Le carbonate de potassium (K₂CO₃) est un additif alimentaire disponible sur le marché souvent recommandé dans l'alimentation des bovins laitiers pour limiter l'acidité du rumen à la suite d'une ingestion importante de glucides rapidement fermentescibles et prévenir la baisse du taux de matière grasse du lait qui en résulte. Chez la chèvre laitière, les effets du K₂CO₃ sont méconnus. L'objectif de ce projet de recherche vise à évaluer l'utilisation du K₂CO₃ comme traitements préventif et/ou curatif, pouvant empêcher la chute des matières grasses du lait chez des chèvres laitières en début de lactation recevant une ration riche en concentrés. Chez des chèvres de race Alpine, l'apport d'une ration riche en concentrés en début de lactation (rapport fourrage : concentrés de 45:55) a eu à long terme, des répercussions sur les performances et a provoqué une inversion des composantes du lait, c.-à-d. que le taux de matière grasse était inférieur au taux de protéines au terme des 56 jours de traitement. Dans les conditions de l'expérience actuelle, l'ajout du K₂CO₃ comme traitement préventif et/ou curatif n'a pas permis d'éviter le risque d'une chute des matières grasses laitières chez des chèvres en début de lactation recevant une ration riche en concentrés. / The objective of this study was to verify the use of potassium carbonate (K₂CO₃) as a preventive and/or a recovery treatment to prevent a low milk fat production when early-lactating dairy goats are receiving a diet rich in concentrates. A commercially available supplement of K₂CO₃ is often recommended for dairy cattle in early lactation to limit the rumen acidity following the intake of diets high in rapidly fermentable carbohydrates. In dairy goats, the effects of K₂CO₃ are unknown. In this experiment conducted in Alpine dairy goats, high intake in concentrates (forage: concentrate ratio 45:55) had long-term effects on lactation performances, and caused a reversal in the proportion of major components of the milk, i.e., the fat content was lower than the protein content after 56 days of treatment. Under the conditions of this current experiment, the addition of K₂CO₃ as a preventive and/or a recovery treatment did not affect milk fat production when early lactating dairy goats were receiving a high-concentrate diet.

Ce mémoire compare, dans un premier temps, les impacts de deux protocoles de congélation de la semence de bouc (diluants à base de jaune d’œuf ou de lait) sur la qualité de la semence décongelée ainsi que sur son pouvoir fécondant. Pour ce faire, les semences de sept boucs de race Alpine, soumis à une photopériode alternant les jours courts (JC) et les jours longs (JL) toutes les six semaines, ont été récoltées 2 à 3 fois par semaine pendant 12 mois. Chaque éjaculat récolté a été analysé (volume, concentration, viabilité, intégrité de l’acrosome), divisé et congelé selon les deux protocoles de cryoconservation. La semence a été analysée de 0 à 5 h après sa décongélation. Afin de comparer l’impact du protocole de congélation sur le pouvoir fécondant de la semence, une série d’inséminations artificielles (IA) intra cervicales a été réalisée sur des chèvres en chaleurs synchronisées. Dans un deuxième temps, ce mémoire évalue l’efficacité des IA réalisées sur les chèvres en chaleurs synchronisées et sur les chèvres en chaleurs naturelles. Dans un troisième temps, ce mémoire documente l’influence d’une photopériode de 6 semaines sur l’activité sexuelle et sur la qualité de la semence (fraîche et décongelée) des boucs québécois. Les résultats ont démontré une tendance favorable au diluant à base de lait. La fertilité de la semence congelée dans le lait est supérieure à la semence congelée dans le jaune d’œuf (P = 0,067). La qualité de la semence congelée permet d’expliquer les taux de fertilité obtenus. La semence congelée dans le lait montre une meilleure motilité, viabilité, intégrité de l’acrosome et activité des mitochondries à différents temps entre 0 et 5 h après décongélation. Ainsi, le protocole de congélation à base de lait permet une meilleure conservation de la qualité de semence des boucs que le protocole à base de jaune d’œuf. Une grande variabilité de fertilité entre les mâles a également été observée. Les IA des chèvres en chaleurs naturelles et synchronisées ont permis des fertilités équivalentes. De plus, la photopériode de 6 semaines de JC et 6 semaines de JL a permis de récolter et congeler la semence de bouc tout au long de l’année. Ce travail a permis l’approfondissement des connaissances en lien avec les procédés de congélation de la semence des boucs québécois, de synchronisation des chaleurs et d’IA chez la chèvre. / This work compare the impact of two buck semen freezing process (egg yolk or milk-based diluents) not only on thawed semen quality, but also on fertility rate following artificial inseminations. Semen of seven Alpine bucks, housed under alternative photoperiod of longs days and shorts days every 6 weeks, were collected 2 or 3 times a week for 12 months. Each ejaculate was analysed (volume, concentration, viability and acrosome integrity), divised and frozed in both feezing process. Semen was analysed 0 to 5 hours after thawing. To compare the impact of freezing process on fertility, artificial inseminations were realised on a group of oestrus synchronised goats. This work also evaluate the efficiency of artificial insemination on goat after synchronised or natural oestrus detection. Finaly this work documents the influence of alternative 6 weeks photoperiod on sexual activities and on quebec Alpine buck semen quality (fresh and thawed). Results showed favorable tendency of milk-based diluent. Fertility rate of semen frozen in milk process was superior than in egg yolk process (P = 0.067). Post thawed semen quality explain these fertility results. Milk-based thawed semen show higher molitity, viability, acrosome integrity and mitochondria activity at different times between 0 and 5 hours post-thaw. Thus, milk based freezing process permitted better preservation of semence quality compare to egg yolk based freezing process. Large variability of fertility between bucks have also been observed. Morever, fertility rate following artificial inseminations on goats with natural or syncrhonised oestrus permitted equivalent results. Finaly, the use of 6 weeks photoperiod cycles allowed buck semen collections all year long. This work has increased knowledge related to quebec buck freezing semen process, oestrus synchronisation and artificial inseminations of goats.

Les deux principaux objectifs de ce travail sont de proposer des outils pour la selection d'animaux résistants aux strongles gastro-intestinaux, parasites du tube digestif, et de faire progresser la compréhension des mécanismes de résistance chez la chèvre créole. La variabilité génétique du caractère de résistance au parasitisme digestif a été étudiée afin de vérifier quels critères décrivant le mieux la résistance, peuvent être utilisés pour la sélection. L'ensemble des résultats obtenus suggèrent que le critère d'excrétion d'oeufs et le critère d'éosinophilie sont les plus adaptés pour un schéma de sélection puisqu'ils possèdent une héritabillté moyenne et représentent le mieux la résistance. De plus, ils ne semblent pas en opposition avec le poids, principal critère de production. Le déterminisme génétique de la résistance aux strongles gastro-intestinaux a été étudié et a permis de mettre en évidence l'existence d'un gène majeur pour la résistance chez la population de chèvre créole. De plus, la primo-détection de qtl a permis d'identifier 13 régions du génome ayant un effet sur les critères de résistance. Les mécanismes responsables de la résistance aux strongles gastro-intestinaux ont également été à l'étude. L'ensemble des résultats met en évidence le rôle des éosinophiles dans la mise en place de la résistance aux strongles gastro-intestinaux. L'activité des immunogobulines e semblent dirigés vers les larves l3 d'haemonchus contortus et suggère la mise en place d'une réaction protectrice. Chez la chèvre créole. Ces deux mécanismes semblent donc jouer un rôle important dans la mise en place de la résistance aux strongles gastro-intestinaux / The two main objectives of this work are to propose tools for the selection of resistant animals to gastrointestinal nematodes and advance knowledge on mechanisms of resistance of creole goats. this work has analysed the genetic variability of resistance to digestive parasitism in order to determine which criteria best describes the resistance and can be use for selection. the overall results suggest that the egg excretion and the eosinophilia are the criteria most suitable for a breeding scheme because they have moderate heritability estimates and best represent the resistance. moreover, they do not seem in conflict with the weight, the main criterion of production. the genetic determinism of resistance to gastrointestinal parasites has been studied and has highlighted the existence of a major gene for resistance in creole goats. in addition, the primodetection of qtl identified 13 genomic regions that affect the resistance. the mechanisms behind the resistance to gastrointestinal parasites were also studied and first hypothesis regarding the involvment of the immune response in resistance have been made in goats. the overall results highlighted the role of eosinophils in the development of resistance to gastrointestinal nematodes. the activity of immunoglobulin e seems directed toward l3 larvae of haemonchus contortus and may be imply in the establishment of a protective response agasint nematode parasites. in creole goats, these two mechanisms seem to play an important role in the development of resistance to gastrointestinal nematode infections

Suite aux travaux de Céline Carillier (2012-2015), des évaluations ssGBLUP ont été mises en place en 2018 pour les races caprines Alpine et Saanen. L’objectif est d’améliorer les précisions des évaluations pour maximiser le progrès génétique pour les caractères d’intérêt. Pour notre première étude, nous nous sommes intéressés à l’effet de la taille de la population de référence (limitée pour ces races) sur les précisions des évaluations. L’accroissement de la population d’apprentissage ne s’est pas systématiquement accompagné d’une hausse des précisions. Le ssGBLUP présente des biais et tend à surestimer ou sous-estimer les valeurs génomiques. Des hyperparamètres ont été introduits dans la construction de la matrice génomique du ssGBLUP pour limiter ces biais. Ces hyperparamètres (, et ) peuvent améliorer les biais tout en affectant de manière limitée les précisions. Pour les races Alpine et Saanen, les biais sont proches de 1 pour un compris entre 0,1 et 0,3 et un compris entre 3 et 4. L’hyperparamètre a peu d’effet sur les précisions et les biais, sa valeur par défaut (0,95) semble être optimale. Dans une deuxième partie, nous nous sommes intéressés à l’intégration de mutations causales ou de QTLs dans les modèles d’évaluations pour améliorer les précisions. Des mutations causales et des QTLs ont été détectés dans les races caprines. On peut citer le gène de la caséine s1 pour le taux protéique ou DGAT1 pour le taux butyreux. D’autres études ont identifié un QTL, localisé sur le chromosome 19, en Saanen. Il a été détecté pour les caractères : quantités de lait et de matières (grasses et protéiques), la distance plancher-jarret et pour la qualité de l’attache arrière. L’utilisation des génotypes de la caséine s1 ou DGAT1 dans les modèles d’évaluations (gene content) a été inefficace pour améliorer les précisions des évaluations. Le gene content est une méthode multicaractère où le « gene content » est un second caractère corrélé au caractère en sélection. Pour le taux protéique ou butyreux, les précisions avec le gene content sont entre -11 % et 0 % inférieures aux précisions du ssGBLUP. En pondérant les SNPs de manière adéquate avec un ssGBLUP (appelée Weighted ssGBLUP et notée WssGBLUP), les précisions des évaluations ont été améliorées. Cette méthode attribue des poids aux SNPs en fonction de leur association aux caractères. Ces poids sont intégrés dans la construction de la matrice de parenté génomique. Des gains jusqu’à +5 % et +14 % (Alpine et Saanen) ont été observés par rapport au ssGBLUP. Le WssGBLUP est plus adapté pour la race Saanen car des QTLs sont présents sur la majorité des caractères. Pour la race Alpine, le WssGBLUP s’est avéré intéressant pour le taux protéique. Le ssGBLUP reste la meilleure méthode lorsque le caractère a une architecture génétique polygénique. Enfin, nous nous sommes intéressés à des modèles d’évaluation génomiques haplotypiques. Les haplotypes ont été construits en regroupant plusieurs SNPs consécutifs ou en se basant sur le déséquilibre de liaison entre SNPs. Les haplotypes sont utilisés pour construire une matrice de parenté haplotypique ou convertis en pseudo-SNPs, pour construire une matrice de parenté génomique. En Alpine, les précisions du ssGBLUP haplotypiques (ou pseudo-SNPs) ont évolué entre -1 % et 19 % par rapport au ssGBLUP basé sur l’information des SNPs. En Saanen, les précisions ont évolué entre -3 % et +6 % par rapport au ssGBLUP. Nous avons appliqué le WssGBLUP avec des pseudo-SNPs. En Saanen, une amélioration des précisions jusqu’à +16 % par rapport au ssGBLUP a été observée. Les gains les plus forts (supérieurs à +10 %) sont obtenus pour les caractères avec un QTL identifié (lait, matières grasses et protéiques, taux protéique, qualité de l’attache arrière et distance entre le plancher et le jarret). En Alpine, des gains de précision entre -8 % et +5 % ont été observés par rapport au ssGBLUP selon le caractère excepté pour les matières grasses (+19 %). / Following Céline Carillier’s PhD (2012-2015), genomic evaluations based on the ssGBLUP were implemented in 2018 in the dairy goat breeds Alpine and Saanen. The objective of breeders is to improve the accuracy of genomic evaluations in order to maximize genetic gain for traits of interest. In our first study, we looked at the effect of the size of the reference population (limited for these breeds) on the accuracy of genomic evaluations. The increase of the training population was not systematically associated with an increase of genomic accuracies. The ssGBLUP has some biases and tends to overestimate or underestimate genomic value estimates. To avoid these biases, hyperparameters were introduced into the construction of the ssGBLUP genomic relationship matrix. An analysis of these hyperparameters (, and ) was carried out and we found that the choice of them improves bias while having a limited impact on genomic accuracy. For the Alpine and Saanen breeds, the biases are close to 1 for a between 0.1 and 0.3 and a between 3 and 4. The hyperparameter has little effect on accuracy and bias and its default value (0,95) seems to be optimal. In a second part of my thesis, we focused on the integration of causal mutations or QTLs into genomic evaluation models to improve genomic accuracy. Causal mutations and QTLs were detected in the Alpine and Saanen breeds such as the s1 casein gene for protein content or DGAT1 for fat content. Other studies have shown a QTL, located on chromosome 19, in the Saanen breed. It was detected for different traits: milk, fat and protein content, udder floor position and rear udder attachment. The use of genotypes for s1 casein or DGAT1 in genomic evaluation models (gene content) was inefficient in improving evaluation accuracy. The gene content is a multi-trait method where the "gene content" is a second trait correlated to the selected trait. Whether for protein or fat content, accuracies with gene content were between -11% and 0% lower than the ssGBLUP accuracies for the Alpine and Saanen breeds. We have shown by adequately weighting SNPs in an ssGBLUP (approach called Weighted ssGBLUP and noted WssGBLUP), the accuracy of evaluations could be improved. This method assigns weights to SNPs based on their association with traits. These weights are integrated into the construction of the genomic relationship matrix. Gains up to +5% for the Alpine breed and +14% for the Saanen breed were observed compared to the ssGBLUP. The WssGBLUP is more suitable for the Saanen breed because QTLs are present on the majority of traits. For the Alpine breed, WssGBLUP was interesting for the protein content. The ssGBLUP remained the most interesting method when the trait had a polygenic genetic architecture. Finally, in the last study, we focused on haplotype genomic evaluation models. Haplotypes were constructed either by grouping several consecutive SNPs or by using the linkage disequilibrium (LD) between SNPs. The haplotypes are then used to build a haplotypic relationship matrix or converted to pseudo-SNPs to build a genomic relationship matrix. In the Alpine breed, the accuracy of the haplotypic ssGBLUP (or pseudo-SNPs) was increased between -1% and 19% compared to an ssGBLUP based on SNP information. On the other hand, in the Saanen breed, the accuracy was increased between -3% and +6% compared to a ssGBLUP. Finally, we applied the WssGBLUP approach using pseudo-SNPs. In the Saanen breed, an improvement in accuracy up to +16% compared to a ssGBLUP was observed. The highest gains (above +10%) were obtained for traits with an identified QTL (milk, fat and protein yields, protein content, udder floor position and rear udder attachment). In the Alpine breed, accuracy gains between -8% and +5% were observed compared to ssGBLUP depending on the trait except for fat yield and fat content where the gains reach +19%.

Titre de l'écran-titre (visionné le 27 novembre 2023) / Le sevrage est une étape cruciale dans l'élevage des chevrettes laitières. Une gestion inadéquate de cette phase peut entraîner non seulement des problèmes de morbidité et de mortalité, qui coûtent cher à l'éleveur, mais peut aussi avoir des répercussions défavorables sur la croissance corporelle et le développement de la glande mammaire des chèvres. L'objectif de cette recherche était d'examiner l'impact du moment de sevrage sur divers aspects tels que la croissance et la reproduction des chèvres, sur la production et la composition du lait et son rendement fromager, ainsi que sur l'expression des gènes impliqués dans le métabolisme protéique et lipidique de la glande mammaire. L'étude a été réalisée sur 40 chevrettes, qui ont été séparées de leur mère à la naissance et réparties en trois groupes selon le moment du sevrage (à 6, 8 et 10 semaines). Les résultats ont montré que les chevrettes sevrées tardivement (à 10 semaines) présentaient un poids significativement plus élevé que celles sevrées plus tôt (à 6 semaines), avec une différence moyenne de poids de 3 kg (P < 0,05) aux deuxième, troisième et quatrième mois, suite à quoi aucune différence significative n'a été notée et ce jusqu'à 200 jours de lactation (P > 0,10). Les chèvres ont en moyenne mis bas à l'âge de 373 jours, ont eu 1,60 chevreaux par chèvre, ceux-ci ayant un poids moyen de 4,17 kg par chevreau (P > 0,10). Concernant la production de lait, il a été observé que toutes les chèvres produisaient en moyenne 2,9 kg de lait par jour, indépendamment du moment du sevrage, et ce pendant les 200 jours de lactation (P > 0,10) et aussi pour les deuxième (3,95 kg par jour) et troisième lactations (4,66 kg par jour) (P > 0,10). Le moment du sevrage n'a pas eu d'impact sur la composition du lait en termes de matières grasses et de protéines. Aucune différence significative n'a non plus été observée quant la répartition des caséines, le profil des acides gras et le rendement fromager (P > 0,10). En revanche, l'étude a mis en évidence un effet significatif de la période de lactation sur ces paramètres. En particulier, une diminution de la teneur en matière grasse, des protéines, de la quantité de caséines et du rendement fromager a été observée au cours de la lactation, notamment aux jours 18, 45 et 100 (P < 0,01). L'étude de l'expression des gènes liés à la lactation de la lactation n'a pas révélé d'effet significatif du moment du sevrage sur l'expression des gènes liés au métabolisme protéique et lipidique de la glande mammaire (P > 0,10). Toutefois, elle a mis en évidence des corrélations significatives entre l'expression de certains gènes et le métabolisme des acides gras. La concentration en acides gras de novo a été positivement corrélée à l'expression des gènes FASN, ACACA, GPAM, G6PD, SREBF1 et PPARA (0,25 ≤ r ≤ 0,81; P < 0,01). D'autre part, la concentration en acides gras préformés dans le lait était positivement corrélée à l'expression des gènes LPL, FADS1, SCD1, CD36, FABP3 et PPARG (0,29 ≤ r ≤ 0,72; P < 0,01). Ces résultats soulignent l'importance de ces gènes dans la régulation de la composition de la matière grasse laitière chez la chèvre.

Le tendon transmet les forces musculaires aux os et permet le mouvement. C'est un tissucomplexe et organisé, formé de cellules et d'une matrice extracellulaire (fibres collagènes,élastiques et substance fondamentale). Les fibres lui confèrent son élasticité et résistance et lasubstance fondamentale sa viscosité.La tendinopathie est souvent lié au sport, de morbidité élevée qui affecte laperformance des sportifs. Elle associe dégénérescence, douleur, rigidité et oedème local.L'imagerie quantifie et qualifie les changements morphologiques du tendon. L'homéostasietendineuse et sa physiopathologie restent peu connues, mais un changement des liaisons desfibrilles lors de la cicatrisation diminue sa résistance.L'objectif de l'étude est: mettre en place un modèle de tendinopathie chirurgicale chezla chèvre avec suivi clinique transposable (homme et cheval); développer un dispositifd'évaluation du comportement mécanique des tendons; et valider la chèvre comme modèleanimal pour l'étude de la tendinopathie. L'étude a été faite sur 84 jours avec un suivi cliniqueet échographique suivi d'un test de traction.La chèvre est un ongulé facile à héberger et manipuler. La technique chirurgicalepermet la résection de quelques fibres causant une lésion identifiable par échographie et dessymptômes cliniques. La grande variabilité du comportement mécanique ne se corrèle pas aupoids, morphologie des animaux ou section transversale du ses tendon, ce qui complique laréduction de l'effective. Notre modèle semble pouvoir être utilisé pour évaluer des traitementsde tendinopathies destinés à l'homme et/ou au cheval. Ce que n'exclue pas sondéveloppement pour renforcer sa pertinence

Le tendon transmet les forces musculaires aux os et permet le mouvement. C'est un tissucomplexe et organisé, formé de cellules et d’une matrice extracellulaire (fibres collagènes,élastiques et substance fondamentale). Les fibres lui confèrent son élasticité et résistance et lasubstance fondamentale sa viscosité.La tendinopathie est souvent lié au sport, de morbidité élevée qui affecte laperformance des sportifs. Elle associe dégénérescence, douleur, rigidité et oedème local.L’imagerie quantifie et qualifie les changements morphologiques du tendon. L’homéostasietendineuse et sa physiopathologie restent peu connues, mais un changement des liaisons desfibrilles lors de la cicatrisation diminue sa résistance.L’objectif de l’étude est: mettre en place un modèle de tendinopathie chirurgicale chezla chèvre avec suivi clinique transposable (homme et cheval); développer un dispositifd’évaluation du comportement mécanique des tendons; et valider la chèvre comme modèleanimal pour l’étude de la tendinopathie. L’étude a été faite sur 84 jours avec un suivi cliniqueet échographique suivi d’un test de traction.La chèvre est un ongulé facile à héberger et manipuler. La technique chirurgicalepermet la résection de quelques fibres causant une lésion identifiable par échographie et dessymptômes cliniques. La grande variabilité du comportement mécanique ne se corrèle pas aupoids, morphologie des animaux ou section transversale du ses tendon, ce qui complique laréduction de l’effective. Notre modèle semble pouvoir être utilisé pour évaluer des traitementsde tendinopathies destinés à l’homme et/ou au cheval. Ce que n’exclue pas sondéveloppement pour renforcer sa pertinence / Tendons transmit muscles forces to bone and allow movement. It is a complexorganized tissue, composed by few cells and an extracellular matrix (collagen fibers, elasticfibers, and a ground substance. Fibers give to tendon its elastic characteristic and resistanceand ground substance its viscosity.Tendinopathy is a medical problem associated with sport, with a high morbidity whichaffects performance. It is an association of degeneration, pain, stiffness and local edema.Imaging can be used to quantify and qualify the changes in the morphology of the tendon.The tendon homeostasis and physiopathology remain poorly understood, but a change at theconnections of the fibrils, decreasing its strength.The purpose of this study is: development of surgical model of induced localtendinopathy in goats with clinical follow up transposable for humans and horses;development of a device to evaluate the mechanical properties of tendons, and demonstratethat the goat is a good experimental animal model for the study of tendinopathy. The studyhas been performed in 84 days with a clinical follow up, US imaging and tensile test.Goat is an ungulate easy to house and handle. The modified splitting allows easy andreproducible resection of some tendon fibers with an identifiable lesion in US imaging andclinical symptoms. The variability of mechanical behavior is not correlated with"macroscopic" aspects (weight, animal morphology or cross sectional area), thus reducing theeffective is difficult. However, our model appears in the state, can be used to evaluatetreatments for human and horse’s tendinopathy. The development of our model couldstrengthen its relevance.

La fièvre Q est une zoonose de répartition mondiale due à une bactérie intracellulaire stricte, Coxiella burnetii. Les ruminants domestiques contaminent l’environnement en excrétant la bactérie principalement dans les produits de parturition, le mucus vaginal et les fèces. L’Homme et l’animal s’infectent ensuite par inhalation de pseudo-spores circulantes dans l’environnement. Des enjeux de santé publique et vétérinaires ont ainsi motivés la mise en place de ce projet de thèse afin de mieux maîtriser les infections par C. burnetii dans les élevages. Les objectifs de ce travail étaient de produire des connaissances épidémiologiques descriptives sur : (a) la dynamique de circulation de C. burnetii en élevage ovin naturellement infecté ; (b) la diversité génotypique des souches de C. burnetii circulantes dans les élevages de ruminants domestiques en France ; (c) la diversité phénotypique de ces souches via l’utilisation de deux modèles de virulence, un in vivo et un in vitro ; et (d) l’implication du cheval dans l’épidémiologie de la fièvre Q, en étudiant son exposition à C. burnetii ainsi qu’une potentielle symptomatologie.Le suivi longitudinal réalisé en élevage ovin a permis de fournir des indicateurs pertinents à utiliser pour évaluer rapidement le risque de transmission de C. burnetii en contexte infectieux, en termes de lots d’animaux, d’outils diagnostics ou encore de périodes d’échantillonnage à privilégier. Par ailleurs, nous avons également identifié trois grands clusters génotypiques de souches circulantes dans les élevages de ruminants domestiques en contexte d’avortement fièvre Q en France. Deux clusters génotypiques regroupent majoritairement les petits ruminants, dont un principalement les ovins et l’autre les caprins. Le troisième cluster génotypique est composé quasi-exclusivement de bovins. Nous avons montré que le gène IS1111 impacte significativement la diversité génotypique MLVA observée. Nous avons également montré qu’en plus d’une spécificité d’espèce, les génotypes circulants en France sont stables d’un point de vue spatio-temporel. Pour l’étude phénotypique, nous avons mis au point deux modèles d’infection, l’un in vivo par inoculation dans le coussinet plantaire de souris mâle CD1 et l’autre in vitro par infection de deux lignées cellulaires macrophagiques : l’une bovine (SV40) et l’autre ovine (MoCl4). Ces modèles nous ont permis d’identifier 4 clusters phénotypiques, qui n’étaient pas systématiquement corrélés aux trois clusters génotypiques, identifiés in vivo à partir de l’analyse de la charge bactérienne dans la rate de souris, ni aux cinétiques de multiplication de C. burnetii observés in vitro. Enfin, les séroprévalences obtenues chez le cheval dans une zone considérée hyperendémique pour l’Homme (Camargue et Plaine de La Crau) suggèrent que les chevaux sont exposés à la fièvre Q dans cette région et pourrait éventuellement être utilisés comme des indicateurs pertinents du risque zoonotique. Néanmoins, nos résultats ne nous permettent pas de conclure sur les formes cliniques potentiellement associées à la fièvre Q chez le cheval. À l’avenir, les résultats obtenus dans ce travail de thèse permettront une meilleure compréhension de la dynamique de circulation et des conséquences de l’infection par C. burnetii en élevages de ruminants domestiques et de chevaux. Ces données permettront in fine d’améliorer la surveillance, le diagnostic ainsi que la mise en œuvre de mesures de gestion sanitaire de la fièvre Q en santé publique et vétérinaire. / Q fever is a worldwide zoonosis, due to a strict intracellular bacterium: Coxiella burnetii. Domestic ruminants mainly shed the bacteria in parturition products, vaginal mucus and feces. Humans and animals infect by inhalation of circulating pseudo-spores into the environment.Public and veterinary health issues therefore motivated the implementation of this PhD project in order to better control C. burnetii infections on farms. The objectives of this thesis were to provide descriptive epidemiological findings about: (a) circulation dynamics of C. burnetii in a naturally infected flock of sheep; (b) the genotypic diversity of circulating C. burnetii strains on domestic ruminant farms in France; (c) the phenotypic diversity of these strains as demonstrated by the use of two virulence models, one in vivo and one in vitro; and (d) the involvement of horses in the epidemiology of C. burnetii, by studying their exposure and a potential symptomatology.Longitudinal follow-up in a flock of sheep provided relevant tools to rapidly assess the risk of C. burnetii transmission when a flock was identified as infected, in terms of animal pens, diagnostic tools, or sampling periods to be preferred. We also identified three main genotypic groups of circulating strains in domestic ruminant farms in France where Q fever abortion were recorded. Two genotypic groups mainly included small ruminants, with one group mainly composed of sheep and the other mainly composed of goats. The third genotypic group was comprised almost exclusively of cattle. We have shown that the IS1111 gene significantly impacts the genotypic MLVA diversity observed. In addition to this species specificity, we have shown that the circulating genotypes in France were also spatiotemporally stable. We then developed two models of infection, one in vivo by inoculating CD1 male mice in the footpad of and one in vitro by infecting two macrophage cell lines: one bovine (SV40) and one ovine (MoCl4). These two models allowed us to show that the genotypic clusters were not systematically correlated with both the four phenotypic clusters identified in vivo from the analysis of the bacterial load in the mouse spleens and the analysis in vitro of the C. burnetii multiplication kinetics.Finally, the seroprevalence observed in horses within hyperendemic areas for Q fever in humans (Camargue and Plain of La Crau) suggests that horses are exposed to the bacteria in the area and that they may be a relevant indicator of the zoonotic risk. Nevertheless, our results were inconclusive on the clinical forms associated with Q fever in horses.In the future, the findings found in our work will allow a global understanding of the circulation dynamics of C. burnetii on domestic ruminant farms as well as in others animal species. Thus, all these data will ultimately improve surveillance, diagnosis and management of Q fever in public and veterinary health.

L'élevage de la chèvre « Baladi » au Liban souffre d'un problème de disponibilité alimentaire responsable des faibles performances établies de la race, du fait de sa dépendance majoritaire des zones de pâturage naturel et de la rareté des terrains fourragers ou de l'adoption du système intensif. Dans ce contexte agroclimatique particulier, cette étude se propose d'identifier la conduite optimale, à mi-chemin entre système extensif compromettant la production et la durabilité de l'élevage et système hors-sol qui ne saurait valoriser les aptitudes de la race et les parcours de la région. En effet, les conditions climatiques difficiles de la région d'étude impliquent l'insertion d'une dimension temporelle dans la conceptualisation de la conduite optimale, prenant en considération les fluctuations saisonnières non négligeables des ressources alimentaires naturelles. Comparée à la conduite extensive traditionnelle et à la complémentation largement moins adoptée, une conduite où les chèvres laitières seraient mises au pâturage durant les mois de printemps caractérisé par la prolifération des espèces végétales en vert et enfermées durant la sécheresse estivale paraît a priori adaptée aux conditions du milieu et aux objectifs zootechniques et socioéconomiques. Le cas échéant, le système intensif étant rarement prisé par les éleveurs de la région, l'efficacité des parcours à résidus agricoles ou fourragers aura également été évaluée afin de trouver un optimum zootechnique et économique. Par la suite, il a fallu mettre en place un outil d'évaluation des caractéristiques nutritives des parcours de la région d'étude, des quantités ingérées par les animaux lors du pâturage ou à l'auge et finalement de leur impact direct sur la production laitière et la satisfaction des besoins. L'évaluation des différentes conduites se reflétant dans un nombre de réponses en cours de lactation, un suivi d'analyse continu a été instauré permettant d'apprécier l'état corporel des animaux (poids, note d'état corporel, métabolites énergétiques), la production laitière (rendement, durée de lactation et composition du lait) et les performances reproductives (prolificité et croissance des chevreaux). Les capacités d'adaptation des animaux aux restrictions alimentaires dans les différentes conduites ont ainsi été testées. Ces expérimentations réalisées sur deux ans de suite ont montré que ces chèvres manifestent de réelles capacités adaptatives aux aléas alimentaires. En particulier, à chaque fois que l'alimentation le permet, l'énergie disponible est orientée préférentiellement vers la production laitière avec des rebonds relativement importants. Ces rebonds se produisent quel que soit le niveau de production laitière et pendant pratiquement toute la lactation. Parallèlement, on observe une reconstitution lente et régulière des réserves adipeuses qui s'accélère en fin de lactation à un moment où les femelles sont généralement mises à la reproduction, alors que les productions laitières baissent inexorablement. Cette thèse a donc abouti à l'acquisition de connaissances originales sur un modèle animal peu étudié caractérisé par des capacités adaptatives remarquables qui ne se manifestent pas de façon aussi marquée chez les chèvres sélectionnées des zones tempérées / Adaptives capacities of Baladi goats fed on semi-arid rangelands of Bekaa valley (Lebanon)ABSTRACTThe Lebanese Baladi goat dairy production sector suffers from a problem of food availability which is responsible of the animal's poor performances, due to its dependence towards natural rangelands and the scarcity of crop residues and forage pastures as well as of the adoption of intensive systems.In this particular agroclimatic context, this study aims to identify the optimal conduct for this goat, half-way between an extensive system where production and durability are compromised and an intense one where the aptitudes of the breed and the variety of the region's pastures are not valorized. In fact, the region's difficult climatic conditions require the insertion of a temporal dimension in the conceptualization of the optimal conduct, considering the important seasonal fluctuations of the natural feed resources. Compared to the traditional extensive conduct and to the much less adopted supplementation, a conduct where the goats were pasture driven during the spring characterized by the proliferation of green plants and kept indoors during the summer season seems a priori adapted to the local conditions and to the technical and economic objectives. However, the intensive system being rarely considered by the local farmers, the efficiency of agricultural pastures such as crop residues and forages would also have been tested in order to find an optimum between production and feasibility. Thus, an evaluation tool of the pastures' nutrition values, the quantities ingested by the animals during grazing and indoors and finally of their impact on the milk production and satisfaction of feed requirements was implemented. The evaluation of the different tested conducts were reflected on a number of physiological responses during lactation such as the animals' body reserves (body weight, body condition score, NEFA), milk production (quantities, duration and milk composition: milk fat and milk protein contents) and reproductive performances (kids' number, birth weights and growth). The animals' adaptive capacities to different food restrictions situations are hence here tested.These trials realized on two subsequent years showed that this breed demonstrates clear adaptive capacities facing feed fluctuations. A particular adaptation is the orientation of the available extra energy towards milk production with relatively important rebounds whenever allowed by refeeding. These rebounds occurred whatever the initial milk production level and during practically the whole lactation period. In parallel, we observed a slow and regular reconstitution of the body reserves which accelerates at the end of lactation, when the females are getting ready for reproduction, while the milk production suddenly breaks down. In consequent, this study has collaborated in acquiring new original information about an original animal breed characterized by special adaptive capacities which don't generally show in selected high production breeds.Kewords : Baladi goat, feeding conduct, pasture, indoors, adaptive capacities, feeding behaviour, body reserves, milk production, reproductive performances