Memorial apresentado ao Instituto de Biociências da Universidade Estadual Paulista-UNESP-Botucatu, para obtenção do título de Livre-Docente em Microbiologia-Bacteriologia

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2009. / Submitted by Elna Araújo (elna@bce.unb.br) on 2011-05-30T22:18:31Z No. of bitstreams: 1 2009_SandraElisadeSousaCarvalho.pdf: 2803738 bytes, checksum: 3efd571bb5405a3e71ba15228b2dcc0f (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Maia(luanna@bce.unb.br) on 2011-06-05T18:39:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_SandraElisadeSousaCarvalho.pdf: 2803738 bytes, checksum: 3efd571bb5405a3e71ba15228b2dcc0f (MD5) / Made available in DSpace on 2011-06-05T18:39:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_SandraElisadeSousaCarvalho.pdf: 2803738 bytes, checksum: 3efd571bb5405a3e71ba15228b2dcc0f (MD5) / Dengue é uma importante arbovirose causada pelo vírus do dengue (DENV; Família Flaviviridae, Gênero Flavivirus). Notável aumento no número de casos de dengue e dengue hemorrágica foi registrado nas Américas. Neste estudo foi descrito a diversidade de sequências de diferentes genomas completos de DENV-1 e a inferência filogenética de vírus isolados na América. Dois isolados brasilienses (Distrito Federal, Brasil) de DENV-1 foram identificados em testes utilizando anticorpo policlonal e monoclonal. Os vírus foram amplificados in vitro em células C6/36 de Aedes albopictus. O RNA genômico desses isolados (DF01 e DF02) foram amplificados usando pares de oligonucleotídeos específicos para DENV-1 por RT-PCR. O genoma foi dividido em três fragmentos de cDNA que se sobrepõem e os cDNA amplificados foram clonados em pCR4-TOPO. O DNA plasmidial foi purificado e a sequência de nucleotídeos determinada. DF01 e DF02 foram completamente sequenciados e suas sequências comparadas a um grupo de dados representativo da diversidade genotípica americana de DENV-1 e a um isolado de Singapura, geneticamente distinto dos genótipos de circulação americana. Embora sejam observadas consideráveis diferenças em sequências de aminoácidos presentes em regiões importantes, vários elementos chaves (sítios de glicosilação, pontes disulfeto e sequências características a domínios funcionais de proteínas) foram completamente conservados. Análises filogenéticas indicaram a existência de um grupo monofilético dividido em dois sub-grupos na população de DENV-1 circulante na América Latina, relacionando a sua distribuição geográfica. Foram descritos três potenciais eventos de recombinação entre os isolados analisados, um destes ocorreu no novo vírus identificado DF01. Nossas análises de sequências genômicas completas de populações geograficamente estruturadas e com baixa diversidade na América Latina produziram forte evidência de recombinações relativamente difundidas. Os clones obtidos com fragmentos genômicos de DENV-1 utilizados no estudo, foram transferidos para um vetor modificado para o possível desenvolvimento de cDNA infeccioso. ________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Dengue is an important arboviral disease caused by dengue viruses (DENV; Family Flaviviridae, Genus Flavivirus). A dramatic increase in the number of dengue fever and hemorrhagic dengue cases had been reported in the American continent. In this work we describe the diversity found in full-length DENV-1 sequences and phylogenetic inference of dengue virus isolated in Americas. Two DENV-1 isolates form Brasília (Federal District, Brazil), were identified using polyclonal and monoclonal antibody-assay. The viruses were amplified in vitro in an Aedes albopictus C6/36 cell line. Genomic RNA of those isolates (DF01 e DF02) were amplified using specific primer pairs for DENV-1 by RT-PCR. The genome was divided into three overlapping cDNA fragments, and amplified cDNA was linked into pCR4-TOPO. Plasmid DNA was purified and nucleotide sequences were determined. DF01 and DF02 were completely sequenced and compared to a data set of full genomic sequence of DENV-1, that represent the genotypic diversity of this serotype, and one sequence from Singapura, used as outgroup. Although our genetic analyses revealed considerable differences at protein levels, several key elements (i.e. disulfide bridges, glycosylation sites and protein functional domains) were fully conserved. Phylogenetic analysis indicated the existence of one monophyletic Latin American cluster (LA) which could in turn be divided into two major sub-clusters, characterized by a geographical subdivision. We found three recombination events among all DENV examined sequences, one of the new full length genome described here was apparently recombinant. Our analysis of full genome sequences samples of DENV-1 population geographically structured and with low-diversity in Latin American has yielded strong evidence of relatively pervasive recombination. The clones obtained with DENV-1 subgenomic fragments used in this study, were transferred into lowcopy plasmid modified for the possible construction of an infectious cDNA clone.

Orientador : Maria Luiza Moretti / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T22:38:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Beretta_AnaLauraRemedioZeni_D.pdf: 2511700 bytes, checksum: ea398f91fb9d1a00a22c2d0ff0cad095 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: Infecções hospitalares causadas por Staphylococcus aureus resistentes oxacilina (SARO) representam grave problema médico e hospitalar no mundo todo e têm sido causadoras de surtos e endemias, principalmente nos hospitais de médio e grande porte e nos universitários, com altas taxas de mortalidade. O emprego de técnicas discriminatórias por análise do DNA de cepas envolvidas nas infecções hospitalares é um recurso valioso para o conhecimento do comportamento epidemiológico dos SARO. Nosso estudo analisou a diversidade genômica das cepas de SARO, isoladas de pacientes portadores de infecção hospitalar, internados no Hospital das Clínicas da Universidade Estadual de Campinas, durante o período compreendido entre 1995-2001, comparativamente com os perfis genômicos obtidos no estudo, durante os anos de 1991 até 1993. Foram aplicados dois métodos de tipagem molecular. O perfil do DNA genômico de cepas de SARO no período de 1995 a 2001 por ¿Eletroforese em Gel de Campo Pulsado¿ (PFGE), comparativamente com o perfil de cepas SARO estudadas em 1991 a 1993 pela mesma técnica molecular. Foi realizada a análise de DNA genômico por polimorfismo amplificado aleatoriamente, ¿Restriction Amplification Polymorphic DNA¿ (RAPD), nas cepas SARO de 1995 a 2001. Foram estudadas 117 cepas de SARO obtidas de pacientes internados entre 1995 a 2001. Utilizando-se a técnica de PFGE, foi observado que 80 (68,4%) cepas pertenciam ao mesmo perfil genômico A, 18 (15,4%) pertenciam a um perfil genômico muito relacionado AM, 18 (15,4%) pertenciam a um perfil genômico possivelmente relacionado AP e 1 (0,8%) cepa pertenciam a um perfil genômico não relacionado. No período de 1991 a 1993, as 73 cepas de SARO estudadas foram representadas por cinco diferentes perfis: A, B, C, D e E. O perfil A foi o mais freqüente e foi identificado em 55 (75,3%) cepas; três cepas muito relacionadas e 4 possivelmente relacionadas também foram identificadas. Os perfis genômicos A, AM e AP encontrados no período de 1995-2001, foram idênticos àqueles obtidos entre 1991 a 1993, demonstrando a presença, a disseminação clonal e a persistência de uma cepa endêmica dentro do ambiente hospitalar num período de 10 anos. A análise dos padrões mostrou um coeficiente de similaridade de 96% entre os perfis A no período de 1991-1993 e 1995-2001. Através da técnica de RAPD foram identificados dois diferentes padrões de agrupamento: o padrão a foi representado por 43 cepas e o número de bandas variou de 8 a 10, enquanto que o agrupamento b foi representado por 74 cepas e o número de bandas variou de 5 a 7. O coeficiente de similaridade entre os padrões a e b obtido através desta técnica foi de 86%. A aplicação de métodos de biologia molecular permitiu uma melhor compreensão do comportamento epidemiológico de SARO no Hospital de Clínicas da Unicamp. A persistência do mesmo perfil genômico durante um período de 10 anos revela alta probabilidade de transmissão cruzada deste patógeno / Abstract: Nosocomial infections caused by MRSA represent a serious medical and nosocomial problem around the world and have been the cause of epidemics and outbreaks with a high mortality rate mainly in University Hospitals and large and medium sized hospitals. The use of discriminatory techniques through DNA analysis of strains involved in nosocomial infections is an extremely valuable resource to confirm the efficacy of control measures related to the causing agents of nosocomial infections. This study has analyzed the genomical diversity of MRSA strains isolated from nosocomial infection carriers hospitalized at the Hospital das Clínicas da Universidade Estadual de Campinas, from 1995 to 2001, comparing them with the genomical profiles obtained from 1991 to February 1993. Two molecular typing methods were applied: - RAPD-PCR genomical DNA analysis in two periods of time and the DNA profile by PFGE. 117 MRSA strains were studied-obtained from carriers hospitalized from 1995 to 2001. Through PFGE, it has been observed that 80 (68.4%) strains had the same genomic profile A, 18 (15.4%) strains had a closely-related genomic profile AM, 18 (15.4%) strains had a possibly-related genomic profile AP and only 1 (0,8%) strain presented an unrelated profile. In the period from 1991 to 1993, 73 strains presented five distinctive DNA profiles: A, B, C, D and E. Profile A was the most frequent DNA pattern and was identified 55 (75.3%) strains; three closely-related and four possibly related profiles were also identified. The genomic profiles A, AM and AP identified in the period from 1995-2001 were identical to those obtained from 1991 to 1993, demonstrating the presence, the clonal dissemination and the persistence of an endemic strain in a nosocomial environment within a ten-year period. The computer analysis of the endemic profile A identified in period 1991-1993 and profile A from period 1995-2001 showed a 96% of similarity and they were considered to be the same profile A and they came from the common MRSA clone widely recognized in Sao Paulo and other Brazilians hospitals. Two different cluster patterns have been identified through RAPD; the profie a was represented by 43 (36.7%) strains and there was a variation from 8 to 10 fragments while profile b was represented by 74 (53.3%) strains and there was a variation from 5 to 7 fragments. Cluster analysis showed an 86% coefficient of similarity. A better understanding of the epidemiological behavior of MRSA strains at Hospital de Clínicas da Unicamp has been achieved with the application of molecular biology methods. The persistence of the same genomic profile within a ten-year period has shown a high probability of a crossed transmission of such pathogen / Doutorado / Microbiologia

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:01:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6300_1.pdf: 2246056 bytes, checksum: 57be7b0e6c47c2db5b0f7eee13fc1125 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / A Yersinia pestis, bactéria Gram-negativa da família Enterobacteriaceae, é uma espécie muito homogênea quando observada pelos métodos fenotípicos: apresenta apenas um sorotipo, um fagotipo e um biótipo subdividido em três biovars ou variedades geográficas. Com a introdução de técnicas moleculares os estudos de tipagem em cepas de Y. pestis foram significativamente aprofundados contribuindo para rastrear a origem de novas cepas e detectar o surgimento de novos clones. Este trabalho teve como objetivo verificar a diversidade genética entre cepas de Y. pestis analisando regiões específicas do genoma desta bactéria suscetíveis a diferentes mecanismos de mutação. Para isto foram empregadas duas abordagens: 1) análise do loco pgm em três cepas altamente virulentas, isoladas de humanos e 2) análise de VNTRs (MLVA-PCR) como marcador para reconhecer e rastrear os clones circulantes de Y. pestis nos focos de peste do Nordeste do Brasil. Foram observadas diferenças na estabilidade do loco pgm das cepas estudadas (duas cepas brasileiras: P. CE 882 e P. Exu 340 e uma de outro foco sul-americano: P. Peru 375). As culturas derivadas da P. Exu 340 e P. Peru 375 apresentaram alterações no loco pgm após repiques sucessivos no meio agar vermelho Congo, enquanto que a P. CE 882 não apresentou. Nos ensaios do MLVA-PCR todos os seis locos estudados foram amplificados em todas as cepas de Y. pestis. Os locos VNTR1, VNTR5 e VNTR6 apresentaram padrões de amplificação semelhantes em todas as cepas de Y. pestis das diferentes regiões geográficas. Entretanto, os padrões dos locos VNTR2, VNTR3 e VNTR4 foram distintos para algumas cepas. Foi verificado diversidade no número de alelos por loco variando de três (para o VNTR1 e o VNTR3), quatro (para o VNTR2) e cinco (para o VNTR4), enquanto para os VNTR5 e VNTR6 o número de alelos não variou. A análise do tamanho e o número de repeats para cada VNTR permitiu identificar 23 genótipos nas 105 amostras de Y. pestis analisadas. Alguns destes genótipos apresentaram uma ampla distribuição geográfica, enquanto outros foram específicos de uma determinada região. Para verificar a estabilidade dos VNTRs in vitro , três cepas de Y. pestis foram submetidas a repiques sucessivos e as culturas derivadas foram analisadas. As cepas parentais e as culturas derivadas revelaram perfis idênticos com os seis locos estudados. Cepas de Y. pseudotuberculosis e Y. enterocolitica foram incluídas no trabalho para comparação. As cepas de Y. enterocolitica amplificaram todos os locos, com exceção do VNTR1 onde nenhum segmento foi amplificado. Com os outros locos os padrões de amplificação obtidos foram semelhantes aos encontrados nas cepas de Y. pestis. As cepas de Y.pseudotuberculosis apresentaram padrões de amplificação semelhantes aos encontrados em cepas de Y. pestis para os locos VNTR1 e VNTR3 e distintos para os demais locos. Os resultados obtidos pela análise de diferentes regiões ou locos (pgm e VNTRs) do genoma da Y. pestis demonstraram diversidade genética intraespecífica nessa espécie os quais contribuirão para estudos epidemiológicos, taxonômicos e evolutivos futuros

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:05:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6212_1.pdf: 6931212 bytes, checksum: 017a662001da24d39f9c629d562f17e5 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2007 / Dentre os agentes etiológicos da mastite contagiosa dos bovinos, o Staphylococcus aureus apresenta maior prevalência no mundo. Neste estudo foi investigada a diversidade genética de 94 isolados de S. aureus obtidos de leite de vacas com mastite subclínica (87), queijo cru tipo coalho (06) e equipamentos de ordenha (01) em 12 rebanhos leiteiros do Estado de Pernambuco (Brasil), através da análise do polimorfismo da região 3 -terminal do gene da coagulase (PCR/RFLP-coa) e da região intergênica 16S-23S dos operons ribossomais (ribotipagem-PCR), associados à análise de macrorrestrição do DNA genômico, digerido por SmaI, através da eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). A PCR/RFLP-coa revelou dois coagulotipos: Coa1 (~720 pb) que agrupou 62,5% dos isolados, e Coa2 (~950 pb) com 37.2%. O Coa1 foi subtipado em Coa1A (59,6%) e Coa1B (3,2%) após restrição com AluI e HhaI. A ribotipagem-PCR revelou dez ribotipos (R1 R10), dos quais R1 R6 (62,77%) agruparam os coagulotipos Coa1A/Coa1B, e os ribotipos R7 R10 (37,23%) agruparam o coagulotipo Coa2. Na análise do PFGE, considerando 80% de similaridade entre as amostras, foram identificados dez perfis de macrorrestrição (A J). Os índices discriminatórios desses métodos foram de 0.510, 0.741 e 0.836, respectivamente. Vinte e cinco perfis genotípicos (GI GXXV) foram obtidos com a associação desses resultados (índice discriminatório = 0.910). O genótipo predominante foi o GIII, encontrado em três rebanhos (20,21% das amostras). O PFGE foi mais discriminatório que os métodos baseados em PCR. Entretanto, a ribotipagem-PCR é mais rápida, barata e altamente reprodutível e poderá ser útil em investigações epidemiológicas. A presença de S. aureus em amostras de leite mastítico, queijo cru e em equipamentos de ordenha com o mesmo perfil genotípico evidencia o risco da transmissão deste patógeno aos consumidores e a vacas não-infectadas. A identificação de clones prevalentes dentro de um rebanho ou região pode ser usada como base para o desenvolvimento de medidas profiláticas específicas no controle das mastites estafilocócicas

As doenças virais de peixes causadas por vírus das famílias Iridoviridae e Alloherpesviridae estão distribuídas mundialmente e representam uma ameaça real a expansão do sistema aquícola mundial. Desse modo, tornam-se necessários o aprimoramento e aplicação das técnicas de diagnóstico existentes a fim de se controlar ou impedir o avanço dessas viroses entre países. Vírus do gênero Megalocytivirus (MV) e o Cyprinid herpesvirus (CyHV), tipos 1, 2 e 3, induzem enfermidades em peixes com elevada taxa de mortalidade. Já vírus do gênero Lymphocystivirus (LCDV), apesar da menor patogenicidade, causam graves perdas econômicas ao reduzirem o valor comercial dos animais infectados. Devido à escassez de dados disponíveis sobre a circulação desses vírus no Brasil, o presente estudo objetivou a prospecção, incluindo a detecção e caracterização por meio da utilização de técnicas moleculares, de MV, LCDV, CyHV-1, CyHV-2 e CyHV-3 em peixes ornamentais oriundos do município de São Paulo, bem como em espécies de peixes de vida livre e comerciais provenientes de 4 estados brasileiros. Para tanto, foram coletadas e caracterizadas amostras de 306 peixes de 47 espécies diferentes, sendo que todas foram processadas para CyHV-3 e 81 foram submetidas ao diagnóstico para os demais vírus, obtendo-se uma positividade de 47% para MV, 1,2% para LCDV e 2% para CyHV-3. Todas as amostras positivas eram oriundas de peixes ornamentais do município de São Paulo. A sequência nucleotídica de LCDV obtida agrupou-se filogeneticamente em clado do genótipo VII, com similaridade de 44,8-91,1% para com outras sequências homólogas. As sequências de MV agruparam-se em clado com outras sequências de origem asiática, exibindo similaridade de 47,2-99,2% para com outras sequências. Para CyHV-3, a similaridade entre as sequências obtidas e para com outras homólogas foi igual ou superior a 97,4%, agruparando-se em 2 clados distintos. Análises evolutivas indicaram seleção negativa fraca ou relaxada para todas as sequências dos 3 grupos virais estudados. Nesse sentido, destaca-se o ineditismo dos resultados obtidos para a melhor compreensão da epidemiologia molecular desses vírus no Brasil. / Viral fish disease caused by viruses of Iridoviridae and Alloherpesviridae families are distributed globally and represent a real threat to the expansion of world aquaculture system. Thus, improvement and application of current diagnostic techniques in order to control or stop the spread of these infections among countries become necessary. Virus of Megalocytivirus (MV) gender and the Cyprinid herpesvirus (CyHV), types 1, 2 and 3, induce diseases in fish with high mortality rate. Virus of Lymphocystivirus (LCDV) gender, despite their lower pathogenicity, cause severe economic losses by reducing the commercial value of infected animals. Due to the paucity of data available on the circulation of these viruses in Brazil, this study aimed to prospecting, including the detection and characterization through the use of molecular techniques, MV, LCDV, CyHV-1, CyHV-2 and CyHV-3 in ornamental fish come from the city of São Paulo, as well as in fish species of free and commercial life from 5 Brazilian states. For this purpose, 306 samples of 43 different species of fish were collected and characterized, all of which were processed to CyHV-3 and 81 were subjected to the diagnosis of other viruses, yielding a positivity rate of 47% for MV, 1.2% for LCDV and 2% for CyHV-3. All positive samples were from ornamental fish of São Paulo municipality. The only LCDV-nucleotide sequence obtained was grouped phylogenetically in the genotype VII clade, showing 44.8-91.1% similarity to other homologous sequences. Sequences of MV grouped into clade with Asian sequences, displaying 47.2-99.2% similarity to other homologous sequences. For CyHV-3, the similarity among the sequences obtained in this study and the similarity to homologous sequences was equal or superior to 97.4%, grouping into 2 distinct clades. Evolutionary analysis indicated weak or relaxed negative selection for all the sequences from the 3 studied virus groups. In this sense, it can highlight the novelty of the obtained results for a better understanding of the molecular epidemiology of these viruses in Brazil.

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:35Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-11-18Bitstream added on 2014-08-13T18:01:11Z : No. of bitstreams: 1 000736114_20141218.pdf: 167852 bytes, checksum: 195f78eda97184540a4c8fa710ee18f9 (MD5) Bitstreams deleted on 2014-12-19T18:32:47Z: 000736114_20141218.pdf,Bitstream added on 2014-12-19T18:33:34Z : No. of bitstreams: 1 000736114.pdf: 2142445 bytes, checksum: 4c37b6a0b38133d350c91b6a9b7b59cc (MD5) / A tuberculose (TB) é uma doença infecciosa crônica causada principalmente pelo bacilo aeróbico Mycobacterium tuberculosis. Ela provoca problemas de saúde entre milhões de pessoas a cada ano, sendo classificada como a segunda causa de morte por uma doença infecciosa em todo o mundo. Assim, o objetivo desse estudo foi analisar a epidemiologia clássica e molecular da tuberculose pulmonar, em pacientes do Norte de Minas Gerais. Foi realizado um levantamento epidemiológico, de caráter observacional, longitudinal, retrospectivo e de delineamento quantitativo. A população foi composta por pacientes com suspeita de TB pulmonar, residentes na Região Norte de Minas Gerais, atendidos no Hospital Universitário Clemente de Faria (HUCF) da Universidade Estadual de Montes Claros (UNIMONTES), no período de janeiro de 2011 a dezembro 2012. As amostras clínicas (escarro ou lavado broncoalveolar) destes pacientes foram analisadas, através da técnica de Ziehl- Neelsen e da cultura pela método de Ogawa-Kudoh. Os isolados clínicos obtidos foram submetidos a identificação molecular, a genotipagem pelas técnicas de Spoligotyping, RDRio, ERIC-PCR e MIRU-VNTR e ao teste de susceptibilidade a fármacos. A correlação epidemiológica clássica e molecular foi realizada através dos dados da genotipagem e dos dados epidemiológicos clássicos. Dos 345 pacientes avaliados, 33 (9,6%) apresentavam a doença, sendo 69,7% residentes em Montes Claros e 30,3% em outras cidades do Norte de Minas Gerais. Houve predomínio da TB em indivíduos do sexo masculino (75,8%), da etnia parda (60,6%), de baixa escolaridade (42,4%) e em idade economicamente ativa (78,9%). A maior parte dos casos eram novos (69,7%) e a baciloscopia foi positiva em 75,8% dos pacientes. A taxa de cura foi baixa (30,3%) e a de transferência elevada (30,3%). Os agravos mais evidentes continuam sendo, a co-infecção TB/HIV (6,1%) e o alcoolismo (24,25%). A análise dos 33 isolados clínicos ... / Tuberculosis is a chronic infectious disease caused by the bacillus aerobic Mycobacterium tuberculosis. It causes health problems among millions of people each year, being ranked as the second leading cause of death from infectious disease worldwide. Thus, the aim of this study was to analyze the epidemiology of classical and molecular pulmonary tuberculosis in patients in North of Minas Gerais. We conducted an epidemiological study, an observational, longitudinal, retrospective and quantitative design. The population consisted of patients with suspected pulmonary TB, residents in the north of Minas Gerais patients at the University Hospital Clemente de Faria (HUCF), State University of Montes Claros (UNIMONTES), from January 2011 to December 2012. The clinical samples (sputum or bronchoalveolar lavage) of these patients were analyzed by Ziehl-Neelsen staining and culture by the method of Ogawa-Kudoh. Clinical isolates were subjected to molecular identification, genotyping by Spoligotyping techniques, RDRio, ERIC-PCR and MIRU-VNTR and drug susceptibility testing. The classical and molecular epidemiological correlation was performed using data from genotyping and classical epidemiological data. Of the 345 patients evaluated, 33 (9.6%) had the disease, with 69.7 % living in Montes Claros and 30.3 % in other cities in northern Minas Gerais. There was a prevalence of TB in males (75.8%), of mulattoes (60.6%), low education (42.4 %) and working age (78.9%) . The majority of new cases were (69.7%) and the smear was positive in 75.8 % of patients. The cure rate was low (30.3%) and high transfer (30.3 %). The most obvious grievances remain, the co -infection TB / HIV (6.1%) and alcoholism (24.25%) . Analysis of 33 clinical isolates by Spoligotyping allowed the identification of 22 different genetic profiles (66.7% genetic diversity). Among the genetic profiles found 15 (45.5%) LAM, 04 (18.2 %) belong to T family, 01 families (3.0%) to Haarlen ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-04-27Bitstream added on 2014-06-13T19:43:42Z : No. of bitstreams: 1 malaspina_ac_dr_arafcf.pdf: 775274 bytes, checksum: 18bf752c95a916660f1a3b09c97c8077 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes como Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Spacer Oligonucleotide Typing (Spoligotyping) e Mycobacterial Interspersed Repetitive Units (MIRU) revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose. Foram analisados isolados clínico de pacientes portadores de tuberculose pulmonar no município de Araraquara, entre os anos 2000 e 2006, através de genotipagem por RFLP e Spoligotyping (n=122). A técnica de RFLP permitiu a identificação de um índice de 26,4% de casos de tuberculose proveniente de infecção recente na cidade de Araraquara, no período de 2000 a 2006. Verificou-se relação epidemiológica em cerca de 68% dos casos envolvendo grupos genéticos identificados pelo RFLP. Destaca-se as transmissões intradomiciliares e a moradia em condomínios residenciais do CDHU. A técnica de RFLP permitiu a distinção de dois grandes grupos genéticos, A e B, dentre os isolados de Araraquara. Cerca de 73% dos spoligotipos obtidos foram identificados no Banco Internacional de Spoligotyping SpolDB4, sendo as famílias LAM, T e H as mais predominantes e cerca de 27% dos spoligotipos encontrados apresentaram perfis não descritos no SpolDB4. A associação do RFLP, Spoligotyping e MIRU não foi uma boa ferramenta para a análise genética dos isolados clínicos visando esclarecimentos epidemiológicos. Embora a genotipagem através do RFLP permita uma melhor discriminação entre os isolados bem como uma excelente associação entre amostras relacionadas epidemiologicamente, a técnica de Spoligotyping associada ao MIRU permite uma boa discriminação entre os isolados clínicos, da mesma forma que propicia uma satisfatória correlação entre casos ligados epidemiologicamente / Molecular epidemiology study using different current methods such as Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Spacer Oligonucleotide Typing (Spoligotyping) and Mycobacterial Interspersed Repetitive Units (MIRU) modified tuberculosis epidemiology comprehension. Clinical isolates from pulmonary tuberculosis patients from Araraquara, between 2000 and 2006, were genotyped through RFLP and Spoligotyping (n=122). RFLP provided the identification of a 26.4% level of tuberculosis cases caused by recent infection in the period. Epidemiologic association were verified in 68% of the cases in clusters identified by RFLP. Intradomiciliary transmissions and living in residential condominiums from CDHU were important factors. RFLP fingerprint provides the distinction of two big genetic groups, A and B, among Araraquara isolates. About 73% of spoligotypes were described in the International Spoligotyping Database SpolDB4 and LAM, T and H families were the most frequent, in the other hand, 27% of spoligotypes had unique profifes not described in SploDB4. RFLP, Spoligotyping and MIRU association was not a good tool to genotype clinical isolates in order to provide epidemiological understandings. Although RFLP fingerprinting allows a better discrimination as well as an excellent association among epidemiological related isolates, Spoligotyping associated with MIRU provides a good discrimination among clinical isolates as well as provides a satisfactory correlation among cases epidemiological connected

Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandarego@gmail.com) on 2016-07-29T17:20:06Z No. of bitstreams: 1 Tese_Med_Josilene Borges Torres Lima.pdf: 812403 bytes, checksum: f3a47d8a2a2a13648f9abf0ee0d4b9aa (MD5) / Approved for entry into archive by Delba Rosa (delba@ufba.br) on 2016-08-22T12:47:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_Med_Josilene Borges Torres Lima.pdf: 812403 bytes, checksum: f3a47d8a2a2a13648f9abf0ee0d4b9aa (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-22T12:47:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Med_Josilene Borges Torres Lima.pdf: 812403 bytes, checksum: f3a47d8a2a2a13648f9abf0ee0d4b9aa (MD5) / A introdução de vacinas conjugadas contra o Haemophilus influenzae sorotipo “b” (Hib) foi um avanço de grande impacto na Saúde Pública, praticamente eliminando a meningite por Hib nos países onde foi implementada. O presente trabalho descreveu a meningite por H. influenzae em Salvador, Bahia, estudando o impacto da vacina, e caracterizou os isolados do sorotipo não “b”, identificados durante vigilância ativa populacional. A população estudada foi composta de pacientes identificados por cultura positiva para H. influenzae, e os dados clínicos obtidos através de entrevista e revisão de prontuário. O sorotipo dos isolados foi determinado utilizando antisoros, e reação em cadeia pela polimerase (PCR). A tipagem molecular foi realizada pelas técnicas de eletroforese em campo pulsátil e multilocus sequence typing; e para identificação de mecanismo de virulência, foi utilizada PCR e sequenciamento da região de deleção IS1016-bexA. Para cálculos de incidência foram utilizados números de casos da região Metropolitana de Salvador, e a população do censo do ano de 2000. Após 5 anos de introdução da vacina anti-Hib, a incidência da meningite pelo H. influenzae teve uma redução de 97,6% na população total, e de 97,5% em menores de cinco anos. Em 11 anos de vigilância, foram identificados 40 casos de meningite por isolados do sorotipo não b, sendo 80% após o uso da vacina. Na caracterização molecular, os isolados do sorotipo “a” foram agrupados em dois clones, sendo que um deles apresentava o fator de virulência, a deleção parcial IS1016-bexA, o qual foi associado com elevada mortalidade (OR 10,8 e IC 0,7-345). Estudos de epidemiologia molecular são importantes para estimar a eficácia da vacina, bem como monitorar a emergência de isolados de outros sorotipos para avaliar a necessidade de intervenção na composição da vacina.

Orientador: Ida Maria Foschiani Dias Baptista / Resumo: Tuberculosis (TB) is a major cause of mortality, and Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), the causative agent. The study of molecular epidemiology associated with classical epidemiology, provides an understanding of the spread of M. tuberculosis and ads in epidemiological investigation, determining outbreaks and risk factors for transmission in the population. This study aimed to provide a more accurate view of the molecular epidemiology and genetic diversity of M. tuberculosis by MIRU-VNTR technique and get a better understanding of the relevance of the epidemiological and clinical potential of RDRio genotype in municipalities in the state of São Paulo, investigating possible associations with clinical and epidemiological data. Besides this study investigate possible transmission between contacts of patients with TB. Heterogeneity was observed in both regions that were grouped independently in phylogenetic analysis. Nevertheless some specific isolated from both regions showed high genetic similarity. When investigated epidemiological data of these patients 30% were from prisons. This suggests a recent transmission process within the penitentiaries to the general community between these two regions. Although the clustering rate found to be low, we noted in cluster formation the presence again of patients sharing the same genetic profile in different penitentiaries suggesting once more a transmission between distinct prision units. Regarding RDRio deletion was found h... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre