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Desenvolvimento de aplicativo para o método de discriminação de Fisher e seu uso na experimentação agronômica / Carlos Roberto Pereira Padovani. -

Padovani, Carlos Roberto Pereira, 1975- January 2004 (has links)
Orientador: Flávio Ferrari Aragon / Banca: Adalberto José Crocci / Banca: João Paulo Borim / Resumo: Nas Ciências Agronômicas, em particular na Energia na Agricultura, encontram-se várias situações em que são observadas diversas variáveis respostas nas parcelas ou unidades experimentais. Nestas situações, um caso de interesse prático à experimentação agronômica é o que considera o estudo das regiões de similaridade entre as parcelas com atenção especial à classificação de novas unidades experimentais. Um procedimento bastante robusto para o estudo das similaridades em situações multivariadas consiste no método de discriminação de Fisher entre várias populações. Na literatura Agronômica, pouco se tem encontrado sobre o uso deste procedimento. Entende-se que este fato deve estar relacionado aos procedimentos algébricos e matriciais requeridos na construção do modelo matemático gerador das regiões e, principalmente, pela falta de um programa computacional de fácil manuseio para pesquisadores de áreas aplicadas. Neste sentido, desenvolveu-se um programa computacional para o método de Fisher, acessível e de fácil manuseio para pesquisadores de áreas aplicadas, complementado com a construção do manual do usuário. Para exemplificar o uso do programa, consideraram-se dados relativos a experimentos desenvolvidos na EMBRAPA, região de Londrina - PR, envolvendo seis diferentes variedades de girassol (Helianthus annuus) e cinco caracteres quantitativos da planta. O uso da discriminação de Fisher possibilitou a construção gráfica das regiões de classificação, segundo as diversidades genéticas do girassol, o que apresentou uma alta porcentagem de retenção de informação da variabilidade associada a uma baixa taxa de classificação errônea. / Abstract: In the Agronomical Sciences, particularly in the Energy in the Agriculture, there are several situations in which many answer variables in the experimental parcels or units can be observed. In these situations, a case of practical interest to the agronomical is the study of the region similarities among the parcels, giving special attention to the classification of new experimental units. A very robust procedure for the discrimination of several multivariate populations is the Fisher's graphic method. In the Agronomical literature, not much is found about the use of this procedure. This fact may be related to algebric and matricial procedures required in the construction of the mathematical model generator of the regions and, mostly, by the lack of a friendly computational software for researchers of applied areas. In this sense, the objective is to develop a computational software for Fisher's Method, which must be accessible and of easy handling for researchers of applied areas, complementing it with the creation of the user's manual and presenting applications for the software in the rational use of energy. Datas related to experiments developed at EMBRAPA, Londrina region PR, are considered, envolving six different sunflower variables (Helianthus annuus) and five quantitative marks of the plant. Fisherþs discrimination use enable the graphic construction of the classification regions, according to the sunflwer genetic diversities, whitch presented a high percentage of information retention of the varibility associated to a low rate of erroneous classification. / Mestre
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Comportamento crítico do processo de contato aperiódico: simulações e grupo de renormalização / Critical behavior of the aperiodic contact process: simulation and renormalization-group

Faria, Maicon Saul 11 June 2010 (has links)
Utilizamos um formalismo de operadores e a técnica de grupo de renormalizacao de Dasgupta, Ma e Hu para analisar o efeito de distribuições inomogêneas dos parâmetros sobre o comportamento crítico de um modelo estocástico simples. O processo de contato em uma dimensão constitui talvez o modelo mais simples que apresenta uma transição de fase para um estado absorvente. Nós usamos as seqüências de Fibonacci, duplicação de período e triplicação de período para introduzir inomogeneidades aperiódicas no processo de contato unidimensional e em uma cadeia quântica de spin. Usando procedimento de grupo de renormalização de desordem forte, estabelecemos algumas relações entre propriedades dos operadores renormalizados e grandezas termodinâmicas ou médias. Fomos capazes de testar o critério de relevância de flutuações geométricas de Harris-Luck, de obter vários expoentes críticos, e de observar aspectos característicos de dinâmica lenta e oscilações log-periódicas. A sequência de triplicação de período nos leva aos expoentes = ln (7/9)/ ln (4/9), = ln (9/7)/ ln 4, = ln 3/ ln (3/2) e k = ln 2/ ln (3/2). Usamos técnicas de Monte Carlo para confirmar os resultados de grupo de renormalização. As simulações numéricas indicam a validade do critério de relevância de Harris-Luck, e corroboram o caráter universal do comportamento crítico desses sistemas aperiódicos. / We use an operator formalism and the renormalization-group technique of Dasgupta, Ma and Hu to analyze the effects of a nonhomogeneous distribution of parameters on the critical behavior of simple stochastic model system. The contact process in one dimension is perhaps the simplest model to display a phase transition to an absorbing stationary state. We use the Fibonacci, period-doubling and period-tripling sequences for introducing aperiodic inhomogeneities in the one dimensional contact process and in a quantum Ising chain. Using strong-disorder renormalization-group procedures, we establish some relations between properties of renormalized operator and of thermodynamic or mean quantities. We were able to test a well-known criterion of relevance of geometric fluctuations, to obtain a number of critical exponents, and to point out features of slow-dynamics and log-periodic oscillations. The period-tripling sequence leads to the critical exponents = ln (7/9)/ ln (4/9), = ln (9/7)/ ln 4, = ln 3/ ln (3/2) and k = ln 2/ ln (3/2). We then used Monte Carlo techniques to check renormalization-group results. The numerical simulations indicate the validity of the Harris-Luck criterion of relevance of the geometric fluctuations, and generally support the universal character of the critical behavior of these aperiodic systems.
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Contribuições à genética populacional via processos de Fleming-Viot / Some contributions to population genetics via Fleming-Viot processes

Silva, Telles Timóteo da 14 July 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-04T18:50:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Apresentacao.pdf: 199708 bytes, checksum: ce3c2b5e9db17dddd7a2684d9e5cac8b (MD5) Previous issue date: 2006-07-14 / O processo de Fleming-Viot é um processo de Markov cujo espaço de estado é um conjunto de medidas de propabilidade. As funções-amostras do processo representam as prováveis possibilidades de transformação das freqüencias de tipos genéticos presentes numa população ao longo do tempo. Obtido como solução de um problema de martingala bem posto para um operador linear construído de forma a modelar diversas características importantes no estudo da genética populacional, como mutação, seleção, deriva genética, entre outras, o processo de Fleming-Viot permite, por meio de uma abordagem matemática unificadora, tratar problemas de complexidade variada. No presente trabalho, estudamos s processs de Fleming-Viot com saltos, introduzidos por Hiraba. Interpretamos biologicamente esse saltos como mudanças abruptas que podem ocorrer, num curto espaço de tempo, durante a evolução de uma população de indivíduos, causadas por epidemias, desastres naturais ou outras catástrofes, e que levam a descontinuidades nas frequências dos tipos gênicos. Apresentamos uma forma de incluir um fator de seleção no processo com saltos, através da aplicação de uma transformação de medida do tipo Girsanov. Em seguida, fazemos uma análise do comportamento assintótico do processo utilizando técnicas de dualidade e acoplamento.
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Teoria de precificação e hedging e o caso de uma opção com barreira / Theory of princing and hedging and the case of a Barrier option

Rosalino Junior, Estevão 17 June 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-04T18:57:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Estevao_MSc2013.pdf: 798745 bytes, checksum: 3a737b306d09e12a7beaa6d3f396c369 (MD5) Previous issue date: 2013-06-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico / We address the theory of no-arbitrage pricing of derivatives and hedging strategies. The continuous-time model of the underlying stock price that we consider is the Geometric Brownian Motion, which parameters (mean rate of return and volatility) are initially set as stochastic processes and, in the sequel, specified as deterministic functions of time or constant values. With a view to providing self-sufficiency for the text, we have included the necessary fundamental theory and derived the Partial Differential Equation (PDE) for the price of derivatives with payoffs that are functions of the time and of the stock price at maturity, while the stock is now governed by the local volatility model (in which the parameters are functions of time and of the stock price at each moment). Focusing the particular niche where parameters are, except for very mild constraints, arbitrary deterministic functions of time, we develop explicit formulae for both the price and the hedging strategy for an European call option, as well as the particular shape of the associated PDEs. The generalization of the above scenario corresponds to the main result of this thesis which, to the best of our knowledge, is new: we assume (as above) the model where parameters are arbitrary deterministic functions of time and an European call option with a moving barrier of a special sort - which we name discounted barrier. Still, we obtain explicit formulas for both the exact price and hedging strategy. The shape of the barrier option under consideration is attractive from the point of view of the dealer, since it is in fact constant if tested against the discounted risky asset price. Moreover, the riskless asset - which accounts for discounting - is the dealers reference for profit evaluation. Some tools employed in this work are the risk-neutral (or martingale) measure and an extension of the Reflection Principle for Brownian Motion. / Nós abordamos a teoria de preços livres de arbitragem de derivativos e estratégias de hedging. O modelo a tempo contínuo que consideramos para o preço das ações é o Movimento Browniano Geométrico, cujos parâmetros (taxa média de retorno e volatilidade) são inicialmente definidos como processos estocásticos, para daí serem especificados por funções determinísticas do tempo ou valores constantes. Com vistas a dar um cunho autossuficiente à dissertação, desenvolvemos a teoria de base e a Equação Diferencial Parcial (EDP) para o preço de derivativos cujos payoffs são funções do tempo e do preço da ação, ambos na expiração, enquanto que a ação é governada pelo modelo de volatilidade local (no qual os parâmetros são funções do tempo e do preço da ação a cada instante). No caso particular onde os parâmetros são, salvo restrições brandas, funções determinísticas arbitrárias do tempo, desenvolvemos fórmulas explícitas para o preço e para a estratégia de hedging para uma opção de compra Europeia, bem como a forma particular das EDPs associadas. A generalização do cenário acima constitui o resultado principal desta dissertação, novo na literatura: assumimos (como acima) o modelo onde os parâmetros são funções determinísticas arbitrárias do tempo e uma opção de compra Europeia com uma barreira móvel de um tipo específico - a qual chamamos barreira descontada. Ainda assim, obtemos fórmulas explícitas tanto para o preço quanto para a estratégia de hedging. O formato da barreira móvel considerada é atrativo do ponto de vista prático de mercado, uma vez que é, de fato, constante se testada contra o preço descontado do ativo de risco. Ademais, é em relação ao ativo sem risco - que dita o desconto - que os dealers aferem seus lucros. Algumas ferramentas empregadas neste trabalho são a medida risco-neutro (medida martingale) e uma extensão do Princípio da Reflexão para o Movimento Browniano.
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Control and filtering for continuous-time Markov jump linear systems with partial mode information

Rodrigues , Caio César Graciani 10 April 2017 (has links)
Submitted by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2017-08-10T18:45:47Z No. of bitstreams: 1 tese_caio_cesar_graciani_rodrigues.pdf: 1550607 bytes, checksum: 740cf1e87f2a897b734accc7abd6ec11 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2017-08-10T18:45:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 tese_caio_cesar_graciani_rodrigues.pdf: 1550607 bytes, checksum: 740cf1e87f2a897b734accc7abd6ec11 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-10T18:46:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_caio_cesar_graciani_rodrigues.pdf: 1550607 bytes, checksum: 740cf1e87f2a897b734accc7abd6ec11 (MD5) Previous issue date: 2017-04-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes) / Over the past few decades, the study of systems subjected to abrupt changes in their structures has consolidated as a significant area of research, due, in part, to the increasing importance of dealing with the occurrence of random failures in complex systems. In this context, Markov jump linear system (MJLS) comes up as an approach of central interest, as a means of representing these dynamics. Among the numerous works that seek to establish design methods for control and filtering considering this class of systems, the scarcity of literature related to the partial observation scenarios is noticeable. This thesis features contributions to the H1 control and filtering for continuous-time MJLS with partial mode information. In order to overcome the challenge regarding the lack of information of the current state of the Markov chain, we use a detector-based formulation. In this formulation, we assume the existence of a detector, available at all times, which provides partial information about the operating mode of the jump process. A favorable feature of this strategy is that it allows us to recover (without being limited to) some recent results of partial information scenarios in which we have an explicit solution, such as the cases of complete information, mode-independent and cluster observations. Our results comprise a new bounded real lemma followed by the design of controllers and filters driven only by the informations given by the detector. Both, the H1 analysis and the design methods presented are established through the solutions of linear matrix inequalities. In addition, numerical simulations are also presented encompassing the H1 performance for particular structures of the detector process. From an application point of view, we highlight some examples related to the linearized dynamics for an unmanned aerial vehicle. / Nas últimas décadas, o estudo de sistemas cujas estruturas estão sujeitas a mudanças abruptas de comportamento tem se consolidado como uma significante área de pesquisa, devido, em parte, pela importância crescente de lidar com a ocorrência de falhas aleatórias em sistemas complexos. Neste contexto, os sistemas lineares com salto Markoviano (SLSM) surgem como uma abordagem de interesse central, como um meio de representar estas dinâmicas. Dentre os inúmeros trabalhos que buscam estabelecer técnicas de controle e filtragem considerando esta classe de sistemas, a escassez de literatura relacionada ao cenário de observações parciais é perceptível. Esta tese apresenta novos resultados de controle e filtragem H1 para SLSM a tempo contínuo e observações parciais no modo de operação. A fim de superar o desafio quanto a falta de informações do atual estado da cadeia de Markov, utilizamos uma formulação baseada em um detector. Com esta abordagem, assumimos a existência de um detector, disponível em todo instante de tempo, que fornece informações a respeito do modo de operação do processo de salto. Uma favorável característica desta estratégia é a de nos possibilitar o resgate (sem estar-se limitado a eles) de alguns resultados recentes dos cenários de informações parciais nos quais temos uma solução explícita, como os casos de informações completas, independentes do modo e cluster de observações. Os nossos resultados compreendem um novo bounded real lemma seguido do projeto de controladores e filtros que usam apenas as informações do detector. Tanto a análise H1 quanto os métodos de projeto apresentados são estabelecidos através da soluções de inequações matriciais lineares. Adicionalmente, também são apresentadas simulações numéricas que mostram a performance H1 para estruturas particulares do detector. Sob o ponto de vista de aplicações, destacamos os exemplos relacionados a dinâmicas linearizadas para um avião aéreo não tripulado.
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Finite dimensional optimal linear mean square filter for continuos time Markovian jump linear systems

Vergés, Fortià Vila 24 February 2017 (has links)
Submitted by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2018-06-27T12:31:36Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_final_Fortia.pdf: 758629 bytes, checksum: 6b31d1df1ed8f464b298cce7e1ee4180 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2018-06-27T12:31:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_final_Fortia.pdf: 758629 bytes, checksum: 6b31d1df1ed8f464b298cce7e1ee4180 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-27T12:32:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_final_Fortia.pdf: 758629 bytes, checksum: 6b31d1df1ed8f464b298cce7e1ee4180 (MD5) Previous issue date: 2017-02-24 / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ) / Stochastic differential equations with Markovian jump parameters constitute one of the most important class of hybrid dynamical systems, which has been extensively used for the modeling of dynamical systems which are subject to abrupt changes in their structure. The abrupt changes can be due, for instance, to abrupt environmental disturbances, component failure, volatility in economic systems, changes in subsystems interconnections, abrupt changes in the operation of a nonlinear plant, etc. This can be found, for instance, in aircraft control systems, robot systems, large flexible structure for space station, etc. We shall be particularly interested in the linear class which is dubbed in the literature as the class of Markov jump linear systems (MJLS). The jump mechanism is modeled by a Markov process, which is also known in the literature as the operation mode. The dissertation address the filtering problem of the operation mode for the class of MJLS. Previous result in the literature on this problem has been obtained by Wonham, which has shown the existence of an optimal nonlinear filter for this problem. The main hindrance with Wonham’s result, in the context of the control problem with partial observation of operation mode, is that it introduces a great deal of nonlinearity in the Hamilton-Jacobi- Belman equation, which makes it difficult to get an explicit closed solution for the control problem. Motivated by this, the main contribution of this dissertation is to devise an optimal linear filter for the mode operation, which we believe could be more favorable in the solution of the control problem with partial observations. In addition, relying on Murayama’s stochastic numerical method and the results of Yuan and Mao, we carry out simulation of Wonham’s filter, and the one devised in the dissertation, in order to compare their performances. / As equações diferenciais estocáticas com salto Markoviano constituem uma das clases de sistemas dinâmicos híbridos mais importantes, e tem sido muito usados para modelar sistemas sujeitos a mudanças abruptas na sua estructura. Essas mudanças podem ser devido a, por exemplo, perturbações ambientais, falhas em componentes, volatilidade em sistemas econômicos, mudanças em interconexões de subsistemas, mudanças abruptas em operações de plantas não lineares, etc. Estas falhas podem ser encontradas em sistemas de controle para aeronaves, sistemas robóticos, estructuras grandes e flexíveis em estações espaciais, etc. Nós estamos especialmente interessados na clase de sistemas lineares que é referenciada na literatura como sistemas lineares com salto Markoviano (SLSM). O mecanismo de salto é modelado por um processo de Markov, que é conhecido na literatura como modo de operação do sistema. Essa dissertação visa o problema de filtragem para o modo de operação do sistema linear com salto. Na literatura pode-se encontrar resultados já obtidos para esse problema como é o caso do filtro ótimo não linear deduzido por Wonham. Mas no contexto de controle ótimo com observações parciais do modo de operação, o filtro de Wonham introduz não linearidades na equação de Hamilton-Jacobi-Belman, fazendo com que seja muito complexo obter uma solução fechada para o problema de controle. A principal motivação desta dissertação é deduzir o filtro ótimo linear para o modo de operação, já que esta pode ser uma solução mais favorável para o problema de controle ótimo. Finalmente, usando o método numérico para equações diferenciais estocásticas de Euler-Murayama e o resultado de Yuan e Mao, realizamos a simulação do filtro de Wonham tal como o filtro deduzido neste trabalho, com o objetivo de comparar as respectivas performances.
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[en] STUDY OF HAIR MINERAL COMPOSITION RELATED TO AESTHETIC TREATMENTS / [pt] ESTUDO DA COMPOSIÇÃO MINERAL DE CABELO RELACIONADA COM O USO DE TRATAMENTOS ESTÉTICOS

GABRIELLY DOS SANTOS PEREGRINO 19 February 2019 (has links)
[pt] O mineralograma capilar é uma análise multielementar que provê informações sobre a saúde da pessoa. A utilização de tratamentos estéticos para o cabelo, como tinturas ou alisamentos, representam a exposição a substâncias que podem ser prejudiciais à saúde, tanto para os utilizadores, quanto para os profissionais que as aplicam, e podem dificultar a interpretação dos dados do mineralograma. O objetivo deste trabalho foi estabelecer correlações entre os tratamentos estéticos e a composição mineral do cabelo de voluntários de diferentes idades e sexos, além de realizar a análise estatística dos dados. Amostras de cabelo foram coletadas da região occipital de voluntários, que responderam a um formulário contendo informações importantes para análise dos dados. As amostras de cabelos previamente lavadas e secas, foram decompostas com ácido nítrico, o teor mineral foi determinado utilizando ICP-MS e os resultados estatísticos avaliados com o auxílio do Statistica for Windows. Os elementos analisados foram classificados como essenciais ou tóxicos. Os metais que apresentaram diferenças estatísticas significativas em mulheres que utilizam algum tratamento estético nos cabelos foram: Mg, K, Ca, V, Mn, Fe, Co, Cu, Mo, Zn e Sr, e os metais tóxicos: Ni, Ba e U. Quando comparados cabelos naturais, sem tratamento, houve diferença significativa entre homens e mulheres para Mg, Ca, Sr, Mo e Au, entretanto, todas as medianas ficaram abaixo dos limites máximos da referência utilizada neste trabalho para fins de comparação. Considerando elementos tóxicos, nenhum apresentou diferença, sendo que as mulheres apresentaram uma concentração mais elevada deste metal. / [en] The hair mineralogram is a multielemental analysis that provides information about the person s health. The use of aesthetic treatments for hair, such as dyes or straightening, represent exposure to substances that can be harmful to health, both for users and for the professionals who apply them, and may hamper the interpretation of mineralogram data. The objective of this work was to establish correlations between beauty treatments and hair mineral composition of volunteers of different ages and genders, and perform statistical data analysis. Hair samples were collected from the occipital region of volunteers, who answered a form containing important information for data analysis. The samples previously washed and dried were decomposed with nitric acid, the mineral content determined using ICP-MS and the statistical results evaluated with the help of Statistica for Windows. The elements analyzed were classified as essential or toxic. Elements presenting statistically significant differences in women using some hair cosmetic treatment were: Mg, K, Ca, V, Mn, Fe, Co, Cu, Mo, Zn and Sr, and the toxic metals: Ni, Ba and U. When compared natural hair, without treatment, significant differences between men and women were observed for Mg, Ca, Sr, Mo and Au, however, all medians were below the upper limit of the reference used in this work. Considering the toxic elements, no one was different, and that women had a higher concentration of this metal.
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Abordagem probabilística para caracterização do sistema de marcação de sequenciamento multiplex na plataforma ABI SOLID

LOBATO, Fábio Manoel França 01 July 2011 (has links)
Submitted by Samira Prince (prince@ufpa.br) on 2012-06-01T14:22:25Z No. of bitstreams: 2 Dissertacao_AbordagemProbabilisticaCaracterizacao.pdf: 2216925 bytes, checksum: 41db7a9e13836866a105b019e2d7ea99 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Samira Prince(prince@ufpa.br) on 2012-06-01T14:23:08Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_AbordagemProbabilisticaCaracterizacao.pdf: 2216925 bytes, checksum: 41db7a9e13836866a105b019e2d7ea99 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-01T14:23:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_AbordagemProbabilisticaCaracterizacao.pdf: 2216925 bytes, checksum: 41db7a9e13836866a105b019e2d7ea99 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2011 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os sequenciadores de nova geração como as plataformas Illumina e SOLiD geram uma grande quantidade de dados, comumente, acima de 10 Gigabytes de arquivos-texto. Particularmente, a plataforma SOLiD permite o sequenciamento de múltiplas amostras em uma única corrida (denominada de corrida multiplex) por meio de um sistema de marcação chamado Barcode. Esta funcionalidade requer um processo computacional para separação dos dados por amostra, pois, o sequenciador fornece a mistura de todas amostras em uma única saída. Este processo deve ser seguro a fim de evitar eventuais embaralhamentos que possam prejudicar as análises posteriores. Neste contexto, o presente trabalho propõe desenvolvimento de um modelo probabilístico capaz de caracterizar sistema de marcação utilizado em sequenciamentos multiplex. Os resultados obtidos corroboraram a suficiência do modelo obtido, o qual permite, dentre outras coisas, identificar faltas em algum passo do processo de sequenciamento; adaptar e desenvolver de novos protocolos para preparação de amostras, além de atribuir um Grau de Confiança aos dados gerados e guiar um processo de filtragem que respeite as características de cada sequenciamento, não descartando sequências úteis de forma arbitrária. / The next generation sequencers such as Illumina and SOLiD platforms generate a large amount of data, commonly above 10 Gigabytes of text files. Particularly, the SOLiD platform allows the sequencing of multiple samples in a single run (called multiplex run) through a marking system called Barcode. This feature requires a computational process for separation of data per sample, therefore, the sequencer provides a mixture of all samples in a single output. This process must be secure to avoid any harm that may scramble further analysis. In this context, this dissertation proposes development of a probabilistic model capable of characterizing the marking system used in multiplex sequencing. The results corroborate the adequacy of the model obtained, which allows, among other things, identify faults in some step in the sequencing process, adapt and develop new protocols for sample preparation, and assign a grade to the reliability of data generated and guide a filtering process that respects the characteristics of each sequence, without discarding sequences useful in an arbitrary manner.
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Novas formas cristalinas do fármaco anti-HIV lamivudina com ácidos 1,2-dicarboxílicos: preparação, caracterização e solubilidade / New crystal forms of the anti-HIV drug lamivudine with 1,2-dicarboxilic acids: preparation, characterization and solubility

Silva, Cameron Capeletti da 06 March 2014 (has links)
Submitted by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-09-19T19:05:02Z No. of bitstreams: 2 Silva, Cameron-2014-dissertação.pdf: 4685861 bytes, checksum: 35a25c14813b0206d3d9c8fa6c8bfdaf (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-09-19T19:05:31Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Silva, Cameron-2014-dissertação.pdf: 4685861 bytes, checksum: 35a25c14813b0206d3d9c8fa6c8bfdaf (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-19T19:05:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Silva, Cameron-2014-dissertação.pdf: 4685861 bytes, checksum: 35a25c14813b0206d3d9c8fa6c8bfdaf (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-03-06 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Co-crystallization of active pharmaceutical ingredients has been widely studied lately in order to improve the solid state features of such compounds, for example solubility, and also to protect the intellectual property of such compounds. Multicomponent molecular crystals can be prepared from both supramolecular synthon and screening approaches, which involve the variation of crystallization conditions. In this way, molecular crystal engineering is a strategy to improve solid state properties of drugs related to their efficacies. One branch of the lamivudine crystal engineering deals with its protonable pyrimidine-based nitrogen being a recipe of crystallization with carboxylic acids. Such strategy has yielded several pharmaceutical co-crystals and salts of APIs that have lamivudine-like heterocyclic nitrogens by choosing suitable carboxylic acids as a salt/co-crystal former. In this context and in relation to the drug antiretroviral nucleoside reverse transcriptase inhibitor lamivudine, four new crystalline phases thereof were prepared, their crystal structures were determined by X-ray diffraction by single crystal, and their solubility in water were measured. For the first time it was observed an in-plane pairing of lamivudine with the carboxylate and carboxyl functionalities of a same salt former unit giving rise to a trimer and a tetramer in the structures of lamivudine hydrogen phthalate hemihydrate and lamivudine hydrogen 4,5-dichlorophthalate, respectively. Besides, a new synthon have been found in the first salt. All lamivudine salts were less soluble than the lamivudine form II (free base). The unexpected heterosynthon can be related to the slightly higher solubility of lamivudine hydrogen 4,5-dichlorophthalate when compared to the other salts prepared in this study. / Co-cristalização de insumos farmacêuticos ativos tem sido largamente estudada ultimamente a fim de melhorar as propriedades do estado sólido, como, por exemplo, a solubilidade, e também manter a propriedade intelectual de tais compostos. Cristais moleculares multicomponentes podem ser preparados a partir da abordagem de sínton supramolecular e também através de métodos sistemáticos de investigação laboratorial, o que envolve a variação de condições de cristalização dos fármacos. Neste sentido, a engenharia de cristais moleculares é uma estratégia para aperfeiçoar as propriedades de estado sólido relacionadas às eficácias dos fármacos. Um ramo da engenharia de cristais de lamivudina lida com sua base nitrogenada pirimidina, a qual pode ser protonada, sendo assim um alvo de co-cristalização com ácidos carboxílicos. Tal estratégia tem rendido vários co-cristais e sais de insumos farmacêuticos ativos que possuem nitrogênio heterocíclico como a lamivudina pela escolha adequada de ácidos carboxílicos como um formador de sal/co-cristal. Nesse contexto, e com relação ao fármaco antirretroviral inibidor nucleosídeo de transcriptase reversa, a saber, lamivudina, quatro novas fases cristalinas foram preparadas, suas estruturas cristalinas foram elucidadas por difração de raios X por monocristal, e suas solubilidades em água foram aferidas. Nesse estudo, pela primeira vez foi observado um duplo pareamento da droga com ambas as funcionalidades ácidas do contra-íon originando uma tríade e um tetrâmero planar nas estruturas de biftalato de lamivudina hemidratado e 4,5-diclorohidrogenoftalado de lamivudina, respectivamente. Além disso, um novo sínton foi encontrado no primeiro sal. Todos eles foram menos solúvel do que a forma II da lamivudina (base livre). O inesperado heterosínton pôde ser correlacionado com a solubilidade ligeiramente maior do 4,5-diclorobiftalato de lamivudina quando comparado com os demais sais preparados.
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Métododos de identificação fuzzy para modelos autoregressivos sazonais madiante a função de autocorrelação estendida

CARVALHO JÚNIOR, José Gracildo de 13 December 2016 (has links)
Submitted by camilla martins (camillasmmartins@gmail.com) on 2017-04-24T13:29:49Z No. of bitstreams: 3 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MetodosIdentificacaoFuzzy.pdf: 2802104 bytes, checksum: 73352d2962b86336990faec404300aac (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-04-24T16:59:13Z (GMT) No. of bitstreams: 3 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MetodosIdentificacaoFuzzy.pdf: 2802104 bytes, checksum: 73352d2962b86336990faec404300aac (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-24T16:59:13Z (GMT). No. of bitstreams: 3 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MetodosIdentificacaoFuzzy.pdf: 2802104 bytes, checksum: 73352d2962b86336990faec404300aac (MD5) Previous issue date: 2016-12-13 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Neste estudo, é proposta uma estrategia baseada na metodologia fuzzy para a melhoria do desempenho das previsões de dados mediante um modelo de série temporal. Esta metodologia é concebida para modelagem de processos autoregressivos sazonais de média móvel e pode ser adotada sobre diversas aplicações no mundo real. Por meio da abordagem híbrida, baseada em uma versão da função de autocorrelação fuzzy, a interpolação e as capacidades de generalização de sistemas fuzzy foram exploradas para se obter uma previsão robusta, mesmo considerando séries de curta ou longa duração. A fim de aumentar a precisão do algoritmo de identicação proposto, vários parâmetros de desempenho foram testados e otimizados por simulações computacionais. Os seguintes parâmetros foram considerados nesse processo: o comprimento de trajetória da série histórica, o número de conjuntos fuzzy, e o limite para ativação do suporte dos conjuntos fuzzy triangulares. Observou-se que a função de pertinência triangular contribuiu para a melhoria do desempenho no modelo de previsão. Para demonstrar a eficácia da metodologia proposta, foram implementados quatro estudos de caso a partir de dados disponíveis na literatura. Os resultados confirmaram o bom desempenho do algoritmo proposto, permitindo a obtencão de um erro de previsão pequeno, sobretudo, em comparação com metodologias de identificação parametrica consolidadas na literatura. As projeções produzidas pelo novo método proposto, quando submetidas ao conceito de intervalo de confianca fuzzy, demonstraram uma precisão satisfatoria. / In this study, a fuzzy-based strategy for improvement of forecasting performance in data time series analysis is proposed. The designed methodology is target to seasonal autoregressive moving average processes modelling and can be applied to an wide range of real world applications. By means of hybrid approach based on a fuzzy version of correlation functions, the interpolating and the generalization capabilities of fuzzy systems are exploited in order to obtain a robust forecasting, even considering series with missing data points. In order to increase the algorithm accuracy, several design parameters were tested and optimized by computational tests. The following parameters are considered in this process: the length of the trajectory of the time series, the number of fuzzy sets, and the limit for activation of the support of the triangular fuzzy sets. It was observed that the membership function of triangular form lead to improved forecasting performance. A simulation to evaluate the accuracy of the forecasting of a fuzzy seasonal autoregressive model is described. To demonstrate the eectiveness of the proposed methodology, four case studies on data from some public data base was carried-out. The results conrm the improved performance of the proposed algorithm, allowing to obtain a reduced forecasting error in comparison to a conventional statistical methodology and fuzzy, for instance. The projections produced by the new method when subjected to fuzzy condence interval analysis showed satisfactory accuracy.

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