Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-04-30Bitstream added on 2014-06-13T20:01:12Z : No. of bitstreams: 1 silva_cmb_me_botib_parcial.pdf: 2632453 bytes, checksum: 7b0a38f53d60e194e94be34ed5ece426 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-07-02T12:35:55Z: silva_cmb_me_botib_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-07-02T12:37:24Z : No. of bitstreams: 1 000559463_20200701.pdf: 2631668 bytes, checksum: 5a6ac96387f5b2c6b52fdabe471406a1 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A família Characidae apresenta doze subfamílias e um conjunto de 88 gêneros não assinalados a nenhuma subfamília e, portanto, considerados incertae sedis na família. Neste grupo são inúmeros os problemas taxonômicos/filogenéticos. A maior parte destes gêneros até recentemente encontrava-se alocada na subfamília Tetragonopterinae, mas dada à falta de evidências de que Tetragonopterinae constitui um grupamento monofilético, hoje, mantém-se na subfamília apenas o gênero Tetragonopterus. O conhecimento das relações de parentesco entre os Characidae e conseqüentemente entre os antigos Tetragonopterinae tem por base principalmente características osteológicas e de partes moles. Sabe-se que as características reprodutivas podem conter sinais filogenéticos. Aqui, estudou-se a estrutura testicular, a espermatogênese, a espermiogênese e a ultraestrutura dos espermatozóides de Astyanax jordani, Astyanax bockmanni, Astyanax fasciatus, Deuterodon singularis, Hyphessobrycon anisitsi, Hyphessobrycon bifasciatus, Hyphessobrycon columbianus, Hyphessobrycon herbertaxelrodi, Hyphessobrycon sp., Inpaichthys kerri, Oligosarcus paranensis, Pristella maxillaris, Bryconella pallidifrons, Paracheirodon axelrodi, Gymnocorymbus ternetzi, Gymnocorymbus sp.n., Moenkhausia oligolepis, Moenkhausia bonita, Moenkhausia dichroura, Markiana nigripinnis, Boehlkea fredcochui, Bryconamericus exodon, Creagrutus sp. e Piabina Anhembi. A partir deste estudo gerou-se uma lista de caracteres a fim de padronizar as descrições numa análise sistematizada. A ultraestrutura dos espermatozóides das espécies analisadas é muito diversificada e reflete a complexidade do grupo conforme já apontado por diferentes autores. O espermatozóide de Tetragonopterus argenteus, com exceção de Gymnocorymbus ternetzi... / The family Characidae comprehends twelve subfamilies and a set of 88 genera not included in any subfamily and, thus, considered as incertae sedis in the family. Within this group are many taxonomic/phylogenetic problems. Most of these genera, until recently, belonged to the subfamily Tetragonopterinae, but given the lack of evidences supporting its monophyly, only Tetragonopterus, its type genus, is currently assigned to this subfamily. The knowledge of the phylogenetic relationships between Characidae and former Tetragonopterinae genera are based mainly on osteological features and soft parts. It is known that the reproductive traits may contain phylogenetic information. This study describes the structure, spermatogenesis, the espermiogênese and ultraestrutura the sperm of Astyanax jordani, Astyanax bockmanni, Astyanax fasciatus, Deuterodon singularis, Hyphessobrycon anisitsi, Hyphessobrycon bifasciatus, Hyphessobrycon columbianus, Hyphessobrycon herbertaxelrodi, Hyphessobrycon sp., Inpaichthys kerri, Oligosarcus paranensis, Pristella maxillaris, Bryconella pallidifrons, Paracheirodon axelrodi, Gymnocorymbus ternetzi, Gymnocorymbus sp.n., Moenkhausia oligolepis, Moenkhausia bonita, Moenkhausia dichroura, Markiana nigripinnis, Boehlkea fredcochui, Bryconamericus exodon, Creagrutus sp. and Piabina anhembi. With the raised data, a list of characters was provided in order to standardize the descriptions in a systematic analysis. The sperm ultrastructure of the examined species is very diverse and reflects the complexity of the group, as already pointed out by different authors. The sperm of Tetragonopterus argenteus resembles, in general, to the sperm of all other examined taxa, except for Gymnocorymbus ternetzi, Gymnocorymbus sp.n. and Bryconamericus exodon, Markiana nigripinnis, Boehlkea... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Mauricio Bacci Junior / Coorientador: Henrique Ferreira / Banca: Marcia Regina Brochetto Braga / Banca: Sergio Russo Matioli / Banca: Reinaldo Otavio A. Alves Brito / Banca: João Miguel de Barros Alexandrino / Resumo: A formiga Atta sexdens possui ampla distribuição no continente Americano e é praga de várias culturas como citrus e cana-de-açúcar. Devido aos aspectos divergentes das últimas revisões morfológicas, ainda existem dúvidas se Atta sexdens é uma única espécie ou um grupo de espécies crípticas. Estudos baseados em caracteres moleculares são mais precisos para avaliar a filogenia de populações ou linhagens ainda próximas. Entretanto, esses estudos são comumente atrapalhados no seu curso pela coamplificação de numts, que são pseudogenes nucleares de origem mitocondrial e que podem levar a interpretação equivocada de relações filogenética se analisados conjuntamente com o seu homólogo mitocondrial. Por isso, no presente trabalho, nós apresentamos dois capítulos, em que no primeiro nós analisamos 100 ninhos de A. sexdens coletados ao longo do continente Americano, a fim de verificar a existência de espécies crípticas, bem com o tempo de divergência entre elas, avaliando a utilidade de marcadores nucleares e mitocondriais em estudos desta natureza; e no segundo capítulo nós investigamos a presença dos numts N1 e N2 em formigas de diversos gêneros da tribo Attini e caracterizamos um terceiro tipo de numt, que denominamos N3. Os resultados do primeiro capítulo, a partir de análises filogenéticas, utilizando genes nucleares e genes mitocondriais mostram que Atta sexdens pode ser divida em três espécies distintas corroborando Gonçalves (1965). As topologias das árvores filogenéticas obtidas apresentaram bom suporte para seus ramos, mas divergiram em relação a qual evento cladogenético ocorreu primeiro dentro de A. sexdens. A região IGS mitocondrial, devido à sua característica hipervariável, parece trazer ruído à análise filogenética. As análises de divergência indicam uma origem... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The ant Atta sexdens is widely spread in the Americas and is a pest of several crops like citrus and cane sugar. Due to the divergent aspects of the last morphological revisions, there are still doubts whether Atta sexdens is a single species or a group of cryptic species. Studies based on molecular characters are more accurate for assessing the phylogeny of populations or lineages even close. However, these studies are often hampered in their course by co-amplification of numts, which are nuclear pseudogenes of mitochondrial origin and that can lead to misinterpretation of phylogenetic relationships were analyzed together with its counterpart in mitochondria. Therefore, in this paper, we present two chapters, where we looked first at 100 nests of A. sexdens collected throughout the American continent in order to verify the existence of cryptic species, together with the time of divergence between them, assessing the utility of nuclear and mitochondrial markers in studies of this nature, and in the second chapter we investigated the presence of numts N1 and N2 in various ant genera of the attine tribe and characterized a third type of numt, we called N3. The results of the first chapter, from phylogenetic analysis, using nuclear genes and mitochondrial genes show that Atta sexdens can be divided into three distinct species corroborating Gonçalves (1965). The topologies of phylogenetic trees obtained showed good support for their branches, but they differed as to which event occurred first within cladogenetic A. sexdens. The IGS region mitochondrial hypervariable due to its characteristic, seems to bring noise to the phylogenetic analysis. Analyses indicate a source of divergence of A. sexdens around 10 million years ago, relatively early in relation to the origin of the leaf-cutter ants results of the second chapter. The results confirmed our hypothesis that N1 had a more ancient... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Inácio de Oliveira Lima Neto (inacio.neto@inpa.gov.br) on 2017-12-12T14:45:58Z No. of bitstreams: 2 Reata Cristina de Lima Gomes.pdf: 5263369 bytes, checksum: 9625e1de7592009a64a1ae947710bf9d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-12T14:45:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Reata Cristina de Lima Gomes.pdf: 5263369 bytes, checksum: 9625e1de7592009a64a1ae947710bf9d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-12-01 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Trichodactylidae are believed to have a separate phylogenetic origin from other freshwater crab families. Representatives of this family have morphological characteristics that diagnose them from other families of freshwater crabs: different body shape; absence of thorns in the dactylus and propodus; of the third narrow maxilliped merus. The family has 49 species distributed in two subfamilies and 15 genera. The suprageneric classification of the family was proposed based on the abdômenn characters, the first male pleopod (gonopod), and the axial skeleton. Due to its structural complexity, the gastric skeleton has been used as a source of morphological information for taxonomic and phylogenetic studies in different brachyuran groups. From the analysis of stomachs of 42 species (32 in the ingroup and 10 in the outgroup) the morphology of the ossicles of the gastric skeleton was described and illustrated. The cladistic analysis of Trichodactylidae was performed with the program Winclada and TNT. It was used 57 binary characters obtained from the gastric ossicle morphology. The cladistic analysis of this study resulted in two equally parsimonious trees with 343 steps each. The analyzes did not recover the monophyly of the family and did not result in the formation of clades, except in the cases of Avotrichodactylus and Moreirocarcinus. Even in this scenario, it is believed that gastric mill ossicle characters may be complementary elements in the analysis of family affinities. For this, it will be important to carry out new studies that include, besides characters the gastric skeleton, characters carapace, abdômenn, appendages, reproductive structures and the axial skeleton. A cladistic analysis that integrates these various morphological aspects will certainly have a much greater potential to better define clusters and elucidate their affinities both intra- and extrafamily. / Acredita-se que os Trichodactylidae tenham uma origem filogenética separada das demais famílias de caranguejos de água doce pois seus representantes apresentam características morfológicas que as separa, tais como: forma do corpo; ausência de espinhos nos dáctilos e própodos; mero do terceiro maxílipede estreito. A família possui 49 espécies distribuídas em duas subfamílias e 15 gêneros. A classificação supragenérica da família foi proposta com base em caracteres do abdômen, do primeiro pleópodo masculino (gonópodo) e do esqueleto axial. Por sua complexidade estrutural, o esqueleto gástrico tem sido utilizado como fonte de informações morfológicas para estudos taxonômicos e filogenéticos em diferentes grupos. A morfologia dos ossículos do esqueleto gástrico de estômagos de 42 espécies (32 do grupo-interno e 10 de grupo-externo) foi descrita e ilustrada. Baseado nessas informações, foi realizada uma análise cladística de Trichodactylidae no programa Winclada e TNT no qual, foram utilizados 57 caracteres binários obtidos da morfologia dos ossículos gástricos resultando em duas árvores igualmente parcimoniosas com 343 passos cada uma. As análises não resgataram o monofiletismo da família e nem resultou na formação de agrupamentos, exceto nos casos de Avotrichodactylus e Moreirocarcinus. Mesmo diante desse cenário, acredita-se que caracteres dos ossículos do moinho gástrico possam se constituir em elementos complementares na análise das afinidades da família. Para tanto, será importante realizar novos estudos que incluam, além de caracteres baseados no esqueleto gástrico, caracteres da carapaça, abdômen, apêndices, estruturas reprodutivas e do esqueleto axial. Uma análise cladística que integre esses vários aspectos morfológicos certamente terá um potencial muito maior para melhor definir os agrupamentos e elucidar as suas afinidades tanto intra- quanto extrafamiliares.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2018-02-19T12:54:59Z No. of bitstreams: 2 Renata Cristina Tese.pdf: 5263369 bytes, checksum: 9625e1de7592009a64a1ae947710bf9d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-19T12:55:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Renata Cristina Tese.pdf: 5263369 bytes, checksum: 9625e1de7592009a64a1ae947710bf9d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-12-01 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Trichodactylidae are believed to have a separate phylogenetic origin from other freshwater crab families. Representatives of this family have morphological characteristics that diagnose them from other families of freshwater crabs: different body shape; absence of thorns in the dactylus and propodus; of the third narrow maxilliped merus. The family has 49 species distributed in two subfamilies and 15 genera. The suprageneric classification of the family was proposed based on the abdômenn characters, the first male pleopod (gonopod), and the axial skeleton. Due to its structural complexity, the gastric skeleton has been used as a source of morphological information for taxonomic and phylogenetic studies in different brachyuran groups. From the analysis of stomachs of 42 species (32 in the ingroup and 10 in the outgroup) the morphology of the ossicles of the gastric skeleton was described and illustrated. The cladistic analysis of Trichodactylidae was performed with the program Winclada and TNT. It was used 57 binary characters obtained from the gastric ossicle morphology. The cladistic analysis of this study resulted in two equally parsimonious trees with 343 steps each. The analyzes did not recover the monophyly of the family and did not result in the formation of clades, except in the cases of Avotrichodactylus and Moreirocarcinus. Even in this scenario, it is believed that gastric mill ossicle characters may be complementary elements in the analysis of family affinities. For this, it will be important to carry out new studies that include, besides characters the gastric skeleton, characters carapace, abdômenn, appendages, reproductive structures and the axial skeleton. A cladistic analysis that integrates these various morphological aspects will certainly have a much greater potential to better define clusters and elucidate their affinities both intra- and extrafamily. / Acredita-se que os Trichodactylidae tenham uma origem filogenética separada das demais famílias de caranguejos de água doce pois seus representantes apresentam características morfológicas que as separa, tais como: forma do corpo; ausência de espinhos nos dáctilos e própodos; mero do terceiro maxílipede estreito. A família possui 49 espécies distribuídas em duas subfamílias e 15 gêneros. A classificação supragenérica da família foi proposta com base em caracteres do abdômen, do primeiro pleópodo masculino (gonópodo) e do esqueleto axial. Por sua complexidade estrutural, o esqueleto gástrico tem sido utilizado como fonte de informações morfológicas para estudos taxonômicos e filogenéticos em diferentes grupos. A morfologia dos ossículos do esqueleto gástrico de estômagos de 42 espécies (32 do grupo-interno e 10 de grupo-externo) foi descrita e ilustrada. Baseado nessas informações, foi realizada uma análise cladística de Trichodactylidae no programa Winclada e TNT no qual, foram utilizados 57 caracteres binários obtidos da morfologia dos ossículos gástricos resultando em duas árvores igualmente parcimoniosas com 343 passos cada uma. As análises não resgataram o monofiletismo da família e nem resultou na formação de agrupamentos, exceto nos casos de Avotrichodactylus e Moreirocarcinus. Mesmo diante desse cenário, acredita-se que caracteres dos ossículos do moinho gástrico possam se constituir em elementos complementares na análise das afinidades da família. Para tanto, será importante realizar novos estudos que incluam, além de caracteres baseados no esqueleto gástrico, caracteres da carapaça, abdômen, apêndices, estruturas reprodutivas e do esqueleto axial. Uma análise cladística que integre esses vários aspectos morfológicos certamente terá um potencial muito maior para melhor definir os agrupamentos e elucidar as suas afinidades tanto intra- quanto extrafamiliares

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2018-03-07T19:52:38Z No. of bitstreams: 2 Rafael Freitas Silva 2015 Tese doutorado entregar.pdf: 25850470 bytes, checksum: 37f97e66e4acd5b3c6ea11a3b6c62586 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-07T19:52:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Rafael Freitas Silva 2015 Tese doutorado entregar.pdf: 25850470 bytes, checksum: 37f97e66e4acd5b3c6ea11a3b6c62586 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-07-29 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Tachydromiinae are cosmopolitan, small to minute, exclusively predator flies and comprise about 1200 species. The rapid increasing of monotypical genera during the last years, as well as the absence of a formal cladistic relationship hypothesis among the genera encouraged this study, that aimed to increse the knowledge about the cladistic relationship among the genera of Tachydromiinae based on a worldwide survey of exemplars, using morphological characters of adults; consequently, this study aimed to test the generic monophyly, propose a generic arrangement logically consistent with the dicotomic pattern of the cladistic analysis, and provide an identification key to the genera with worldwide approach as a preventive action against the desnecessary generic inflation. The analysis covered 71 morphological characters from males and females, external and internal mouthparts, male and female terminalia, and the exemplars were selected to represent the polymorphies of the group. The parsimony cladistic analysis using implied weighting (4 ≥ k ≥ 8) returned 63 most parsimonious cladograms and supported the actual tribe classification, with Tachydromiini sister group of Drapetini. In Tachydromiinae was obtained the following relationship: Platypalpus + Platypalpus arnaudi + (Afrotachyempis gen. nov. + (Dysaletria + (Tachypeza + (Tachyempis + Tachydromia)))). We could not corroborate the monophyly of Platypalpus including the species formerly in Charadrodromia, and the further genera of Tachydromiini were grouped in a clade sister to the major part of Platypalpus, where Ariasella and Pieltainia were synonymized in Tachydromia, as well as created Afrotachyempis gen. nov. for the Afrotemperate species of Tachyempis. In Drapetini, we obtained the following cladistic relationships: Chaetodromia + (Austrodromia collini + Austrodromia indifferens + (Megagrapha + ((Atodrapetis + Isodrapetis) + (clado Elaphropeza+ + clado Chersodromia+)))), where Austrodromia was found paraphyletic to Megagrapha and had part of its species transferred to this genus. Besides the more plesiomorphic genera (Chaetodromia, Austrodromia, Megagrapha e Isodrapetis), Drapetini was divided into two monophyletic clades: the clade Elaphropeza+ (Elaphropeza + (Heliopeza gen. nov. + (Crossopalpus + Drapetis))), with Elaphropeza divided into two genera, being Heliopeza gen. nov. corresponding to E. (biuncinata) group, and the clade Chersodromia+ (Chersodromia longicornis + (Chersodromia arenaria + Chersodromia beckeri + Chersodromia cana + Chersodromia galapagensis + Chersodromia hirta + Chersodromia incana + (Chersodromia afrosylvatica + (Micrempis + ((Nanodromia + Alodromia) + (Austrodrapetis + (Baeodromia + Stilpon))))))). The species of Chersodromia are involved in a polytomy and the monophyletism of the genus was not supported. Ngaheremyia, Pontodromia and Chersodromia zelandica were grouped into Austrodrapetis due to the apical origino f Radial sector, corroborating some suggestions in literature. In this new concept, the subfamily is summarized in 23 monophyletic genera plus Platypalpus, Austrodromia and Chersodromia. foram congregados à Austrodrapetis mediante a origem apical do setor Radial, corroborando algumas sugestões em literatura. Neste novo conceito, a subfamília é sumarizada em 23 gêneros monofiléticos mais Platypalpus, Austrodromia e Chersodromia. / Os Tachydromiinae são moscas cosmopolitas, pequenas a diminutas, exclusivamente predadoras e congregam aproximadamente 1200 espécies. A proliferação de gêneros monotípicos durante os últimos anos, assim como a ausência de uma hipótese formal de relacionamento cladístico entre os gêneros fomentaram o desenvolvimento deste estudo, que visou à ampliação do conhecimento sobre as relações cladísticas entre os gêneros de Tachydromiinae baseado em amostragem mundial de exemplares utilizando-se de caracteres morfológicos dos adultos; consequentemente, objetivou-se testar o monofiletismo das tribos em vigência assim como dos gêneros atualmente aceitos, propor uma classificação genérica logicamente consistente com o padrão dicotômico da análise cladística, e fornecer uma chave dicotômica para a identificação dos gêneros com enfoque mundial como auxílio na prevenção contra a proliferação genérica desnecessária. Foram utilizados 71 caracteres morfológicos dos machos e fêmeas, externos, peças bucais internas, terminálias masculina e feminina, e os exemplares foram selecionados de forma a representar as polimorfias existentes no grupo. A análise cladística de parcimônia utilizando pesagem implícita (4≥k≥ 8) retornou 63 cladogramas mais parcimoniosos e corroborou a classificação tribal em vigência no grupo, sendo Tachydromiini grupo-irmão de Drapetini. Em Tachydromiini foram obtidas as seguintes relações de parentesco: Platypalpus + Platypalpus arnaudi + (Afrotachyempis gen. nov. + (Dysaletria + (Tachypeza + (Tachyempis + Tachydromia)))). Não foi possível corroborar o monofiletismo de Platypalpus envolvendo as antigas espécies de Charadrodromia, e os demais gêneros de Tachydromiini foram agrupados em um clado irmão à maior parte dos Platypalpus, onde Ariasella e Pieltainia foram sinonimizados em Tachydromia e foi criado Afrotachyempis gen. nov. para as espécies afrotemperadas de Tachyempis. Em Drapetini, foram obtidas as seguintes relações cladística: Chaetodromia + (Austrodromia collini + Austrodromia indifferens + (Megagrapha + ((Atodrapetis + Isodrapetis) + (clado Elaphropeza+ + clado Chersodromia+)))), onde Austrodromia foi obtido parafilético em relação à Megagrapha e teve parte de suas espécies transferidas para este gênero. Além dos gêneros mais plesiomórficos (Chaetodromia, Austrodromia, Megagrapha e Isodrapetis), os Drapetini foram divididos em outros dois clados, estes monofiléticos: o clado Elaphropeza+ (Elaphropeza + (Heliopeza gen. nov. + (Crossopalpus + Drapetis))), com Elaphropeza dividido em dois gêneros, sendo Heliopeza gen. nov. correspondente ao grupo E. (biuncinata), e o clado Chersodromia+ (Chersodromia longicornis + (Chersodromia arenaria + Chersodromia beckeri + Chersodromia cana + Chersodromia galapagensis + Chersodromia hirta + Chersodromia incana + (Chersodromia afrosylvatica + (Micrempis + ((Nanodromia + Alodromia) + (Austrodrapetis + (Baeodromia + Stilpon))))))). As espécies de Chersodromia estão envolvidas em uma politomia e o monofiletismo do gênero não foi suportado. Ngaheremyia, Pontodromia e Chersodromia zelandica foram congregados à Austrodrapetis mediante a origem apical do setor Radial, corroborando algumas sugestões em literatura. Neste novo conceito, a subfamília é sumarizada em 23 gêneros monofiléticos mais Platypalpus, Austrodromia e Chersodromia.

Orientador: Orlando Necchi Junior / Banca: Valéria Cassano / Banca: Mariana Cabral de Oliveira / Resumo: Três espécies da seção Virescentia do gênero Batrachospermum foram anteriormente reconhecidas para o Brasil com base em caracteres morfológicos: B. helminthosum Bory, B. sirodotii Reis e B. vogesiacum Schultz. No entanto, em um estudo posterior da seção com base em análises morfométricas de populações da América do Norte, B. sirodotii e B. vogesiacum foram tratadas como sinônimos de B. helminthosum. O presente estudo teve como objetivo inferir as relações filogenéticas, bem como os limites de variação intra e interespecífico das espécies da seção Virescentia no Brasil com base na análise morfológica e molecular, utilizando caracteres diagnósticos atualmente aceitos e dois marcadores moleculares: gene plastidial que codifica a subunidade grande da RUBISCO (rbcL - 1.282 pares de base, pb) e região de "barcode" do gene mitocondrial que codifica a subunidade 1 da citocromo c oxidase (cox1 - 664 pb). Foram analisadas 13 amostras provenientes das regiões sul e sudeste do Brasil, além dos espécimes-tipo da seção, provenientes do Herbário PC (Paris, França). Os espécimes foram coletados em águas com baixa concentração de nutrientes e bem oxigenadas (condições oligotróficas e oligossapróbicas) sugerindo serem bioindicadores de rios/riachos de boa qualidade. Não foi possível distinguir as três espécies anteriormente reconhecidas para o Brasil com base em caracteres morfológicos. As dimensões dos carpogônios, carposporófitos e carposporângios dos espécimes brasileiros foram consideravelmente superiores às dos espécimes-tipo, indicando que o material brasileiro representa uma espécie distinta. As análises moleculares geraram os seguintes dados: rbcL - 11 sequências novas e 19 do GenBank (1 do Brasil, 13 dos E.U.A. e 5 do Japão); cox1 - 12 sequências novas e 7 do GenBank (E.U.A.). Análises... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Three species of Batrachospermum section Virescentia were previously recognized for Brazil based on morphological characters: B. helminthosum Bory, B. sirodotii Reis and B. vogesiacum Schultz. A further revisionary study of the section based on morphometric analysis for populations from North America treated B. sirodotii and B. vogesiacum as synonyms of B. helminthosum. The goals of this study were to infer the phylogenetic relationships, as well as the limits of intra and interspecific variation among the species of Virescentia section in Brazil, based on morphological and molecular analyses, using the diagnostic characters currently accepted and two molecular markers: the plastidial gene that encodes the RUBISCO large subunit (rbcL) and the "barcode" region of the mitochondrial gene cox1 that encodes the cytochrome c oxidase sub-unity 1). We analyzed 13 samples from the south and southeast regions of Brazil and six dried archival samples (type specimens) from PC Herbarium (Paris, France). The specimens were collected in well oxygenated waters with low concentration of nutrients (oligotrophic and oligosaprobic conditions), suggesting to be bioindicators of good quality environments. It was not possible to distinguish the three species previously recognized in Brazil based on morphological characters. Carpogonium, carposporophyte and carposporangium dimensions among Brazilian specimens were considerably higher in comparison to type specimens, indicating that they probably represent distinct species. Molecular analysis yielded the following data: rbcL - 11 new sequences and 19 from GenBank (1 from Brazil, 13 from USA and 5 from Japan); cox1 - 12 new sequences and 7 from GenBank (USA). Analyses based on rbcL sequences (1,282 base pairs, bp) and cox1 (664 bp) were congruent and showed section Virescentia as a clear... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Claudio de Oliveira / Banca: Daniela Calcagnotto / Banca: Cristiano Rangel Moreira / Banca: Anderson Luís Alves / Banca: Flávio César Thadeo de Lima / Resumo: Entre os Ostariophysi, os Characiformes são peixes exclusivamente de água doce e encontram-se distribuídos nas Américas e na África, atingindo maior diversidade nas principais drenagens neotropicais. Esta ordem compreende cerca de 2000 mil espécies, dividida em 18 famílias, sendo quatro africanas e as demais neotropicais. A família Characidae é o grupo mais especioso entre os Characiformes, abrangendo cerca de 1100 espécies válidas, divididas em 14 subfamílias e com diversos gêneros considerados incertae sedis. Ao longo dos anos essa família vem sofrendo várias modificações na sua classificação, mas muito pouco se conhece sobre as relações filogenéticas de seus membros constituintes. A própria monofilia da família ainda é muito discutida. O objetivo principal do presente trabalho foi testar a hipótese segundo a qual a família Characidae é monofilética, através da análise de sequências de DNA mitocondrial (16S, Citocromo B e ATPase 8/6) e nuclear (Rag1, Rag2, Myh6, Sreb2 e Glyt) de representantes de cada uma das subfamílias de Characidae, de gêneros considerados incertae sedis em Characidae, de todas as demais famílias de Characiformes e de representantes de Cypriniformes (como grupo externo). O monofiletismo de Characiformes é confirmado no presente estudo, corroborando vários estudos anteriores. As 14 subfamílias reconhecidas em Characidae, não formam um grupo monofilético, em nenhuma das filogenias geradas (máxima verossimilhança, máxima parcimônia e análise Bayesiana), refutando a hipótese de monofilia de Characidae. Por outro lado, muitos grupos monofiléticos foram identificados em Characiformes, inclusive um grupo de caracídeos que é identificado como família Characidae, monofilética / Abstract: Among the Ostariophysi, Characiformes are exclusively freshwater fish distributed in the Americas and Africa, reaching the greatest diversity in the major drainages in the neotropics. This order comprises some 2,000 species, divided into 18 families, being four African and the remaining Neotropical. The family Characidae is the richest group among Characiformes, comprising about 1100 valid species, divided in 14 subfamilies and several genera considered incertae sedis. Over the years this family has suffering several modifications in its classification, but very little is known about the phylogenetic relationships of its members. Even the monophyly of the family is still debated. The main objective of this study was to test the hypothesis that the family Characidae is monophyletic, through of analysis of mitochondrial DNA sequences (16S, Cytochrome B, and ATPase 8/6) and nuclear sequences (RAG1, RAG2, Myh6, Sreb2, and Glyt) of representatives of all the subfamilies of Characidae, of genera considered incertae sedis in Characidae, of representatives of all remained families of Characiformes, and representatives of Cypriniformes, as outgroup. The monophyly of Characiformes is confirmed in this study, corroborating several previous studies. The 14 subfamilies recognized in Characidae do not form a monophyletic group in any the generated phylogenies (maximum likelihood-ML, maximum parsimony-MP and Bayesian analysis-B), refuting the hypothesis of monophyly of Characidae. On the other hand, many monophyletic groups were identified in Characiformes, including a group of characids which is identified as a monophyletic family Characidae / Doutor

Orientador: Claudio de Oliveira / Resumo: Trichomycteridae é uma das famílias mais diversa da superfamília Loricarioidea com aproximadamente 300 espécies válidas, incluídas em 41 gêneros e oito subfamílias, e amplamente distribuídas pelas drenagens da América do Sul e Central. Trichomycteridae é caracterizada morfologicamente pela presença de um sistema opercular altamente modificado, envolvendo os ossos operculares e pré-operculares, assim como pela variação no tamanho do corpo e padrões de coloração. Também apresentam uma ampla diversidade trófica incluindo espécies onívoras, insetívoras, lepidófagas e hematófagas. A monofilia da família e suas subfamílias são bem suportadas por caracteres morfológicos, exceto Trichomycterinae, a qual inclui Trichomycterus, um grupo não-monofilético, taxonomicamente complexo, com elevado número de espécies e desconhecida diversidade. Embora múltiplos estudos tenham focado nas relações supragenéricas com reduzida representatividade de espécies, ainda não existem estudos utilizando caracteres moleculares com ampla amostragem de Trichomycteridae. Neste contexto, o presente trabalho tem como objetivo principal estudar as relações filogenéticas de Trichomycteridae através da análise de sequências de DNA, usando duas aproximações: a análise multilocus, incluindo três genes mitocondriais e dois nucleares, e a implementação de análises filogenômicas usando 851 elementos ultraconservados do genoma (ultraconserved elements, UCEs). Com base na filogenia obtida, analisamos padrões de origem e ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Trichomycteridae is one of the most specious families in the superfamily Loricarioidea with approximately 300 valid species including 41 genera and eight subfamilies, widely distributed through the rivers in South and Central America. Trichomycteridae is characterized morphologically by the presence of a highly modified opercular system, involving the opercular and pre-opercular bones, as well as by variation in body size and coloration patterns. Trichomycterids also present a wide trophic diversity including omnivorous, insectivorous, lepidophagous and hematophagous species. The monophyly of the family and its subfamilies are well supported by morphological characters except Trichomycterinae, which includes Trichomycterus, a taxonomically complex non-monophyletic group with a high number of species and unknown diversity. Although, multiple studies have focused on suprageneric relationships with reduced species representativity, there are no studies using molecular characters with a large sample of Trichomycteridae. In this context, the main objective of this research is to study the phylogenetic relationships of Trichomycteridae through the analysis of DNA sequences using two approaches: multilocus analysis, including three mitochondrial and two nuclear genes, and the implementation of phylogenetic analyzes using 851 ultraconserved elements of the genome (ultraconserved elements, UCEs). Based on the phylogeny obtained, we analyzed patterns of origin and diversification, as w... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Ciências Fisiológicas, Programa de Pós Graduação em Biologia Animal, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-06-09T15:58:32Z No. of bitstreams: 1 2015_RosanadeSouzaRezende.pdf: 2098998 bytes, checksum: 55916650ffd3d9b506af9ecc6284fe69 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-06-14T19:50:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_RosanadeSouzaRezende.pdf: 2098998 bytes, checksum: 55916650ffd3d9b506af9ecc6284fe69 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-14T19:50:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_RosanadeSouzaRezende.pdf: 2098998 bytes, checksum: 55916650ffd3d9b506af9ecc6284fe69 (MD5) / Neste estudo, buscamos preencher lacunas de conhecimento que envolve as espécies de Sicalis em dois aspectos principais: (I) reconstruímos as relações filogenéticas de dez das doze espécies descritas para o gênero e (II) realizamos uma abordagem filogeográfica de S. flaveola, buscando identificar se as subespécies descritas correspondem a populações geneticamente diferenciadas, auxiliando assim na revisão taxonômica e na conservação desta espécie. A filogenia do gênero Sicalis foi realizada com um número mais abrangente de indivíduos e de locais de coleta por taxa do que estudo previamente publicado. Além disso, o processo temporal de diversificação das espécies deste gênero foi investigado por meio de datação molecular. No segundo capítulo, procurou-se identificar o padrão filogeográfico de S. flaveola, investigando a distribuição das linhagens genéticas das cinco subespécies descritas: S. f. flaveola, S. f. valida, S. f. koenigi, S. f. brasiliensis e S. f. pelzelni, além de identificar a presença de Unidades de Manejo (MUs) presentes nesta espécie. Ambos os estudos foram baseados na análise de dois marcadores moleculares: um mitocondrial (ND2; 1041 pb) e outro nuclear (FIB5; 569 pb). Conforme previamente observado, as reconstruções filogenéticas indicam que o gênero Sicalis é polifilético, uma vez que S. citrina agrupou em clado distinto das demais espécies do gênero. Além disso, com exceção de S. citrina, todas as espécies estudadas deste gênero também foram recuperadas como polifiléticas, possivelmente em decorrência de erros de identificação e eventuais eventos de hibridação. Com base na datação molecular, observa-se que o gênero Sicalis surgiu há aproximadamente 15 milhões de anos atrás, no Mioceno, enquanto que a maioria dos eventos de especiação dentro deste gênero ocorreram ainda no Plioceno. As análises filogeográficas indicam que as cinco subespécies de S. flaveola podem ser divididas em três haplogrupos: Grupo I: S. f. brasiliensis do norte e do sul; Grupo II: S. f. pelzelni do norte, S. f. flaveola e S. f. valida e Grupo III: S. f. pelzelni do sul e S. f. koenigi). S. f. brasiliensis parece ser o grupo mais antigo, do qual possivelmente partiram eventos de expansão em direções opostas (norte e sul) dando origem aos Grupos II e III, respectivamente. S. f. brasiliensis se mostrou um grupo monofilético, enquanto S. f. pelzelni se mostrou polifilético. S. f. valida e S. f. flaveola não são distinguíveis geneticamente. Desta forma, os dados obtidos ressaltam a necessidade de ampla revisão taxonômica das espécies deste gênero, inclusive ao nível de subespécies. E ainda, a ausência de concordância entre os dados genéticos e morfológicos sugere que medidas de manejo e conservação para S. flaveola devem ser adotadas com cautela, especialmente a soltura na natureza de animais apreendidos pelos órgão de combate aos crimes contra a fauna. / In this study, we sought to fill knowledge gaps surrounding the species of the genus Sicalis on two main aspects: (I) reconstructing the phylogenetic relationships of ten of the twelve species described for this genus and (II) realizing a phylogeographic analysis with S. flaveola, seeking to identify if the subspecies described correspond to genetically different populations, thereby assisting in the taxonomic revision and conservation of this species. The phylogeny of the genus Sicalis was performed with a larger number of individuals and more collection sites than study previously published. Furthermore, the temporal process of diversification of the species of this genus was investigated by molecular dating. In the second chapter, we seek to identify the phylogeographic pattern in S. flaveola investigating the distribution of genetic lineages of the five subspecies described: S. f. flaveola, S. f. valida, S. f. koenigi, S. f. brasiliensis and S. f. pelzelni), and identify management units (MUs) present in this species. Both studies were based on analysis of two molecular markers: a segment of mtDNA (ND2; 1041 bp) and a segment of nuclear genome (FIB5; 569 bp). As previously noted, the phylogenetic reconstructions indicate that Sicalis genus is polyphyletic, since S. citrina grouped in distinct clade from other species of the genus. Moreover, with the exception of S. citrina, all species of this genus were also recovered as polyphyletic, possibly due to misidentification or eventually hybridization events. Based on molecular dating, it is observed that the genus Sicalis had originated about 15 million years ago in the Miocene, while most speciation events within this genus yet occurred in Pliocene. The phylogeographical analyzes indicate that the five subspecies of S. flaveola can be divided into three haplogroups: Group I: S. f. brasiliensis from the north and south; Group II: S. f. pelzelni from the north, S. f. flaveola and S. f. valida and Group III: S. f. pelzelni from the south and S. f. koenigi). S. f. brasiliensis seems to be the oldest group, which possibly left expansion events in opposite directions (north and south) giving rise to Groups II and III, respectively. S. f. brasiliensis showed a monophyletic group, while S. f. pelzelni seems to be poliphyletic. S. f. valida and S. f. flaveola are not genetically distinguishable. Thus, our data highlight the need for comprehensive taxonomic revision of the species of this genus, including in subspecies levels. And yet, the absence of agreement between the genetic and morphological data suggests that management and conservation measures for S. flaveola should be taken with caution, especially the release back into the nature birds seized by the organization responsible to combat wildlife crimes.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2008. / Submitted by Diogo Trindade Fóis (diogo_fois@hotmail.com) on 2009-09-18T14:46:21Z No. of bitstreams: 1 2008_RafaelGianellaMondadori.pdf: 5571322 bytes, checksum: 0abb914927b73636e03ad52aba0bff72 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2010-06-28T13:47:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_RafaelGianellaMondadori.pdf: 5571322 bytes, checksum: 0abb914927b73636e03ad52aba0bff72 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-06-28T13:47:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_RafaelGianellaMondadori.pdf: 5571322 bytes, checksum: 0abb914927b73636e03ad52aba0bff72 (MD5) Previous issue date: 2008-06 / Os bubalinos apresentam grande potencial para serem utilizados tanto em propriedades com baixa como alta aplicação de tecnologia de produção, por ser uma espécie rústica e que produz principalmente leite com alto valor de mercado. Porém, devido às características inerentes a espécie, a aplicação de biotécnicas da reprodução que visam multiplicar animais de alto valor genético não tem demonstrado bons resultados. Assim sendo, o presente trabalho visou conhecer as características ultra-estruturais do desenvolvimento do gameta feminino da espécie. Para isto foram utilizados ovários e complexos cumulus-oócito (CCOs) de búfalas, devidamente processados para microscopia eletrônica de transmissão e microscopia óptica. Foi observado que os gametas e folículos pré-antrais dos bubalinos são menores que os bovinos e possuem conteúdo lipídico (que se acumula gradativamente) bastante superior a esses. Os bubalinos apresentaram menor número de folículos pré-antrais nos ovários, além disso, houve uma predominância de folículos classificados como primários em detrimento dos primordiais e secundários. Outro fator que pode impactar a aplicação de biotecnologias como a punção folicular, bem como a biosegurança é o fato da zona pelúcida dos oócitos bubalinos ser aparentemente mais frágil e conter mais fendas que a dos bovinos. A maturação citoplasmática dos bubalinos foi caracterizada pela migração de organelas para a região cortical do oócito. Somando-se a essa característica o fato que houve aumento do espaço perivitelínico e a diminuição gradativa do contato entre as células do cumulus oophorus e o oócito conforme a maturação evolui. Por fim, o presente trabalho confirmou que a possível alteração química sofrida pelos lipídeos durante o processo de maturação in vitro ocasiona uma modificação de seu aspecto ultra-estrutural no início do período de maturação. Ressalta-se o fato que também foi comprovado que, com as devidas modificações no sistema de produção in vitro de embriões, é possível obter-se embriões viáveis de búfalas, mesmo na contra estação. __________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The rusticity and milk production with high market value make possible to Buffalos be bred in low or highly technified production system. On the other way, some species’ inherent characteristics make difficult to apply reproductive biotechniques to multiply animals (mainly females) with high genetic potential. Considering this, the present research established the ultrastructural characteristics of female gamete development. To achieve the objective, buffalo cumulus-oocyte complexes (COCs) and ovaries were properly processed to light and transmission electron microscopy. The buffalo oocyte and preantral follicles were smaller than bovine ones and have higher lipid content (progressive accumulation). The specie also shows a lower number of preantral follicles in the ovaries, as well as, the number of primary is superior to primordial and secondary follicles. Other described factors which affects the application of ovum pick-up technique, other than the biosecurity, is the apparently fragile aspect of zona pellucida and the presence of fissures in its surface. Buffalo oocyte cytoplasmic maturation was characterized by organelle migration to cortical region. In addition, as the maturation progress, the perivetilline space increased in size and it is possible to observe a progressive reduction on granulosa cells and oocyte connections. In conclusion, the present research confirmed that the chemical modifications possibly suffered by oocyte lipids during in vitro maturation period, cause an alteration in its ultrastructural aspect. It is also important to note that is possible, with some modifications on in vitro embryo production systems, to produce buffalo embryo in seasonal anoestrous.