. Améliorer résistance et résilience au parasitisme ne diminue que très légèrement la réponse à la sélection espérée sur les caractères de production. Il est donc possible de concilier des objectifs de production, de reproduction et d'adaptation au milieu pour la chèvre Créole en Guadeloupe. Ce travail de thèse a donc fourni les bases pour le développement d'un programme de sélection durable, pour une race locale, en milieu tropical.