Le Web sémantique propose un ensemble de standards et d'outils pour la formalisation et l'interopérabilité de connaissances partagées sur le Web, sous la forme d'ontologies. Les ontologies biomédicales et les données associées constituent de nos jours un ensemble de connaissances complexes, hétérogènes et interconnectées, dont l'analyse est porteuse de grands enjeux en santé, par exemple dans le cadre de la pharmacovigilance. On proposera dans cette thèse des méthodes permettant d'utiliser ces ontologies biomédicales pour étendre les possibilités d'un processus de fouille de données, en particulier, permettant de faire cohabiter et d'exploiter les connaissances de plusieurs ontologies biomédicales. Les travaux de cette thèse concernent dans un premier temps une méthode fondée sur les structures de patrons, une extension de l'analyse formelle de concepts pour la découverte de co-occurences de événements indésirables médicamenteux dans des données patients. Cette méthode utilise une ontologie de phénotypes et une ontologie de médicaments pour permettre la comparaison de ces événements complexes, et la découverte d'associations à différents niveaux de généralisation, par exemple, au niveau de médicaments ou de classes de médicaments. Dans un second temps, on utilisera une méthode numérique fondée sur des mesures de similarité sémantique pour la classification de déficiences intellectuelles génétiques. On étudiera deux mesures de similarité utilisant des méthodes de calcul différentes, que l'on utilisera avec différentes combinaisons d'ontologies phénotypiques et géniques. En particulier, on quantifiera l'influence que les différentes connaissances de domaine ont sur la capacité de classification de ces mesures, et comment ces connaissances peuvent coopérer au sein de telles méthodes numériques. Une troisième étude utilise les données ouvertes liées ou LOD du Web sémantique et les ontologies associées dans le but de caractériser des gènes responsables de déficiences intellectuelles. On utilise ici la programmation logique inductive, qui s'avère adaptée pour fouiller des données relationnelles comme les LOD, en prenant en compte leurs relations avec les ontologies, et en extraire un modèle prédictif et descriptif des gènes responsables de déficiences intellectuelles. L'ensemble des contributions de cette thèse montre qu'il est possible de faire coopérer avantageusement une ou plusieurs ontologies dans divers processus de fouille de données / The semantic Web proposes standards and tools to formalize and share knowledge on the Web, in the form of ontologies. Biomedical ontologies and associated data represents a vast collection of complex, heterogeneous and linked knowledge. The analysis of such knowledge presents great opportunities in healthcare, for instance in pharmacovigilance. This thesis explores several ways to make use of this biomedical knowledge in the data mining step of a knowledge discovery process. In particular, we propose three methods in which several ontologies cooperate to improve data mining results. A first contribution of this thesis describes a method based on pattern structures, an extension of formal concept analysis, to extract associations between adverse drug events from patient data. In this context, a phenotype ontology and a drug ontology cooperate to allow a semantic comparison of these complex adverse events, and leading to the discovery of associations between such events at varying degrees of generalization, for instance, at the drug or drug class level. A second contribution uses a numeric method based on semantic similarity measures to classify different types of genetic intellectual disabilities, characterized by both their phenotypes and the functions of their linked genes. We study two different similarity measures, applied with different combinations of phenotypic and gene function ontologies. In particular, we investigate the influence of each domain of knowledge represented in each ontology on the classification process, and how they can cooperate to improve that process. Finally, a third contribution uses the data component of the semantic Web, the Linked Open Data (LOD), together with linked ontologies, to characterize genes responsible for intellectual deficiencies. We use Inductive Logic Programming, a suitable method to mine relational data such as LOD while exploiting domain knowledge from ontologies by using reasoning mechanisms. Here, ILP allows to extract from LOD and ontologies a descriptive and predictive model of genes responsible for intellectual disabilities. These contributions illustrates the possibility of having several ontologies cooperate to improve various data mining processes

De plus en plus de sources de données liées sont publiées à travers le Web en s'appuyant sur les technologies du Web sémantique, formant ainsi un large réseau de données distribuées. Cependant il est difficile pour les consommateurs de données de profiter de la richesse de ces données, compte tenu de leur distribution, de l'augmentation de leur volume et de l'autonomie des sources de données. Les moteurs fédérateurs de données permettent d'interroger ces sources de données en utilisant des techniques de traitement de requêtes distribuées. Cependant, une mise en œuvre naïve de ces techniques peut générer un nombre considérable de requêtes distantes et de nombreux résultats intermédiaires entraînant ainsi un long temps de traitement des requêtes et des communications réseau coûteuse. Par ailleurs, la sémantique des requêtes distribuées est souvent ignorée. L'expressivité des requêtes, le partitionnement des données et leur réplication sont d'autres défis auxquels doivent faire face les moteurs de requêtes. Pour répondre à ces défis, nous avons d'abord proposé une sémantique des requêtes distribuées compatible avec les standards SPARQL et RDF qui préserve l’expressivité de SPARQL. Nous avons ensuite présenté plusieurs stratégies d'optimisation pour un moteur de requêtes fédérées qui interroge de manière transparente des sources de données distribuées. La performance de ces optimisations est évaluée sur une implémentation d’un moteur de requêtes distribuées SPARQL / Driven by the Semantic Web standards, an increasing number of RDF data sources are published and connected over the Web by data providers, leading to a large distributed linked data network. However, exploiting the wealth of these data sources is very challenging for data consumers considering the data distribution, their volume growth and data sources autonomy. In the Linked Data context, federation engines allow querying these distributed data sources by relying on Distributed Query Processing (DQP) techniques. Nevertheless, a naive implementation of the DQP approach may generate a tremendous number of remote requests towards data sources and numerous intermediate results, thus leading to costly network communications. Furthermore, the distributed query semantics is often overlooked. Query expressiveness, data partitioning, and data replication are other challenges to be taken into account. To address these challenges, we first proposed in this thesis a SPARQL and RDF compliant Distributed Query Processing semantics which preserves the SPARQL language expressiveness. Afterwards, we presented several strategies for a federated query engine that transparently addresses distributed data sources, while managing data partitioning, query results completeness, data replication, and query processing performance. We implemented and evaluated our approach and optimization strategies in a federated query engine to prove their effectiveness.