Orientador: Renate Krause Sakate / Coorientadora: Kelly Cristina Gonçalves Rocha / Banca: Marcelo Agenor Pavan / Banca: Nobuyoshi Narita / Banca: Jorge Alberto Marques Rezende / Banca: Tatiana Mituti / Resumo: A melancia (Citrullus lanatus) é considerada uma das cucurbitáceas mais importantes no mundo e o Brasil é o quarto maior produtor, com área total cultivada de 90.000 ha e produção média de cerca de dois milhões de toneladas. No Brasil, há várias espécies de vírus descritas em melancia pertencentes ao gênero Potyvirus, Cucumovirus, sendo Zucchini lethal chlorosis virus a única espécie até então relatada no gênero Tospovirus. Considerando a alta incidência de plantas de melancia exibindo sintomas causados por vírus durante as safras 2012/2013 e a presença de tripes no campo, este trabalho teve como objetivo a identificação e caracterização do vírus e do vetor associado a sua transmissão. No primeiro capítulo intitulado "Citrullus lanatus is a new natural host of Groundnut ringspot virus in Brazil", foi relatada a ocorrência de Groundnut ringspot virus (GRSV) em melancia ocasionando mosaico, deformações e lesões necróticas em folhas e manchas necróticas nos frutos. O GRSV foi coletado durante os anos de 2012 e 2013 nas regiões produtoras dos municípios de Presidente Prudente e Marília. O isolado de GRSV de melancia apresentou um círculo de hospedeiros semelhante aos isolados de GRSV provenientes de solanáceas, com a excessão de não infectar tomateiro cv. Santa Clara e Mariana. Espécimes de tripes coletados no campo foram capazes de transmitir o GRSV para melancia, pimentão e espécies de Nicotiana. Este foi o primeiro relato de infecção natural de melancia por GRSV. No segundo capítulo intitulado "A Taqman real-time RT - PCR assay for detection of Groundnut ringspot virus" foi possível detectar o GRSV por PCR quantitativo (qPCR) em amostras de melancia e em tripes individuais coletados no campo. A detecção do GRSV por qPCR poderá servir como uma ferramenta útil nos ... / Abstract: Watermelon (Citrullus lanatus) is considered one of the most important cucurbits in the world and Brazil is the fourth largest producer, with a total cultivated area of 90.000 ha and average production of about two million tons. In Brazil, viruses described in watermelon belong to the genus Potyvirus and Cucumovirus and Zucchini lethal chlorosis virus is the only species of Tospovirus genre described on this culture. Considering the high incidence of watermelon plants showing symptoms caused by virus during the 2012/2013 seasons and the presence of thrips in the field, the virus and the vector associated with the disease was identified and characterized. In the first chapter entitled "Citrullus lanatus is a new natural host of Groundnut ringspot virus in Brazil", the species of tospovirus Groundnut ringspot virus(GRSV) was reported causing mosaic, deformation and necrotic lesions on leaves and fruits of watermelon. The GRSV was collected during the years 2012 and 2013 in producing areas of Presidente Prudente and Marília. GRSV from watermelon, differently from GRSV strains found on solanaceas, didn't infected tomato plants cv. Santa Clara and Mariana. Thrips specimens collected in the field were able to transmit GRSV to watermelon, peppers and Nicotiana species. This was the first report of natural infection of watermelon by GRSV. In the second chapter entitled "A Taqman real-time RT - PCR assay for detection of Groundnut ringspot virus" a quantitative PCR test was developed to efficiently detect GRSV from watermelon and from individual thrips. The test might be useful to detect GRSV and for further studies with this virus. The third chapter " Efficient detection of Frankliniella schultzei (Thripidae: Thysanoptera) by real-time PCR" reports the efficient detection of Frankliniella schultzei by the analysis of the mitochondrial gene cytochrome oxidase I (mtCOI). Thrips samples were ... / Doutor

Orientador: Raquel Ghini / Resumo: O presente trabalho teve como objetivos comparar métodos de monitoramento de resistência de Sphaerotheca fuliginea, causador de oídio em cucurbitáceas, a fungicidas; avaliar a sensibilidade de isolados procedentes de vários locais a fungicidas e verificar a influência de doses de fungicidas na sensibilidade do patógeno. Foram comparados três variações de métodos de avaliação de resistência com discos cotiledonares: flutuando e imersos em solução aquosa do fungicida e retirados de plantas de pepino pulverizadas com fungicida. As culturas foram incubadas por 12 dias em sala de crescimento (222ºC e 12 h luz) e então avaliadas pela área foliar colonizada pelo patógeno. A sensibilidade de isolados, coletados na BA, no DF, em MG, RS e SP, foi verificada pelo método do disco foliar flutuando em solução do fungicida e a inoculação, as condições de crescimento e a avaliação conforme descrito acima. Determinou-se a concentração mínima inibitória (CMI) dos isolados para os fungicidas fenarimol (FE) e tebuconazole (TE) (nas concentrações de 0; 0,001; 0,01; 0,1 e 1 g.mL-1); benomyl (BE) e tiofanato metílico (TM) (0; 6,3; 12,5; 25 e 50 g.mL-1) e azoxystrobin (AZ) (0; 0,001; 0,003; 0,005; 0,01; 0,03; 0,05; 0,1; 0,3; 0,5 e 1 g.mL-1). Para verificar as mudanças na sensibilidade e comparar a eficiência dos fungicidas, foram realizados dois ensaios, com dois cultivos. Plantas de pepino foram cultivadas em vasos em casa de vegetação e inoculadas naturalmente com oídio. No primeiro ensaio, as plantas foram tratadas com água, FE, TE e BE nas doses recomendadas. Foram feitas quatro aplicações com intervalo de 15 dias. Isolados foram coletados de cada tratamento antes das aplicações e o método do disco foliar flutuando em solução do fungicida foi utilizado para verificar a sensibilidade através da CMI...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this work was to compare methods for monitoring fungicide resistance of Sphaerotheca fuliginea, causal agent of powdery mildew of cucurbits; evaluate the fungicide sensitivity of isolates from many locals and to study the influence of fungicide doses in the sensitivity of the pathogen. Three variations of resistance methods were compared by floating and dipping cotyledon leaf disks in fungicide aqueous solution and obtained from cucumber plants treated with fungicide. The cultures were incubated at growth room (22±2ºC with a 12 h photoperiod) for 12 days before the evaluation of colonized foliar area by the pathogen. The fungicide sensitivity of isolates collected in BA, in DF, in MG, RS and SP, Brazil, was tested on cotyledon leaf disks floating on solution of the fungicide and the inoculation, the growth conditions and the evaluation were as described above. It was determined the minimum inhibit concentration (MIC) of the isolates for the fungicides fenarimol (FE) and tebuconazole (TE) (at the concentrations of 0; 0,001; 0,01; 0,1 and 1 g.mL-1); benomyl (BE) and thiophanate methyl (TM) (0; 6,3; 12,5; 25 and 50 g.mL-1) and azoxystrobin (AZ) (0; 0,001; 0,003; 0,005; 0,01; 0,03; 0,05; 0,1; 0,3; 0,5 and 1 g.mL-1). To verify the changes in the sensitivity and to compare the efficiency of the fungicides two tests was carried out, repeated twice. Cucumber plants were growth in pots in a greenhouse and inoculated with powdery mildew. In the first test, the plants were treated with water, FE, TE and BE in the recommended...(Complete abstract, click electronic access below) / Doutor

O Papaya ringspot virus (PRSV) é uma espécie do gênero Potyvirus, sendo que a maioria dos isolados pertence a duas estirpes distintas: "papaya" (P) e "watermelon" (W). O Papaya ringspot virus - estirpe W (PRSV-W) tem sido considerado um dos vírus mais importantes no cultivo de cucurbitáceas pela predominância e pelos prejuízos significativos que causa no Brasil. O controle do mosaico da abobrinha-de-moita, causado pelo PRSV-W, tem sido obtido de forma satisfatória através da premunização com as três estirpes fracas, designadas PRSV-W–1, PRSV-W–2 e PRSV-W-3. O principal objetivo desse estudo foi comparar essas estirpes fracas com estirpes severas PRSV-W-C, PRSV-W-PR e PRSV-W-PE, com base na seqüência de nucleotídeos do gene que codifica a proteína da capa protéica e na mobilidade dessa proteína em SDS-PAGE. A seqüência de nucleotídeos da capa protéica das estirpes fracas PRSV-W-1 e PRSV-W-2 apresentou 100 % de homologia. Quando comparadas com a estirpe fraca PRSV-W-3, a homologia foi de 98 %. As estirpes fracas PRSV-W–1 e PRSV-W–2 apresentaram 95 % de homologia com as estirpes severas PRSV-W-C e PRSV-W-PE. Essas duas estirpes severas, por sua vez, apresentaram respectivamente, 93 e 95 % de homologia com a estirpe fraca PRSV-W-3. O alinhamento das seqüências de nucleotídeos entre as estirpes fracas e as severas evidenciou a inserção de 6 nucleotídeos na região conservada desse gene nas estirpes fracas. Essa inserção refletiu na adição de dois amino ácidos (Asn e Asp) na seqüência de amino ácidos deduzidos dessa proteína. A mobilidade da capa protéica em SDS-PAGE foi semelhante para todas as estirpes estudadas. / Papaya ringspot virus (PRSV), a species of the enus Potyvirus, is classified into two strains: "papaya" (P) and "watermelon" (W). Papaya ringspot virus - type W (PRSV-W) has been considered one of the most important viruses infecting cucurbits in Brazil due to its predominance and significative damage caused on the crops. The control of the disease caused by this virus has been efficiently achieved by means of cross protection with three mild strains, namely PRSV-W-1, PRSV-W-2, and PRSV-W-3. The main purpose of the present study was to compare these mild strains with the severe strains PRSV-W-C, PRSV-W-PR, and PRSV-W-PE, based on the nucleotide sequence of the coat protein gene and on the mobility of the capsid protein in SDS-PAGE. The nucleotide sequence of the coat protein gene of the mild strains PRSV-W-1 and PRSV-W-2 showed 100 % of homology. When compared with the coat protein gene of the mild strain PRSV-W-3, the homology was 98 %. The mild strains PRSV-W-1 and PRSV-W-2 showed 95 % of homology with the severe strains PRSV-W-C and PRSV-W-PE. These two severe strains, otherwise, showed respectively, 93 and 95 % of homology with the mild strain PRSV-W-3. The alignment of the nucleotide sequences of the mild and the severe strains indicated an insertion of 6 nucleotides in the conserved region of the coat protein gene of the mild strains. This insertion reflected on the addition of two amino acids (Asn e Asp) in the amino acid deduced sequence of this protein. The mobility of the coat protein in SDS-PAGE was similar for all the strains studied.

Orientador: Delia Rodriguez-Amaya / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-03T18:33:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Meleiro_CristianeHessDeAzevedo_D.pdf: 38178141 bytes, checksum: 808102acb64933dd578d4f019516bf01 (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: Estudos multidisciplinares mais recentes apontam as funções dos carotenóides não apenas como corantes naturais, mas como fitoquímicos com atuação benéfica à saúde humana. Uma vez que as atividades biológicas estão intimamente ligadas às estruturas e as concentrações dos carotenóides, há grande necessidade de dados analíticos confiáveis. O esforço no campo analítico vem testemunhando as dificuldades inerentes da análise de carotenóides e apesar dos avanços conquistados em instrumentação e no reconhecimento das fontes de erros, erros analíticos persistem na literatura internacional. A crescente utilização da cromatografia líquida de alta eficiência (CLAE) em carotenóides e a utilização da espectrometria de massas vem ganhando destaque nos artigos científicos e permitindo aos pesquisadores da área de alimentos contar com mais ferramentas de identificação e quantificação. O Capítulo 1 apresenta uma revisão bibliográfica sobre a evolução e aplicação da CLAE-EM na análise de carotenóides em alimentos, mostrando as suas vantagens bem como as suas limitações. Os capítulos 2 e 3 demonstram os efeitos do estádio de maturação, estação do ano e processamento mínimo nos teores de carotenóides em verduras folhosas -(couve, chicória e espinafre). Em verduras minimamente processadas, adquiridas -do mercado em Campinas, os carotenóides luteína, ?-caroteno, violaxantina e neoxantina apresentaram-se significativamente maiores no verão do que no inverno, com exceção do ?-caroteno da couve, que não variou significativamente. Em verduras minimamente processadas, estocadas em sacos plásticos por cinco dias a 7-9 °C, houve perdas de 14-42%, 19-32%,12-20%, 8-31 % para ?-caroteno, luteína, violaxantina e neoxantina, respectivamente, as maiores perdas acontecendo em espinafre, com exceção de neoxantina que degradou mais em couve. O efeito do estádio de maturação diferiu entre as folhas. Em couve, o ?-caroteno e a luteína foram significativamente mais alto em folhas maduras, violaxantina apresentou-se maior nas folhas jovens e neoxantina ficou em teores semelhantes. Em chicória, os carotenóides tiveram concentrações duas a quatro vezes maiores nas folhas maduras. Por outro lado, as folhas mais jovens de espinafre contiveram níveis ligeiramente mais altos de carotenóides. Sendo vegetais mundialmente produzidos e consumidos, servindo de base de alimentação de algumas regiões mais carentes, as abóboras e morangas foram investigadas no Capítulo 4. Tendo perfis semelhantes, a C. moschata cv. "Menina Verde" apresentou 67,7±9,1 ?g/g de ?-caroteno, 26,8±5,1 ?g/g de ?-caroteno, 17,4±3,5 ?g/g de luteína e 7,8±2,1 ?g/g de neoxantina, enquanto que a C. moschata cv. "Goianinha" teve 56,7±7,6 ?g/g, 23,8±3,3 ?g/g, 18,3±5,0 ?g/g e 6,3±1,7 ?g/g, respectivamente, para os mesmos carotenóides. A luteína (56,6±9,7 ?g/g) foi o principal carotenóide do híbrido "Tetsukabuto", seguido por ?-caroteno (30,5±5,4 ?g/g), violaxantina (21,9±5,0 ?g/g) e neoxantina (14,4±3,0 ?g/g). Por outro lado, em C. maxima cv. "Exposição", a violaxantina (20,6±3,3 ?g/g) predominou, tendo ainda ?-caroteno (1S,4±4,2 ?g/g), luteína (10,7±3,9 ?g/g) e neoxantina (9,8±1,9 mg/g). O C. pepo cv. "Mogango" foi o que apresentou teores menores, apresentando apenas 9,8±2,9 ?g/g luteína, 6,9±2,2 ?g/g violaxantina, 5,4±1,6 ?g/g ?-caroteno e 3,6±1,4 ?g/g neoxantina. Os Capítulos 5 e 6 trataram da confirmação da identidade dos carotenóides de frutas brasileiras, utilizando parâmetros tradicionais como comportamento cromatográfico em coluna e camada delgada, reações químicas e espectros de absorção e parâmetros modernos como a cromatografia líquida de alta eficiência com detector de conjunto de diodos e acoplada a espectrometria de massas. Observou-se que o uso em conjunto dos parâmetros tradicionais foi suficiente para identificar os carotenóides conhecidos. A espectrometria de massas confirmou as identificações por estes parâmetros, reforçando especialmente a identificação dos carotenos (carotenóides hidrocarbonetos) pelo fornecimento de fórmulas moleculares contendo apenas carbono e hidrogênio. Em acerola o carotenóide majoritário foi o ?-caroteno, seguido por luteína, violaxantina, ?-criptoxantina, neoxantina, a-caroteno e cis-?-caroteno. Em camu-camu houve predominância de luteína, tendo ainda ?-caroteno, zeaxantina, neoxantina, ?-criptoxantina, ?-caroteno-5,6-epóxido e cis-?-caroteno. Nas três cultivares de manga o destaque foi para violaxantina, cis-violaxantina e ?-caroteno. Foram também identificados como carotenóides minoritarios neoxantina, luteína, zeaxantina, ?-criptoxantina, ?-caroteno-5,6-epóxido, ?-caroteno e cis-??-caroteno. Para melão-laranja o carotenóide principal foi o ?-caroteno, tendo também luteína, ?-caroteno-5,6-epóxido, ?-caroteno e cis-?-caroteno. Em pequi violaxantina, luteína e zeaxantina foram os majoritários, com ?-criptoxantina, ?-caroteno e neoxantina em pequenas quantidades. Pitanga apresentou rubixantina, cis-rubixantina, licopeno e ?-criptoxantina como carotenóides principais, com violaxantina, luteína, zeaxantina, ?-caroteno-5,6-epóxido, cis-licopeno, ?-caroteno e ?-caroteno como minoritários. Para uma identificação conclusiva dos carotenóides conhecidos de frutas o espectro de absorção e as reações químicas de identificação de estrutura mostraram ser suficiente. A espectrometria de massas tem sua importância para carotenóides desconhecidos ou como complemento de identificação. Sendo vegetais muito consumidos no Brasil e no mundo, pimentões foram estudados no Capítulo 7. Os parâmetros tradicionais (comportamento cromatográfico, espectro de absorção na região UV-visível e reações químicas) foram suficientes para identificar conclusivamente a maioria dos carotenóides, porém, a espectrometria de massas foi necessária para identificar conclusivamente a capsantina e capsorubina. Os principais carotenóides do pimentão amarelo (híbrido F1 Amanda) foram violaxantina (27,13 a 36,57 ?g/g), luteína (5,30 a 9,30 ?g/g) e f3-caroteno (1,56 a 3,91 ?g/g). Em pimentão vermelho (híbrido F1 Magali) os carotenóides majoritários foram: capsantina (29,15 a 36,18 ?g/g), seguida por f3-caroteno (5,06 a 6,83 ?g/g), luteína (5,84 a 8,66 ?g/g) e violaxantina (1,84 a 3,58 ?g/g) / Abstract: Recent multidisciplinary studies have shown functions or actions of carotenoids, not only as natural pigments, but also as phytochemicals with beneficial effects on human health. Since the biological activities are intimately related to the structures and concentrations of the carotenoids, there is a great need for reliable analytical data. Efforts in the analytical field have demonstrated the inherent difficulties of carotenoid analysis and, in spite of advances in instrumentation and in the recognition of the sources of errors, analytical errors persist in the literature. The increased utilization of high performance liquid chromatography (HPLC) and the use of mass spectrometry (MS) have gained prominence in scientific articles, giving researchers in the area more tools for identification and quantification. Chapter 1 presents a literature review on the evolution and application of HPLC-MS in carotenoid analysis of foods, demonstrating the advantages as well as the limitations. Chapters 2 and 3 show the effects of the stage of maturity, season and minimal processing on the carotenoid levels of leafy vegetables (kale, endive and New Zealand spinach). In minimally processed vegetables, marketed in Campinas, lutein, ?-carotene, violaxanthin and neoxanthin were significantly higher in the summer than in winter, with the exception of ?-carotene in kale which did not vary significantly. In minimally processed vegetables, stored in plastic bags for five days at 7-9°C, losses of 14-42%, 19-32%,12-20% and 8-31% were observed in ?-carotene, lutein, violaxanthin and neoxanthin, respectively, the losses being greater in New Zealand spinach, except for neoxanthin which degraded more in kale. The effect of the stage of maturity differed among the leaves. In kale, ?-- carotene and lutein were signiticantly higher in the mature leaves, violaxanthin was higher in the young leaves and neoxanthin had similar levels in the mature and young leaves. In endive, the carotenoids had concentrations two to four times greater in the mature leaves. On the other hand, the young leaves of New Zealand spinach had levels slightly greater than those of the mature leaves. Being vegetables produced and consumed worldwide, serving as a major component of the diet of some of the poor regions, squashes and pumpkins were investigated in Chapter 4. Having similar patterns, C. moschata cv. "Menina Verde" had 67.7±9.1 ?g/g ?-carotene, 26.8 i: 5.1 ?g/g ?-carotene, 17.4 i: 3.5 ?g/g lutein and 7.8 i: 2.1 ?g/g neoxanthin, while C. moschata cv. "Goianinha" contained 56.7 i: 7.6 ?g/g, 23.8 i: 3.3 ?g/g , 18.3 i: 5.0 ?g/g and 6.3 i: 1.7 ?g/g, respectively, of the same carotenoids. Lutein (56.6 i: 9.7 ?g/g) was the principal carotenoid of the hybrid "Tetsukabuto," followed by ?-carotene (30.5i: 5.4 ?g/g), violaxanthin (21.9 i: 5.0 ?g/g), and neoxanthin (14.4 i: 3.0 ?g/g). On the other hand, in C. Maxima cv. "Exposição", violaxanthin (20.6 i: 3.3 ?g/g) predominated, ?-carotene (15.4 i: 4.2 ?g/g), lutein (10.7 i: 3.9 ?g/g) and neoxanthin (9.8 i: 3.9 ?g/g) being also present. C. pepo cv. "Mogango" had the lowest levels, having only 9.8 :t 2.9 ?g/g lutein, 6.9 :t 2.2 ?g/g violaxanthin, 5.4 :t 1.6 ?g/g ?-carotene and 3.6 :t 1.4 ?g/g neoxanthin. Chapters 5 and 6 dealt with the confirmation of the identity of the carotenoids of Brazilian fruits, using traditional parameters such as chromatographic behavior in column and thin layer, chemical reactions and absorption spectra, as well as modem parameters through HPLC with photodiode array and mass detectors. It was observed that the combined use of the traditional parameters was sufficient to identify known carotenoids. Mass spectrometry confirmed the identifications obtained by these parameters, especially the identification of carotenes (hydrocarbon carotenoids), by fumishing molecular formulas having only carbon and hydrogen. In acarola, the major carotenoid was ?-carotene, followed by lutein, violaxanthin, ?-cryptoxanthin, neoxanthin, ?-carotene and cis-??-carotene. In camu-camu, there was a predominance of lutein, ?-carotene, zeaxanthin, neoxanthin, ?-cryptoxanthin, ?-carotene-5,6-epoxide and cis-?-carotene being also found. In three cultivars of mango, the major carotenoids were violaxanthin, cis-violaxanthin and ?-carotene. Neoxanthin, lutein, zeaxanthin, ?-cryptoxanthin, ?-carotene-5,6-epoxide, ?-carotene and cis-?-carotene were also identified as minor constituents. In cantaloupe, the principal carotenoid was ?-carotene, lutein, ?-carotene-5,6-epoxide, ?-carotene and cis-??-carotene being also present. In pequi, violaxanthin, lutein and zeaxanthin were the main carotenoids, with ?-cryptoxanthin and ?-carotene in small amounts. Pitanga had rubixanthin, cis--rubixanthin, Iycopene and ?-cryptoxanthin as principal carotenoids, with violxanthin, lutein, zeaxanthin, ?-carotene-5,6-epoxide, cis-Iycopene, ?-carotene and ?-carotene as minor carotenoids. For the conclusive identification of known carotenoids in fruits, the absorption spectrum and the chemical reactions for structure identification were shown to be sufficient. Mass spectrometry is important for unknown carotenoids and as a complement of identification. Being widely consumed vegetables in Brazil and the world, pepper was studied in Chapter 7. The traditional parameters (chromatographic behavior, absorption spectrum in the UV-visible region and chemical reactions) were sufficient in identifying conclusively majority of the carotenoids. However, mass spectrometry was necessary for the conclusive identification of capsanthin and capsorubin. The principal carotenoids of yellow pepper F1 Amanda hybrid) were violaxanthin (27.13 to 36.57 ?g/g) , luteina (5.30 to 9.30 ?g/g) and ?-carotene (1.56 to 3.91 ?g/g). In red pepper (F1 Magali hybrid), the major carotenoids were: capsanthin (29.25 to 36.18 1l9/g), followed by ?-carotene (5.06 to 6.83 ?g/g), lutein (5.84 to 8.66 ?g/g) and violaxanthin (1.84 to 3.58 ?g/g) / Doutorado / Doutor em Ciência de Alimentos

Orientadores: Felipe Rodrigues da Silva, Francisco Pereira Lobo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-27T12:42:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Castro_GiovanniMarquesde_M.pdf: 8706589 bytes, checksum: bd5b5d6428a549bafa82854367f811b9 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: A planta Fevillea cordifolia L. possui um grande potencial para produção de biodiesel. Buscando entender o metabolismo foi realizado um experimento exploratório de RNA-seq com sementes inteiras. No entanto, as análises da qualidade na biblioteca indicaram grande quantidade de sequências virais. Após a reconstrução do transcriptoma usando o programa TRINITY, também foi reconstruído o genoma completo do vírus. O vírus reconstruído possui identidade de 96% com o Papaya ringspot virus (PRSV) em um alinhamento global de nucleotídeos dos genomas completos. Avaliando a abundância dos contigs, o PRSV encontrado representa quase 60% das 24,6 milhões de leituras da biblioteca. Para identificar qual a origem do vírus encontrado, este foi comparado com 29 PRSVs existentes no Genbank através de análise filogenética usando do Algerian watermelon mosaic virus (AWMV) para enraizar a árvore. O vírus encontrado agrupa-se com os dois PRSVs do Brasil, dentro do grupo das Américas estando mais próximo do PRSV-W-C (DQ374152). A existência de recombinações entre os PRSVs foi analisada, porém não foi detectada recombinação recente. Devido à profundidade de sequenciamento maior que 10.000x, foi possível analisar as variações existentes do genoma viral reconstruído. Uma análise das variações dos códons virais foi realizada, mostrando uma tendência para ocorrência de indels para a região do genoma no fim do cístron NIb e início do cístron CP. Essas variações ocorrem devido à existência de haplótipos virais na amostra sequenciada. Para se estimar a diversidade de haplótipos virais da amostra, foi realizada uma reconstrução local da região de 500 nt com mais alta entropia. Foram reconstruídos 58 haplótipos, dos quais dois eram predominantes com frequências de 64,84% e 24,34%. Os haplótipos reconstruídos podem ser usados para o desenvolvimento de resistência mediada por RNAi, evitando que uma variante conhecida e preexistente na população possa quebrar a resistência / Abstract: The plant Fevillea cordifolia L. has a great potential for producing biodiesel. In order to understand its metabolic pathways an exploratory RNA-seq experiment was conducted with its whole-seeds. However the quality analysis of the library revealed a substantial amount of virus sequences. After the reconstruction of the transcriptome using the software TRINITY, the complete viral genome was obtained as well. The reconstructed viral genome had an identity of 96% with Papaya ringspot virus (PRSV) in a global nucleotide alignment using whole genomes. When estimating the abundance of the reconstructed sequences, this PRSV had almost 60% of the 24,6 million reads mapping to it. Aiming to elucidate the origin of this virus, its sequence was compared to 29 PRSVs from Genbank using phylogenetic analysis and the Algerian Watermelon Mosaic Virus (AWMV) as an outgroup. This PRSV clustered with the Brazilian isolates, being closer to PRSV-W-C (DQ374152). A recombination analysis was performed within the PRSVs but no recent recombination was detected. Due to the depth of the coverage sequencing being higher than 10.000x, it was possible to analyze the variations existing in the reconstructed genome. An analysis of the codons variations was performed, revealing a tendency for the occurrence of indels in a region at the end of NIb cistron and at the start of the CP cistron. These variations occur due to the existence of viral haplotypes sequenced in this sample. A local reconstruction of the 500nt region with the highest entropy was performed to estimate the diversity of viral haplotypes in this sample. 58 haplotypes were reconstructed, of which 2 were dominant with frequencies of 64,84% and 24,34%. The reconstructed haplotypes may be used for the development of RNAi-mediated resistance, avoiding the breaking of the resistance by variants that are known to exist in the population / Mestrado / Bioinformatica / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Antonio Ismael Inácio Cardoso / Banca: João Nakagawa / Banca: Hélio Grassi Filho / Banca: Cristiaini Kano / Banca: Pâmela Gomes Nakada Freitas / Resumo: Objetivou-se avaliar o efeito de doses e parcelamentos da adubação nitrogenada em cobertura na produção e teor de macronutrientes de frutos imaturos de abobrinha-demoita. Foram conduzidos dois experimentos, com treze tratamentos, no esquema fatorial 4x3+1, com quatro doses de nitrogênio em cobertura (62,5; 125,0; 187,5; 250,0 kg ha-1 de N), três parcelamentos (1 6 ⁄ + 1 3 ⁄ + 1 2 ⁄ ; 1 4 ⁄ + 1 2 ⁄ + 1 4 ⁄ e 1 3 ⁄ + 1 3 ⁄ + 1 3 ⁄ ) e um tratamento sem adubação em cobertura (dose zero), com quatro repetições. Os experimentos 1 e 2 foram conduzidos no ano de 2014 e 2015, respectivamente. Foram avaliados número de frutos total e comercial por planta, produção (g planta-1) total e comercial, comprimento, diâmetro e massa média de fruto comercial. Apenas no experimento 2 foi avaliado o teor de macronutrientes nos frutos. No experimento 1, o parcelamento 1 4 ⁄ + 1 2 ⁄ + 1 4 ⁄ proporcionou maior número de frutos total e comercial. No experimento 2, o aumento das doses nos parcelamentos 1 6 ⁄ + 1 3 ⁄ + 1 2 ⁄ e 1 3 ⁄ + 1 3 ⁄ + 1 3 ⁄ proporcionou incremento linear na produço de frutos total e comercial. A ordem decrescente de teores de macronutrientes nos frutos imaturos, foi de K>N>P>Ca>Mg>S. / Abstract: We evaluated the effect of nitrogen fertilization rates and plots on yield and macronutrient content of immature fruits of zucchini. Two experiments were carried out, with thirteen treatments, in the factorial scheme 4x3+1, with four nitrogen rates in top (62.5, 125.0, 187.5, 250.0 kg ha-1 of N), three splitting forms ( 1 6 ⁄ + 1 3 ⁄ + 1 2 ⁄ ; 1 4 ⁄ + 1 2 ⁄ + 1 4 ⁄ and 1 3 ⁄ + 1 3 ⁄ + 1 3 ⁄ ) and one treatment without fertilization in top (zero rate) with four replications. Experiment 1 and 2 were conducted in 2014 and 2015, respectively. Total and commercial fruit number per plant, total and commercial production (g plant1), length, diameter and average commercial fruit mass were evaluated. Only in experiment 2 the macronutrient content in the fruits was evaluated. In experiment 1, the 1 4 ⁄ + 1 2 ⁄ + 1 4 ⁄ splitting provided greater number of total and commercial fruit. In experiment 2, the increase of the rates in the 1 6 ⁄ + 1 3 ⁄ + 1 2 ⁄ and 1 3 ⁄ + 1 3 ⁄ + 1 3 ⁄ splitting resulted in a linear increase in total and commercial fruit production. The decreasing order of macronutrient contents in immature fruits was K>N>P>Ca>Mg>S. / Doutor

Resumo: O manejo de Bemisia tabaci biótipo B tem se tornado um desafio aos agricultores, uma vez que este inseto apresenta elevada capacidade em desenvolver resistência a todas as classes de inseticidas. Na busca por táticas alternativas e menos agressivas para o manejo das moscas-brancas, o uso de genótipos resistentes e a utilização de extratos de vegetais com atividades inseticida e/ou insetistática, têm revelado resultados promissores no combate à B. tabaci biótipo B. Dessa forma, o presente trabalho teve como objetivo avaliar a resistência de genótipos de aboboreiras (Cucurbita spp.) frente a B. tabaci biótipo B, estudar os tipos de resistência envolvidos e avaliar a possível interação no uso desses materiais com extratos aquosos provenientes de espécies da família Meliaceae. Realizou-se também análise bioquímica para confirmação da resistência de alguns genótipos. Para a instalação dos bioensaios, foi mantida uma criação de B. tabaci biótipo B em casa de vegetação. Vinte genótipos de Cucurbita spp. („Alicia AF 9354‟, „Aline AF 9353‟, „Golden Delight‟, „Nova Caravela‟, „Menina Morena‟, „Novita‟, „AF- 6741‟, „Atlas‟, „Bárbara 305‟, „Menina Brasileira‟, „Caserta‟, „Itapuã 301‟, „Tâmara‟, „Samira‟, „Canhão Seca Gigante‟, „Exposição‟, „Novita Plus‟, „Daiane‟, „Formosa‟, „Sandy‟) foram avaliados em ensaios (atratividade, oviposição com e sem chance de escolha, preferência alimentar e antibiose), sob condições de laboratório e casa de vegetação. A atratividade (adultos/cm2) foi avaliada 12, 24, 48 e 72 horas após a liberação. Após a última contagem, foram coletadas folhas para a contagem do número de ovos (com chance de escolha). As... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The management de Bemisia tabaci biotype B has become a challenge to agriculturalists, since this insect presents an elevated capacity to develop resistance to all classes of insecticides. In the search for less aggressive alternative tactics to control whiteflies, both resistant genotypes and vegetal extracts with insecticidal and / or insectistatic activities have revealed promising results for combating B. tabaci biotype B. Thus the present work aimed to evaluate the resistance of squash genotypes (Cucurbita spp.) challenged with B. tabaci biotype B, to study the types of resistance involved and to evaluate possible interactions in the use of these materials with aqueous extracts from species of the family Meliaceae. Biochemical analysis was also performed to confirm the resistance of some genotypes. To install bioassays, a creation of B. tabaci biotype B was maintained in a greenhouse. Twenty genotypes of Cucurbita spp. („Alicia AF 9354‟, „Aline AF 9353‟, „Golden Delight‟, „Nova Caravela‟, „Menina Morena‟, „Novita‟, „AF- 6741‟, „Atlas‟, „Bárbara 305‟, „Menina Brasileira‟, „Caserta‟, „Itapuã 301‟, „Tâmara‟, „Samira‟, „Canhão Seca Gigante‟, „Exposição‟, „Novita Plus‟, „Daiane‟, „Formosa‟, „Sandy‟) were evaluated in assays (attractiveness, oviposition, with and without free choice, feeding preference and antibiosis), under greenhouse and laboratory conditions. Attractiveness (adults/cm2) was evaluated 12, 24, 48 and 72 hours after release. After the final count, leaves were collected to enumerate the number of eggs (with free choice). Areas of leaves were measured to obtain the number of eggs/cm2 and the number of adults/ cm2. An oviposition preference assay was also performed without free choice. Antibiosis assays evaluated... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Edson Luiz Lopes Baldin / Coorientador: Carlos Frederico Wilcken / Banca: Paulo Cesar Bogorni / Banca: Giuseppina Pace Pereira Lima / Banca: André Luiz Lourenção / Banca: Geraldo Andrade Carvalho / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2004-05Bitstream added on 2014-06-13T19:05:25Z : No. of bitstreams: 1 coelho_rg_dr_araiq.pdf: 3502582 bytes, checksum: ab4782e6fdfea5a314ba78bdce08a2c2 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Este trabalho é uma parte de uma investigação de plantas utilizadas na medicina popular pela população que habita a Floresta Tropical Atlântica (Mata Atlântica), região do Vale do Ribeira, estado de São Paulo. Foram estudadas as folhas de duas espécies usadas para o tratamento de úlceras gástricas: Wilbrandia ebracteata (Cucurbitaceae) e Zollernia ilicifolia (Fabaceae). A terceira espécie estudada foi Caesalpinia ferrea (Caesalpiniaceae), usada contra alergia. Os extratos hidrometanólico 70% das espécies Z. ilicifolia e W. ebracteata foram avaliados farmacologicamente em diferentes modelos de indução de úlceras. Para o extrato metanólico de C. ferrea foi avaliada a secreção de mastócitos de pulmão e intestino de cobaia, visando uma comparação com drogas antialérgicas. Os extratos ativos foram fracionados por técnicas cromatográficas e as substâncias identificadas por métodos espectrométricos. Do extrato de Z. ilicifolia foram isoladas saponinas, flavonóides glicosilados e glicosídeos cianogenéticos. O perfil cromatográfico usando HPLC-DAD de Z. ilicifolia combinado ao conhecimento desta espécie permitiu distinguir entre a verdadeira e a falsa espinheiras-santas (Maytenus ilicifolia e Sorocea bomplandii). Em W. ebracteata foram identificados ácidos graxos, além de agliconas de flavonóides e C-glicosídeos. Os flavonóides C-glicosilados isolados de W. ebracteata exibiram significativa atividade antioxidante e baixa atividade citotóxica. Na espécie C. ferrea foram encontrados flavonóides C-glicosilados, triterpenos e um derivado de ácido fenólico. Como conclusão este estudo contribuiu para o conhecimento da química dessas plantas brasileiras que ocorrem na Mata Atlântica e isto pode ser usado como base para a conservação da floresta assim como fonte de compostos para estudos fitoquímicos, farmacológicos, toxicológicos e ecológicos. / This work is part of a systematic investigation of plants used in folk medicines by people that inhabit in Tropical Atlantic Forest (Mata Atlântica), Vale do Ribeira, State of São Paulo. We have studied the leaves of two species used for treatment of gastric ulcers: Wilbrandia ebracteata (Cucurbitaceae) and Zollernia ilicifolia (Fabaceae). The third species investigated was Caesalpinia ferrea (Caesalpiniaceae), used against allergy. The 70% methanolic extracts of Z. ilicifolia and W. ebracteata and the methanolic extract of C. ferrea were submitted to pharmacological assays in different models to evaluate their activies. The active extracts were fractionated by chromatography techniques and the substances were identified by spectrometric methods. From Z. ilicifolia we have isolated saponin, glycosilated flavonoids and cyanogenic glycosides. The chromatographic HPLC-UV-DAD profile of Z. ilicifolia combined to the knowledge of the chemistry of this species allowed to distinguish between true and false “espinheiras-santas” (Maytenus ilicifolia and Sorocea bomplandii). W. abracteata afforded fatty acids as well as flavonoid aglycones and C-glycosides. The C-glycoside flavonoids showed significative antioxidant activity and low citotoxic activity. C. ferrea led to the isolation of C-glycoside flavonoids, triterpenes and phenolic acid derivative. In conclusion, this study contributed to improve the knowledge of the chemistry of Brazilian plants occurring in the Mata Atlântica and can be used as a basis for the forest conservation as well as a source of compounds for phytochemical, pharmacological, toxicological and ecological studies.

Orientador: Wagner Vilegas / Banca: João Batista Fernandes / Banca: Jayro Kenupp Bastos / Banca: Elfriede Marianne Bacchi / Banca: Maysa Furlan / Resumo: Este trabalho é uma parte de uma investigação de plantas utilizadas na medicina popular pela população que habita a Floresta Tropical Atlântica (Mata Atlântica), região do Vale do Ribeira, estado de São Paulo. Foram estudadas as folhas de duas espécies usadas para o tratamento de úlceras gástricas: Wilbrandia ebracteata (Cucurbitaceae) e Zollernia ilicifolia (Fabaceae). A terceira espécie estudada foi Caesalpinia ferrea (Caesalpiniaceae), usada contra alergia. Os extratos hidrometanólico 70% das espécies Z. ilicifolia e W. ebracteata foram avaliados farmacologicamente em diferentes modelos de indução de úlceras. Para o extrato metanólico de C. ferrea foi avaliada a secreção de mastócitos de pulmão e intestino de cobaia, visando uma comparação com drogas antialérgicas. Os extratos ativos foram fracionados por técnicas cromatográficas e as substâncias identificadas por métodos espectrométricos. Do extrato de Z. ilicifolia foram isoladas saponinas, flavonóides glicosilados e glicosídeos cianogenéticos. O perfil cromatográfico usando HPLC-DAD de Z. ilicifolia combinado ao conhecimento desta espécie permitiu distinguir entre a verdadeira e a falsa espinheiras-santas (Maytenus ilicifolia e Sorocea bomplandii). Em W. ebracteata foram identificados ácidos graxos, além de agliconas de flavonóides e C-glicosídeos. Os flavonóides C-glicosilados isolados de W. ebracteata exibiram significativa atividade antioxidante e baixa atividade citotóxica. Na espécie C. ferrea foram encontrados flavonóides C-glicosilados, triterpenos e um derivado de ácido fenólico. Como conclusão este estudo contribuiu para o conhecimento da química dessas plantas brasileiras que ocorrem na Mata Atlântica e isto pode ser usado como base para a conservação da floresta assim como fonte de compostos para estudos fitoquímicos, farmacológicos, toxicológicos e ecológicos. / Abstract: This work is part of a systematic investigation of plants used in folk medicines by people that inhabit in Tropical Atlantic Forest (Mata Atlântica), Vale do Ribeira, State of São Paulo. We have studied the leaves of two species used for treatment of gastric ulcers: Wilbrandia ebracteata (Cucurbitaceae) and Zollernia ilicifolia (Fabaceae). The third species investigated was Caesalpinia ferrea (Caesalpiniaceae), used against allergy. The 70% methanolic extracts of Z. ilicifolia and W. ebracteata and the methanolic extract of C. ferrea were submitted to pharmacological assays in different models to evaluate their activies. The active extracts were fractionated by chromatography techniques and the substances were identified by spectrometric methods. From Z. ilicifolia we have isolated saponin, glycosilated flavonoids and cyanogenic glycosides. The chromatographic HPLC-UV-DAD profile of Z. ilicifolia combined to the knowledge of the chemistry of this species allowed to distinguish between true and false "espinheiras-santas" (Maytenus ilicifolia and Sorocea bomplandii). W. abracteata afforded fatty acids as well as flavonoid aglycones and C-glycosides. The C-glycoside flavonoids showed significative antioxidant activity and low citotoxic activity. C. ferrea led to the isolation of C-glycoside flavonoids, triterpenes and phenolic acid derivative. In conclusion, this study contributed to improve the knowledge of the chemistry of Brazilian plants occurring in the Mata Atlântica and can be used as a basis for the forest conservation as well as a source of compounds for phytochemical, pharmacological, toxicological and ecological studies. / Doutor