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O teorema de Kato para equações de evolução quase lineares e aplicações

Scott, Juan Ernesto Montealegre 30 June 1994 (has links)
Orientador: Marcia A. G. Scialom / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Computação Científica / Made available in DSpace on 2018-07-19T17:28:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Scott_JuanErnestoMontealegre_M.pdf: 2283380 bytes, checksum: 29f9873a370cd08dd1978b9c490c6d5b (MD5) Previous issue date: 1994 / Resumo: Não informado. / Abstract: Not informed. / Mestrado / Mestre em Matemática
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Sobre equações de evolução e comportamento assintotico

Bonfim, Valdair 07 August 1992 (has links)
Orientador : Aloisio Jose Freiria Neves / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Computação Científica / Made available in DSpace on 2018-07-15T21:55:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bonfim_Valdair_M.pdf: 2187526 bytes, checksum: f92e9d1b7078c35cb1671f482a061304 (MD5) Previous issue date: 1992 / Mestrado / Mestre em Matemática
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Mapeamento físico e análise evolutiva em Phaseolus vulgaris L. e P. lunatus L., utilizando hibridação in situ fluorescente (FISH)

ALMEIDA, Cicero Carlos de Souza January 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T15:54:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo5240_1.pdf: 3414510 bytes, checksum: 97d55a34c91aff9fa551dc2b00296827 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / Neste trabalho foram analisadas a distribuição da heterocromatina, o número de sítios de DNAr 5S e 45S nas espécies P. lunatus e P. vulgaris e foi desenvolvido um mapa citogenético de P. lunatus utilizando dois fagos e 30 BACs (Bacterial Artificial Chromosomes) dos cromossomos 3, 4 e 7 de P. vulgaris. Os resultados mostraram que a heterocromatina em P. vulgaris e em P. lunatus está localizada preferencialmente na região pericentromérica da maioria dos cromossomos. Em P. vulgaris foi observada uma variação para o DNAr 45S, em que acessos Mesoamericanos apresentaram de três a quatro sítios e os Andinos de seis a nove sítios. O número de sítios de DNAr 5S em P. vulgaris foi constante com dois sítios em todos os acessos. Por outro lado, em P. lunatus o número de sítios de DNAr 45S não variou, revelando um sítio de DNAr. O DNAr 5S apresentou um sítio em alguns acessos e uma duplicação em apensa dois outros acessos. A hibridização in situ de 30 BACs e dois fagos de P. vulgaris em cromossomos de P. lunatus mostrou que sete BACs continham DNA repetitivo e não foram mapeados. Os demais BACs e fagos mostraram estar conservados, pelo fato de que as posições no mapa genético de P. vulgaris e no mapa citogenético de P. lunatus foram semelhantes. Os resultados corroboram a semelhança cariotípica das espécies, sugerindo que não ocorreram grandes rearranjos cromossômicos após a separação delas. Provavelmente a principal divergência entre essas espécies foi a amplificação diferencial de DNAr 45S e de seqüências de DNA repetitivo, pelo fato de que algumas seqüências foram detectadas nos cromossomos de P. vulgaris, que estão aparentemente ausentes em P. lunatus e outras seqüências foram detectadas nos cromossomos de P. lunatus, que estão aparentemente ausentes em P. vulgaris
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Variabilidade genética e evolução do gene PRNP em veados cinzas (Mammalia; Cervidae; Mazama)

LIMA, Isabel Luiza de Melo Nunes Freire 10 August 2016 (has links)
Submitted by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-04-26T22:48:02Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇAO Isabel Luiza de Melo Nunes Freire Lima.pdf: 1037392 bytes, checksum: 56d64e9802047711f027f316cbc24e14 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-26T22:48:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇAO Isabel Luiza de Melo Nunes Freire Lima.pdf: 1037392 bytes, checksum: 56d64e9802047711f027f316cbc24e14 (MD5) Previous issue date: 2016-08-10 / FACEPE / CNPQ / O gênero Mazama é constituído por cervídeos sul-americanos e se divide, de acordo com a cor da pelagem, em veados vermelhos e veados marrons ou cinzas. Este segundo grupo é formado por M. gouazoubira e M. nemorivaga. O gene PRNP codifica a proteína Príon envolvida, quando em sua forma patogênica, na susceptibilidade a um conjunto de doenças neurológicas fatais e incuráveis. A Doença da Debilidade Crônica em Cervídeos (CWD) é um dos males neurológicos associados aos Príons, sendo epidêmica na América do Norte, porém nunca relatada em indivíduos Sul-americanos. A fim de entender qual curso evolutivo que esse gene percorreu nas espécies da família Cervidae, realizou-se uma análise de quais os mecanismos evolutivos que ele vem sendo submetido. Para tanto, foram analisadas as sequencias de nucleotídeos do éxon 3 do gene PRNP em amostras de 42 espécimes do gênero Mazama (M. gouazoubira - n: 36; M. nemorivaga - n: 06) de diversas regiões do Brasil, em comparação com outras espécies da família Cervidae. A inferência do mecanismo evolutivo do PRNP entre os cervídeos analisados neste estudo através do Teste de Neutralidade (dN-dS) sugere que nos Veados do Velho Mundo o gene vem passando por deriva genética. Já nos Veados do Novo Mundo a evolução ocorre em alternância de processos de deriva genética e seleção positiva. / The Mazama Genus consists of South American deer and is divided, according to the fur color in red deer and brocket deer. This second group is formed by M. gouazoubira and M. nemorivaga. The PRNP gene encoding the prion protein involved when the pathogenic form in susceptibility to a group of incurable and fatal neurological diseases. The Chronic Wasting Disease (CWD) is one of these neurological malady associated with prions and epidemic in North America, but never reported in South American individuals. In order to understand which evolutionary course that ran gene in the species of the Cervidae family was held an analysis of which of the possible evolutionary mechanisms that it are being submitted. Therefore, we analyzed the sequences of nucleotides of exon 3 of the PRNP gene in samples from 42 specimens of the genus Mazama (M. gouazoubira - n: 36; M. nemorivaga -n: 06) from different regions of Brazil. In comparison with other species of the Cervidae family, the conservation of the gene was observed in aligning sequences. The inference of the evolutionary mechanism of PRNP among cervids analyzed in this study through the Neutrality Test (dN-dS) suggests that Old World Deer in the gene has undergone genetic drift. Already in the evolution of New World deer occurs in alternation of positive selection and genetic drift processes.
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Análise assintótica e qualitativa de equações de evolução e aplicações a modelos físicos

SILVA, Clessius 11 November 2015 (has links)
Submitted by Rafael Santana (rafael.silvasantana@ufpe.br) on 2018-02-21T19:03:27Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Tese Clessius.pdf: 1784788 bytes, checksum: 8724ab665f4b816ee0effe28a7d13ce8 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-21T19:03:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Tese Clessius.pdf: 1784788 bytes, checksum: 8724ab665f4b816ee0effe28a7d13ce8 (MD5) Previous issue date: 2015-11-11 / CAPES, CNPQ / Utilizando ferramentas de Análise Funcional e Topologia, estudamos propriedades de periodicidade assintótica de soluções brandas para certas equações de evolução. Mais especificamente, desenvolvemos uma teoria de existência e unicidade de soluções brandas pseudo S-assintoticamente periódicas para certas equações de evolução hiperbólicas, como também, para uma versão abstrata da equação de onda amortecida, a qual modela as vibrações de estruturas flexíveis que possuem material de amortecimento interno e força externa. O problema de periodicidade assintótica é hoje um dos assuntos mais ativos na teoria de comportamento de solução para equações diferenciais. Observamos que os sistemas concretos normalmente possuem variações internas ou são submetidos a perturbações externas que não são periódicas. Em muitas situações reais, podemos supor que estas perturbações são aproximadamente periódicas em um sentido amplo. Surgiu recentemente a noção de periodicidade S-assintótica, que é uma generalização da clássica periodicidade assintótica. Esta nova noção tem interessantes aplicações em vários ramos das equações diferenciais, e isso tem motivado considerável interesse no tópico. Em adição, um novo espaço de funções S-assintoticamente periódicas foi introduzido,ele é chamado o espaço das unções pseudo S-assintoticamente periódicas. A metodologia desenvolvida neste trabalho será extremamente útil para modelos físicos concretos. Para exibir a aplicabilidade de nossos métodos, mostramos aplicações concretas de nossos métodos a estruturas flexíveis, problemas do calor, equações fracionárias e viscoelasticidade. Além disso, devido a sua importância real, damos uma atenção especial à teoria de viscoelasticidade. Neste caso, estudamos a existência, unicidade, regularidade, possível continuação para um intervalo de existência maximal e critério de explosão de soluções brandas locais de uma família de equações de Volterra provenientes da teoria viscoelástica. / Using tools of Functional Analysis and Topology we study properties of asymptotic periodicity of mild solutions for some evolution. More specifically, we developed a theory of existence and uniqueness of pseudo S-asymptotically periodic mild solutions for some hyperbolic evolution equations, as also, for an abstract version of the damped wave equation which model the vibrations of flexible structures possessing internal material damping and external force. The asymptotic periodicity problem is one of the most active subjects in behavior theory of solutions of differential equations at present. We observe that real systems usually exhibit internal variations or are submitted to external perturbations which are not periodic. In many real situations we can assume that these variations are approximately periodic in a broad sense. It has recently emerged the notion of S-asymptotic periodicity which is a generalization of the classical asymptotic periodicity. This new notion has interesting applications in several branches of differential equations. This has motivated considerable interest in the topic. In addition, a new space of S-asymptotically periodic functions was introduced. It is called the space of pseudo S-asymptotically periodic functions. The methodology developed in this work is extremely useful for concrete physical models. To show the applicability of our methods, we show concrete applications of our methods to flexible structures, heat problems, fractional equations and viscoelasticity. In addition, due to its real importance, we give special attention to viscoelasticity theory. In this case, we studied the existence, uniqueness, regularity, possible continuation to a maximal interval of existence and blow-up criterion of local mild solutions of a family of nonlinear Volterra equations coming from the theory of viscoelasticity.
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Hemofilia, evolução e sociedade

ALEXANDRINO, Aline Chaves 05 1900 (has links)
Submitted by Caroline Falcao (caroline.rfalcao@ufpe.br) on 2016-05-31T18:59:13Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 39A382h Dissertação.pdf: 85932796 bytes, checksum: ab13f992908ab9a16714d1c922c167cd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-31T18:59:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 39A382h Dissertação.pdf: 85932796 bytes, checksum: ab13f992908ab9a16714d1c922c167cd (MD5) Previous issue date: 1986-05 / O fator chave para a sobrevivência das populações, humanas ou não, reside no modo pelo qual as mesmas se adaptam ao ambiente em que estabelecem seus habitats. As pressões bioecológicas são variadas, sendo o principal mecanismo biológico de pressão a seleção natural, a qual favorece os organismos mais bem adaptados. Na espécie humana, um dos instrumentos adaptativos mais eficientes é a cultura, a qual naturalmente interage com os aspectos biológicos. Estudos na área de medicina podem fornecer unidades de análise que possam revelar mais prontamente essa interação. A questão que se coloca e de se certos tipos de doença podem trazer consequências para a evolução da própria doença, para a interação doença/cultura, e para a evolução humana. Utilizamos como instrumento de análise uma doença crônica e invalidante: a hemofilia. Esta restringe a atividade física e social do indivíduo e interfere com os planos familiares. Estudamos um núcleo cultural, a família, e sua reação à presença de um indivíduo que, pela doença de que é portador, desequilibra o ritmo de vida social deste núcleo. Discutimos até que ponto a adaptabilidade de um indivíduo é determinada apenas por sua reação a uma doença, ou também pelas reações sociais e culturais ã desordem por ela ocasionada, e o que isto significa em termos evolutivos.
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A evolução molecular da rede gênica da oxitocina em primatas e outros vertebrados

Vieira, Carlos Meton de Alencar Gadelha January 2012 (has links)
Nos últimos anos, numerosas evidências da literatura científica têm atribuído ao hormônio nonapeptídico oxitocina (OXT) diversas ações sobre o comportamento animal. Para uma melhor compreensão desta associação, objetivou-se neste trabalho um estudo da evolução molecular da porção codificadora do gene do receptor da oxitocina (OXTR) em espécies da ordem Primates, assim como o desenho de uma rede gênica funcional da oxitocina, e sua análise ao longo de diversas linhagens de vertebrados. Obtivemos a sequência parcial de cDNA do gene OXTR para nove espécies de macacos do Novo Mundo, dado ausente na literatura até o momento. Associando estas informações à sequência de outras espécies de primatas que possuem o seu genoma descrito em banco de dados eletrônico, realizamos a comparação das porções codificantes do OXTR: entre 12 espécies de primatas para o éxon 3, e 17 espécies para o éxon 4. Descrevemos a ocorrência de 30 variações de códons não-sinônimas, distribuídas em 22 sítios diferentes. Evidenciamos o domínio intracelular 4 (IC4) como a região de menor conservação da proteína OXTR, respondendo por 46,6% (14/30) das variações observadas. De forma semelhante, este domínio apresentou o maior número de substituições moderadamente radicais, segundo critérios químicos (escore de Grantham). Identificamos três variações de sítios características, adjacentes a resíduos bastante conservados ao longo da filogenia por sua grande importância funcional. Uma análise de máxima verossimilhança códon-por-códon de sequências do gene OXTR em 38 espécies de vertebrados mostrou que a seleção negativa é a maior força agindo sobre o gene OXTR, embora 10% dos sítios apresentam um possível relaxamento. Metodologias da biologia de sistemas foram combinadas para o desenho de uma rede funcional da oxitocina, composta pelos genes AVP, AVPR1A, AVPR1B, ESR1, FOS, HCRT, OXT, OXTR, PRL, PRLH, PRLR e TRH. O nível de conservação destes 12 genes foi estudado em 36 espécies de vertebrados por meio da comparação das proteínas traduzidas com o seu homólogo humano. Identificaram-se dois grupos gênicos de padrão de conservação significativamente diferentes: um grupo mais conservado, associado à oxitocina (OXT), e um grupo mais diverso, relacionado à prolactina (PRL). / During the past years, many evidences from scientific literature have ascribed several actions over animal behaviour to the nonapeptidic hormone oxytocin (OXT). For a better understanding of this association, it was aimed on this research an assay on molecular evolution of the coding sequence of the oxytocin receptor gene (OXTR) on species from the order Primates, and also the design of an oxytocin gene network and its analysis through several vertebrate lineages. We obtained the partial sequence of cDNA from gene OXTR for nine species of New World monkeys, an unpublished data until present. Blending these informations to the sequence of other primates, available at genomic databases, we compared the coding regions of OXTR: among 12 primate species for exon 3, and 17 species for exon 4. We described 30 non-synonyms changes, distributed along 22 different sites. We found that intracellular domain 4 (IC4) has the lowest conservation rate of the OXTR protein, being responsible for 46,6% (14/30) of the observed variations. Likewise, this domain presented the highest number of moderately radical substitutions, according to chemical criteria (Grantham score). We identified three characteristic sites changes, located besides aminoacids highconserved for its great functional importance. A maximum-likelihood analysis by codon of the OXTR gene sequence on 38 vertebrate species showed that negative selection is the strongest power acting over the OXTR gene, although 10% of the sites are presented as possibly relaxed. Methodologies from systems biology were combined for design of an oxytocin functional network, composed by genes AVP, AVPR1A, AVPR1B, ESR1, FOS, HCRT, OXT, OXTR, PRL, PRLH, PRLR and TRH. Conservation levels from those 12 genes were studied on 36 vertebrate species by comparing the translated protein with its human homologous. Two assembling of genes showed conservation pattern significantly different: a more conserved group, associated to oxytocin (OXT), and a more diverse one, related to prolactin (PRL).
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Influência de fatores bióticos e abióticos sobre o comportamento, ecologia e evolução da espécie Ctenomys minutus (RODENTIA: CTENOMYIDAE)

Kubiak, Bruno Busnello January 2017 (has links)
Os diferentes aspectos relacionados à biologia e história de vida de uma espécie são moldados pela seleção natural relacionada com o ambiente ocupado. Além disso, as espécies não vivem isoladas e interações intra e interespecíficas também são fatores determinantes que podem agir sobre as características das espécies. Contudo, identificar e relacionar os fatores que forjam estes aspectos não é uma tarefa simples e tem sido um dos maiores interesses da biologia. Ao longo deste estudo será utilizado um roedor subterrâneo como alvo para compreender como interações bióticas e abióticas influenciam no comportamento, ecologia e evolução desta espécie. A espécie escolhida foi Ctenomys minutus, Nhering, 1886, que pertence à família Ctenomyidae, a qual apresenta o maior número de espécies entre os roedores subterrâneos, aproximadamente 70. As características principais que levaram a escolha desta espécie é que, diferentemente das demais espécies do gênero, ela apresenta distribuição em dois habitats com características distintas (dunas arenosas e campos arenosos) e possui zonas de contato com a espécie Ctenomys flamarioni, Travi, 1981 ao longo de sua distribuição, tornando-a um excelente modelo para testar o objetivo proposto neste trabalho. Para isso, este estudo é divido em quatro capítulos que utilizam diferentes ferramentas (modelagem de nicho ecológico, morfometria geométrica e análise do tamanho da área de vida) para alcançar objetivos distintos, fornecendo assim informações que se somam para o esclarecimento do objetivo principal. No cap. 1, utilizando a modelagem de nicho ecológico foi possível perceber que Ctenomys minutus e Ctenomys flamarioni não se excluem competitivamente. No entanto, a morfometria geométrica nos permite perceber a existência de deslocamento de caracteres em uma das espécies. Ctenomys minutus apresenta menor tamanho quando em contato com C. flamarioni. Sendo assim, é possível afirmar que mesmo não sendo detectadas evidências que suportem a exclusão competitiva entre as espécies em um cenário macro geográfico a interação entre elas pode fazer com que possuam diferenciações na seleção do habitat que possivelmente acarretaram na diferenciação morfológica de uma das espécies (Ctenomys minutus). Já nos cap. 2 e 3 foi explorado o tamanho da área de vida de Ctenomys minutus e se percebe que o tipo de habitat é um fator determinante na diferenciação desta característica. Indivíduos que ocupam o habitat de dunas costeiras possuem áreas de vida significativamente maiores que animais da mesma espécie que ocupam o habitat de campos arenosos. Por outro lado, a coexistência com Ctenomys flamarioni não parece influenciar o tamanho da área de vida de nenhuma das espécies, evidenciando que interações bióticas podem não influenciar significativamente nesta característica ecológica e comportamental. Além disso, no cap. 4 são apresentados resultados que evidenciam que o tipo de habitat parece ser um fator importante na determinação da força de mordida e forma do crânio de Ctenomys minutus. Os animais que habitam os campos arenosos possuem diferenciações na forma crânio em relação a animais coespecíficos que habitam as dunas costeiras. Isto parece estar intimamente ligado com a diferenciação da força da mordida destes animais, onde indivíduos que habitam os campos arenosos possuem maiores forças de mordida em comparação a indivíduos que habitam as dunas costeiras. De modo geral é possível concluir que as interações bióticas experimentadas por Ctenomys minutus possuem influência direta na seleção de habitat da espécie e diferenciação morfológica (deslocamento de caracteres), contudo, não parece influenciar em aspectos comportamentais relacionados ao tamanho da área de vida dos indivíduos. Já as interações abióticas, neste caso a ocupação de diferentes tipos de habitats, influenciam diretamente na diferenciação ecológica e comportamental em relação ao tamanho da área de diferenças morfológicas do crânio, culminando na diferenciação da força da mordida e possivelmente podendo levar a diferenciações evolutivas destas populações.
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História evolutiva das linhagens do complexo Cnesterodon brevirostratus (Cyprinodontiformes: Poecilidae)

Quinsani, Daniela Ambros January 2017 (has links)
Cnesterodon brevirostratus é uma espécie de peixe de água doce que ocorre em campos de altitude na Serra Geral do Sul do Brasil. Dados gnômicos recentes mostraram que este táxon consiste em 4 linhagens evolutivas distintas, sendo que 2 delas se subdividem conforme bacias hidrográficas. Morfologicamente, essas linhagens apresentam diferenças no apêndice distal do gonopódio, o que pode estar relacionado à seleção sexual. Além disso, elas apresentam forte relação a distribuição geográfica conforme as bacias hidrográficas da região, algumas estando em simpatria. Apesar de sua recente identificação, aspectos da divergência e história evolutiva dessas linhagens ainda são desconhecidos. Neste trabalho, nós usamos 6840 SNPs nucleares obtidos por RADSeq de 133 indivíduos para realizar uma série de análises a fim de entender padrões na história evolutiva e construir um panorama completo da diversificação dessas linhagens. A análise filogenética realizada por métodos coalescentes mostrou dois clados irmãos que estão de acordo com a morfologia do apêndice distal do gonopódio e não relacionado com a distribuição geográfica. A divergência parece ter sido rápida, sendo que a separação entre esses clados ocorreu há aproximadamente 1,2 milhão de anos atrás, seguido pela separação das linhagens evolutivas e sub-linhagens geográficas, ocorrida entre 1 milhão e 600 mil anos atrás, também durante o Pleistoceno, período caracterizado por repetidas mudanças climáticas. Nenhum evento de introgressão foi detectado entre as linhagens, sugerindo que o isolamento genético entre as linhagens se deu em um cenário de alopatria. Nenhum loco foi identificado como estando sob seleção diversificadora, o que pode reforçar a interpretação de isolamento alopátrico. De acordo com o espectro de frequência alélica, o melhor modelo demográfico para todas as linhagens incluiu crescimento populacional. Na maioria das linhagens, o crescimento ocorreu durante o Holoceno, o que pode estar associado ao aumento de umidade no período, com maior disponibilidade de banhados e turfeiras nos quais a espécie habita. De forma geral, nossos resultados sugerem que a topografia da região pode ter tido um papel determinante na geração da grande diversidade para esse táxon. / Cnesterodon brevirostratus is a freshwater fish species occurring in highland grasslands in South Brazil. Recent gnomic data have shown that this taxon consists of 4 distinct evolutionary lineages, being that two of them are subdivided accordingly to hydrological basins. Morphologically, these lineages present differences in the distal appendix of the gonopodium, which may be related to sexual selection. In addition, they are strongly associated to a geographic distribution according to the hydrographic basins of the region, some of them are in sympatry. Despite their recent identification, details of the divergence and evolutionary history of these lineages are still unknown. In this work, we used data from 6840 genomic SNPs obtained by RADSeq from 133 individuals in order to use them in different analyzes to search for patterns in evolutionary history and to construct a complete panorama of the diversification of these lineages. The phylogenetic analysis performed by coalescent methods showed the existence of two sister clades being in agreement with the morphology of the distal appendix of the gonopodium and not related to the geographic distribution. The divergence between them seems to have happened very rapidly, with the separation between the two clades mentioned above occurring approximately 1.2 million years ago, followed by the separation of the evolutionary lineages and geographic sub-lineages, between 1 million and 600 thousand years ago, also during the Pleistocene, a period characterized by repeated climatic changes. No introgression event was detected among the lineages, suggesting that the genetic isolation between the lineages occurred in a scenario of allopatry. No locus has been identified as being under diversifying selection, which may reinforce the interpretation of isolation in allopatry. According to the allelic frequency spectrum, the best demographic model for all lineages included population growth. In most of the lineages, the growth occurred during the Holocene, which might be associated to the increase of humidity in the period, with greater availability of wetlands and peat bogs in which the species lives. In general, our results suggest that the topography of the region may have played a key role in generating the great diversity for this taxon.
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Citogenética evolutiva em espécies da família Columbidae (Aves, Columbiformes)

Kretschmer, Rafael January 2018 (has links)
Columbidae é uma família da Classe Aves, Ordem Columbiformes que inclui os pombos, pombas e rolas e compreende cerca de 300 espécies, distribuída em todos os continentes. Devido a diversidade deste grupo, espécies desta família foram alvos de vários estudos, incluindo citogenéticos. Apesar de que a maioria dos estudos citogenéticos em espécies da família Columbidae foram baseados apenas na citogenética clássica (coloração convencional e bandeamentos cromossômicos), resultados interessantes foram observados, tais como a variação do número diploide e a ocorrência de rearranjos intercromossômicos e intracromossômicos. Estes estudos influenciaram na escolha da família Columbidae para o desenvolvimento desta Tese. Nas últimas décadas houve um grande esforço para reconstruir a filogenia das aves atuais, mas a análise dos cariótipos através de técnicas de citogenética molecular, tais como a pintura cromossômica ainda limita-se a poucas ordens. Considerando que a última revisão dos dados citogenéticos é de 2007, no capítulo I realizamos uma revisão sobre o genoma das Aves, incluindo dados de citogenética clássica e molecular. No capítulo II nós realizamos a caracterização do cariótipo de nove espécies da família Columbidae, sendo que uma delas foi descrita pela primeira vez (Geotrygon violacea) e mapeamos a distribuição de sequências repetitivas (rDNA 18S e microssatélites). No capítulo III realizamos a pintura cromossômica comparative em quatro espécies da família Columbidae (Zenaida auriculata, Columba livia, Columbina picui e Leptotila verreauxi). A pintura cromossômica foi realizada utilizando sondas cromossomo-específica de Gallus gallus (GGA), Leucopternis albicollis (LAL) e de Z. auriculata (ZAU). As sondas de ZAU foram desenvolvidas durante o doutorado sanduíche relalizado na Universidade de Cambridge (2017). A pintura cromossômica com as sondas de GGA e ZAU demonstraram a conservação da maioria dos macrocromossomos, exceto a fusão entre os cromossomos ancestrais 6 e 7 em L. verreauxi. Entretanto, os sinais de hibridização das sondas de ZAU foram mais intensos do que GGA. As sondas de LAL confirmaram os resultados obtidos com as sondas de GGA e ZAU, mas revelaram também uma complexa reorganização do cromossomo homólogo ao GGA1 nas quatro espécies analisadas, involvendo inversões paracêntricas e pericêntricas. Além disso, inversões nos cromossomos homólogos ao GGA2 foram identificadas em C. picui e L. verreauxi. A ocorrência da reorganização dos cromossomos homólogos ao GGA1 nas quatro espécies analisadas neste capítulo e em espécies da Ordem Passeriformes analisados previamente, corroboram com a recente proposta de divergência das Neoaves (Columbea e Passerea). No capítulo IV realizamos a pintura cromossômica com as sondas de ZAU e GGA na espécie Jacana jacana (Charadriiformes), com o objetivo de verificar a eficiência das sondas desenvolvidas durante o doutorado sanduíche. Observamos sinais de hibridização mais intensos para as sondas de ZAU do que GGA, o que diminui o viés na interpretação dos dados. Também identificamos uma extensa reorganização cromossômica na espécie J. jacana, que em comparação com dados da literatura, demonstra que espécies da Ordem Charadriiformes passaram por uma evolução cromossômica exclusiva. Os resultados desta Tese demonstram que distintos rearranjos ocorreram durante a evolução cromossômica das espécies da família Columbidae e também na espécie J. jacana. Além disso, as sondas de ZAU mostraram-se como uma importante ferramente para comparações cromossômicas em espécies de Aves, principalmente Neoaves. / Columbidae is a family of Class Aves, Order Columbiformes that includes the pigeons, doves and rolas and comprises about 300 species, distributed in all the continents. Due to the diversity of this group, species of this family were the targets of several studies, including cytogenetics. Although most cytogenetic studies on species of the Columbidae family were based only on classical cytogenetics (conventional staining and chromosomal banding), interesting results were observed, such as diploid number variation and the occurrence of interchromosomal and intrachromosomal rearrangements. These studies influenced the choice of the Columbidae family for the development of this thesis. In recent decades there has been a great effort to reconstruct the phylogeny of current birds, but the analysis of karyotypes through molecular cytogenetic techniques such as chromosome painting is still limited to a few orders. Considering that the last revision of the cytogenetic data is from 2007, in chapter I we conducted a review on the genome of Birds, including classical and molecular cytogenetic data. In chapter II we performed the karyotype characterization of nine species of the Columbidae family, one of which was described for the first time (Geotrygon violacea) and mapped the distribution of repetitive sequences (18S rDNA and microsatellites). In Chapter III we performed comparative chromosome painting on four species of the family Columbidae (Zenaida auriculata, Columba livia, Columbina picui and Leptotila verreauxi). Chromosome painting was performed using chromosome-specific probes from Gallus gallus (GGA), Leucopternis albicollis (LAL) and Z. auriculata (ZAU). The ZAU probes were developed during the “Doutorado sanduiche” at the University of Cambridge (2017). The chromosome painting with GGA and ZAU probes demonstrated the conservation of most of the macrochromosomes except the fusion between the ancestral chromosomes 6 and 7 in L. verreauxi. However, hybridization signals from the ZAU probes were more intense than GGA. LAL probes confirmed the results obtained with the GGA and ZAU probes, but also revealed a complex rearrangement of the chromosome homologous to GGA1 in the four species analyzed, involving paracentric and pericentric inversions. In addition, inversions in chromosomes homologous to GGA2 were identified in C. picui and L. verreauxi. The occurrence of the reorganization of homologous GGA1 chromosomes in the four species analyzed in this chapter and in species of the Passeriformes Order analyzed previously, corroborate with the recent proposal of divergence of the Neoaves (Columbea and Passerea). In chapter IV we performed the chromosome painting with the ZAU and GGA probes in the Jacana jacana (Charadriiformes) species, with the objective of verifying the efficiency of the probes developed during the “Doutorado sanduiche”. We observed more intense hybridization signals for the ZAU probes than GGA, which reduces the bias in the interpretation of the data. We also identified an extensive chromosome reorganization in the J. jacana species, which, in comparison with literature data, shows that species of the Order Charadriiformes underwent a unique chromosomal evolution. The results of this thesis demonstrate that distinct rearrangements occurred during the chromosome evolution of the species of the family Columbidae and also in the species J. jacana. In addition, the ZAU probes proved to be an important tool for chromosome comparisons in species of Birds, especially Neoaves.

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