Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2007. / Bibliogr.: f. [57]-60. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

Les phénomènes de perte, d'altération et de fragmentation de l'habitat dus aux activités anthropiques contribuent fortement à réduire les populations de chauves-souris à travers le monde. Le manque de connaissances, associé au fait que le territoire du Québec se situe à la limite nordique de la distribution des espèces, a favorisé l'inscription de quatre des huit espèces de chauves-souris du Québec sur la liste des espèces susceptibles d'être désignées comme menacées ou vulnérables. L'étude de Côté fut la première à relater les interactions entre les diverses espèces présentes sur le territoire et leur habitat d'alimentation. Les résultats laissaient présager des différences de patrons d'abondance spécifique au sein des habitats urbains, comparativement aux milieux ruraux et forestiers. Bien que les processus d'urbanisation aient globalement pour effet d'accentuer la perte des sites d'alimentation et des gîtes de repos diurnes, certaines espèces mieux acclimatées sont abondamment retrouvées en milieu urbanisé. L'objectif de cette étude était donc de déterminer l'influence des modifications apportées par l'urbanisation sur le choix des sites d'alimentation des espèces de chauves-souris présentes sur l'île de Montréal, et ce, à différentes échelles spatiales. L'intérêt étant de déterminer si la présence et l'abondance des espèces sont davantage reliées à un gradient d'urbanisation à l'échelle du paysage, ou si les facteurs d'habitat à une échelle plus locale ont un effet plus important. Dans l'optique de déterminer l'abondance des espèces présentes en milieu urbain, nous avons circulé dès la tombée de la nuit jusqu'à environ minuit à travers une série de 24 espaces verts, de tailles et d'aménagements variés, et avec ou sans la présence de plans d'eau. Trois points d'écoute, répartis dans chaque espace vert, ont permis l'enregistrement des signaux d'écholocation perçus, durant 15 minutes par point d'écoute. Cette opération fut réitérée chaque nuit, du 15 juin au 30 juillet 2006, jusqu'à l'obtention de trois nuits d'écoutes par espace vert. Un prélèvement de plusieurs variables d'habitat comprises dans un rayon variant de 0,1 km à 2 km autour de chaque point d'échantillonnage fut réalisé sur le terrain et grâce à l'appui d'un système d'information géographique. Les résultats obtenus montrent que les espèces Eptesicus fuscus et Myotis spp sont les plus abondamment retrouvées sur l'île de Montréal. Le genre Myotis et l'espèce Pipistrellus subflavus sont principalement rencontrées dans les habitats présentant une surface boisée importante à proximité de la Rivière des Prairies. Les espèces Eptesicus fuscus, Lasiurus cinereus et Lasionycteris noctivagans paraissent moins sélectives, leur répartition étant beaucoup plus uniforme sur l'ensemble de l'île. Globalement, les zones de l'île de Montréal les moins affectées par le développement urbain présentent une activité de chasse plus importante et les facteurs d'habitat à l'échelle locale semblent également avoir une influence prépondérante dans le choix des sites d'alimentation des chauves-souris. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Chauves-souris, Milieu urbain, Habitat d'alimentation, Échelle locale, Paysage, Quantité d'habitat, SIG.

Jusqu’à présent, l’écologie des chauves-souris en forêt boréale n’était pas étudiée au Québec. La petite chauve-souris brune (Myotis lucifugus) et la chauve-souris nordique (Myotis septentrionalis) nichent dans des arbres en été et pourraient être affectées par les aménagements sylvicoles en forêt boréale. Mon premier objectif était de trouver dans la littérature les principales variables impliquées dans la sélection des arbres gîtes des chauves-souris cavicoles. Mon second objectif était de trouver les variables impliquées dans la sélection des arbres gîtes des espèces du genre Myotis en forêt boréale aménagée. Mon troisième objectif était de déterminer la proportion et la répartition spatiale des habitats diurnes potentiels à travers la partie méridionale du massif des Laurentides. Ma synthèse quantitative se base sur 34 études réalisées en Amérique du Nord. Le diamètre des arbres apparaissait comme étant un élément clé à considérer dans la sélection des arbres gîtes des chauves-souris cavicoles, particulièrement à des latitudes nordiques. J’ai suivi par télémétrie 22 chauves-souris mâles capturées dans différents secteurs de la forêt Montmorency (Québec, Canada). J’ai comparé les arbres et les peuplements sélectionnés par les chauves-souris à des points aléatoires pour évaluer la sélection des arbres gîtes. Les chicots avec un stade intermédiaire de détérioration étaient principalement sélectionnés. Le diamètre et la hauteur des arbres, l’ouverture de la canopée et la densité de chicots étaient les variables les plus importantes à considérer dans la sapinière (Abies balsamea) à bouleau blanc (Betula papyrifera) de l’Est-du-Québec. J’ai utilisé ces résultats pour générer des cartes d’habitat diurne potentiel des espèces du genre Myotis à travers la partie méridionale du massif des Laurentides. Les sommets avaient un moindre potentiel pour les chauves-souris du genre Myotis. La sapinière à bouleau blanc apparaissait plus propice pour la chauve-souris nordique, comparée à la petite chauve-souris brune. Favoriser ou maintenir des arbres de gros diamètre et des îlots de végétation de 0,1 hectare comprenant un minimum de 10 chicots devrait préserver les arbres gîtes des espèces du genre Myotis en forêt boréale aménagée du Québec. Augmenter la proportion de parcelles résiduelles surannées permettrait de préserver les habitats diurnes potentiels des chauves-souris du genre Myotis à travers la partie méridionale du massif des Laurentides. / Until now, the ecology of bats in boreal forest was not studied in Quebec. Little brown bats (Myotis lucifugus) and northern long-eared bats (Myotis septentrionalis) roost in trees during summer and might be affected by logging in boreal forest. My first objective was to find in the literature the main variables implicated in roost selection by cavity-roosting bats in North America. My second objective was to find the variables implicated in roost selection by Myotis species in a managed boreal forest. My third objective was to determine the spatial distribution and proportion of potential roosting habitats over the southern part of the Laurentian Highlands. My quantitative synthesis was based on 34 studies performed in North America. Tree diameter appeared to be a key element to consider in roost selection by cavity-roosting bats in North America, especially in Nordic latitudes. I monitored by telemetry 22 male bats captured in various sectors of the Montmorency forest (Quebec, Canada). I compared trees and stands selected by bats to random points to evaluate roost selection. Snags with an intermediate decay stage were mainly selected. Tree diameter and tree height, canopy opening and snag density were the most important variables to consider in the eastern balsam fir (Abies balsamea)-paper birch (Betula papyrifera) forest of Quebec. I used these results to generate roosting habitat suitability maps of Myotis species over the southern part of the Laurentian Highlands. Summits seemed to have a low potential for Myotis species. The balsam fir-white birch forest appeared more suitable for the northern long-eared bat, compared to the little brown bat. Promoting or maintaining large diameter trees and vegetation clusters of 0.1 hectares containing a minimum of 10 snags should preserve roosts of Myotis species in the managed boreal forest of Quebec. Increase the proportion of residual patches of old-growth forest should preserve suitable roosting habitats for Myotis species over the southern part of the Laurentian Highlands.

Comme pour plusieurs autres espèces animales, le déclin des populations de chauves-souris est documenté un peu partout sur la planète. Au Québec, quatre espèces se retrouvent sur la liste des espèces susceptibles d'être désignées menacées ou vulnérables. Plusieurs raisons, dont la dégradation des habitats, sont mises en cause. Toutefois, le manque de connaissances sur l'utilisation de l'habitat par chacune des espèces de chauves-souris retarde l'élaboration et l'application de mesures de protection. Au Québec, aucune étude n'avait été faite sur la distribution de l'activité nocturne des chauves-souris. Bien que plusieurs recherches aient été effectuées, au cours des années, sur les relations entre les chauves-souris et leur habitat, peu d'entre elles se sont intéressées à la distribution des différentes espèces de chauves-souris en présence de plusieurs éléments de l'habitat. De plus, dans la plupart des études, l'analyse ne se fait qu'à une échelle spatiale donnée. La mise en place au Québec d'un réseau d'inventaires acoustiques de chauves-souris favorise dorénavant la caractérisation des habitats d'alimentation et de déplacement des chauves-souris, au Québec. L'objectif principal du projet visait la caractérisation des habitats d'alimentation et de déplacement des chauves-souris au Québec. Les objectifs de cette étude étaient (1) de déterminer les différences dans l'utilisation nocturne de l'habitat par les chauves-souris en fonction d'un gradient allant d'un paysage urbanisé, d'un paysage agricole, et enfin d'un paysage forestier, retrouvé à travers les trois régions étudiées, (2) de définir les caractéristiques d'habitat d'alimentation et de déplacement utilisées par chaque espèce de chauve-souris, et finalement (3) de montrer comment les variables d'habitat explicatives varient lorsque différentes échelles spatiales sont utilisées. Dans les trois régions choisies, des bénévoles du réseau ont enregistré et localisé à l'aide de GPS les cris de chauves-souris le long de parcours routiers de 20 km. Ces informations ont été transférées sur système d'information géographique. Plusieurs variables d'habitat ont été obtenues à partir de cartes topographiques informatisées et d'orthophotos afin de permettre l'analyse des relations chauves-souris/habitat à l'aide de régressions logistiques multiples. Des tests de Wilcoxon (« signed rank ») ont servi à vérifier les similitudes dans la distribution inter-annuelle des chauves-souris. Les analyses ont été répétées à plusieurs échelles spatiales. Les résultats montrent que les Myotis sont abondantes en milieu agricole (45 % des cris) et en milieu forestier (68 %), mais presque absentes du milieu urbain (0,5%). En milieu urbain, la grande chauve-souris brune est l'espèce la plus commune (58 %). Les tests ont montré que, souvent, il n'y a pas de différences significatives dans le positionnement des chauves-souris le long des circuits, année après année. Parmi les variables d'habitat qui ont influencé le plus la présence de chauves-souris, les différents types de bâtiments et les lampadaires blancs semblaient les plus importantes. La présence de ruisseau en paysage agricole est également associée à la présence des chauves-souris. Les variables d'habitats expliquant l'occurrence de chauves-souris varient dépendant de l'échelle spatiale, de l'espèce et du paysage. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Chauves-souris, Habitat, Urbain, Rural, Forestier.

Les chauves-souris (Chiroptera) sont reconnues comme réservoirs naturels de nombreux microorganismes, dont certains pathogènes, responsables de maladies sévères chez l’homme. À ce jour, plus de 1 300 espèces de chauves-souris, aux habitats et comportements sociaux multiples, ont été décrites. Cette grande diversité d’espèces reflète l’importante diversité des caractéristiques biologiques, de l’histoire évolutive et de la capacité d’adaptation de cet ordre. Les études immunobiologiques laissent à penser que ces animaux présentent des stratégies antimicrobiennes plus efficientes que les autres mammifères, influencées par leurs caractéristiques spécifiques et par les contraintes pathogéniques associées aux environnements. L’objectif de cette thèse était de mieux comprendre, en utilisant la diversité virale et la circulation du virus rabique comme proxy, comment les contraintes bioécologiques, liées à la phylogénie de l’hôte et à son environnement, pouvaient impacter la diversité virale des chauves-souris, et subséquemment, induire une adaptation locale des gènes de l’immunité. L’ensemble des résultats obtenus montre que les composantes environnementales sont des facteurs clés des diversités virales et immunitaires. Associées aux caractéristiques spécifiques, elles jouent un rôle dans le maintien de ces diversités et déterminent les capacités d'adaptation des chauves-souris. Les processus démographiques semblent également contribuer au maintien des virus dans un environnement donné. Ce travail apporte des éléments de compréhension des mécanismes de maintien et de mise en place des diversités virales et immunitaires qui influencent l'adaptation locale des chauves-souris. / Bats belong to the order Chiroptera and are the only mammals capable of true flight. They are recognized as excellent biodiversity indicators. Furthermore, these animals have been described as natural reservoirs and source of infection for several microorganisms, including pathogens responsible for severe human diseases. Currently, more than 1,300 different bat species are described with different habitats and sociality, reflecting a high diversity of bioecological features, life histories and adaptation capacity. Immunobiological studies suggest that bats present more effective anti-microbial strategies highly influenced by their biological traits as well as by the environmental-associated pathogen pressures. The aim of this thesis was to better understand, using viral diversity and circulation of the rabies virus as a proxy, how bioecological constraints related to the phylogeny and the environment where they evolve, could impact the diversity of hosted viral communities and subsequently induce a local adaptation of immune genes. Altogether, the results obtained during this thesis showed that environmental components were key factors of both viral and immune diversities. Associated with species characteristics, environment plays a key role in shaping both diversities and determines the adaptation ability of bats. Nevertheless, demographic processes should not be overshadowed as they seem to contribute to the maintenance of viruses in a given environment. This work sheds light on the mechanisms maintaining and shaping both viral and immune diversities and subsequently influencing the local adaptation of bats