Les gènes codant pour des protéines peuvent souvent être regroupés et intégrés en modules fonctionnels par rapport à un organelle. Ces modules peuvent avoir des composantes qui suivent une évolution corrélée pouvant être conditionnelle à un phénotype donné. Les gènes liés à la motilité possèdent cette caractéristique, car ils se suivent en cascade en réponse à des stimuli extérieurs. L’hyperthermophilie, d’autre part, est interreliée à la reverse gyrase, cependant aucun autre élément qui pourrait y être associé avec certitude n’est connu. Ceci peut être dû à un déplacement de gènes non orthologues encore non résolu. En utilisant une approche bio-informatique, une modélisation mathématique d’évolution conditionnelle corrélée pour trois gènes a été développée et appliquée sur des profils phylétiques d’archaea. Ceci a permis d’établir des théories quant à la fonction potentielle du gène du flagelle FlaD/E ainsi que l’histoire évolutive des gènes lui étant liés et ayant contribué à sa formation. De plus, une histoire évolutive théorique a été établie pour une ligase liée à l’hyperthermophilie. / Protein coding gene may often be grouped and integrated in functional modules with respect to an organelle. These modules may have constituents that follow a conditional correlated evolution to a given phenotype. Genes linked to motility posses this characteristic as they follow a cascade in response to external stimuli. Similarly, hyperthermophily is related to reverse gyrase, however no other element that could be associated with certainty is known. This may be caused by an unresolved case of non-orthologous gene displacement. Using a bioinformatic approach, a mathematical model for conditional correlated evolution for three genes has been developed and applied to the phyletic profiles of archaea. This has helped to develop theories about the potential functions of the flagellar gene FlaD/E and the evolutionary history of the genes that are linked to it and that may have contributed to its formation. In addition, a theoretical evolutionary history has been established for a ligase associated with hyperthermophily.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Les paramètres de l’exil, comme déplacement, se transforment aujourd’hui dans un contexte de mondialisation, interrogeant le rôle des nations alors que les sociétés impliquent de plus en plus de mobilité et de diversité culturelle. Cette condition d’exilé aux repères mouvants, inscrite dans une temporalité discontinue et dont l’expérience est toujours douloureuse, a donné lieu à une littérature prolifique dans le domaine des études littéraires au cours du 20e siècle. En quoi le 21e propose-t-il un regard différent sur cette condition ? Dans ce mémoire nous analyserons quatre œuvres contemporaines qui nous proposent différentes variations des transformations identitaires profondes qui caractérisent la condition d’exilé. Deux des grands axes autour desquels s’est articulée la condition d’exilé ont été développés par Edward Said, qui propose une posture critique et politique, et Julia Kristeva, qui présente l’exil comme une condition plutôt psychique. Suivant cette perspective analytique, l’autobiographie de Mourid Barghouti fait écho à la compréhension de l’exil telle que l’entend Said, en pleine autonomie instauratrice. Puis, le roman de Rawi Hage dans une expérience plus psychique de l’exil, plus traumatique et plus violente du vécu avant l’exil, suggère que le rapport avec le milieu environnant a un impact sur l’expérience de l’exil, alors que dans ce cas il reste dysfonctionnel, et qu’un rapport pathologique à l’existence peut ensuite se manifester. Ensuite, le roman d’Abla Farhoud expose la possibilité d’un dépassement de cette expérience pathologique de l’exil par la distance, celle de l’âge et de la prise de parole. Finalement, dans la pièce Incendies de Mouawad, l’expérience psychique de l’exil est dépassée à la fois par une traduction de l’indicible de la violence, par un retour sur les traumas précédant l’exil, et par un travail collectif – comme autres formes de distances. Cette dernière œuvre est donc porteuse d’une compréhension de l’exil impliquant une dimension psychique, tout en devenant critique et politique, telle que le révèlent les écrits de Jacques Rancière. À la lumière de ces analyses, la condition d’exilé réclame d’urgence un retour sur les traumas précédents, le trauma qu’est l’exil, afin qu’une autonomie, une créativité et un engagement s’en dégagent, dans une société, dans un monde plus grand que soi. Pour les trois derniers auteurs, c’est la société québécoise qui révèle à la fois une compréhension des problématiques majeures de la condition d’exilé et une ouverture face à celles-ci, en ce début de 21e siècle. / Exile is a condition of displacement and a phenomenon that affects great masses of people today. Although this experience exists since the proverbial beginning of time, its parameters are changing in the present context of globalization, which transforms the role of nations and where societies are characterized by greater mobility and cultural diversity. The profound psychological and cultural transformations of identity – inward and outward – to which people are confronted through displacement can be understood as a condition per se, an exilic condition. This condition with moving marks, and which develops in a discontinuous temporality and as a necessarily painful experience, has been the source of prolific literature and of literary studies in the 20th century and before. How, differently then, does the 21st century gaze at this condition ? In this thesis, four works are analyzed in which the authors present different visions of the exilic condition. Two main lines of thinking have been explored around this condition: Edward Said embraced a critical and political posture while Julia Kristeva conceived of exile in its psychological dimensions. Within these analytic perspectives, Mourid Barghouti’s autobiography has affinities with Said’s approach as it inaugurates an autonomous condition. Through Rawi Hage’s novel, a more psychological experience of exile is observed, one that is more violent and traumatic. It sheds light on the undeniable impact of the environment on the experience of exile in the host country. If the relation to the host country stays dysfunctional, a pathological attitude to the exilic experience may develop. Abla Farhoud’s novel explores the possible overcoming of the pathologies of exile through distance, age, time, and words, the distance needed for Dounia. Finally, the psychological limitations of exile can be overcome by translating the “unspeakable” in violence, by a return to the pre-exilic traumas, and by a collective sharing of this restorative work. Mouawad’s play also exposes the psychological dimension of exile, but it also maintains its critical and political ones. We observe through these analyses that the exilic condition demands a redressing of the traumas that preceded exile, understood as another trauma, so that the exiled can exist in an autonomous, creative and committed way in his or her society of adoption. For the last three authors, this society is Québec, which shows openness to, and comprehension of, the major issues of the exilic condition in the 21st century.

Ce mémoire s’intéresse à l’écriture du voyage et du déplacement à travers l’exemple de cinq récits québécois contemporains. Nous étudions ici Voyage en Irlande avec un parapluie et Voyage au Portugal avec un Allemand de Louis Gauthier, Vers l’Ouest de Mahigan Lepage, Dix jours en cargo d’Isabelle Miron ainsi que Le sermon aux poissons de Patrice Lessard. Constatant que les voyages contemporains se sont délestés de l’expérience de l’exotisme et de la découverte, nous faisons l’hypothèse que l’écriture du déplacement se transforme. Nous analysons comment une expérience dysphorique du déplacement s’inscrit dans la description des lieux, la mise en récit et l’identité des narrateurs. À partir des travaux de Michel de Certeau (L’invention du quotidien) et de Marc Augé (Non-lieux : introduction à la surmodernité), nous nous intéressons, dans un premier chapitre, à la perception des lieux et à leur description. Notre parcours nous amène ensuite à examiner plus directement les modalités par lesquelles ces récits de la route produisent une continuité, métaphorique notamment. La troisième partie se concentre sur l’identité des narrateurs, qui tend à se construire ou à se déconstruire par rapport aux espaces qu’il parcourent. En nous servant des analyses d’images de Georges Didi-Huberman, nous examinons en conclusion comment ces différents aspects des textes produisent une « esthétique de la délocalisation », où les paysages et les lieux se constituent en écrans sur lesquels il est désormais possible de se projeter. / This thesis focuses on travel and displacement writing by exploring this theme into contemporary narrative in Quebec litterature. We study Voyage en Irlande avec un parapluie and Voyage au Portugal avec un Allemand (Louis Gauthier), Vers l’Ouest (Mahigan Lepage), Dix jours en cargo (Isabelle Miron) and Le sermon aux poissons (Patrice Lessard). By stating that travels don’t relay the experience of exotism and of discovery anymore, we make the assumption that the practice of narrating this new type of travels also changes. We analyse how this dysphoric experience of the travel reflects itself into the descriptions of the places, into the construction of a narrative, and into the construction of the identity. With the works of Michel de Certeau (The Practice of Everyday Life) and of Marc Augé (Non-Places: Introduction to an Anthropology of Supermodernity), our analysis questions, in a first chapter, the perception of spaces and their descriptions. Then, we examine more directly how these road narratives produce continuity. The third part focus on the identity of the narrator, that tends to be constructed and deconstructed by the landscape seen on the road. By referring to the analysis of images by Georges Didi- Huberman, we examine in our conclusion how those different aspects of the texts construct a « relocation » aesthetics in which landscapes and places become screens on which it is henceforth possible for the characters to project themselves.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Les recherches en psychopathologie cognitive ont montré que le biais attentionnel vers l'information menaçante contribue au développement et au maintien de l'anxiété. La difficulté rencontrée par les individus anxieux pour se désengager de l'information menaçante est l'une des principales composantes de ce biais attentionnel. Les recherches menées au cours de cette thèse ont permis, au moyen de paradigmes expérimentaux, de connaître : (1) les étapes du traitement de l'information concernées par la difficulté de désengagement attentionnel de mots menaçants et d'expressions faciales menaçantes, (2) l'importance de l'inhibition et du déplacement attentionnel dans la détérioration du désengagement attentionnel, (3) les relations entre la sous-échelle de focalisation attentionnelle de l'Attention Control Scale et le contrôle exécutif, et celle de déplacement attentionnel avec l'orientation de l'attention, et (4) la présence d'une difficulté de désengagement attentionnel des émotions négatives, non dans l'anxiété mais dans une situation stressante de menace du stéréotype de genre en mathématiques. Notre discussion reprend les résultats concernant le désengagement attentionnel et montre comment ils peuvent être étayés par des mesures telles que l'enregistrement des mouvements oculaires ou le recours à des investigations électrophysiologiques, auprès de populations cliniques et non-cliniques. Nous proposons aussi des pistes d'amélioration du dispositif d'entraînement attentionnel au désengagement, des mesures des fonctions d'inhibition et de déplacement attentionnel, ainsi que de nouvelles perspectives concernant l'évaluation du contrôle attentionnel par questionnaire et paradigmes expérimentaux. / Research in cognitive psychopathology showed that attentional bias towards threat contributes to development and maintenance of anxiety. Difficulty to disengage from threatening stimuli is one of the major components of attentional bias in anxiety. Research conducted in this thesis, using experimental paradigms, enabled to identify : (1) the stages of information processing involved in the impaired, disengagement from threatening words and threatening facial expressions, (2) the role of inhibition and attentional shifting in the impaired attentional disengagement, (3) the link between the attentional focusing subscale of Attentional Control Scale and executive control on the one hand, and betweeen the attentional shifting subscale and orientation of attention, on the other hand, and (4) attentional disengagement impairment from negative emotions in a stressful situation of mathematical gender stereotype threat. Finally, we discussed the results related to attentional disengagement and showed how they might be supported by eyes tracking or electrophysiological measures in clinical and non-clinical samples. We also put forward suggestions to improve attentional disengagement training and develop new measures of inhibition and attentional shifting functions. We also proposed new perspectives for the assessment of attentional control using questionnaire and experimental paradigms.

Les médicaments sont fréquement retrouvés dans les effluents de STEP relargués dans l’environnement aquatique. Dans le but de prévenir et de mieux comprendre les impacts des médicaments sur les écosystèmes aquatiques, il semble pertinent d’évaluer les perturbations comportementales, physiologiques et transcriptomiques des psychotropes sur les organismes aquatiques. Dans ce contexte, l’objectif de cette étude a été d’évaluer les perturbations induites par 4 psychotropes (oxazépam, carbamazépine, cyamémazine et sertraline) chez deux organismes, Radix balthica et Schmidtea polychroa. Pour ce faire, des embryons de Radix au stade trochophore et des planaires adultes ont été exposés à chaque psychotrope (du μg/L jusqu’à 100 μg/L). Il en ressort que les psychotropes allongent la durée du développement embryonnaire du Radix et perturbent le déplacement, la reproduction et la digestion, mais pas la régénération de la planaire. D’un point de vue transcriptomique, nous avons réalisé le séquençage du transcriptome en conditions différentielles chez le Radix. Ainsi, nous avons obtenu d’une part les séquences du transcriptome et d’autre part, après analyse en différentiel, 144 contigs différentiellement exprimés par l’oxazépam parmi lesquels 94 ont été vérifiés en RT-qPCR chez des Radix exposés à chaque psychotrope. Il ressort de cette analyse que les psychotropes impactent principalement la voie de signalisation Notch, mais aussi les voies de biosynthèse des polyamines et des catécholamines. Les psychotropes modulent aussi l’expression de gènes codant des protéines de la Matrice Extra Cellulaire (MEC), comme la Matriline ou encore la Dentine sialophosphoprotéine. Chez la planaire, nous avons analysé l’expression de 87 gènes impliqués dans différentes fonctions. Il ressort de cette étude que les 4 psychotropes modulent l’expression de nombreux gènes impliqués dans la mobilité ciliaire et musculaire et dans les systèmes nerveux, reproducteur, excréteur et digestif. / Pharmaceuticals are often found in WWTP effluents realesed in surface water. In order to prevent and to understand the pharmaceuticals impact on aquatic ecosystems, it seems relevant to evaluate behavioural, physiological and transcriptomic disturbances of psychotropics on freshwater organisms. The aim of this study was thus to analyse disturbances of 4 psychotropics (oxazepam, carbamazepine, cyamemazine and sertraline) on 2 freshwater organisms, Radix balthica and Schmidtea polychroa. In our experiments, both Radix embryos at the trochophore stage and mature planarian were exposed to each psychotropic (from 1 to 100 μg/L). This psychotropic exposure results in an increase of the duration of Radix embryonic development and a disturbance of the mobility, the reproduction and the digestion but not the regeneration of planarian. Regarding the transcriptomic impact, we performed RNA sequencing in differential conditions of Radix embryos exposed or not to oxazepam. On one hand, this analysis allowed us to obtain the transcriptome sequences and, on the other hand, 144 contigs differentially expressed among which 94 genes were verified by RT-qPCR. The results showed that psychotropics impact mainly the Notch signalling pathways, but also the biosynthetic pathways of polyamines and catecholamines. Psychotropics also disturb the gene expression encoding some Extra Cellular Matrix (ECM) protein such as Matrilin and Dentin sialophosphoprotein. Regarding the molecular study of the psychotropics impact on planarian, we analysed the expression of 87 genes involved in different functions. The results showed that the 4 psychotropics modulate expression of genes involved in ciliary and muscular motility and in the nervous, reproductive and excretory systems. Genes from the digestive system are also impacted by the psychotropics. All the observed impacts on the 2 organisms suggest a possible disturbance on the population fitness and therefore on the freshwater ecosystems.

Les bancs de poissons sont des entités pouvant regrouper plusieurs milliers d'individus qui se déplacent de façon synchronisée, dans un environnement sujet à de multiples perturbations, qu'elles soient endogènes (e.g. le départ soudain d'un congénère) ou exogènes (e.g. l'attaque d'un prédateur). La coordination de ces bancs de poissons, décentralisée, n'est pas encore totalement comprise. Si les mécanismes sous-jacents aux interactions sociales proposés dans des travaux précédents reproduisent qualitativement les structures collectives observées dans la nature, la quantification de ces interactions et l'accord quantitatif entre ces mesures individuelles et les motifs collectifs sont encore rares dans les recherches récentes et forment l'objet principal de cette thèse. L'approche de ce travail repose sur une étroite combinaison entre les méthodes expérimentales et de modélisation dans l'objectif de découvrir les liens entre les comportements individuels et les structures observées à l'échelle collective. Nous avons caractérisé et quantifié les interactions et mécanismes à l'origine, d'abord, de la coordination des individus dans les bancs de poissons et, ensuite, de la propagation d'information, quand le groupe subit une perturbation endogène ou exogène. Ces travaux, tous réalisés en étudiant la même espèce de poisson d'eau douce, le nez-rouge (Hemigrammus rhodostomus), ont mobilisé une diversité de méthodes expérimentales, d'analyses statistique et de modélisation, à l'interface de l'éthologie, de la physique statistique et des sciences computationnelles. / Fish schools are systems in which thousands of individuals can move in a synchronised manner in a changing environment, with endogenous perturbations (e.g. when a congener leaves the group) or exogenous (e.g. the attack of a predator). The coordination of fish schools, decentralised, is not completely understood yet. If the mechanisms underlying social interactions discussed in previous studies qualitatively match the social patterns observed in nature, the quantification of these interactions and the quantitative match between individual measurements and collective patterns are still sparse in recent works and are the main focus of this thesis. This work combines closely experimental and modelling methods in order to investigate the links between the individual behaviours and the patterns observed at the collective scale. We have characterised and quantified the interactions and mechanisms at the origin of, first, the coordination of individuals in fish schools and, second, the propagation of information, when the group is under endogenous or exogenous perturbations. This thesis focuses on one freshwater fish species, the rummy-nose tetra (Hemigrammus rhodostomus), and is the result of a diversity of experimental methods, statistical analyses and modelling, at the interface of ethology, statistical physics and computational sciences.

Dans le processus d'industrialisation d'un produit, l'étude de la cotation de fabrication est une étape de l'élaboration de la gamme de fabrication des pièces à produire. Grâce à la simulation d'usinage, elle met en évidence les variations dimensionnelles et géométriques probables des pièces tout le long de leur processus de fabrication, c'est à dire phase après phase. Ces écarts, dus à la fabrication, doivent être tolérés afin de respecter l'ensemble des contraintes fonctionnelles et manufacturières du produit. On distingue généralement deux étapes lors de la cotation de fabrication : • Tout d'abord, la simulation dimensionnelle et géométrique d'usinage qui permet l'expertise et la validation d'un avant projet d'étude de fabrication par la prédiction des variations géométriques des surfaces réalisées. • Puis, l'optimisation qui permet l'augmentation potentielle des tolérances de fabrication afin de respecter l'ensemble des contraintes associées au produit et d'intégrer au plus tôt, dès la conception, les contraintes de fabrication et de constater leurs effets sur les caractéristiques du produit. L'objectif principal de ce travail est d'aboutir à un modèle global réaliste des défauts fabriqués afin de mener à bien la simulation d'usinage. Dans un premier temps, une modélisation des phases d'usinage et, une représentation graphique des gammes de fabrication sont proposées. Une première approche de la simulation d'usinage est présentée en intégrant les écarts de fabrication sur un logiciel de FAO afin de générer une pièce simulée avec défauts. Sur cette maquette numérique, est effectuée la métrologie virtuelle qui caractérise grâce à un modeleur volumique, les défauts de la pièce simulée. Dans un second temps, une approche formelle de la simulation d'usinage est proposée. Des relations sont crées entre les défauts des pièces fabriquées et les écarts de fabrication. Des travaux de recherche initiés dans le domaine de la cotation fonctionnelle ont montré que l'utilisation des torseurs permet une modélisation tridimensionnelle des défauts géométriques. En considérant une phase d'usinage comme un empilage de composants, c'est à dire comme un mécanisme, il est possible de modéliser les défauts de fabrication inhérents à chaque phase puis de les cumuler suivant le processus de fabrication. Une démarche méthodologique permet de générer automatiquement les chaînes de torseurs relatifs à l'ensemble des défauts de fabrication de la pièce brute à la pièce finie. Suite à une étude de cas, les deux approches convergent vers des résultats comparables. Un bilan des apports des deux méthodes de simulation est présenté afin de les associer et de les rendre complémentaires. Enfin, pour permettre de valider expérimentalement les modèles et les approches, un processus opératoire de mesure des défauts tridimensionnels de fabrication est proposé. Il identifie les types de dispersions de fabrication et établit leurs contributions et leurs effets sur la géométrie des pièces. Ces méthodes et les moyens de mesure associés ont été développés dans l'optique d'être adaptés au contexte industriel afin de favoriser la capitalisation du savoir-faire.

L'analyse de la déformation des massifs subalpins de Vercors et Chartreuse, qui constituent l'avant-pays des massifs cristallins externes de Belledonne et du Pelvoux chevauchant vers l'Ouest, a permis de reconstituer le champ de déplacement ainsi que l'état initial avant déformation de cet avant-pays. Cette analyse repose sur un grand nombre de données géologiques et géophysiques, et en particulier sur des données issues de profils sismiques réalisés dans les massifs subalpins. Ces données ont permis de préciser la géométrie des structures profondes, et notamment la position des plans de décollement. Deux méthodes. qui intègrent toutes les données disponibles dans un schéma de déformation cohérent. ont été utilisées. Il s'agit d'une part de la construction de coupes géologiques équilibrées et d'autre part de l'établissement de carte de déformation finie. La déformation globale des massifs subalpins de Vercors et de Chartreuse est liée principalement au chevauchement crustal de la partie externe du massif de Belledonne et peut se décomposer en deux étapes majeures : un premier chevauchement de grande ampleur déformé ensuite par des épisodes chevauchants secondaires.