SOUSA, J. C. Fatores Reguladores de Interferon (IRFs) em pacientes com Síndrome Mielodisplásica. 2015. 200 f. Tese (Doutorado em Ciências Médicas) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceara, Fortaleza, 2015. / Submitted by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-09-26T12:46:52Z No. of bitstreams: 1 2015_tese_jcsousa.pdf: 1726859 bytes, checksum: b83c00c082a73dcf53401b31ef53acda (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-09-26T12:47:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_tese_jcsousa.pdf: 1726859 bytes, checksum: b83c00c082a73dcf53401b31ef53acda (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-26T12:47:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_tese_jcsousa.pdf: 1726859 bytes, checksum: b83c00c082a73dcf53401b31ef53acda (MD5) Previous issue date: 2015-07-20 / Myelodysplastic Syndrome (MDS) is characterized by peripheral cytopenias, defects in hematopoiesis, increased apoptosis and intramedullary risk of transformation to AML. Various advances have been made in understanding the pathogenesis of MDS and there is evidence that bone marrow failure that occurs in MDS is mediated by abnormal activation of signaling in the innate immune system. Interferon regulatory factors (IRF-Interferon Regulatory Factor) form a family of transcription factors that play a central role in regulating immune responses, differentiation and proliferation of hematopoietic cells, cell cycle regulation, apoptosis, and oncogenesis. It is believed that IRFs may have an important role in the pathogenesis of MDS. Therefore, the objective of this study was to evaluate the profile of methylation and gene expression of IRFs in bone marrow (BM) of patients with MDS. From samples of 119 patients diagnosed with MDS was conducted the study of gene expression by real-time PCR and methylation by QMSP (quantitative methilation specific PCR) of the nine family members of IRFs. The expression of genes IRF2, IRF3, and IRF7 IRF8 were different between BM cells of MDS patients and healthy individuals (P = 0.002, 0.002, 0.028 and 0.016, respectively). IRF1 a higher level of expression was associated in patients with hypocellular marrow (p = 0.018). The IRF3, and IRF7 IRF8 genes have been associated with patients in peripheral blood cytopenias (p = 0.028; 0.001; 0.008, respectively). Furthermore, methylation of IRF1, IRF2, IRF3, IRF6 and IRF8 was associated with higher risk characteristics in SMD, such as advanced forms, unfavorable karyotype, cytopenias, blast above 5% and high-risk categories established by IPSS, IPSS-R and WPSS. Multivariate analysis revealed that patients with higher expression of IRF3 had higher overall survival (p = 0.001), whereas patients with higher expression of IRF5 had 5.4 more likely to progress to AML (p <0.001 95% CI = 1098-26829 ) and 9 times more likely to come to death (p = 0.001, 95% CI 2.39 to 32.69). Ambiguously, patients with methylated IRF5 had 4 times more likely to come to death (p = 0.041, 95% CI 1.066 to 20,192). We can conclude that the expression and methylation of IRFs can have great impact prognosis in this disease. The expression of IRF3 is a favorable prognostic marker, while expression and methylation IRF5 are unfavorable prognostic markers in MDS. / A síndrome mielodisplásica (SMD) é caracterizada por citopenias periféricas, defeitos na hematopoese, aumento da apoptose intramedular e risco de transformação para LMA. Vários avanços têm sido realizados para o entendimento da patogênese da SMD e há evidências de que a falha na medula óssea que ocorre na SMD seja mediada pela ativação anormal da sinalização do sistema imune inato. Os fatores reguladores de interferon (IRF-Interferon Regulatory Factor) formam uma família de fatores de transcrição que possuem um papel central na regulação de respostas imunes, diferenciação e proliferação de células hematopoéticas, regulação do ciclo celular, apoptose e oncogênese. Acredita-se que os IRFs possam ter um papel importante da patogênese da SMD. Portanto, o objetivo do presente trabalho foi avaliar o perfil de metilação e expressão dos genes dos IRFs em células da medula óssea (MO) de pacientes com SMD. A partir de amostras de 119 pacientes com diagnóstico de SMD foi realizado o estudo da expressão gênica, por PCR em tempo real e da metilação por QMSP (quantitative methilation specific PCR) dos nove membros da família dos IRFs. A expressão dos genes IRF2, IRF3, IRF7 e IRF8 foram diferentes entre células de MO de pacientes com SMD e indivíduos saudáveis (p=0,002; 0,002; 0,028 e 0,016, respectivamente). Um maior nível de expressão do IRF1 foi associado a pacientes com medula hipocelular (p=0,018). Os genes IRF3, IRF7 e IRF8 foram associados a pacientes com citopenias no sangue periférico (p= 0,028; 0,001; 0,008, respectivamente). Por outro lado, a metilação dos IRF1, IRF2, IRF3, IRF6 e IRF8 foi associada a características de maior risco em SMD, tais como, formas avançadas, cariótipo desfavorável, citopenias, blastos acima de 5% e com categorias de alto risco estabelecidas pelo IPSS, R-IPSS e WPSS. A análise multivariada revelou que pacientes com maior expressão do IRF3 apresentaram maior sobrevida global (p=0,001), enquanto os pacientes com uma maior expressão do IRF5 apresentaram 5,4 mais chances de evoluir para LMA (p<0,001 IC95%=1.098-26.829) e 9 vezes mais chance de vir a óbito (p=0,001; IC95%=2,39-32,69). Ambiguamente, pacientes com o IRF5 metilado possuíam 4 vezes mais chance de vir a óbito (p=0,041; IC95%=1,066-20.192). Podemos concluir que a expressão e a metilação dos IRFs podem ter grande impacto prognóstico nessa doença. A expressão do IRF3 é um marcador de prognóstico favorável, enquanto a expressão e a metilação do IRF5 são marcadores de prognóstico desfavorável em SMD.

Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2018-01-18T20:33:00Z No. of bitstreams: 1 556198.pdf: 6481321 bytes, checksum: 07872163847cb13e2bf760b4fefa58ee (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-18T20:33:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 556198.pdf: 6481321 bytes, checksum: 07872163847cb13e2bf760b4fefa58ee (MD5) Previous issue date: 2001-07 / CAPES / Em 1996, a mortalidade maciça de pacientes durante tratamento de hemodiálise com água proveniente do Reservatório Tabocas, Caruaru - PE, foi atribuída à ação de cianotoxinas. Após o evento, um detalhado programa de monitoramento limnológico e ecotoxicológico foi implantado, incluindo estudos ecológicos do fitoplâncton. Considerando que cianofíceas são as algas dominantes no Reservatório Tabocas e a relevância que assumem para a saúde pública, o presente estudo teve como objetivo reconhecer os padrões espaciais e temporais de populações de cianofíceas, especialmente Cylindrospermopsis raciborskii (Woloszynska) Seenayya & SubbaRaju, bem como investigar os fatores que regulam sua dominância. Fitoplâncton e variáveis abióticas da água foram analisados a partir de amostras sub-superficiais, coletadas quinzenalmente em três estações do reservatório, no período de novembro de 1997 a outubro de 1998. Um perfil vertical foi amostrado somente na estação junto à barragem. Com base na composição e biomassa do fitoplâncton, foram reconhecidos três períodos: período I, com biomassas menores e dominância de C. raciborskii; período II, com biomassas semelhantes ao período I, mas co-dominância de C. raciborskii e Cyanodictyon imperfectum Cronberg & Weibull; período III - de biomassas mais elevadas e dominância de C. raciborskii. Biomassa total relacionou-se inversamente ao nível do reservatório e à luz. Nossos dados suportam que dominância de C. raciborskii foi favorecida por altas temperaturas, elevado pH, baixas intensidades luminosas e teores de fósforo relativamente baixos. A constância ambiental definida pela seca do semi-árido de Pernambuco foi fator decisivo para a prolongada dominância de cianofíceas no Reservatório Tabocas. De acordo com a abordagem fitossociológica originalmente desenvolvida para a vegetação terrestre e recentemente aplicada ao fitoplâncton, grupos de espécies podem ser eficientes descritores do meio onde vivem. As associações de algas mais representativas no Reservatório Tabocas foram S e Sn, ambas marcadas por sua habilidade para se desenvolverem em baixos teores de fósforo e em baixas intensidades luminosas. / ln 1996, during haemodialysis procedure using water from Tabocas reservoir in Caruaru, Pernambuco, a massive human intoxication associated with cyanotoxins was registered. After that, a detailed monitoring program was established, including phytoplankton ecology studies. Since cyanophytes were the dominant algal group and considering their potential relevance to public health, the goals of this study were to recognise temporal and spatial patterns of distribution of these populations, mainly Cylindrospermopsis raciborskii (Woloszynska) Seenaya & Subba-Raju , and to understand the main regulating factors of its dominance. Phytoplankton and abiotic variables of water were sampled during November 1997 to October 1998, at subsurface, biweekly in three sampling stations. A vertical profile was analysed only in the station near to the dam. Considering phytoplankton composition and biomass, three periods were recognised: period I, with lower biomass and C. raciborskii dominance; period II, with similar biomass to period 1, but co-dominance of C. raciborskii and Cyanodictyon imperfectum Cronberg & Weibull; period III, with the highest biomass and dominance of C. raciborskii. Total biomass was inversely related to reservoir level and to the light. Our data support that C. raciborskii dominance was favoured by high temperature, high pH, low light and low inorganic dissolved phosphorus concentrations. Environmental constancy, defined by the persistent and strong drought, was a decisive factor to promote the long-standing cyanophytes dominance in Tabocas reservoir. According to the phytossociological approach originally developed to terrestrial vegetation and recently applied to phytoplankton, groups of species can be efficient descriptors of the environment where they live. The most representative algal assemblages in Tabocas Resevoir was S and Sn, both fitted to growth in low phosphorus concentrations and low light.

Tese(doutorado)-Universidade Federal do Rio Grande, Programa de Pós-Graduação em Aqüicultura, Instituto de Oceanografia, 2011. / Submitted by Cristiane Silva (cristiane_gomides@hotmail.com) on 2012-06-23T16:27:42Z No. of bitstreams: 1 tese corrigida marcio figueiredo.pdf: 4782449 bytes, checksum: df5bb424fe5c9736a80fdc4a63db03a1 (MD5) / Approved for entry into archive by Bruna Vieira(bruninha_vieira@ibest.com.br) on 2012-07-27T20:22:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 tese corrigida marcio figueiredo.pdf: 4782449 bytes, checksum: df5bb424fe5c9736a80fdc4a63db03a1 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-27T20:22:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese corrigida marcio figueiredo.pdf: 4782449 bytes, checksum: df5bb424fe5c9736a80fdc4a63db03a1 (MD5) Previous issue date: 2011 / A aquicultura tem crescido significativamente nas últimas décadas devido ao aumento da demanda de pescado no mundo e à estagnação do setor pesqueiro. Porém, este crescimento depende do desenvolvimento de novos pacotes tecnológicos que visem o aumento da produtividade. Uma alternativa é a manipulação genética (transgenia), sendo que o hormônio do crescimento (GH) tem sido o principal alvo das pesquisas com peixes transgênicos. Entretanto, está comprovado que o excesso de GH acarreta uma série de efeitos adversos devido a sua ação pleiotrópica. A ativação do eixo somatotrófico de forma tecido-específica e independente do excesso de hormônio circulante pode contornar estes problemas. Neste contexto, o objetivo desta tese foi superexpressar o gene do receptor do GH (GHR) no tecido muscular esquelético do zebrafish (Danio rerio) e estudar os efeitos desta manipulação sobre os mecanismos envolvidos na regulação gênica do crescimento muscular. A linhagem transgênica estável obtida expressa o GHR especificamente no tecido muscular 100 vezes mais do que os não transgênicos. Estes transgênicos não apresentaram aumento significativo no crescimento, provavelmente devido à queda na expressão do fator de crescimento tipo insulina I (IGF-I). Esta queda foi, provavelmente, relacionada à ação dos principais moduladores da sinalização do GH (SOCS1 e 3), os quais apresentaram-se aumentados nos transgênicos. Ainda, foi observada uma queda na expressão das principais proteínas musculares estruturais (Acta1, myhc4 e mylz2), o que explica a ausência de hipertrofia nos transgênicos. Por outro lado, o aumento na expressão dos principais fatores reguladores miogênicos (myod, myf5 e myog) explica a hiperplasia observada nas análises histológicas. Para verificar como a superexpressão do GHR ativou a transcrição dos fatores reguladores miogênicos (MRFs) e, por consequência a hiperplasia, foram estudados os possíveis mecanismos envolvidos neste processo. Dentre estes, tanto a via proliferativa (MEK/ERK) quanto à via relacionada com a síntese protéica (PI3K/Akt), não tiveram alteração na expressão de seus genes. Entretanto, foi observado aumento na expressão das proteínas de transporte para o núcleo (importinas 1, 3 e 1), podendo-se concluir que a ativação dos MRFs está relacionada ao transporte do GHR para o núcleo das células musculares. Desta forma, pode se concluir que hiperplasia e hipertrofia seguem duas vias de sinalização intracelular distintas, ambas desencadeadas pelo GH, mas reguladas por mecanismos diferentes. / Aquiculture practice has been significantly increasing during the last decades due to the fish rising demand and to fishery activity stagnation. However, such increase depends on new technological packages development aiming to productivity rises. Genetic manipulation is an alternative, once growth hormone (GH) has been the main target on transgenic fish researches. Nevertheless, it has been proved that GH excess leads to many adverse effects due to its pleiotropic action. The somatotropic axis activation in a tissue-specific manner and independent on the circulating hormone excess may bypass these problems. Following these ideas, the present thesis objective was overexpressing GH receptor’s gene (GHR), in zebrafish (Danio rerio) skeletal muscular tissue, and studying such manipulation effects over the mechanisms involved in muscular growth gene regulation. The stable transgenic lineage obtained expresses GHR, specifically in muscular tissue, 100 times more than non-transgenic. These transgenic did not present significant growth, possibly due to a gene expression fall in insulin-like growth factor I (IGF-I). The mentioned fall is, probably, related to GH main signaling modulators (SOCS1 and 3) action, which were increased in transgenic. Also, a gene expression fall from the main structural muscle proteins (Acta1, myhc4 and mylz2) was observed, explaining the transgenic hypertrophy absence. However, the main myogenic regulatory factors (myod, myf5 and myog) expression rising explains the observed hyperplasia in histological analysis. Intending to verify how GHR overexpression has activated the myogenic regulatory factors (MRFs) transcription and, consequently, the hyperplasia, the mechanisms possibly involved in this process were studied. Among these, even the proliferative pathway (MEK/ERK) or the pathway related to protein synthesis (PI3K/Akt), did not presented gene expression altering. However, a gene expression rise in transporting proteins into nucleus (importins 1, 3 and 1) was observed, which may be understood as a correlation between MRFs activation and GHR transport into muscular cell’s nucleus. Therefore, it may be understood that hyperplasia and hypertrophy follow two distinct intracellular signaling pathways, both triggered by GH, but regulated by different mechanisms. These data may be important for aquiculture new transgenic lineages development.

Submitted by Biblioteca de Pós-Graduação em Geoquímica BGQ (bgq@ndc.uff.br) on 2017-09-04T17:31:07Z No. of bitstreams: 1 TESE_Viviane Figueiredo Souza versão final.pdf: 1973892 bytes, checksum: 8b1ac31fbe25c8a6584e68f8e3b8ff71 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-04T17:31:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE_Viviane Figueiredo Souza versão final.pdf: 1973892 bytes, checksum: 8b1ac31fbe25c8a6584e68f8e3b8ff71 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Universidade Federal Fluminense. Instituto de Química. Programa de Pós-Graduação em Geoquímica, Niterói, RJ / O nitrogênio (N) é um elemento imprescindível para todos os organismos do nosso planeta, entretanto o composto nitrogenado mais abundante, o gás dinitrogênio (N2), é assimilável apenas por poucos micro-organismos. Isso torna o N limitante, refletindo na sua disponibilização via mineralização de matéria orgânica (MO) e a nitrificação, que produzem amônio (NH4+) e nitrato (NO3-), respectivamente. Em solos, esses processos são regulados por fatores como conteúdo de MO e água no solo, pH e temperatura. Em ecossistemas florestais, tropicais e boreais, esses processos são muito relevantes e ainda pouco estudados, principalmente em áreas de floresta secundária sob influência de manejo. A mudança de uso do solo causa alterações na ciclagem e disponibilidade do N, nos fatores reguladores, e na emissão de óxido nitroso (N2O), um gás de efeito estufa. Padrões de recuperação florestal são bastante distintos entre diferentes florestas tropicais, como visto para floresta de Mata Atlântica e Amazônica, com taxas de mineralização em florestas jovens (10 anos) muito elevadas na Amazônia (20,9 μg N g-1 SWD d-1) e mais baixas na Mata Atlântica (3,2 μg N g-1 SWD d-1). Já a nitrificação teve um padrão semelhante, com baixas taxas em ambas as florestas jovens (0,6 6,8 μg N g-1 SWD d-1 na Mata Atlântica e Amazônia, respectivamente), o que indica uma ciclagem de N conservativa, evitando perdas via emissão de gás e lixiviação de NO3-. Entretanto, a emissão de N2O em área de restauração na Mata Atlântica foi maior do que na pristina (22 e 2,5 μg N2O-N g-1 SWD h-1, respectivamente) devido à maior temperatura do solo que estimula os processos microbianos produtores de N2O. Em termos de floresta pristina, a taxa de nitrificação foi bastante distinta entre a floresta de Mata Atlântica e Amazônica (0,08 e 15,9 μg N2O-N g-1 SWD h-1, respectivamente). Isso evidencia os diferentes fatores reguladores de cada região tropical, como regime de chuvas, composição vegetal, tipos de solo, etc. Em florestas boreais, foi visto que o conteúdo de MO e água do solo e o pH do solo são os principais reguladores, limitando a disponibilidade de N em florestas bem drenadas dominadas por coníferas, em comparação com florestas pouco drenadas dominadas por turfa. Dessa forma, verificamos que a mineralização e, principalmente, a nitrificação, são processos muito relevantes no controle de N, e mesmo em ecossistemas diferentes, os fatores reguladores muitas vezes são os mesmos. Isso evidencia a necessidade de mais estudos acerca da dinâmica do N nesses ambientes, principalmente em florestas em restauração / Nitrogen (N) is an essential element for all organisms; however, the most abundant nitrogen compound, dinitrogen (N2), is assimilable only by a few microorganisms. This makes N limiting, which reflects in its availability via organic matter (OM) mineralization and nitrification, which produce ammonium (NH4+) and nitrate (NO3-), respectively. In soils, these processes are regulated by factors such as OM and soil water content, pH and temperature. In forest ecosystems, tropical and boreal, these processes are very relevant and still poorly understood, especially in secondary forest previously deforested. The land use change causes alterations in cycling and availability of N, regulating factors, and emission of nitrous oxide (N2O), a greenhouse gas. Forest recovery patterns are quite distinct among different rainforests, as seen for Atlantic and Amazon rainforest, with very high levels of mineralization in young forests (10 years) in Amazonia (20.9 μg N2O-N g-1 SWD h-1) and low in the Atlantic Forest (3.2 μg N2O-N g-1 SWD h-1). Nitrification had a similar pattern between them, with low rates in both young forests (0.6 and 6.8 μg N2O-N g-1 SWD h-1 in the Atlantic and Amazon forest, respectively), indicating a conservative N cycling, avoiding losses through gas emission and NO3- leaching. However, the N2O emission in restoration area in the Atlantic Forest was higher than in pristine (22 and 2.5 μg N2O-N g-1 SWD h-1, respectively) due to the higher soil temperature, which stimulates microbial production of N2O. In terms of pristine forest, the nitrification rate was very different between the Atlantic forest and Amazonian forest (0.08 and 15.9 μg N2O-N g-1 SWD h-1, respectively), showing the different regulatory factors of each tropical region, such as rainfall regime, vegetal composition, soil types, etc. In boreal forests, OM, soil water content and soil pH were the main regulators, limiting the availability of N in conifer-dominated well-drained forests compared to peat-dominated poorly drained forests. In this way, we verified that mineralization and, mainly, nitrification are very relevant processes in the control of N, and even in extremely different ecosystems, the regulating factors are often the same. This evidences the need for more studies about N dynamics in these environments, especially in restoration forests