Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-09-01T12:19:52Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 5085059 bytes, checksum: 103de3ea07839366dccf5fcbeba75d90 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-01T12:19:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 5085059 bytes, checksum: 103de3ea07839366dccf5fcbeba75d90 (MD5) Previous issue date: 2017-02-06 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Begomovírus bipartidos (Familía Geminiviridae) - grupo de vírus de DNA que se replica no núcleo de células infectadas – codifcam a proteína de movimento NSP (nuclear shuttle protein) que facilita a translocação do DNA viral do núcleo para o citoplasma, através dos poros nucleares. O tráfego intracelular do complexo NSP- DNA é assessorado pela proteína NIG (NSP-interacting GTPase), localizada no compartimento citoplasmático celular. Nesta investigação, é descrita a caracterização de AtWWP1, uma proteína dotada de dois domínios WW, identificada por sua interação com NIG. No capítulo II foi demonstrado que AtWWP1 forma corpos nucleares (NBs) por meio de seu domínio WW e é capaz de relocar NIG do citoplasma para o núcleo, confinando-a em corpos nucleares. Portanto, a interação AtWWP1-NIG, mediada pelo domínio WW de AtWWP1, pode interferir com o papel pro-viral de NIG durante a infecção o qual é associado à sua localização citoplasmática. Consistente com essa hipótese, a perda de função de AtWWP1 em Arabidopsis resulta em aumento de suscetibilidade em resposta à infecção por begomovírus, ao passo que a superexpressão de AtWWP1 confere tolerância à infecção viral. Entretanto, a função antiviral de AtWWP1-NB pode ser antagonizada durante a infecção viral, uma vez que foi observado um decréscimo ou desorganização dos corpos nucleares de AtWWP1 em células infectadas. Os dados apresentados no capítulo II demonstraram que AtWWP1 se organiza em estruturas subnucleares as quais conferem imunidade intrínseca contra infecção por begomovírus. Contudo, a função molecular dos corpos nucleares de AtWWP1 não foi elucidada. No capítulo III, foi demonstrado que AtWWP1 co-localiza em corpos nucleares com a proteína CDKC2, cuja função celular é associada à transcrição e processamento de RNA. CDKC2 modula o estado de fosforilação do domínio C- terminal da RNA polimerase II (CTD-RNAPII). Foi demonstrado que AtWWP1 também interage com CTD-RNAPII em NBs. Os corpos nucleares de AtWWP1 foram desfeitos ou reorganizados em corpos nucleares maiores após tratamentos com inibidores de transcrição e fosforilação; tal comportamento se assemelha ao observado em CDKC2-NBs, cuja organização dinâmica dos corpos nucleares depende do status transcricional da célula. Como evidência adicional de seu papel na transcrição celular, foi demonstrado que AtWWP1 possui capacidade de ligação a DNA e que seus NBs estão associados à região de eucromatina. Consistente com os resultados previamente obtidos, a alteração nos níveis transcricionais de AtWWP1 em linhagens transgênicas resultou no enriquecimento de fatores de transcrição diferencialmente expressos. Coletivamente, os dados obtidos neste trabalho demonstram que AtWWP1 forma corpos nucleares correspondentes a sítios ativos de expressão gênica ou de processamento de RNA acoplado à transcrição. / As DNA viruses, which replicate in the nucleus of infected cells, the bipartite begomoviruses (Geminiviridae family) encode the nuclear shuttle protein to facilitate the translocation of viral DNA from the nucleus to the cytoplasm via nuclear pores. This intracellular trafficking of NSP-DNA complexes is accessorized by the NSP- interacting GTPase (NIG) at the cytosolic side. Here, we report the characterization of AtWWP1, a WW domain-containing protein, identified as a NIG partner. In the chapter II, we demonstrated that AtWWP1 forms nuclear bodies (NBs) via its WW domains and relocates NIG from the cytoplasm to the nucleus where it is confined to AtWWP1-NBs.Therefore, the NIG-AtWWP1 interaction, which also occurs via the WW domains, may interfere with the NIG pro-viral function that is associated with its cytosolic localization. Consistent with this hypothesis, loss of AtWWP1 function debilitates further the plant upon begomovirus infection and overexpression of AtWWP1 confers tolerance to begomovirus. The antiviral function of AtWWP1-NBs, however, may be antagonized by viral infection, which was demonstrated to induce either a decrease in the number or disruption of AtWWP1-NBs. Our data established that AtWWP1 organizes nuclear structures as nuclear foci, which provide intrinsic immunity against begomovirus infection. Nevertheless, the underlying biochemical function of these AtWWP1-NBs has yet to be elucidated. In Chapter III, we demonstrated that AtWWP1-NB co-localizes with CDKC;2-NB, which has been shown to be involved in transcription and RNA processing. Like CDKC2, which modulates the phosphorylation status of RNA polymerase II C-terminal domain (CTD-RNA pol II), we showed that AtWWP1 interacts with CTD-RNA pol II within NBs. AtWWP1-NBs were disintegrated into diffuse pattern or converted to larger structures upon treatment with transcriptional inhibitors, a feature that resembles the CDKC2-NB dynamic organization, which depends on the transcriptional status of the cells. As further evidence for a role in transcription, we also demonstrated that AtWWP1 displays DNA binding activity and AtWWP1-NBs associate with active chromatin regions. Accordingly, the manipulation of the AtWWP1 levels promoted an enrichment of differentially expressed transcriptional factors in transgenic lines. Collectively, our data establish that the nuclear bodies formed by AtWWP1 are associated with active gene expression or co-transcriptional RNA processing. / Os anexos impressos estão na ordem invertida em relação à versão digital, mas não compromete o conteúdo.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-10-26T12:35:42Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3879461 bytes, checksum: 5a7bba689f4bec90e772316f9fae5fab (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-26T12:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3879461 bytes, checksum: 5a7bba689f4bec90e772316f9fae5fab (MD5) Previous issue date: 2017-07-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / No presente trabalho foram estudadas as mudanças conformacionais da moĺécula de DNA devido a sua interação com variadas concentrações de Putrescina, e também para distintas forças iônicas ([Na + ]: 150 mM, 10 mM e 1 mM). Para análise do complexo DNA- Putrescina foi utilizado o método experimental de pinçamento óptico para obtermos, na primeira parte do trabalho, dois relevantes parâmetros mecânicos, o comprimento de contorno e o comprimento de persistência, para concentrações distintas de Putrescina. Na segunda parte do trabalho os dados obtidos dos parâmetros mecânicos foram utilizados para determinarmos os parâmetros físico-químicos relacionados ao complexo DNA-Putrescina; a conexão entre estes, aparentemente, distintos grupos de parâmetros é feita a partir de uma modelagem estatística que faz uso da isoterma de ligação de Hill. Da análise destes resultados, e também levando em conta os trabalhos de outros pesquisadores, sugerimos que o tamanho do complexo formado pela putrescina, em cada concentração de [Na + ], é significante para o efeito mecânico causado na molécula de DNA. / The present work aims to study the coformation changes of the DNA molecule due to its interaction with various concentrations of putrescine, as well as to different ionic strengths ([Na + ]: 150 mM, 10 mM e 1 mM). In order to perform the analysis of the DNA-Putrescine complex,the optical tweezers experimental technique was used, in order to achieve two re- levant mechanical parameters (i. e., the persistence and contour lengths) for different concentration of putrescine. In a second part of the work, the data obtained was used to determine the physicochemical parameters associated with the DNA-Putrescine complex; the connection between these apparently distinct groups of parameters is obtained from a statistical model which includes the Hill binding isotherm. From the analysis of these results, and also taking into account the work of other researchers, we suggest that the size of the complex formed by putrescine, in each concentration of [Na + ], is significant for the mechanical effect caused in the DNA molecule.

Orientador: Iracema de Mattos Paranhos Calderon / Coorientador: Carlos Frederico Martins Merick / Banca: Estela Maris Andrade Foreli Bevilacqua / Banca: Débora Cristina Damasceno / Banca: Mara Sandra Hoshida / Banca: Silvia Regina Rogatto / Resumo: Não disponível / Abstract: Not available / Doutor

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-07-09T18:20:53Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4630685 bytes, checksum: a420e25091cd9c312ab493f5e2bf056f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-09T18:20:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4630685 bytes, checksum: a420e25091cd9c312ab493f5e2bf056f (MD5) Previous issue date: 2018-04-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Iniciamos este trabalho estudando o pinçamento óptico que foi a técnica experimental fundamental para realização desse projeto. A pinça Optica Trata-se de uma técnica de micromanipulação bastante utilizada para estudar partículas e sistemas biológicos com tamanho na escala de micrômetro. Através da técnica caracterizamos via espec- troscopia de força as interações do DNA e albumina do soro bovino (BSA) mostramos o processo de compactação do DNA por interação de depleção, em seguida estudamos interações DNA-ligantes que constitui um campo interdisciplinar de conhecimento, com importância fundamental tanto no entendimento de vários processos intracelulares ba- sicos (divisão celular, transcrição, tradução) bem como na aplicação em tratamento de doenças humanas (quimioterapias, terapias gênicas). Neste sentido, farmacos intercalantes desempenham papel central devido a sua larga aplicação em diversos tipos de quimioterapias. Os intercalantes modificam a estrutura mecânica da dupla hélice da molécula de DNA ao interagirem com o mesmo, de forma que as características físico- químicas da interação podem ser estudadas via ensaios mecânicos, como por exemplo em experimentos de estiramento de moléculas únicas de DNA realizados por pinças óticas ou magnéticas. Entretanto, quase totalidade dos trabalhos disponíveis na literatura a respeito das interações de intercalantes com o DNA foram realizados com este último disperso em solução, numa conformação muito diferente da encontrada no interior das células, onde o DNA está fortemente compactado formando a cromatina. Na segunda parte do trabalho estudamos a influência da histona linker H1 para dinâmica da cromatina e sua importância para regulação da cromatina ao interagir com fármaco doxorrubicina. / The study of optical tweezers technique initiates this thesis work on account of being underlying to this project accomplishment. The optical tweezer is a technique of micro- manipulation very useful to work with biological systems and particles in the microme- ter size scale. By using this technique we characterized per force spectroscopy the DNA and bovine sorum albumin (BSA) interactions, featuring the process of DNA compac- tation by depletion interaction, then the DNA-binders interactions were studied, this last concerns an interdisciplinary field of knowledge being fundamental to understand a lot of basic intracellular processes (cell division, transcription, translation) as well as the treatment of human diseases (chemotherapies, gene therapies). In this sense, DNA intercalator drugs play the main role owing to its large application in many kinds of chemotherapies, this drugs modify the mechanical structure of the double helix in the DNA molecule during the interaction, so the physicochemical features of this interac- tions can be studied by mechanical essays as in the single molecule DNA stretching realized by optical or magnetic tweezers. However, almost every available work in the literature about the interactions between DNA and intercalators were done with the suspended molecule wich differs a lot from the intracellular medium, were there are found tightly compacted forming the chromatin. In the second part of this work the H1 histone linker influence for the chromatin dynamics were studied and its importance to regulate the chromatin during the interaction with the doxorrubicin were discussed.

Orientador: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Joyce Aparecida Martins Lopes Ferraz / Banca: Rogério Nogueira de Oliveira / Resumo: A identificação humana por meio do DNA constitui um dos produtos mais revolucionários da Genética Moderna, tornando-se uma ferramenta indispensável na investigação criminal. Essa identificação é baseada no perfil genético do indivíduo, pela combinação de diversos marcadores herdados de seus progenitores. Os marcadores são, geralmente,e diferenças nas sequências de DNA nuclear entre os indivíduos (polimorfismos). Em alguns casos, em que a análise do DNA nuclear não puder ser aplicada, a alternativa de maior sucesso é a análise do DNA mitocondrial (DNAmt). As mitocôndrias são organelas intracelulares de dupla membrana presentes em todas as células nucleadas de mamíferos, com genoma extracromossômico separado e distinto do genoma nuclear, o DNA mt. A maioria dos laboratórios que utilizam tipagem do DNAmt baseiam-se nos polimorfismos presentes na sequência de nucleotídeos na região não codificadora (também conhecida como região controle, hipervariável, ou D-loop) do DNAmt. No entanto, a classificação em alguns haplogrupos pode não ser possível com base em dados apenas da região controle. Assim, estudos sugerem a necessidade de tipagem adicional de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) em outras regiões do DNAmt, em especial, nos casos onde não é possível diferenciar os indivíduos apenas pela análise da região hipervariável. Este trabalho teve como objetivo analisar, analisar 30 (trinta) SNPs do DNAmt em amostras de indivíduos não relacionados, nascidos e residentes no Estado do Espírito Santo, permitindo a classificação das mesmas em haplogrupos e complementando os dados de SNPs da região controle do DNAmt obtidos em trabalho anterior no laboratório, para posterior utilização em casos forense. De um total de 100 amostras, foram encontrados 19 haplogrupos e a população estudada foi classificada conforme sua origem em: 43% africana, 30% europeia... / Abstract: Human identification through DNA is one of the most revolutionary products of Modern Genetics, making it an indispensable tool in criminal investigation. This identification is based on the genetic profile of the individual, the combination of several markers inherited from their parents. The markers are generally differences in nuclear and DNA sequences between individuals (polymorphisms). In some cases, the analysis of nuclear DNA cannot be applied, the most successful alternative is the analysis of mitochondrial DNA (mtDNA). Mitochondria are intracellular organelles with a double membrane present on all nucleated mammalian cells with separate and distinct extrachromosomal genome nuclear genome, the mt DNA. Most laboratories use typing based mtDNA polymorphisms in the nucleotide sequence in the noncoding region (also known as the control region, the hypervariable or D-loop) of mtDNA. However, in some haplogrupos classification may not be possible based on only control data region. Thus, studies suggest the need for additional typing single nucleotide polymorphisms (SNPs) in other regions of mtDNA, especially in cases where it is not possible to differentiate individuals only by the analysis of hypervariable region. This study aimed to analyze, analyze thirty (30) SNPs of mtDNA in samples of unrelated individuals born and living in the State of Espírito Santo, allowing their classification in haplogroups and complementing the SNPs data of mtDNA control region achieved in previous work in the laboratory, for later use in forensic cases. A total of 100 samples, 19 were found haplogroups and the sample were classified according to its origin: 43% African, 30% European, 26% Native American, and 1% Asian. The haplogroup was found more L3 having African origin. Some samples of previous work could not be correctly classified only with the sequencing of the control region of mtDNA, after analysis of 30... / Mestre

Orientador: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga / Banca: Celso Teixeira Mendes Júnior / Banca: Rogério Nogueira de Oliveira / Banca: Maria Leonor Rodrigues de Souza Botelho Gusmão / Resumo: Os marcadores STR são os mais utilizados na rotina de identificação humana e genética forense, entretanto, os marcadores INDEL s vem chamando a atenção dos pesquisadores desta área, pois sua análise pode ser uma ferramenta interessante por serem analisados com um fragmento menor que os STR e apresentarem baixa taxa de mutação, podendo ser utilizados na identificação de indivíduos e na avaliação de ancestralidade. Neste trabalho, caracterizamos as populações brasileiras dos estados de São Paulo e Espírito Santo pela análise de marcadores INDEL através de dois sistemas: 38 HID - INDELs, verificando a eficiência forense nas duas populações e comparando os dados com os d e STRs rotineiramente utilizados na população de São Paulo; e 46 AIM - INDELs, avaliando as proporções de ancestralidade nas duas populações, e comparando os dados com os de marcadores uniparentais na população do Espírito Santo. Ambos os métodos foram efici entes para suas respectivas finalidades, sendo que o sistema 38 HID - INDELs apresentou alto poder de discriminação, para Espírito Santo (PD = 0,9999999999999990) e para São Paulo (PD = 0,999999999999994) ; e o sistema 46 AIM - INDELs confirmou a miscigenação d as populações estudadas, e neste caso, com maior ancestralidade genética de europeus, em comparação a africanos e nativo - americanos. Além disso, inserimos o marcador amelogenina no sistema multiplex 38 HID - INDELs como uma ferramenta complementar para ident ificação de sexo de amostras degradadas. / Abstract: The STR markers are the most used in routine of human identification and forensic genetics, however, INDEL markers has attracted the attention of those researchers in this area, because their analysis can be an interestin g tool to be analyzed with a smaller fragment that STR and to present low mutation rate, may be used to identify individuals and evaluating a ncestry. In this work, we characterize d the Brazilian populations of the states of São Paulo and Espírito Santo by INDEL markers analysis thr ough two systems: 38 HID - INDEL s, checking the forensic efficiency in this two populations and comparing the data w ith STRs r outinely used in São Paulo population; and 46 AIM - INDELs, assessing the proportions of ancestry in this two populations, and comparing the data with uniparental markers in Espírito Santo population. Both methods were effectiv e for their respectiv e purposes, the 38 HID - INDEL s system showed high discrimi nation power to Espírito Santo ( PD = 0 .9999999999999990 ) and to São Paulo (PD = 0.999999999999994 ) ; and the 46 AIM - INDEL s system confirmed the mi xing of the populations studied, and in this case, with greater genetic ancestry of e uropeans, compared to af ricans and n ative a mericans. In addition, we insert the amelogenin ma rker in the 38 HID - INDEL s multiplex system as a complementary tool to identificate the sex of degraded samples. / Doutor

Orientador: Daisy Maria Fávero Salvadori / Banca: Elza Tieme Sakamoto Hojo / Banca: Raquel Alves dos Santos / Banca: Camila Correa / Banca: Débora Damasceno / Resumo: Nas últimas décadas, a incidência de indivíduos com sobrepeso ou obesos vem aumentando exponencialmente. Hoje, a obesidade é considerada pela Organização Mundial da Saúde como uma epidemia mundial, com graves consequências que podem levar à morte. A obesidade é uma desordem multifatorial que envolve fatores hereditários, ambiente e estilo de vida, e suas consequências não são apenas sociais ou psicológicas, mas estão principalmente relacionadas à presença de co-morbidades como a hipertensão arterial, diabetes tipo II, doenças cardiovasculares e vários tipos de câncer. Portanto, o controle da obesidade é um desafio para a manutenção da saúde humana, atraindo o interesse de inúmeros pesquisadores que buscam o entendimento dos mecanismos associados ao seu desenvolvimento, bem como novos métodos terapêuticos e de prevenção. Com base nessas premissas, o presente estudo objetivou avaliar a associação entre alterações genéticas e a obesidade, com especial foco para a presença de danos no DNA e para o perfil de expressão e polimorfismos gênicos. A casuística do estudo incluiu 300 mulheres cadastradas na lista de espera para a realização de cirurgia bariátrica e 300 mulheres saudáveis, eutróficas, pareadas por idade. O teste do cometa foi utilizado para avaliação de danos primários no DNA de células sanguíneas; os polimorfismos dos genes da grelina (GHRL)e leptina (LEP)e dos seus receptores (GHSR e LEPR), da interleucina 6(IL-6) e da serotonina (5-HT2C) foram analisados pela técnica de RT-PCR; o perfil de expressão gênica em linfócitos foi avaliado pela metodologia do DNA microarray e a expressão dos genes adiponectina (ADIPOQ) e leptina (LEP) em adipócitos foi avaliada pela técnica de qRT-PCR. Os resultados mostraram que a frequência dos polimorfismos dos genes GHRL(rs26802), GHRS(rs572169), LEP(rs7799039), LEPR(rs 1137101), IL-6 (rs1800796) e 5-HT2C ... / Abstract: In the last decades, the incidence of overweight and obesity has increased worldwide. Nowadays, obesity is considered by the World Health Organization as a global epidemic with severe consequences that can lead to death. Obesity is a multifactorial disorder which involves different factors such as genetic, environment and life style, and its consequences are not only social or psychological, but are also related to the presence of comorbidities such as hyperthension, type 2 diabetes, heart diseases and many types of cancer. Therefore, obesity control has become a challenge for the human health maintenance, catching the attention of researchers that are trying to understand the mechanisms associated to its development, as well as therapeutical and preventive methods. Based on the information above, the present study aimed to evaluate the association between genetic alterations and obesity, with special focus on the presence of DNA damage, gene expression profiling and genetic polymorphisms. Our study included 300 morbid obese women registered for the bariatric surgery and 300 healthy eutrophic women, matched by age. The comet assay was used to assess primary DNA damage in blood cells; the genetic polymorphisms of ghrelin (GHRL), leptin (LEP) and their receptors (GHSR and LEPR), interleukin-6 (IL-6) and serotonin receptor (5-HT2C) were evaluated by the RT-PCR; gene expression profiling in lymphocytes was assessed by DNA microarrays; and adiponectin (ADIPOQ) and leptin (LEP) gene expression in adipocytes were evaluated by qRT-PCR. Our results showed that the frequencies of GHRL (rs26802), GHRS (rs572169), LEP (rs7799039), LEPR (rs 1137101), IL-6 (rs1800796) and 5-HT2C (rs 3813929) polymorphisms were not different between obese and control groups. However, obese presented higher levels of primary DNA damage (single and double strand breaks, alkali-labile sites and oxidative damage) than eutrophic women, indepedent on ... / Doutor

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Vanessa Paes da Cruz / Resumo: No presente estudo, foram analisadas citogeneticamente cinco espécies de peixes pertencentes ao gênero Trichomycterus: T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha e Trichomycterus sp., provenientes de diferentes bacias hidrográficas brasileiras. Foram utilizadas as técnicas de citogenética clássica (coloração com Giemsa, localização das RONs pela marcação com nitrato de Prata e bandamento C) e cito-moleculares (Hibridação Fluorescente in situ - FISH com sondas de DNAr 5S e 18S e o snDNA U2). Todas as espécies apresentaram número diploide de 2n=54 cromossomos com variações em sua fórmula cariotípica. Trichomycterus diabolus, T. iheringi, T. zonatus e Trichomycterus cf. mimonha apresentaram seu cariótipo com 34m + 12sm + 8st e Trichomycterus sp. apresentou 36m + 10sm + 8st, além da ocorrência de cromossomos supranumerários. As espécies também revelaram diferenças em relação ao tamanho dos dois primeiros pares cromossômicos do cariótipo, onde Trichomycterus sp. e T. diabolus apresentaram o primeiro e segundo metacêntrico de tamanho semelhante e maiores em relação aos demais cromossomos, enquanto em T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha e T. iheringi apenas o primeiro metacêntrico foi considerado o maior par. O bandamento C evidenciou blocos heterocromáticos instersticiais nos pares 2, 3, 7, 8, 19 e 23 de T. iheringi e no par 18 de T. diabolus, sendo que as demais espécies apresentaram blocos centroméricos de diferentes tamanhos espalhados por quase todo o cariótipo. As RONs foram identificadas em apenas um par cromossômico e foram coincidentes com a hibridação fluorescente in situ realizada com a sonda para DNAr 18S, com exceção de T. zonatus e Trichomycterus sp. que apresentaram marcações centroméricas no primeiro par e em um pequeno metacêntrico, respectivamente. A hibridação com a sonda para DNAr 5S revelou resultados mais diversos, sendo detectado um par para... / Abstract: In the present study five species of fish from the genus Trichomycterus were analyzed cytogenetically, including T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha and Trichomycterus sp., collected at different Brazilian basins. The analyses involved classical (Giemsa conventional staining, localization of NORs for silver nitrate marking and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescent in situ hybridization with ribosomal 5S and 18S, and U2 snDNA probes). All species showed diploid number of 2n = 54 chromosomes with variations in karyotype formula. Trichomycterus diabolus, T. iheringi, T. zonatus and Trichomycterus cf. mimonha presented their karyotype with 34m + 12sm + 8st and Trichomycterus sp. presented 36m + 10sm + 8st, besides the occurrence of supernumerary chromosomes. The species also reveals differences in relation to the size of the first two chromosome pairs of the karyotype, where Trichomycterus sp. and T. diabolus presented the first and second metacentric with similar size and larger than the other chromosomes, while in T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha and T. iheringi only the first metacentric was considered the largest pair. The constitutive heterochromatin showed interstitial blocks in pairs 2, 3, 7, 8, 19 and 23 in T. iheringi and the par 18 in T. diabolus and the other species presented centromeric blocks with different sizes spread throughout the greater part of the karyotype. NORs were identified in only one chromosome pair and were coincident with the fluorescent in situ hybridization using probes of 18S rDNA, except for T. zonatus and Trichomycterus sp. that showed additional centromeric signals on the first pair and other small metacentric, respectively. FISH using the probes of 5S rDNA was differentially distributed in the different species, with one chromosome pairs detected in T. diabolus, two pairs in T. iheringi, T. zonatus and three ... / Mestre

Orientador: Fauto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Diego Teruo Hashimoto / Banca: Marcelo Ricardo Vicari / Banca: Orlando Moreira Filho / Banca: Claudio de Oliveira / Resumo: No presente estudo, foram analisadas dezoito espécies de peixes do gênero Characidium, C. cf. zebra, C. tenue, C. xavante, C. stigmosum, Characidium sp1, Characidium sp2, Characidium sp3, Characidium sp4, Characidium sp5, Characidium sp6, C. pterostictum, C. vestigipinne, C. rachovii, C. orientale, C. serrano, C. timbuiense, C. vidali e Characidium sp. aff. C. vidali de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas (coloração com Giemsa e bandamento C) e moleculares (hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 18S e 5S, DNA telomérico (TTAGGG)n e 4 sequências de microssatélites ((CA)15, (GA)15, (CG)15 e (TTA)10), e pintura cromossômica através da microdissecção e amplificação do cromossomo sexual W de C. gomesi (sonda chamada de CgW). Além disso, foi realizado o sequenciamento de DNA associado a sítios de restrição pela enzima SbfI (RAD-tags) através do sistema Illumina Genome Analyzer em machos e fêmeas de C. gomesi. Todas as espécies apresentaram número diploide de 2n=50 cromossomos, com predominância dos cromossomos dos tipos meta e submetacêntricos, além da ocorrência de cromossomos supranumerários em Characidium sp. aff. C. vidali e um par cromossômico acrocêntrico exclusivo detectado em C. pterostictum, C. serrano e C. timbuiense. Foi observada também a ocorrência de um sistema ZZ/ZW de cromossomos sexuais em distintos estágios de diferenciação em todas as espécies, com exceção de Characidium cf. zebra, C. tenue, C. xavante e C. stigmosum. A análise da heterocromatina constitutiva por bandamento C revelou a presença de heterocromatina nos cromossomos sexuais, principalmente no cromossomo W e em blocos intersticiais e/ou teloméricos nos braços longos do cromossomo Z e nos cromossomos Bs de Characidium sp. aff. C. vidali. Sequências de DNAr 5S foram localizadas em diferentes cromossomos, com variação na quantidade de sítios entre as espécies,... / Abstract: In the present study, eighteen species from the genus Characidium collected at different river basins were analyzed, including C. cf. zebra, C. tenue, C. xavante, C. stigmosum, Characidium sp1, Characidium sp2, Characidium sp3, Characidium sp4, Characidium sp5, Characidium sp6, C. pterostictum, C. vestigipinne, C. rachovii, C. orientale, C. serrano, C. timbuiense, C. vidali e Characidium sp. aff. C. vidali. The analyses involved classical (Giemsa conventional staining and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescent in situ hybridization with ribosomal 5S and 18S, telomeric, microsatellite motifs and U2 snDNA probes, whole chromosome painting using W-specific probe obtained from C. gomesi-CgW). Besides that, DNA sequencing of restriction-associated DNA (RAD) was carried out in males and females of C. gomesi. All species showed diploid chromosome numbers of 2n=50, with karyotypes mainly composed of meta- and submetacentric types, besides the occurrence of supernumerary chromosomes in Characidium sp. aff. C. vidali and one acrocentric pair in C. pterostictum, C. serrano e C. timbuiense. Also, almost all the analyzed species showed a ZZ/ZW sex chromosome system in distinct evolutionary stages, except Characidium cf. zebra, C. tenue, C. xavante e C. stigmosum. The constitutive heterochromatin was located differentially on the W chromosomes and in interstitial and telomeric position on the Z chromosomes, as well as in the B chromosomes of Characidium sp. aff. C. vidali. 5S rDNA was differentially distributed in the different species, with variations on the number of clusters per genome and position in the karyotype, while the 18S rDNA was conserved in number of sites per genome and variable in location. Conversely, the U2 snDNA distribution was conserved in a single homologous chromosome pair in all species, except in Characidium sp. aff. C. vidali and Characidium sp2. Telomeric probes revealed species with several interstitial... / Doutor

Orientador: José Roberto Fioretto / Banca: Rossano Cesar Bonatto / Banca: Mário Ferreira Carpi / Banca: Marcelo Barciela Brandão / Banca: Regina Gricolli César / Resumo: Não disponível / Abstract: Not available / Doutor