Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Le Registre de malformations congénitales d’Alsace constitue l’un des cinq registres de malformations congénitales de France métropolitaine. Membre du réseau européen EUROCAT, il génère un enregistrement continu et exhaustif des malformations congénitales parmi les 23 000 naissances annuelles recensées dans les deux départements d’Alsace (ce qui correspond à approximativement 3% de l’ensemble des naissances en France). Ses objectifs s’inscrivent dans une triple démarche clinique, épidémiologique et de santé publique.Notre étude s’est intéressée à période 1995-2009, marquée par un développement majeur de la médecine foetale et du diagnostic prénatal. La prévalence totale des malformations congénitales est de 3,6% des naissances. Les 6 845 cas enregistrés se répartissent en 80,3% d’enfants nés vivants, 18,7% d’interruptions médicales de grossesse (IMG) et 1% de morts foetales in utero. Les quinze années de l’étude sont marquées par une augmentation progressive du taux global de diagnostic prénatal, de 26,1% en 1995 à 46,5% en 2009. L’étude concernant les fentes oro-faciales le démontre avec un taux passant de 43% en 1995-1999, à 53% en 2000-2004 et 66% en 2005-2009. Cette période voit également évoluer les pratiques médicales avec la création des centres pluridisciplinaires de diagnostic prénatal dont la multidisciplinarité favorise la diffusion du savoir parmi les professionnels pour une meilleure prise en charge des grossesses. / The Registry of congenital malformations of Alsace is one of the five registries of congenital malformations of metropolitan France. As a member of EUROCAT network, it provides a continuous registration for congenital malformations and chromosome abnormatities among the 23,000 annual births recorded in the two departments of Alsace (corresponding to approximately 3% of all births in France).This system is a crucial tool for clinical, epidemiological and public health studies.Our study concerns the 15-year period 1995-2009 period, marked by a major development of fetal medicine and prenatal diagnosis. The total prevalence of congenital malformations is 3.6%. The 6,845 registered cases are divided into 80.3% of livebirths, 18.7% terminations of pregnancy and 1% of stillbirths. The study emphasizes an increasing rate of prenatal diagnosis from 26.1% in 1995 to 46.5% in 2009. The study about orofacial clefts demonstrates these advances in prenatal diagnosis with increasing detection rates from 43% (1995-1999) to 53% (2000-2004) and 66% (2005-2009).This period is also marked by an important evolution in the field of medical practices, including the setting-up of multidisciplinar centres of prenatal diagnosis which contribute to an easier diffusion of knowledge between professionals.

Abstract : Current prenatal diagnosis depends on invasive procedures and is thus offered only to high-risk pregnancies. Development of non-invasive prenatal diagnosis (NIPD) would change the risk-benefit ratio and make it likely that more women would benefit from prenatal testing. Scientists have documented the presence of rare fetal cells in maternal blood and envisioned targeting them with specific markers and their use in NIPD. Considering their extremely low frequency in maternal blood, fetal cells have been difficult to retrieve and use in clinical practice. Therefore, there is a pressing need for systematic sequential studies to evaluate their feasibility in NIPD. Generally, detection of rare cells within a large cell population carries great potentialities for the prospects of cancer management and NIPD. Manual scanning is very cumbersome and time-consuming Therefore; the first part of our project was, dedicated to the optimization of an effective strategy to evaluate retrieval of rare cells. We have developed a way of distributing a controlled number of target cells among hundreds of thousands of other cells on microscope slides. This strategy allows the precise evaluation of the retrieval of rare events and the comparizon of the efficacy of different techniques and enrichment approaches by knowing the definite number and locations of target cells on the slides. Furthermore, it allows the evaluation of hybridization of missed events. We have also developed a robust custom-made detection algorithm for rare cells using the MetaSystems automated platform and have used this strategy in the validation of manual and automatic scanning of 60 slides with a pre-defined number of rare male cells among a pure population of female cells using XY-FISH. Consequently, we tested the developed classifier for the detection of real fetal cells from maternal blood in both normal and aneuploid pregnancies with Down syndrome. We further evaluated the number of fetal cells with different methods of enrichments in the first and second trimesters. The data collected confirmed the early presence of fetal cells in all of the pregnancies tested and their frequencies were higher in cases of aneuploidies. Fetal cells are in a state of dynamic change throughout the pregnancy. Higher numbers of these cells can be obtained by optimizing the harvest time and methods of enrichment. We found that automatic scanning is more sensitive and reliable than manual detection. Furthermore, it alleviates the burden of scanning large numbers of cells and thus is more suitable for clinical application. We also demonstrated the feasibility of using rare cells in NIPD. Five microdissected amniotic fetal cells from 26 cases of normal and aneuploid pregnancies were quite enough to provide accurate NIPD through using whole genome amplification coupled with QF-PCR. Our findings laid the ground for the use of rare fetal cells in maternal blood for NIPD. // Résumé : Le diagnostic prénatal résulte encore aujourd’hui de procédures invasives, qui présentent des risques pour la grossesse. Le développement du diagnostic prénatal non-invasif (DPNI) changerait le rapport risque : bénéfice, rendant le diagnostic prénatal plus intéressant pour les femmes enceintes. Plusieurs chercheurs ont montré la présence de cellules fœtales dans le sang maternel et des travaux ont été entrepris afin de les cibler et de les utiliser éventuellement en DPNI. Toutefois, la faible concentration des cellules fœtales dans le sang maternel réduit les possibilités d’isolement ainsi que celles de leur utilisation en clinique. Un autre aspect technique du DPNI, le balayage manuel, est très laborieux, surtout en terme de temps technique. Il y a donc un besoin certain pour des études approfondies afin d’évaluer et d’améliorer la faisabilité du DPNI. La détection d’évènements rares dans une grande population cellulaire offre un potentiel pour le diagnostic en oncologie mais aussi en diagnostic prénatal. Dans cette thèse, la première étude était dédiée à l’optimisation d’une stratégie pour détecter les cellules rares. Nous avons développé une méthode d’étalement sur lame d’un nombre précis de cellules cibles parmi des centaines de milliers de cellules. Cette stratégie a permis d’évaluer le taux de détection d’évènements rares et de comparer l’efficacité des techniques d’enrichissement en connaissant le nombre exact et la localisation de cellules cibles sur les lames. De plus, il a été possible d’évaluer les problèmes d’hybridation des évènements manqués. Nous avons, par la suite, développé un algorithme robuste pour la détection de cellules rares en utilisant la plateforme de microscopie automatisée MetaSystems et utilisé cette approche dans la validation des balayages manuel et automatique d’un nombre précis de cellules mâles parmi une large population de cellules femelles marquées avec la technique FISH. Nous avons testé ce classificateur avec des échantillons de sang de femmes enceintes de grossesses normales et aneuploïdes et évalué la fréquence de cellules fœtales isolées par différentes méthodes d’enrichissement au cours des premier et second trimestres de grossesse. Les données accumulées ont confirmé la présence de cellules fœtales chez toutes les grossesses et leur fréquence plus élevée dans les grossesses aneuploïdes. Le nombre de cellules fœtales est dynamique tout au long de la grossesse. De plus, un nombre plus élevé de cellules fœtales peut être obtenu en optimisant le moment du prélèvement et les méthodes d’enrichissement. De plus, le balayage automatique s’est avéré plus sensible et constant que le balayage manuel, ce qui permet de balayer un grand nombre de cellules et devient plus approprié pour une application clinique. Nous avons aussi montré la faisabilité d’utiliser des cellules fœtales dans le cadre du DPNI. Cinq cellules amniotiques microdisséquées, provenant de grossesses normales et aneuploïdes, ont suffi pour poser un diagnostic prénatal par une combinaison de l’amplification du génome complet et de la technique QF-PCR (réaction quantitative en fluorescence d’amplification entraînée par une polymérase) permettant la détection d’anomalies chromosomiques. Nos résultats ouvrent la voie à l’utilisation de cellules fœtales dans le sang maternel pour le DPNI.

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Peut-on continuer à penser les problèmes éthiques posés par les nouvelles techniques médicales sans interroger la médiation technique ? Cette thèse propose une approche nouvelle des dilemmes posés par la pratique ordinaire du diagnostic prénatal en analysant en profondeur les rencontres médecins femmes enceintes autour des techniques de diagnostic prénatal et notamment au sein de consultations d'échographie. Elle conjugue une approche interactionniste inspirée de la sociologie d'Erving Goffman, et une approche de sociologie des sciences et techniques pour montrer à quel point les petits alignements faits dans les rencontres ordinaires du suivi prénatal vont façonner le sens donné aux situations par les futurs parents. Les dilemmes éthiques couramment attribués à la pratique du diagnostic prénatal prennent naissance dans les situations ordinaires minutieusement décrites dans la thèse.

Les fentes labiales et palatines (FLP) sont les malformations faciales humaines les plus fréquentes. Selon l'origine ethnique et/ou géographique des populations étudiées, elles peuvent concerner jusqu'à 1 /500 naissances. La venue au monde d'un enfant porteur de FLP est un événement particulièrement stressant et traumatisant pour les parents. Une écoute attentive des familles dont l'un des enfants est porteur de FLP révèle l'importance du contexte psychologique et les risques d'une structuration disharmonieuse des relations parents-enfant avec leurs conséquences sur le développement de l'enfant. Dans une démarche éthique de bienfaisance, il est donc primordial de prendre en compte ces risques et de mieux connaitre le vécu des parents par rapport à cette malformation et de ses conséquences sur le développement de l'enfant. Quatre études cliniques multidisciplinaires et multicentriques dont un Projet Hospitalier de Recherche Clinique (PHRC) national, ont été ainsi élaborées et réalisées avec cet objectif. Les résultats montrent qu'il est urgent d'améliorer la qualité de cette information et de l'accompagnement des parents, et cela, dès l'annonce. Il s'agit de soutenir ces parents pour " investir " cet enfant si "différent" de celui attendu et espéré. L'organisation de cette prise en charge doit être renforcée entre les équipes médicales intervenant avant et après la naissance afin d'améliorer la prise en compte thérapeutique et sociétale de ces enfants et de leurs parents. / Cleft lip and patate (CLP) are the most common facial malformations in humans. Depending on the ethnie and/or geographical origin of the populations studied, they can affect up ta 1 /500 of newborn infants.Careful consideration of families concerned shows the importance of the psychological context, and the repercussions of a disharmonious structuring of the parent-child relationship on the child's development.The prospective, multidisciplinary and multi-centre studies described here aimed to assess the psychological perceptions of parents of children affected by CUP over the year following the birth,and to analyse the degree of psychological suffering experienced by the child, and the parent-child relationship. The results show that it is urgent to improve the quality of the information given to the parents, and their accompaniment and support, as soon as the malformation is disclosed. Parents need support to become "committed" to their child, so "different" from their hopes and expectations. The organisation of this support needs to be reinforced between medical teams before the birth and after, so as to improve the way the condition is catered for, from both the therapeutic and the social viewpoint. We believe the results of this research will enable us ta develop new methods to lessen the psychological impact of the malformation on the parents, and improve treatment for the children in the long term.

La place du Dépistage Prénatal Non Invasif (DPNI) n’est pas encore clairement définie dans le dépistage prénatal de la trisomie 21 en France. Nos objectifs étaient d’évaluer la compréhension, les connaissances, et l’attitude de professionnels de santé et de patientes concernant le DPNI.Une étude prospective multicentrique par questionnaire auprès de patientes enceintes et de professionnels de santé a été menée dans différents hôpitaux français entre février 2014 et juillet 2015.Sur les 260 questionnaires recueillis chez les professionnels, le score moyen de connaissances était 5,38±2,83(sur 10)et 92,7%(n=241) avaient une attitude favorable face au DPNI. En analyse multivariée, les facteurs associés à un bon niveau de connaissances étaient la profession de gynécologue ou de conseiller en génétique, l’âge<30 ans, le fait de travailler à l’hôpital ou en cabinet et le fait de suivre>50 grossesses par an.Sur les 380 questionnaires de patientes, le score moyen de connaissances était faible 2,20±1,88(sur 10) et 89,9%(n=328) avaient une attitude favorable face au DPNI. En analyse multivariée, les facteurs associés à un bon niveau de connaissances chez les patientes étaient l’âge maternel et le fait de consulter en secteur privé.Le niveau de connaissances des professionnels et des patientes sur le DPNI est faible. La plupart des patientes ne peuvent pas formuler de consentement éclairé. Toutefois, la plupart des professionnels et des patientes sont très en faveur de ce test. La généralisation du DPNI dans le dépistage de la trisomie 21 implique un important programme de formation des professionnels afin qu'ils délivrent une information prénatale de qualité et non directive. / The place of Non Invasive Prenatal Testing(NIPT) is not clearly established for prenatal screening for Down syndrome in France. Our objectives were to assess the understanding, knowledge of, and attitudes towards NIPT in French patients and healthcare providers.A prospective multicenter study was performed in several French hospital centers between February 2014 and July 2015. A survey was administered to pregnant patients and to healthcare professionals.A total of 260 questionnaires were completed by healthcare providers. The average knowledge score was 5,38±2,83(out of a possible 10). In multivariate analysis, the characteristics associated with satisfactory knowledge were: profession as obstetrician or genetic counsellor, age<30 years, working in hospital or in doctor’s office, more than 50 pregnancies followed per year. Among professionals, 92,7%n=241) had a favorable attitude towards NIPT.We collected 380 questionnaires from pregnant women. The average knowledge score was very low: 2,20±1,88(out of 10). In multivariate analysis, the two significant characteristics associated with satisfactory knowledge was maternal age and having prenatal care in private practice. Among patients, 89,9%(n=328) had a favorable attitude towards NIPT.The level of knowledge of NIPT of healthcare professionals and patients is low. Many patients can not provide informed consent. However most professionals and patients are in favor of the use of this test. The input of NIPT in prenatal screening for trisomy 21 requires a considerable teaching program for healthcare providers so they can give balanced pretest information and non-directive counselling.

Cette thèse s'inscrit dans le cadre de l'étude du lien entre le stress prénatal et les troubles des interactions et la question particulière de l'échographie fœtale. Dans un premier temps, nous avons étudié les implications de l'échographie fœtale sur les représentations maternelles d'elle même et de son futur enfant par le prisme analytique. Puis, nous avons mesuré par une étude prospective cas témoin, l'impact d'une image suspecte et de bon pronostic vue à l'échographie fœtale, les " softs markers ", sur les représentations maternelles en pré et post-partum et sur les interactions précoces mère enfant. Dans un autre temps, nous avons analysé, par une étude rétrospective, les profils cliniques des enfants reçus en unité petite enfance dans leur première année de vie et tenté d'en dégager la part des troubles des interactions. Les résultats de ces études, montrent combien l'apparente bénignité de l'échographie fœtale est trompeuse. La séquence échographique porte en elle plusieurs facteurs perturbateurs : le décalage entre les attentes parentales et celles de l'échographiste, les caractériqutques de l'image échographique et l'effet d'" annonce " de suspicion d'anomalie qui font écho aux mouvements ambivalents des femmes enceintes pour leur fœtus. L'analyse des représentations maternelles montre par ailleurs qu'après la sidération de l'annonce et la suspension des investissements dans l'attente des résultats rassurants, la dynamique psychique est détournée de ses objectifs premiers et que cette " déviation ", s'amplifie et s'installe avec le temps. Les mères montrent des patterns d'investissement évitant ou désorganisé de leur enfant dont les conséquences vont être perceptibles au cours des interactions précoces mesurées à la naissance et aux deux mois de l'enfant. À la naissance, la mère est en difficulté pour percevoir les signaux de son enfant. Elle est plus intrusive et opératoire. L'enfant, lui, montre moins d'initiative et des comportements de retrait. Les niveaux d'anxiété et de dépression maternels sont supérieurs en pré et post partum dans la population clinique. Les analyses multivariées montrent que le type de représentations et le niveau de dépression au troisième trimestre prédit les perturbations de l'interaction. En unité petite enfance au cours de la première année, nous constatons un pic de consultation avant trois mois. Les troubles de la relation isolés (Axe II) représentent 25% des consultants et expliquent 18% de la variance des 3 profils cliniques dégagés. Ce lien puissant entre le pré et le post natal insiste sur la nécessité d'une prise en charge la plus précoce possible en particulier dès la période prénatale.

Le caryotype moléculaire permet d’identifier un CNV chez 10-14% des individus atteints de déficience intellectuelle et/ou de malformations congénitales. C’est pourquoi il s’agit maintenant de l’analyse de première intention chez ces patients. Toutefois, le rendement diagnostique n’est pas aussi bien défini en contexte prénatal et l’identification de CNVs de signification clinique incertaine y est particulièrement problématique à cause du risque d’interruption de grossesse. Nous avons donc testé 49 fœtus avec malformations majeures et un caryotype conventionnel normal avec une micropuce CGH pangénomique, et obtenu un diagnostic dans 8,2% des cas. Par ailleurs, des micropuces à très haute résolution combinant le caryotype moléculaire et le génotypage de SNPs ont récemment été introduites sur le marché. En plus d’identifier les CNVs, ces plateformes détectent les LOHs, qui peuvent indiquer la présence d’une mutation homozygote ou de disomie uniparentale. Ces anomalies pouvant être associées à la déficience intellectuelle ou à des malformations, leur détection est particulièrement intéressante pour les patients dont le phénotype reste inexpliqué. Cependant, le rendement diagnostique de ces plateformes n’est pas confirmé, et l’utilité clinique réelle des LOHs n’est toujours pas établie. Nous avons donc testé 21 enfants atteints de déficience intellectuelle pour qui les méthodes standards d’analyse génétique n’avaient pas résulté en un diagnostic, et avons pu faire passer le rendement diagnostique de 14,3% à 28,6% grâce à l’information fournie par les LOHs. Cette étude démontre l’utilité clinique d’une micropuce CGH pangénomique chez des fœtus avec malformations, de même que celle d’une micropuce SNP chez des enfants avec déficience intellectuelle. / Molecular karyotyping identifies a CNV in 10-14% of individuals affected with intellectual disability and/or congenital abnormalities. Therefore, it is now the first-tier analysis for these patients. However, the diagnostic yield is not as clear in the prenatal context, and the risk of pregnancy termination makes the detection of variants of uncertain clinical significance particularly problematic. We tested 49 fetuses with major malformations and a normal karyotype, using a pangenomic CGH array, and obtained a diagnosis in 8.2% of cases. Furthermore, high-resolution microarrays combining molecular karyotyping and SNP genotyping were recently introduced on the market. In addition to identifying CNVs, these platforms detect LOHs, which can indicate the presence of a homozygous mutation or of uniparental disomy. Since these abnormalities can be associated with intellectual disability or congenital abnormalities, their detection is of particular interest for patients whose phenotype remains unexplained. However, the diagnostic yield obtained with these platforms is not confirmed, and the real clinical value of LOH detection is not yet established. We tested 21 children affected with intellectual disability for whom standard genetic analyses failed to provide a diagnosis, and were able to increase the diagnostic yield from 14.3% to 28.6% as a result of the information provided by LOHs. This study shows the clinical usefulness of pangenomic CGH arrays in fetuses with malformation(s), as well as that of SNP arrays in children with intellectual disability.

A partir de données en population, nous avons: 1) évalué le risque de cardiopathies congénitales (CC) chez les fœtus conçus par assistance médicale à la procréation (AMP); et 2) déterminé les effets de l’AMP sur la prise en charge prénatale et le devenir périnatal des fœtus porteurs de CC. Nous avons observé que l'AMP était associée à une augmentation de 40% du risque de CC sans anomalies chromosomiques associées (OR ajusté = 1,4 IC95% 1,1-1,7). Nous avons également retrouvé qu'il existait des associations variables selon la catégorie de CC et la méthode d'AMP considérées. Nous avons observé que l'AMP était associée à une multiplication par 2,4 du risque de tétralogie de Fallot (OR ajusté = 2,4 IC95% 1,5-3,7), alors que nous n’avons pas retrouvé d’association statistiquement significative pour les trois autres CC spécifiques étudiées. Dans notre population, l'exposition à l'AMP ne semblait pas modifier le recours au diagnostic prénatal et à l'interruption médicale de grossesse chez les fœtus porteurs de CC comparés aux fœtus porteurs de CC conçus spontanément. Nous avons par ailleurs observé que le risque de prématurité des fœtus porteurs de CC conçus par AMP était environ 5 fois plus élevé que celui des fœtus porteurs de CC conçus spontanément (OR ajusté = 5,0 IC95% 2,9-8,6). En nous basant sur une méthodologie d'analyses de cheminement, nous avons retrouvé que les grossesses multiples contribuaient pour environ 20% au risque plus élevé de tétralogie de Fallot associé à l'AMP que nous avons observé. Enfin, les grossesses multiples contribuaient pour environ 2/3 du risque de prématurité associé à l'AMP chez les fœtus porteurs de CC. / Using population-Based data, we: 1) assessed the risk of congenital heart defects (CHD) in assisted reproductive techniques (ART) conceived fetuses; and 2) evaluated the effects of ART on prenatal management and perinatal outcomes of fetuses with CHD. We observed that ART were associated with a 40% increased risk of CHD without associated chromosomal anomalies (adjusted OR = 1.4 95%CI 1.1-1.7). We also found varying associations between the different methods of ART and categories of CHD. We observed that ART were associated with 2.4-Higher odds of tetralogy of Fallot (adjusted OR = 2.4 95%CI 1.5-3.7), whereas no statistically significant association was found for the three other specific CHD included. In our population, ART exposure did not seem to modify prenatal diagnosis and termination of pregnancy for fetal anomaly in fetuses with CHD compared to fetuses with CHD conceived spontaneously. The risk for premature birth in fetuses with CHD conceived following ART was 5-Fold higher as compared to fetuses with CHD conceived spontaneously (adjusted OR = 5.0 95%CI 2.9-8.6). Using a path-Analysis method, we found that multiple pregnancies contributed for about 20% to the higher risk of tetralogy of Fallot associated with ART that we had found. Finally, multiple pregnancies contributed for the 2/3 of the risk of premature birth associated with ART in fetuses with CHD.