Syftet med arbetet var att utveckla en metod för att rena fram cytokrom c-Id1 ur periplasma från Ideonella dechloratans. Inledningsvis undersöktes proteinets stabilitet vid låga pH. Flera olika kromatografiska metoder provades under arbetets gång. Till de inledande experimenten användes flow-through fraktioner från rening av annat protein som startmaterial. Senare försök gjordes på periplasma från I. dechloratans. Stabilitetsundersökningen gjordes genom att proteinlösningens spektrum registrerades. Lösningen reducerades sedan med ditionit och ett nytt spektrum registrerades. Ett differensspektrum beräknades och absorbansmaximum vid 550 nm användes som mått på mängden cytokrom c-Id1. Undersökningen visade att proteinet är stabilt vid pH ner till 3.0. Första försöken med respektive kromatografisk metod, förutom gelfiltrering, gick ut på att undersöka om proteinet kunde adsorberas till kolonnen eller inte. När proteinet adsorberats till kolonnen ändrades målet med försöken till att försöka eluera det så rent som möjligt. Den slutliga reningsmetoden innehåller tre kromatografiska steg, varav ett behöver optimeras ytterligare för att ge rent protein. Första steget i reningen är katjonbyteskromatografi. Det andra stegetär hydrofob interaktionskromatografi och det sista steget är anjonbyteskromatografi. Efter reningen fanns små mängder föroreningar kvar. Två oönskade proteiner, båda i liten mängd fanns kvar i provet. För att få proteinet helt rent krävs ytterligare optimering av reningsmetoden. Störst potential till förbättring finns troligen i steget med anjonbytaren. Misstankar om att proteinet lätt dimeriserar eller reagerar på annat vis under lagring har funnits under hela arbetet. Resultat från bland annat gelfiltrering har indikerat att så är fallet. Arbetet har inte gettsvar på om cytokrom c-Id1 förändras med tiden eller inte. Bestämning av totala mängden protein samt mängden cytokrom c-Id1 efter reningen gjordes. Dessa analyser visar att 69 μg protein, varav 36 μg cytokrom c-Id1 återstod efter rening från en odling på fyra liter. Halten cytokrom c-Id1 var alltså 52 %. / The aim of this study was to develop a method to purify cytochrome c-Id1 from periplasmic extract of Ideonella dechloratans. First the stability of the protein at low pH was investigated. Several different chromatographic methods were tested during the study. In the first experiments the starting material was flow through fractions from purification of another protein. Later experiments were performed with periplasmic extract from I. dechloratans. The stability determination was made by recording a spectrum from the protein solution. Proteins were then reduced, by dithionite, and a new spectrum was recorded. A difference spectrum was calculated and the absorbance at 550 nm was used as a measure of the amount of cytochrome c-Id1. The investigation showed that the protein is stable at pH 3.0 and higher. The first experiments with each chromatographic method, except gel filtration, were made in order to see whether the protein could be adsorbed to the column or not. When the protein had been adsorbed to the column the target of the experiments changed. The target was then to elude the protein as pure as possible. The resulting purification method contains three chromatographic steps. One of these needs to be further optimized in order to give pure protein. The first step is cation exchange chromatography. The second step is hydrophobic interaction chromatography and the last step is anion exchange chromatography. After purification with this method, small amounts of contaminants were still present. Two unwanted proteins are present, in small amounts. In order to get the protein completely pure further optimization of the method is required. The biggest optimization potential is probably in the anion exchange chromatography step. During this work there have been some indications that the protein easily dimerizes or reacts in some other way upon storage. Results from for example gel filtration have indicated that so is the case. This work has not given an answer to whether cytochrome c-Id1 changes upon storage or not. The total amount of protein as well as the amount of cytochrome c-Id1 after the purification was determined. The analyses showed that the total amount of protein was 69 μg and the amount of cytochrome c-Id1 was 36 μg from four liters of culture. This means that the cytochrome c-Id1 content afterthe purification was 52 %.

Bakgrund. Nitrat är ett födoämne som fått stor uppmärksamhet inom forskningen de senaste åren. Studier påvisar blodtryckssänkande effekt, minskad syrekostnad vid submaximalt- och maximalt arbete. Det ökar samtidigt den muskulära verkningsgraden och kan därmed i idrottssammanhang ha eventuell positiv inverkan på prestationen. Syfte. Att undersöka om tre dagars uppladdning med nitrat i form av 7 cl rödbetsjuice (0,4 gram nitrat) om dagen, samt en fjärde dos på testdagen kan öka prestationen hos medeltränade löpare i ett Coopers test.  Metod. En randomiserad dubbelblind placebo-kontrollerad korsad studie utfördes på totalt 6 fullt friska försökspersoner, varav tre män och tre kvinnor (ålder 25,5±7 år, VO2max 46,7±22, kroppsvikt 73±17,1 kg, längd 178,8±17,9 cm, BMI 23±6,4). Försökspersonerna genomgick vid två tillfällen tre dagars uppladdning samt en fjärde dos på testdagen med två olika typer av kosttillskott, nitratprov (rödbetsjuice) och placebo (tranbärsjuice). De två testperioderna separerades av en 7 dagars washout-period. Totalt genomfördes fem olika typer av mätningar i följande ordning; längd och vikt, blodtryck, löptest (Coopers test 12min) då även puls och upplevd ansträngning registrerades. I den statistiska analysen tillämpades ett parat t-test för att jämföra placebo, nitrat och första och andra testperiod. Resultat. Ingen signifikant skillnad i prestation vid Coopers test mellan nitrat och placebo. En signifikant prestationsförbättring (p<0.03) noterades dock vid andra löptestet gentemot första. Blodtrycksvärden var inte signifikant olika mellan nitratprov och placebo. Däremot var både systoliskt och diastoliskt blodtryck lägre vid andra mätningen i förhållande till första (Systoliskt bt; p<0.02, diastoliskt bt; p<0.01). Konklusion. Tre dagars uppladdning samt en fjärde dos nitrat på testdagen förbättrar inte prestationen hos medeltränade löpare i ett Coopers test. Försökspersonerna presterade bättre vid andra löptestet än vid första vilket sannolikt beror på en träningseffekt. 60 minuter efter dietärt intag av nitrat har blodtrycket inte påverkats. Lägre blodtrycksvärden vid andra mätningen kan ha orsakats av ”white coat hypertension”.

In this work, the identification of the promoter for c-cytochromes Cyt c Id-1 in Ideonella dechloratans has been investigated. Additionally, the study examined investigating whether gene expression is affected by the presence and absence of oxygen. This was investigated by amplifying the promoter region of Cyt c Id-1 (389 bp) and then cloning it into a reporter vector lacking a functional promoter for the upstream gene β-galactosidase. The reporter vector was transformed into E. coli RM101 and grown under both aerobic and anaerobic conditions. To examine the gene expression of Cyt c Id-1 the activity of β-galactosidase has been measured in both the aerobic and anaerobic cultures. The result showed that the gene is induced more in an anaerobic environment than in an aerobic environment, by comparing the activity of β-galactosidase under aerobic and anaerobic conditions. / I detta arbete har identifiering av promotorn för c-cytokromer Cyt c Id-1 i Ideonella dechloratans undersökts, samt att undersöka om genuttrycket påverkas av närvaro och frånvaro av syre. Detta är undersökts genom att amplifiera promotorregionen för Cyt c Id-1 (389 bp) för att sedan klona in den in i en reportervektor som saknar en fungerande promotor för uppströms genen β-galaktosidas. Reportervektorn transformerades till E. coli RM101 och odlades under både aeroba och anaeroba förhållanden.  För att undersöka genuttrycket av Cyt c Id-1 har aktiviteten hos β-galaktosidas uppmätts i både de aeroba och anaeroba odlingarna. Resultatet visat att genen induceras mer i anaerob miljö än i aerob miljö, genom att jämföra aktiviteten av β-galaktosidas under både aerob och anaerob förhållande.