Orientador: José MOacir Marin / Banca: Maria de Fátima Martins / Banca: Maria Cristina MOnteiro de Souza Gugelmin / Resumo: Cachorros têm sido propostos como possíveis reservatórios de cepas de Escherichia coli patogênicas que causam infecções em cachorros e em humanos. Entre Janeiro e Dezembro de 2006, 92 cepas de E. coli foram analisadas para a detecção da presença de genes produtores de toxina Shigalike (stx 1 e stx 2) e o gene da intimina (eae). Doze cepas de E. coli Shigatoxigênica (STEC) foram detectadas por PCR como portadoras dos genes de Shiga toxina, 7 cepas do gene stx 1 (7,6%), 5 do stx 2 (5,4%) e nenhuma delas apresentando ambos os genes. Nove (9,8%) das cepas de E. coli apresentaram o gene eae e não eram produtoras de Shiga toxina. Os isolados de E. coli foram também examinados para a detecção dos genes codificadores de adesinas (pap, sfa e afa), hemolisina e aerobactina. A freqüência dos genes de virulência detectados nestes isolados foi de 12,0% pap, 1,0% sfa, 10,0% hemolisina e 6,5% aerobactina. Seis destes isolados foram caracterizados como cepas de E.coli patogênica extraintestinal (ExPEC). Entre as cepas de STEC e ExPEC foi encontrado um alto nível de resistência a agentes antimicrobianos (estreptomicina com 81% e 100% e cefalotina com 85,7% e 50% respectivamente) e algumas delas foram caracterizadas como E. coli resistentes a múltiplas drogas (MDREC), o que representa um motivo de preocupação devido ao risco de disseminação dos genes de resistência para a microbiota dos seres humanos. / Abstract: Dogs have been proposed as a possible reservoir of the pathogenic Escherichia coli that causes infection in dogs and human beings. From January to December 2006, 92 E. coli isolates from 25 diarrheic dogs were analyzed by screening for the presence of Shiga toxin-producing (stx 1 and stx 2) and intimin (eae) genes. Twelve Shiga toxin-producing E. coli (STEC) isolates were detected by PCR to harbor the Shiga toxin genes, 7 isolates the stx 1 (7.6%); 5 the stx 2(5.4%) and none both of them. Nine (9.8%) of the E. coli isolates studied were eae positive non Shiga toxin-producing. The E. coli isolates also were screened for the presence of adhesion-encoding genes (pap, sfa, afa), hemolysin and aerobactin genes. Virulence gene frequencies detected in those isolates were: 12.0% pap, 1.0% sfa, 10.0% hemolysin and 6.5% aerobactin. Ten isolates were characterized as extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) strains. Among STEC and ExPEC isolates was found high level of resistance to antimicrobial agents and some of them as characterized as multidrug resistant E. coli (MDREC), what represent a reason for concern due the risk of dissemination of antimicrobial resistant genes to the microbiota of human beings. / Mestre

Resumo: Escherichia coli destaca-se entre os principais patógenos de importância na suinocultura e saúde pública e apresenta diversos patótipos, caracterizados pela presença de diferentes fatores de virulência. Os objetivos deste trabalho foram detectar genes de virulência e determinar a sua freqüência, bem como caracterizar o perfil de resistência às drogas antimicrobianas de estirpes de E. coli shigatoxigênica (STEC) e enteropatogênica (EPEC) isoladas de fezes e carcaças de suínos abatidos na região de Ribeirão Preto - SP. Esse estudo foi conduzido com 226 amostras de fezes e 215 amostras de carcaça de suínos colhidas de três diferentes abatedouros. As estirpes isoladas foram submetidas ao teste bioquímico para confirmação da espécie, teste de suscetibilidade a antimicrobianos, teste para determinação dos sorogrupos e PCR para detecção dos genes stx1, stx2, eae, ehxA, efa1, saa, lpfAO113, lpfAO157/OI-141, lpfAO157/OI-154, toxB, iha e bfp, foram isolados 3,4% de EPEC e 0,2% de STEC. Os fatores de virulência foram encontrados em quatro diferentes combinações: eae + lpfAO113 (1,6%); eae (1,4%); eae + toxB + lpfAO157/OI-141 + ehxA (0,4%) e stx2 (0,2%). Não houve isolados positivos para os genes lpfAO157/OI-154, saa, efa1, iha e bfp. Todos os isolados foram sensíveis à nitrofurantoína e 93,75% resistentes à tetraciclina. Os resultados mostraram que amostras provenientes de suínos da região de Ribeirão Preto-SP apresentaram E. coli que contêm genes de virulência associados a STEC e EPEC. Esse fato é um alerta para que esses animais sejam monitorados, pois podem ser potenciais reservatórios de STEC e EPEC causadoras de doenças em humanos / Abstract: Escherichia coli stands out among the main pathogens of importance to the swine industry and public health and presents several pathotypes characterized by the presence of different virulence factors. The aims of this study were to determine the frequency, detect virulence genes and characterize the resistance profile to antimicrobial drugs of Shiga toxigenic Escherichia coli (STEC) and enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) strains isolated from feces and carcasses of pigs slaughtered in the region of Ribeirão Preto - SP. This research was carried out with 226 fecal samples and 215 carcasses samples from swine collected from three different slaughterhouses. The strains isolated were submitted to antimicrobial susceptibility test, biochemical test to confirm the specie, test to determine the serogroups and PCR for detection of genes stx1, stx2, eae, ehxA, efa1, saa, lpfAO113, lpfAO157/OI-141, lpfAO157/OI-154, toxB, iha and bfp, 0,2% of STEC and 3,4% of EPEC were isolated. The virulence factors were found in four different combinations: eae + lpfAO113 (1,6%); eae (1,4%); eae + toxB + lpfAO157/OI-141 + ehxA (0,4%) and stx2 (0,2%). There were no positive isolate for genes lpfAO157/OI-154, saa, efa1, iha and bfp. All isolates were susceptible to nitrofurantoin and 93.7% resistant to tetracycline. The results showed that samples from swines in the region of Ribeirão Preto have E. coli containing virulence genes associated with EPEC and STEC strains. This fact is a warning that these animals should be monitored because they can be potencial reservoirs of STEC and EPEC that cause disease in human / Orientador: Fernando Antônio de Ávila / Coorientador: Everlon Cid Rigobelo / Banca: José Moacir Marin / Banca: Antonio José Piantino Ferreira / Mestre

Orientador: Fernando Antonio de Ávila / Banca: Hélio José Montassier / Banca:Antonio José Piantino Ferreira / Resumo: Foram isoladas 90 estirpes de E. coli de fígados e de intestinos, de pintainhas de postura comercial, com sete dias de idade. Com o objetivo de caracterizar as estirpes isoladas, a patogenicidade das mesmas foi determinada, em inoculação "in vivo". O teste revelou 44 estirpes de alta ou de intermediária patogenicidade, que foram analisadas por PCR multiplex quanto á presença de oito genes de virulência (astA, iss, iucD, irp2, papC, tsh, vat e cva/cvi) e tiveram os sorotipos O:H identificados. Os resultados demonstraram que todas as estirpes analisadas continham pelo menos um dos oito genes pesquisados e que a maioria (93,20%) possuíam o gene iss. Foram detectados 17 perfis genéticos diferentes, sendo 15 deles com combinações de dois ou mais genes, representando 70,45% do total de estirpes analisadas. Onze sorogrupos e onze antígenos "H" foram identificados, sendo O8 (15,89%) e o H17 (23,8%) os mais frequentes. Com o objetivo de verificar a susceptibilidade das estirpes aos antimicrobianos: ampicilina, enrofloxacina, eritromicina, espectinomicina, estreptomicina, fosfomicina, kanamicina, lincomicina, norfloxacina, sulfa+trimetoprim e tetraciclina, comumente utilizados na avicultura, todas as estirpes de E. coli isoladas foram analisadas. O antimicrobiano que apresentou maior atividade antibacteriana foi a espectinomicina (92,2%) e o de menor atividade foi a lincomicina. Nenhuma das estirpes foi sensível a todos os antimicrobianos testados. Os resultados demonstraram uma diversidade de sorotipos e de genes de virulência envolvidos no quadro clínico de colibacilose estudado, como também sorogrupos que não haviam sido relatados em APEC e a alta incidência de resistência antimicrobiana / Abstract: A total of 90 strains of E. coli were isolated from the livers and intestines of seven-day-old commercial layer chicks. With the objective of characterising the isolated strains, their pathogenicity levels were determined by in vivo inoculation. These tests identified 44 strains with high or intermediate levels of pathogenicity, which were then analysed by multiplex PCR for the presence of eight virulence genes (astA, iss, iucD, irp2, papC, tsh, vat e cvi/cva) and the serotypes O:H were identified. The results demonstrated that these isolated strains contained at least one of the eight genes of interest, and the majority (93.20%) possessed the iss gene. Seventeen different genetic patterns were detected, 15 of which had combinations of two or more genes, representing 70.45% of all analysed strains. Eleven serogroups and eleven antigens "H" were identified, O8 (15.89%) and H17 (23.80%) were most frequent. Aiming to verify the susceptibility of strains to antimicrobial agents: ampicillin, enrofloxacin, erythromycin, spectinomycin, streptomycin, fosfomycin, kanamycin, lincomycin, norfloxacin, trimethoprim sulfa and tetracycline, commonly used in poultry, all strains of E. coli isolates were analyzed. The antibiotics that showed the highest antibacterial activity was spectinomycin (92.2%) and less activity was the lincomycin (100%) strains were resistant. None of the strains were sensitive to all antibiotics tested. The results showed a diversity of serotypes and virulence genes involved in the clinical study of colibacillosis, as well as serogroups that had not been reported in APEC and the high incidence of antimicrobial resistance / Mestre

Orientador: Luiz Francisco Prata / Banca: Gener Tadeu Pereira / Banca: Anna Monteiro Correia Lima Ribeiro / Resumo: Este trabalho teve por finalidade avaliar o resultado dos controles ambientais e operacionais, rotineiros e derivados do plano APPCC - Análise de Perigos e Pontos Críticos de Controle, aplicados ao abate de bovinos, e da pesquisa de microrganismos potencialmente patogênicos (Escherichia coli O157:H7, Salmonella enterica e Listeria monocytogenes). Com duração de um ano, a pesquisa foi desenvolvida em abatedouro-frigorífico habilitado à exportação localizado no Estado de São Paulo, Brasil. Foram analisadas 411 amostras ambientais para pesquisa de Listeria spp., 1.192 amostras de superfície de contato para a Contagem Bacteriana Total (CBT), 200, 100, 775, 264 e 100 amostras de superfície de carcaça para CBT, Coliformes totais, E. coli, Salmonella spp. e E. coli O157:H7, respectivamente, além de 256 amostras de recortes cárneos para a pesquisa de E. coli O157:H7. Os resultados evidenciaram condição higiênica aceitável para 51,1% das amostras ambientais de CBT, com 62,9% de amostras não aceitáveis no setor de abate. Um valor elevado de amostras (15,1%) foi positivo para Listeria spp. e para Listeria monocytogenes (4,6%). Observou-se que 89,6%, 2,8% e 7,6% das amostras de carcaça foram satisfatórias, aceitáveis e insatisfatórias para E. coli, respectivamente. Para a amostragem comparativa, 88,5% das amostras apresentaram-se satisfatórias para CBT, 84% para Coliformes Totais e 83,6% para E. coli. Nenhuma das amostras de carcaça analisadas foi positiva para Salmonella spp. ou para E. coli O157:H7. A frequência da ocorrência de E. coli O157:H7 em amostras de recortes cárneos (carne industrial) foi de 0,31%, com apenas uma amostra positiva / Abstract: This study aimed to evaluate the result of the environmental and operational controls which are routine or derived from HACCP Plan - Hazard Analysis and Critical Control Points, applied to slaughter cattle, and potentially pathogenic microorganisms research (Escherichia coli O157:H7, Salmonella enterica and Listeria monocytogenes). During one year, the research was developed in a slaughterhouse, enabled to export, located in the state of São Paulo, Brazil. We analyzed 411 environmental samples for Listeria spp. research, 1.192 samples of surface contact for Total Bacterial Count (TBC), 200, 100, 775, 264 and 100 samples of carcass surface for TBC, Total Coliform, E. coli, Salmonella spp. and E. coli O157:H7, respectively, besides 256 samples of meat cuts for E. coli O157:H7 research. The results showed that 51,1% of the environmental samples of TBC were in acceptable hygienic condition and 62,9% of samples were not acceptable in the slaughter industry. A high value of samples (15,1%) was positive for Listeria spp. and Listeria monocytogenes (4,6%). It was observed that 89,6%, 2,8% and 7,6% of the samples of carcass were satisfactory, acceptable and unsatisfactory for E. coli, respectively. For comparative sampling, 88,5% of the samples were satisfactory for TBC, 84% for Total Coliform and 83, 6% for E. coli. None of the samples of carcass tested was positive for Salmonella spp. or E. coli O157:H7. The frequency of the occurrence of E. coli O157:H7 in samples of meat cuts (meat industry) was 0,31%, with only one positive sample / Mestre

Orientador: Roberto Alves de Oliveira / Banca: Wanderley José de Melo / Banca: Marco Antonio Penalva Reali / Resumo: Nas estações de tratamento de água (ETA), as impurezas retiradas da água juntamente com os produtos hidrolisados dos coagulantes dão origem aos resíduos dos decantadores e das águas de lavagem dos filtros, denominados lodo de ETA. Neste experimento, foi avaliado a disposição de lodo de ETA em reatores anaeróbios de fluxo ascendente com manta de lodo (UASB), com volume de 18 L e 38 L, visando o tratamento para destinação adequada do efluente e do lodo excedente dos reatores. Tal experimento foi dividido em quatro ensaios, com tempo de detenção hidráulica de 24 h nos reatores UASB, previamente inoculados com lodo granulado e floculento. Foram observadas condições em que foram aplicadas ao reator UASB, lodo de ETA, com DQOtotal de 161 mg/L e ST de 1.948 mg/L, e misturas de lodo de ETA com esgoto sanitário nas seguintes proporções, em volume, de 1:1 (lodo de ETA : esgoto sanitário) com DQOtotal de 458 mg/L e ST de 3.039 mg/L; 1:3, com DQOtotal de 519 mg/L e ST de 1.562 mg/L e 1:7, com DQOtotal de 1.174 mg/L e ST de 3.502 mg/L. Os valores médios de eficiência de remoção da DQOtotal foram de 75 a 83% e de ST de 73 a 87%. A maior remoção de P foi de 90% e de N de 41%. As eficiências de remoção de Ca, Co, Fe, Mn, Ni, Cu, Pb, Cr e Zn foram superiores a 70%, confirmando a alta capacidade de bioadsorção de metais do lodo anaeróbio. As concentrações de N-am, Fe, Mn, Ni, Cd, Pb, Cu, Cr e Zn atenderam aos padrões de lançamento de efluentes da legislação federal. Ocorreram remoções de E. coli acima de 90%, resultando contagens do efluente de 1,5x10 UFC/100 mL, apresentando qualidade microbiológica correspondente à água doce de classe 1, conforme os padrões estabelecidos na Resolução CONAMA 357/2005 . O lodo do reator UASB apresentou valores de relação SV/ST e E. coli que permitiram o seu uso na agricultura. / Abstract: In water treatment plants (WTP), impurities removed from water mixed with coagulative hydrolytic product create waste of decanters and launderings water filters residues called WTP sludge. In this experiment the WTP sludge disposal in an Upflow Anaerobic Sludge Blanket Reactor (UASB) were evaluated, with a volume of 18 L and 38 L, aiming treatment for appropriate disposal of effluent and excess sludge reactors. Such experiment was divided into four assays, with hydraulic detention time of 24 h in UASB reactors by being inoculated previously with flocculent and granular sludge. It was observed conditions in wich it was added to the UASB reactor WTP sludge with CODtotal of 161 mg/L and TS of 1,948 mg/L, and mixtures of WTP sludge and wastewater in the following amounts, in volume, 1:1 (WTP sludge : wastewater) with CODtotal of 458 mg/L and TS of 3,039 mg/L; 1:3 with CODtotal of 519 mg/L and TS of 3,382 mg/L and 1:7 with CODtotal of 1,174 mg/L and TS 3,501 mg/L. The average values of removal efficiency of CODtotal were 75 the 83% and TS 73 the 87%. The highest P removal was 90% and the highest one of N was 41%. Removal efficiencies of Ca, Co, Fe, Mn, Ni, Cu, Pb, Cr and Zn were higher than 70% wich confirmed the high capacity of biosorption and bioaccumulation of metals from anaerobic sludge. Concentrations of Nam, Fe, Mn, Ni, Cd, Pb, Cu, Cr and Zn fit the quality standards of effluent discharge required by federal legislation. There were removals of E. coli higher than 90% which resulted in counts for effluent of 1.5x10 CFU/100 mL and it showed microbiological quality corresponding to freshwater class 1, according to the standards established in CONAMA Resolution 357/2005. Sludge from the reactor showed ratios of VS /TS and E. coli which allows agricultural use. / Mestre

Orientador: José Moacir Marin / Banca: Maria de Fátima Martins / Banca: Tammy Priscilla Chioda Delfino / Resumo: A resistência antimicrobiana em bactérias de origem animal tem se caracterizado como importante problema de saúde pública. No Brasil, muitos trabalhos têm verificado a presença de fatores de virulência e resistência em cepas de Escherichia coli isoladas de animais de produção, porém há poucos estudos avaliando estes aspectos em animais de companhia. O presente trabalho verificou o perfil de sensibilidade microbiana e a presença dos genes codificadores de adesinas (pap, sfa, afa), de intimina (eae) e de Shiga toxina (stx1, stx2) em cepas fecais de E. coli obtidas através de swabs retais de gatos diarréicos e de saudáveis, e em cepas urinárias de gatos com sintomas de infecção do trato urinário (ITU) apresentados para consultas e vacinação em clínicas veterinárias da região de Ribeirão Preto. Entre Janeiro e dezembro de 2009 foram isoladas 205 cepas de E. coli que foram caracterizadas quanto à presença de genes codificadores de fatores de virulência por PCR e sensibilidade microbiana pelo método de difusão em discos. O gene sfa ocorreu em maior abundância (35,6%) sendo mais freqüente entre animais com diarréia e ITU que entre os saudáveis. O gene eae foi verificado apenas entre os diarréicos (2,4%) e sempre associado ao sfa. O gene pap ocorreu em todos os grupos (22,43%). Genes stx1,stx2 e afa não foram encontrados. As resistências predominantemente observadas foram para cefalotina (42,1%), tetraciclina (20%) e ampicilina (15,8%) entre os isolados dos gatos diarréicos enquanto nos dos saudáveis as resistências mais freqüentes foram tetraciclina (30,5%), cotrimoxazol (17,9%) e ampicilina (20,0%). Gatos com ITU apresentaram maiores resistências para ampicilina (46,7%), cefalotina (13,3%) e ácido nalidíxico (13,3%). Multiresistência foi encontrada... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Antimicrobial resistance in animal origin bacteria has been characterized as an important public health problem. In Brazil, many studies have verified the presence of antimicrobial virulence factors and resistance in strains of Escherichia coli isolated from livestock, however there are few studies evaluating these aspects in pets. The current work verified the sensibility profile and the presence of genes encoding adhesins (pap, sfa, afa) intimin (eae) and Shiga toxin (stx1, stx2) in E. coli fecal strains obtained from rectal swabs from diarrheic and healthy cats and urinary strains from cats with symptoms of urinary tract infection (UTI) presented to be consulted and get vaccination in veterinary clinics in the region of Ribeirão Preto. Between January and December 2009 were isolated 205 strains of E. coli that have been characterized for the presence of genes encoding virulence factors by PCR and microbial sensitibility by disc diffusion method. The sfa gene occurred in greatest abundance (35.6%) was more common among animals with diarrhea and UTI than among the healthy. The eae gene was found only among diarrheic (2.4%) and always associated with sfa. The pap gene occurred in all groups (22.43%). Genes stx1, stx2 and afa were not found. The predominantly observed resistance was to cephalothin (42.1%), tetracycline (20%) and ampicillin (15.8%) among the isolates from diarrheic cats while in the healthy the tetracycline resistance was most frequent (30.5%), allowed by cotrimoxazol (17.9%) and ampicillin (20.0%). Cats with UTI showed greater resistance to ampicillin (46.7%), cephalothin (13.3%) and nalidixic acid (13.3%). Multidrug resistance was found in 8.4%, 17.9% and 33.3% of strains isolated from diarrheic healthy and with symptoms of UTI cats, respectively. The phenotype of resistance extended to beta-lactams (ESBL) was not... (Summary complete electronic access click below) / Mestre