Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-07-20Bitstream added on 2014-06-13T20:16:32Z : No. of bitstreams: 1 colombo_te_me_sjrp.pdf: 855064 bytes, checksum: ad2e08a9f257905e52f58887fb31dbcb (MD5) / Famerp / As leveduras estão amplamente distribuídas em diversos ambientes, sendo também habitantes normais do corpo humano. São consideradas patógenos oportunistas causando infecções que variam desde superficiais até profundas e fatais. Espécies de Candida spp ocupam, atualmente, lugar de destaque como principais causadoras das infecções a corrente sanguínea. A investigação da suscetibilidade antimicrobiana, frente aos antifúngicos rotineiramente preconizados na terapêutica, é de fundamental importância, além disso, métodos moleculares como o RAPD (Polimorfismo do DNA aleatoriamente amplificado) e PFGE (Eletroforese em campo pulsátil) são conhecidos por ajudar na identificação das fontes de infecção e delineamento epidemiológico. O Laboratório de Microbiologia da FAMERP, em parceria com o Hospital de Base de São José do Rio Preto, vem desenvolvendo projetos de pesquisa que envolve o isolamento, a identificação e manutenção de coleção de culturas de espécies microbianas. O presente projeto teve como objetivo identificar as espécies leveduriformes presentes em isolados clínicos e ambientais, avaliar a sua suscetibilidade antimicrobiana, além de estudar a relação genética entre tais isolados por ambas técnicas - RAPD e PFGE, na tentativa de elucidar as possíveis fontes de aquisição, prática considerada fundamental na rede de vigilância. No período de agosto de 2007 a outubro de 2009, foram analisados 119 episódios de candidemia. A distribuição dos casos de candidemia foi mais frequente em pacientes com idade inferior a 1 ano e superior a 60 anos, não havendo tendência para nenhum gênero. O grupo geral manteve como período de internação uma média de 35 dias, com frequência de óbito correspondente a 61%. C. albicans foi a espécie mais prevalente (29%), seguida por C. parapsilosis (28%) e C. tropicalis (23%)... / As leveduras estão amplamente distribuídas em diversos ambientes, sendo também habitantes normais do corpo humano. São consideradas patógenos oportunistas causando infecções que variam desde superficiais até profundas e fatais. Espécies de Candida spp ocupam, atualmente, lugar de destaque como principais causadoras das infecções a corrente sanguínea. A investigação da suscetibilidade antimicrobiana, frente aos antifúngicos rotineiramente preconizados na terapêutica, é de fundamental importância, além disso, métodos moleculares como o RAPD (Polimorfismo do DNA aleatoriamente amplificado) e PFGE (Eletroforese em campo pulsátil) são conhecidos por ajudar na identificação das fontes de infecção e delineamento epidemiológico. O Laboratório de Microbiologia da FAMERP, em parceria com o Hospital de Base de São José do Rio Preto, vem desenvolvendo projetos de pesquisa que envolve o isolamento, a identificação e manutenção de coleção de culturas de espécies microbianas. O presente projeto teve como objetivo identificar as espécies leveduriformes presentes em isolados clínicos e ambientais, avaliar a sua suscetibilidade antimicrobiana, além de estudar a relação genética entre tais isolados por ambas técnicas - RAPD e PFGE, na tentativa de elucidar as possíveis fontes de aquisição, prática considerada fundamental na rede de vigilância. No período de agosto de 2007 a outubro de 2009, foram analisados 119 episódios de candidemia. A distribuição dos casos de candidemia foi mais frequente em pacientes com idade inferior a 1 ano e superior a 60 anos, não havendo tendência para nenhum gênero. O grupo geral manteve como período de internação uma média de 35 dias, com frequência de óbito correspondente a 61%. C. albicans foi a espécie mais prevalente (29%), seguida por C. parapsilosis (28%) e C. tropicalis (23%)... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-01-10T11:15:58Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 166687 bytes, checksum: 47e58c83b1effbc8396df6abe17c3dff (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-10T11:15:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 166687 bytes, checksum: 47e58c83b1effbc8396df6abe17c3dff (MD5) Previous issue date: 2003-02-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O presente trabalho objetivou avaliar o desempenho de clones de Eucalyptus spp., propagados pela estaquia, miniestaquia, microestaquia e micropropagação, quanto ao crescimento em altura e diâmetro, bem como a biomassa da parte aérea e do sistema radicular, em condições de campo, em locais distintos, avaliados aos 4 e 8 meses de idade. Nos estudos conduzidos na região do Vale do Rio Doce, em que se avaliou o desempenho silvicultural de quatro clones de Eucalyptus spp., os resultados obtidos permitiram concluir que para o crescimento em altura e em diâmetro do caule ao nível do solo, os clones de boa aptidão à propagação vegetativa apresentaram efeito positivo do vigor fisiológico dos propágulos, e os clones com menor aptidão apresentaram, além do efeito fisiológico, resposta ao rejuvenescimento, proporcionando diferença no crescimento. Para o peso de matéria seca da parte aérea e do sistema radicular, os resultados indicaram certas tendências de que as técnicas de micropropagação e microestaquia apresentaram respostas superiores, entretanto, em algumas idades de avaliação e para alguns clones, esta resposta não é consistente. Com relação aos estudos realizados no Norte de Minas Gerais, em que se objetivou avaliar o desempenho silvicultural de quatro clones de Eucalyptus spp., propagados por macro e micropropagação, em dois predominantemente arenosa e solos o distintos, segundo onde textura um apresentava predominantemente textura argilosa, os resultados obtidos permitiram concluir que para o crescimento em altura e em diâmetro do caule ao nível do solo, os clones de boa aptidão à propagação vegetativa não apresentaram diferença significativa entre as técnicas de propagação, e os clones de menor aptidão apresentaram uma resposta ao nível de juvenilidade das mudas utilizadas, no crescimento inicial destas no campo, e uma resposta à qualidade do sítio, onde o Local 1 (solo arenoso), por apresentar piores condições de desenvolvimento para as plantas, quando comparado ao Local 2 (solo argiloso), não permitiu que a diferença entre as técnicas de propagação fosse observada. Para o peso de matéria seca da parte aérea e do sistema radicular, os resultados indicam respostas variadas nas avaliações efetuadas em relação às técnicas de propagação, observadas em alguns clones, devido à dificuldade de avaliação destas características e a não observação clara dos efeitos dos métodos de rejuvenescimento em clones com maior grau de juvenilidade. / This work aimed to evaluate the field performance of Eucalyptus spp. clones, propagated by cuttings, minicuttings, microcuttings and micropropagation techniques, considering height and diameter growth and the above ground and root system biomass in different sites and ages (4 and 8 months). In studies done in Vale do Rio Doce region, where the field performance of four Eucalyptus spp. clones were evaluated, the results obtained permitted to conclude that for the height and the diameter growth of the easy-to-propagate clones showed positive effect on vigour of the propagules and the hard-to-propagate clones showed responses to the vigour rejuvenation resulting in greater height and diameter growth. The above and below ground biomass indicated some tendency that the micropropagation and the microcuttings techniques had much better performance than cuttings but in some evaluation ages and for some clones this response didn’t show up. In studies done in the North of Minas Gerais State, where the silvicultural performance of macro and micropropagated Eucalyptus spp. clones in two different sites (sand and claysoil) were evaluated, the results obtained permitted to conclude that for the height and the diameter growth of easy-to-propagate clones didn’t show significant differences among the propagation techniques and the hard-to-propagate clones showed response to juvenility showed by the seedlings in the field and to the site quality, where Site 1 (sand soil) presented worse condition to plants when compared to Site 2 (claysoil) didn’t permitted to observe difference among the propagation technique. The results of the below and the above ground plant biomass varied in some clones among the propagation techniques. This could be explained due to the difficulty in evaluating mainly the root biomass and the non evident effects caused by the rejuvenation methods in very juvenile clones. / Não foi localizado o cpf do autor.

京都大学 / 0048 / 新制・課程博士 / 博士(医学) / 甲第22118号 / 医博第4531号 / 新制||医||1039(附属図書館) / 京都大学大学院医学研究科医学専攻 / (主査)教授 松田 道行, 教授 小柳 義夫, 教授 小川 誠司 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Medical Science / Kyoto University / DFAM

Le neuroblastome est le cancer solide extra-cranial le plus fréquent chez l’enfant. Il est caractérisé par une très grande hétérogénéité tant au niveau clinique que moléculaire. Alors que certains patients rentrent spontanément en rémission, on peut se demander quels facteurs permettent la réémergence du cancer chez d’autres malgré traitement. Pour répondre à cette question, il convient d’identifier chez les patients ayant rechuté, les différentes populations clonales coexistant au diagnostic et/ou à la rechute. Cela permet, entre autre, d’étudier les voies différemment altérées entre ces deux temps. Dans cette optique, nous présentons ici QuantumClone, un algorithme de reconstruction clonal à partir de données de séquençage, ainsi que son application à une cohorte de patients souffrant d’un neuroblastome. Sur ces données, l’application de notre méthode a permis d’identifier des différences dans le ratio de variants prédits fonctionnels par rapport à ceux prédits passagers entre les populations ancestrales, enrichies à la rechute ou appauvries à la rechute. / Neuroblastoma is the most frequent solid extra-cranial cancer of childhood. This cancer displays a high heterogeneity both at clinical and molecular levels. Even though in some patients spontaneous remission can be observed, some others relapse despite treatment and surgical resection. It may be wondered which are the factors that distinguish these two cases. In order to answer this question, identification of populations coexisting at diagnosis and/or relapse in the patients which have relapsed is a prerequisite. This would allow, between other things, to study the pathways differently altered in clones that are specific to each time point. With this in mind, we hereby present QuantumClone, a clonal reconstruction algorithm from sequencing data. In addition, we applied this method to a cohort of patients suffering from neuroblastoma. On these data, our method identified differences in the functional mutation rate, i.e. the number of putative functional variants by total number of variants, between the ancestral clones, clones expanding at relapse, and clones shrinking at relapse.

Increased growth rates, wood quality, and disease resistance have been accomplished within loblolly pine (Pinus taeda L.) through genetic selection and improved management practices. Genetic engineering of trees has the potential to further improve these selections but also needs to be tested. Two studies were conducted. Study one compares three levels of genetic improvement: Mass-Control Pollinated (MCP), Second Generation Op (2nd gen), and Varietal Material. After three years the MCP material had larger mean heights, mean diameters, and mean volume than the other two genetic entities. However the top five performing varietals were about 0.5 feet taller than the MCP material. Study two tested two contrasting loblolly pine ideotypes across different spacings and management intensities. After two years the crop tree ideotype and the intensive management plots had larger mean heights, mean ground-line diameters, mean volumes, and mean crown widths. Mean branch angle differed significantly between the two crown ideotypes.

This study reports the results of different staining techniques on the chromosomes of two Poecilia formosa lineages, providing evidence of two additional nucleolus organizer region (NOR) chromosomal clones in this gynogenetic fish. A comparative analysis of chromosomal clones detected in the Amazon molly, along with their frequency and distribution in different collecting sites, is also presented, and clonal heterogeneity resulting from chromosome changes is discussed.

Tree root-associated microbiomes are shaped by geographic, soil physico-chemical, and host tree parameters. However, their respective impacts on microbiome variations in soils across larger spatial scales remain weakly studied. We out-planted saplings of oak clone DF159 (Quercus robur L.) as phytometer in four grassland field sites along a European North–South transect. After four years, we first compared the soil microbiomes of the tree root zone (RZ) and the tree root-free zone (RFZ). Then, we separately considered the total microbiomes of both zones, besides the microbiome with significant affinity to the RZ and compared their variability along the transect. Variations within the microbiome of the tree RFZ were shaped by geographic and soil physico-chemical changes, whereby bacteria responded more than fungi. Variations within both microbiomes of the tree RZ depended on the host tree and abiotic parameters. Based on perMANOVA and Mantel correlation tests, impacts of site specificities and geographic distance strongly decreased for the tree RZ affine microbiome. This pattern was more pronounced for fungi than bacteria. Shaping the microbiome of the soil zones in root proximity might be a mechanism mediating the acclimation of oaks to a wide range of environmental conditions across geographic regions.

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O câncer de mama é uma doença heterogênea que é caracterizada por células epiteliais de mama malignas. As células-tronco cancerígenas (CST) no câncer de mama podem aumentar o potencial de agressividade através do tumor. O objetivo deste estudo é avaliar a expansão clonal do microambiente tumoral e a diferenciação celular após o estímulo com células estaminais mesenquimais. As células MSC derivadas da geléia de Wharton foram co-cultivadas com MCF- 7 em proporções de 1%, 10%, 30%. A co-cultura de MCF-7 com MSC mostrou alteração na localização da e-caderina para o citoplasma e, de preferência, o núcleo. Para a n-caderina, a co-localização foi predominantemente na membrana após a exposição do MSC. As células MCF-7 apresentaram colocalização do citoplasma e do núcleo no biomarcador de ?-catenina. Este fenômeno é confirmado à WB com o aumento dos níveis de proteínas de ecaderina no citoplasma no MCF-7 após o estímulo do MSC. A morfologia das transições amênico-mesenquimatosas foi mostrada no ensaio 3D em algumas colônias, no entanto esta morfologia não é predominante. A co-cultura de MCF- 7 com MSCs aumenta o número de mammosferes e influencia o aumento de CD44 + / CD24-, esse fenômeno foi possível sob estimulação de 30% das células MSC. A linhagem celular de câncer de mama MCF-7 em associação com MSC pode aumentar o potencial de agressividade através do tumor. Essa interação no microambiente do tumor é determinante para a expansão clonal e diferenciação celular, que são mecanismos relevantes no processo de disseminação metastática. / Breast cancer is a heterogeneous disease that is characterized by malignant breast epithelial cells. Cancer stem cells (CST) in breast cancer can boost a potential for aggressiveness trough the tumor. The goal for this study is to evaluated the tumor microenvironment clonal expansion and cellular differentiation after stimulus with mesenchymal stem cells. MSC cells derived from Wharton\'s jelly were co-cultured with MCF-7 in proportions 1%,10%,30%. The co-culture of MCF-7 with MSC showed alteration on localization of ecadherin to the cytoplasm and preferably nucleus. For n-cadherin, the colocalization were predominantly in membrane after MSC exposition. MCF-7 cells showed cytoplasm and nucleus co-localization on ?-catenin biomarker. This phenomenon is confirmed to WB with increasing the proteins levels of ecadherin on cytoplasm in MCF-7 after MSC stimulus. Amoeboid to mesenchymal transitions morphology were showed on 3D assay in some colonies, however this morphology is not predominant. The co-culture of MCF-7 with MSCs increase in the number of mammospheres and influence the increase of CD44+/CD24-, this phenomenon was possible under stimulation of 30% of MSC cells. The breast cancer cell line MCF-7 in association with MSC can boost a potential for aggressiveness trough the tumor. This interaction on tumor microenvironment is determinant for the clonal expansion and cellular differentiation, which are relevant mechanisms in the process of metastatic dissemination.