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Environmental pathogens, such as Escherichia coli and Streptococcus uberis, are currently the major cause of mastitis within dairy herds. This leads to severe financial losses, lower production rates and deterioration of the general health of the herd. E. coli mastitis is becoming a major threat to high milk-producing dairy herds. This is because of its increasing resistance to antibiotics, rendering antibiotic treatment regimes against E. coli infections mostly ineffective. The aim of this study was to develop a method to select mastitis causing E. coli isolates for the formulation of effective herd specific vaccines. Two methods, namely a genotyping method (Random Amplification of Polymorphic DNA; RAPD) and an antibiogram based method, were used. A dairy farm milking approximately 1000 Holstein cows in the Darling area, Western Cape Province, was selected for this study. The study was conducted over a period of 48 months and mastitis samples were analysed for mastitis pathogens. Antibiogram testing (disk diffusion method) and an in-house developed RAPD analysis method were used to analyse the E. coli isolates. A total of 921 milk samples were analysed from which 181 E. coli isolates were recovered. The number of all other common mastitis pathogens combined was 99 isolates (Streptococcus uberis 18, Streptococcus dysgalactiae 46, Streptococcus agalactiae 1, Staphylococcus epidermidis 21, Arcanobacterium pyogenes 13). All E. coli isolates, except for one, were resistant to at least three antibiotics. Antibiotic variance profiles were also highly erratic. The RAPD analysis revealed high levels of polymorphisms and clear epidemiological trends were observed over time. No similarities in the variance profiles between the antibiotic variance data and phylogenetic data were observed. Formalin inactivated autogenous vaccines were produced containing E. coli isolated from the herd. The vaccines were formulated using the RAPD or antibiogram data of the E. coli isolates. A total of 5 vaccines were formulated using RAPD data (Rvaccines) and one vaccine was formulated using antibiotic variance data (A-vaccine). The RAPD formulated vaccines were more effective than the antibiotic variance formulated vaccine. After each R-vaccination, the number of E. coli mastitis cases declined within the herd. The A-vaccinations seemed to have had no effect, which lead to a rise in E. coli mastitis cases. RAPD analysis on new emerging isolates was able to detect genetic variation from vaccine strains, which in turn facilitated the formulation of new updated vaccines with higher effectiveness than the previous vaccine. Mastitis data prior to and after the vaccination period revealed significant higher incidences of mastitis in the herd than during the vaccination period. This study demonstrated that sufficient sampling practices coupled with a reliable genotyping method, resulted in the formulation of updatable vaccines which were highly effective in controlling E. coli mastitis within the herd. / Thesis (M Environmental Sciences)--North-West University, Potchefstroom Campus, 2012

Objetivo.- Determinar los factores riesgo asociados a Infecciones de vías urinarias por E. coli productoras de Betalactamasas en gestantes. Clínica Good Hope. Durante el periodo Marzo 2014 –2015. Métodos.- Se realizó un estudio observacional, analítico, retrospectivo de casos y controles. Los datos se obtuvieron a partir de la revisión de las historia clínicas de gestantes con IVU en las que cumplieron con el criterio de selección, aplicamos un posteriormente identificamos características sociodemográficas, gineco obstetricas, clínicas de la infección y se analizaron los posibles factores asociados. Para el análisis se elaboró una base de datos obteniendo estadísticas descriptivas; X2 con nivel de significación estadística p<0,05. Resultados.- Se analizaron los datos de 187 pacientes. Se asociaron a E coli BLEE, la anemia, el antecedente de IVU, uso previo antibióticos, inicio de relaciones sexuales tempranas. En el análisis multivariado solo mantuvieron su significancia el uso previo de antibióticos IVU recurrente (IC 95%, OR=2,62), Anemia (IC 95% OR= 28,13), Hipotoroidismo (IC 95%, OR=2,97), (IC 95%, OR= 3,49), la HTA (IC 95%, OR=3,99) y las ITS (IC 95%, OR= 3,29). Así también el 45,5 % fueron casadas, 74,3% tenían estudios superiores. Promedio de edad gestación fue 21,96 semanas. Conclusiones y Recomendaciones.- Se describe la anemia como factor de riesgo para E coli BLEE causante de IVU adquirida en la comunidad, por lo mismo para luchar verdaderamente contra las infecciones urinarias complicadas y sus temibles consecuencias, debemos identificar las características que presenta la población con riesgo de padecerla. Esto justifica el seguimiento de rutina en el control prenatal, tratarla es prevenir las complicaciones.

Se efectuó un estudio en Lima – Perú, para determinar Aspectos clínicos epidemiológicos de infección urinaria en pacientes hospitalizados en el servicio de pediatría del Hospital María Auxiliadora entre 2011 a 2014. Objetivo: Determinar los aspectos epidemiológicos de la infección urinaria en pacientes hospitalizados en el servicio de pediatría, así mismo evaluar el campo clínico de la presentación, con el fin de ampliar el conocimiento para una mejor identificación, manejo. Materiales y Métodos: Fue un estudio observacional descriptivo transversal; realizado en el Hospital General María Auxiliadora del distrito de San Juan de Miraflores del departamento de Lima. La población conformada por 168 pacientes pediátricos, una muestra de 103 pacientes conforme a los criterios de inclusión y exclusión. Los datos se recolectaron mediante fichas de historia clínica que incluía datos epidemiológicos y clínicos de los pacientes pediátricos. Resultados: Las infecciones de tracto urinario se presentaron más frecuentemente entre el grupo de lactantes. Además se encontró el género femenino con mayor número de casos respecto al masculino. En los síntomas de ingreso de los pacientes, se halló la fiebre como el principal, el cual se presentó en más del 80% de los casos. Los días de estancia hospitalaria en promedio se encontraban en 5 días, pero oscilaban en un mínimo y máximo, entre 1 y 16 días respectivamente. Respecto a los urocultivo se halló que en más del 80 % de los casos, Escherichia Coli. En los años 2012 y 2014 se encontró al 100 %. El segundo germen en frecuencia fue klebsiella con 12.5 %. En la terapia antibiótica, el más usado fue amikacina.

Magíster en Ciencias de la Ingeniería, Mención Química / Ingeniero Civil en Biotecnología / Durante las últimas décadas, una rama de la investigación biotecnológica se ha enfocado en desarrollar y optimizar procesos de producción de proteínas recombinantes orientadas a aplicaciones terapéuticas. En particular, los péptidos terapéuticos ofrecen actualmente un nuevo potencial comercial para la industria farmacéutica y biotecnológica al generar estrategias efectivas en el tratamiento de diversas patologías como cáncer y alteraciones metabólicas entre otras. Estudios previos han demostrado la capacidad supresora de tumores de péptidos con blanco intracelular como p53p-Ant y PNC-27. Estos corresponden a regiones derivadas de la proteína p53, factor de regulación transcripcional que inhibe la progresión del ciclo celular e induce reparación celular o apoptosis, en caso de estrés genotóxico. Ambos péptidos contienen en su secuencia, un péptido de penetración celular, el cual les entrega la capacidad de atravesar la membrana plasmática. Así, bajo distintos mecanismos, con p53p-Ant y PNC-27 se ha reportado apoptosis o bien necrosis de manera selectiva en ciertos tipos de células tumorales. El presente trabajo tuvo por objetivo expresar en E. coli los péptidos p53p-Ant y PNC-27, y purificarlos mediante el sistema IMPACT. Éste es un mecanismo de expresión y purificación mediado por inteínas que permite purificar a través de una columna de afinidad, proteínas recombinantes con su secuencia nativa sin el uso de proteasas y minimizando pasos cromatográficos. Se logró producir ambos péptidos en forma soluble. La expresión soluble del péptido PNC-27 se consiguió a partir de los dos vectores de expresión proporcionados por el sistema IMPACT (pTXB1 y pTYB11), esta expresión resultó ser fuertemente dependiente de las condiciones de cultivo ya que se requiere de una inducción a baja temperatura (12 °C). Por su parte, la expresión soluble de p53p-Ant depende tanto del sistema de expresión como de las condiciones de cultivo. El diseño de las construcciones genéticas, en particular las que incluyen el vector de expresión pTYB11, permitió una efectiva purificación de los péptidos utilizando un único paso cromatográfico. Más aún, los niveles de rendimiento (0,4 1,2 mg L-1) superan los reportados para péptidos con el mismo sistema y los niveles de pureza obtenidos permitirían desarrollar investigación avanzada con ensayos biológicos in vivo o in vitro.

Objetivo: Evaluar la prueba del Ácido Glutámico Descarboxilasa (GAD) modificado para la rápida identificación de Escherichia coli aisladas de urocultivos. Métodos: Se procesó un total de 257 aislamientos bacterianos a partir de urocultivos procedentes del laboratorio de microbiología del Hospital San Bartolomé. Como controles internos, también se evaluaron aislamientos de diferentes muestras clínicas y cepas ATCC. Para obtener la sensibilidad, especificidad y la exactitud de la prueba GAD modificado, se utilizó la identificación bioquímica convencional como pruebaGold Standard. Resultados: Todas las Escherichia coli mostraron una reacción positiva a la prueba GAD modificado, incluyendo aislados lactosa negativa, dando una sensibilidad del 100%. Otras enterobacterias, que incluyeron a Salmonella grupo C, Morganella morganii, Enterobacter cloacae y Enterobacter aerogenes y Proteus vulgaris, dieron un resultado negativo a la prueba GAD modificado, aún cuando fueron incubadas por un tiempo adicional de 24 horas, dando una especificidad del 100%. Sin embargo, la prueba GAD modificado presentó reacción positiva con aislamientos de Shigella flexneri (2) y Shigella sonnei (2). Conclusiones: La prueba GAD modificado permite identificar a Escherichia coli a partir de aislamientos de urocultivos con alta sensibilidad, especificidad y exactitud, y puede ser utilizado en cualquier laboratorio porsu rapidez y su bajo costo. Palabras clave: Escherichia coli;GADmodificado;Glutamato Monosódico;Urocultivo. / --- Objetive: To evaluate the Glutamic Acid Decarboxylase (GAD) modified Testforrapid identification of Escherichia coli fromurine cultures. Methods: A total of 257 bacterial isolatesfrom urocultures were tested. As controls, bacterial isolates from other clinical samples and ATCC strains were also tested. In order to determinate the sensibility, specificity and the exactitude of the GAD test, the conventional biochemical identification for enterobacteria were used as Gold Standard. Results: All isolated strains of Escherichia coli were positive by themodifiedGAD test, even the lactose‐negative E. coli strains, giving a sensitivity of 100%. Other enterobacteria strains were negative by the modified GAD, even when the period of incubation was 24 hours, giving a specificity of 100%. However, Shigella flexneri and Shigella sonnei strains showed positive results when it was assayed on the modified GADtest. Conclusion: The modified GAD test can identify correctly any isolate of E. coli from urocultures with a high sensitivity and specificity, and is suitable for carrying out in any laboratory. Keywords: Escherichia coli; modified GAD test; Monosodium Glutamate; Urine culture.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.