As enterocinas são compostos de natureza proteica que apresentam atividade antimicrobiana contra bactérias patogênicas e deteriorantes de alimentos. Sendo assim, 53 isolados de Enterococcus spp. de leite cru de búfala e fezes de lobos-marinhos foram triados através da técnica de dupla camada e 26 apresentaram atividade antimicrobiana contra Listeria monocytogenes. A presença dos genes entA, entB, entP e munKS foi avaliada por PCR e 10 isolados apresentaram o entB, um munKS e nenhum entA e entP. De 26 isolados foi produzido o sobrenadante livre de células para a avaliação da atividade e destes, somente E. mundtii (que apresentou o gene munKS) apresentou atividade contra L. monocytogenes. Este isolado foi suscetível aos antimicrobianos testados e foi negativo para os genes de virulência cylA, ace e asa e positivo para gelE. O sobrenadante livre de células de E. mundtii apresentou resistência a maioria dos solventes orgânicos testados, estabilidade ao aquecimento (121 °C por 15 min), a uma ampla faixa de pH e à estocagem por 30 dias a -20 °C, além do aumento da atividade com Tween 80. A sensibilidade a proteases confirmou a natureza proteica desse peptídeo. Foi realizada a curva de produção da mundticina, que começou na fase logarítmica e obteve sua atividade máxima na fase estacionária. Não foi observada a presença de plasmídeo sendo, portanto, considerado que o gene que expressa este peptídeo esteja presente no cromossomo. Os resultados obtidos nesse trabalho indicam que a mundticina possui potencial de aplicabilidade em novos estudos relacionados com bioconservantes. / Enterocins are proteic compounds that exhibit antimicrobial activity against spoilage and food borne pathogenic bacteria. Therefore, 53 Enterococcus spp. of raw milk from buffalo milk and feces of fur seals were screened by double-layer assay and 26 showed antimicrobial activity against L. monocytogenes. The presence of entA, entB, entP and munKS genes was assessed by PCR and 10 isolates showed the entB, one munKS and no entA and entP. From 26 isolates was produced cell-free supernatant for evaluating the activity; and only E. mundtii (who presented munKS gene) showed activity against L. monocytogenes. This isolate was susceptible to antimicrobials tested and was negative for virulence genes cylA, ace, asa and positive for gelE. Cellfree supernatant of E. mundtii showed resistance to most organic solvents tested, stability to heat (121 °C for 15 min), to a wide range of pH and to storage for 30 days at -20 °C, in addition, increase the activity with the addition of Tween 80. The sensibility to proteases confirmed the protein nature of this peptide. Mundticin production curve was performed, which began production in log phase and obtained its maximum activity in the stationary phase. The presence of plasmid was not observed, therefore, was considered the gene that expresses this peptide is present in the chromosome. The results obtained in this study indicate that the mundticin has potential applicability in new studies related biopreservatives.

Os Enterococcus spp. apresentam natureza ubiquitária e são encontrados no trato gastrointestinal de diversos animais. Entretanto, estudos desses microorganismos associados a tartarugas marinhas são escassos. Os objetivos deste estudo foram: isolar enterococos a partir de amostras fecais de tartarugas marinhas encontradas no Litoral Norte do Rio Grande do Sul; determinar a prevalência das espécies; avaliar seu perfil de suscetibilidade antimicrobiana; verificar a presença de genes relacionados à resistência e à virulência e; analisar sua diversidade genética. Um total de 158 enterococos foram identificados como E. faecalis (55,7%), E. faecium (23,4%), E. hirae (15,2%) e E. casseliflavus (5,7%). A maioria dos isolados foi suscetível aos antimicrobianos testados, no entanto, fenótipos de resistência foram encontrados para eritromicina (34,2%), rifampicina (32,9%) e tetraciclina (0,63%). O gene de resistência à eritromicina msrC foi encontrado em todos os E. faecium resistentes, já o gene erm(B), não foi detectado. Somente um isolado foi resistente à tetraciclina, e este não apresentou nenhum dos genes testados. Os genes de virulência, gelE e ace (98,86%), asa (68.18%) e cylA (40,90%) foram detectados somente em E. faecalis. A atividade de gelatinase e citolisina foi verificada em 87 e 19 isolados, respectivamente. A maioria dos enterococos não foi capaz de formar biofilme. A análise dos perfis gerados por PFGE revelou um grande número de clones. Em conclusão, diferentes espécies de enterococos compõem a microbiota do trato gastrointestinal das tartarugas marinhas e a presença de determinantes de resistência e virulência nestes animais pode estar relacionada a fatores antropogênicos ou, ainda, ter origem no resistoma ambiental. / Enterococcus spp. shows an ubiquitous nature and are found in the gastrointestinal tract of several animals. However, studies of enterococus in sea turtles are scarce The aims of this study were: to isolate Enterococcus spp. from fecal samples of sea turtle found on the North coast of Rio Grande do Sul; to determine the prevalence of species; to evaluate their antimicrobial susceptibility profile; to check the presence of resistance and virulence related genes and; to analyse their genetic diversity. A total of 158 enterococci were identified as E. faecalis (55.7%) E. faecium (23.4%), E. hirae (15.2 %) and E. casseliflavus (5.7%). Most of the isolates were susceptible to the tested antimicrobials, however, resistance phenotypes were found for erythromycin (34.2%), rifampicin (32.9%) and tetracycline (0.63%). The erythromycin resistance gene msrC was detected in all E. faecium erythromycin resistant; moreover, the gene erm (B) was not detected. Only one sample was resistant to tetracycline, although it did not show any of the tetracycline resistant genes tested. Virulence genes gelE and ace (98.86%), asa (68.18%) and cylA (40.90%) were detected only in E. faecalis. The cytolysin and gelatinase activity was observed in 19 and 87 strains, respectively. Most enterococci were not able to form biofilm. The profile analysis generated by PFGE revealed a large number of clones. In conclusion, different species of enterococci were found in the microflora of sea turtle gastrointestinal tract and the presence of resistance and virulence determinants in these animals might be related to anthropogenic factors or even to an environmental resistome origin.

A distribuição das espécies de enterococos, bactérias comensais do trato gastrointestinal (TGI), é bastante estudada nos diferentes mamíferos; entretanto, em lobos-marinhos (Arctocephalus spp.) ainda não existem dados. Os objetivos do estudo foram: a) isolar Enterococcus spp. a partir de amostras fecais de lobos-marinhos encontrados no litoral norte do Rio Grande do Sul; b) determinar a prevalência das espécies; c) avaliar o perfil de suscetibilidade antimicrobiana; d) verificar a presença de genes relacionados à resistência e à virulência e; e) analisar o perfil genotípico por RAPD-PCR. No total, 160 enterococos foram isolados e identificados como E. faecalis (50,62%), E. hirae (34,37%), E. casseliflavus (11,87%), E. gallinarum (1,87%), E. mundtii (0,62%) e E. faecium (0,62%). Noventa e três isolados foram sensíveis aos dez antimicrobianos testados. As propriedades de resistência foram encontradas para eritromicina (21,25%), nitrofurantoína (15,62%), tetraciclina (6,25%), norfloxacina (3,12%) e ciprofloxacina (3,12%). Dentre os 10 isolados resistentes à tetracilina, 3 apresentaram o gene tet(M) e nenhum o tet(L). Dos 34 resistentes à eritromicina, 2 apresentaram o gene erm(B). Quanto à presença dos genes de virulência, maior incidência foi observada para os genes ace (66,87%) e gelE (50,62%), seguidos por asa (11,87%) e cylA (2,5%). A atividade de gelatinase e citolisina indicou a presença de genes silenciosos. A análise do RAPD-PCR permitiu reunir os isolados em cinco grupos. Em conclusão, diferentes espécies de enterococos compõem a microbiota do TGI de lobos-marinhos e a presença de elementos de resistência e virulência podem estar relacionados a fatores antropogênicos ou ter origem no resistoma ambiental. / The species distribution of enterococci, commensal bacteria of the gastrointestinal tract (GIT), is well studied in different mammals, however in fur seals (Arctocephalus spp.) data do not exist yet. The objectives of this study were: a) to isolate Enterococcus spp. from fecal samples of fur seals found on the North coast of Rio Grande do Sul; b) to determine the prevalence of species; c) to assess the antimicrobial susceptibility profile; d) to check the presence of resistance and virulence related genes and; e) to evaluate the genotypic profile by RAPD-PCR. A total of 160 enterococci were isolated and identified as E. faecalis (50.62%), E. hirae (34.37%), E. casseliflavus (11.87%), E. gallinarum (1.87%), E. mundtii (0.62%), and E. faecium (0.62%). Ninety-three isolates were susceptible to 10 antimicrobials tested. Resistance properties were found for erythromycin (21.25%), nitrofurantoin (15.62%), tetracycline (6.25%), norfloxacin (3.12%), and ciprofloxacin (3.12%). Among the 10 isolates resistant to tetracycline, 3 harbored the tet(M) gene and none were positive to tet(L) gene. Among the 34 erythromycin-resistant isolates, 2 harbored the erm(B) gene. Regarding the virulence genes, a higher incidence was observed for the ace (66.87%) and gelE (50.62%), followed by asa (11.87%) and cylA (2.5%). Gelatinase and cytolysin activity indicated the presence of silent genes. Analysis of RAPD-PCR allowed to assemble the isolates into five groups. In conclusion, different species of enterococci are part of the fur seals GIT microbiota and the presence of resistance and virulence elements may be related to anthropogenic factors or origin in the environmental resistome.

A costa do Rio Grande do Sul recebe sazonalmente uma variedade de espécies marinhas que incluem aves, tartarugas e mamíferos. Entre elas, os lobos-marinhos são observados freqüentemente nas praias do litoral, principalmente durante os meses de inverno. Embora muitos destes animais procurem as praias para descansar, muitos deles chegam debilitados ou mortos. Estabelecer quais são os prováveis agentes microbiológicos que possam causar doenças nestes animais e seu potencial para transmissão de zoonoses é uma tarefa difícil pelos dados disponíveis. O objetivo deste estudo foi de aplicar uma análise metagenômica para caracterizar o viroma fecal de lobos-marinhos encontrados mortos ao longo da costa sul-rio-grandense. Duas espécies foram examinadas: o lobo-marinho-sul-americano (Arctocephalus australis) e o lobo-marinho-subantártico (Arctocephalus tropicalis). Dez amostras de fezes de A. australis (n=5) e A. tropicalis (n=5) foram coletadas dos intestinos de lobos-marinhos mortos e as partículas virais foram purificadas, extraídas e uma PCR randômica foi realizada. Os produtos amplificados foram seqüenciados por duas plataformas de seqüenciamento, Ion Torrent e Illumina, e os contigs foram submetidos ao BLASTx. Ambos os viromas foram predominados por bacterófagos, no entanto, vírus entéricos de eucariotos e potenciais novos vírus também foram encontrados. Seqüências de anelovírus, parvovírus e picornavírus foram identificadas nas duas espécies de lobos-marinhos. Seqüências de picobirnavírus e semelhantes a hepevírus foram identificadas em A. australis, enquanto sapovírus, rotavírus e sakobuvírus foram encontrados em A. tropicalis. Estes resultados contribuem para um maior entendimento dos vírus que circulam entre as populações de lobos-marinhos. / The Rio Grande do Sul coast, the southernmost state in Brazil, seasonally hosts numerous marine species, including birds, turtles and mammals. Among the marine mammals, the Subantarctic and South American fur seals are observed near and on-shore frequently, particularly during winter months. Although some reach the coast to rest, several are found dead or debilitated along the shore. Establishing microbial etiological agents of diseases and the potential for fur seals to serve as reservoirs of zoonotic diseases remains limited due to available data. The aim of this study was to apply a metagenomic approach to characterize the fecal virome of fur seals found dead along the Rio Grande do Sul coast. Two species were analyzed: the South American fur seal (Arctocephalus australis) and the Subantarctic fur seal (Arctocephalus tropicalis). Ten fecal samples from A. australis (n=5) and A. tropicalis (n=5) were collected from the intestines of dead fur seals and viral particles were purified, extracted and a random PCR was performed. The amplified products were sequenced through Ion Torrent and Illumina NGS platforms and assembled reads were subjected to BLASTx searches. Both viromes were dominated by bacteriophages, however, enteric and potentially novel eukaryotic viruses were also found. Sequences of anellovirus, parvovirus and picornavirus were identified in both fur seal species. Sequences of picobirnavirus and a hepevirus-like were identified in A. australis; while sapovirus, rotavirus and sakubovirus were found in A. tropicalis. These findings contribute to a better understanding of the viruses that occur in fur seal populations.

A costa do Rio Grande do Sul recebe sazonalmente uma variedade de espécies marinhas que incluem aves, tartarugas e mamíferos. Entre elas, os lobos-marinhos são observados freqüentemente nas praias do litoral, principalmente durante os meses de inverno. Embora muitos destes animais procurem as praias para descansar, muitos deles chegam debilitados ou mortos. Estabelecer quais são os prováveis agentes microbiológicos que possam causar doenças nestes animais e seu potencial para transmissão de zoonoses é uma tarefa difícil pelos dados disponíveis. O objetivo deste estudo foi de aplicar uma análise metagenômica para caracterizar o viroma fecal de lobos-marinhos encontrados mortos ao longo da costa sul-rio-grandense. Duas espécies foram examinadas: o lobo-marinho-sul-americano (Arctocephalus australis) e o lobo-marinho-subantártico (Arctocephalus tropicalis). Dez amostras de fezes de A. australis (n=5) e A. tropicalis (n=5) foram coletadas dos intestinos de lobos-marinhos mortos e as partículas virais foram purificadas, extraídas e uma PCR randômica foi realizada. Os produtos amplificados foram seqüenciados por duas plataformas de seqüenciamento, Ion Torrent e Illumina, e os contigs foram submetidos ao BLASTx. Ambos os viromas foram predominados por bacterófagos, no entanto, vírus entéricos de eucariotos e potenciais novos vírus também foram encontrados. Seqüências de anelovírus, parvovírus e picornavírus foram identificadas nas duas espécies de lobos-marinhos. Seqüências de picobirnavírus e semelhantes a hepevírus foram identificadas em A. australis, enquanto sapovírus, rotavírus e sakobuvírus foram encontrados em A. tropicalis. Estes resultados contribuem para um maior entendimento dos vírus que circulam entre as populações de lobos-marinhos. / The Rio Grande do Sul coast, the southernmost state in Brazil, seasonally hosts numerous marine species, including birds, turtles and mammals. Among the marine mammals, the Subantarctic and South American fur seals are observed near and on-shore frequently, particularly during winter months. Although some reach the coast to rest, several are found dead or debilitated along the shore. Establishing microbial etiological agents of diseases and the potential for fur seals to serve as reservoirs of zoonotic diseases remains limited due to available data. The aim of this study was to apply a metagenomic approach to characterize the fecal virome of fur seals found dead along the Rio Grande do Sul coast. Two species were analyzed: the South American fur seal (Arctocephalus australis) and the Subantarctic fur seal (Arctocephalus tropicalis). Ten fecal samples from A. australis (n=5) and A. tropicalis (n=5) were collected from the intestines of dead fur seals and viral particles were purified, extracted and a random PCR was performed. The amplified products were sequenced through Ion Torrent and Illumina NGS platforms and assembled reads were subjected to BLASTx searches. Both viromes were dominated by bacteriophages, however, enteric and potentially novel eukaryotic viruses were also found. Sequences of anellovirus, parvovirus and picornavirus were identified in both fur seal species. Sequences of picobirnavirus and a hepevirus-like were identified in A. australis; while sapovirus, rotavirus and sakubovirus were found in A. tropicalis. These findings contribute to a better understanding of the viruses that occur in fur seal populations.

As enterocinas são compostos de natureza proteica que apresentam atividade antimicrobiana contra bactérias patogênicas e deteriorantes de alimentos. Sendo assim, 53 isolados de Enterococcus spp. de leite cru de búfala e fezes de lobos-marinhos foram triados através da técnica de dupla camada e 26 apresentaram atividade antimicrobiana contra Listeria monocytogenes. A presença dos genes entA, entB, entP e munKS foi avaliada por PCR e 10 isolados apresentaram o entB, um munKS e nenhum entA e entP. De 26 isolados foi produzido o sobrenadante livre de células para a avaliação da atividade e destes, somente E. mundtii (que apresentou o gene munKS) apresentou atividade contra L. monocytogenes. Este isolado foi suscetível aos antimicrobianos testados e foi negativo para os genes de virulência cylA, ace e asa e positivo para gelE. O sobrenadante livre de células de E. mundtii apresentou resistência a maioria dos solventes orgânicos testados, estabilidade ao aquecimento (121 °C por 15 min), a uma ampla faixa de pH e à estocagem por 30 dias a -20 °C, além do aumento da atividade com Tween 80. A sensibilidade a proteases confirmou a natureza proteica desse peptídeo. Foi realizada a curva de produção da mundticina, que começou na fase logarítmica e obteve sua atividade máxima na fase estacionária. Não foi observada a presença de plasmídeo sendo, portanto, considerado que o gene que expressa este peptídeo esteja presente no cromossomo. Os resultados obtidos nesse trabalho indicam que a mundticina possui potencial de aplicabilidade em novos estudos relacionados com bioconservantes. / Enterocins are proteic compounds that exhibit antimicrobial activity against spoilage and food borne pathogenic bacteria. Therefore, 53 Enterococcus spp. of raw milk from buffalo milk and feces of fur seals were screened by double-layer assay and 26 showed antimicrobial activity against L. monocytogenes. The presence of entA, entB, entP and munKS genes was assessed by PCR and 10 isolates showed the entB, one munKS and no entA and entP. From 26 isolates was produced cell-free supernatant for evaluating the activity; and only E. mundtii (who presented munKS gene) showed activity against L. monocytogenes. This isolate was susceptible to antimicrobials tested and was negative for virulence genes cylA, ace, asa and positive for gelE. Cellfree supernatant of E. mundtii showed resistance to most organic solvents tested, stability to heat (121 °C for 15 min), to a wide range of pH and to storage for 30 days at -20 °C, in addition, increase the activity with the addition of Tween 80. The sensibility to proteases confirmed the protein nature of this peptide. Mundticin production curve was performed, which began production in log phase and obtained its maximum activity in the stationary phase. The presence of plasmid was not observed, therefore, was considered the gene that expresses this peptide is present in the chromosome. The results obtained in this study indicate that the mundticin has potential applicability in new studies related biopreservatives.

A distribuição das espécies de enterococos, bactérias comensais do trato gastrointestinal (TGI), é bastante estudada nos diferentes mamíferos; entretanto, em lobos-marinhos (Arctocephalus spp.) ainda não existem dados. Os objetivos do estudo foram: a) isolar Enterococcus spp. a partir de amostras fecais de lobos-marinhos encontrados no litoral norte do Rio Grande do Sul; b) determinar a prevalência das espécies; c) avaliar o perfil de suscetibilidade antimicrobiana; d) verificar a presença de genes relacionados à resistência e à virulência e; e) analisar o perfil genotípico por RAPD-PCR. No total, 160 enterococos foram isolados e identificados como E. faecalis (50,62%), E. hirae (34,37%), E. casseliflavus (11,87%), E. gallinarum (1,87%), E. mundtii (0,62%) e E. faecium (0,62%). Noventa e três isolados foram sensíveis aos dez antimicrobianos testados. As propriedades de resistência foram encontradas para eritromicina (21,25%), nitrofurantoína (15,62%), tetraciclina (6,25%), norfloxacina (3,12%) e ciprofloxacina (3,12%). Dentre os 10 isolados resistentes à tetracilina, 3 apresentaram o gene tet(M) e nenhum o tet(L). Dos 34 resistentes à eritromicina, 2 apresentaram o gene erm(B). Quanto à presença dos genes de virulência, maior incidência foi observada para os genes ace (66,87%) e gelE (50,62%), seguidos por asa (11,87%) e cylA (2,5%). A atividade de gelatinase e citolisina indicou a presença de genes silenciosos. A análise do RAPD-PCR permitiu reunir os isolados em cinco grupos. Em conclusão, diferentes espécies de enterococos compõem a microbiota do TGI de lobos-marinhos e a presença de elementos de resistência e virulência podem estar relacionados a fatores antropogênicos ou ter origem no resistoma ambiental. / The species distribution of enterococci, commensal bacteria of the gastrointestinal tract (GIT), is well studied in different mammals, however in fur seals (Arctocephalus spp.) data do not exist yet. The objectives of this study were: a) to isolate Enterococcus spp. from fecal samples of fur seals found on the North coast of Rio Grande do Sul; b) to determine the prevalence of species; c) to assess the antimicrobial susceptibility profile; d) to check the presence of resistance and virulence related genes and; e) to evaluate the genotypic profile by RAPD-PCR. A total of 160 enterococci were isolated and identified as E. faecalis (50.62%), E. hirae (34.37%), E. casseliflavus (11.87%), E. gallinarum (1.87%), E. mundtii (0.62%), and E. faecium (0.62%). Ninety-three isolates were susceptible to 10 antimicrobials tested. Resistance properties were found for erythromycin (21.25%), nitrofurantoin (15.62%), tetracycline (6.25%), norfloxacin (3.12%), and ciprofloxacin (3.12%). Among the 10 isolates resistant to tetracycline, 3 harbored the tet(M) gene and none were positive to tet(L) gene. Among the 34 erythromycin-resistant isolates, 2 harbored the erm(B) gene. Regarding the virulence genes, a higher incidence was observed for the ace (66.87%) and gelE (50.62%), followed by asa (11.87%) and cylA (2.5%). Gelatinase and cytolysin activity indicated the presence of silent genes. Analysis of RAPD-PCR allowed to assemble the isolates into five groups. In conclusion, different species of enterococci are part of the fur seals GIT microbiota and the presence of resistance and virulence elements may be related to anthropogenic factors or origin in the environmental resistome.

Orientador: Fosca Pedini Pereira Leite / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-04T02:55:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jacobucci_GiulianoBuza_D.pdf: 1825770 bytes, checksum: f15b11ef151e07f396cce5b05df8e976 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Investigou-se neste estudo aspectos da interação macrófita-epífitas-anfípodes herbívoros em bancos de Sargassum spp. do litoral norte do Estado de São Paulo. Foi avaliada a relação da variação temporal de Sargassum filipendula e das algas epífitas com parâmetros ambientais locais como temperatura, sedimento, hidrodinamismo e nutrientes. A densidade dos anfípodes associados a S. filipendula foi registrada ao longo de doze meses visando-se relacioná-la às variações das algas. Um experimento com câmaras de exclusão foi utilizado para avaliar a influência de anfípodes ampitoídeos e hialídeos sobre S. filipendula e a epífita Hypnea musciformis. Os dados obtidos sugerem que a temperatura possa ser um fator restritivo ao crescimento de S. filipendula e que a variação da concentração de nitrito afetaria o desenvolvimento das epífitas. A correlação negativa entre as biomassas de S. filipendula e das epífitas indica que estas possam ter um efeito deletério sobre a alga que lhes serve de substrato. A densidade dos anfípodes é bastante variável ao longo do ano e deve estar relacionada às características particulares de história de vida de cada espécie. Os experimentos indicaram remoção significativa de H. musciformis pelos ampitoídeos. A influência do epifitismo na ocorrência das quatros espécies herbívoras Hyale nigra, Ampithoe ramondi, Cymadusa filosa e Sunampithoe pelagica foi avaliada comparando-se três praias e frondes distintas em cada uma das praias. Quantificou-se o consumo de Sargassum spp., H. musciformis, Dictyopteris delicatula e Dictyota cervicornis pelos anfípodes através de experimentos em laboratório. Notou-se uma relação direta entre a densidade dos anfípodes e a carga de epífitas das frondes de Sargassum spp. resultante, ao menos parcialmente, da utilização dessas algas como recurso alimentar. Diferenças de representatividade dos anfípodes entre praias não são devidas exclusivamente ao epifitismo e devem estar relacionadas a outros fatores como hidrodinamismo e poluição. Para se estimar o impacto em campo dos anfípodes sobre o desenvolvimento de Sargassum e suas epífitas caracterizou-se a estrutura populacional das espécies e quantificou-se o consumo de indivíduos de diferentes tamanhos. Os resultados obtidos indicam que os impactos de herbivoria causados por esses anfípodes ao longo do ano variam em função da espécie e do tamanho dos organismos / Abstract: This study examined macrophyte-epiphyte-herbivore amphipod interactions on Sargassum beds on northern shores of São Paulo state. The relationships among temporal fluctuations of Sargassum filipendula and its epiphytes with local environmental factors such as temperature, sedimentation and hydrodynamics were evaluated. Amphipod density was registered along twelve months and possible relations to algal fluctuations were analysed. An exclusion chamber assay was performed to assess ampithoid and hyalid amphipod grazing on S. filipendula and on its epiphyte Hypnea musciformis. The data obtained suggest that temperature can limit S. filipendula growth and that nitrite concentration on water affects epiphyte development. The negative correlations between S. filipendula and epiphyte biomass indicate possible detrimental effects on the host alga. Amphipod density variability is probably related to life history differences among species. The exclusion chamber experiment demonstrates significant grazing by ampithoids on H. musciformis. The epiphyte influence on the occurrence of herbivore amphipod Hyale nigra, Ampithoe ramondi, Cymadusa filosa e Sunampithoe pelagica was evaluated comparing three rocky shores and algal fronds from each Sargassum bed. Amphipod grazing on Sargassum spp., H. musciformis, Dictyopteris delicatula and Dictyota cervicornis was measured by laboratory feeding assays. The direct relationship observed between amphipod density and epiphyte load is probably related to the algal food value. Amphipod density differences among shores are not only due to epiphytism. Other factors such as hydrodynamics and pollution could be envolved. Field estimates of amphipod grazing on S. filipendula and its epiphytes were obtained describing the amphipod population structure and the grazing rates different size individuals. Results suggest that grazing impact over the year is a function of amphipod species and size / Doutorado / Ecologia / Mestre em Ecologia

Orientador: Marcelo Antonio Amaro Pinheiro / Banca: Maria Helena de Arruda Leme / Banca: Evandro Severino Rodrigues / Banca: Carolina Pacheco Bertozzi / Banca: Ursulla Pereira Souza / Resumo: Os estuários estão entre as áreas mais produtivas do planeta, sendo fundamentais ao ciclo de vida de muitas espécies e detentoras de elevado valor agregado. O Sistema Estuarino de Santos-São Vicente (SES) é conhecido por seu histórico de degradação ambiental, pela presença de uma expressiva área portuária, industrial, moradias ilegais (palafitas), além da descarga de esgoto e emprego para atividades pesqueiras. Apesar de sua intensa ocupação, poucos estudos têm sido efetuados sobre sua fauna aquática, em especial sobre a ictio e carcinofauna. Desta forma, a fauna de peixes e crustáceos foi avaliada com o intuito de inferir sobre o status de qualidade ambiental deste estuário. Foram realizadas coletas mensais por arrasto, durante dois anos, em nove áreas com diferentes pressões antropogênicas. Neste período, foram coletadas 93 espécies de peixes e 24 de crustáceos, com 12.170 e 2.164 indivíduos, respectivamente. Duas espécies de peixes apresentaram abundância muito superior às demais: Diapterus rhombeus (carapeba; Gerreidae) e Genidens genidens (bagre; Ariidae), representando 57% da abundância; o mesmo ocorreu com os crustáceos, no caso com apenas uma espécie, Callinectes danae (siri azul; Portunidae), que representou 58% da abundância destes artrópodos. Em relação a densidade dos peixes em sua maioria foram marinho-migrantes (57%), ocupando principalmente a área do alto estuário com grande abundância e baixa biomassa proporcional, em segundo lugar foram estuarino-residentes ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The estuaries are one of the most productive place on planet, essential to the life cycle of many species and high earned value. The Santos-São Vicente Estuary System (SES) is known for its history of environmental degradation, the presence of a significant harbor area, industrial, irregular dwellings (stilt houses), as well as the sewage discharge and employment for fishing activities. Despite its history, few studies about aquatic fauna have been made, especially about the ichthyo and carcinofauna. Because of that fishes and crustaceans was evaluated in order to analyse the environmental quality status of the estuary. Sampling was carried out for two years in 9 stations with differents anthropogenic pressures. A total of 12,170 fishes and 2,164 crustaceans from 93 and 24 taxas, respectively were captured. Two fishes, Diapterus rhombeus and Genidens genidens and one crustacean, Callinectes danae, showed high abundance (57% and 58% of total). For fishes, the major density was marinemigrants (57%), mainly on the high estuary with high abundance and low proportional biomass, the second guild were the estuarine-residents (31%), mostly on the main channels. The SES was classified as moderately impacted, the entrance of Harbor Channel showed the highest diversity in contrast of the high estuarine area. The hypothesis of local impacts over community was reject, the communities in general seem to be adapted by the existing pressures. The increase of anthropic pressure in the SES is a reality due to the port activities and human population density, for that reason an effective and long-term monitoring of aquatic fauna is recomended that continuously assesses the magnitude and variation (Spatial and Temporal) of anthropic impacts / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-05Bitstream added on 2014-06-13T19:12:48Z : No. of bitstreams: 1 ribeiro_ao_me_botib.pdf: 1200014 bytes, checksum: e1f590cd087700ef38c4458945aa5242 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Impactos antropogênicos são uma ameaça crescente para a diversidade de peixes, especialmente em áreas próximas a grandes centros urbanos, e muitas ações efetivas de conservação dependem da identificação acurada de espécies. Considerando a utilidade do DNA barcoding como um sistema global de identificação e descoberta de espécies, o presente estudo intenta compilar uma biblioteca referência de sequências barcode para os peixes marinhos das regiões Sudeste e Sul do Brasil, com ênfase no estado de São Paulo. O fragmento barcode padrão de 652 pares de bases do gene citocromo c oxidase subunidade I (COI) foi amplificado por PCR e sequenciado bidirecionalmente para 875 indivíduos pertencentes a 156 espécies. A análise de neighbor-joining revelou que esta abordagem discrimina sem ambiguidade 93,6% das espécies analisadas. A maioria das espécies exibiu baixas distâncias genéticas intraespecíficas (0,40%), cerca de 30 vezes menor que a distância entre espécies congenéricas. Seis espécies apresentaram divergências intraespecíficas entre 2,03 e 12,63%, sugerindo diversidade subestimada. Notavelmente, apenas dois pares de espécies apresentaram divergência menor que 2% entre elas. Esta biblioteca é um primeiro passo para conhecer melhor a diversidade molecular das espécies de peixes marinhos do Sudeste e do Sul do Brasil, fornecendo subsídios para estudos posteriores sobre esta fauna — aumenta a capacidade de identificar as espécies a partir de todos os estágios de vida e mesmo a partir de fragmentos, abre caminhos para uma melhor compreensão acerca das interações entre espécies, auxilia na calibração das estimativas de composição e riqueza das espécies de um ecossitema, e fornece ferramentas para a autenticação de bioprodutos e para o monitoramento da exploração ilegal de espécies / Anthropogenic impacts are an increasing threat to the diversity of fishes, especially in areas around large urban centers, and many effective conservation actions depend on accurate species identification. Considering the utility of DNA barcoding as a global system for species identification and discovery, the present study aims to assemble a DNA barcode reference sequence library for marine fishes from the Southeast and South regions of Brazil, with emphasis on the São Paulo state. The standard 652 base-pair ‘barcode’ fragment of the cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene was PCR amplified and bi-directionally sequenced from 875 individuals belonging to 156 species. A neighbor-joining analysis revealed that this approach can unambiguously discriminate 93.6% of the species surveyed. Most species exhibited low intra-specific genetic distances (0.40%), about 30-fold less than the distance among species within a genus. Six species showed intra-specific divergences ranging from 2.03 to 12.63%, suggesting overlooked diversity. Notably, just two species-pairs exhibited barcode divergences of less than 2%. This library is a first step to better know the molecular diversity of marine fish species from the Southeast and South regions of Brazil, providing subsidies for further studies in this fauna ― extending the ability to identify these species from all life stages and even fragmentary remains, setting the stage for a better understanding of interactions among species, calibrating estimatives about species composition and richness in an ecosystem, and providing tools for authenticating bioproducts and monitoring illegal species exploitation