En el presente trabajo se analizó el consumo de colistina en el Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins (HNERM) durante el periodo de febrero – agosto 2012, mediante un análisis descriptivo-retrospectivo de las historias clínicas y análisis de las recetas prescritas encontradas en ellas. Se evaluó las condiciones de prescripción de colistina en el HNERM. Los resultados obtenidos muestran que las condiciones de prescripción del antibiótico se basan en su mayoría, en diagnósticos confirmatorios antes de su administración al paciente en 77,88% de un total de 104 pacientes; de estos, se tienen que 40 pacientes presentaron como agente patológico causal-identificado a Pseudomonas aeruginosa MDR y 34 pacientes, para el Acinetobacter baumannii. El 52,50% y 32,35%, respectivamente, del total finalizaron el tratamiento con resultados favorables (efectividad clínica y microbiológica); la duración de las infecciones con mayor incidencia, identificadas en el estudio, varía en general en el rango de 6 a 10 días, así como el tratamiento de bacteriemia, ITU y neumonía; el tratamiento de la infección de partes blandas presenta una duración entre 6 a 15 días. El grado de neurotoxicidad no se evidenció significativamente en el presente estudio; sin embargo, para el grado de nefrotoxicidad se tiene que en 40,38% de los pacientes que usaron el antibiótico fue necesario un ajuste de dosificación por alteración de sus valores de creatinina, úrea y albúmina en sangre fuera de los rangos normales o valores basales. El número total de ampollas consumidas en el periodo de investigación fue de 2600, con un costo que asciende a 913 770,00 nuevos soles, los cuales se reparten entre los servicios de mayor consumo: Unidad de Cuidados Intensivos (UCI), Neurocirugía Vascular y Medicina Interna. Palabras clave: resistencia antibiótica, colistina, nefrotoxicidad, infecciones multidrogo-resistentes / --- In this paper the use of colistin was studied during the period from February to August 2012 at the National Hospital Edgardo Rebagliati Martins (HNERM), it was made through a descriptive-retrospective analysis of medical records and prescriptions. It was assessed the prescribing conditions of colistin in HNERM. The clinical results about antibiotic prescribing conditions are based mostly on confirmatory diagnosis prior administration to the patient in 77.88% from a total of 104 patients. 40 patients had pathological agent causal-identified to MDR Pseudomonas aeruginosa and 33 patients, to Acinetobacter baumannii. 52,50% and 32,35%, respectively, completed the treatment with favorable outcomes (clinical and microbiological effectiveness); the duration of infections with the highest incidence, identified in the study generally varies in the range of 6-10 days as well as the treatment of bacteremia, ITU and pneumonia; treatment of soft tissue infection has a length between 6 to 15 days. The degree of neurotoxicity was not significantly evident in the present study; however, for nephrotoxicity the 40.38% of patients who used the antibiotic was necessary the adjustment of dosification because of alteration of creatinine values, urea and albumin in blood outside the normal range or baseline. The total number of vials consumed in the study was 2 600, with total cost of 913 770.00 soles, which are distributed among the largest consumer services: Intensive Care Unit (ICU), and Vascular Neurosurgery and Internal Medicine. Keywords: antibiotic resistance, colistin, nephrotoxicity, multidrug-resistant infections. / Tesis

Submitted by Matheus Alves Bulhoes (matheus.bulhoes@ufpe.br) on 2015-05-14T13:43:56Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação CD.pdf: 1469019 bytes, checksum: ed75a7a0bd6dedddbbdd684434519ddf (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-14T13:43:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação CD.pdf: 1469019 bytes, checksum: ed75a7a0bd6dedddbbdd684434519ddf (MD5) Previous issue date: 2013-08-28 / FACEPE / A descoberta dos antibióticos propiciou um grande avanço no combate às infecções. Entretanto, o uso indiscriminado e contínuo de antimicrobianos levam ao desenvolvimento de resistência bacteriana a vários desses compostos. As bactérias Gram-negativas Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii e Klebsiella pneumoniae apresentam mecanismos de resistência a diversas classes de antibióticos e são importantes patógenos causadores de infecções nosocomiais, particularmente em pacientes de Unidade de Terapia Intensiva (UTI). As polimixinas são antimicrobianos polipeptídicos, derivados do Bacillus sp descoberto na década de 1940. Somente as polimixinas B e E (Colistina) têm sido usadas na prática clínica. Como no momento não há perspectivas de novas drogas surgirem no mercado, tem sido retomado o interesse na polimixina B, antibiótico cujo uso foi suspenso devido relatos de nefrotoxicidade e neurotoxicidade reportados na década de 1960. O conhecimento da farmacocinética (PK) e farmacodinâmica (PD) da polimixina B é extremamente limitado, o qual foi obtido antes de 1970, e apresenta várias limitações metodológicas, portanto os resultados devem ser analisados com parcimônia. O conhecimento da correlação PK-PD da polimixina B é extremamente importante, e estudos que contribuam para esse conhecimento são urgentes a fim de definir o modo de administração associado à maior eficácia e à menor toxicidade, e potencial de resistência. Uma das ferramentas que podem ser utilizadas para o conhecimento dos padrões PK-PD da polimixina B são as Kill curves ou curvas de morte. Essa ferramenta consiste na quantificação, em diferentes intervalos de tempo, do número de micro-organismo viáveis em meio de cultura após exposição a diferentes concentrações do antibiótico, obtidas a partir da determinação da concentração inibitória mínima. As informações obtidas a partir das curvas de morte auxiliam na racionalização da terapia hospitalar de modo a aumentar as chances de sucesso terapêutico, bem como, minimizar o risco de surgimento de resistência dos microorganismos aos antibióticos. Entretanto, para se estabelecer uma correlação PK-PD se faz necessário um método analítico que quantifique com precisão e exatidão o fármaco durante os estudos in vitro. Desse modo, o objetivo geral do trabalho foi desenvolver e validar um método de quantificação por LC/MS-MS das polimixinas B e colistina (polimixina E) simples, rápido e seguro, capaz de auxiliar os estudos in vitro de Kill curves visando a complementação de informações para um melhor conhecimento acerca da farmacocinética e farmacodinâmica destes fármacos.

Un grupo de científicos de China ha encontrado un nuevo gen en las bacterias gram negativas, el MCR-1. Este gen ha sido responsable de otorgarle resistencia a estas bacterias patógenas ante la colistina, el antibacteriano que los médicos emplean como última arma para combatir ciertas infecciones multi-resistentes. Con este gen, las superbacterias serán potencialmente epidémicas y las enfermedades que se creían controladas, como la neumonía, la tuberculosis y las infecciones del tracto urinario, podrían ser nuevamente letales. / A group of Chinese scientists have found a new gene in gram negative bacteria, the MCR-1. This gene has given pathogenic bacteria resistance to colistin, which is the antibacterial that medical doctors use as last line of defense against multi-drug resistant infections. Superbacteria with MCR-1 will be potentially epidemic, and diseases that were believed to be controlled such as pneumonia, tuberculosis and urinary tract infections could be lethal again.

Linhagens de Escherichia coli produtoras de β-lactamase de espectro estendido (ESβL) do tipo CTX-M são endêmicas no Brasil, sendo prevalentes em casos de infecções hospitalares e ambulatoriais. Atualmente, cepas produtoras de CTX-M têm sido recuperadas de ambientes urbanos, animais de companhia ou de produção e de alimentos de origem animal, inclusive afetando o agronegócio, o que aponta uma possível rota de disseminação em diferentes ecossistemas. Recentemente, nesta espécie, foi descoberto um novo gene, chamado de mcr-1, que confere resistência transferível à colistina, um dos últimos antibióticos eficazes para o tratamento de infecções causadas por bactérias produtoras de ESBL e carbapenemases. Deste modo, o presente estudo tem como objetivo elucidar os aspectos sobre a caracterização e a relação de plasmídeos que carregam genes do tipo blaCTX-M-8 e mcr- 1 em cepas de E. coli isoladas de seres humanos, animais, ambiente aquático e alimentos, no Brasil. Neste estudo são apresentados os resultados da análise plasmidial de 25 cepas de E. coli, das quais nove apresentaram o genótipo blaCTX-M-8/IncI1, 11 apresentaram o genótipo mcr-1/IncX4 e cinco apresentaram ambos os genótipos blaCTX-M-8/IncI1 e mcr-1/IncX4. Dos resultados, podemos observar que plasmídeos IncI1 (blaCTX-M-8) e IncX4 (mcr-1) estão circulando no Brasil desde o ano de 2009 entre diferentes clones (STs) de E. coli e em diferentes ambientes e hospedeiros. Os plasmídeos IncI1 foram conjugativos e pertencentes ao ST113, exceto o plasmídeo recuperado de um isolado humano, que foi pertencente ao ST131. Os plasmídeos IncI1 apresentaram sua arquitetura conservada, com a presença de genes de replicação, transferência e estabilidade. A partir do alinhamento, os plasmídeos IncI1 apresentaram 94-99% de similaridade genética entre eles. Dentre os plasmídeos IncX4, independente da fonte de isolamento, todos permaneceram com sua arquitetura altamente conservada. Entretanto, apenas dois plasmídeos (um encontrado em uma cepa de animal e outro encontrado em uma cepa de ambiente aquático) apresentaram uma IS1294, truncando o gene de mobilização. Na análise comparativa, todos os plasmídeos IncX4 apresentaram similaridade genética de 95-99,9% entre eles. No alinhamento de plasmídeos IncX4 brasileiros contra plasmídeos de outras regiões geográficas, foi observada similaridade genética > 99,9%, o que confirma a estabilidade e conservação desses plasmídeos. Neste estudo foram reportados dados inéditos da primeira identificação do gene mcr-1 em diferentes ecossistemas no Brasil, assim como a nova variante mcr-5.3. A análise filogenética dos plasmídeos IncI1 e IncX4, destacam que ambos compartilham uma arquitetura conservada, e a evolução é atribuída à aquisição de genes de resistência. Adicionalmente, um novo vetor de disseminação do gene mcr-1 no Brasil foi identificado - o plasmídeo IncHI2. Os resultados desse estudo demonstram o grave problema da resistência bacteriana dentro do conceito One-health e que, com o avanço de ferramentas moleculares, a identificação e a resolução desse problema poderá estar cada vez mais próxima de ser elucidada. / CTX-M-type extended-spectrum-β-lactamase (ESβL)-producing-Escherichia coli are endemic in Brazil and are prevalent in cases of nosocomial and ambulatory infections. Currently, CTXM-producing strains have been recovered from urban environments, companion/production animals and animal source foods, which indicates a possible route of dissemination in different ecosystems. Recently, in this species, a new gene, called mcr-1, has been discovered, conferring transferable resistance to colistin, one of the last effective antibiotics for the treatment of infections caused by ESBL- and carbapenemases -producing bacteria. Thus, the present study aims to elucidate unknown aspects of the pan-resistome and ancestral relationship of plasmids carrying blaCTX-M-8 and mcr-1 genes in strains of E. coli isolated from humans, animals, aquatic environment and food, in Brazil. In this study, we present results from the plasmidial analysis of 25 E. coli strains, from which nine presented the blaCTX-M-8/IncI1 genotype, 11 presented the mcr-1/IncX4, and five presented both blaCTX-M-8/IncI1 and mcr-1/IncX4 genotypes. Among these results, we can observe that IncI1 (blaCTX-M-8) and IncX4 (mcr-1) plasmids are circulating in Brazil since 2009, between different E. coli clones (STs) and different hosts and environments. IncI1 plasmids were conjugative and assigned to ST113, with exception of a plasmid recovered from a human isolate, which was assigned to ST131. IncI1 plasmids presented conserved architecture, with the presence of genes of replication, transference, and stability. From the alignment analysis, IncI1 plasmids presented 94-99% genetic similarity among them. Among the IncX4 plasmids, regardless the isolation source, their architecture remained highly conserved. However, only two plasmids (one detected in an animal\'s strain and another detected in an aquatic environment\'s strain) presented an IS1294, truncating the mobilization gene. In the comparative analysis, all IncX4 plasmids presented 95-99,9% genetic similarity among them. In the alignment of Brazilian IncX4 plasmids against plasmids from other geographic regions, >99.9% genetic similarity was observed, confirming the stability and conservation of these plasmids. In this study, unprecedented data from the first identification of the mcr-1 gene in different ecosystems in Brazil, as well as the new variant, mcr-5.3. Additionally, it was identified a new dissemination vector of the mcr-1 gene in Brazil - the IncHI2 plasmid. Phylogenetic analysis of IncI1and IncX4 plasmids highlight that both share a conserved backbone, and evolution is attributed to the acquisition of clinically relevant antimicrobial resistance genes. The results from this study demonstrate the serious problem of the bacterial resistance within the \"One-Health\" concept and that, with the advance of molecular tools, identification and resolution of this problem may be increasingly closer to being elucidate.

Normally present in water, soil and waste water, Acinetobacter baumannii has become an important nosocomial pathogen, as causal agent of pneumonias, septicemias and urinary tract infections, among other complications in compromised patients from hospital’s intensive care units. One of its last acquired abilities is the resistance to colistin (polymixin E), the last therapeutic option for its infections. In this thesis, descriptive and quantitative differential expression proteomics is used in the study of acquired colistin resistance. As result of this research, 1,097 proteins belonging to the Acinetobacter genus have been identified by combined application of bidimensional gel electrophoresis (2DE), differential gel electrophoresis (DIGE), and peptide labeling with stable isobaric isotopes tags (iTRAQ). Analyses have been performed on the global expressed proteome of a reference, colistin-sensible strain (A. baumannii ATCC 19606) and, for comparative purposes, on a derived strain on which colistin resistance has been induced in vitro. The resistant phenotype shows reduced fitness, with significant differences in expression found in outer membrane proteins, membrane active transporters, diverse metabolic enzymes (fatty acids, citrate, phenylacetate, piruvate and nitrogen), proteins involved in stress response and biofilm formation, as well as in protein synthesis and folding pathways. The work has allowed to assess the strengths and weaknesses of the different techniques currently used in this type of proteomic analysis. / Acinetobacter baumannii, normalmente aislado en suelos y aguas (corrientes o residuales), se ha convertido en importante patógeno nosocomial, siendo agente causal de, entre otras complicaciones, neumonías, septicemias e infecciones del tracto urinario de pacientes comprometidos en unidades hospitalarias de cuidados intensivos. La más reciente de sus capacidades adquiridas es la resistencia a colistina (polimixina E), antibiótico peptídico considerado la última opción terapéutica en contextos clínicos. Esta tesis doctoral emplea la proteómica descriptiva y de expresión diferencial cuantitativa para investigar la resistencia adquirida por A. baumannii a dicho antibiótico. Los resultados han supuesto la identificación de 1.097 proteínas de Acinetobacter mediante el empleo combinado de electroforesis bidimensional convencional (2DE), 2DE diferencial (DIGE) y marcaje peptídico mediante isótopos isobáricos estables (iTRAQ). Los análisis se han realizado en el proteoma expresado por una cepa de referencia sensible a colistina (A. baumannii ATCC 19606), así como en una cepa derivada de ésta en la que se ha inducido, a efectos comparativos, resistencia a colistina in vitro. El fenotipo resistente manifestó reducida adaptabilidad biológica, encontrándose las principales diferencias en la estructura de la membrana externa, en la expresión de transportadores activos de membrana, en diversos enzimas metabólicos (ácidos grasos, citrato, fenilacetato, piruvato, nitrógeno) y de respuesta a condiciones de estrés, así como en la expresión de proteínas participantes en la formación de biopelículas y en el proceso de síntesis y plegamiento de proteínas. Además, el trabajo ha permitido evaluar los puntos fuertes y débiles de las técnicas empleadas actualmente en este tipo de análisis proteómicos.

A infecção de corrente sanguínea (ICS) causada por bactérias multirresistentes tem alta mortalidade em pacientes receptores de transplante de células-tronco hematopoiéticas (TCTH). A Pseudomonas aeruginosa é um dos agentes mais frequentes e de difícil tratamento nessa população de pacientes. Objetivos: Avaliar características clínicas, microbiológicas e moleculares de 30 isolados de P. aeruginosa resistente à carbapenêmicos (PARC) em ICS de pacientes submetidos a TCTH e a presença de sinergismo antimicrobiano in vitro. Métodos: Os dados clínicos foram obtidos retrospectivamente de prontuários médicos e registrados em banco de dados. Análises bivariadas e multivariadas foram realizadas para avaliar determinantes de desfechos clínicos e uma curva de sobrevida foi construída. Determinou-se a concentração inibitória mínima (CIM) dos antimicrobianos por meio de microdiluição, foram realizados ensaios de sinergismo por método de checkerboard e time-kill, avaliação da clonalidade por eletroforese em campo pulsado e detecção de genes codificadores de mecanismos de resistência e virulência por reação em cadeia de polimerase. O sequenciamento do genoma completo (WGS) dos principais clones foi realizado por Nextera XT, utilizando a tecnologia Illumina MiSeq. Resultados: A maioria dos pacientes era do gênero feminino, com mediana de idade de 48 anos. Neutropenia foi presente em 93% dos pacientes e colonização prévia por PARC em 32%. A mortalidade em 14 dias foi 68%; a maioria dos pacientes que morreram foram transplantados alogênicos (79% vs. 17% entre receptores de transplante autólogo; p=0,012). Pacientes tratados com duas ou três drogas não apresentaram diferença estatisticamente significante na mortalidade até 14 dias após a ICS. Foram avaliados 30 isolados bacterianos. Todos apresentaram alto nível de resistência ao meropenem (MERO): CIM90 > 512 ug/mL; dois terços eram resistentes à amicacina (AMK) (CIM 2-512 ug/mL) e todos mantinham sensibilidade à colistina (COL). Muitos isolados (17/30) alcançaram efeito sinérgico in vitro pelo método time-kill com a combinação MERO mais COL, mas não com AMK. Nenhum antagonismo foi observado. Houve menor mortalidade em pacientes cujo isolado apresentou sinergismo entre COL e MERO quando comparados a pacientes portadores de isolados sem sinergismo, sem significância estatística. O gene de carbapenamase mais identificado foi blaSPM e 6 isolados apresentaram blaSPM e blaKPC. Os isolados apresentaram genes relacionados com virulência, tais como toxA, exoS e lasB; pacientes com ICS causada por P. aeruginosa que abrigava o gene lasB apresentaram maior risco de evoluir para o óbito. O WGS mostrou que os clones abrigavam SPM-1, Tn4371, mutações em porinas, em partes das bombas de efluxo, nas proteínas ligadores de penicilina (PBP) e pertenciam a ST277. Conclusão: As ICS por PARC cursaram com alta mortalidade em pacientes submetidos à TCTH. Houve uma grande proporção de resultados positivos para sinergismo entre os antimicrobianos in vitro, mas não foi possível demonstrar benefício estatisticamente significante no uso da terapia combinada com três drogas. Os clones carreavam SPM-1, Tn4371 e pertenciam a ST277 / Bloodstream infection (BSI) has high mortality in hematopoietic stem cell transplant (HSCT) recipients and Pseudomonas aeruginosa is an important and challenging organism. Objectives: To evaluate clinical, microbiological and molecular features of carbapenem-resistant P. aeruginosa (CRPA) isolates from BSI identified among HSCT patients and address in vitro synergy of antibiotic combination. Methods: Patient medical records were retrospectively reviewed and registered in a database. We used bivariate and multivariate analyzes to investigate determinants of clinical outcomes, and demonstrated overall mortality using a survival curve. We determined minimal inhibitory concentrations (MIC) for antimicrobials and in vitro synergies using checkerboard and time-kill assays, pulsed-field electrophoresis (PFGE) for clonality assessment and polymerase chain reaction (PCR) to detect carbapenamases and virulence genes were performed for all isolates. Whole genome sequence (WGS) of main clones was performed by Nextera XT, using Illumina MiSeq technology. Results: Most patients were female, median age was 48 years old. Main baseline disease was acute leukemia and 68% received allogeneic HSCT. 93% of patients had neutropenia and 32% had prior CRPA gut colonization.14-day mortality was 68%; mortality was higher among allogeneic HSCT recipients compared to autologous HSCT recipients (79% vs. 17% p = 0,012). Patients treated with two or three drugs did not present a statistically significant difference in 14-day mortality after BSI. In total, 30 bacterial isolates were analyzed; all presented a high resistance level to meropenem (MERO): MIC90 > 512ug/mL; two thirds were also resistant to amikacin (AMK) (MIC 2-512 ug/mL) and all were susceptible to colistin (COL). Many (17/30) isolates achieved in vitro synergistic effect in time-kill assay with the association of MERO and COL, but synergistic effect was not observed with AMK, by time-kill. No antagonistic effect was observed. There was a tendency towards better survival in patients whose CRPA isolate had in vitro synergy between COL and MERO without statistical significance. The most frequent carbapenamase gene identified was blaSPM, and six co-harboured both blaKPC and blaSPM. Isolates presented genes related to virulence factors such as toxA, exoS and more patients with BSI caused by P. aeruginosa harbouring gene lasB evolved to death. WGS analysis showed that clones harboured SPM-1, Tn4371 and belonged to ST277. They also presented mutations in genes related with porins and efflux pumps, as well in penicillin binding proteins (PBPs). Conclusion: CRPA BSI as associated with high mortality in HSCT recipients. A large proportion of isolates had in vitro synergy; however, we could not demonstrate statistically significant benefit in the use of combination therapy. Clones carried SPM-1, Tn4371 and belonged to ST277

Objetivo: Diversas estratégias de erradicação da Pseudomonas aeruginosa (Pa) em pacientes com fibrose cística (FC) têm sido propostas, mas poucas realizaram o tratamento em fases e incluíram crianças na primeira colonização por Pa na vida. O objetivo desse estudo é descrever a efetividade do protocolo de erradicação em fases, em crianças brasileiras com FC no primeiro aparecimento de Pa. Métodos: Estudo de vida real, retrospectivo, que avaliou os prontuários dos pacientes pediátricos submetidos ao protocolo de erradicação em um período de 8,5 anos. O protocolo de 3 fases era guiado pela cultura de via aérea, e utilizou colistimetato nebulizado e ciprofloxacino oral. Foram avaliadas as taxas de sucesso após cada fase e a acumulada. Resultados: 47 episódios de colonização por Pa foram elegíveis à erradicação. A fase 1 do protocolo foi aplicada em 29 pacientes (mediana 2,7 anos, 59% masculino, 65% com no mínimo um alelo F508del), a fase 2 em 12 e a fase 3 em 6 pacientes. A taxa de sucesso foi de 58,6% (IC 95%: 40,7 a 74,5), 50,0% (IC 95%: 25,4 a 74,6) e 66,7% (IC 95%:30,0 a 90,3), após as fases 1, 2 e 3 respectivamente. A taxa de sucesso acumulado foi de 93,1% (IC: 78,0 a 98,1). Apenas 2 pacientes tiveram falha do tratamento de erradicação. Conclusão: O primeiro aparecimento da Pa ocorreu em crianças de baixa idade. O protocolo de erradicação em fases foi efetivo com alta taxa de sucesso / Background: Although several Pseudomonas aeruginosa (Pa) eradication strategies have been proposed for Cystic Fibrosis (CF) patients, only a few have used a stepwise treatment and enrolled children in their first-onset Pa colonization. The purpose of this study is to describe the effectiveness of a multistep eradication protocol in CF Brazilian children in their first-onset Pa. Methods: This was a real life retrospective study that evaluated medical records of pediatric patients who underwent the eradication protocol in a timeframe of 8.5 years. The 3-step protocol was guided by airway culture, using inhaled colistimethate and oral ciprofloxacin. The success rate after each step, and also the cumulative success rate were evaluated. Results: During the study period, 47 Pa colonization episodes were eligible to eradication. All the 29 patients underwent protocol\'s step 1 (median 2.7 years old, 59% male, 65% with at least one F508del allele), twelve patients step 2, and six patients step 3. Success rate was 58.6% (CI 95%: 40.7 to 74.5), 50.0% (CI 95%: 25.4 to 74.6) and 66.7% (CI 95%:30.0 to 90.3), after step 1, 2 and 3 respectively. Cumulative success rate was 93.1% (CI: 78.0 to 98.1). Failure of the eradication protocol occurred in only 2 patients. Conclusion: First-onset Pa colonization occurred in very young children. The stepwise eradication protocol was effective with a high success rate

Acinetobacter baumannii é um importante agente de infecções relacionadas à assistência à saúde, principalmente nas unidades de terapia intensiva no Brasil, sua resistência a antimicrobianos vem aumentando nas últimas décadas e as opções para o tratamento são restritas. Em 2011, no HC-FMUSP, ocorreu um surto de infecção por A. baumannii resistente a todos os antibióticos e desde então isolados resistentes a todas as classes de antibióticos vêm sendo identificados no hospital. O estudo investigou o efeito de combinações antimicrobianas contra 20 isolados clínicos de A. baumannii, sendo sete isolados resistentes (2011 a 2012) e treze sensíveis a colistina (2002 a 2004), obtidas do banco de cepas do LIM-54 com diferentes mecanismos de resistência. Foram realizados, concentração inibitória mínima dos antibióticos, avaliação da clonalidade por Pulsedfield gel electrophoresis, detecção de mecanismos de resistência por reação de amplificação em cadeia da polimerase, análise de proteínas da membrana externa e baseado na clonalidade e o sequenciamento total do genoma de quinze isolados. Sinergismo foi investigado usando os métodos de checkerboard e time-kill. Para monitorização da expressão do sistema regulatório PmrCAB e dos genes responsáveis pela biossíntese do lipopolissacarídeo, foi realizada reação em cadeia da polimerase quantitativa. Todos os isolados foram resistentes ao meropenem e a rifampicina. OXA- 23 e OXA-143 foram as carbapenemases mais frequentes. Quatro isolados mostraram perda de uma proteína de membrana externa denominada OMP 43kDa. Os isolados sensíveis a colistina pertenciam a diferentes clones e Multilocus Sequence Types, também apresentaram o maior efeito sinérgico com fosfomicina-amicacina. A resistência a colistina foi associada com a superexpressão do gene pmrA. Seis isolados resistentes a colistina, pertenciam ao Complexo Clonal 113 e o maior efeito sinérgico foi observado com combinações de colistina-rifampicina seguido de colistina-vancomicina. Foram encontrados diferentes genes de virulência envolvidos com formação de biofilme, aderência, produção de enzimas e captação de ferro / Acinetobacter baumannii is an important agent of infections related to health care, especially in intensive care units in Brazil, its antimicrobial resistance has increased in recent decades and the options for treatment are restricted. In 2011, in the HC-FMUSP, there was an outbreak of A. baumannii infection resistant to all antibiotics and since then isolates resistant to all classes of antibiotics have been identified in the hospital. The study investigated the effect of antimicrobial combinations against 20 clinical isolates of A. baumannii, seven isolates colistin resistant (2011-2012) and thirteen colistin sensitive (2002-2004) from LIM-54 strains bench with different resistance mechanisms. Minimum inhibitory concentration of antibiotics, clonality evaluation by pulsed-field gel electrophoresis and detection of resistance mechanisms by polymerase chain reaction, outer membrane protein analysis and based on clonality, the whole genome sequencing of fifteen isolates were performed. Synergism was determined using checkerboard and time-kill methods. For expression monitoring of the regulatory system PmrCAB and the genes responsible for the biosynthesis of lipopolysaccharide, it was performed quantitative polymerase chain reaction. All isolates were resistant to meropenem and rifampicin. OXA-23 and OXA-143 were the most frequent carbapenems. Four isolates showed loss of one outer membrane protein called OMP 43kDa. Colistin susceptible isolates belonged to different clones and Multilocus Sequence Types; it also showed the greatest synergistic effect with fosfomycin-amikacin. The colistin resistance was involved in overexpression of the pmrA gene. Six colistin-resistant isolates belonged to Clonal Complex 113 and higher synergistic effect were observed with colistin-rifampicin followed by colistin-vancomycin combinations for these isolates. We found different virulence genes involved in biofilm formation, adhesion, enzyme production and iron uptake

Acinetobacter baumannii é um importante agente de infecções relacionadas à assistência à saúde, principalmente nas unidades de terapia intensiva no Brasil, sua resistência a antimicrobianos vem aumentando nas últimas décadas e as opções para o tratamento são restritas. Em 2011, no HC-FMUSP, ocorreu um surto de infecção por A. baumannii resistente a todos os antibióticos e desde então isolados resistentes a todas as classes de antibióticos vêm sendo identificados no hospital. O estudo investigou o efeito de combinações antimicrobianas contra 20 isolados clínicos de A. baumannii, sendo sete isolados resistentes (2011 a 2012) e treze sensíveis a colistina (2002 a 2004), obtidas do banco de cepas do LIM-54 com diferentes mecanismos de resistência. Foram realizados, concentração inibitória mínima dos antibióticos, avaliação da clonalidade por Pulsedfield gel electrophoresis, detecção de mecanismos de resistência por reação de amplificação em cadeia da polimerase, análise de proteínas da membrana externa e baseado na clonalidade e o sequenciamento total do genoma de quinze isolados. Sinergismo foi investigado usando os métodos de checkerboard e time-kill. Para monitorização da expressão do sistema regulatório PmrCAB e dos genes responsáveis pela biossíntese do lipopolissacarídeo, foi realizada reação em cadeia da polimerase quantitativa. Todos os isolados foram resistentes ao meropenem e a rifampicina. OXA- 23 e OXA-143 foram as carbapenemases mais frequentes. Quatro isolados mostraram perda de uma proteína de membrana externa denominada OMP 43kDa. Os isolados sensíveis a colistina pertenciam a diferentes clones e Multilocus Sequence Types, também apresentaram o maior efeito sinérgico com fosfomicina-amicacina. A resistência a colistina foi associada com a superexpressão do gene pmrA. Seis isolados resistentes a colistina, pertenciam ao Complexo Clonal 113 e o maior efeito sinérgico foi observado com combinações de colistina-rifampicina seguido de colistina-vancomicina. Foram encontrados diferentes genes de virulência envolvidos com formação de biofilme, aderência, produção de enzimas e captação de ferro / Acinetobacter baumannii is an important agent of infections related to health care, especially in intensive care units in Brazil, its antimicrobial resistance has increased in recent decades and the options for treatment are restricted. In 2011, in the HC-FMUSP, there was an outbreak of A. baumannii infection resistant to all antibiotics and since then isolates resistant to all classes of antibiotics have been identified in the hospital. The study investigated the effect of antimicrobial combinations against 20 clinical isolates of A. baumannii, seven isolates colistin resistant (2011-2012) and thirteen colistin sensitive (2002-2004) from LIM-54 strains bench with different resistance mechanisms. Minimum inhibitory concentration of antibiotics, clonality evaluation by pulsed-field gel electrophoresis and detection of resistance mechanisms by polymerase chain reaction, outer membrane protein analysis and based on clonality, the whole genome sequencing of fifteen isolates were performed. Synergism was determined using checkerboard and time-kill methods. For expression monitoring of the regulatory system PmrCAB and the genes responsible for the biosynthesis of lipopolysaccharide, it was performed quantitative polymerase chain reaction. All isolates were resistant to meropenem and rifampicin. OXA-23 and OXA-143 were the most frequent carbapenems. Four isolates showed loss of one outer membrane protein called OMP 43kDa. Colistin susceptible isolates belonged to different clones and Multilocus Sequence Types; it also showed the greatest synergistic effect with fosfomycin-amikacin. The colistin resistance was involved in overexpression of the pmrA gene. Six colistin-resistant isolates belonged to Clonal Complex 113 and higher synergistic effect were observed with colistin-rifampicin followed by colistin-vancomycin combinations for these isolates. We found different virulence genes involved in biofilm formation, adhesion, enzyme production and iron uptake

A infecção de corrente sanguínea (ICS) causada por bactérias multirresistentes tem alta mortalidade em pacientes receptores de transplante de células-tronco hematopoiéticas (TCTH). A Pseudomonas aeruginosa é um dos agentes mais frequentes e de difícil tratamento nessa população de pacientes. Objetivos: Avaliar características clínicas, microbiológicas e moleculares de 30 isolados de P. aeruginosa resistente à carbapenêmicos (PARC) em ICS de pacientes submetidos a TCTH e a presença de sinergismo antimicrobiano in vitro. Métodos: Os dados clínicos foram obtidos retrospectivamente de prontuários médicos e registrados em banco de dados. Análises bivariadas e multivariadas foram realizadas para avaliar determinantes de desfechos clínicos e uma curva de sobrevida foi construída. Determinou-se a concentração inibitória mínima (CIM) dos antimicrobianos por meio de microdiluição, foram realizados ensaios de sinergismo por método de checkerboard e time-kill, avaliação da clonalidade por eletroforese em campo pulsado e detecção de genes codificadores de mecanismos de resistência e virulência por reação em cadeia de polimerase. O sequenciamento do genoma completo (WGS) dos principais clones foi realizado por Nextera XT, utilizando a tecnologia Illumina MiSeq. Resultados: A maioria dos pacientes era do gênero feminino, com mediana de idade de 48 anos. Neutropenia foi presente em 93% dos pacientes e colonização prévia por PARC em 32%. A mortalidade em 14 dias foi 68%; a maioria dos pacientes que morreram foram transplantados alogênicos (79% vs. 17% entre receptores de transplante autólogo; p=0,012). Pacientes tratados com duas ou três drogas não apresentaram diferença estatisticamente significante na mortalidade até 14 dias após a ICS. Foram avaliados 30 isolados bacterianos. Todos apresentaram alto nível de resistência ao meropenem (MERO): CIM90 > 512 ug/mL; dois terços eram resistentes à amicacina (AMK) (CIM 2-512 ug/mL) e todos mantinham sensibilidade à colistina (COL). Muitos isolados (17/30) alcançaram efeito sinérgico in vitro pelo método time-kill com a combinação MERO mais COL, mas não com AMK. Nenhum antagonismo foi observado. Houve menor mortalidade em pacientes cujo isolado apresentou sinergismo entre COL e MERO quando comparados a pacientes portadores de isolados sem sinergismo, sem significância estatística. O gene de carbapenamase mais identificado foi blaSPM e 6 isolados apresentaram blaSPM e blaKPC. Os isolados apresentaram genes relacionados com virulência, tais como toxA, exoS e lasB; pacientes com ICS causada por P. aeruginosa que abrigava o gene lasB apresentaram maior risco de evoluir para o óbito. O WGS mostrou que os clones abrigavam SPM-1, Tn4371, mutações em porinas, em partes das bombas de efluxo, nas proteínas ligadores de penicilina (PBP) e pertenciam a ST277. Conclusão: As ICS por PARC cursaram com alta mortalidade em pacientes submetidos à TCTH. Houve uma grande proporção de resultados positivos para sinergismo entre os antimicrobianos in vitro, mas não foi possível demonstrar benefício estatisticamente significante no uso da terapia combinada com três drogas. Os clones carreavam SPM-1, Tn4371 e pertenciam a ST277 / Bloodstream infection (BSI) has high mortality in hematopoietic stem cell transplant (HSCT) recipients and Pseudomonas aeruginosa is an important and challenging organism. Objectives: To evaluate clinical, microbiological and molecular features of carbapenem-resistant P. aeruginosa (CRPA) isolates from BSI identified among HSCT patients and address in vitro synergy of antibiotic combination. Methods: Patient medical records were retrospectively reviewed and registered in a database. We used bivariate and multivariate analyzes to investigate determinants of clinical outcomes, and demonstrated overall mortality using a survival curve. We determined minimal inhibitory concentrations (MIC) for antimicrobials and in vitro synergies using checkerboard and time-kill assays, pulsed-field electrophoresis (PFGE) for clonality assessment and polymerase chain reaction (PCR) to detect carbapenamases and virulence genes were performed for all isolates. Whole genome sequence (WGS) of main clones was performed by Nextera XT, using Illumina MiSeq technology. Results: Most patients were female, median age was 48 years old. Main baseline disease was acute leukemia and 68% received allogeneic HSCT. 93% of patients had neutropenia and 32% had prior CRPA gut colonization.14-day mortality was 68%; mortality was higher among allogeneic HSCT recipients compared to autologous HSCT recipients (79% vs. 17% p = 0,012). Patients treated with two or three drugs did not present a statistically significant difference in 14-day mortality after BSI. In total, 30 bacterial isolates were analyzed; all presented a high resistance level to meropenem (MERO): MIC90 > 512ug/mL; two thirds were also resistant to amikacin (AMK) (MIC 2-512 ug/mL) and all were susceptible to colistin (COL). Many (17/30) isolates achieved in vitro synergistic effect in time-kill assay with the association of MERO and COL, but synergistic effect was not observed with AMK, by time-kill. No antagonistic effect was observed. There was a tendency towards better survival in patients whose CRPA isolate had in vitro synergy between COL and MERO without statistical significance. The most frequent carbapenamase gene identified was blaSPM, and six co-harboured both blaKPC and blaSPM. Isolates presented genes related to virulence factors such as toxA, exoS and more patients with BSI caused by P. aeruginosa harbouring gene lasB evolved to death. WGS analysis showed that clones harboured SPM-1, Tn4371 and belonged to ST277. They also presented mutations in genes related with porins and efflux pumps, as well in penicillin binding proteins (PBPs). Conclusion: CRPA BSI as associated with high mortality in HSCT recipients. A large proportion of isolates had in vitro synergy; however, we could not demonstrate statistically significant benefit in the use of combination therapy. Clones carried SPM-1, Tn4371 and belonged to ST277