Made available in DSpace on 2016-02-05T18:30:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-02. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:34:13Z : No. of bitstreams: 1 000857534.pdf: 1229333 bytes, checksum: 4a0683950d7b91d5ae07474bfd3e39ef (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado do Piauí (FAPEPI) / Interações insetos/micro-organismos são amplas e ocorrem das mais diversas maneiras, com as bactérias simbiontes de insetos desempenhando vários papéis, na maioria desconhecidos, na biologia do hospedeiro. O que se considerava apenas um único organismo eucariótico é na verdade um agregado de vários diferentes organismos, o que levou a uma mudança na maneira de se estudar esses organismos, culminando em uma abordagem mais holística. Dentro desse vasto mundo, relativamente pouco conhecido dos micro-organismos em associação com insetos, estão as bactérias do gênero Wolbachia (Classe Alphaproteobacteria, Ordem Rickettsiales), amplamente distribuídas nos artrópodes e transmitidas maternalmente, causadoras de diversas alterações reprodutivas no hospedeiro, sendo que sua ocorrência em populações naturais pode ser de grande interesse no controle biológico. A distribuição dessas bactérias em formigas é pouco explorada e existe carência de informações sobre a interação com formigas do gênero Solenopsis, que inclui espécies nativas da América do Sul. Este gênero possui espécies distribuídas de forma cosmopolita e no Brasil estão amplamente disseminadas, associadas preferencialmente a áreas de atividade humana. Este trabalho teve como objetivo analisar a diversidade genética da Wolbachia de amostras de ninhos de populações nativas de espécies do gênero Solenopsis, através do sequenciamento de cinco genes que compõe o multilocus de Wolbachia, além do gene wsp, a fim de caracterizar as cepas e estabelecer inferências filogenéticas entre elas. Além disso, testar as hipóteses de coevolução entre as cepas e as formigas e de recombinação entre as cepas encontradas. Com o sequenciamento e análises dos cinco genes que compõem o multilocus de Wolbachia (gatB, coxA, hcpA, ftsZ e fbpA), totalizando 2079 pb, destacam-se os seguintes resultados: i. o registro de 15 novas cepas; ii. o registro de 11 alelos... / Insects/microorganisms interactions are broad and occurs in many different ways with symbiont bacteria of insects playing many roles, most unknown, on the biology if its host. What was considered a single eukaryotic organism is actually an aggregate of many different organisms which lead to a change in the way we study organisms, leading to a more holistic approach. Within this vast but relatively unknown world of microorganisms in association with insects are the bacteria of the genus Wolbachia (Class Alphaproteobacteria, Order Rickettsiales) widely distributed in arthropods and maternally transmitted, causing several reproductive alterations in the host, and their occurrence in natural populations being of great interest in the biological control of insects. Its distribution in ants is poorly explored and little is known about the interaction with the Solenopsis genus which includes native species from South America. This genus includes species cosmopolitan distributed and in Brazil they are widely distributed being preferentially associated with areas of human activity. This study aimed to analyze the genetic diversity of samples of nests from native populations of Solenopsis species infected by Wolbachia by sequencing the five genes comprising the Wolbachia multilocus, and also the wsp gene in order to characterize the strains and establish phylogenetic inferences between them. Furthermore test the hypothesis of coevolution between ants and its Wolbachia strains and recombination between found strains. With the sequencing and analysis of five genes comprising the Wolbachia multilocus (gatB, coxA, hcpA, ftsZ e fbpA) totaling 2079 bp the following results are highlighted: i. the record of 15 previously unknown new strains, ii. the record of 11 previously unknown new alleles, iii. phylogenetic relationship between the strains found here presents a polyphyletic pattern, indicative of the complexity of the evolutionary history of strains ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-25Bitstream added on 2014-06-13T18:53:56Z : No. of bitstreams: 1 roxo_ff_me_botib.pdf: 4492015 bytes, checksum: 64d4acdcf86b743022114254d49de6c4 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Estudos morfológicos e moleculares direcionados a indivíduos da família Loricariidae, popularmente conhecidos com cascudos, têm revelado incertezas nos padrões de relacionamentos de algumas de suas subfamílias. Baseado nestes questionamentos foi realizado uma análise filogenética incluindo representantes de todos os gêneros da subfamília Neoplecostominae. Tal análise, baseada em Máxima Parcimônia, Análise Bayesiana e Análise de Distancia Genética (Neighbor-joining) foi executada em uma matriz de 4676 caracteres com sequências parciais dos genes COI, CytB, 16S rRNA, 12S rRNA e F-4 Reticulon. Nesta matriz 1155 caracteres apresentaram-se informativos nas análises de parcimônia. Como grupos externos foram utilizadas as espécies Hemipsilichthys gobio e Hemipsilichthys papilatus, subfamília Delturinae, amostras de Hypostomus nigromaculatus (subfamília Hypostominae), Hypoptopoma inexpectatum (subfamília Hypoptopomatinae) e Corumbataia cuestae (subfamília Otothyrinae). Segundo proposta recente de relações na família Loricariidae o gênero Pseudotocinclus foi incluído nas análises. Os resultados mostraram que a subfamília Neoplecostominae é monofilética, com sua atual composição, incluindo Pseudotocinclus. Três subgrupos foram reconhecidos no grupo interno. O primeiro é formado pelas espécies Pareiorhina carrancas, uma nova espécie de Pareiorhina (Pareiorhina sp. 1), um novo gênero de Neoplecostominae e as espécies do gênero Neoplecostomus exceto Neoplecostomus ribeirensis. O segundo pelos gêneros... / Morphological and molecular studies of samples of the family Loricariidae revealed that the relationship between it members are not well resolved. Based on this fact, in the present work we realized an analysis including samples of all genera of the subfamily Neoplecostominae. The analysis based in Maxima Parsimonious, Bayesian Analysis and Genetic Distance (Neighbor-joining) in a matrix of 4676 characters with partial sequences of the genes COI, CytB, 16S rRNA, 12S rRNA and F-4 Reticulon. In this matrix 1155 characters was parsimonious informative. We used as outgroups samples of the species Hemipsilichthys gobio and Hemipsilichthys papilatus (subfamily Delturinae), Hypostomus nigromaculatus (subfamily Hypostominae), Hypoptopoma inexpectatum (subfamily Hypoptopomatinae), and Corumbataia cuestae (subfamily Otothyrinae). Following recent results about the relationship of the family Loricariidae the genus Pseudotocinclus was included in the present analysis. The results showed that the subfamily Neoplecostominae is monophyletic, including Pseudotocinclus. Three subgroups were recognized. The first one is composed by the species Pareiorhina carrancas, Pareiorhina sp. 1 (new species), a new genus of Neoplecostominae and all species of Neoplecostomus genus except Neoplecostomus ribeirensis. The second group is composed by Kronichthys, Isbrueckerichthys and Pareiorhaphis genera and the species Neoplecostomus ribeirensis. Kronichthys formed sister group with Pareiorhaphis and these two formed sister group with Isbrueckerichthys plus Neoplecostomus ribeirensis. The third group is the most basal found in the subfamily Neoplecostominae, composed by the species Pareiorhina rudolphi, Pareiorhina sp. 2, Pseudotocinclus juquiae and Pseudotocinclus tietensis. Thus, the genera Pareiorhina and Neoplecostomus do not appeared monophyletic, and we found ... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-06-26Bitstream added on 2014-06-13T19:21:41Z : No. of bitstreams: 1 chiachio_mc_dr_botib.pdf: 6789971 bytes, checksum: 12de89f30c69a02247c54be3362098d0 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A subfamília Hypoptopomatinae, considerada monofilética desde a sua descrição, incluí cerca de 100 espécies distribuídas em 17 gêneros que se dividem atualmente em duas tribos, Hypoptopomatini e Otothyrini. A tribo Hypoptopomatini é composta pelos gêneros Acestridium, Hypoptopoma, Oxyropsis, Niobichthys, Nannoptopoma e Otocinclus e a tribo Otothyrini por Corumbataia, Eurycheilichthys, Epactionotus, Hisonotus, Microlepidogaster, Otothyris, Otothyropsis, Parotocinclus, Pseudotocinclus, Pseudotothyris e Schizolecis. Os Hypoptopomatinae apresentam tamanho pequeno a moderado e geralmente compartilham uma fisionomia adulta distinta para Loricariidae. Diferentes estudos realizados nos últimos anos apontam a necessidade de novas reconstruções filogenéticas para a subfamília, devido a evidências levantadas por diferentes metodologias de análises que não corroboram o monofiletismo para o grupo em questão. Baseado nesses questionamentos, o presente trabalho objetivou realizar uma análise filogenética baseada em caracteres moleculares englobando o maior número de gêneros da subfamília Hypoptopomatinae, e de seus gêneros diretamente relacionados, a fim de se testar o monofiletismo para o grupo. Nossos resultados, baseados em sequências parciais do gene nuclear F-Reticulon4 e dos genes mitocondriais Citocromo oxidase I e 16S rRNA, não corroboram a hipótese de que Hypoptopomatinae é um grupo monofilético, quando os dados foram analisados por Máxima Parcimônia e Análise Bayesiana, devido a inclusão dos representantes de Neoplecostominae entre as duas tribos Otothyrini e Hypoptopomatini. Analisando as topologias obtidas para as tribos de Hypoptopomatinae, evidenciamos o monofiletismo para Hypoptopomatini, tendo Otocinclus como gênero basal para o grupo. 0 mesmo não pôde ser encontrado para Otothyrini devido à exclusão do gênero Pseudotocinclus que aparece mais relacionado à Neoplecostominae em todas as análises realizadas. / not available

Resumo: Stenonartonia é um gênero neotropical restrito a regiões com floresta da América do Sul ao leste dos Andes. Os seus membros podem ser reconhecidos pelo primeiro tergo metassomal sub-peciolado assim como carenado transversalmente; a válvula propodeal lamelar translúcida bem desenvolvida e contínua com a lamela apical do propódeo que também é desenvolvida e translúcida; a redução da abertura da fossa axilar, devida à expansão interna da crista escutelar e o do painel lateral da axila; a existência de pelo menos uma pequena fóssula axilar anterior vizinha à paratégula; a presença de duas pequenas fóveas próximas uma da outra e posicionadas à meia distânçia entre os ocelos posteriores e o occipício numa área mais ou menos plana de forma semielíptica com escultura e pilosidade diferenciada no vértice da fêmea; o metanoto com uma linha transversal de dentes e o propódeo simples, livre de carenas ou lamelas além da carena medial. Outros caracteres úteis incluem a redução ou desaparecimento das carenas occipital e epicnemial; a presença de carena pretegular; a ausência de notaulos, as tégulas fusiformes não expandidas e com o ápice posterior agudo, decotado e ligeiramente torcido para dentro no nível da paretégula; a margem simples dos tergos e esternos metassomais e a ausência de projeção ou superfície truncada sub-basal no segundo esterno metassomal. O gênero é revisado aqui totalizando 13 espécies, incluindo 8 espécies novas e 3 novas combinações para espécies já conhecidas: S. polybioides (Schulthess) n. comb., S. mimica (Kohl) n. comb., S. flavotestacea (Giordani Soika) n. comb., S. hasyva n. sp., S. cooperi n. sp., S. guaraya n. sp., S. rejectoides n. sp., S. occipitalis n. sp., S. tanykaju n. sp., S. hermetica n. sp. e S. grossa n. sp. São fornecidas neste trabalho uma chave de identificação, descrições completas, ilustrações das estruturas morfológicas e mapas de distribuição para todas as espécies. As hipóteses de relacionamento filogenético para as espécies de Stenonartonia foram reconstruídas com base em 82 aracteres morfológicos. Vinte terminais foram incluídos, treze deles pertencendo ao grupo estudado e sete pertencendo aos grupos externos. Dois esquemas de pesagem dos caracteres, igual e implícita, foram implementados nas análises, resultando cada um deles numa única árvore, diferindo uma topologia da outra somente pela posição relativa de duas espécies na base de um dos grupos de espécies reconhecidos. A análise corrobora a monofilia de Stenonartonia e permite reconhecer três grupos de espécies dentro do gênero.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-22Bitstream added on 2014-06-13T21:07:57Z : No. of bitstreams: 1 abe_kt_dr_botib.pdf: 4152827 bytes, checksum: 7b9ae47b515068c8a1fd1fa83a78bd1c (MD5) / A família Characidae é o grupo mais especioso entre os Characiformes, abrangendo cerca de 1100 espécies válidas, divididas em 14 subfamílias e com diversos gêneros considerados incertae sedis. A subfamília Bryconinae incluí 43 espécies válidas sendo que 41 pertencem ao gênero Brycon, uma ao gênero Henochilus e uma ao gênero Chilobrycon. Os peixes do gênero Brycon estão entre os mais importantes na pesca amadora e profissional de água doce da América do Sul. Apesar da importância econômica e ecológica das espécies dessa subfamília, ainda há resultados controversos presentes na literatura quanto à sua composição, conhecimento da relação entre seus componentes e de seu relacionamento com outros Characiformes. Para tentar resolver essas questões, o presente trabalho tem como objetivo elaborar e testar hipóteses de relacionamento das espécies dos diferentes gêneros dessa subfamília e desta com outros grupos de Characidae e Characiformes. Sequências parciais de dois genes mitocondriais (16S RNA e Citocromo b) e três genes nucleares (Myh6, Rag1 e Rag2) foram obtidas de 231 espécies, incluindo 230 Characiformes e 1 Cypriniformes, totalizando uma matriz total de 4684pb. As análises filogenéticas foram conduzidas pelo método de Máxima Parcimônia, Máxima Verossimilhança e Análise Bayesiana. Todos os métodos filogenéticos apontaram para o mesmo resultado: Bryconinae mais os representantes do gênero Salminus formaram o grupo irmão de Gasteropelecidae, diretamente relacionados às subfamílias de Characidae: Agoniatinae, Clupeacharacinae e Triportheinae e também aos gêneros Engraulisoma e Lignobrycon. A subfamília Bryconinae e o gênero Brycon não são monofiléticos, assim como os grupos cis e transandinos de Brycon. Salminus apareceu entre as amostras de Brycon. Chilobrycon pertence a um clado formado por espécies de Brycon trans-andinas... / The family Characidae is the richest group among Characiformes, comprising about 1100 valid species, divided in 14 subfamilies and several genera considered incertae sedis. Among Characidae, the subfamily Bryconinae includes 43 valid species; among which 41 belong to the genus Brycon, one to the genus Henochilus and one to the genus Chilobrycon. In spite of the economic and ecological importance of the species of the subfamily Bryconinae, its phylogeny, classification and composition are not yet well solved. The main objective of this study was to test the hypothesis of relationship of the Bryconinae with other group of Characidae and Characiformes. Partial sequences of two mitochondrial genes (cytochrome b and 16S RNA) and three nuclear genes (Myh6, RAG1 and RAG2) were obtained from 231 species, including 230 Characiformes and one Cypriniformes, resulting in a matrix of 4684 pb. Phylogenetic analysis were conducted by the methods of Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian analysis. In all phylogenetic analysis we achieved the same result: Bryconinae and the genus Salminus formed the sister group of Gasteropelecidae directly related to the Characidae subfamilies Agoniatinae, Clupeacharacinae, and Triportheinae and also to the genera Engraulisoma and Lignobrycon. The subfamily Bryconinae and Brycon are not monophyletic, as well as the cis- and trans-Andean groups. Salminus appeared between samples of Brycon. Chilobrycon is related to some trans-Andean species of Brycon. B. moorei (trans-Andean) is related of the species found in the Amazonas, São Francisco and Paraná Basis. Henochilus wheatlandii is sister-group of species of the coastal rivers of eastern Brazil. Some aspects related to the composition of Bryconinae as well as the groups distribution are discussed in the text

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-21Bitstream added on 2014-06-13T21:07:59Z : No. of bitstreams: 1 santos_gsa_dr_botib.pdf: 5276129 bytes, checksum: e8b76a4e6816319da11425a7e1026aa1 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Entre os Ostariophysi, os Characiformes são peixes exclusivamente de água doce e encontram-se distribuídos nas Américas e na África, atingindo maior diversidade nas principais drenagens neotropicais. Esta ordem compreende cerca de 2000 mil espécies, dividida em 18 famílias, sendo quatro africanas e as demais neotropicais. A família Characidae é o grupo mais especioso entre os Characiformes, abrangendo cerca de 1100 espécies válidas, divididas em 14 subfamílias e com diversos gêneros considerados incertae sedis. Ao longo dos anos essa família vem sofrendo várias modificações na sua classificação, mas muito pouco se conhece sobre as relações filogenéticas de seus membros constituintes. A própria monofilia da família ainda é muito discutida. O objetivo principal do presente trabalho foi testar a hipótese segundo a qual a família Characidae é monofilética, através da análise de sequências de DNA mitocondrial (16S, Citocromo B e ATPase 8/6) e nuclear (Rag1, Rag2, Myh6, Sreb2 e Glyt) de representantes de cada uma das subfamílias de Characidae, de gêneros considerados incertae sedis em Characidae, de todas as demais famílias de Characiformes e de representantes de Cypriniformes (como grupo externo). O monofiletismo de Characiformes é confirmado no presente estudo, corroborando vários estudos anteriores. As 14 subfamílias reconhecidas em Characidae, não formam um grupo monofilético, em nenhuma das filogenias geradas (máxima verossimilhança, máxima parcimônia e análise Bayesiana), refutando a hipótese de monofilia de Characidae. Por outro lado, muitos grupos monofiléticos foram identificados em Characiformes, inclusive um grupo de caracídeos que é identificado como família Characidae, monofilética / Among the Ostariophysi, Characiformes are exclusively freshwater fish distributed in the Americas and Africa, reaching the greatest diversity in the major drainages in the neotropics. This order comprises some 2,000 species, divided into 18 families, being four African and the remaining Neotropical. The family Characidae is the richest group among Characiformes, comprising about 1100 valid species, divided in 14 subfamilies and several genera considered incertae sedis. Over the years this family has suffering several modifications in its classification, but very little is known about the phylogenetic relationships of its members. Even the monophyly of the family is still debated. The main objective of this study was to test the hypothesis that the family Characidae is monophyletic, through of analysis of mitochondrial DNA sequences (16S, Cytochrome B, and ATPase 8/6) and nuclear sequences (RAG1, RAG2, Myh6, Sreb2, and Glyt) of representatives of all the subfamilies of Characidae, of genera considered incertae sedis in Characidae, of representatives of all remained families of Characiformes, and representatives of Cypriniformes, as outgroup. The monophyly of Characiformes is confirmed in this study, corroborating several previous studies. The 14 subfamilies recognized in Characidae do not form a monophyletic group in any the generated phylogenies (maximum likelihood-ML, maximum parsimony-MP and Bayesian analysis-B), refuting the hypothesis of monophyly of Characidae. On the other hand, many monophyletic groups were identified in Characiformes, including a group of characids which is identified as a monophyletic family Characidae

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-27Bitstream added on 2014-06-13T19:25:12Z : No. of bitstreams: 1 silva_gjc_me_botib.pdf: 2625570 bytes, checksum: ff79004155d6f80851bd931782561e7f (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A família Loricariidae, uma das mais especiosas famílias de peixes do mundo, com cerca de 700 espécies, tem sido objeto de vários estudos taxonômicos e sistemáticos, o que tem auxiliado na compreensão da diversidade e dos padrões gerais de relacionamento entre seus gêneros e espécies. Todavia, dada a ampla diversidade do grupo, muitos dos problemas da família ainda estão por serem resolvidos. Dentro de Loricariidae, a subfamília Loricariinae tem sido reconhecida como um grupo monofilético, porém o conhecimento da relação entre seus gêneros é ainda incipiente. Atualmente essa subfamília compreende cerca de 210 espécies distribuídas em 31 gêneros encontrados na América Central e do Sul. O presente trabalho teve como objetivo principal procurar ampliar o conhecimento sobre a diversidade e os padrões de relacionamento dos gêneros da subfamília Loricariinae e em especial estudar as relações entre espécies do gênero Harttia. Para isso foram analisadas quatro matrizes de dados, construídas a partir de seqüências parciais do gene nuclear F-Reticulon 4 e dos genes mitocondriais COI, 16S e 12S mais o RNA transportador da Valina que existe entre eles. Cada matriz foi construída com um conjunto de genes e de amostras particulares, para testar diferentes hipóteses. Graficamente, pela análise de transversão e transição, observou-se que os conjuntos de dados não se encontram saturados, possibilitando seu emprego para análise filogenética. Amostras das subfamílias Hypoptopomatinae, Neoplecostominae, Delturinae e Hypostominae foram utilizadas como grupo externo nas diferentes análises. As hipóteses de relacionamento filogenético obtidas por Máxima Parcimônia e Máxima Verossimilhança apresentaram topologias idênticas em todas as análises, tendo sido testadas estatisticamente pela técnica de bootstrap. Os resultados corroboram as hipóteses de relacionamento... / Not available

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2011. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2012-06-01T15:22:12Z No. of bitstreams: 1 2011_AndrielleCamaraAmaral.pdf: 7647817 bytes, checksum: 9a226ce288a2a38967f5b6b2009c3f9d (MD5) / Approved for entry into archive by Elzi Bittencourt(elzi@bce.unb.br) on 2012-06-02T15:42:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_AndrielleCamaraAmaral.pdf: 7647817 bytes, checksum: 9a226ce288a2a38967f5b6b2009c3f9d (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-02T15:42:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_AndrielleCamaraAmaral.pdf: 7647817 bytes, checksum: 9a226ce288a2a38967f5b6b2009c3f9d (MD5) / O conhecimento sobre a diversidade de espécies dos principais gêneros de Amaryllidaceae nativos do Brasil é insuficiente, e os caracteres taxonômicos utilizados para a delimitação dos próprios gêneros e distinção das espécies necessitam de aprimoramento. As Amaryllidaceae constituem-se em um importante objeto de estudo devido à importância de suas espécies com potencial ornamental na flora tropical. Há controvérsias entre os autores em relação à delimitação dos gêneros na família. A delimitação de Habranthus é muito confusa, em muitas espécies as descrições foram baseadas apenas na parte reprodutiva, a partir do material herborizado. Por isso, ainda carece de maior detalhamento, o que deve começar ao nível de espécie. O presente estudo foca nas espécies brasileiras do gênero Habranthus e traz três abordagens principais. A primeira, com o levantamento das espécies do gênero Habranthus no Brasil, trazendo lista de espécies, caracterização morfológica, descrições, ilustrações e mapas de distribuição e chaves de identificação. A segunda abordagem traz os resultados da pesquisa taxonômica realizadas no material original das espécies e seus protólogos e apresenta tipificações e sinonimizações das espécies de ocorrência no Brasil. E a terceira abordagem procura esclarecer o posicionamento de Habranthus em relação a outros gêneros de Amaryllidaceae, tendo em vista a antiga controvérsia na família sobre a validade dos gêneros Habranthus e Zephyranthes. Os resultados desses estudos indicam a presença de 21 espécies de Habranthus para o Brasil. Dez espécies foram tipificadas. Os resultados moleculares suportam melhor o tratamento de Habranthus e Zephyranthes como um único gênero monofilético sob o nome mais antigo, Zephyranthes Herb. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Knowledge of the species diversity of the major genera of Amaryllidaceae native to Brazil is inadequate, and the taxonomic characters used to delimit the genus and the species should be improved. The Amaryllidaceae constitute an important object of study because of the importance of its members as potential ornamental species of the tropical flora. There is controversy among authors concerning the delimitation of genera in the family. The delimitation of Habranthus is very confusing; in many species descriptions were based only on the reproductive characters, taken from herbarium specimens. Therefore, further more detailed research, which must begin at the species level is needed. This study focuses on species of the genus Habranthus and provides three main approaches. The first, to survey the species of the genus Habranthus in Brazil, including the list of species, morphological characterization, descriptions, illustrations and distribution maps and identification keys. The second approach brings the results of taxonomic research done as the original material of the species and its protologue with typifications and synonyms of the species occurring in Brazil. The third approach strives to clarify the positioning of Habranthus in relation to other genera of Amaryllidaceae, in view of the old family dispute about the validity of the genera Habranthus and Zephyranthes. The results of these studies indicate the presence of 21 species of Habranthus in Brazil. Ten lectotypifications are proposed. A molecular data support treating Habranthus and Zephyranthes as a monophyletic genus under the name Zephyranthes Herb.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-graduação em Biologia Animal, 2012. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2012-06-08T15:55:30Z No. of bitstreams: 1 LeonardoFerreiraMachado.pdf: 9351753 bytes, checksum: a6626d2c196586f8a37235fe0c4bb877 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-06-15T15:26:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 LeonardoFerreiraMachado.pdf: 9351753 bytes, checksum: a6626d2c196586f8a37235fe0c4bb877 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-15T15:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LeonardoFerreiraMachado.pdf: 9351753 bytes, checksum: a6626d2c196586f8a37235fe0c4bb877 (MD5) / Os objetivos da presente dissertação foram construir árvores filogenéticas e aplicar técnicas de datação molecular e reconstrução de áreas ancestrais para os roedores Oryzomyini do Clado “D”, com ênfase nas formas tetralofodontes, um grupo pouco compreendido na literatura especializada. Métodos de máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferências bayesianas foram aplicados em 98 caracteres morfológicos e 4515 pares de bases de cinco fragmentos de DNA. As análises mostraram que táxons tetralofodontes não formam um grupo monofilético. Dentre os táxons viventes, Pseudoryzomys é irmão de Holochilus e Lundomys mais basal em relação à maioria das espécies do clado “D”. Análises de parcimônia e bayesiana demonstraram que o fóssil H. primigenus não agrupa com os demais Holochilus e é basal em relação aos fósseis Carletonomys e Noronhomys, fazendo com que Holochilus seja parafilético. A maioria das divergências entre os táxons estudados ocorreram durante o Plioceno e em menor número no Pleistoceno e Mioceno. O ancestral comum mais recente do clado “D” possuía distribuição Cis e Trans-Andina e gêneros com distribuição atual ao norte do Panamá possuem ancestrais com distribuição Cis-Andina. Propomos que a identidade taxonômica de H. primigenus deve ser revista e que molares tetralofodontes surgiram mais de uma vez no clado “D”. Alternativamente, discutimos que caracteres morfológicos tradicionalmente tidos como homólogos entre os tetralofodontes devem ser reavaliados. As divergências estimadas indicam que as grandes planícies da América do Sul durante o Plioceno foram favoráveis à diversificação principalmente dos gêneros tetralofodontes do clado “D”. Além disso, eventos de soerguimento da porção norte dos Andes podem ter desempenhado um papel vicariante na diversificação das espécies dos gêneros estudados, ou que estes se diversificaram na América do Sul e migraram para a América do Norte após a formação do istmo do Panamá. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Our objectives were to construct phylogenetic trees, to apply molecular dating techniques and ancestral area analyses to Oryzomyini clade “D”, emphasizing the poorly known tetralophodont forms. We applied maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference to 98 morphological characters and 4,515 base pairs from five DNA fragments. We found that tetralophodont genera do not form a monophyletic group. Among living taxa, Pseudoryzomys is sister to Holochilus, and Lundomysis basal to most species in clade “D”. The fossil H. primigenus does not group with living Holochilus and is basal to the fossils Carletonomys and Noronhomys, making Holochilus paraphyletic. Most divergences occurred during the Pliocene, and others during the Miocene and Pleistocene. The most recent common ancestor of clade “D” had Cis and Trans-Andean distribution, while genera currently distributed to the north of Panama show ancestral Cis-Andean distribution. We propose that the taxonomic identity of H. primigenus should be reviewed, and that tetralophodont molars appeared more than once in clade “D”. Alternatively, molar characters traditionally identified as homologies among tetralophodont genera should be reassessed. The most estimated divergences were placed in the Pliocene. Therefore, we hypothesized that great Plains in South America during the Pliocene may have especially favored the diversification of tetralophodont genera from clade “D”. In addition, uplift events in northern Andes may have played a vicariant role in the diversification of the species in the studied genera, or that the lineages diversified in the South America ant dispersed to North and Central America after the Panama land bridge formation.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2013. / Submitted by Elna Araújo (elna@bce.unb.br) on 2013-07-30T00:36:52Z No. of bitstreams: 1 2013_LeonardoGoncalvesTedeschi.pdf: 6646655 bytes, checksum: 2b27d54032da35b51493f69bd3c4a3c3 (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Maia(luanna@bce.unb.br) on 2013-07-30T12:18:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_LeonardoGoncalvesTedeschi.pdf: 6646655 bytes, checksum: 2b27d54032da35b51493f69bd3c4a3c3 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-07-30T12:18:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_LeonardoGoncalvesTedeschi.pdf: 6646655 bytes, checksum: 2b27d54032da35b51493f69bd3c4a3c3 (MD5) / A diagonal de áreas abertas separa os dois grandes blocos de formações florestais da América do Sul, Floresta Amazônica e Mata Atlântica, e é formada pela união de três conjuntos de formações vegetacionais no centro do continente: Caatinga, Cerrado e Chaco. Estas regiões possuem uma herpetofauna diversa e com muitas espécies endêmicas. O gênero de serpentes Psomophis é composto por três espécies (P. joberti, P. genimaculatus e P. obtusus) e está amplamente distribuído nesta região. Entretanto, dados precisos de ocorrência dos organismos são escassos, e o processo de diversificação das biotas nestas regiões ainda é pouco compreendido. O presente trabalho objetiva estudar as relações de parentesco e a biogeografia de Psomophis, contribuindo para compreender a biogeografia da diagonal de áreas abertas neotropicais. As relações intra e interespecíficas do grupo foram inferidas a partir das sequências dos genes 12S, 16S, C-mos e NGFB. As análises filogenéticas foram realizadas pelos métodos de máxima verossimilhança e inferência bayesiana. Utilizamos os pontos de coordenadas geográficas das três espécies, obtidos de literatura taxonômica e de exemplares depositados em museus para elaboração de mapas e análises biogeográficas. Modelos de distribuição potencial foram realizados para cada espécie, utilizando as variáveis bioclimáticas recentes da região neotropical. A partir destes dados, foram confeccionados mapas de distribuições realizadas e potenciais das espécies e linhagens. Finalmente, analisamos as identidades de nicho para cada clado, assim como a existência de uma barreira biogeográfica atual em suas distribuições. Realizamos ainda uma análise de relógio molecular relaxado para estimar o tempo de divergência de cada espécie. As áreas ancestrais de cada clado foram obtidas com base em inferência bayesiana implementada no programa Rasp. Os principais parâmetros de diversidade genética foram calculados para P. joberti e a relação entre os haplótipos foi obtida por median-joining. As espécies de Psomophis apresentaram baixa diversidade intraespecífica, alta diferenciação interespecífica e monofiletismo recíproco. A divergência do gênero data do Oligoceno Médio (~30 Ma) e as divergências entre as espécies foram datadas entre o meio e final do Mioceno (~13-7 Ma). Psomophis é encontrado em toda a extensão da diagonal de áreas abertas e em áreas adjacentes, como a região dos Pampas. Cada espécie apresenta relação com uma ou duas grandes formações vegetacionais inseridas nesta diagonal. Pela análise de identidade de nicho, obtivemos divergências significativas entre cada espécie e a indicação da existência de barreiras entre a distribuição das espécies de Psomophis. Observamos que a possível área ancestral do grupo esta na região ao sul do Chaco e norte dos Pampas. Ainda, o segundo evento de cladogênese no grupo provavelmente se deu em razão do surgimento da depressão do alto Paraguai, entre o Cerrado e Chaco, onde atualmente se situam as baixadas do Pantanal. O padrão de distribuição e diferenciação do grupo corrobora a hipótese de regionalização que postula a inclusão dos Pampas e Monte como áreas da província Chaquenha, junto com Cerrado, Chaco e Caatinga. O padrão observado, também, indica uma maior relação do Cerrado com Chaco com populações relictuais na região da Caatinga. Finalmente, este trabalho inclui uma compilação completa de dados moleculares e de distribuição e portanto é o mais significativo sobre Psomophis desde a sua descrição. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The South American arid diagonal occurs between two large blocks of forest formations, Amazon and Atlantic Forest, and is formed by three open vegetation regions in the center of the continent: Caatinga, Cerrado and Chaco. These regions have a diverse herpetofauna and many endemic species. The genus of snakes Psomophis comprises three species (P. joberti, P. genimaculatus, and P. obtusus) and is widely distributed in this region. However, their relationships and distribution are still poorly understood. The present work aims to study the evolutionary relationships and biogeography of Psomophis to bring new data about the biogeography the South American open diagonal. For estimating the intra- and interspecific relationship we used molecular data from the genes 12S, 16S, C-mos and NGFB. Phylogenetic analyses were performed by maximum likelihood and Bayesian inference. We used geographic coordinates points of the three species for mapping and performing biogeographic analyses. These point locality records were obtained by checking taxonomic literature and localities of verified specimens deposited in museums. The estimation of potential distributions was performed for each species, using recent bioclimatic variables for the Neotropical region. Based on these models we built observed and potential distribution maps. Finally, we analyzed niche identities for each pair of species, as well as the presence of biogeographical barriers between current distributions. We also performed a relaxed molecular clock dating to estimate the divergence time of each species. The ancestral area of each clade was inferred based on Bayesian analyses implemented in the software Rasp. Measures of genetic diversity were estimated for P. joberti and the relationship between haplotypes was obtained by median-joining. The species of Psomophis showed low intraspecific diversity and high interspecific differences with high supported reciprocal monophyly. The divergence date of the genus was estimated in the Oligocene (~ 30 Ma) and the differences between species were dated from the middle to late Miocene (~ 13 - 7 Ma). Psomophis is found throughout the South American arid diagonal and in adjacent areas, such as the Pampas region. Each species is associated to one or two major vegetation formations included in this diagonal. We obtained significant niche identity differences between each species and indications that there are barriers between species distributions. The probable ancestral area of this group is between southern portions of the Chacos and northern part of the Pampas. The second divergence event in the group probably occurred between Cerrado and Chaco, after the subsidence of the Upper Paraguay depression, in the Pantanal lowlands. The distribution pattern and differentiation of the group supports the hypothesis that Pampas and Monte regions should be included as a biogeographical unit along with Cerrado, Chaco and Caatinga (the Chacoan region of Morrone). The observed pattern also indicates a close relationship between Cerrado and Chaco with only relictual, isolated populations in the Caatinga. Finally, we presented here a comprehensive compilation of molecular and distribution data, and therefore this is the most significant study about Psomophis since its description.