Indiana University-Purdue University Indianapolis (IUPUI) / Accurate determination of working length during endodontic therapy is critical in achieving a predictable and successful outcome. Working length is determined by the use of electronic apex locators, tactile perception, knowledge of average tooth lengths and dental radiography. Due to the increasing use of digital radiography in clinical practice, a comparison with conventional film in working length determination is justified. The purpose of this study is to determine if there is a difference between Schick digital radiography and Kodak Ultra-speed film in the accurate determination of working lengths when vertical angulation of the object is variable. Twelve teeth with #15 K-flex files at varying known lengths from the anatomical apex were mounted in a resin-plaster mix to simulate bone density. A mounting jig for the standardization of projection geometries allowed for exact changes in vertical angulation as it related to the object (tooth) and the film/sensor. Each tooth was imaged using Schick CDR and Kodak Ultra-speed film at varying angles with a consistent source-film distance and exposure time. Four dental professionals examined the images and films independently and measured the distance from the tip of the file to radiographic apex and recorded their results. The error in working length was calculated as the observed value minus the known working length for each tooth type. A mixed-effects, full-factorial analysis of variance (ANOVA) model was used to model the error in working length. Included in the ANOVA model were fixed effects for type of image, vertical angulation, and the interaction of angle and film type. Tooth type and examiner were included in the model as random effects assuming a compound symmetry covariance structure. The repeatability of each examiner, for each film type, was assessed by estimating the intra-class correlation coefficient (ICC). The ICC was determined when 12 randomly selected images and radiographs were reevaluated 10 days after initial measurements. The repeatability of each examiner for Schick CDR was good with ICCs ranging from 0.67 to 1.0. Repeatability for the conventional film was poor with ICCs varying from -0.29 to 0.55. We found the error in the working length was not significantly different between film types (p = 0.402). After adjusting for angle, we found that error in the working length from the digital image was only 0.02 mm greater (95-percent CI: -0.03, 0.06) than the conventional film. Furthermore, there was not a significant difference among the angles (p = 0.246) nor in the interaction of image type with angle (p = 0.149). Based on the results of our study, we conclude that there is not a statistically significant difference in determining working length between Schick CDR and Kodak Ektaspeed film when vertical angulation is modified.

O objetivo do presente estudo clínico foi compreender o efeito do uso prévio de agentes antimicrobianos na diversidade e a estrutura do microbioma procariótico de saliva, biofilme supragengival e canal radicular de dentes com infecção endodôntica aguda. Realizaram-se coletas microbiológicas de saliva (S), biofilme supragengival (BS) e canal radicular (CR) de pacientes que não utilizaram antibióticos (G1: n=6) e de pacientes que utilizaram antibióticos (G2: n=6). Para a caracterização das comunidades de procariotos por meio de sequenciamento de alto rendimento, foram produzidos pools de seis amostras para cada um dos sítios. A região hipervariável V3-V4 do gene 16S rRNA foi amplificada e a plataforma Illumina MiSeq foi empregada para análise das sequências geradas. Foram determinadas a presença e abundância relativa das unidades taxonômicas operacionais (OTUs) em cada amostra. Procedeu-se a análise de alfa-diversidade para cada amostra, considerando-se as métricas de Simpson, dominância, estimativa de riqueza de Chao-I e o Índice de Shannon. Os valores obtidos foram comparados por meio de testes estatísticos. Para a análise dos índices de beta-diversidade, empregou-se o método de agrupamento UPGMA, com jackknifing e método de comparação UniFrac com peso. A representação gráfica tridimensional da beta-diversidade foi realizada por meio de análise de coordenadas principais. A técnica de PCR gene específico foi empregada para determinar a presença de genes relacionados à resistência bacteriana para agentes beta-lactâmicos (blaTEM, blaZ, ampC, mecA), macrolídeos (ermB, ermC, mefA), tetraciclinas (tetM, tetQ, tetW), lincosamidas (lnuB, lsaB) e vancomicina (vanA, vanD, vanE). A similaridade para a presença/ausência de genes de resistência nas amostras de S, BS e CR em G1 e G2 foi determinada por meio de coeficiente de agrupamento, utilizando-se o método UPGMA com distância Euclidiana. Todos os pacientes apresentavam infecção endodôntica aguda, caracterizada pela presença de dor espontânea, necrose pulpar e dor à percussão vertical. Aumento de volume foi observado em 8/12 pacientes. Os pacientes do Grupo 2 utilizaram beta-lactâmicos previamente à consulta (amoxicilina = 5; cefalexina = 1). Há predomínio de integrantes do domínio Bactéria em todas S, BS e CR. Archaea pertencentes ao gênero Methanobrevibacter foram encontradas apenas em amostras de CR, constituindo menos de 1% do total de OTUs (G1-CR = 0,319%; G2-CR = 0,014%). Há predomínio de bactérias dos filos Firmicutes e Bacteroidetes em amostras de S, BS e CR. Há redução intensa no percentual de OTUs pertencentes ao Filo Firmicutes em amostras de saliva, quando antibiótico foi utilizado (G1-S = 75,371; G2-S = 35,242). Comportamento oposto ocorreu neste ecossistema para integrantes do Filo Bacteroidetes (G1-S = 12,657; G2-S = 33,947). Tanto em G1 quanto em G2, bactérias do gênero Streptococcus predominam em amostras de S e BS. Em canais radiculares, maiores percentuais de OTUs foram observados para os gêneros Porphyromonas e Prevotella. As métricas de alfadiversidade indicam que o uso prévio de antimicrobiano parece oportunizar o estabelecimento de espécies antes menos abundantes, especialmente em saliva (dominância: G1-S>G2-S; índice de Shanon: G1-S<G2-S; índice de Simpson: G1- S<G2-S; índice de Chao-1: G1-S<G2-S). A análise de beta-diversidade mostra proximidade entre G1-BS e G2-BS; há distanciamento entre G1-S e G2-S. As amostras G1-CR e G2-CR estão mais distantes de S e BS, sugerindo maior seleção imposta pelo ecossistema do CR aos procariotos. Os genes de resistência mais frequentemente detectados foram tetM, tetQ, tetM, ermB e mefA. Não foram detectados genes vanA, vanD, vanE, blaZ, mecA, lnuB e ermC. O gene ermB foi frequentemente detectado em amostras de S, BS e CR em ambos os grupos. Em pacientes que não utilizaram antibiótico, o gene tetM e o gene tetQ foram detectados simultaneamente em S, BS e CR (tetM = 4/6; tetQ = 3/6). A análise multivariada não demonstrou nível de agrupamento alto entre amostras de um mesmo paciente, de um mesmo ecossistema, ou de um mesmo grupo. A partir dos resultados do presente estudo, observou-se que a utilização de agente antimicrobiano betalactâmico parece alterar parâmetros composicionais de comunidades de procariotos na cavidade bucal. Entretanto, particularidades relativas a cada ecossistema podem modular a extensão deste efeito, parecendo ser mais intensos em amostras de S do que em BS e CR. / The present clinical study aimed to assess the effect of antibiotics over the diversity and structure in prokaryotic communities of saliva, supragengival biofilm and root canal of teeth with acute primary infections. Samples of saliva (S), supragengival biofilm (BS) and root canal of teeth with acute primary infections (CR) were collected from patients, and were grouped according with the previous use of antibiotic (G1 = no antibiotics; G2 = antibiotics). Pooled samples for each community were evaluated. DNA sequencing was performed with MiSeq (Illumina). The V3-V4 hypervariable region from the 16S rRNA gene was amplified. The presence and relative abundance of the operational taxonomic units (OTUs) was determined for each sample. Alpha-diversity analysis was performed with the Simpson’s index, dominance, Chao-1 richness index and Shannon’s index. Statistical analysis was carried out to compare their values for each community.Beta-diversity was computed through UPGMA clustering and jackknifing. The principal coordinate analysis employed weighted UniFrac. Gene-specific PCR was employed to detect resistance genes to lactamics (blaTEM, blaZ, ampC, mecA), macrolides (ermB, ermC, mefA), tetracyclines (tetM, tetQ, tetW), lincosamides (lnuB, lsaB) e vancomycin (vanA, vanD, vanE). The UPGA clustering analysis with Euclidean distance was applied to investigate the existence of similar groups of samples. A dendrogram was constructed to show the arrangement of the sample groups produced by clustering. All the patients had primary acute endodontic infections, with spontaneous pain, pulp necrosis and tenderness on percussion. Swelling was observed for 8 out of 12 patients. Patients from G2 had lactamics before the urgency appointment (amoxicillin = 5; cephalexin = 1). Bacteria were predominant in S, BS and CR samples. Archaea belonging to the genus Methanobrevibacter were only detected in RC samples and comprised less than 1% of all the OTUs G1-CR = 0.319%; G2-CR = 0.014%). The great majority of the detected OTUs in S, BS, and CR belonged to the phyla Firmicutes and Bacteroidetes. Reduction in the percentage of Firmicutes was observed in G2-S (G1-S = 75.371%; G2-S = 35.242%). A distinct behavior was demonstrated by the Bacteroidetes (G1- S = 12.657%; G2-S = 33.947%). Components belonging to the genus Streptococcus were predominant in S and BS, for both G1 and G2. CR harbored high percentage of species belonging to the genus Porphyromonas and Prevotella. The alpha-diversity indexes demonstrated that the G2-S had an increase in low abundant species (dominance: G1- S>G2-S; Shanon index: G1-S<G2-S; Simpson index: G1-S<G2-S; Chao-1 index: G1-S<G2- S). Beta-diversity showed that G1-BS and G2-BS had close spatial distribution. G1-CR and G2-CR were more distant from S and BS samples. The RC may promote a most intense species selection, due to environmental conditions. The most frequently detected genes associated with resistance to antibiotics were tetM, tetQ, tetM, ermB, and mefA. The genes vanA, vanD, vanE, blaZ, mecA, lnuB, and ermC were not detected in the samples. The gene ermB was frequently detected in S, BS and CR samples. In patients from G1, tetM and tetQ were detected simultaneously in all the three environments (tetM = 4/6; tetQ = 3/6). There was no clustering behavior for samples belonging to different environments in the same patients and between the same environment samples from different groups. An overall analysis from the data allows for suggesting that the use of lactamic agents may alter compositional parameters from prokaryotic communities in the oral cavity to different extents. Specific environmental characteristics from each site may modulate the effect that seemed to be more intense for S than for BS and CR.

Orientador: Mário Tanomaru Filho / Banca: Marco Antônio Húngaro Duarte / Banca: Paulo Sérgio Cerri / Resumo: A proposta do estudo foi avaliar a microbiota endodôntica de dentes de humanos sem vitalidade pulpar com ou sem lesão periapical visível radiograficamente por meio das técnicas de "Checkerboard DNA-DNA Hybridization" e cultura microbiológica. Foram utilizados 20 dentes unirradiculados, divididos em casos de necrose pulpar sem lesão periapical (Grupo I) e dentes com necrose pulpar e lesão periapical (Grupo II). A colheita do material do canal radicular foi realizada com lima K e cones de papel absorvente. Para a técnica de cultura, as amostras foram semeadas em meios As, Ask, Ms e Tio's, para avaliação da presença de microrganismos anaeróbios, aeróbios e facultativos. Para a técnica de "Checkerboard DNA-DNA Hybridization", foi realizado o processamento do DNA extraído das amostras e das sondas de DNA de 33 microrganismos. Os resultados mostraram nas duas técnicas empregadas a presença de microrganismos. A técnica de hibridação DNA - DNA checkerboard permitiu a identificação de 31 espécies diferentes no Grupo I e de 32 espécies diferentes no Grupo II. Fusobacterium nucleatum spp polymorphum (80%), Porphyromonas gingivalis (80%), Prevotella melaninogenica (90%) predominaram no Grupo I. As sondas Streptococcus mitis e Selenomonas noxia não foram detectadas em nenhuma amostra deste grupo. No Grupo II, Fusobacterium nucleatum spp polymorphum, Neisseria mucosa e Porphyromonas gingivalis foram detectadas em todos os casos e Selenomonas noxia não foi encontrada em nenhuma das amostras deste grupo. Houve tendência para maior presença de bactérias anaeróbias obrigatórias moderadas no Grupo II, embora sem diferença significante (p>0,05), em relação ao Grupo I, de acordo com a cultura microbiológica. Foi observada maior freqüência de espécies bacterianas anaeróbias obrigatórias moderadas nos canais radiculares, tanto para o Grupo I como para o Grupo II, de acordo com a técnica de hibridação DNA-DNA checkerboard. / Abstract: The purpose of this study was to evaluate the endodontic microbiota from human's teeth, with no pulp vitality, with or without radiographic chronic periapical lesion, using a culture microbiologic method and checkerboard DNA-DNA hybridization technique. The whole sample, with 20 single root's teeth, was collected and divided into: teeth with no pulp vitality without periapical lesion (Group I) and teeth with no pulp vitality with periapical lesion (Group II). The samples were obtained with K file and absorbent paper points. To the culture technique, the samples were grown by using media like As, Ask, Ms and Tio's. To checkerboard DNA-DNA hybridization technique, the samples of DNA extracted crossed with microorganisms' DNA obtained from ATCC. The results demonstrated in two techniques used that in all the samples identified microorganisms, at least 20 ufc/ml. The checkerboard DNA-DNA hybridization technique demonstrated the identification of 31 different species of microorganisms in Group I and 32 different species of microorganisms in Group II. Fusobacterium nucleatum spp polymorphum (80%), Porphyromonas gingivalis (80%), Prevotella melaninogenica (90%) predominated in Group I. The probes Streptococcus mitis and Selenomonas noxia were not detected in no sample in this group. At Group II, Fusobacterium nucleatum spp polymorphum, Neisseria mucosa and Porphyromonas gingivalis were detected in all cases, and Selenomonas noxia was not present in sample of this group. It was tendency to greater number strict anaerobe microorganisms in Group II, however without statistical significance (p>0.05), in relation Group I, in accord with culture microbiologic method. It was detected a greater frequency of anaerobe strict microorganisms species in root canal, in both Groups I and II, in accord with the checkerboard DNA-DNA hybridization technique. / Mestre

O objetivo do presente estudo clínico foi compreender o efeito do uso prévio de agentes antimicrobianos na diversidade e a estrutura do microbioma procariótico de saliva, biofilme supragengival e canal radicular de dentes com infecção endodôntica aguda. Realizaram-se coletas microbiológicas de saliva (S), biofilme supragengival (BS) e canal radicular (CR) de pacientes que não utilizaram antibióticos (G1: n=6) e de pacientes que utilizaram antibióticos (G2: n=6). Para a caracterização das comunidades de procariotos por meio de sequenciamento de alto rendimento, foram produzidos pools de seis amostras para cada um dos sítios. A região hipervariável V3-V4 do gene 16S rRNA foi amplificada e a plataforma Illumina MiSeq foi empregada para análise das sequências geradas. Foram determinadas a presença e abundância relativa das unidades taxonômicas operacionais (OTUs) em cada amostra. Procedeu-se a análise de alfa-diversidade para cada amostra, considerando-se as métricas de Simpson, dominância, estimativa de riqueza de Chao-I e o Índice de Shannon. Os valores obtidos foram comparados por meio de testes estatísticos. Para a análise dos índices de beta-diversidade, empregou-se o método de agrupamento UPGMA, com jackknifing e método de comparação UniFrac com peso. A representação gráfica tridimensional da beta-diversidade foi realizada por meio de análise de coordenadas principais. A técnica de PCR gene específico foi empregada para determinar a presença de genes relacionados à resistência bacteriana para agentes beta-lactâmicos (blaTEM, blaZ, ampC, mecA), macrolídeos (ermB, ermC, mefA), tetraciclinas (tetM, tetQ, tetW), lincosamidas (lnuB, lsaB) e vancomicina (vanA, vanD, vanE). A similaridade para a presença/ausência de genes de resistência nas amostras de S, BS e CR em G1 e G2 foi determinada por meio de coeficiente de agrupamento, utilizando-se o método UPGMA com distância Euclidiana. Todos os pacientes apresentavam infecção endodôntica aguda, caracterizada pela presença de dor espontânea, necrose pulpar e dor à percussão vertical. Aumento de volume foi observado em 8/12 pacientes. Os pacientes do Grupo 2 utilizaram beta-lactâmicos previamente à consulta (amoxicilina = 5; cefalexina = 1). Há predomínio de integrantes do domínio Bactéria em todas S, BS e CR. Archaea pertencentes ao gênero Methanobrevibacter foram encontradas apenas em amostras de CR, constituindo menos de 1% do total de OTUs (G1-CR = 0,319%; G2-CR = 0,014%). Há predomínio de bactérias dos filos Firmicutes e Bacteroidetes em amostras de S, BS e CR. Há redução intensa no percentual de OTUs pertencentes ao Filo Firmicutes em amostras de saliva, quando antibiótico foi utilizado (G1-S = 75,371; G2-S = 35,242). Comportamento oposto ocorreu neste ecossistema para integrantes do Filo Bacteroidetes (G1-S = 12,657; G2-S = 33,947). Tanto em G1 quanto em G2, bactérias do gênero Streptococcus predominam em amostras de S e BS. Em canais radiculares, maiores percentuais de OTUs foram observados para os gêneros Porphyromonas e Prevotella. As métricas de alfadiversidade indicam que o uso prévio de antimicrobiano parece oportunizar o estabelecimento de espécies antes menos abundantes, especialmente em saliva (dominância: G1-S>G2-S; índice de Shanon: G1-S<G2-S; índice de Simpson: G1- S<G2-S; índice de Chao-1: G1-S<G2-S). A análise de beta-diversidade mostra proximidade entre G1-BS e G2-BS; há distanciamento entre G1-S e G2-S. As amostras G1-CR e G2-CR estão mais distantes de S e BS, sugerindo maior seleção imposta pelo ecossistema do CR aos procariotos. Os genes de resistência mais frequentemente detectados foram tetM, tetQ, tetM, ermB e mefA. Não foram detectados genes vanA, vanD, vanE, blaZ, mecA, lnuB e ermC. O gene ermB foi frequentemente detectado em amostras de S, BS e CR em ambos os grupos. Em pacientes que não utilizaram antibiótico, o gene tetM e o gene tetQ foram detectados simultaneamente em S, BS e CR (tetM = 4/6; tetQ = 3/6). A análise multivariada não demonstrou nível de agrupamento alto entre amostras de um mesmo paciente, de um mesmo ecossistema, ou de um mesmo grupo. A partir dos resultados do presente estudo, observou-se que a utilização de agente antimicrobiano betalactâmico parece alterar parâmetros composicionais de comunidades de procariotos na cavidade bucal. Entretanto, particularidades relativas a cada ecossistema podem modular a extensão deste efeito, parecendo ser mais intensos em amostras de S do que em BS e CR. / The present clinical study aimed to assess the effect of antibiotics over the diversity and structure in prokaryotic communities of saliva, supragengival biofilm and root canal of teeth with acute primary infections. Samples of saliva (S), supragengival biofilm (BS) and root canal of teeth with acute primary infections (CR) were collected from patients, and were grouped according with the previous use of antibiotic (G1 = no antibiotics; G2 = antibiotics). Pooled samples for each community were evaluated. DNA sequencing was performed with MiSeq (Illumina). The V3-V4 hypervariable region from the 16S rRNA gene was amplified. The presence and relative abundance of the operational taxonomic units (OTUs) was determined for each sample. Alpha-diversity analysis was performed with the Simpson’s index, dominance, Chao-1 richness index and Shannon’s index. Statistical analysis was carried out to compare their values for each community.Beta-diversity was computed through UPGMA clustering and jackknifing. The principal coordinate analysis employed weighted UniFrac. Gene-specific PCR was employed to detect resistance genes to lactamics (blaTEM, blaZ, ampC, mecA), macrolides (ermB, ermC, mefA), tetracyclines (tetM, tetQ, tetW), lincosamides (lnuB, lsaB) e vancomycin (vanA, vanD, vanE). The UPGA clustering analysis with Euclidean distance was applied to investigate the existence of similar groups of samples. A dendrogram was constructed to show the arrangement of the sample groups produced by clustering. All the patients had primary acute endodontic infections, with spontaneous pain, pulp necrosis and tenderness on percussion. Swelling was observed for 8 out of 12 patients. Patients from G2 had lactamics before the urgency appointment (amoxicillin = 5; cephalexin = 1). Bacteria were predominant in S, BS and CR samples. Archaea belonging to the genus Methanobrevibacter were only detected in RC samples and comprised less than 1% of all the OTUs G1-CR = 0.319%; G2-CR = 0.014%). The great majority of the detected OTUs in S, BS, and CR belonged to the phyla Firmicutes and Bacteroidetes. Reduction in the percentage of Firmicutes was observed in G2-S (G1-S = 75.371%; G2-S = 35.242%). A distinct behavior was demonstrated by the Bacteroidetes (G1- S = 12.657%; G2-S = 33.947%). Components belonging to the genus Streptococcus were predominant in S and BS, for both G1 and G2. CR harbored high percentage of species belonging to the genus Porphyromonas and Prevotella. The alpha-diversity indexes demonstrated that the G2-S had an increase in low abundant species (dominance: G1- S>G2-S; Shanon index: G1-S<G2-S; Simpson index: G1-S<G2-S; Chao-1 index: G1-S<G2- S). Beta-diversity showed that G1-BS and G2-BS had close spatial distribution. G1-CR and G2-CR were more distant from S and BS samples. The RC may promote a most intense species selection, due to environmental conditions. The most frequently detected genes associated with resistance to antibiotics were tetM, tetQ, tetM, ermB, and mefA. The genes vanA, vanD, vanE, blaZ, mecA, lnuB, and ermC were not detected in the samples. The gene ermB was frequently detected in S, BS and CR samples. In patients from G1, tetM and tetQ were detected simultaneously in all the three environments (tetM = 4/6; tetQ = 3/6). There was no clustering behavior for samples belonging to different environments in the same patients and between the same environment samples from different groups. An overall analysis from the data allows for suggesting that the use of lactamic agents may alter compositional parameters from prokaryotic communities in the oral cavity to different extents. Specific environmental characteristics from each site may modulate the effect that seemed to be more intense for S than for BS and CR.

O objetivo do presente estudo clínico foi compreender o efeito do uso prévio de agentes antimicrobianos na diversidade e a estrutura do microbioma procariótico de saliva, biofilme supragengival e canal radicular de dentes com infecção endodôntica aguda. Realizaram-se coletas microbiológicas de saliva (S), biofilme supragengival (BS) e canal radicular (CR) de pacientes que não utilizaram antibióticos (G1: n=6) e de pacientes que utilizaram antibióticos (G2: n=6). Para a caracterização das comunidades de procariotos por meio de sequenciamento de alto rendimento, foram produzidos pools de seis amostras para cada um dos sítios. A região hipervariável V3-V4 do gene 16S rRNA foi amplificada e a plataforma Illumina MiSeq foi empregada para análise das sequências geradas. Foram determinadas a presença e abundância relativa das unidades taxonômicas operacionais (OTUs) em cada amostra. Procedeu-se a análise de alfa-diversidade para cada amostra, considerando-se as métricas de Simpson, dominância, estimativa de riqueza de Chao-I e o Índice de Shannon. Os valores obtidos foram comparados por meio de testes estatísticos. Para a análise dos índices de beta-diversidade, empregou-se o método de agrupamento UPGMA, com jackknifing e método de comparação UniFrac com peso. A representação gráfica tridimensional da beta-diversidade foi realizada por meio de análise de coordenadas principais. A técnica de PCR gene específico foi empregada para determinar a presença de genes relacionados à resistência bacteriana para agentes beta-lactâmicos (blaTEM, blaZ, ampC, mecA), macrolídeos (ermB, ermC, mefA), tetraciclinas (tetM, tetQ, tetW), lincosamidas (lnuB, lsaB) e vancomicina (vanA, vanD, vanE). A similaridade para a presença/ausência de genes de resistência nas amostras de S, BS e CR em G1 e G2 foi determinada por meio de coeficiente de agrupamento, utilizando-se o método UPGMA com distância Euclidiana. Todos os pacientes apresentavam infecção endodôntica aguda, caracterizada pela presença de dor espontânea, necrose pulpar e dor à percussão vertical. Aumento de volume foi observado em 8/12 pacientes. Os pacientes do Grupo 2 utilizaram beta-lactâmicos previamente à consulta (amoxicilina = 5; cefalexina = 1). Há predomínio de integrantes do domínio Bactéria em todas S, BS e CR. Archaea pertencentes ao gênero Methanobrevibacter foram encontradas apenas em amostras de CR, constituindo menos de 1% do total de OTUs (G1-CR = 0,319%; G2-CR = 0,014%). Há predomínio de bactérias dos filos Firmicutes e Bacteroidetes em amostras de S, BS e CR. Há redução intensa no percentual de OTUs pertencentes ao Filo Firmicutes em amostras de saliva, quando antibiótico foi utilizado (G1-S = 75,371; G2-S = 35,242). Comportamento oposto ocorreu neste ecossistema para integrantes do Filo Bacteroidetes (G1-S = 12,657; G2-S = 33,947). Tanto em G1 quanto em G2, bactérias do gênero Streptococcus predominam em amostras de S e BS. Em canais radiculares, maiores percentuais de OTUs foram observados para os gêneros Porphyromonas e Prevotella. As métricas de alfadiversidade indicam que o uso prévio de antimicrobiano parece oportunizar o estabelecimento de espécies antes menos abundantes, especialmente em saliva (dominância: G1-S>G2-S; índice de Shanon: G1-S<G2-S; índice de Simpson: G1- S<G2-S; índice de Chao-1: G1-S<G2-S). A análise de beta-diversidade mostra proximidade entre G1-BS e G2-BS; há distanciamento entre G1-S e G2-S. As amostras G1-CR e G2-CR estão mais distantes de S e BS, sugerindo maior seleção imposta pelo ecossistema do CR aos procariotos. Os genes de resistência mais frequentemente detectados foram tetM, tetQ, tetM, ermB e mefA. Não foram detectados genes vanA, vanD, vanE, blaZ, mecA, lnuB e ermC. O gene ermB foi frequentemente detectado em amostras de S, BS e CR em ambos os grupos. Em pacientes que não utilizaram antibiótico, o gene tetM e o gene tetQ foram detectados simultaneamente em S, BS e CR (tetM = 4/6; tetQ = 3/6). A análise multivariada não demonstrou nível de agrupamento alto entre amostras de um mesmo paciente, de um mesmo ecossistema, ou de um mesmo grupo. A partir dos resultados do presente estudo, observou-se que a utilização de agente antimicrobiano betalactâmico parece alterar parâmetros composicionais de comunidades de procariotos na cavidade bucal. Entretanto, particularidades relativas a cada ecossistema podem modular a extensão deste efeito, parecendo ser mais intensos em amostras de S do que em BS e CR. / The present clinical study aimed to assess the effect of antibiotics over the diversity and structure in prokaryotic communities of saliva, supragengival biofilm and root canal of teeth with acute primary infections. Samples of saliva (S), supragengival biofilm (BS) and root canal of teeth with acute primary infections (CR) were collected from patients, and were grouped according with the previous use of antibiotic (G1 = no antibiotics; G2 = antibiotics). Pooled samples for each community were evaluated. DNA sequencing was performed with MiSeq (Illumina). The V3-V4 hypervariable region from the 16S rRNA gene was amplified. The presence and relative abundance of the operational taxonomic units (OTUs) was determined for each sample. Alpha-diversity analysis was performed with the Simpson’s index, dominance, Chao-1 richness index and Shannon’s index. Statistical analysis was carried out to compare their values for each community.Beta-diversity was computed through UPGMA clustering and jackknifing. The principal coordinate analysis employed weighted UniFrac. Gene-specific PCR was employed to detect resistance genes to lactamics (blaTEM, blaZ, ampC, mecA), macrolides (ermB, ermC, mefA), tetracyclines (tetM, tetQ, tetW), lincosamides (lnuB, lsaB) e vancomycin (vanA, vanD, vanE). The UPGA clustering analysis with Euclidean distance was applied to investigate the existence of similar groups of samples. A dendrogram was constructed to show the arrangement of the sample groups produced by clustering. All the patients had primary acute endodontic infections, with spontaneous pain, pulp necrosis and tenderness on percussion. Swelling was observed for 8 out of 12 patients. Patients from G2 had lactamics before the urgency appointment (amoxicillin = 5; cephalexin = 1). Bacteria were predominant in S, BS and CR samples. Archaea belonging to the genus Methanobrevibacter were only detected in RC samples and comprised less than 1% of all the OTUs G1-CR = 0.319%; G2-CR = 0.014%). The great majority of the detected OTUs in S, BS, and CR belonged to the phyla Firmicutes and Bacteroidetes. Reduction in the percentage of Firmicutes was observed in G2-S (G1-S = 75.371%; G2-S = 35.242%). A distinct behavior was demonstrated by the Bacteroidetes (G1- S = 12.657%; G2-S = 33.947%). Components belonging to the genus Streptococcus were predominant in S and BS, for both G1 and G2. CR harbored high percentage of species belonging to the genus Porphyromonas and Prevotella. The alpha-diversity indexes demonstrated that the G2-S had an increase in low abundant species (dominance: G1- S>G2-S; Shanon index: G1-S<G2-S; Simpson index: G1-S<G2-S; Chao-1 index: G1-S<G2- S). Beta-diversity showed that G1-BS and G2-BS had close spatial distribution. G1-CR and G2-CR were more distant from S and BS samples. The RC may promote a most intense species selection, due to environmental conditions. The most frequently detected genes associated with resistance to antibiotics were tetM, tetQ, tetM, ermB, and mefA. The genes vanA, vanD, vanE, blaZ, mecA, lnuB, and ermC were not detected in the samples. The gene ermB was frequently detected in S, BS and CR samples. In patients from G1, tetM and tetQ were detected simultaneously in all the three environments (tetM = 4/6; tetQ = 3/6). There was no clustering behavior for samples belonging to different environments in the same patients and between the same environment samples from different groups. An overall analysis from the data allows for suggesting that the use of lactamic agents may alter compositional parameters from prokaryotic communities in the oral cavity to different extents. Specific environmental characteristics from each site may modulate the effect that seemed to be more intense for S than for BS and CR.

Orientador: Eduardo Galera da Silva / Banca: Claudio Hideki Kubo / Banca: Rodrigo Máximo de Araújo / Resumo: Para que o tratamento endodôntico tenha sucesso, buscam-se meios de realizar uma limpeza eficiente e modelagem adequada do canal radicular. No entanto, na prática clínica, alguns problemas podem ser encontrados durante a instrumentação, sendo um deles a formação de micro trincas e linhas de fratura, que podem evoluir após o estresse causado pelas forças oclusais e resultar em uma fratura completa da raiz. O presente estudo teve por objetivo avaliar a incidência de micro trincas dentinárias em 48 incisivos inferiores humanos extraídos, utilizando estereomicroscópio e Tomografia Computadorizada de Feixe Cônico (TCFC), após o preparo do canal radicular com o sistema ProDesign S (Easy Equipamentos Odontológicos, Belo Horizonte, MG, Brasil) em movimento rotatório e reciprocante, o sistema ProDesign R (Easy Equipamentos Odontológicos, Belo Horizonte, MG, Brasil) em movimento reciprocante e o sistema Reciproc (VDW, Munich, Germany) em movimento reciprocante. Além disso, buscouse analisar a superfície dos instrumentos quando sem uso, após o primeiro uso, e sucessivamente até o terceiro uso, através de estereomicroscópio e microscopia eletrônica de varredura. Os resultados foram submetidos à análise estatística por meio da Prova de Friedman. Houve formação de micro trincas dentinárias em todos os grupos avaliados em Estereomicroscópio após o preparo do canal radicular utilizando o sistema ProDesign S em movimento rotatório e reciprocante, o sistema ProDesign R em movimento reciprocant... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: So that the endodontic treatment is successful, means to achieve an efficient cleaning and proper modeling of root canal are sought. However, in clinical practice, some problems may be encountered during the instrumentation, one of them being the formation of micro cracks and lines of fracture, which may evolve after the stress caused by occlusal forces and result in a complete root fracture. The objective of this study is to evaluate the incidence of dentin micro cracks in 48 extracted human incisors using stereomicroscope and cone beam computed tomography (TCFC), after the root canal preparation with ProDesign S system (Easy Equipamentos Odontológicos, Belo Horizonte, MG, Brazil), in rotatory and reciprocating movement, ProDesign R system (Easy Equipamentos Odontológicos, Belo Horizonte, MG, Brazil) in reciprocating movement and Reciproc system (VDW, Munich, Germany) in reciprocating movement. In addition, it was aimed to analyze the instruments surface when without use, after first use, and successively until the third use, through a stereomicroscope and scanning electron microscopy. The results will be subjected to statistical analysis by means of the Friedman test. Dentin micro cracks were formed in all groups evaluated in a stereomicroscope after root canal preparation using the ProDesign S system in rotating and reciprocating motion, the ProDesign R system in reciprocating motion and the Reciproc system in reciprocating motion; but without statistically significant dif... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Indiana University-Purdue University Indianapolis (IUPUI) / Introduction: One of the challenges of non-surgical root canal treatment (NSRCT) is determining the working length of the canal which indicates the exact end point of root canal preparation and obturation. The development of the Electronic Apex Locator (EAL) has helped the clinician to determine the location of the apical foramen, and hence the working length, when performing NSRCT. Objective: The objective of this in vitro study was to determine the accuracy of a new EAL, the E-PEX (Changzhou Eighteeth Medical Technology Co., China), and compare it to a commonly used EAL, the Root ZX II (J. Morita Corp, Kyoto, Japan), for determining the location of the apical foramen. Materials and Methods: Twenty extracted single rooted teeth were used in this study. The crowns were removed and the distance from a coronal reference point to the apical foramen was measured utilizing a k-file and direct visualization under magnification. Teeth were then mounted in alginate and measurements for the apical foramen were made using the Root ZX II and the E-PEX. The difference between the actual canal length and the electronic length was then calculated and compared. Results: The mean true difference was -0.20, and -0.19 for the E-PEX and Root ZX II respectively. The mean absolute difference was 0.28, and 0.26 for the E-PEX and Root ZX II respectively. Paired t-tests done separately for true differences (p = 0.45) and absolute differences (p = 0.21) showed no significant difference among EALs. The percentage of measurements falling within 0.5 mm of the actual canal lengths for each EAL were 95% and 90% for the E-PEX and Root ZX II respectively. McNemar’s test was used to compare between the two test methods for the percentage within 0.5 mm and revealed no significant difference (p = 0.32). Conclusion: The Root ZX II had an average measurement that was slightly closer to the actual length of the canal when compared to the E-PEX, while the E-PEX had a higher percentage of measurement within 0.5 mm of the apical foramen. However, these differences were not statistically significant.

Orientador: Regina Maria Puppin-Rontani / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campina, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-12T09:08:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pascon_FernandaMiori_D.pdf: 20418378 bytes, checksum: 123cef34dc5e16d51cd9c6553ae586c5 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A utilização de substâncias químicas auxiliares, durante o tratamento endodôntico, pode alterar a composição química e as propriedades físicas da estrutura dentinária corono-radicular. Além disso, pode interferir no processo de união do material restaurador às estruturas dentinárias da câmara pulpar. Dessa maneira, pesquisas devem ser realizadas possibilitando a indicação de uma substância, que apresente o mínimo efeito nas propriedades mecânicas dentinárias, enquanto exerce o efeito de debridamento desejado. No intuito de facilitar a apresentação desta Tese, a mesma foi dividida em três capítulos, como descrito nas proposições seguintes. Capítulo 1: revisar sistematicamente a literatura a respeito dos efeitos da solução de hipoclorito de sódio nas propriedades mecânicas da dentina do canal radicular quando a mesma é utilizada durante o tratamento endodôntico. Capítulo 2: verificar os efeitos de diferentes substâncias químicas auxiliares (soro fisiológico, hipoclorito de sódio, clorexidina gel, peróxido de uréia - Endo-PTC® e EDTA) na microdureza (realizada por meio do teste de microdureza Vickers) e morfologia (realizada por meio de análise em Microscopia Eletrônica de Varredura) da dentina da câmara pulpar de dentes anteriores decíduos e permanentes. Capítulo 3: avaliar o efeito de substâncias químicas auxiliares (soro fisiológico, hipoclorito de sódio, clorexidina gel, peróxido de uréia - Endo-PTC® e EDTA) na rugosidade superficial da dentina da câmara pulpar de dentes decíduos e permanentes. Baseando-se na revisão de literatura pôde-se concluir que há forte evidência de que o hipoclorito de sódio altera as propriedades mecânicas da dentina radicular, quando o mesmo é utilizado como solução irrigadora durante o tratamento endodôntico. O uso de substâncias químicas auxiliares diminuiu os valores de microdureza dentinária Vickers tanto para dentes decíduos quanto para os permanentes. Observaram-se resultados não conclusivos com o uso do EDTA 17% na dentina da câmara pulpar dos dentes decíduos e permanentes uma vez que a microdureza superficial não pôde ser mensurada. A solução de hipoclorito de sódio 1% e 5,25% produziu os menores valores de microdureza Vickers para dentes decíduos e permanentes, comparados à clorexidina gel 2% e grupo controle (soro fisiológico). Alterações morfológicas foram observadas quando a dentina da câmara pulpar foi irrigada com solução de hipoclorito de sódio 1% ou 5,25% associados ao EDTA 17%, EDTA 17% utilizado isoladamente e clorexidina gel 2% associada ou não ao EDTA 17%. Em relação à rugosidade superficial pôde-se concluir que a irrigação da dentina da câmara pulpar aumentou a rugosidade superficial dos dentes permanentes e decíduos tratados com hipoclorito de sódio 1% e 5,25% associados ao EDTA 17%. / Abstract: Irrigation solutions, endodontic auxiliary chemical substance, and chelating agents used on root canal treatment might yield changes in the chemical composition and physical properties of dentin surface, and affect its interaction with materials used for coronal sealing. Thus, studies are required to select a suitable chemical agent, which has minimal effects on the mechanical properties of the tooth whilst achieving the desired debridement effect. In order to facilitate the accomplishment of this Thesis, it was divided into three chapters, as described on the following descriptions. Chapter 1: to present a systematic review on the effect of sodium hypochlorite on the mechanical properties of root canal dentin, considering its use as an irrigation solution. Chapter 2: to verify the effects of endodontic irrigants, auxiliaries chemicals substances and chelating agent on the microhardness (Vickers Hardness test) and morphology (Scanning Electron Microscopy) of the pulp chamber dentin in primary and permanent teeth. Chapter 3: to evaluate the effect of endodontic irrigants, auxiliaries chemicals substances and chelating agent on the roughness of the pulp chamber dentin of primary and permanent teeth. Based on literature review it could be concluded that there is strong evidence showing that sodium hypochlorite alters the mechanical properties of root canal dentin, when used as an endodontic irrigant. The use of irrigation solutions decreased the Vickers Hardness Number values for both permanent and primary teeth. Inconclusive results were observed when 17% EDTA was used, since it could not be measured. Sodium hypochlorite provides lower Vickers Hardness Number for primary and permanent teeth, compared with 2% chlorhexidine and control group (saline solution). Morphological alterations were observed when pulp chamber irrigation was performed by 1% or 5.25% sodium hypochlorite associated with 17% EDTA, 17% EDTA, and 2% chlorhexidine gel associated or no with 17% EDTA. Regarding surface roughness, it was concluded that pulp chamber irrigation with 1% and 5.25% sodium hypochlorite associated with 17% EDTA increases pulp chamber roughness of primary and permanent teeth. / Doutorado / Odontopediatria / Doutor em Odontologia

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-05-02T15:12:15Z No. of bitstreams: 1 samirasalomaolemos.pdf: 1943593 bytes, checksum: 1564e6f7ffba63a822e146b8ccdafa02 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-06-03T12:59:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 samirasalomaolemos.pdf: 1943593 bytes, checksum: 1564e6f7ffba63a822e146b8ccdafa02 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-03T12:59:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 samirasalomaolemos.pdf: 1943593 bytes, checksum: 1564e6f7ffba63a822e146b8ccdafa02 (MD5) Previous issue date: 2014-08-29 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Diferentes métodos de identificação têm mostrado que a comunidade microbiana em infecções endodônticas apresenta uma grande diversidade. No entanto, o conhecimento dos perfis microbianos de infecções endodônticas em dentes decíduos ainda é limitado. Portanto, este estudo teve como objetivos avaliar qualitativa e quantitativamente a presença de micro-organismos orais em amostras de canais radiculares dentes decíduos com necrose pulpar, e verificar a correlação entre eles e sua associação com sinais e sintomas clínicos e radiográficos. Um total de 31 crianças, de quatro a dez anos (idade média = 6,29 ± 1,27 anos), foi incluído neste estudo. A presença de 12 patógenos selecionados (Actinobacillus actinomycetemcomitans, Campylobacter rectus, Enterococcus faecalis, Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Streptococcus, Streptococcus mutans, Streptococcus sobrinus, Tannerella forsythia e Treponema denticola) em 31 canais radiculares de 31 dentes com necrose pulpar foi avaliada por meio da técnica de hibridização in situ fluorescente (FISH), que identificou e quantificou os micro-organismos. Medidas descritivas foram usadas para descrever os dados relativos à densidade (cél/mL X 108) obtida para cada micro-organismo testado. O teste de correlação de Pearson avaliou a correlação entre os micro-organismos identificados e o teste t de Student verificou a associação entre os sinais e sintomas clínicos e radiográficos e os micro-organismos detectados. Adotou-se um nível de significância de 5% (p < 0,05). Todos os patógenos testados foram identificados em todas as amostras. O somatório das densidades médias totais de todas as espécies bacterianas testadas e do gênero Streptococcus representou 80,57% da comunidade microbiana total. Os resultados do teste t de Student demonstraram que houve uma diferença significante (p = 0,02) entre no número médio das densidades observadas na espécie T. denticola no grupo com presença de dor e o grupo com ausência de dor. Também foram observadas diferenças significantes no número médio das densidades da espécie P. nigrescens e presença de edema e P. nigrescens e ausência de edema; assim como para o gênero Streptococcus e presença de edema e Streptococcus e ausência de edema (p = 0,04; p = 0,04, respectivamente). A técnica de FISH confirmou a característica polimicrobiana da infecção endodôntica em dentes decíduos com a presença de bactérias anaeróbicas obrigatórias e anaeróbicas facultativas e do gênero estreptococos. / Different microbial identification methods have shown that the microbial community in endodontic infections presents a great diversity. However, the knowledge of the microbial profiles of endodontic infections in primary teeth is still limited. Therefore, the aim of this study was to evaluate, qualitative and quantitatively, the presence of oral microorganisms in samples from root canals primary teeth, to assess the correlations among them, and to determine their association with clinical and radiographic signs and symptoms. A total of 31 children, 4 to 10 years old (mean age = 6.29 ± 1.27 years old), was involved in this study. The presence of 12 selected pathogens (Actinobacillus actinomycetemcomitans, Campylobacter rectus, Enterococcus faecalis, Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Streptococcus, Streptococcus mutans, Streptococcus sobrinus, Tannerella forsythia, and Treponema denticola) in 31 infected root canals from 31 primary teeth with pulp necrosis was studied by using the fluorescent in situ hybridization (FISH) technique which identified and quantified the microorganisms. Descriptive measures were used to present the data related to the density (cel/mL X 108) for each microorganism tested. The Pearson correlation test assessed the correlation among the microorganisms identified and the Student t test assessed the association between the clinical and radiographic signs and symptoms and the pathogens detected. The significance level was set at 5% (p < 0.05). All the tested pathogens were detected in all samples. The total sum of the mean densities of all the bacteria species and Streptococcus genus represented 80.57% of the entire microbial community. The results of Student's t test showed that there was a significant difference (p = 0.02) between the average number of densities observed in the species T. denticola in the group with pain and the group with no pain. Significant differences were also observed in the average number densities of the species P. nigrescens and presence of edema and P. nigrescens and no edema; and for Streptococcus and genus Streptococcus and edema and no edema (p = 0.04, p = 0.04, respectively). The FISH technique confirmed the polymicrobial characteristic of the endodontic infection in primary teeth with the presence of obligate and facultative anaerobic bacteria and of Streptococcus genus.

Orientador: Milton Carlos kuga / Resumo: O objetivo deste estudo foi avaliar a eficiência do etanol a 95 % (Rinse-N-Dry [RD]) ou da solução de formamida (Endosolv R [ER]), associados com a microabrasão com micropartículas de vidro (Concepsis Scrub [Cs]), na limpeza da dentina impregnada com o cimento à base de resina epóxi (AH Plus) e seus efeitos sobre a interface adesiva. Quarenta espécimes de dentina foram impregnadas com o cimento endodôntico (AH Plus). Em seguida foram limpos com os seguintes protocolos (n = 10): G1(E), somente RD; G2(ER), somente ER; G3(E + Cs), RD e Cs; G4(ER + Cs), ER e Cs. No G5 (controle) nenhum tratamento foi realizado. Os espécimes foram analisados em SEM, para avaliar a presença de resíduos (500x) e contagem de túbulos de dentinários abertos (1000x). Outros 50 espécimes foram preparados esubmetidos a similares procedimentos e protocolos de limpeza. Após 7 dias, tubos contendo resina composta foram fixados na dentina com um sistema adesivo "condiciona-e-lava" (Scotchbond Multi-porpose; 3M ESPE; 3M; St. Paul; MN, USA) e submetidos ao teste de microcisalhamento. G2 e G4 demonstraram maior persistência de resíduos e menor incidência de túbulos dentinários abertos que G1 e G3(P<0.05) e não houve diferença entre G1 e G3 ou G2 e G4 (P>0.05). A resistência de união do sistema adesivo foi similar entre todos os grupos (P>0.05). A microabrasão imediata interferiu negativamente na ação dos protocolos de limpeza, porém todos mantiveram resíduos sobre a superfície dentinária. Entretanto, após 7 dias... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to evaluate the cleaning protocol of dentin impregnated with epoxy resin-based sealer (AH Plus) and the effects on the adhesive interface using 95% ethanol (Rinse-N-Dry [RD]) or formamide solution (Endosolv R [ER]) associated with microabrasion with glass microparticles (Concepsis Scrub [Cs]) . Forty dentin specimens were impregnated with endodontic sealer (AH Plus). Specimens were cleansed according to the following protocols (n = 10): G1 (E), only RD; G2 (ER), only ER; G3 (E + Cs), RD and Cs; G4 (ER + Cs), ER and Cs. No treatment was performed in G5 (control). The specimens were subjected to SEM in order to evaluate the residues persistence (500x) and open dentinal tubules counting (2000x). Another 50 specimens were prepared, subjected to similar procedures and cleaning protocols.7 days later, composite-resin-made specimens were performed on dentin using etch-and-rinse adhesive system, then submitted to micro-shear test. G2 and G4 showed higher residues persistence and lower incidence of open dentinal tubules than G1 and G3 (P <0.05). No difference was found between G1 and G3 or G2 and G4 (P> 0.05). Adhesive system bond strength was similar in all groups (P> 0.05). Microabrasion negatively affected the cleaning protocols action, all groups presented residues on the dentin surface. However, 7 days later the protocols did not affect the bond strength of etch-and-rinse adhesive system to dentin previously impregnated with epoxy resin-based sealer. / Doutor