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Molecular phylogeny of Acetes using the sequences of mitochondrial 16S rDNA and cytochrome oxidase I Genes

Pan, Tsung-Wei 07 August 2000 (has links)
Abstract Acetes is a kind of macroholozooplankton. We can use the "genetic analysis to know its evolution, zooplankton population structure and taxa. The step is :ampified the 16S rDNA of the mitochondrial DNA and the COI fragment DNA in Acetes, and then sequence. We get the genetic distance between species of the 16S rDNA is 2.65~13.16%, and it's 1.43~25.42% of the COI fragment gene in Acetes. These results show that the diversity of COI fragment DNA in Acetes is more than the 16S rDNA of the mitochondria DNA. If we translated the COI gene DNA to amino acid sequence, the genetic distance between species of the amino acid sequence is about 1.83%~8.97%. By the way, we know that the genetic distance between species of the amino acid sequences are clearly less then the DNA sequences. Using the genetic data, we constructure a phylogenetic tree. The tree divided the Acetes into two group : Japonicus group and Erythraeus group, we can find the Acetes japonicus is the most permitive species and the A. erythraeus is the last specation species in the Acetes under the DNA sequences. But under the tree which was made from the amino acid sequence, we found the Acetes erythraeus is the most permitive species in the Acetes. The genetic distance between A. intermedius and A. erythreaus were 5.44% and 18.01% of the 16S rDNA and COI gene which indicated that the A. intermedius is true species. The population of A. japonicus between Japon Sea and Taiwan showed 0.24% and 2.36% of the 16S rDNA and COI gene that reveled two population should have gene-flow. The populations diversity of the A. intermedius in Taiwan showed the same way which had no different and the populations in Taiwan should be a single population.
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Morfologia comparativa de Astyanax fasciatus e Astyanax scabripinnis (Characiformes Characidae) através de análises de morfometria geométrica /

Lima, Paloma Aparecida de January 2016 (has links)
Orientador: Ricardo Cardoso Benine / Resumo: O gênero Astyanax é taxonomicamente complexo e possui grande diversidade de espécies. O número de espécies válidas ultrapassa 140 e, provavelmente, um número maior está por ser descrito. Diversos autores indicam a existência de complexos de espécies, como por exemplo, para Astyanax fasciatus e A. scabripinnis. Análises do gene Citocromo C Oxidase subunidade 1 (COI) mostraram que essas espécies apresentam distância intra-específica menor que 2%, o que indicaria, em teoria, não só a inexistência de tais complexos, como que estas representam uma única espécie. Apesar da elevada proximidade genética, as espécies em questão apresentam diferenciação morfológica bem descrita e demonstrada na literatura e suas identidades nunca foram questionadas. No entanto, dado o alto grau de similaridade genética, um estudo morfológico mais detalhado pode trazer informações inéditas sobre a evolução e transformação de caracteres e/ou apontar para um grau de semelhança, em algum nível, não detectado pelos métodos tradicionais. O presente estudo tem o intuito de quantificar a diferenciação entre essas espécies e avaliar se existem diferentes graus de diferenciação morfológica em indivíduos jovens e adultos e inferir se a elevada similaridade genética se reflete em algum estágio do desenvolvimento dessas espécies. Para isso, espécimes de diferentes classes de tamanho foram radiografados e analisados através do método de morfometria geométrica. Os marcos anatômicos apresentaram diferenças significati... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor
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Phylogenetic relationships and population structure of coccidia in rodent families Muridae and Arvicolidae

MÁCOVÁ, Anna January 2013 (has links)
Population structure and phylogenetic relationships were studied in coccidia parasitizing the rodent families Muridae and Arvicolidae, in 40 localities in 14 European countries. Sequences of mitochondrial gene for cytochrome c oxidase subunit I (COI) and nuclear 18S rRNA gene (SSU) were used for phylogenetic analyses and for reconstruction of evolutionary relationships among coccidian species.
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Morfologia comparativa de Astyanax fasciatus e Astyanax scabripinnis (Characiformes: Characidae) através de análises de morfometria geométrica / Comparative morphology of Astyanax fasciatus and Astyanax scabripinnis (Characiformes: Characidae) through geometric morphometry analyzes

Lima, Paloma Aparecida de [UNESP] 24 August 2016 (has links)
Submitted by PALOMA APARECIDA DE LIMA null (palima@ibb.unesp.br) on 2017-04-21T21:42:38Z No. of bitstreams: 1 Lima, PA.pdf: 1725401 bytes, checksum: 637af37fae257cdb16c3bab6552b8f62 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-04-25T19:19:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 lima_pa_dr_bot.pdf: 1725401 bytes, checksum: 637af37fae257cdb16c3bab6552b8f62 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-25T19:19:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 lima_pa_dr_bot.pdf: 1725401 bytes, checksum: 637af37fae257cdb16c3bab6552b8f62 (MD5) Previous issue date: 2016-08-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O gênero Astyanax é taxonomicamente complexo e possui grande diversidade de espécies. O número de espécies válidas ultrapassa 140 e, provavelmente, um número maior está por ser descrito. Diversos autores indicam a existência de complexos de espécies, como por exemplo, para Astyanax fasciatus e A. scabripinnis. Análises do gene Citocromo C Oxidase subunidade 1 (COI) mostraram que essas espécies apresentam distância intra-específica menor que 2%, o que indicaria, em teoria, não só a inexistência de tais complexos, como que estas representam uma única espécie. Apesar da elevada proximidade genética, as espécies em questão apresentam diferenciação morfológica bem descrita e demonstrada na literatura e suas identidades nunca foram questionadas. No entanto, dado o alto grau de similaridade genética, um estudo morfológico mais detalhado pode trazer informações inéditas sobre a evolução e transformação de caracteres e/ou apontar para um grau de semelhança, em algum nível, não detectado pelos métodos tradicionais. O presente estudo tem o intuito de quantificar a diferenciação entre essas espécies e avaliar se existem diferentes graus de diferenciação morfológica em indivíduos jovens e adultos e inferir se a elevada similaridade genética se reflete em algum estágio do desenvolvimento dessas espécies. Para isso, espécimes de diferentes classes de tamanho foram radiografados e analisados através do método de morfometria geométrica. Os marcos anatômicos apresentaram diferenças significativas entre as espécies e uma maior diferença entre os grupos ontogenéticos. Tanto os jovens e adultos dentro da mesma espécie, como os jovens e os adultos de A. fasciatus quando comparados com os de A. scabripinnis possuem o mesmo grau de diferenciação morfológica. O formato do corpo de A. scabripinnis parece estar relacionado com o ambiente em que normalmente são encontrados, como rios de correntezas moderadas e em riachos localizados nas cabeceiras em locais com forte correnteza. Normalmente, nesses ambientes são encontrados peixes com um formato do corpo fusiforme e mais alongados, para a redução do gasto de energia e produzir natação prolongada, o que confirma os resultados aqui encontrados. O formato generalizado do corpo de A. fasciatus está relacionado a nadadores ativos em ambientes mais lênticos, também confirmado pelas análises aqui apresentadas. Assim, embora extremamente similares geneticamente, ambas as espécies acumularam, num provável curto espaço de tempo (dada à similaridade genética), um alto grau de diferenciação morfológica que, provavelmente, as impedem de se reconhecerem como uma única espécie. Reforça-se, assim, a afirmação de que a proposta de um DNA Barcode, através da análise do gene mitocondrial Citocromo Oxidase I, deve ser empregada apenas como evidência adicional na identificação e proposição de novas espécies em peixes caracídeos. / The genus Astyanax is taxonomically complex and has great diversity of species. The number of valid species exceeds 140 and probably a greater number is to be described. Several authors indicate that there are species of complexes, as for example, A. fasciatus and A. scabripinnis. Analysis of cytochrome c oxidase subunit 1 gene (IOC) have shown that these species exhibit intraspecific distance lower than 2%, which indicates, in theory, not only the absence of such complexes, but they also represent a single species. Despite the high genetic closeness, the species in question show an already well described morphological differentiation demonstrated in the literature and their identities were never questioned. However, given the high degree of genetic similarity, a more detailed morphological study can bring new information on the evolution and transformation of characters and/or point to a degree of morphological similarity, at some level, not detected by traditional methods. This study aims to quantify the differentiation between these species and to assess whether there are different degrees of morphological differentiation in young and adults and to infer if the high genetic similarity is reflected in some stage of development of these species. For this, specimens of different size classes were radiographed and analyzed by geometric morphometric method. The anatomical landmarks showed significant differences between species and a greater difference between the ontogenetic groups. Both young and adults within the same species, such as young people and adults of A. fasciatus compared to the A. scabripinnis have the same degree of morphological differentiation. The body shape of A. scabripinnis seems to be related to the environment in which they are usually found, as rivers of moderate currents and streams located in the headwaters in places with strong current. Typically, in these environments are found fish with fusiform and elongate body to reduce energy used and to produce prolonged swimming, confirming the results found herein. The general format of the body of A. fasciatus is related to active swimmers in more lentic environments, also confirmed by our analysis. Thus, although extremely similar genetically, both species accumulated in a likely short time (given the genetic similarity), a high degree of morphological differentiation that probably prevents them to recognize as a single species. There exists, therefore, the claim that the proposal of a DNA Barcode, through the mitochondrial gene Cytochrome Oxidase I analysis, should be used only as additional evidence in the identification and proposal of new species in characins fish.
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Estrutura genética populacional do polvo eledone massyae (Cephalopoda Octopodidae) na costa Sul e Sudeste do Brasil /

Mattioli, Marina Mills January 2016 (has links)
Orientador: Fernando Fernandes Mendonça / Resumo: Embora o manejo de recursos tradicionalmente explotados tenha um histórico de aproximadamente um século de pesquisas, os primeiros estudos do ciclo de vida de cefalópodes foram iniciados pouco antes da década de 60 apresentando ainda muitas lacunas a serem investigadas. Com cerca de 87% dos recursos explotados ou sobrexplotados, a atividade pesqueira marinha enfrenta uma grave crise, podendo tornar-se em poucos anos uma atividade economicamente inviável sobre diversos estoques, além de comprometer a sustentabilidade do ambiente marinho. Os polvos do gênero Eledone englobam espécies bentônicas de pequeno a médio tamanho e sua distribuição geográfica concentra-se na costa sudeste da América do Sul começando no Brasil e chegando até a Argentina. Haplótipos de DNA mitocondrial (mtDNA) apresentam distribuição geográfica determinada em diversas espécies, tornando possível correlacionar uma dimensão filogenética com estruturas de populações, levando ao conceito de filogeografia. A partir dos fatos apresentados, este trabalho visou caracterizar a biodiversidade molecular, a estrutura populacional, e a identificação e distribuição dos estoques genéticos da espécie E. massyae, utilizando sequências do gene Citocromo Oxidase Subunidade I (COI) do mtDNA. Para isso, foram obtidas 133 amostras do litoral do Rio de Janeiro, São Paulo e Paraná. A partir dos 602 pares de bases sequenciados, foram identificados 20 sítios polimórficos, originando 15 haplótipos. A diversidade haplotípica total f... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre
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Gene Flow and Dispersal of the Caddisfly, <em>Neothremma alicia</em>, in the Rocky Mountains of Utah: A Multiscale Analysis

Jiang, Xioben 16 April 2010 (has links) (PDF)
We determined genetic variance and gene flow across multiple scales (reaches, tributaries, and catchments) to examine the dispersal ability of the caddisfly, Neothremma alicia in streams along the Wasatch Range in the Rocky Mountains of Utah. Neothremma alicia is one of the most abundant caddisflies in this region. We generated DNA sequence data (mitochondrial COI) from 34 reaches, nested in 15 tributaries distributed across 3 adjacent catchments. We identified 47 haplotypes from a total of 486 individuals. The most abundant haplotype (H1) was found at all sites/reaches and comprised 44% of the total number of individuals sequenced. The remaining rare haplotypes (46) were recently derived from the dominant, H1 haplotype. All of the rare haplotypes were restricted to a single catchment with 81 % restricted to either a single tributary or to two adjacent tributaries. We found the largest FST values among tributaries and the smallest FST values between reaches within tributaries suggesting that dispersal and gene flow is largely confined to within tributaries. This result supports the observation that aerial adults commonly crawl and fly along the stream corridor, especially in deeply incised valleys of mountainous regions. Our analyses show that this population has experienced a bottleneck that may have reduced population genetic variance from many haplotypes to one single dominant haplotype, H1. The rare haplotypes may have diverged since the bottleneck from the H1 haplotype and thus, have not had time to disperse outside their catchment and in most cases outside their specific tributary. Our analyses indicated that the bottleneck took place between 1,000 and 10,000 years ago. Thus, it appears that most rare haplotypes have been unable to colonize outside of the tributary they originated in for around 1,000 years.
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Revisão taxonômica e relação filogenética dos caranguejos aranha Libinia Leach, 1815 (Majoidea: Epialtidae) com base em caracteres morfológicos e moleculares / \"Taxonomic review and phylogenetic relationship of spider crabs Libinia Leach, 1815 (Majoidea: Epialtidae) based on morphological and molecular characters\"

Gomes, Ana Francisca Tamburus 26 April 2019 (has links)
A superfamília Majoidea contém os caranguejos conhecido popularmente como aranha, encontrados em ambientes marinhos e costeiros, em áreas intermareais rochosas ou de recifes. A imensa diversidade do grupo gerou diferentes propostas de classificação, sendo atualmente aceitas as seguintes famílias: Epialtidae, Inachidae, Inachoididae, Majidae, Mithracidae e Oregoniidae. Epialtidae contém 87 gêneros, dentre eles Libinia com 10 espécies válidas, das quais três ocorrem no Pacífico Oriental (México e Peru) e sete ocorrem no Atlântico Ocidental, desde o Canadá até a Argentina. Em diferentes hipóteses filogenéticas, o gênero posiciona-se com distintos grupos-irmãos (Herbstia, Leucippa, Notolopas, Pisa, Rochinia, Taliepus) que pertencem a subfamílias diferentes, sugerindo o parafiletismo da família, mas sem resolver as relações de parentesco do gênero. No Brasil, embora a posição taxonômica de L. ferreirae e L spinosa não seja duvidosa, podem conviver em simpatria além de possuírem alguns hábitos similares. No entanto, não havia estudos que esclarecessem suas relações de parentesco. Libinia dubia, L. emarginata e L. erinacea coexistem no Golfo do México, em habitat e profundidade similares; apresentaram diferenças morfológicas bastante sutis que justificaram o estudo comparativo das mesmas. Libinia cavirostris foi descrita em 1942, seus caracteres morfológicos a separam das demais espécies do gênero; no entanto não houve mais registros de ocorrência e como consequência ausência de outras informações. Libinia rhomboidea tem distribuição limitada, poucos registros recentes e localidade-tipo duvidosa, o que instigou o exame detalhado de outros espécimes e localidades. Três espécies ocorrem no Pacífico Oriental, L. mexicana, L. setosa e L. peruana, sendo as duas primeiras com distribuição no México e a segunda apenas no Peru, os quais são distinguíveis entre sim, porém não se tem mais registro de L. peruana desde sua descrição em 1983. O presente estudo investigou as relações de parentesco entre as 10 espécies que compõe o gênero Libinia e avaliou a hipótese de monofilia; comparou a morfologia das mesmas e realizou a revisão taxonômica do gênero, levantando caracteres morfológicos informativos de adultos e de jovens de diferentes localidades. As árvores filogenéticas foram construídas a partir de sequências de DNA dos genes 16S e COI alinhadas individualmente e concatenadas, por meio dos métodos de máxima verossimilhança e inferência bayesiana. Todas as dez espécies foram consideradas válidas. As hipóteses filogenéticas suportaram a monofilia de Libinia, indicando pouca proximidade com Stratiolibinia e corroborando a criação do gênero. Gomes, A.F.T. - Tese de Doutorado 2 De forma geral, a morfologia das espécies que ocorrem no Pacífico Oriental é similar e as distinguem das espécies que ocorrem no Atlântico Ocidental. Ainda sim, a hipótese filogenética do gênero não indica clados monofileticos para estes grupos geográficos e ainda evidenciou pouca proximidade entre L. mexicana e L. setosa. Libinia spinosa posicionou-se externamente às demais espécies, L. mexicana é próxima à L. cavirostris, e L. ferreirae tem proximidade filogenética com as espécies que ocorrem no Golfo do México e Caribe. Assim, a hipótese filogenética do gênero Libinia que sugeriu sua monofilia foi confirmada, não apresentando indicativos de clados distintos para as espécies do Pacífico e do Atlântico, e esclareceu as relações internas dentro do gênero / The Majoidea superfamily contains the popularly known spider crabs, found in marine and coastal environments on rocky or reef intertidal areas. Its great diversity resulted on different proposals of classification, thus, combining more recent propositions, there the following families: Epialtidae, Inachidae, Inachoididae, Majidae, Mithracidae e Oregoniidae. Epialtidade consists of 87 genera among them Libinia with 10 valid species, three of them occur in the Eastern Pacific (Mexico and Peru) and seven in the Western Atlantic, from Canada to Argentina. According to distinct phylogenetic hypotheses, this genus can be related to more than one outgroup (Herbstia, Leucippa, Notolopas, Pisa, Rochinia, Taliepus) each belonging to different subfamilies, suggesting that the family is paraphyletic, but without solving the intern relationships. In Brazil, although the taxonomic position of L. ferreirae and L spinosa are not doubtful, they are found in sympatry besides having some similar habits. However, there were no studies that clarified their relationship. Libinia dubia, L. emarginata and L. erinacea occur together in the Gulf of Mexico, or similar habitat and depth; they show subtle morphological differences that justified a comparative study. Libinia cavirostris was described in 1942, its morphological characters differed it from the other species of the genus; however, there were no more recent records, and as a consequence no further information. Libinia rhomboidea has a restricted distribution, few recent records and its type-locality is doubtful, which instigated the detailed examination of other specimens and ocalities. Three species occur in the Eastern Pacific, L. mexicana, L. setosa and L. peruana, the former with distribution in Mexico and the latter only in Peru; they are distinguishable from each other, but L. peruana was not sample since its description in 1983. The main goal of this study was investigating the phylogenetic relationship among the 10 species of Libinia and evaluated the hypothesis of monophyly; compared their morphology and performed the taxonomic revision of the genus, proposing informative morphological characters for adults and juveniles. Phylogenetic trees were obtained from DNA sequences of 16S and COI genes separated and concatenated through the maximum likelihood and Bayesian inference approaches. All species were considered valid. The phylogenetic hypotheses supported the monophyly of Libinia and indicated low proximity with Stratiolibinia, confirming the description of the genus. In general, the morphology of the species that occur in the Eastern Pacific is similar and distinguish them from the ones in the Western Atlantic. Moreover, the phylogenetic hypothesis of the genus does not suggest monophyletic clades for these geographic groups and still suggests low proximity between L. mexicana and L. setosa. Libinia spinosa was positioned externally to the other species, L. mexicana was sister group of L. cavirostris, and L. ferreirae was close related to the species that occur in the Gulf of Mexico and the Caribbean. Finally, the phylogenetic hypothesis of the Libinia genus suggested its monophyly, it did not indicate distinct clades of the Pacific and Atlantic species and clarified the internal relationship among the species of the genus
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Estudo filogeográfico de Chiropsalmus cf. quadrumanus (Cnidaria: Cubozoa) na Costa Brasileira / Phylogeographic study of Chiropsalmus cf. quadrumanus (Cnidaria: Cubozoa) in the Brazilian Coast

Sánchez, Nathalia Mejía 27 June 2011 (has links)
Os Cubozoa são animais de águas tropicais e subtropicais ao redor do mundo. A cubomedusa Chiropsalmus cf. quadrumanus (Cubozoa: Chiropsalmidae) habita na costa Atlântica americana entre os 35°N e 27°S, uma área com barreiras putativas que poderiam impedir a distribuição contínua de C. cf. quadrumanus, tornando-se um modelo interessante para estudos de estrutura populacional e filogeografia. O objetivo deste trabalho foi analisar a estrutura haplotípica de quatro populações da C. cf. quadrumanus da costa brasileira. Nossas análises foram baseadas nos marcadores mitocondriais COI e 16S e a região nuclear ITS de 40 indivíduos provenientes de Ceará (03°43S 038°29W); Rio de Janeiro (22°37S 041°54W); São Paulo (23°26S 45°04 W) e Paraná (25°41\'S 048°25\'W), assim como por estudos morfométricos de 5 indivíduos de cada população. Análises filogenéticas e de redes de haplótipos de cada marcador revelaram uma profunda divergência gênica entre duas linhagens, Ceará - São Paulo e Rio de Janeiro - Paraná, dados estes corroborados por alguns caracteres das analises morfométricas. Nossos resultados sugerem que a espécie Chiropsalmus cf. quadrumanus é um complexo de espécies resultado da combinação entre taxonomia conservadora e especiação críptica. Estudos mais abrangentes que contenham espécimes de outros pontos da costa brasileira, incluída a localidade tipo (Santa Catarina, Müller, 1859), poderão verificar a existência de outras possíveis espécies crípticas e ampliar o conhecimento sobre a distribuição das duas linhagens encontradas neste estudo. As conseqüências taxonômicas do presente trabalho são importantes e ainda deverão ser trabalhadas. A falta de informação sobre a espécie, em conjunto com atitudes taxonômicas conservadoras e eventos de especiação críptica, não nos permitem delimitar as novas espécies com clareza. De qualquer maneira, nossos resultados revelam que há um complexo de espécies com o nome Chiropsalmus quadrumanus no Atlântico Americano. O presente trabalho constitui o primeiro estudo filogeográfico para qualquer espécie de cubozoário. / Cubozoans live in tropical and subtropical waters around the world. Chiropsalmus cf. quadrumanus (Cubozoa: Chiropsalmidae) inhabits the Atlantic coast of America between 35°N and 27°S, an area with putative barriers that could prevent the continuous distribution of C. cf. quadrumanus, turning the species an interesting model to study population structure and phylogeography. The aim of this work was to analyze the haplotype structure of four populations of C. cf. quadrumanus from the Brazilian coast. We carried out our analyses based on the COI and 16S mitochondrial markers and the nuclear ITS region of 40 individuals from Ceará (03°43S 038°29W); Rio de Janeiro (22°37S 041°54W); São Paulo (23°26S 45°04 W) and Paraná (25°41\'S 048°25\'W), as well by morphometric surveys of 5 individuals from each population. Phylogenetic and haplotype network analyses of each marker reveled a deep genetic divergence between two lineages, Ceará - São Paulo and Rio de Janeiro - Paraná, this data were corroborated by some characters of the morphometrical analyses. Our results suggest that the species Chiropsalmus cf. quadrumanus is a complex of species resulting of the mixture of over-conservative taxonomy and cryptic speciation. More inclusive studies containing specimens from other points of the Brazilian coast, including the type locality (Santa Catarina, Müller, 1859),could verify the existence of other possible cryptic species and increase the knowledge about the distribution of the two lineages found in this study. The taxonomic consequences of this survey are important and should be overwrought. Lack of information about the species, conservative taxonomic attitudes and cryptic speciation events prevent us to delimit new species clearly. However, our results revealed a species complex named Chiropsalmus quadrumanus in the Atlantic coast of America. The present work represents the first phylogeographic approach of any cubozoan species.
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História Demográfica e Estrutura de Populações para a Espécie Cactófila Drosophila meridionalis. / Demographic History and Population Structure for the Cactophilic Species Drosophila meridionalis.

Leal, Dora Yovana Barrios 01 March 2013 (has links)
Drosophila meridionalis é uma espécie endêmica da América do Sul, sendo amplamente distribuída na Costa Atlântica do Brasil. Com o objetivo de elaborar uma hipótese filogeográfica para esta espécie foram obtidas sequências do gene nuclear period e do gene mitocondrial COI. Foram calculados os índices de diversidade nucleotídica e realizados os testes: AMOVA, testes de neutralidade, a Mismatch Distribution, Bayesian Skyline Plot, NCPA. Foram obtidas três redes pelo gene COI, denominadas A (populações do interior), B (populações do litoral sul) e C (populações do litoral sudeste e oriental) e uma única rede obtida para o gene period, esta rede divide as populações em dois grupos sendo o primeiro congruente com a rede A e o segundo compreendendo as redes B e C, do gene COI. A AMOVA mostrou uma estruturação alta e significativa entre as populações do interior e o litoral para os dois genes (ct=0,72 gene COI; ct=0,70 gene period), que pode ser explicada pela presença de barreiras geográficas, como a Serra do Mar. Eventos de expansão populacional e de fluxo gênico restrito com isolamento por distância foram detectados nas populações do litoral e o interior respectivamente. A expansão da área de ocorrência de D. meridionalis provavelmente teve inicio com as populações do litoral do Rio Grande de Sul, em direção ao litoral de Santa Catarina com posterior colonização a longa distância dos estados de São Paulo, Rio de Janeiro e Bahia. Migrações assincrônicas de indivíduos de populações litorâneas de São Paulo e Santa Catarina provavelmente colonizaram o interior de São Paulo, e a partir destas populações, se iniciara uma expansão populacional em direção ao sul pelo interior, colonizando o Paraná e Rio Grande do Sul. A análise bayesiana (MCCT) indicou que o tempo do ancestral comum mais recente (TMRCA) para todos os haplótipos de D. meridionalis é de 81.700 anos atrás, data que marca a separação das populações do interior e do litoral aproximadamente no final do Pleistoceno. Eventos similares têm sido sugeridos para explicar a distribuição geográfica de espécies do cluster D. buzzatii, que ocorrem em simpatria em grande parte com populações de D. meridionalis. Esta espécie, como as espécies do cluster D. buzzatii, apresentou indicativos de flutuações demográficas, podendo estar associadas à expansão e contração da distribuição da vegetação xerofítica, durante as oscilações paleoclimáticas do Pleistoceno. / Drosophila meridionalis is an endemic species of South America, being widely distributed in the Atlantic Coast of Brazil. Aiming to develop a phylogeographic hypothesis for this species, sequences of mitochondrial COI and nuclear period genes were obtained. The diversity indexes, AMOVA, neutrality tests, Mismatch Distribution, Bayesan Skyline Plot and NCPA were calculated. We obtained three networks for the COI gene, denominated A (inland populations), B (south coast populations) and C (eastern and southeastern coast populations) and a single network obtained for the period gene, this network divides the population into two groups, being the first congruent with the network A of the COI gene and the second comprising the networks B and C of the COI gene. The AMOVA results, showed a high and significant structuring among inland and coastal populations, for both genes (ct=0,72 COI gene; ct=0,70 period gene), that can be explained by the presence of geographical barriers, such as Serra do Mar. Population expansion events and restricted gene flow with isolation by distance events were detected in coastal and inland populations respectively. The expansion of the area of occurrence of D. meridionalis probably was initiated with the populations of the coast of Rio Grande do Sul, towards the coast of Santa Catarina with subsequent long-distance colonization of the states of São Paulo, Rio de Janeiro and Bahia. Asynchronic migrations of individuals from coastal populations of São Paulo and Santa Catarina probably colonized the inland of São Paulo, and from these populations, a population expansion towards the south through the inland was initiated, colonizing the states of Paraná and Rio Grande do Sul. The bayesian analysis (MCCT) indicated that the time of the most recent common ancestor (TMRCA) for all haplotypes of D. meridionalis is from 81,700 years ago, a date that marks the separation of inland and coastal populations approximately at the end of the Pleistocene. Similar events have been suggested to explain the geographic distribution of species of the cluster D. buzzatii, occurring in sympatry largely with populations of D. meridionalis. This species, as the cluster D. buzzatii species, presented indicatives of demographic fluctuations, which can be associated with the expansion and contraction of the distribution of xerophytic vegetation, during the paleoclimatic fluctuations of the Pleistocene.
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Evolucioni odnosi u rodu CheilosiaMeigen, 1822 (Diptera: Syrphidae) / Evolutionary relationships in the genus CheilosiaMeigen, 1822 (Diptera: Syrphidae)

Ludoški Jasmina 08 May 2008 (has links)
<p>U radu su analizirani nukleotidni diverzitet COI mtDNK i fenotipska varijabilnost &nbsp;veličinskih komponenti krila taksona roda&nbsp;<em> Cheilosia</em>. Dobijeni podaci su kori&scaron;ćeni u&nbsp;sagledavanju filogenetskih i&nbsp; evolucionih odnosa odabranih taksona. Amplificiran je i&nbsp;sekvenciran 3&#39; kraj gena COI mtDNK 119 jedinki 14 vrsta roda<em> Cheilosias</em>akupljenih na 8&nbsp;lokaliteta Balkanskog poluostrva i u Laponiji, Finska (vrsta C. albitarsis). Analizom su bile obuhvaćene i sekvence COI mtDNK devet vrsta C. melanuragrupe i tri vrste C. &nbsp;canicularis grupe preuzete iz Banke Gena. Geometrijsko morfometrijskom metodom analizirane su veličinske komponente desnog krila (oblik i veličina) 4717 jedinki 29 vrsta roda Cheilosia poreklom sa 21 područja Balkanskog poluostrva.</p><p>U radu su utvrđeni diferencijalni fenotipovi veličine i oblika krila i specijes-specifični&nbsp;haplotipovi COI mtDNK koji su omogućili identifikaciju i razdvajanje blisko srodnih vrsta&nbsp;roda Cheilosia. Analizom parametara krila kod većine analiziranih taksona utvrđene su&nbsp;značajne razlike između konspecifičkih populacija većine analiziranih taksona, kod je jasan&nbsp;&nbsp; polni dimorfizam u obliku krila uočen kod svih analiziranih vrsta.</p><p>Usagla&scaron;eno filogenetsko stablo na osnovu sekvenci 3&#39; COI mtDNK ukazuje na&nbsp;monofiletski rod <em>Cheilosiau</em> okviru kojeg se izdvajaju četiri jasno odvojene klade koje&nbsp;odgovaraju podrodovima <em>Convocheila,&nbsp; Taeniochilosia,&nbsp; Eucartosyrphusi Cheilosias</em>. str.&nbsp;definisanim na osnovu morfolo&scaron;kih karaktera tradicionalnom &nbsp;taksonomijom (((<em>Cheilosia </em>s.&nbsp; str. +<em> Eucartosyrphus</em>) + <em>Taeniochilosia</em>) + <em>Convocheila</em>). Unutar klade <em>Cheilosias.</em> str. sve analizirane vrste su formirale monofiletske klastere sa &nbsp;njima blisko srodnim vrstama. Fenogrami evolucionih odnosa konstruisani su UPGMA metodom na osnovu oblika krila su bili podudarni sa topologijom filogenetskih stabla analiziranih grupa vrsta.</p> / <p>Nucleotide COI mtDNA diversity and phenotypic variation of wing parameters (size&nbsp;and shape) of taxa of the genus <em>Cheilosiawere</em> analysed. Obtained data were used to solve phylogenetic and evolutionary relationships of these taxa. A total of 119 specimens from 14 <em>Cheilosiaspecies</em> collected from eight localities on the Balkan Peninsula and one from Finnish Lapland (specimens of <em>C. albitarsis</em>) were used for DNA sequencing. Amplification was attempted for 3&#39; end of COI mtDNA gene (and 5&#39; COI mtDNA and ITS2 rDNA in <em>C.&nbsp;laticornis&nbsp;</em>species group). COI mtDNA sequences from nine species of the <em>C. melanura </em>group and three species of the <em>C. canicularis</em> group were obtained from GenBank. Geometric morphometric analysis of wing size and shape was conducted on 4717 specimens from 29 species collected from 21 localities on the Balkan Peninsula.</p><p>Based on differential phenotypes of wing size and shape and species-specific COI&nbsp;mtDNA haplotypes it was possible to identify and delimitate closely related species of genus&nbsp; Cheilosia. It was estimated that size and shape variation occurred among conspecific populations. A consistent sexual wing shape dimorphism was revealed in all analyzed species.</p><p>Strict consensus cladogram based on COI mtDNA data revealed monophyletic genus <em>&nbsp;Cheilosia</em><i>&nbsp;</i>and subgeneric divisions that are congruent with subgenera described based on traditional morphological character (((<em>Cheilosia</em> s. str. +<em> Eucartosyrphus</em>) + <em>Taeniochilosia</em>) + <em>Convocheila</em>). Within the clade <em>Cheilosias</em>. str. closely related species group were supported as monophyletic. UPGMA phenograms of evolutionary relationships based od wing traits produced the same topology as the phylogenetictrees constructed using molecular data.</p>

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