Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-12T14:48:04Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Danyllo Felipe de Oliveira.pdf: 2356321 bytes, checksum: 65e8ae7586ecebdf70bf8d998cba93d3 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-12T14:48:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Danyllo Felipe de Oliveira.pdf: 2356321 bytes, checksum: 65e8ae7586ecebdf70bf8d998cba93d3 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / CAPES / Entende-se por Deficiência Intelectual (DI), conforme a mais recente versão do Código Internacional de Doenças (CID-10), como sendo uma “parada do desenvolvimento ou desenvolvimento incompleto do funcionamento intelectual”. Essa alteração se dá essencialmente durante o desenvolvimento do indivíduo e afeta, principalmente, “funções cognitivas, de linguagem, motricidade e do comportamento social”. Ainda segundo as definições teóricas do CID-10, a DI pode ser subdividida de acordo com o grau de severidade de comprometimento intelectual, sendo este medido pelo nível do quociente de inteligência (QI) obtido dos pacientes em testes de neuropsicologia A deficiência intelectual é uma característica bastante recorrente, e tem sido extensivamente estudada do ponto de vista genético desde a identificação da trissomia do cromossomo 21 como um fator etiológico para a Síndrome de Down. Posteriores investigações usando técnicas citogenéticas de bandeamento cromossômico e hibridização in situ, contribuíram para melhor compreender a base molecular da DI, através da descrição de perdas e ganhos de grandes fragmentos cromossômicos além de microdeleções e microduplicações. Estas alterações têm sido crescentemente descritas para a Síndrome de Cri Du Chat, Smith-Magenis, Wolf- Hischhron, entre outras. Dentre as condições genéticas onde DI é encontrada, as cujo padrão de herança está ligado ao cromossomo X representam de 10 a 15 % dos casos. Em face disso, a deficiência mental de herança ligada ao cromossomo X (DMLX) apresenta-se como um complexo grupo de mais de mais de 200 entidades nosológicas, com uma considerável heterogeneidade genética, uma vez que mais de 100 genes têm sido identificados até o momento. Entretanto, a despeito da grande quantidade de genes envolvidos, mais de 50 % das famílias identificadas com deficiência mental ligada ao X possuem uma etiologia genética desconhecida. Duas famílias com um provável padrão de herança ligado ao cromossmo X, originárias do Estado de Pernambuco foram avaliadas do ponto de vista clínico e molecular. A família 1 apresentou quatro afetados, sendo três homens e uma mulher, que eram portadores de deficiência mental grave. O indivíduo probando, cuja idade é 29 anos, apresenta além da DI, um perímetro cefálico abaixo do segundo percentil. Nenhuma outra alteração dismórfica foi evidenciada nos outros indivíduos, embora entre os afetados haja o registro de crises convulsivas. A segunda família, com três afetados, sendo dois deles gêmeos univitelinos, apresenta indivíduos com deficiência intelectual grave, com nenhum outro sinal dismórfico aparente. A análise por Southern blotting de ambas famílias para a verificação das expansões do gene FMR1, associado à síndrome do cromossomo X frágil, revelou que o probando da família 1 apresentava a pré-mutação (fragmentos de 3 kb), assim como a sua genitora e a irmã desta. O outro afetado, filho desta última portadora da pré-mutação, apresentou a mutação completa (fragmentos de 6 , 6,3 e 8kb). O último indivíduo afetado e sua respectiva genitora apresentaram fragmentos correspondentes ao de indivíduos normais (2,8 e 5,2 kb). Tais dados levam ao diagnóstico da Síndrome do cromossomo X frágil para a primeira família. A segunda família foi semelhantemente testada, mas os indivíduos e sua genitora são normais para o teste do gene FMR1. O estudo do teste de desvio de inativação do cromossomo X na mãe dos afetados da família 2 revelou que este indivíduo apresenta um desvio total de inativação (100:0), um indicativo do padrão de herança ligado ao cromossomo X. A hibridização genômica comparativa (array CGH) não identificou nenhuma alteração cromossômica microestrutural que pudesse explicar o fenótipo.

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-13T14:39:06Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Emanuelle Vasconcelos.pdf: 1061368 bytes, checksum: 24a6fe50b5333a771ee76d0549eb755e (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T14:39:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Emanuelle Vasconcelos.pdf: 1061368 bytes, checksum: 24a6fe50b5333a771ee76d0549eb755e (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / FACEPE; CNPq / O feijão-caupi [Vigna unguiculata (L.) Walp.] é uma leguminosa anual cultivada em regiões tropicais e subtropicais, importante pelo alto teor de proteínas contido em suas sementes secas, vagens verdes e folhas. Neste trabalho, um estudo citogenético comparativo entre V. unguiculata e Phaseolus vulgaris L. (feijão comum) foi realizado por BAC-FISH. Sequências mapeadas em cromossomos de P. vulgaris (Pv) foram utilizadas como sondas em cromossomos de V. unguiculata (Vu), contribuindo para as análises de macrossintenia entre estes dois legumes. Trinta e sete clones da biblioteca BAC de P. vulgaris ‘cv. BAT93’, previamente selecionados com marcadores mapeados em seus 11 grupos de ligação correspondentes, foram hibridizados in situ nos cromossomos metafásicos de V. unguiculata. Foram identificados vários rearranjos cromossômicos, tais como translocações (entre BACs de Pv1 e Pv8; Pv2 e Pv3, como também Pv2 e Pv11), duplicações visualizadas em cromossomos metafásicos e/ou paquitênicos (BAC 147K17 de Pv3), inversões paracêntricas (entre os BACs 267H4 e 147K17 de Pv3) e pericêntricas (entre os BACs 221J10 e 190C15 de Pv4). Destacam-se também os BACs 14F2 (Pv2) e 86I17 (Pv7), que em P. vulgaris hibridizou nas regiões terminais de quase todos os cromossomos e em Vu apresentou marcação única. Adicionalmente, 17 BACs não apresentaram sinal único nos cromossomos de V. unguiculata. Os resultados do presente trabalho demonstraram que apesar dos gêneros Vigna e Phaseolus estarem intimamente relacionados, ocorreram várias quebras de macrossintenia ou de colinearidade ao longo da evolução cariotípica destes legumes.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-03-30T13:52:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese_Adriana_Bispo_final_ficha catalografica.pdf: 4400523 bytes, checksum: b3e9eb79c58483144a4659be5ab2d45c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-30T13:52:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese_Adriana_Bispo_final_ficha catalografica.pdf: 4400523 bytes, checksum: b3e9eb79c58483144a4659be5ab2d45c (MD5) Previous issue date: 2015-09-15 / A síndrome de Turner (ST) é caracterizada primariamente pelo cariótipo 45,X, mas podem ocorrer linhagens celulares incluindo o cromossomo Y. A precisa identificação do cromossomo Y nessas pacientes é de grande importância clínica devido a um aumento no risco de tumores gonadais. A alta frequência de mosaicismo na ST faz dessa síndrome um importante modelo para investigação do efeito dos polimorfismos dos genes da rota do folato como fatores de risco à não disjunção cromossômica somática. Alterações no metabolismo do folato podem promover aneuploidias por um efeito indireto sobre os padrões de metilação do DNA. Neste trabalho reportamos a frequência de mosaicismo críptico do cromossomo Y e sua associação clínica, como também a descrição de uma alteração cromossômica rara. Adicionalmente, foi investigada uma possível associação entre os polimorfismos de genes da rota do folato e o risco de não disjunção cromossômica somática na ST. A presença de mosaicismo oculto do cromossomo Y foi detectada em 2,7% dos casos, os quais mostraram genitália feminina normal sem sinais de virilização ou desenvolvimento tumoral. Assim, a busca de sequências do Y deve ser realizada na ST independente do cariótipo e/ou sinais clínicos. Não foi possível estabelecer uma associação entre os polimorfismos dos genes MTHFR, MTR, RFC1 e TYMS, independentes ou combinados, modulando o risco de não disjunção somática na ST, demostrando que polimorfismos nesses genes, envolvidos na rota do folato, podem não representar uma importante contribuição para os mecanismos de geração das aneuploidias. / Turner syndrome (TS) is primarily characterized by the 45,X karyotype, but can occur cell lines including the Y-chromosome. The precise identification of Y-chromosome in TS patients is of great clinical importance due to an increased risk of gonadal tumors. The high frequency of mosaicism in TS makes this syndrome an important model to investigate the effect of genetic polymorphisms in folate pathway as risk factors to somatic non-disjunction. Changes in folate metabolism can promote aneuploidies by an indirect effect on the DNA methylation patterns. In this work was reported the frequency of Y-chromosome hidden mosaicism and its clinical association, and also described a rare chromosomal alteration. Additionally, a possible association between gene polymorphisms in folate pathway and the risk of somatic chromosome non-disjunction in TS was investigated. The presence of hidden Y chromosome mosaicism was detected in 2.7% of cases, which showed normal female genitalia without signs virilization or tumor development. Thus, the search for Y sequences should be held at TS regardless of the karyotypes and/or clinical signs. We could not establish an association between polymorphisms of MTHFR, MTR, RFC1 and TYMS genes, independent or combined, modulating the risk of somatic non-disjunction in TS, showing that polymorphisms in these genes, involved in folate metabolism, may not represent an important contribution to the generation mechanisms of aneuploidies.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-06-17T15:02:19Z No. of bitstreams: 1 Genialdo Ramos dos Santos.pdf: 1641331 bytes, checksum: d13019e2e4189a0791e7f0904701dbf9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-17T15:02:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Genialdo Ramos dos Santos.pdf: 1641331 bytes, checksum: d13019e2e4189a0791e7f0904701dbf9 (MD5) Previous issue date: 2014-08-04 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The Manihot genus belongs to the family Euphorbiaceae and has 100 species. The central parte of Brazil as South West of Goiás and Minas Gerais are considered the greatest center of diversification, followed by the Southeast of Mexico, northeastern of Brazil and southeastern of Mato Grosso. Manihot originates from the Americas being distributed from the United States to Argentina. M. esculenta Crantz is the most important of all species kind of economic point of view, as one of the most widespread food crops in the world. Manihot is a taxonomically complex genus by having large botanical plasticity beyond natural interspecific hybrids due to poor reproductive isolation barrier. To better understanding this genus in the cytogenetic, this study aimed to characterize five species of Manihot by employing the conventional technique, duble staining with CMA and DAPI, fluorescence in situ hybridization (FISH) and immunostaining. In general, the data showed a strong similarity between studied species. The diploid number corresponds to 2n = 36 chromosomes with small size, on average 2.5 micrometers and morphology of metacentric to submetacentric. The condensation pattern was always proximal profásico, but with minor differences in the time of condensation between arms of some chromosomes of the karyotype. With the exception of M. maracasensis e M. dichotoma, which showed 12 heterochromatic bands (CMA+) showed with chromomycin, all the others species showed six terminal CMA+ bands. In all species, there was always the presence of other small telomeric bands weakly stained with CMA+. Fluorescence in situ hybridization with ribosomal DNA probes showed six bands or regions of the 45S rDNA, always corresponding to heterochromatic bands CMA+. Only two blocks of 5S rDNA subterminal were observed for all species. However, we observed polymorphism for the species M. dichotoma showed that seven regions of 45S rDNA. Immunostaining with anti-H4K5ac and anti-H3K27me3 antibodies was detected as bands in metaphase chromosomes terminal of euchromatin and decondensed chromatin of interphase nuclei diffuse. Labeling with anti-H3S10f pericentrômeros occurred in the chromosomes and absent in interphase. The contributions of this work was to study the types of chromatin and its behavior in different stages of chromosome condensation, understand the karyotypic stability and small changes emanating from carioevolutivos events and cytogenetically characterize the species Manihot providing useful karyotypic parameters to the cytotaxonomic. / O gênero Manihot Miller (Euphorbiaceae Juss) possui cerca de 100 espécies, sendo o Brasil central (Sul de Goiás e Oeste de Minas Gerais), considerado o maior centro de diversificação, seguido do Sudeste do México, Nordeste do Brasil e Sudeste do Mato Grosso. Manihot é originário do continente americano distribuindo-se desde os Estados Unidos até a Argentina. De todas as espécies do gênero, M. esculenta Crantz é a espécie mais importante do ponto de vista econômico, por ser uma das culturas alimentares mais difundidas no mundo. Manihot é um gênero taxonomicamente complexo por apresentar grande plasticidade morfológica além de híbridos interespecíficos naturais devido à fraca barreira de isolamento reprodutivo. Com o interesse de compreender melhor esse gênero do ponto de vista citogenético, o presente trabalho teve por objetivo analizar cinco espécies de Manihot através do emprego da técnica convencional, bandeamento CMA/DAPI, hibridização in situ (FISH) e imunocoloração. De uma forma geral, os dados apontaram uma forte semelhança cariotípica entre as diferentes espécies estudadas. O número diplóide corresponde à 2n = 36, com cromossomos de pequeno tamanho, em média 2,5 micrômetros e morfologia de meta a subcêntrica. O padrão de condensação foi sempre profásico proximal, embora com pequenas diferenças no tempo de condensação entre braços de alguns dos cromossomos do cariótipo. Com exceção de M. maracasensis e M. dichotoma, que apresentou 12 bandas de heterocromatina (CMA+), a marcação com o fluorocromo cromomicina evidenciou, em geral, seis bandas CMA+ terminais. Em todas as espécies sempre houve a presença de outras pequenas bandas teloméricas fracamente coradas com CMA+. A FISH com sondas de DNA ribossomal evidenciou, em geral, seis sítios de DNAr 45S, sempre co-localizados com às bandas heterocromáticas CMA+. Dois sítios de DNAr 5S subterminais foram observados para todas as espécies estudadas. Contudo, observou-se polimorfismo para a espécie M. dichotoma que apresentou sete sítios de DNAr 45S. A imunocoloração com os anticorpos anti-H4K5ac e anti-H3K27me3 foi evidenciada na forma de bandas na eucromatina descondensada terminal dos cromossomos metafásicos e na cromatina difusa dos núcleos interfásicos. A marcação com anti-H3S10f ocorreu nos pericentrômeros dos cromossomos e ausente na intérfase. A contribuição desse trabalho foi estudar os tipos de cromatina e seu comportamento em diferentes estágios de compactação cromossômica, entender a constância cariotípica e as pequenas modificações surgidas por eventos carioevolutivos e caracterizar citogeneticamente as espécies de Manihot fornecendo parâmetros cariotípicos úteis do ponto de vista citotaxonômico.

Orientador: Heloisa Amelia de Lima Castro / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-07-27T21:01:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_RogerioNogueirade_D.pdf: 3569902 bytes, checksum: 17185a17d4b8451b3874e92c0c333634 (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: A identificação humana pode ser realizada por meio dos mais variados procedimentos técnicos, principalmente pela análise comparativa dos documentos do prontuário odontológico. Atualmente, as técnicas de biologia molecular têm se apresentado como o recurso comparativo mais eficaz, contudo parcela significativa desses métodos requer, além do estabelecimento prévio de parâmetros de coleta de material biológico, a verificação da freqüência alélica da população na qual será aplicada. Assim, o presente estudo procurou evidenciar a freqüência dos alelos em 3 lócus de STR do cromossomo Y (DYS390, DYS391 e DYS393) numa população de indivíduos brasileiros leucodérmicos. Para tanto, foram padronizados protocolos de coleta e armazenamento de diferentes materiais biológicos, e estabelecidas rotinas de extração e amplificação do DNA. Os resultados apresentaram o lócus DYS390 com freqüência nos alei os 21, 22, 23, 24, 25 e 26, sendo o alelo 24 o que apresentou maior freqüência desse lócus, com 46%; o STR DYS391 com presença nos alelos 8,9, 10, 11 12 e 13, tendo o alelo 11 incidência de 37% desse STR; e o STR DYS393 nos alelos 11, 12, 13 14 e 15, tendo o alelo 13 apresentado freqüência de 45% desse lócus. Esses dados, comparados àqueles de outras populações, demonstraram haver individualidade no perfil alélico da população estudada, comprovando que, mais do que aplicar as metodologias disponíveis, é prudente que se verifiquem os padrões dos alelos na população alvo, pois a utilização de padrões alélicos de populações diversas da nossa pode levar a imprecisões nos diagnósticos de identificação humana / Abstract: Human identification can be accomplished by several technical procedures, especially by the comparative analysis of dental documents. Nowadays, molecular biology introduced more effective resources for the human identification. However, these methods demand the previous definition of parameters to the collection of biological material, and the verification of the allele frequency of the population in which they will be applied. Aiming to subsidize these methods, we observed the frequency of the alleles in three loci of STRs of the Y chromosome (DYS390, DYS391 and DYS393) in a group of Brazilian white subjects. We also standardized protocols for the collection and storage of different biological materiais, besides defining routines for the extraction and amplification of the DNA. Results presented alleles 21, 22, 23, 24, 25 and 26 in the locus DYS390, being the allele 24 the most frequent with 46%. STR DYS391 presented alleles 8, 9, 10, 11 12 and 13, and the allele 11, with 37%, was the most frequent. STR DYS393 presented alleles 11, 12, 1314 and 15, and the allele 13, with 45%, was the mostfrequent. The comparative analysis of these data, with information related to other populations, stresses the singularity of the allele profile of the studied population. Therefore, prior to the introduction of recent methods of molecular biology to the human identification, we should carefully verify allele patterns of the population, because the use of allele standards of other populations could produce imprecision in human identification processes / Doutorado / Doutor em Odontologia Legal e Deontologia

Este trabalho tem como objetivo a determinação da freqüência alélica de 12 microssatélites do cromossomo Y na população de Araraquara e da Grande São Paulo, tendo em vista a necessidade de ampliação dos dados referentes a estes marcadores devido a sua crescente aplicação em diferentes áreas, entre elas a forense na qual a utilização destes microssatélites torna-se muitas vezes a única ferramenta disponível para resolução de casos. Para isto foram tipados 200 indivíduos, que não apresentavam relação de parentesco, divididos em quatro grupos de acordo com autoclassificação de cor (branco, preto, pardo ou oriental). Foram coletadas destes indivíduos amostras de sangue ou saliva a partir das quais foi feita extração do DNA utilizando diferentes protocolos de acordo com o tipo de amostra, seguida da amplificação dos 12 locos do cromossomo Y através do PowerPlex® Y System (Promega) de acordo com instruções do fabricante. Os produtos da amplificação foram submetidos a eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante a 6%, no seqüenciador ABI377 (Applied Biosystems) para obtenção dos perfis de cada loco. Os quais foram analisados com a utilização do software GeneScan ver. 2.1 (Applied Biosystems). Foi realizado o cálculo das freqüências alélicas e diversidade gênica de cada loco, assim como da diversidade haplotípica e capacidade de discriminação para cada grupo e para a amostra total. A comparação entre os resultados obtidos demonstrou que a variação dentro de cada grupo é maior que a variação entre os grupos. Os resultados obtidos foram enviados ao banco de dados mundial do cromossomo Y (Y-STR Haplotype Reference Database). / The aim of this study is to determine the allelic frequency of 12 microsatellites of the Y chromosome in Grande São Paulo and Araraquara population, in face of the amplification necessity of these markers data due to the increasing application of these markers on different fields, including the forensic on which the use of them is sometimes the only way to solve crime cases. For this purpose it was typed 200 unrelated individuals divided according to self report in four groups based on color skin (white, black, mulatto or yellow). Blood or buccal swab samples were collected and submitted to DNA extraction with different protocols according to the kind of sample. Subsequent amplification of 12 Y-STR was proceeded using the PowerPlex® Y System (Promega) following the manufacture’s protocol. The amplification products were submitted to electrophoresis in 6% polyacrilamid gel on ABI377 sequencer (Applied Biosystems) to obtain the profile of each locus. The results were analyzed with GeneScan ver. 2.1 software (Applied Biosystems). The allelic frequency and gene diversity of each locus as well as the haplotypic diversity and discrimination capacity was calculated for each group and for total sample. The comparison among the results showed that the variation inside the groups is higher than between groups. The haplotypes observed on this sample were sent to Y-STR Haplotype Reference Database.

Em fêmeas de mamíferos, um dos cromossomos X é inativado proporcionando compensação de dose entre os produtos gênicos de machos e fêmeas. A inativação do cromossomo X (ICX) ocorre no embrião em desenvolvimento, e se caracteriza pela aquisição de marcas heterocromáticas no cromossomo X inativado (Xi), que são mantidas nas células somáticas ao longo das divisões celulares. O melhor modelo para estudo do início da ICX são as células-tronco embrionárias femininas. Provenientes da massa celular interna de blastocistos, elas representam um embrião em desenvolvimento e possuem os dois X ativos; a diferenciação das células promove a ICX in vitro, o que permite a identificação dos fatores e mecanismos moleculares envolvidos. A derivação de linhagens de célulastronco embrionárias humanas (human embryonic stem cells - hESCs) em 1998 permitiu novas possibilidades de estudo da ICX, pois a maioria dos trabalhos procurou esclarecer o mecanismo da ICX no modelo murino. Tradicionalmente, a manutenção da ICX em humanos tem sido investigada em células somáticas híbridas ou transformadas; porém, sabe-se que estas não representam um contexto celular natural. Assim, o presente trabalho teve como objetivos principais explorar a potencialidade de hESCs no estudo do início da ICX, e ainda investigar a função de três fatores na manutenção da ICX em células humanas imortalizadas: DNMT1 (enzima responsável pela manutenção da metilação do DNA), SMCHD1 (proteína da família de coesinas/condensinas), e XIST (um RNA não-codificador que inicia o processo de heterocromatinização do futuro Xi) foram selecionados para este estudo, uma vez que todos participam da manutenção da ICX em camundongos. Até o momento foram derivadas em nosso laboratório quatro linhagens de hESCs, as primeiras da América Latina. A caracterização das linhagens mostrou que, apesar de se manterem indiferenciadas, as hESCs femininas encontram-se em estágio pós-ICX, pois mesmo indiferenciadas já apresentam um dos X inativado. Nossos dados indicam que, submetidas às atuais condições de cultivo, as hESCs não são bons modelos para o estudo do início da ICX, e é possível que a inativação de um cromossomo X durante o cultivo confira alguma vantagem seletiva às células. A estratégia utilizada no estudo da manutenção da ICX foi o silenciamento dos três genes por interferência de RNA (RNAi). Não foi possível diminuir significativamente a expressão dos genes XIST e SMCHD1. Porém, o silenciamento de DNMT1 foi expressivo, e em resposta foi observada reativação do gene MAOA, localizado no cromossomo X e submetido à inativação. Apesar de nossas análises mostrarem que os efeitos da diminuição de DNMT1 foram restritos ao gene MAOA, estes resultados sugerem a existência de diferentes hierarquias de controle epigenético dos genes submetidos à ICX em células humanas / In female mammals, one of the X chromosomes is inactivated to achieve dosage compensation between males and females. The X chromosome inactivation (XCI) occurs early during embryogenesis and is characterized by the acquisition of heterochromatic features on the inactive X (Xi), which are maintained during all the subsequent cell divisions. Embryonic stem cells are the most suitable cells to study the establishment of XCI. They are obtained from the inner cell mass (ICM) of blastocysts, and can represent a developing female embryo, possessing two active X-chromosomes; when differentiated, these cells recapitulate XCI in vitro, and thus one can identify XCI regulators and factors involved. The derivation of human embryonic stem cells (hESCs) in 1998 offered new possibilities to study XCI, since most of the mechanistic studies of XCI have so far been investigated in the mouse model system. Traditionally, maintenance of XCI in humans has been addressed in somatic cell hybrids or transformed cells; however, they do not represent a natural cellular context. The main goals of the present work were to verify the potential of hESCs as models of XCI, and also to study the function of three important factors in XCI maintenance in immortalized human cells. DNMT1 (DNA-methyltransferase 1), SMCHD1 (a cohesin/condensin protein family member) and the XIST gene (a non-coding RNA which triggers XCI and promotes X heterochromatin formation on the future Xi) were selected, as they are key factors in XCI maintenance in the mouse. Until now four hESCs lines were derived in our lab. Their characterization showed that, in spite of been undifferentiated, the female hESCs have already undergone XCI. Our data suggest that, under the actual culture conditions, hESCs are not good models to study XCI, and it is also possible that X inactivation confers selective advantage to hESCs. Knockdown by RNA interference was used to study the roles of three genes in XCI maintenance. We could not efficiently knockdown XIST or SMCHD1. However, the DNMT1 silencing was substantial, and led to the reactivation of MAOA, an X-linked gene subjected to XCI. Although the effect of DNMT1 silencing was restricted to MAOA, our data suggest that there are different epigenetic hierarchies to control the expression of the genes subjected to XCI in human cells.

A incidência do melanoma, tumor maligno que se origina dos melanócitos, vem crescendo em todo o mundo. História familial positiva da doença tem sido relatada em 8 a 14% dos pacientes afetados. Muitos estudos sugeriram o envolvimento da região 9p21, onde se encontra o gene CDKN2A, no surgimento dessa neoplasia. Este é um gene supressor tumoral clássico e a inativação dos dois alelos tem sido detectadas em linhagens celulares tumorais de famílias com melanoma hereditário e esporádico. Mutações em linhagens germinativas do gene CDKN2A têm sido identificadas em aproximadamente 20% das famílias com melanoma familial. Utilizando técnicas de biologia molecular como Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), Conformação Estrutural de Fita Simples (SSCP) e seqüenciamento, este projeto estudou 22 pacientes com critérios clínicos de melanoma hereditário e encontrou uma mutação (P48T) em um paciente numa família de três afetados. Em 13 casos foi identificado pelo menos um dos três polimorfismos: 500 C>G (31,9%), 540 C>T (27,3%) e A148T (4,5%). Os resultados demonstram a importância da pesquisa de mutações no gene CDKN2A principalmente em famílias com dois ou mais membros afetados pela doença. / The incidence of melanoma, malign tumor that originates from melanocytes, is increasing all over the world. Positive familial history of disease has been related in 8 to 14% of affected patients. Several studies have suggest the 9p21 region evolvement, where is located the CDKN2A gene, in the arising of this neoplasia. It is a classic tumor suppressor gene and the inactivation of two alleles has been detected in tumor cells lines of families with hereditary and sporadic melanoma. Nowadays germeline mutations in CDKN2A gene have been identified in almost 20% of families with familial melanoma. Using molecular biology techniques like Polymerase Chain Reaction (PCR), Single Strand Conformational Polymorphism (SSCP) and sequencing, this project studied 22 patients with clinical pattern of hereditary melanoma and it found one mutation (P48T) in one patient belonged to a three affected family. Thirteen cases had at least one of the three polymorphisms: 500 C>G (31,9%), 540 C>T (27,3%) e A148T (4,5%). The results show the importance of the search for mutations in the CDKN2A gene mainly in families with two or more affected by disease.

A identificação forense através da análise de ácidos nucléicos é realizada, freqüentemente, pelo estudo de regiões polimórficas do DNA, tais como os STRs, regiões que apresentam repetições consecutivas curtas. Para a utilização destes marcadores na identificação humana é necessário conhecer a distribuição de seus alelos na população a qual o indivíduo pertence, visto que essa varia entre diferentes populações. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo determinar a freqüência alélica de cinco STRs do cromossomo X (DXS6854, DXS7424, DXS101, DXS6808 e DXS7132), a fim de avaliar a contribuição destes marcadores, através de cálculos estatísticos, na prática forense e em testes de paternidade. Foram coletadas amostras de esfregaço bucal, através de swab bucal, sendo depositado em cartão de coleta, e/ou sangue, através de punção digital depositada em cartão de coleta, em 243 sujeitos da pesquisa, sendo estes indivíduos não aparentados, residentes no Estado de São Paulo. A extração do DNA foi realizada a partir do Kit DNA IQ® (Promega), de acordo com as normas do fabricante e, na reação de PCR, utilizou-se um multiplex desenvolvido pela empresa BIOCOD (Belo Horizonte, MG), sendo a tipagem dos loci obtida através de corrida eletroforética, em gel de poliacrilamida desnaturante, no seqüenciador automático AlfExpress® (Amersham Biosciences). Os resultados foram analisados através dos programas PowerStats ver. 12 (Promega®) e Arlequin ver. 3.1. Como resultados principais foram observados: a grande variabilidade de alelos presentes na população estudada para os STRs selecionados; que o Poder de Discriminação em mulheres variou de 0,658 (DXS6808) a 0,975 (DXS101), assim como em homens entre 0,451 (DXS6808) e 0,881 (DXS101); as chances de exclusão foram calculadas em duas situações, par pai/filha (MECD) e trio pai/mãe/filha (MECT), sendo os melhores resultados apresentados pelo DXS101; além de verificar que a diversidade haplotípica (nas amostras masculinas) foi de 0,9993, indicando uma Probabilidade de Coincidência menor que 0,0007. Sendo assim, é possível concluir que, com exceção do DXS6808, os demais loci STR permitem uma boa aplicação na prática forense, permitindo sua utilização para cálculo estatístico em análises de identificação humana e testes de parentesco. / The forensic identification through DNA analysis is, frequently, done by the study of DNA?s polymorphic regions, such as STR, short tandem repeats. In order to use these markers in human identification, it?s necessary to know the allelic distribution in the population in wich the person belongs. This research aimed to settle the allelic frequencies of five X-chromosome?s STR (DXS6854, DXS7424, DXS101, DXS6808 e DXS7132) and analysis the contribution of these markers, through statistical parameters, in forensic activities and paternity tests. For this, samples of oral rub were collected by oral swab, being deposited on collect card, and/or blood by digital punction, deposited on collect card, with 243 research subject, being not related, living at Sao Paulo State, Brazil. The DNA extraction was performed using Kit DNA IQ® (Promega), according to manufacturer rules and, at PCR, was used a multiplex developed by BIOCOD (Belo Horizonte, Minas Gerais State), being the loci typifying obtained by eletrophoretical procedure, on polyacrilamid gel, using AlfExpress® (Amersham Biosciences). The results were statistically analyzed by PowerStats ver. 12 (Promega®) and Arlequin ver. 3.1 programs. The principal results showed: the great allele variability in this population sample to the selected STRs; that Power of Discrimination in women varied from 0.658 (DXS6808) to 0.975 (DXS101), as well as in men between 0.451 (DXS6808) and 0.881 (DXS101); the mean exclusion chance were calculated at two conditions, pair father/daughter (MECD) and trios involving daughters (MECT), being the best results performed by DXS101; and verify that haplotipical diversity (in men samples) was 0.9993, showing a Chance of Coincidence under 0.0007. In this way, it?s possible to conclude that, with exception of DXS6808, the other STRs loci studied can be used at forensic practice, using for statistical math in human identification and kinship testing.

Orientadores: Andréa Trevas Maciel Guerra, Maricilda Palandi de Mello / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-23T00:38:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos_AnaPaulados_M.pdf: 2717833 bytes, checksum: 8a3a2ff5cccd42ca60c0bc51ba3b0067 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: As disgenesias gonadais parcial (DGP) e mista (DGM) caracterizam-se por ambiguidade genital e presença de gônada disgenética associada a testículo disgenético ou dois testículos disgenéticos. Na DGP o cariótipo é 46,XY; na DGM, há mosaico 45,X/46,XY ou suas variantes (mais de duas linhagens e (ou) anomalias estruturais do cromossomo Y). Esses mosaicos podem determinar, ainda, fenótipo feminino com síndrome de Turner (ST), distúrbio da diferenciação do sexo ovotesticular (DDS OT) e esterilidade em homens com genitais normais. Independentemente do fenótipo gonadal e genital, esses indivíduos apresentam outros sinais clínicos decorrentes da linhagem 45,X, como baixa estatura, dismorfismos, anomalias cardíacas e renais e diversas afecções adquiridas. Nos últimos anos surgiram evidências de ligação entre microdeleções do Y e o mosaicismo com linhagem 45,X. Há, ainda, indicações de que a instabilidade cromossômica trazida por essas deleções possa ser mais pronunciada nas gônadas. O objetivo deste trabalho foi investigar a presença de microdeleções do Y em indivíduos com DGP e naqueles com mosaico 45,X/46,XY ou suas variantes e diferentes fenótipos. A casuística constou de 15 indivíduos com DGP e 15 com mosaicismo, dos quais a maioria apresentava DGM (11 casos). Foram analisados 38 sequence tagged sites (STS) cobrindo a região específica masculina (MSY, male specific region) em Yp, centrômero e Yq por meio da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex e individual. Todos os STS investigados nos indivíduos com DGP tiveram amplificação positiva, porém havia STS de Yq ausentes em seis indivíduos com mosaicismo e DGM, dos quais dois sem alterações estruturais de Y evidentes ao cariótipo. Essas deleções se localizavam em regiões contendo genes relacionados à espermatogênese (AZFb e AZFc - azoospermia factor). A ausência de deleções nos indivíduos com DGP não confirma a hipótese de que a instabilidade desse cromossomo nas gônadas seja uma das causas dessa afecção. Por outro lado, as deleções encontradas no segundo grupo indicam, em alguns casos, associação entre alterações estruturais do Y detectáveis somente a nível molecular e o surgimento de mosaicismo. Caso sejam criados no sexo masculino e busquem procedimentos de fertilização in vitro, há risco de que esses indivíduos transmitam cromossomos Y instáveis na divisão celular / Abstract: Partial and mixed gonadal dysgenesis (PGD and MGD) are characterized by genital ambiguity and the finding of either a streak gonad and a dysgenetic testis or two dysgenetic testes. In PGD there is a 46,XY karyotype, whereas in MGD there is a 45,X/46,XY mosaic or its variants (more than two lineages and/or structural abnormalities of the Y chromosome). These mosaics are also compatible with a female phenotype and Turner syndrome, ovotesticular disorder of sex development, and infertility in men with normal external genitalia. Regardless of the gonadal and genital phenotypes, these individuals present other clinical features associated with the 45,X cell line, including short stature, dysmorphisms, cardiovascular and renal anomalies and various acquired diseases. During the last few years, evidences of a link between Y microdeletions and 45,X mosaicism have been reported. There are also indications that the instability caused by such deletions might be more significant in germ cells. The aim of this work was to investigate the presence of Y chromosome microdeletions in individuals with PGD and in those with 45,X/46,XY mosaicism or its variants and variable phenotypes. Our sample comprised 15 individuals with PGD and 15 with mosaicism, most of them with a MGD phenotype (n=11). Thirty-eight sequence tagged sites (STS) spanning the male specific region (MSY) on the Y chromosome (Yp, centromere and Yq) where analyzed by multiplex PCR and some individual reactions. All STS showed positive amplifications in the PGD group. Conversely, in the group with mosaicism, six individuals with MGD had been identified with Yq microdeletions, two of them did not have structural abnormalities of the Y chromosome recognized by routine cytogenetic analysis. The deleted STSs were located within AZFb and AZFc (Azoospermia Factor) regions, which harbor several genes responsible for spermatogenesis. Absence of deletions in individuals with PGD does not confirm the hypothesis that instability of the Y chromosome in the gonads could be one of the causes of such condition. However, deletions identified in the second group indicate that mosaicism may be associated with Y chromosome abnormalities detectable only at the molecular level. If patients with mosaicism and Y microdeletions reared as males decide to undergo in vitro fertilization, Y chromosomes which tend to be unstable during cell division may be transmitted to offspring / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestra em Ciências Médicas