Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-01-21T17:43:23Z No. of bitstreams: 1 thiagocesarnascimento.pdf: 3494952 bytes, checksum: 3356415ad599be16280e8e70cee1950d (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-01-25T18:47:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 thiagocesarnascimento.pdf: 3494952 bytes, checksum: 3356415ad599be16280e8e70cee1950d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-25T18:47:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 thiagocesarnascimento.pdf: 3494952 bytes, checksum: 3356415ad599be16280e8e70cee1950d (MD5) Previous issue date: 2014-04-24 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Staphylococcus aureus é uma das principais causas de infecções associadas à saúde em todo o mundo. O objetivo deste trabalho foi avaliar as características epidemiológicas, fisiológicas e moleculares de S. aureus resistente à oxacilina (ORSA), isolados de infecções em um hospital terciário universitário e avaliar sua susceptibilidade a novas moléculas síntéticas. Foram avaliadas um total de 103 amostras de ORSA quanto a dados clínicos e epidemiológicos relacionados aos pacientes, perfil de susceptibilidade a drogas antimicrobianas, avaliação da produção de biofilme e da capacidade hemolítica e confirmação da identidade genética, detecção do gene mecA e caracterização do SCCmec, por PCR. Para 45 amostras oriundas do CTI, também foram realizadas a análise do perfil de fragmentação do DNA cromossômico por PFGE e caracterização do CC, por PCR. Para 21 amostras foi avaliada a susceptibilidade a aminas aromáticas alquiladas (aminoálcoois). Considerando-se as amostras clínicas, a maioria das amostras foi isolada no sexo masculino (71%) a partir de secreção traqueal (26,2%) e sangue (23,3%) seguido de swab de sítio cirúrgico e ponta do cateter (15,5%), exsudados (14,6%) e urina (4,9%), associados à infecção do sistema respiratório (34%) e bacteremia (20,4%), em unidade de terapia intensiva (43,7%). No geral, uma alta frequência de resistência foi observada contra clindamicina (100%), eritromicina (100%), azitromicina (99%), levofloxacina (93,2%), gentamicina (84,5%), sulfametoxazol-trimetoprim (75,7%), tetraciclina (77,6%), cloranfenicol (59,3%) e rifampicina (50,5%). Os aminoálcoois também apresentaram atividade antibacteriana contra a maioria dos isolados de ORSA. Tipos de SCCmec III (66,7%) , II (17,8%) , IV (4,4% ), I (2,2%) foram encontrados. A maioria (66,7%) dos isolados foram relacionados ao clone epidemico brasileiro (CEB)/CC8/SCCmec III , que prevaleceu entre 2005 e 2008 , enquanto que a linhagem USA100/CC5/SCCmec II surgiu em 2007 e foi mais frequente em 2009 e 2010, na UTI. Os isolados que transportam o tipo de SCCmec IV (USA400/CC1 e USA800/CC5 linhagens) e I (USA500/CC5) também foram detectadas. Nossos dados são altamente relevantes para os sistemas de vigilância permitiu mapear em maior escala a circulação dinâmica de ORSA e levantar discussões sobre estratégias de contenção e uso racional da quimioterapia empírica. / Staphylococcus aureus is a major cause of health care associated infections worldwide. The aim of this work was to evaluate epidemiological, physiological and molecular characteristics of aureus oxacillin resistant S. aureus (ORSA) isolated from infections in a tertiary university hospital and evaluated their susceptibility to new synthetic molecules. A total of 103 samples of ORSA for clinical and epidemiological data related to patients susceptibility profile to antimicrobial drugs, assessment of biofilm production and hemolytic capacity and confirmation of genetic identity, detection of the mecA gene and characterization of SCCmec were evaluated, PCR. For 45 samples from CTI, also the profile of DNA analysis by PFGE and characterization of the CC, PCR were performed. For 21 samples susceptibility to alkylated aromatic amines was evaluated. Considering the clinical samples, most samples contained in males (71%) from tracheal secretion (26.2%) and blood (23.3%) followed by surgical site and swab tip of the catheter (15.5%), exudates (14.6 %) and urine (4.9%), associated with infection of the respiratory system (34%) and bacteremia (20.4%) in the intensive care unit (43.7%). Overall, a high frequency of resistance was observed against clindamycin and erythromycin (100%), azithromycin (99%), levofloxacin (93.2%), gentamicin (84.5%), trimethoprim-sulfamethoxazole (75.7%), tetracycline (77.6%), chloramphenicol (59.3%) and rifampicin (50.5%). The amino alcohols also showed antibacterial activity against most isolates of ORSA. SCCmec type III (66.7%), II (17.8%), IV (4.4%) and I (2.2%) were found. The majority (66.7%) isolates were related to the brazilian epidemic clone (CEB)/CC8/SCCmec III, which prevailed between 2005 and 2008, while the USA100/CC5/SCCmec lineage II emerged in 2007 and was more frequent in 2009 and 2010 in the ICU. The strains carrying the SCCmec type IV (USA400/CC1 and USA800/CC5 lineages) and I (USA500/CC5) were also detected. Our data are highly relevant to surveillance systems enabled map on a larger scale the dynamic movement of ORSA and raise discussions on containment strategies and rational use of empirical chemotherapy.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-02-17T18:26:18Z No. of bitstreams: 1 Maria Goreth Matos de Andrade Barberino... Distribuição clonal 2013.pdf: 2055064 bytes, checksum: da2e73dad9d911837f5434c00617e1b0 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-17T18:26:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maria Goreth Matos de Andrade Barberino... Distribuição clonal 2013.pdf: 2055064 bytes, checksum: da2e73dad9d911837f5434c00617e1b0 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / A infecção do trato urinário (ITU) é considerada a segunda infecção mais comum em humanos, estima-se que ocorram cerca de 150 milhões de casos de ITUs por ano no mundo. O aumento das taxas de resistência aos antimicrobianos entre os uropatógenos tem tornado mais difícil o tratamento das ITUs. Objetivo: Determinar a distribuição clonal das cepas de E. coli isoladas em pacientes com ITU adquirida na comunidade de acordo com o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos e avaliar o papel dos grupos clonais na disseminação e persistência da resistência nestas infecções. Métodos: Foram isoladas 874 cepas de E. coli em pacientes com ITU, procedentes de unidades ambulatoriais em três hospitais na cidade de Salvador–Ba, no período de 2001 a 2009. O perfil de susceptibilidade foi determinado por microdiluição em placa (Microscan-Siemens®). Nas amostras selecionadas para genotipagem (n=275), a identificação dos grupos clonais foi realizada pela comparação dos padrões de PFGE, utilizando os critérios de Tenover (1995). Em todas as etapas do estudo foi utilizada como controle de qualidade a cepa ATCC E. coli 25922. Resultado: Entre os antibióticos testados, a maior prevalência de resistência foi encontrada para ampicilina (AMP) (49%), cefalotina (12-33%) e sulfametoxazol-trimetropin (SXT) (36-42%). A taxa de resistência à ciprofloxacina (CIP) variou de 9 a 14%. Na análise da distribuição clonal, segundo os fenótipos de resistência aos antimicrobianos, encontramos maior predomínio de um grupo clonal CgA (63%) entre as cepas consideradas multidroga resistentes. Diferentemente das amostras com algum grau de resistência ou multi-sensíveis, nas quais observamos diversidade clonal. Conclusão: A alta prevalência de resistência a SXT, AMP e cefalotina contraindica o uso destes antimicrobianos no tratamento empírico das ITU adquiridas na comunidade. A taxa de resistência à CIP relativamente alta, alerta para o aumento e disseminação de resistência a este antimicrobiano na comunidade. Isto irá dificultar e onerar o tratamento destas infecções. Observamos a surgimento de um grupo clonal (CgA) no período final do estudo (2008 a 2009) associado às cepas multidroga resistentes. Este achado sugere que a expansão de determinados clones pode ter um papel importante na disseminação de resistência bacteriana em ITUs adquiridas na comunidade. / Urinary tract infection (UTI) is considered the second most common infection in humans. It is estimated that there are about 150 million cases of UTIs per year worldwide. Increasing rates of antimicrobial resistance among uropathogens challenges UTI treatments. Objective: To determine the distribution of clonal strains of E. coli isolated from patients with community-acquired UTI according to the profile of antimicrobial susceptibility; and to evaluate the role of clonal groups in the spread and persistence of resistance in these infections. Methods: Eight hundred seventy four strains of E. coli were isolated from patients with UTI, coming from outpatient clinics in three hospitals in the city of Salvador - Bahia, from 2001 to 2009. The susceptibility profile was determined by broth microdilution method (Siemens - Microscan ®). The samples selected for genotyping (n = 275) were identified for clonal groups by comparing the patterns of PFGE, using the criteria of Tenover (1995). All study stages were quality control by strain E. coli ATCC 25922. Results: Among the antibiotics tested, the highest prevalence of resistance was for ampicillin (AMP) (49%) followed by trimethoprim - sulfamethoxazole (SXT) (36-42%) and for cephalothin (12-33%). The rate of resistance to ciprofloxacin (CIP) ranged between 9-14 %. In the Clonal Analysis distribution, performed according to antimicrobial resistance phenotypes, we found a higher prevalence of a clonal group CgA (63%) among multidrug resistant strains. This result differs from samples with some degree of resistance or multi-sensitive in which we observed clonal diversity. Conclusion: The high prevalence of resistance to SXT, AMP, and cephalothin contraindicate the use of these antibiotics in the empirical treatment of community-acquired UTI. The relatively high rate of resistance to CIP, raises attention to the increase and spread of antimicrobial resistance in this community and potentially complicate and encumber the treatment of these infections. We observe the emergence of a clonal group (CgA) in the final period of the study (2008-2009) associated with multidrug resistant strains. This finding suggests that the expansion of particular clones may have an important role in the spread of bacterial resistance in community-acquired UTI.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-04-30Bitstream added on 2014-06-13T20:23:21Z : No. of bitstreams: 1 ciampi_mb_dr_jabo.pdf: 501699 bytes, checksum: 6171bb1c109f747a0aeff63805c59aaf (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O basidiomiceto Rhizoctonia solani AG-1 IA é um dos principais patógenos da soja no Brasil, onde as perdas estimadas com a doença podem atingir 30 a 60%. 232 isolados de R. solani AG-1 IA foram coletados de campos comerciais de soja nas principais regiões produtoras do país e genotipados usando dez locos polimórficos de microssatélites. As baixas diversidades genotípicas, os desvios do equilíbrio de Hardy-Weinberg (EHW), o desequilíbrio gamético e o elevado grau de subdivisão populacional encontrados nessas populações são consistentes com predominância de reprodução assexuada e dispersão de propágulos vegetativos a curtas distâncias. Os níveis de subdivisão observados poderiam ser explicados pela migração histórica assimétrica entre as populações, indicando a população do Tocantins como a provável fundadora. As evidências de fluxo gênico restrito e modo reprodutivo misto enquadrariam o fungo na categoria de médio risco para potencial evolutivo de patógenos, sugerindo precaução quanto à aplicação de fungicidas ou melhoramento para genes de resistência. Também foi desenvolvido um método para detecção de SNPs em múltiplos locos por PCR, através da conversão de sondas de RFLP em seis marcadores co-dominantes de seqüenciamento, altamente informativos e polimórficos. Detectou-se de um a múltiplos alelos em cada isolado, para cada região analisada, indicando a condição heterocariótica do fungo. O maior número de polimorfismos SNPs foi detectado para o marcador R68L, com 18 mutações em 303 pares de bases. O conjunto de novos marcadores desenvolvido mostrou-se um sistema de genotipagem viável, possibilitando discriminação alélica precisa, com potencial de complementar os métodos existentes para estudo da biologia populacional de R. solani AG-1 IA e viabilizar estudos de caráter evolutivo. / The Basidiomycete fungus Rhizoctonia solani AG-1 IA is a major pathogen of soybean in Brazil, where the average yield losses have reached 30 to 60%. 232 isolates of R. solani AG1 IA were collected from soybean fields in the most important soybean production areas in the country. These isolates were genotyped using ten microsatellite loci. Low genotypic diversity, departures from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE), gametic disequilibrium and high degree of population subdivision found in these populations are consistent with predominantly asexual reproduction, short-distance dispersal of vegetative propagules, and limited long-distance dispersal. The observed levels of subdivision could be explained by asymmetric historical migration among the soybean-infecting populations, denoting TO06 as the founder population. Evidences of restricted gene flow and a mixed reproductive mode would fit the fungus into the medium-high risk category for pathogen evolutionary potential, suggesting the need for caution when applying fungicides or breeding for major-gene resistance. We also developed a method to detect SNPs in multiple loci by PCR, converting RFLP probes in six highly informative and polymorphic co-dominants sequencing markers. We have identified single and multiple alleles per isolate in each analyzed region, indicating the fungus heterokaryotic condition. The highest number of SNPs was detected at the R68L marker, with 18 mutations along 303 base pairs. The developed set of new markers proved to be a viable genotyping system, allowing precise allelic discrimination, with the potential to complement the methods already described to study the R. solani AG-1 IA population biology and making evolutionary studies feasible.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2015-03-06T16:12:54Z No. of bitstreams: 1 Juliana Moreira Argolo Análise...2014.pdf: 2379371 bytes, checksum: 6533fc64b2d6221825fc83948cfb30eb (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2015-03-06T16:25:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Juliana Moreira Argolo Análise...2014.pdf: 2379371 bytes, checksum: 6533fc64b2d6221825fc83948cfb30eb (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2015-03-06T16:28:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Juliana Moreira Argolo Análise...2014.pdf: 2379371 bytes, checksum: 6533fc64b2d6221825fc83948cfb30eb (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-06T16:28:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Juliana Moreira Argolo Análise...2014.pdf: 2379371 bytes, checksum: 6533fc64b2d6221825fc83948cfb30eb (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / A dermatite infecciosa associada ao vírus linfotrópico de células T humanas tipo 1 (HTLV-1), DIH, é uma forma de eczema grave e recidivante que incide principalmente em crianças que em geral foram verticalmente infectadas pelo HTLV-1, ocorrendo lesões eritematosas, escamativas e crostosas, sendo geralmente localizadas nas regiões do couro cabeludo e retroauriculares, assim como pescoço, virilha, região paranasal, axilas, ouvido externo e narinas. Inicia-se após os 18 meses de vida e raramente persiste até a vida adulta. No Brasil, muitos casos têm sido diagnosticados na Bahia, estado brasileiro que atualmente conta com a maior casuística da literatura depois da Jamaica. Acompanhando uma coorte de 31 pacientes da faixa etária infanto-juvenil com DIH em Salvador, observou-se em esfregaço do sangue periférico, em 11 dos indivíduos, o aparecimento de linfócitos atípicos (LA) e/ou células em flor (CF), que não são comumente observados em pacientes com DIH, mas ocorrem com frequência em pacientes com leucemia/linfoma de células T do adulto (ATL). Submetemos amostras dos 31 pacientes a reações em cadeia da polimerase (PCR) para verificar se havia um clone majoritário através do padrão de clonalidade do TCR-gama. Para este ensaio, todos os 31 pacientes apresentaram padrão oligoclonal ou policlonal típico para DIH, onde não ocorre um clone predominante. A fim de verificar se o aparecimento dos linfócitos atipicos estava relacionado ao possível desenvolvimento da ATL, para os 11 indivíduos que apresentaram os LA e/ou CF em esfregaço do sangue periférico, realizamos ensaios de ILPCR para verificar a clonalidade dos linfócitos infectados pelo vírus e posteriormente sequenciamos as amostras a fim de identificar o local de integração do provírus ao genoma do portador hospedeiro. Em 7 dos 11 indivíduos identificou-se um único clone predominante nos produtos de PCR em pelo menos uma das coletas avaliadas. Nesses casos, o DNA proviral não interrompeu regiões codificadoras para genes humanos. Para um paciente, o provírus se integrou na região do gene da MAP2K1 (proteína quinase 1 ativadora de mitose), localizado no cromossomo 15. Observou-se que na presença de LA e/ou CF podem existir clones majoritários circulantes em portadores do HTLV-1 com DIH. / Infective dermatitis associated with human T lymphotropic cells virus type 1 (HTLV-1), IDH, is a form of severe and recurrent dermatitis that occurs mostly in children who were mainly vertically infected with HTLV-1, occurring erythematous, desquamative and crusty, being generally located in regions of the scalp and retroauricular, neck, groin, paranasal region, armpits, outer ear and nostrils. It begins after 18 months of life and rarely persists into adulthood. In Brazil, several cases have been diagnosed in Bahia, the Brazilian state that currently has the highest incidence after Jamaica. Tracking a cohort of 31 patients in the juvenile age group with IDH in Salvador, we observed the appearance of atypical lymphocytes (AL) and/or flower cells (FC), which are not commonly observed in patients with IDH, but occur frequently in patients with adult T cell leukemia/lymphoma (ATL), in peripheral blood smear in 11 of the subjects. Samples of 31 patients underwent tests of PCR assays to verify if there was a major clone by the clonality patterns of gamma-TCR. For this test, all 31 patients had oligoclonal pattern or typical polyclonal of IDH, where there isn’t a predominant clone. In order to verify if the appearance of the atypical cells was related to the future ATL we submitted the 11 subjects who had the AL and/or FC in peripheral blood smear to ILPCR tests conducted to analyze clonality of lymphocytes infected by the virus and subsequently these samples were sequenced to identify the integrations sites of the provirus in the host-carrier genome. A single dominant clone was observed in the PCR products from at least one of the tested samples in 7 of 11 individuals. In such cases, the proviral DNA did not interrupt coding regions for human gene. For a patient, the provirus was integrated in the region of the MAP2K1 gene (mitosis protein kinase activator 1), located on chromosome 15. We observed that in the presence of AL and/or FC may be majority clones circulating in HTLV- 1 carries with IDH.