Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-04-29Bitstream added on 2014-06-13T20:14:58Z : No. of bitstreams: 1 andrade_mb_me_rcla.pdf: 9268224 bytes, checksum: 14fcd02a34db50a440c7c3ddc8a92802 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O presente trabalho aborda a Sistemática da Infra-Ordem Notosuchia, sob o ponto de vista filogenético, buscando alternativas que possam contribuir para a Taxonomia do grupo. Uma revisão de materiais reúne infomações paleontológicas, geológicas e biocronológicas para espécies e formas caracterizadas como parte do clado. Materiais inéditos são descritos para Mariliasuchus amarali e Notosuchus terrestris, permitindo uma melhor compreensão de aspectos morfo-anatômicos, evolutivos e paleoecológicos destas espécies. O Gênero Uruguaysuchus é reavaliado com relação a validade de materiais e sua composição. Restos referentes a uma nova espécie de crocodilomorfo notossuquiano são descritos e posicionados filogeneticamente. Análise filogenética foi conduzida para 24 taxons, com o uso de 179 caracteres, resultando em 14 árvores igualmente parcimoniosas, com Parcimônia de Fitch, bem como 4 árvores mais parcimoniosas para a aplicação de Parcimônia de Wagner à 26 séries de ordenação. Os resultados permitiram, entre outros aspectos: (a) a identificação de nova espécie de crocodilomorfo notossuquiano como grupo-irmão de Sphagesaurus huenei; (b) a confirmação da posição filogenética de Mariliasuchus e seu status como Notosuchidae; (c) a caracterização de Notosuchia como grado; (d) a sugestão de descrição em uma nova superfamília e uma nova infraordem no âmbito dos Metasuchia. Análise filogenética adicional, a partir de adaptação da metodologia formal, permitiu a reavaliação da posição filogenética de Chimaerasuchus paradoxus em relação a outros Crocodylomorpha e o estabelecimento de previsões de caráter evolutivo, anatômico e biocronológico. / The present study approaches the systematic of the Infra-Order Notosuchia, under the scope of phylogenetics, searching for taxonomic propositions. A revision of the material gathers informations on Paleontology, Geology and Biocronology related to Notosuchia. Unpublished specimens from both Mariliasuchus amarali and Notosuchus terrestris are described, allowing a better comprehension of morpho-anatomic, evolutionary and paleoecological aspects concerning these species. The Genus Uruguaysuchus is revised on the validity of some materials and its composition. Unpublished data on a new notosuchian crocodylomorph species are described and its phylogenetic position is discussed. Phylogenetic analysis was conducted for 24 taxa, with the use of 179 characters, resulting in 14 equally parsimonious trees with the use of Fitchþs Parsimony, just like four equally parsimonious trees with the use of Wagnerþs Parsimony for 26 characters. The results allowed, among other aspects: (a) assigning the new notosuchian crocodylomorph species as the sister-group of Sphagesaurus huenei; (b) to corroborate Mariliasuchus as a Notosuchidae; (c) to understand Notosuchia as a grade; (d) the suggestion of a new superfamily and a new infraorder among metasuchian crocodylomorphs. Aditional phylogenetial analysis, with modifications to the original methodology, allowed a reevaluation of the phylogenetic position of Chimaerasuchus paradoxus within other groups of Crocodylomorpha and the construction of evolutive, anatomical and biocronologic previsions.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-03-01Bitstream added on 2014-06-13T21:03:47Z : No. of bitstreams: 1 pereirajunior_hrj_dr_botib.pdf: 1684166 bytes, checksum: 2f23cdb28a2397afd8b1cdb49d47d88e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A Ordem Xenarthra é uma ordem de mamíferos placentários composta por três formas viventes: tamanduás, tatus e preguiças arborícolas. É originária da América Sul e tem como distribuição geográfica o centro sul da América do Norte até o extremo sul da América do Sul. A Ordem possui trinta espécies viventes divididas em quatro famílias: Dasypodidae formada pelos tatus, com vinte e uma espécies, Myrmecophagidae (tamanduás) com quatro espécies, Bradypodidae (preguiças de três dedos) com quatro espécies e Megalonychidae (preguiças de dois dedos) com duas espécies. As espécies Priodontes maximus (tatu-canastra), Tolypeutes tricinctus (tatu-bola da caatinga), Bradypus torquatus (preguiça de coleira) e Myrmecophaga tridactyla (tamanduá-bandeira) estão classificadas como vulneráveis pela IUCN (International Union of Conservation), sendo a preguiça de coleira e o tatubola da caatinga endêmicos do Brasil. A maioria dos xenartros possui uma constituição cariotípica que varia de 48 até 65 cromossomos, exceto a espécie Tolypeutes matacus com 2n=38 cromossomos. Das trinta espécies conhecidas atualmente, apenas dezenove tiveram seu cariótipo descrito ou relatado. Os xenartros apresentam uma ampla gama de eventos cromossômicos, como fusão / fissão entre as espécies do gênero Cabassous, Choloepus e Bradypus e na família Myrmecophagidae, eventos de rearranjos cromossômico no gênero Dasypus e a combinação de ambos no gênero Chaetophractus. A presente tese está dividida em quatro capítulos: 1 revisão bibliográfica sobre os dados cromossômicos na Ordem Xenarthra; 2 descrição do cariótipo da espécie Cabassous unicinctus; 3 descrição uma nova espécie do gênero Tamandua; 4 análise da evolução cromossômica da Ordem Xenarthra, utilizando abordagem filogenética. / Not available.

Errantivirus compreende um grupo monofilético de retrotransposons com LTRs de insetos, caracterizados pela presença do gene env em adição aos genes gag e pol. Nos retrovírus a proteína Env é responsável pela sua infecciosidade, causando a fusão do vírion com a membrana da célula. Dados recentes sugerem que os Errantivirus se originaram a partir de um retrotransposon desprovido de gene env que incorporou um gene para proteína de fusão de baculovírus por um evento de recombinação. O gypsy é o Errantivirus mais estudado, possui propriedades infecciosas comprovadas e um padrão evolutivo complexo. Já o retroelemento gtwin, proximamente relacionado ao gypsy, foi recentemente descoberto através da análise in silico do genoma de Drosophila melanogaster e ainda é pouco estudado. Esse trabalho visa ampliar o conhecimento sobre a história evolutiva desses dois Errantivirus através de buscas in silico nos genomas de Drosophila e análises filogenéticas do gene env. Nós mostramos que gtwin possui distribuição restrita ao subgrupo melanogaster e sua filogenia mostra algumas incongruências em relação à filogenia das espécies hospedeiras, sugerindo transmissão horizontal. Para gypsy, mostramos um grande número de subfamílias distribuídas em diferentes grupos de Drosophila, podendo coexistir mais de uma subfamília no mesmo genoma. Múltiplos eventos de transmissão horizontal são inferidos, evidenciando o padrão evolutivo complexo desse retroelemento reportado por outros autores. Além disso, relatamos a existência de seqüências potencialmente codificadoras de Env funcional para a maioria das seqüências envolvidas em transmissão horizontal, para os dois elementos. Esses dados sugerem que essas seqüências podem ser retrovírus com capacidade de invadir novos genomas sem necessitar de vetor, suportando a hipótese sugerida por outros autores de que ondas infecciosas poderiam explicar o padrão evolutivo dos Errantivirus. / Errantivirus comprises a monophyletic group of insect LTR retrotransposons, which has an env gene in addition to gag and pol genes. In retroviruses, the Env protein is responsible for its infectious properties, causing the fusion of the virion to the cell membrane. Recent data suggest that Errantivirus have originated from a retrotransposon unprovided of env gene, which incorporated a fusion protein gene from baculovirus by a recombination event. Gypsy is the most studied Errantivirus, it has proved infectious properties and a complex evolution pattern. Otherwise, gtwin, closely related to gypsy, was recently found through in silico analysis of Drosophila melanogaster genome and it is still poorly studied. This work aim to amplify the knowledge about the evolutionary history of both gypsy and gtwin Errantivirus, through in silico genome search of Drosophila and phylogenetic analysis of the env gene. We show that gtwin has a distribution restricted to the melanogaster subgroup and its phylogeny shows incongruences with host species phylogeny, suggesting horizontal transmission events. Gypsy show a high number of subfamilies spread in different Drosophila groups and more than one subfamily can coexist in the same genome. Multiple events of horizontal transmission are inferred, making evident the complex evolution pattern of gypsy reported by some authors. Moreover, it was reported the existence of DNA sequences putatively encoding Env proteins in most of the sequences involved in horizontal transfer, for both gypsy and gtwin elements. Our data suggest these sequences can be retroviruses with capacity to invade new genomes without require a vector, corroborating the hypothesis suggested by other authors that infectious waves could explain the complex evolutionary pattern of Errantivirus.

Resumo: A Ordem Xenarthra é uma ordem de mamíferos placentários composta por três formas viventes: tamanduás, tatus e preguiças arborícolas. É originária da América Sul e tem como distribuição geográfica o centro sul da América do Norte até o extremo sul da América do Sul. A Ordem possui trinta espécies viventes divididas em quatro famílias: Dasypodidae formada pelos tatus, com vinte e uma espécies, Myrmecophagidae (tamanduás) com quatro espécies, Bradypodidae (preguiças de três dedos) com quatro espécies e Megalonychidae (preguiças de dois dedos) com duas espécies. As espécies Priodontes maximus (tatu-canastra), Tolypeutes tricinctus (tatu-bola da caatinga), Bradypus torquatus (preguiça de coleira) e Myrmecophaga tridactyla (tamanduá-bandeira) estão classificadas como vulneráveis pela IUCN (International Union of Conservation), sendo a preguiça de coleira e o tatubola da caatinga endêmicos do Brasil. A maioria dos xenartros possui uma constituição cariotípica que varia de 48 até 65 cromossomos, exceto a espécie Tolypeutes matacus com 2n=38 cromossomos. Das trinta espécies conhecidas atualmente, apenas dezenove tiveram seu cariótipo descrito ou relatado. Os xenartros apresentam uma ampla gama de eventos cromossômicos, como fusão / fissão entre as espécies do gênero Cabassous, Choloepus e Bradypus e na família Myrmecophagidae, eventos de rearranjos cromossômico no gênero Dasypus e a combinação de ambos no gênero Chaetophractus. A presente tese está dividida em quatro capítulos: 1 revisão bibliográfica sobre os dados cromossômicos na Ordem Xenarthra; 2 descrição do cariótipo da espécie Cabassous unicinctus; 3 descrição uma nova espécie do gênero Tamandua; 4 análise da evolução cromossômica da Ordem Xenarthra, utilizando abordagem filogenética. / Abstract: Not available. / Orientador: Wilham Jorge / Coorientador: Eduardo Bagagli / Doutor

Orientador: Gilson Luiz Volpato / Banca: Percília Cardoso Giaquinto / Banca: Eleonora Trajano / Resumo: Crescimento heterogêneo em peixes ocorre como resultado do crescimento reduzido da maioria dos peixes em agrupamento. Neste estudo, avaliamos a via química nesse fenômeno em juvenis de tilápia do Nilo, Oreochromis niloticus (Linnaeus, 1758), testando se os pelxes dominantes liberam fatores químicos que reduzem o crescimento dos coespecíficos. Portanto, estudamos o crescimento de tilápias isoladas (peixes foco) nos seguintes tratamentos: IS = isolado sem contato com coespecíficos; COESP = isolado recebendo água de coespecíficos também isolados; QD = isolados recebendo água de dominantes; e QS = isolados recebendo água de submissos. Para montar os tratamentos QD e QS, peixes de mesmo tamanho foram pareados apenas com comunicação visual entre eles (um vidro transparente os separava). Esses peixes foram removidos e pareados num aquário neutro por 15 min a cada 3 dias para interação fisica para reforçara a hiearquia (a qual era mantida nos outros dias apenas por interação visual). Medidas dos confrontos validaram essas relações hierárquicas (índice de dominância = 0,77 ± 0,05). O tratamento QS afetou o peixe foco reduzindo o crescimento, aumentando a ingestão de alimento e reduzindo a conversão alimentar. O tratamento QD aumentou a ingestão no peixe focal. Concluímos que os peixes submissos liberam fatores químicos que estressam os coespecíficos de forma que o crescimento desses submissos seja prejudicado e a ingestão alimentar aumentada (uma vez que não havia competição alimentar) para sustentar a demanda energética para estresse (assim, prejudicando a conversão alimentar em crescimento). Os fatores químicos dos dominantes podem estressar os coespecíficos, os quais reduzem a alimentação, mas não em nível que prejudique o crescimento. Esses dados demonstram que fatores químicos são importantes na causa do crescimento heterogêneo em peixes / Abstract: Heterogeneous growth in fish occurs as a result of reduced growth in most of the groupedfísh. In this study, we evaluated the chemical avenue in this phenomenon in Nile tilapia,Oreochromis niloticus (Linnaeus, 1758) juveniles, by testing whether dominant fish releasechemicals that reduce growth of the conspecific fish. Therefore, growth of isolated Nile tilapia (focus fish) was studied in the following treatments: IS = isolated fish with no contact with conspecific fish; COESP = isolated fish receiving water conditioned by isolatedconspecific fish; DC = isolated fish receiving water conditioned by a dorninant conspecifíc; and SC = isolated fish receiving water conditioned by a subordinate conspecific.To settle DC and SC treatments, size-matched fish were paired allowing only visualcommunication between them (a transparent glass separated these fish). These físh wereremoved and paired in a neutral aquarium for 15 min every 3 days to allow physical interactionfor hierarchical reinforcement (which was maintained in the next days by visual interaction only). Confrontation measures validated these hierarchical relationships (dominanceindex = 0.77 ± 0.05). SC treatment affected the focal físh by reducing growth, increasingfeeding and reducing food conversion rate. DC treatment increased feeding in the focal físh. We conclude that subordinate fish release chemical factors that stress conspecifícfish so that growth is impaired and feeding increased (as no feed competition exists)to support energy demand for stress (thus, feed conversion is impaired). Chemicals fromthe dominant fish might stress the conspecific fish, which reduce feeding, but not to a leveIthat impairs growth. These data demonstrate that chemical cues are important causal factorsin the heterogeneous growth in fish / Mestre

Orientador: Reinaldo José Bertini / Banca: Alexander Wilhelm Armin Kellner / Banca: Antonio Roberto Saad / Resumo: O presente trabalho aborda a Sistemática da Infra-Ordem Notosuchia, sob o ponto de vista filogenético, buscando alternativas que possam contribuir para a Taxonomia do grupo. Uma revisão de materiais reúne infomações paleontológicas, geológicas e biocronológicas para espécies e formas caracterizadas como parte do clado. Materiais inéditos são descritos para Mariliasuchus amarali e Notosuchus terrestris, permitindo uma melhor compreensão de aspectos morfo-anatômicos, evolutivos e paleoecológicos destas espécies. O Gênero Uruguaysuchus é reavaliado com relação a validade de materiais e sua composição. Restos referentes a uma nova espécie de crocodilomorfo notossuquiano são descritos e posicionados filogeneticamente. Análise filogenética foi conduzida para 24 taxons, com o uso de 179 caracteres, resultando em 14 árvores igualmente parcimoniosas, com Parcimônia de Fitch, bem como 4 árvores mais parcimoniosas para a aplicação de Parcimônia de Wagner à 26 séries de ordenação. Os resultados permitiram, entre outros aspectos: (a) a identificação de nova espécie de crocodilomorfo notossuquiano como grupo-irmão de Sphagesaurus huenei; (b) a confirmação da posição filogenética de Mariliasuchus e seu "status" como Notosuchidae; (c) a caracterização de Notosuchia como grado; (d) a sugestão de descrição em uma nova superfamília e uma nova infraordem no âmbito dos Metasuchia. Análise filogenética adicional, a partir de adaptação da metodologia formal, permitiu a reavaliação da posição filogenética de Chimaerasuchus paradoxus em relação a outros Crocodylomorpha e o estabelecimento de previsões de caráter evolutivo, anatômico e biocronológico. / Abstract: The present study approaches the systematic of the Infra-Order Notosuchia, under the scope of phylogenetics, searching for taxonomic propositions. A revision of the material gathers informations on Paleontology, Geology and Biocronology related to Notosuchia. Unpublished specimens from both Mariliasuchus amarali and Notosuchus terrestris are described, allowing a better comprehension of morpho-anatomic, evolutionary and paleoecological aspects concerning these species. The Genus Uruguaysuchus is revised on the validity of some materials and its composition. Unpublished data on a new notosuchian crocodylomorph species are described and its phylogenetic position is discussed. Phylogenetic analysis was conducted for 24 taxa, with the use of 179 characters, resulting in 14 equally parsimonious trees with the use of Fitchþs Parsimony, just like four equally parsimonious trees with the use of Wagnerþs Parsimony for 26 characters. The results allowed, among other aspects: (a) assigning the new notosuchian crocodylomorph species as the sister-group of Sphagesaurus huenei; (b) to corroborate Mariliasuchus as a Notosuchidae; (c) to understand Notosuchia as a grade; (d) the suggestion of a new superfamily and a new infraorder among metasuchian crocodylomorphs. Aditional phylogenetial analysis, with modifications to the original methodology, allowed a reevaluation of the phylogenetic position of Chimaerasuchus paradoxus within other groups of Crocodylomorpha and the construction of evolutive, anatomical and biocronologic previsions. / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-25Bitstream added on 2014-06-13T20:00:05Z : No. of bitstreams: 1 martins_lf_me_botib_parcial.pdf: 30318 bytes, checksum: 020b529997201ed642228feffa4b3102 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-04-01T12:51:14Z: martins_lf_me_botib_parcial.pdf,Bitstream added on 2015-04-01T12:51:48Z : No. of bitstreams: 1 000608193.pdf: 99471 bytes, checksum: 7883a358dde8e00a3d9b75fe8119448a (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Crescimento heterogêneo em peixes ocorre como resultado do crescimento reduzido da maioria dos peixes em agrupamento. Neste estudo, avaliamos a via química nesse fenômeno em juvenis de tilápia do Nilo, Oreochromis niloticus (Linnaeus, 1758), testando se os pelxes dominantes liberam fatores químicos que reduzem o crescimento dos coespecíficos. Portanto, estudamos o crescimento de tilápias isoladas (peixes foco) nos seguintes tratamentos: IS = isolado sem contato com coespecíficos; COESP = isolado recebendo água de coespecíficos também isolados; QD = isolados recebendo água de dominantes; e QS = isolados recebendo água de submissos. Para montar os tratamentos QD e QS, peixes de mesmo tamanho foram pareados apenas com comunicação visual entre eles (um vidro transparente os separava). Esses peixes foram removidos e pareados num aquário neutro por 15 min a cada 3 dias para interação fisica para reforçara a hiearquia (a qual era mantida nos outros dias apenas por interação visual). Medidas dos confrontos validaram essas relações hierárquicas (índice de dominância = 0,77 ± 0,05). O tratamento QS afetou o peixe foco reduzindo o crescimento, aumentando a ingestão de alimento e reduzindo a conversão alimentar. O tratamento QD aumentou a ingestão no peixe focal. Concluímos que os peixes submissos liberam fatores químicos que estressam os coespecíficos de forma que o crescimento desses submissos seja prejudicado e a ingestão alimentar aumentada (uma vez que não havia competição alimentar) para sustentar a demanda energética para estresse (assim, prejudicando a conversão alimentar em crescimento). Os fatores químicos dos dominantes podem estressar os coespecíficos, os quais reduzem a alimentação, mas não em nível que prejudique o crescimento. Esses dados demonstram que fatores químicos são importantes na causa do crescimento heterogêneo em peixes / Heterogeneous growth in fish occurs as a result of reduced growth in most of the groupedfísh. In this study, we evaluated the chemical avenue in this phenomenon in Nile tilapia,Oreochromis niloticus (Linnaeus, 1758) juveniles, by testing whether dominant fish releasechemicals that reduce growth of the conspecific fish. Therefore, growth of isolated Nile tilapia (focus fish) was studied in the following treatments: IS = isolated fish with no contact with conspecific fish; COESP = isolated fish receiving water conditioned by isolatedconspecific fish; DC = isolated fish receiving water conditioned by a dorninant conspecifíc; and SC = isolated fish receiving water conditioned by a subordinate conspecific.To settle DC and SC treatments, size-matched fish were paired allowing only visualcommunication between them (a transparent glass separated these fish). These físh wereremoved and paired in a neutral aquarium for 15 min every 3 days to allow physical interactionfor hierarchical reinforcement (which was maintained in the next days by visual interaction only). Confrontation measures validated these hierarchical relationships (dominanceindex = 0.77 ± 0.05). SC treatment affected the focal físh by reducing growth, increasingfeeding and reducing food conversion rate. DC treatment increased feeding in the focal físh. We conclude that subordinate fish release chemical factors that stress conspecifícfish so that growth is impaired and feeding increased (as no feed competition exists)to support energy demand for stress (thus, feed conversion is impaired). Chemicals fromthe dominant fish might stress the conspecific fish, which reduce feeding, but not to a leveIthat impairs growth. These data demonstrate that chemical cues are important causal factorsin the heterogeneous growth in fish

Os diferentes aspectos relacionados à biologia e história de vida de uma espécie são moldados pela seleção natural relacionada com o ambiente ocupado. Além disso, as espécies não vivem isoladas e interações intra e interespecíficas também são fatores determinantes que podem agir sobre as características das espécies. Contudo, identificar e relacionar os fatores que forjam estes aspectos não é uma tarefa simples e tem sido um dos maiores interesses da biologia. Ao longo deste estudo será utilizado um roedor subterrâneo como alvo para compreender como interações bióticas e abióticas influenciam no comportamento, ecologia e evolução desta espécie. A espécie escolhida foi Ctenomys minutus, Nhering, 1886, que pertence à família Ctenomyidae, a qual apresenta o maior número de espécies entre os roedores subterrâneos, aproximadamente 70. As características principais que levaram a escolha desta espécie é que, diferentemente das demais espécies do gênero, ela apresenta distribuição em dois habitats com características distintas (dunas arenosas e campos arenosos) e possui zonas de contato com a espécie Ctenomys flamarioni, Travi, 1981 ao longo de sua distribuição, tornando-a um excelente modelo para testar o objetivo proposto neste trabalho. Para isso, este estudo é divido em quatro capítulos que utilizam diferentes ferramentas (modelagem de nicho ecológico, morfometria geométrica e análise do tamanho da área de vida) para alcançar objetivos distintos, fornecendo assim informações que se somam para o esclarecimento do objetivo principal. No cap. 1, utilizando a modelagem de nicho ecológico foi possível perceber que Ctenomys minutus e Ctenomys flamarioni não se excluem competitivamente. No entanto, a morfometria geométrica nos permite perceber a existência de deslocamento de caracteres em uma das espécies. Ctenomys minutus apresenta menor tamanho quando em contato com C. flamarioni. Sendo assim, é possível afirmar que mesmo não sendo detectadas evidências que suportem a exclusão competitiva entre as espécies em um cenário macro geográfico a interação entre elas pode fazer com que possuam diferenciações na seleção do habitat que possivelmente acarretaram na diferenciação morfológica de uma das espécies (Ctenomys minutus). Já nos cap. 2 e 3 foi explorado o tamanho da área de vida de Ctenomys minutus e se percebe que o tipo de habitat é um fator determinante na diferenciação desta característica. Indivíduos que ocupam o habitat de dunas costeiras possuem áreas de vida significativamente maiores que animais da mesma espécie que ocupam o habitat de campos arenosos. Por outro lado, a coexistência com Ctenomys flamarioni não parece influenciar o tamanho da área de vida de nenhuma das espécies, evidenciando que interações bióticas podem não influenciar significativamente nesta característica ecológica e comportamental. Além disso, no cap. 4 são apresentados resultados que evidenciam que o tipo de habitat parece ser um fator importante na determinação da força de mordida e forma do crânio de Ctenomys minutus. Os animais que habitam os campos arenosos possuem diferenciações na forma crânio em relação a animais coespecíficos que habitam as dunas costeiras. Isto parece estar intimamente ligado com a diferenciação da força da mordida destes animais, onde indivíduos que habitam os campos arenosos possuem maiores forças de mordida em comparação a indivíduos que habitam as dunas costeiras. De modo geral é possível concluir que as interações bióticas experimentadas por Ctenomys minutus possuem influência direta na seleção de habitat da espécie e diferenciação morfológica (deslocamento de caracteres), contudo, não parece influenciar em aspectos comportamentais relacionados ao tamanho da área de vida dos indivíduos. Já as interações abióticas, neste caso a ocupação de diferentes tipos de habitats, influenciam diretamente na diferenciação ecológica e comportamental em relação ao tamanho da área de diferenças morfológicas do crânio, culminando na diferenciação da força da mordida e possivelmente podendo levar a diferenciações evolutivas destas populações.

Cnesterodon brevirostratus é uma espécie de peixe de água doce que ocorre em campos de altitude na Serra Geral do Sul do Brasil. Dados gnômicos recentes mostraram que este táxon consiste em 4 linhagens evolutivas distintas, sendo que 2 delas se subdividem conforme bacias hidrográficas. Morfologicamente, essas linhagens apresentam diferenças no apêndice distal do gonopódio, o que pode estar relacionado à seleção sexual. Além disso, elas apresentam forte relação a distribuição geográfica conforme as bacias hidrográficas da região, algumas estando em simpatria. Apesar de sua recente identificação, aspectos da divergência e história evolutiva dessas linhagens ainda são desconhecidos. Neste trabalho, nós usamos 6840 SNPs nucleares obtidos por RADSeq de 133 indivíduos para realizar uma série de análises a fim de entender padrões na história evolutiva e construir um panorama completo da diversificação dessas linhagens. A análise filogenética realizada por métodos coalescentes mostrou dois clados irmãos que estão de acordo com a morfologia do apêndice distal do gonopódio e não relacionado com a distribuição geográfica. A divergência parece ter sido rápida, sendo que a separação entre esses clados ocorreu há aproximadamente 1,2 milhão de anos atrás, seguido pela separação das linhagens evolutivas e sub-linhagens geográficas, ocorrida entre 1 milhão e 600 mil anos atrás, também durante o Pleistoceno, período caracterizado por repetidas mudanças climáticas. Nenhum evento de introgressão foi detectado entre as linhagens, sugerindo que o isolamento genético entre as linhagens se deu em um cenário de alopatria. Nenhum loco foi identificado como estando sob seleção diversificadora, o que pode reforçar a interpretação de isolamento alopátrico. De acordo com o espectro de frequência alélica, o melhor modelo demográfico para todas as linhagens incluiu crescimento populacional. Na maioria das linhagens, o crescimento ocorreu durante o Holoceno, o que pode estar associado ao aumento de umidade no período, com maior disponibilidade de banhados e turfeiras nos quais a espécie habita. De forma geral, nossos resultados sugerem que a topografia da região pode ter tido um papel determinante na geração da grande diversidade para esse táxon. / Cnesterodon brevirostratus is a freshwater fish species occurring in highland grasslands in South Brazil. Recent gnomic data have shown that this taxon consists of 4 distinct evolutionary lineages, being that two of them are subdivided accordingly to hydrological basins. Morphologically, these lineages present differences in the distal appendix of the gonopodium, which may be related to sexual selection. In addition, they are strongly associated to a geographic distribution according to the hydrographic basins of the region, some of them are in sympatry. Despite their recent identification, details of the divergence and evolutionary history of these lineages are still unknown. In this work, we used data from 6840 genomic SNPs obtained by RADSeq from 133 individuals in order to use them in different analyzes to search for patterns in evolutionary history and to construct a complete panorama of the diversification of these lineages. The phylogenetic analysis performed by coalescent methods showed the existence of two sister clades being in agreement with the morphology of the distal appendix of the gonopodium and not related to the geographic distribution. The divergence between them seems to have happened very rapidly, with the separation between the two clades mentioned above occurring approximately 1.2 million years ago, followed by the separation of the evolutionary lineages and geographic sub-lineages, between 1 million and 600 thousand years ago, also during the Pleistocene, a period characterized by repeated climatic changes. No introgression event was detected among the lineages, suggesting that the genetic isolation between the lineages occurred in a scenario of allopatry. No locus has been identified as being under diversifying selection, which may reinforce the interpretation of isolation in allopatry. According to the allelic frequency spectrum, the best demographic model for all lineages included population growth. In most of the lineages, the growth occurred during the Holocene, which might be associated to the increase of humidity in the period, with greater availability of wetlands and peat bogs in which the species lives. In general, our results suggest that the topography of the region may have played a key role in generating the great diversity for this taxon.

Para o melhor entendimento da biologia de uma espécie ou população, faz-se necessária a análise detalhada das forças evolutivas que moldaram sua diversidade genética. Mecanismos evolutivos randômicos e direcionais devem ser entendidos separadamente e em sua interação para que uma interpretação mais acurada possa ser realizada. No que concerne a humanos, uma camada adicional de complexidade deve ser considerada: a cultura. No presente trabalho, aspectos da história evolutiva de populações nativas americanas são analisados levando em conta os efeitos da deriva genética, história demográfica e seleção natural sobre sua diversidade genética e estrutura de recombinação (desequilíbrio de ligação, DL). Adicionalmente, é realizada uma comparação direta entre a evolução cultural e a evolução biológica. O corpo principal da tese é composto por quatro artigos que visam de maneira geral ao entendimento desses fatores em populações humanas atuais, mas que, no contexto da presente tese, serão discutidos com foco nos ameríndios. Os resultados desses artigos podem ser resumidos como seguem: 1) Amorim et al. (2011) X-chromosomal genetic diversity and linkage disequilibrium patterns in Amerindians and non-Amerindian populations (Am J Hum Biol 23: 299-304). Os resultados deste trabalho revelam baixa diversidade genética no cromossomo X aliada à alta proporção de loci em DL em populações ameríndias, quando comparadas a grupos com ancestralidade genética distinta. A deriva genética seria o principal candidato a agente causal para o padrão observado. 2) Amorim et al. Detecting Genome-wide Signals of Human Adaptation to Tropical Forests in a Convergent Evolution Framework (manuscrito em preparação). Aqui analizaram-se SNPs distribuídos nos autossomos e no cromossomo X para a detecção de sinais de seleção positiva. Populações amazônicas e africanas vivendo na floresta tropical foram comparadas com outras que viviam em ambiente não-florestal. Os resultados apontam para a existência de seleção positiva especialmente sobre genes aparentemente relacionados à imunidade, fluxo de colesterol e altura corporal, entre outros. 3) Amorim et al., (2013) A Bayesian Approach to Genome/Linguistic Relationships in Native South Americans (PLoS ONE 8: e64099). Neste trabalho avaliou-se o ajuste de modelos demográficos, construídos a partir de classificações linguísticas, à diversidade genômica de populações da América do Sul. As análises revelam uma maior adequação da classificação proposta por Joseph Greenberg em 1987. De acordo com esse cenário, o ancestral comum dos principais grupos linguísticos da América do Sul teria uma idade de cerca de 3,1 mil anos e a separação mais recente entre esses grupos teria ocorrido há 2,8 mil anos, entre os Tupi e os Aruaque. Os resultados sugerem ainda que, neste contexto, línguas e genes apresentam taxa de evolução semelhante. 4) Amorim et al. Differing evolutionary histories of the ACTN3*R577X polymorphism among the major human geographic groups (manuscrito em preparação). Neste artigo a diversidade genética do gene ACTN3 e mais especificamente de sua variante funcional rs1815739 em populações ameríndias foi comparada às de outros continentes, revelando um cenário evolutivo que sugere que este gene foi alvo de seleção positiva no passado, mas atualmente o sinal desse processo foi apagado ou suavizado nas Américas. Esses resultados em conjunto sugerem que fatores biológicos seletivos e neutros foram ambos importantes durante o povoamento do Novo Mundo e destacam a importância de analisá-los em conjunto com características culturais, reconhecendo as peculiaridades de cada um e a interação entre eles. / For a better understanding of the biology of a species or population, it is necessary to analyze the forces that shaped its genetic diversity in detail. Neutral and selective evolutionary mechanisms should be interpreted independently and in their interaction for a better interpretation of facts. Regarding human evolution, an additional level of complexity should be considered: culture. In the present work, some aspects of the evolutionary history of Native American populations is considered in relation to the effects of genetic drift, demography, and natural selection upon their genetic diversity and recombination structure (linkage disequilibrium, LD). Additionally, a direct comparison between cultural and biological evolution is made. The nucleus of this Thesis is composed by four articles that aim at the understanding of the role of these factors in the evolution of extant human populations, but for the purposes of this Thesis they will be discussed with a main focus in Amerindians. The results of these articles can be briefly summarized as follows: 1) Amorim et al. (2011) X-chromosomal Genetic Diversity and Linkage Disequilibrium Patterns in Amerindians and non-Amerindian Populations (Am J Hum Biol 23: 299-304). The results of this work reveal low X-chromosomal genetic diversity and high proportion of loci in linkage disequilibrium when Amerindian populations were compared to other groups with a distinct genetic background. Genetic drift is the best candidate for generating the observed pattern. 2) Amorim et al. Detecting Genome-wide Signals of Human Adaptation to Tropical Forests in a Convergent Evolution Framework (manuscript in preparation). Here a positive selection analysis of autosomal and X-chromosomal SNPs was conducted. Amazonian and African tropical forest populations were compared to those living outside forests. The results suggest the action of positive selection especially upon genes related to immunity, cholesterol cellular flux and body height, among others. 3) Amorim et al., (2013) A Bayesian Approach to Genome/Linguistic Relationships in Native South Americans (PLoS ONE 8: e64099). In this work, we tested the fit of current genomic South Amerindian diversity to demographic models based on linguistic classifications. The analyses revealed a better fit of the classification proposed by Joseph Greenberg in 1987. According to this scenario, the common ancestor of the main South American linguistic groups would have an age of circa 3.1 thousand years before present (BP) and the most recent fission between these groups would be that of the Tupí and Arawakan at 2.8 thousand years BP. The results also suggest that, in this context, language and genes evolve at a similar pace. 4) Amorim et al. Differing evolutionary histories of the ACTN3*R577X polymorphism among the major human geographic groups (manuscript in preparation). The genetic diversity of the ACTN3 gene, and more specifically of its functional variant rs1815739 in Amerindian populations was compared to these of other continents, revealing an evolutionary scenario that suggests that this gene might have been a target of positive selection in the past; currently however, the signal of this process was erased or smoothed in the Americas. These results suggest that selective and neutral biological evolutionary factors were important during the settlement of the New World and highlight the importance of analyzing them together with cultural characteristics, considering their peculiarities and the interaction between them.