Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2010. / Submitted by Fernanda Weschenfelder (nandaweschenfelder@gmail.com) on 2010-11-16T17:45:46Z No. of bitstreams: 1 2010_EderAlvesBarbosa.pdf: 2016959 bytes, checksum: d0a01e4a8d5a19d2073a2e7c900a90a8 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-11-16T22:59:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_EderAlvesBarbosa.pdf: 2016959 bytes, checksum: d0a01e4a8d5a19d2073a2e7c900a90a8 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-11-16T22:59:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_EderAlvesBarbosa.pdf: 2016959 bytes, checksum: d0a01e4a8d5a19d2073a2e7c900a90a8 (MD5) / O presente trabalho descreve um modelo experimental que permite avaliar as alterações nos níveis de transcrição de RNAs, síntese e processamento de peptídeos presentes nas secreções cutâneas de anfíbios. A partir deste modelo, foram utilizadas ferramentas de biologia molecular em associação com técnicas de obtenção de imagens moleculares por espectrometria de massa, com o objetivo de avaliar como Hypsiboas raniceps reage a um modelo experimental no qual anfíbios são submetidos a diferentes tipos de estresses (bióticos e abióticos). A utilização das técnicas de biologia molecular conjugadas a imagens de íons moleculares por espectrometria de massa permitiu as análises dos níveis de transcrição de diversos genes, assim como da síntese dos peptídeos codificados a partir destes, em uma mesma região do tecido animal. Os resultados sugerem que a aplicação do estímulo elétrico (estresse abiótico) promove um aumento imediato dos níveis de transcrição dos genes e seus respectivos peptídeos antimicrobianos em H. raniceps o qual se estende por até 36 horas, período no qual as glândulas granulares tornam-se carregadas de peptídeos novamente e os níveis de transcrição voltam a diminuir. De forma análoga aos dados anteriores, a presença de micro-organismos (Estresse biótico) na pele de H. raniceps parece estimular o sistema imune inato de defesa ao promover o aumento dos níveis de transcrição dos genes que codificam peptídeos antimicrobianos. Sob condições experimentais complementares às anteriores, anfíbios submetidos ao contato tópico com os antibióticos, oxacilina, gentamicina e ampicilina, apresentaram níveis de expressão gênica superiores àqueles dos anfíbios que foram expostos unicamente a micro-organismos. O modelo experimental proposto apresenta-se como uma estratégia alternativa para estudos de análise da expressão diferencial de peptídeos em tecidos biológicos. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The present work describes a strategy for in situ identification of antimicrobial peptides present in frog skin, their respective RNA transcription levels and peptide synthesis variation analysis. The chosen experimental model is based on molecular biology and imaging mass spectrometry (IMS) techniques to investigate the antimicrobial peptide skin composition of Hypsiboas raniceps when the anuran is submitted to biotic and abiotic stress. Under a mild electrical shock stimulation high transcriptional levels of RNA encoding antimicrobial peptides can be observed for 36 hours, only after that antimicrobial peptides ions are detected by IMS experiments whereas the transcriptional levels decrease. When the animals are exposed to pathogenic microorganisms (biotic stress) there is an evident increase in gene expression levels leading to a corresponding increment on antimicrobial polypeptide content in the skin. In a complementary experiment, frogs were washed with an antibiotic solution, containing oxacillin, gentamicin and ampicilin. Under this conditions superior RNA expressions levels than the previous experiments were observed suggesting that the microorganism-based molecules that composed the antibiotic solution may have triggered the defense mechanism more efficiently. The experimental model introduced here represents an alternative strategy for differential gene expression analysis and peptides identification directly on biological tissue.

Orientador: Edward Ralph Dockal / Banca: Assis Vicente Benedetti / Banca: Stanlei Ivair Klein / Banca: Osvaldo Antônio Serra / Banca: Éder Tadeu Gomes Cavalheiro / Resumo:Nesta tese estudou-se complexos organocobaloximas, com o grupo orgânico sendo derivado de benzilas substituídas do tipo [RCo(DMG)2py] onde R é 3-F∅CH2, 3-CH3O∅CH2, 4-Cl∅CH2, 3,5-CF3CF3∅CH2, 3-CN∅CH2, 3-Cl∅CH2, 3,4-Cl,Cl∅CH2 e C6F5CH2, por meio das técnicas de espectrometria de massas, análise térmica e voltametria cíclica. Os complexos foram sintetizados através de reação entre dimetilglioxima (DMGH), piridina, cloreto de hexaaquocobalto(II) em meio alcalino e atmosfera inerte, para gerar um composto Co(I) e posterior reação deste último com o respectivo reagente. Todos os compostos foram caracterizados por meio de técnicas espectroscópicas de ressonância magnética nuclear de 1H e de 13C, infravermelho e visível-ultravioleta, além de análises elementares de carbono, hidrogênio, nitrogênio e cobalto. Foram realizados espectros de massas de alguns complexos por meio da "ionização por spray de elétrons seguida de decomposição do íon formado por colisão com um gás" (ESI-MS-CID-MS), para se obter informações de massa molecular e estruturais. Os espectros dos compostos estudados apresentaram características comuns, mostrando que as fragmentações dos ligantes axiais R e py ocorrem quase que simultaneamente. Também foram realizadas análises térmicas por TG e DSC e os complexos investigados apresentaram comportamento semelhante, com a decomposição ocorrendo em três etapas, onde os dois primeiros estágios são atribuídos às perdas dos ligantes axiais, seguido da eliminação parcial do ligante equatorial dimetilglioxima. O resíduo final foi identificado como sendo Co3O4, no qual parte dos oxigênios presentes provém da dimetilglioxima e não incorporados da atmosfera. Ensaios de voltametria cíclica realizados com os complexos em meio de acetonitrila sugerem que a oxidação dos complexos é um processo quasi reversível...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In this thesis organocobaloxime complexes, with the organic group being derived from a substituted benzyl, of the type [RCo(DMG)2py] where R is 3-F∅CH2, 3-CH3O∅CH2, 4-Cl∅CH2, 3,5-CF3,CF3∅CH2, 3-CN∅CH2, 3-Cl∅CH2, 3,4-Cl,Cl∅CH2 and C6F5CH2, were studied by the techniques of spectrometry of mass, thermal analysis and cyclic voltammetry. The complexes were synthesized by the reaction between dimethylglioxime (DMGH) pyridine, hexaaquocobalt(II) chloride in a medium alkaline and inert atmosphere, to generate a compound Co(I) and the posterior reaction of the latter with the respective reagent. All the compounds were characterized by the spectroscopic techniques of nuclear magnetic ressonance of 1H and of 13C, infrared and visible-ultraviolet, and elementary analyses of carbon, hydrogen, nitrogen and cobalt. Mass spectra were obtained for some complex by the "ionization for eletrons spray followed by decomposition of the ion formed by collision with a gas" (ESI-MSCID- MS), to obtain molecular mass and structural information. The spectra of the studied compounds presented common characteristics, showing that the fragmentations of the axial ligands R and py almost happen simultaneously. Thermal analyses were also performed by TG and DSC and the investigated complexes presented similar behavior, with the decomposition ocurring in three stages. The first two stages are attributed to the loss of the axial ligands, followed by the partial elimination of the equatorial ligand dimethylilglioxime. The final residue was identified as Co3O4, in which part of the oxigen present came from dimethylglioxime and not from of the atmosphere. Cyclic voltammetry studies of the complexes in acetonitrile showed that the oxidation of the complexes, occurs by an quasi-reversible process with transfer of an electron. The oxidized species is decomposed then, with the rupture of the Co-C bond. / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-05-15Bitstream added on 2014-06-13T19:40:29Z : No. of bitstreams: 1 poiani_sb_dr_rcla.pdf: 2017551 bytes, checksum: 0e39c87be1a90c2864a23d638a17ea2b (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As espécies de abelhas eussociais usam várias estratégias para a comunicação entre os membros da sociedade com a finalidade de coordenar as diferentes tarefas das quais esta sociedade depende. A comunicação através de sinais químicos é uma das mais difundidas e tem papel primordial na manutenção das colônias. As fontes dos compostos químicos usados na comunicação podem ser várias, mas boa parte dos compostos tem origem em glândulas exócrinas distribuídas pelo corpo das abelhas. O presente estudo abrange a análise da composição das glândulas salivares cefálicas (GSC) e da superfície cuticular através de cromatografia em fase gasosa e espectrometria de massas e de testes citoquímicos para detecção de compostos lipídicos e de atividade de fosfatases ácidas nas glândulas de operárias abelhas eussociais das espécies Apis mellifera, Scaptotrigona postica e Melipona quadrifasciata enquanto recém emergidas, trabalhando na área de cria e como forrageiras. As diferenças qualitativas e quantitativas obtidas na análise cromatográfica foram submetidas a análises estatísticas. O objetivo do estudo foi o de testar hipóteses de que há correlação entre a fisiologia das células glandulares e das substâncias presentes na secreção e na superfície cuticular, a fim de verificar: 1. Mudanças na composição celular relacionáveis à função secretora; 2. Relação entre a fase da vida/função das operárias e a composição da secreção glandular e dos compostos cuticulares, ou seja, que a composição da secreção pode funcionar na colônia como sinais, tanto de reconhecimento como de capacitação para determinada tarefa; 3. Se existe a possibilidade da contribuição da glândula para a formação do perfil químico cuticular nestas espécies de... / Eusocial bees use several strategies for communication among the members of the society with the purpose of coordinating the different tasks necessary to colony maintenance. The communication by chemical cues is one of the most frequent. There are several sources for the chemicals used in the communication, but most of them are produced by exocrine glands distributed over all body of the bees The present study includes analysis of the secretion compounds from cephalic salivary glands (CSG) and from cuticular surface by gas chromatography-mass spectrometry and citochemical tests for lipid detection and acid phosphatase activities in CSG of workers' of Apis mellifera, Scaptotrigona postica and Melipona quadrifasciata in different phases of life: newly emerged, working in brood area and foragers. The qualitative and quantitative differences obtained in the chemical analysis were submitted to statistical analyses. The objective of the study was to correlate the glandular cells physiology comparing the substances in their cytoplasm and those found in glandular secretion and on cuticular surface in order to test some hypothesis and verify: 1. Changes in the cellular compounds related to the secretory function; 2. The relationship between the phase/task of the workers' and the compounds in glandular secretion and on cuticular surface; 3. If exist the possibility of gland contribution to forming the cuticular chemical profile in these species of bees. Previous morphological studies of glandular cells showed the lipid nature of the CSG secretion, therefore, glandular citochemical analysis aimed to show the presence of these compounds with the purpose of accompanying their production dynamics, storage, origin and discharge, while the research of acid phosphatase activity aimed to accompany the cellular development... (Complete abstract click electronic access below)

Orientadora: Lourdes Campaner dos Santos / Banca: Ana Helena Januário / Banca: Anne Ligia Dokkedal Bosqueiro / Resumo: Este trabalho descreve a caracterização química dos extratos metanólicos de capítulos, escapos e folhas de Actinocephalus divaricatus, descrito pela primeira vez na literatura. Primeiramente, as amostras foram analisadas por cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC) acoplada com detector de arranjo de fotodiodos (PAD) e por espectrometria de massas em tandem acoplado a um orbitrap com interface de ionização por electrospray, usando um sistema LC para a separação cromatográfica dos metabólitos (HPLC-ESI-HRMS). Esta estratégia permitiu explorar e diferenciar os metabólitos secundários presentes, sendo identificados 31 compostos incluindo 12 flavonoides, 5 naftopiranonas e 14 saponinas. Esta análise diferencial das três partes da planta contribuirá com a discussão do gênero Actinocephalus, uma vez que os estudos na literatura são relatados apenas para Paepalanthus sect. Actinocephalus. A separação dos metabólitos presentes nos extratos metanólicos dos escapos e folhas foi realizada empregando técnicas cromatográficas, como Sephadex, MPLC, HPLC-PAD e HPLC-IR, em que foi possível obter treze compostos: três ácidos fenólicos, sete flavonoides, duas naftopiranonas e uma saponina. As estruturas de todos os compostos foram determinadas por análise dos dados obtidos por RMN mono e bidimensionais. A padronização dos extratos metanólicos foi realizada por meio da quantificação dos flavonoides e naftopiranonas por HPLC-PAD. A metodologia foi validada avaliando-se os parâmetros de s... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This work describes the chemical characterization of the methanolic extracts of the capitulae, scapes and leaves from Actinocephalus divaricatus, described the first time in the literature. First, the samples were analyzed by high-performance liquid chromatography (HLPC) coupled with a photodiode array detector (PAD) and mass spectrometry tandem coupled to an Orbitrap with electrospray ionization interface using an LC system for separating chromatographic metabolites (HPLC-ESI-HRMS). This strategy has allowed us to explore a differentiate the secondary metabolites present, identified as 31 compounds comprising 12 flavonoids, 5 naphthopyranones and 14 saponins. This differential analysis of the three parts of the plant contributes to the discussion of the Actinocephalus genus, since the studies reported in the literature are only of the Paepalanthus sect. Actinocephalus. The separation of the metabolites present in the methanolic extracts of the scapes and leaves was performed using chromatographic techniques, such as Sephadex, MPLC, HPLC-PAD and HPLC-IR. It was possible to obtain thirteen compounds: three phenolic acids, seven flavonoids, two naphthopyranones and one saponin. The structures of all the compounds were determined by data analysis by mono and bidimensional NMR. The standardization of the methanolic extracts was performed by the quantification of flavonoids and naphthopyranones by HPLC-PAD. The methodology was validated by evaluating the parameters of selectivit... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Dissertação apresentada para obtenção do grau de Doutor em Engenharia Metalúrgica, na Faculdade de Engenharia da Universidade do Porto, sob a orientação dos Prof. Doutores H. Maia e Costa e M. Allibert

Orientador: Eunice Teresinha Giampaolo / Banca: Gisele Faria / Banca: Elaine Maria Sgavioli Massucato / Banca: Janaina Habib Jorge / Banca: Maria Aparecida de Andrade Moreira Machado / Banca: Dalva Cruz Laganá / Resumo: A Candida albicans, presente nos biofilmes orais, é a principal responsável pela estomatite protética. Normalmente essa infecção é assintomática, porém, quando os sinais e sintomas estão presentes podem causar sangramento das mucosas, edema local, ardor ou outras sensações dolorosas. Os medicamentos tópicos, como a nistatina e o miconazol, têm sido utilizados, entretanto, o efeito diluente da saliva, movimentação da língua e da musculatura bucal reduzem a dose desses agentes a concentrações subterapêutica, além do alto índice de recorrência da infecção. Assim, é importante a procura por novos antifúngicos, que sejam eficientes e não tóxicos. A cavidade bucal é constantemente banhada de saliva, um fluido biológico com potente atividade antifúngica e bacteriana. Com o recente progresso na análise do proteoma salivar, o número de proteínas salivares identificado aumentou consideravelmente. A Histatina 5 gerada proteoliticamente a partir de Hst-3, durante a maturação dos grânulos nas glândulas salivares das parótidas tem sido extensivamente estudada devido a sua maior ação fungicida sua notável ação contra a C. albicans. Métodos baseados em medidas da atividade metabólica e viabilidade celular, como o ensaio de redução do sal XTT (hidróxido de 2,3-bis (2-metoxi-4-nitro-5-sulfofenil) -5 - [(fenilamino) carbonil] -2H-tetrazólio ) e contagem de unidades formadoras de colônia (UFC) tem sido utilizados para a avaliação de novos medicamentos capazes de inibir a formação do biofilme. Por serem feitos separadamente, esses ensaios demandam tempo, alto custo e variabilidade entre as amostras. Assim, este estudo teve como objetivo avaliar inicialmente, i) os efeitos do sal XTT e os demais compostos utilizados para realizar o ensaio de redução de XTT, sobre a viabilidade celular dos biofilmes de C. albicans e S. Mutans; ii) avaliar o potencial da histatina...(Resumo completo clicar acesso eletrônico) / Abstract: Candida albicans, present in oralbiofilms, is primarily responsible for denture stomatitis. Usually the infection is asymptomatic, but when signs and symptoms are present it can cause mucosal bleeding, swelling, burning or other painful sensations. Topical drugs such as miconazole and nystatin have been used, however, the diluent effect of saliva, the tongue and oral muscles movements reduce the dose of these agents to subtherapeutic concentrations, besides the high rate of recurrence of the infection. Thus, it is important to search for new antifungals, which are efficient and non-toxic. The oral cavity is constantly in presence of saliva, a biological fluid with potent antifungal and bacterial activity. With the recent progress in analysis of saliva proteome, the number of identified salivary proteins has increased considerably. The histatin-5 generated proteolytically from Hst-3, during maturation of the granules in the salivary glands of the parotid has been extensively studied due to their greater fungicidal action his remarkable action against C. albicans. Methods based on measurements of metabolic activity and cell viability as reduction assay salt XTT (2,3-bis hydroxide (2-methoxy-4-nitro-5-sulfophenyl) -5 - [(phenylamino) carbonyl] - 2H-tetrazolium) and counting of colony forming units (CFU) have been used for the exploration of new drug potential on inhibitory development of biofilm. The associations between the metabolic activities experiments with counting CFU are labor-intensive processes that need to be done separately. This study aimed to evaluate initially i) the effects of XTT salt and other compounds used to make the XTT reduction assay on cell viability of biofilms of C. albicans and S. mutans; ii) evaluate the potential of histatin 5 in protecting the human oral epithelium against C. albicans and iii) identify the heterotypic complexes formed between the histatin 5, a natural...(Complete abstrat electronic access below) / Doutor

Orientadora: Maysa Furlan / Banca: Nivaldo Boralle / Banca: Marcos Pivatto / Resumo: Cromanos e cromenos são metabólitos secundários comumente encontrados em espécies dos gêneros Piper e Peperomia, pertencentes à família Piperaceae. São caracterizados pela presença de um núcleo benzopirânico (um anel benzeno fundido a um anel pirano). Essa classe de substâncias é importante do ponto de vista farmacológico, uma vez que apresenta vasta gama de atividades biológicas, incluindo antifúngica, tripanocida, antioxidante e antiparasitária. Os benzopiranos isolados de espécies de Piper e Peperomia apresentam diversidade quanto aos substituintes da unidade aromática de suas estruturas químicas. Baseado no exposto, rotas biossintéticas distintas foram propostas. Em espécies de Piper essas rotas envolveriam a via do ácido chiquímico pela atuação do ácido para-hidroxibenzóico, enquanto que em espécies de Peperomia estaria operando a via do acetato. O presente trabalho teve como objetivo estudar a relação biossintética dos benzopiranos presentes nas espécies Piper aduncum e Peperomia obtusifolia, bem como a determinação da dinâmica metabólica envolvida na formação dos mesmos, tanto em nível metabólico como enzimático, uma vez que os cromenos isolados de Piper aduncum descrevem ritmo circadiano bem determinado. Estudos de variação circadiana realizados em Peperomia obtusifolia com o objetivo de acompanhar a formação do cromano ácido 3,4-diidro-5-hidróxi-2,7-dimetil-8-(3-metil-2-butenil)-2-(4-metil-1,3-pentadienil)-2H-1-benzopirano carboxílico (4) não demonstraram ritmo uniforme, do tipo sigmoidal, comum aos cromenos isolados de P. aduncum. O acúmulo do cromano 4 mostrou um máximo às 18h00, mas outros picos de concentração do mesmo foram observados às 06h00 e 15h00 e corroboram para o estabelecimento de um ritmo aleatório. Para a avaliação da origem biossintética de 4, foram realizados experimentos de incorporação utilizando precursor enriquecido... / Abstract: Chromanes and chromenes are secondary metabolites commonly found in species of the genera Piper and Peperomia, belonging to the Piperaceae family. They are characterized by the presence of a benzopyran core showing a benzene ring fused to a pyran ring. This class of compounds is pharmacologically important, since they from shown a broad range of biological activities including antifungal, trypanocidal, antioxidant and anti-parasitic. The benzopyrans isolated from Piper and Peperomia species showed diversity biosynthetic pathways, mainly related to the aromatic moieties. The biosynthesis of Piper species involve the shikimic pathway showing as the first precursor the p-hydroxybenzoic acid, whereas in Peperomia species would be operating the route of acetate. The present work aimed to study the biosynthetic relationship of benzopyrans present in Piper aduncum and Peperomia obtusifolia as well as to determine the metabolic dynamics involved in their formation related to metabolic and enzymatic levels, since the chromenes isolated from Piper aduncum describe well-defined circadian rhythm. Studies of circadian rhythm performed in Peperomia obtusifolia, aiming to follow the formation of chromane 3,4 -dihydro- 5 -hydroxy -2 ,7- dimethyl-8- (3-methyl -2- butenyl) -2 - (4 -methyl -1 ,3- pentadienyl )-2H -1- benzopyran carboxylic acid (4) from P. obtusifolia showed no uniform sigmoidal curve, common to the chromenes isolated from Piper aduncum. The accumulation of the chromane 4 showed a maximum at 18:00 pm, but others peaks of the same concentration were observed at 06:00 am and 15:00 pm, corroborating to establish a random pace. To evaluate the biosynthetic origin of the chromane 4, feeding experiments were conducted using a precursor enriched with stable isotopes (ethyl [2-13C ]-sodium acetate) in the leaves of P. obtusifolia. Experiments were performed using seedlings of P. obtusifolia. The enriched extracts... / Mestre

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-graduação em Biotecnologia, Florianópolis, 2010 / Made available in DSpace on 2012-10-25T09:44:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 276928.pdf: 2942660 bytes, checksum: 0297aa2abae4ad6d7d216d59c57415d2 (MD5) / O Mycoplasma synoviae é um dos mais importantes patógenos de aves domésticas em todo o mundo, sendo o agente causador de doenças respiratórias, sinovites e doenças sistêmicas, e, por consequência, torna-se responsável por grandes perdas econômicas na produção avícola. Com a recente conclusão do sequenciamento do genoma do M. synoviae, deu-se novo impulso na realização de estudos pós-genômicos. O presente trabalho apresenta o mapa proteômico preliminar das proteínas citoplasmáticas do M. synoviae, desenvolvido utilizando a eletroforese bidimensional associada à espectrometria de massa. Os mapas proteômicos foram realizados em duas faixas de pH (pH 4 a 7 e pH 3 a 10), e em dois tamanhos de tiras de IPG (7 cm e 13 cm). As proteínas foram identificadas utilizando espectrometria de massa MALDI/TOF e a ferramenta de busca MASCOT. Baseado na sequência genômica um total de 42 sequências codificantes de DNA (CDSs) foram identificadas, sendo que as proteínas mais abundantes foram a chaperona DnaK, o fator de elongação Tu e a tiol peroxidase. De acordo com a classificação funcional, a maioria das proteínas identificadas pertence à classe de metabolismo (39%) e à classe de armazenamento e processamento de informação (29%). Finalmente, foi realizada uma análise imunológica, na qual identificamos duas proteínas antigênicas de M. synoviae reconhecidas pelo soro de animais imunizados com esse patógeno, sendo elas a frutose-bifosfato aldolase e a proteína hipotética MS53_0025. O mapa proteômico obtido será útil como referência para outras análises de expressão protéica em M. synoviae. / Mycoplasma synoviae is a major pathogen of poultry throughout the world, being the causative agent of respiratory diseases, synovitis and systemic diseases, and consequently, it is responsible for great economic losses in poultry production. Recently the sequencing of M. synoviae genome was concluded and this accomplishment has stimulated pos-genomic studies This study presents the preliminary proteomic map of citoplasmatic proteins of M. synoviae, constructed using two-dimensional gel electrophoresis in combination with mass spectrometry. The proteomic maps were produced in two pH ranges (pH 3-10 and pH 4-7), and using two different IPG strips lengths (7 cm and 13 cm). Proteins were identified using MALDI/TOF mass spectrometry and the search engine MASCOT. Based on the genome sequence of M. synoviae, a total of 42 different coding DNA sequences (CDSs) were identified. The most prominent proteins were the molecular chaperone DnaK, the elongation factor Tu and thiol peroxidase. According to the functional classification, the majority of the identified proteins belong to the class of metabolism (39%) and the class of information storage and processing (29%). Finally, we performed an immunological analysis which identified two antigenic proteins from M. synoviae recognized by sera from animals immunized with this pathogen. The proteome map obtained will be useful as reference for further analysis of protein expression in M. synoviae.

Orientador: Humberto Márcio Santos Milagre / Banca: Paulo José Samenho Moran / Banca: José Augusto Rosário Rodrigues / Resumo: As cianobactérias são bactérias fotossintetizantes que podem ser encontradas nos mais variados ambientes. Algumas espécies de cianobactérias produzem toxinas denominadas cianotoxinas. As cianotoxinas denominadas microcistinas (MCs) são heptapeptídeos cíclicos hepatotóxicos produzidas durante florações de cianobactérias. Sua detecção e quantificação em mananciais são de grande importância devido aos danos a saúde humana que essas microcistinas podem causar. Atualmente, a técnica MALDI-TOF-MS tem se mostrado uma eficiente ferramenta para a análise de microcistinas, e recentes estudos tem reportado seu uso na quantificação destas. Diante do exposto, o objetivo desta dissertação foi a avaliação de diferentes matrizes e diferentes métodos de preparo de amostra para MALDI-MS visando a detecção e quantificação das microcistinas. Com a finalidade de alcançar o melhor método de quantificação das microcistinas, nove matrizes para MALDI, onze métodos de preparo de amostra mais um método que foi adaptado por nosso grupo de pesquisa, o método Vacuum drying adaptado, e dois padrões comerciais de microcistinas, MC-LR e MC-RR, foram utilizados. A avaliação dos métodos de preparo de amostra foi realizada utilizando como matriz o ácido α-ciano-4-hidroxicinâmico (HCCA) e o peptídeo angiotensina I como padrão interno. Os métodos foram avaliados com relação aos seus coeficientes de variação (CV), suas cristalizações e espectros obtidos, utilizando a MC-RR como amostra. O método Vacuum drying adaptado apresentou os melhores resultados e sua curva analítica foi construída utilizando ambas as variantes de microcistinas. O limite de detecção (MLD) e o limite de quantificação (LDQ) também foram calculados. Cada curva da variante de microcistina apresentou excelente linearidade e os valores de r variaram entre 0,98-99, demonstrando que o método é adequado para a quantificação destas. Após as análises dos... / Abstract: Cyanobacteria are photosynthetic bacteria that can be found in diverse environments. Some species of cyanobacteria produce toxins denominated cyanotoxins. The cyanotoxins called microcystins (MCs) are hepatotoxic cyclic heptapeptides produced during cyanobacterial blooms. Its detection and quantification in springs are of great importance due to damage to human health that these microcystins can cause. Currently, MALDI-TOF-MS technique has been shown to be an efficient tool for the analysis of microcystins, and recent studies have reported its use in the quantification of these. On the exposed, the aim of this thesis was to evaluate the different matrices and different methods of sample preparation for MALDI-MS aimed at the detection and quantification of microcystins. With the aim of achieving the best method of quantification of microcystins nine matrices for MALDI eleven methods of sample preparation over a method that was adapted by our research group, the adapted vacuum drying method, and two commercial standards of microcystins, MC-LR, and MC-RR, are used. The evaluation methods of sample preparation was performed using as matrix the α- cyano-4-hydroxycinnamic acid (CHCA) and the angiotensin I as internal standard. The methods were evaluated with respect to their coefficients of variation (CV), their crystallization and spectra obtained using the MC-RR as a sample. The adapted vacuum drying method showed the best results and their analytical curve was constructed using both variants of microcystins. The limit of detection (MDL) and the limit of quantification (LOQ) were also calculated. Each curve variant of microcystin showed excellent linearity and r values ranged from 0.98 to 99, showing that the method is suitable for quantifying these. After analysis of the methods of sample preparation, the nine matrices were evaluated with respect to CV, crystallization and spectra, using the MC-RR as a sample. The best results were obtained... / Mestre

Submitted by Jonathan Brito Souza de Oliveira (jonath_brito@hotmail.com) on 2018-08-07T16:40:23Z No. of bitstreams: 1 dissertacao_final_.pdf: 2492287 bytes, checksum: 97355dac17e5ee7a8bd27f2dac2943e2 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Carolina Gonçalves Bet null (abet@iq.unesp.br) on 2018-08-08T17:43:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 oliveira_jbs_me_araiq_int.pdf: 2471764 bytes, checksum: e9ce68f4b56affe9b165a13603afd25a (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-08T17:43:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 oliveira_jbs_me_araiq_int.pdf: 2471764 bytes, checksum: e9ce68f4b56affe9b165a13603afd25a (MD5) Previous issue date: 2018-06-29 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As hemoglobinas extracelulares apresentam alta estabilidade oligomérica, resistência à oxidação, cooperatividade e afinidade para ligar oxigênio, além do potencial uso em aplicações biotecnológicas como substituto sanguíneo e biossensores de contaminação ambiental. Devido a estas propriedades, os objetivos desta dissertação foram caracterizar a estrutura e a estabilidade da hemoglobina extracelular gigante do anelídeo Amynthas gracilis (HbAg) por diferentes técnicas biofísicas, tais como, absorção ótica, intensidade de espalhamento de luz (LSI), espalhamento de luz dinâmico (DLS), eletroforese SDS-PAGE, ultracentrifugação analítica (AUC), espectrometria de massas por tempo de voo (MALDI-TOF-MS) e microscopia de força atômica (AFM). Em pH 7,0, a HbAg apresentou espectro de absorção ótica com máximo em 415 nm (banda de Soret) e em 540 e 575 nm (bandas Q). A alcalinização do meio deslocou os máximos de absorção para 405 nm e uma única banda Q alargada em 540 nm, devido à oxidação do grupo heme. O perfil proteico apresentado pela HbAg por eletroforese SDS-PAGE foi semelhante, mas não igual a hemoglobina extracelular de Glossoscolex paulistus (HbGp). A HbAg apresentou três bandas com massa molar (MM) entre 25-37 KDa associadas as cadeias L, enquanto a HbGp apresenta apenas duas bandas nesta faixa de massa. As análises dos dados de MALDI-TOF-MS mostraram que a HbAg apresenta quatro isoformas para o monômero d (d1 - d4) com MM entre 16,2-16,8 kDa, três linkers (L1, L2 e L3), 25,8-26,8 kDa, duas isoformas para o trímero abc e uma única isoforma para o tetrâmero abcd (67,7 kDa). Por AUC foi determinada a MM da HbAg na sua forma íntegra de 3,9 MDa, sendo este valor superior a HbGp (3,6 MDa). O maior valor de MM observado é associado a auto-agregação da HbAg em função do tempo de estocagem. O valor de ponto isoelétrico (pI) estimado por Potencial Zeta foi de 6,0 ± 0,3. A HbAg nativa apresenta um diâmetro hidrodinâmico (Dh) de 28 nm determinado por DLS. Porém, em pH menor que 6,5 a proteína mostrou tendência em formar agregados, já em pH acima de 8,0 a hemoglobina sofreu dissociação concomitante com agregação. A microscopia de força atômica (AFM) de filmes de HbAg em pH 7,0 revelou altura entre 15-20 nm que foi associado a dois discos hexagonais sobrepostos. Estudos iniciais de atividade peroxidase (POD) indicaram maior estabilidade da HbAg frente altas concentrações de peróxido de hidrogênio (H2O2) em relação a HbGp. Por fim os resultados apresentados nesta dissertação mostram um grande avanço na caracterização da HbAg, uma hemoglobina extracelular gigante até então não relatada na literatura. Adicionalmente possibilitou a criação de novas vertentes de estudos que no futuro poderão resultar na criação de produtos de grande aplicação biotecnológica, tais como biossensores destinados às áreas médica e ambiental, além de produtos de suprimento de oxigênio para tecidos sob condição de hipóxia. / The extracellular hemoglobin molecules present high oligomeric stability, resistance to oxidation, cooperativity and affinity to bind oxygen, besides the potential use in biotechnological applications a s blood substitute and biosensors of environmental contam ination. Considering that, this dissertation aimed to characterize the structure and stability of the giant extracellular hemoglobin of the annelid Amynthas gracilis (HbAg) by different biophysical t echniques, such as optical absorption, light scattering intensity (LSI), dynamic light scattering (DLS), SDS - PAGE electrophoresis, analytical ultracentrifugation (AUC), Matrix Assisted Laser Desorption Ionization - Time of Fly - Mass Spectrometry (MALDI - TOF - MS ) and atomic force microscopy . The HbAg had an optical absorption spectrum with a maximum of 415 nm (Soret band) , and 540 and 575 nm (Q bands) at pH 7.0 . The alk alinization of the medium shifted the absorption maxima to 405 nm and a single broad Q band at 54 0 nm due to the oxidation of the heme group. The protein profile presented by HbAg by SDS - PAGE electropho resis was similar but not identical to the extracellular hemoglobin of Glossoscolex paulistus (HbGp). HbAg presented three bands with molecular mass (MM) ranging 25 - 37 KDa associated with the L chains, whereas HbGp presented only two bands in this MM range. MALDI - TOF - MS data show ed that HbAg presents four isoforms for the monomer d ( d 1 - d 4 ) with MM ranging 16.2 - 16.8 kDa, three linkers ( L 1 , L 2 and L 3 ), 2 5.8 - 26.8 kDa, two isoforms for the abc trimer and a single isoform for the abcd tetramer (67.7 kDa). By AUC , the MM of whole HbAg was determined in 3.9 MDa, a higher value than that observed for HbGp (3.6 MDa). The highest MM value observed was associated with self - aggregation of HbAg as a function of storage time. The isoelectric point value (pI) estimated by Zeta Potential wa s 6.0 ± 0.3. Native HbAg had a h ydrodynamic d iameter (D h ) of 28 nm determined by DLS. However, at pH less than 6.5 the protein sho we d tendency to form aggregates; at pH above 8.0 the hemoglobin undergoes dissociation concomitant wit h aggregation. Atomic Force M icroscopy (AFM) of HbAg films at pH 7.0 revealed a height between 15 - 20 nm that was associated with two overlapping hexagonal l ayers. Initial studies of peroxidase activity (POD) indicate d higher stability of HbAg against high concentrations of hydrogen peroxide (H 2 O 2 ) relative to HbGp. Finally, the results presented in this dissertation show a great advance in the characterizatio n of HbAg, a giant extracellular hemoglobin not previously reported in the literature. In addition, it has enabled the creation of new study strands that in the future may result in the creation of products of great biotechnological application, such as bi osensors destined to the medical and environmental areas, as well as products of oxygen supply to tissues under the condition of hypoxia. / FAPESP: 2016/10884-1 / FAPESP:2017/19332-4 / FAPESP:2015/11447-1