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Contribution à l'étude des potentialités antiproliférative et antibactérienne des algues brunes et rouges de la côte d'El Jadida pour une valorisation médicale et environnementale / Phytopathology, soft rot (Dickeya dadantii), bio-pesticide, antiproliferative lung cancer cells, antibacterial, marine lipids

Lakhdar, Fatima 23 June 2018 (has links)
L’objet de ce travail se focalise sur la recherche et la caractérisation de composés bioactifs issus d’algues de la côte marocaine. Ceci peuvent être utilisés soit en pharmacologie ou bien en phytopathologie. Le premier volet est consacré à l’étude des potentialités nutritionnelle et pharmacologiques de 6 espèces d’algues marines, parmi 24, les plus riches en lipides. La recherche des fractions actives en utilisant différentes méthodes de purification et d’essais bioguidés, ont montré une importante activité antiproliférative contre les cellules humaines du cancer du poumon (NSCLC-N6 et A549) avec une CI50<13 g/mL. Ces fractions, contenant des monogalactosyldiacylglycerol font l’objet d’élucidation du point vue structural (RMN et Masse haute résolution) plus poussées. Le deuxième volet est consacré à la valorisation des algues marines en phytopathologie. L’étude de l’activité antibactérienne a permis de déterminer in vitro et in vivo l’effet bio-pesticide des extraits d’algues rouges et brunes récoltées contre la pourriture molle de la pomme de terre causée par Dickeya dadantii. Leur utilisation directe sur des plantes de pomme de terre infectées par Dickeya dadantii comme biostimulant montre une élimination nette des symptômes de la pourriture molle et une amélioration de la croissance chez les plantes traitées. Ces derniers semblent ainsi intervenir en accélérant et en intensifiant l’enrichissement des plantes en enzymes impliquées dans la cascade de signalisation afin de stimuler les mécanismes de défenses. L’élicitation par les extraits d’algues semble donc intervenir en renforçant les mécanismes de défense des plantes de la pomme de terre contre Dickeya dadantii. / Either in pharmacology or in phytopathology. The first f 6 species of pharmacological potentialities o part is devoted to the study of the nutritional and coast. This can be used The purpose of this work focuses on the research and characterization of bioactive compounds from algae of the Moroccan seaweed, among 24 , the richest in lipids. The search for active fractions usi ng different purification methods and bioguide tests, showed a significant anticancer activity against human lung cancer cells (NSCLC - N6 and A549) with an IC 50 <13 g/ mL. These monogalactosyl diacylglycerol containing fractions are further elucidated structurally (NMR and high mass resolution ). The second part is dedicated to the valorisation of seaweed in phytopathology. The study of the antibacterial activity made it possible to determine in vitro and in vivo the bio - pesticidal effect of extracts of red and brown algae harvested against the soft rot of the potato caused by Dickeya dadantii . Their direct use on potato plants infected with Dickeya dadantii as a biostimulant shows clear elimination of sympto ms of soft rot and improved growth in treated plants. The latter seem to intervene by accelerating and intensifying the enrichment of plants in enzymes involved in the signaling cascade in order to stimulate the defense mechanisms. Elicitation by algae ext racts seems to intervene by strengthening the defense mechanisms of potato plants against Dickeya dadantii.
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Dickeya dadantii : Vers la compréhension du rôle biologique des glucanes périplasmiques osmorégulés / Dickeya dadantii : Towards the understanding of the biological role of the osmoregulated periplasmic glucanes

Bontemps-Gallo, Sébastien 07 October 2013 (has links)
Les glucanes périplasmiques osmorégulés (OPG) sont des oligomères de glucose retrouvés chez la plupart des Proteobacteries. Le squelette glucosidique peut être substitué par différents types de molécules selon les espèces. Ces glucanes sont un des facteurs commun de virulence de nombreuses bactéries zoo- et phyto- pathogènes telles que Salmonella enterica, Pseudomonas aeruginosa ou Dickeya dadantii. D. dadantii est une entérobactérie phytopathogène à large spectre d’hôte. Cette bactérie provoque la maladie de la pourriture molle. Chez cette bactérie, un mutant dépourvu d’OPG montre un phénotype pléïotrope : perte totale de la virulence, diminution de la motilité, baisse de la sécrétion des exoenzymes indispensables à la virulence, induction générale d’une réponse au stress suggérant un sévère défaut de perception de l’environnement. Cette idée est renforcée par le lien unissant des systèmes à deux composants, systèmes clefs de la perception de l’environnement, et les OPG. Une approche exploratoire sur la place des OPG dans la virulence a permis de montrer que dans un mutant dépourvu d’OPG, l’inactivation de pecS, principal répresseur de la virulence, permet de restaurer la virulence sur feuille d’endive. La conservation de plusieurs phénotypes associés au défaut de synthèse d’OPG indique que les deux mutations n’affectent pas une seule et même voie de régulation. Enfin, l’identification du gène codant la succinyl-transférase, enzyme responsable de la substitution des OPG par des résidus succinyles, a permis de compléter le set de gènes impliqués dans la biosynthèse des OPG. Leur rôle reste cependant inconnu. / Osmoregulated perisplamic glucans (OPGs) are oligosaccharides accumulated in the envelope of many Gram-negative bacteria. Glucose is the sole constitutive sugar and this glucosidic backbone could be substituted by various kind of molecules depending on the species. Numerous studies indicate that these glucans belong to the common virulence factors for zoo- and phyto- pathogens Proteobacteria as Salmonella enterica or Dickeya dadantii. D. dadantii causes soft rot disease in a wide range of plant species. Strains of this species completely devoid of OPG show a pleiotropic phenotype including increased synthesis of exopolysaccharides, loss of motility, induction of a general stress response and complete loss of virulence. These phenotypes were confirmed by a proteomic analysis and suggest that strains devoid of OPGs are impaired in the perception of their environment. The link between OPGs and two component system, the main system used by bacteria to sense and respond to the environmental variation, strengthen this idea. The study of the place of OPGs in a virulence regulatory network showed that mutation in the major virulence repressor pecS restored virulence in a D. dadantii opg-negative strain. All the phenotypes were not restored indicating that the two mutations didn't affect a same pathway. Finally, the identification of opgC, was investigated, encoding a membrane-bound protein required for succinylation of OPG. However, the role of succinyl residues remains unknown.
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Caractérisation génétique et biochimique de glycosidases de la bactérie pathogène des plantes Dickeya dadantii / Genetic and biochemical characterization of glycosidases of the plant pathogenic bacterium Dickeya dadantii

Charaoui-Boukerzaza, Sana 20 July 2011 (has links)
Parmi les bactéries pathogènes, les entérobactéries occupent une place particulière du fait de leur facilité d’étude génétique et de leur grande diversité d’hôtes. Dickeya dadantii est une bactérie pathogène des plantes, responsable de pourriture sur de nombreux végétaux en culture ou lors de leur stockage. Sa virulence est principalement due à la sécrétion d’enzymes dégradant la paroi végétale. Ce travail de thèse a porté sur la caractérisation génétique et biochimique de glycosidases de D. dadantii afin de comprendre leur importance dans la dégradation des tissus végétaux. Dans ce travail, nous avons montré que D. dadantii est capable d'utiliser le saccharose, le raffinose, ou le mélibiose comme seule source de carbone pour sa croissance grâce aux deux clusters de gènes scrKYABR et rafRBA, incluant les glycosidases RafA (α-galactosidase, famille GH36) et ScrB (sucrose hydrolase, famille GH32). Le cluster raf permet le catabolisme du mélibiose. Le catabolisme du raffinose nécessite deux étapes supplémentaires fournies par les gènes scrY et scrB. En outre, nous avons caractérisé et analysé deux autres gènes. D’une part, le gène bgxA code une β-D-glucosidase/β-xylosidase (famille GH3). Ce gène est induit en présence de sucres et acides phénoliques. D’autre part, le gène xydA code une enzyme à activité α-L-arabinopyranosidase (famille GH43). Ce gène est induit en présence de xylose. Les résultats obtenus suggèrent que BgxA et XydA sont impliquées dans la dégradation de composés végétaux. La mise en évidence de nouvelles enzymes impliqués dans la pathogénie des bactéries envers leurs hôtes ouvrirait la voie à la recherche de stratégies de lutte contre les phytopathogènes. / Enterobacteriaceae are of particular interest among pathogenic bacteria, because of their suitability for genetic studies and their wide range of hosts. Dickeya dadantii is a plant pathogenic bacterium , causing soft rot diseases in a wide range of plant species in culture or during storage. Its virulence is mainly due to the secretion of plant cell wall degrading enzymes. This thesis has focused on genetic and biochemical characterization of D. dadantii glycosidases to understand their importance in the degradation of plant tissues. In this work, we showed that D. dadantii is able to utilize sucrose, raffinose, or melibiose as sole carbon sources for growth. This ability is due of the presence of two gene clusters, scrKYABR and rafRBA, including the glycosidases RafA (α-galactosidase, GH36) and ScrB (sucrose hydrolase, family GH32). The cluster raf allows catabolism of melibiose. Raffinose catabolism requires two additional steps provided by the genes scrY and scrB. In addition, two other genes were analyzed and characterized. On one hand, bgxA encodes a β-D glucosidase/β-xylosidase of the family GH3. This gene is induced in the presence of phenolic sugars and acids On the other hand, XydA encodes an α-L-arabinopyranosidase of the family GH43. This gene is induced in the presence of xylose. The results suggest that BgxA and XydA are involved in the degradation of plant compounds. Identification of new enzymes involved in the pathogenesis of bacteria towards their hosts could open the way for research strategies to fight plant pathogens.
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Etude du rôle des sidérophores microbiens dans la modulation des défenses de la plante Arabidopsis thaliana / Study of the role of microbial siderophores in modulating immunity from the plant Arabidopsis thaliana

Aznar, Aude 21 May 2014 (has links)
Le fer est un élément essentiel pour presque tous les êtres vivants cependant, il est peu biodisponible et est toxique dans sa forme libre car il engendre des formes réactives de l'oxygène via la réaction de Fenton. Pour se procurer le fer, les microorganismes sécrètent de petites molécules nommées sidérophores ayant une très forte affinité pour Fe3+. Les sidérophores sont requis pour la pathogénie de plusieurs agents pathogènes sur hôtes animaux ou végétaux, mais ce sont également des éliciteurs de défense. Des travaux antérieurs ont montré que les sidérophores activent les défenses et les gènes de réponse à la carence en fer chez Arabidopsis thaliana. L’activation de réponses de défense par le sidérophore requiert un niveau physiologique de fer dans la plante indiquant que le fer participe à la mise en place de ce processus. Au cours de ma thèse, les réponses globales de la plante A. thaliana au sidérophore deferrioxamine (DFO) ont été étudiées par une approche transcriptome. Les résultats obtenus montrent que le principal processus activé est l’immunité. En utilisant des chélateurs de fer différents, j’ai montré que l’effet chélation du fer est responsable de l’activation de l’immunité. Le traitement sidérophore provoque également une perturbation de l’homéostasie du fer et d’autres métaux dans la plante. Dans un mutant irt1 affecté dans le transport de plusieurs métaux lourds dont le fer, l’activation des défenses par la DFO est compromise. Par ailleurs, j’ai étudié l’effet du statut en fer de la plante sur sa sensibilité à la bactérie pathogène Dickeya dadantii et sur l’expression des défenses. Il apparait que le fer est requis pour la mise en place de plusieurs processus de défense en réponse à D. dadantii. Les plantes carencées en fer sont plus résistantes à l’infection. Une quantité de fer physiologique dans la plante est requise pour la multiplication bactérienne et pour l’expression des facteurs de pathogénie, les pectate lyases. Le marquage du fer par la méthode Perls’-DAB-H2O2 montre que celui–ci est très peu abondant dans les tissues végétaux contenant les bactéries qui, elles, sont chargées de fer. Dans l’ensemble, nos résultats montrent que le fer est requis dans l’arsenal défensif de la plante mais qu’il est également un facteur limitant pour le cycle infectieux de D. dadantii. / Iron is an essential element for almost all living organisms, however, it is not bioavailable and is toxic in its free form as it generates reactive oxygen species via the Fenton reaction. To obtain iron, microorganisms secrete small molecules named siderophores with very high affinity for Fe3 +. Siderophores are required for the pathogenesis of several pathogens on animals or plants, but they also are elicitors of defenses. Previous work has shown that siderophores activate defenses and iron deficiency response genes in Arabidopsis thaliana. The activation of defense responses by the siderophore requires a physiological level of iron in the plant indicating that iron is involved in the activation of this process. In my thesis, the global response of the plant A. thaliana to the siderophore deferrioxamine (DFO) has been studied by a transcriptomic approach. The results obtained show that the main process being activated is immunity. By using different iron chelating agents, I have shown that the iron chelation effect is responsible for the activation of immunity. The siderophore treatment also causes disturbance in the homeostasis of iron and other metals in the plant. In an irt1 mutant affected in the transport of heavy metals including iron, activation of defenses by the DFO is compromised. In addition, I studied the effect of iron status of the plant on its susceptibility to the pathogenic bacteria Dickeya dadantii and on the expression of defenses. It appears that iron is required for the establishment of several defense processes in response to D. dadantii. The iron deficient plants are more resistant to infection. A physiological amount of iron in the plant is required for bacterial growth and for expression of the virulence factors, pectate lyases. Iron staining by the Perls' -DAB - H2O2 method shows that low abundance of this metal in plant tissue coincides with the presence of bacteria, which contain high amounts of iron. Overall, our results show that iron is required in the defense arsenal of the plant but it is also a limiting factor for the infectious cycle of D. dadantii.
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Identification d'ARN régulateurs bactériens : développement d’une méthode de détection et étude de la régulation post-transcriptionnelle chez la bactérie phytopathogène Dickeya dadantii / Identifying bacterial small RNAs : development of a detection method and post-transcriptional regulation in the plant pathogen Dickeya dadantii

Leonard, Simon 05 December 2018 (has links)
Les organismes bactériens sont en contact direct avec leur environnement et doivent donc constamment s’acclimater aux variations de celui-ci. Pour cela, plusieurs leviers de régulations peuvent être actionnés. Récemment, la régulation post-transcriptionnelle par les ARN régulateurs a été proposée comme un mécanisme de régulation rapide et peu coûteux pour la cellule. Chez le phytopathogène Dickeya dadantii, la régulation de la virulence a quasi exclusivement été étudiée au niveau transcriptionnel et l’implication des ARN régulateurs dans la virulence reste très peu connue. Pour cela, nous avons tout d’abord étudié le rôle des chaperons à ARN dans la pathogénie de D. dadantii et mis en évidence leur implication dans de nombreux facteurs de virulence comme la production d’enzyme de dégradation de la paroi végétale. Puis, nous avons développé une nouvelle méthode d’identification d’ARN à partir de données RNA-seq. Cette méthode a été développée pour tirer profit des séquençages réalisés en paired-end, permettant de séquencer les deux extrémités d’un transcrit. Son évaluation dans sa capacité à détecter de manière précise des ARN connus a montré une performance supérieure aux méthodes de détection existantes. Enfin, cette nouvelle méthode a été appliquée sur des données de séquençage de petits transcrits. Cette analyse nous a permis d’identifier plus d’un millier d’ARN régulateurs potentiels, dont plusieurs pourraient être impliqués dans la régulation de la virulence. Ces travaux ont donc permis de mettre en lumière l’existence d’une régulation post-transcriptionnelle chez D. dadantii et de proposer des pistes concernant les acteurs et mécanismes concernés / Bacterial organisms are directly exposed to environmental conditions and have to respond to environmental stress. To do so, several regulation network are known. Recently, post transcriptional regulation with small RNAs was suggested to be a fast and cheap in energy regulation mechanism. In the phytopathogen Dickeya dadantii, investigations on pathogenic process mostly focused on its control by transcriptional regulators. Knowledge of post-transcriptional regulation of the virulence factors is still in its infancy.To this end, we first studied the impact of RNA chaperones in the virulence of D. dadantii and showed that they were involved in the regulation of several virulence factors, like production of cell wall degrading enzyme. Then, we developed a new method to detect sRNAs from paired-end bacterial RNA-seq data. This method take paired end sequencing into account, which allow the sequencing of the both ends of each fragment. A comparative assessment showed that this method outperforms all the existing methods in terms of sRNA detection and boundary precision. Finally, this method was applied to sequencing data. With this analysis, more than one thousand sRNAs has been detected, with the identification of several candidates potentially involved in virulence.Thereby, this work highlight the existence of post-transcriptionnal regulation in D. dadantii and suggest candidates and mechanisms involved in this regulation
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Modulation de l’expression génique chez la bactérie phytopathogène Dickeya dadantii en réponse aux conditions de stress rencontrées au cours l’infection et rôle de la structuration du chromosome bactérien / Chromatin structure and regulation of gene expression in response to stress conditions encountered during infection by Dickeya dadantii

Jiang, Xuejiao 07 September 2015 (has links)
Les bactéries pathogènes coordonnent de manière très stricte l’expression de leurs facteurs de virulence en fonction de leur état métabolique, des conditions externes et de l’état de l’hôte. La topologie du chromosome bactérien est également modulée par les conditions environnementales et l’état métabolique des cellules. Le surenroulement de l’ADN, est considéré désormais comme un élément clé de la régulation de l’expression génique. L’objectif de cette thèse est d’identifier les acteurs essentiels de la réponse aux conditions rencontrées durant l’infection chez la bactérie phytopathogène Dickeya dadantii, responsable de la pourriture molle d’une large gamme d’hôtes. Les symptômes de pourriture molle sont principalement associés à la synthèse d'enzymes extracellulaires, en particulier les pectinases qui vont dégrader la paroi des cellules végétales. Cependant une colonisation efficace de la plante requiert de nombreux facteurs additionnels. L’analyse du transcriptome de D. dadantii dans 32 conditions de culture proches de celles rencontrées lors du cycle infectieux a révélé qu’en moyenne 63% des gènes sont exprimés dans chacune des conditions testées alors que 82% des gènes sont exprimés dans au moins une des conditions analysées. Deux facteurs modifient profondément l’expression génique: la phase de croissance et la nature des stress appliqués. L’analyse des gènes différentiellement exprimés a permis d’établir des signatures transcriptionnelles et fonctionnelles spécifiques de chaque stress et d’identifier de nouveaux régulateurs potentiellement impliqués dans la survie aux stress. L’adaptation au stress acide étant peu connue chez les pathogènes de plante, la régulation de quelques gènes spécifiquement induits en stress acide a été approfondie. Ces études ont révélé que le régulateur OmpR est un élèment clé de la réponse au stress acide chez Dickeya. Afin d’établir un lien entre réponse aux stress et impact de la topologie de l’ADN et des NAPs, les profils transcriptionnels obtenus lors des stress ont été comparés à ceux obtenus dans des conditions de relaxation artificielle de l’ADN et chez des mutants fis ou hns. La distribution chromosomique des GDE a révélé des profils cohérents de gènes activés ou réprimés lors des variations de conditions environnementales quelque soit le milieu de culture utilisé et l’existence de patchs d’expression qui illustre l’organisation en domaines du chromosome bactérien.L’expression des gènes au sein des domaines est dépendante de leur propriété thermodynamique, de leur préférence vis à vis du surenroulement, et de leur réponse aux NAPs. Ainsi, Dickeya tire partie des variations topologiques de l’ADN au cours de l’infection pour coordonner son programme de virulence. Ces résultats illustrent la complexité des processus utilisés par D. dadantii pour s’adapter aux conditions de l’infection et coloniser ses hôtes. / Pathogenic bacteria strictly coordinate the expression of their virulence factors according to their metabolic states, external conditions and the host environment. The topology of the bacterial chromosome is also modulated by environmental conditions and the metabolic state of the cells. The DNA supercoiling is now considered as a key factor in the regulation of gene expression. The objective of this thesis is to provide a comprehensive picture of the Dickeya infection process by integrated analyses of gene expression patterns obtained under various stress conditions encountered by this pathogen in the course of infection. Dickeya dadantii is a plant pathogenic bacterium that causes soft-rot disease in a wide range of plant species. Soft rot symptoms are mainly associated with the synthesis of extracellular enzymes, particularly pectinases which degrade the plant cell wall. However, an effective colonization of the plant requires a number of additional factors. The transcriptome analysis of D. dadantii, grown in a suite of thirty-two different growth conditions similar to those conditions encountered during the infection cycle revealed that an average of 63% of genes was expressed in each individual condition, while 82% of genes are expressed in at least one of the analyzed conditions. Two factors profoundly alter gene expression: the growth phase and the nature of applied stress. Analysis of differentially expressed genes in this work has established specific transcriptional and functional signatures of each stress and proposed new regulators potentially involved in survival under stress conditions. In this way, we obtained the apparent « temporal map » of the bacterial responses to sequential stress conditions encountered during the infection. The chromosomal distribution of DEG revealed coherent patches of genes activated or repressed during changes in environmental conditions and highlighted a rational organization of the DEG in the chromosomal space. Gene expression within the chromosomal domains is dependent on primary sequence organisation, DNA thermodynamic stability, supercoil dynamics, and binding effects of two abundant nucleoid associated proteins, FIS and H-NS. Therefore, Dickeya takes advantage of DNA topological variations during the infection to coordinate its virulence program. These results illustrate the complexity of mechanisms used by D. dadantii to adapt to stress conditions and colonize its hosts.
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Caractérisation de nouvelles enzymes impliquées dans la dégradation de polysaccharides végétaux à partir de la bactérie Dickeya dadantii 3937 / caracterisation of new enzymes involved in the plant polysaccharides degradation from the bacterium Dickeya dadantii

Hassan, Sozan 09 November 2011 (has links)
La bactérie phytopathogène Dickeya dadantii est responsable de la pourriture molle de nombreux végétaux. Elle sécrète dans le milieu extérieur toute une batterie d’enzymes capables de dégrader les constituants des parois végétales. La première partie de mon travail concerne les féruloyl estérases FaeD et FaeT. Les féruloyl estérases sont responsables de l’hydrolyse de liaisons ester entre l’acide férulique et les chaînes de xylane ou de pectine. En clivant ces liaisons, elles favorisent une dégradation complète de la paroi végétale. L'importance de ces enzymes nous a conduit à rechercher si D. dadantii produit de telles estérases. Le criblage d’une banque de gènes par un test de détection de l’activité féruloyl estérase a permis d’identifier deux gènes qui ont été caractérisés. Alors que faeT est faiblement transcrit dans toutes les conditions, la transcription de faeD est fortement induite en présence d’acide férulique et contrôlée par le régulateur FaeR. Alors que FaeT est une protéine cytoplasmique, FaeD est sécrétée par le système Out qui permet la sécrétion de nombreuses pectinases. Les enzymes FaeD et FaeT ont été surproduites dans E. coli et leurs principales propriétés biochimiques ont été déterminées. La connaissance de la séquence complète du génome de D. dadantii permet d’aborder des études de génomique fonctionnelle. Cette séquence confirme la présence des gènes codant les pectinases déjà caractérisées et révèle que ce génome code de nouvelles pectinases potentielles. La deuxième partie de mon travail concerne le gène pelN identifié par analyse du génome. Les pectate lyases coupent les liaisons glycosidiques du polygalacturonate par une réaction de β-élimination, générant des produits insaturés. Leur mécanisme d’action nécessite des cations comme cofacteur, en général Ca2+. Après clonage du gène pelN, la protéine PelN a été surproduite dans E. coli. Son activité pectate lyase a été prouvée en montrant sa capacité à produire des dérivés insaturés à partir de polygalacturonate ou de pectines plus ou moins méthylées. Cette étude démontre que PelN est la première pectate lyase utilisant les ions Fe2+ comme cofacteur préférentiel. Chez D. dadantii, l’expression du gène pelN dépend de divers régulateurs affectant la synthèse des pectinases, comme PecS ou GacA. PelN est une protéine extracellulaire sécrétée par le système Out. Ces études contribuent à mieux comprendre le rôle respectif des différentes enzymes impliquées dans la dégradation de la paroi végétale et le fonctionnement coopératif de ce système pluri-enzymatique. / The phytopathogenic bacterium Dickeya dadantii is responsible for soft rot diseases of various plants. It secretes in the external medium a large array of enzymes which are able to degrade the constituents of the plant-cell wall. The first part of my work was related to the féruloyl esterases FaeD and FaeT. Feruloyl esterases are responsible for the hydrolysis of ester linkages between ferulic acid and the xylan or pectin chains. By cleaving these linkages, they improve the complete degradation of the plant-cell wall. The importance of these enzymes led us to search whether D. dadantii produces such esterases. A gene bank screening using a specific detection test for the feruloyl esterase activity allowed us to identify two genes which were characterized. While faeT is weakly transcribed in all the conditions, the faeD transcription is strongly induced in the presence of ferulic acid and it is controlled by the regulator FaeR. Whereas FaeT is a cytoplasmic protein, FaeD is secreted by the Out system responsible for the secretion of several pectinases. The enzymes FaeD and FaeT were overproduced in E. coli and their main biochemical properties were determined. The determination of the complete sequence of the D. dadantii genome makes it possible to develop functional genomic studies. This sequence confirms the presence of genes encoding the previously characterized pectinases and it reveals that this genome encodes new potential pectinases. The second part of my work was related to the gene pelN identified by genome analysis. Pectate lyases cleave the glycosidic bounds in the polygalacturonate chain by a β-elimination reaction, generating unsaturated products. This reaction mechanism requires cations as cofactor, generally Ca2+. After cloning of the gene pelN, the protein PelN was overproduced in E. coli. Its pectate lyase activity was demonstrated by its capacity to produce unsaturated derivatives from polygalacturonate or pectins. This study showed that PelN is the first pectate lyase that uses Fe2+ ions as the preferential cofactor. In D. dadantii, the pelN expression depends on various regulators controlling the pectinase synthesis, such as PecS or GacA. PelN is an extracellular protein secreted by the Out system. These studies contribute to increase the knowledge on the respective role of the different enzymes involved in the degradation of the plant-cell wall and the cooperative interactions in this pluri-enzymatic system.
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Recherche de signaux moléculaires végétaux impliqués dans l'induction de gènes chez la bactérie phytopathogène Erwinia chrysanthemi (Dickeya dadantii)

Wlodarczyk, Aleksandra 22 March 2010 (has links) (PDF)
Dickeya dadantii est une bactérie responsable de pourritures sur un large spectre de plantes. Sa virulence est principalement due à la sécrétion d'enzymes dégradant la paroi végétale. Ce travail de thèse a porté sur l'identification de molécules jouant un rôle de signal dans les interactions entre plantes et bactéries. Divers phytoconstituants sont connus pour être impliqués dans les phénomènes de communication entre plantes et microorganismes. Chez D. dadantii, nous avons caractérisé deux régions génomiques, lfa et lfg, codant des protéines exprimées seulement lors de l'infection de plantes ou en présence d‟extraits végétaux. Leur expression est modulée par des répresseurs agissant différemment en présence ou absence d'inducteur. Ces régulateurs, LfaR et LfgR, contrôlent également l'expression de gènes permettant le transport de l'inducteur dans le cytoplasme bactérien. Après mise au point d'un test de criblage, la recherche de l'inducteur végétal a été réalisée à partir d'extraits de feuilles d'endive et de tubercules de pomme de terre. Plusieurs étapes chromatographiques ont permis d'obtenir plusieurs fractions actives, dont une très fortement. Cette fraction provenant de pomme de terre contient seulement deux composés qui ont été purifiés. Le composé majeur a été identifié comme étant un nucléoside, la guanosine, mais cette molécule pure n'a pas d'activité inductrice. La quantité de l'autre composé était insuffisante pour permettre l'identification de cette molécule active. Les résultats de ce travail montrent l'implication et le mécanisme d'action de petites molécules hydrophiles agissant comme signaux dans l‟interaction entre la plante et D. dadantii.

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