Made available in DSpace on 2014-06-12T18:03:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3701_1.pdf: 924546 bytes, checksum: 6684872417d2bf8760fc0c94e37a5e14 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O gênero Philodendron (Araceae) apresenta destacada importância não apenas devido a seu contingente populacional, mas também pela ampla utilização ornamental, devido à beleza e diversidade de formas e cores de suas folhagens. Conta com aproximadamente 600 espécies já registradas, distribuindo-se endemicamente nas Américas e apresentando grande diversidade na região Amazônica na Mata Atlântica, onde os exemplares do presente estudo foram coletados. Marcadores DAF (DNA Amplification Fingerprinting) são úteis na geração de polimorfismos especialmente em nível intra e interespecífico, sendo informativos em análises de diversidade genética. No presente trabalhos 37 primers foram avaliados em uma amostragem inicial incluindo seis espécies de Philodendron (dois acessos de P. megalophyllum, e um acesso de cada espécie: P. imbe, P. ornatum, P. pedatum e P. sphalerum), bem como em dois táxons testados como grupo externo: Dieffenbachia elegans e Monstera dubia. A partir desta seleção, 12 iniciadores decâmeros foram selecionados como mais informativos. Em uma avaliação mais abrangente usando-se os primers selecionados, foram avaliados membros de 26 acessos de 18 espécies de Philodendron, comparados a representantes de Dieffenbachia (2 spp.) Monstera (3 spp.) e Scaphispatha (1 spp.). Todas as espécies de Philodendron estudadas pertencem ao subgênero Philodendron, com exceção de P. goeldi e P. solimoesense do sbg. Meconostigma. No total 1108 bandas polimórficas foram incluídas na matriz de dados para a geração do dendrograma usando o método de Neighbour-Joining (bootstrap de 1000 replicações, programa MEGA 4). O dendrograma foi associado a números cromossômicos das espécies analisadas, permitindo uma avaliação comparativa de tendências cariotípicas à luz dos grupamentos gerados pelos marcadores DAF. Espécies com 2n=32 agruparam-se no dendrograma, enquanto espécies com 2n=30 e 34 uniram-se em um clado separado. Considerações adicionais sobre as relações reveladas no presente trabalho com relação ao sbg. Philodendron são também discutidas

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:06:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6319_1.pdf: 813959 bytes, checksum: ac0fdfeef1e3a6adeb19be879b540aad (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / O Brasil ocupa mundialmente a terceira posição na produção de mamona (Ricinus communis L.). Embora existam muitos estudos moleculares voltados às proteínas expressas nas sementes, não existem até o momento análises com marcadores moleculares avaliando a diversidade genética dessa espécie. O presente trabalho estudou a variabilidade genética de 16 genótipos de populações subespontâneas de mamona adquiridas através de coletas em quatro diferentes localidades de Pernambuco e em duas outras regiões do Brasil, comparando-as a acessos cultivados de quatro outros países. Para isso a metodologia de DAF (DNA amplification Fingerprinting) foi utilizada, permitindo a geração de em média 14 bandas por primer, sendo 10,72 polimórficas, a partir de 11 primers. Para a construção da matriz de dados 143 bandas foram analisadas, perfazendo 2.288 caracteres. A análise filogenética de máxima parsimônia revelou uma diversidade genética significativa, entre genótipos da mesma população, considerando os diferentes pontos de coleta no Brasil, bem como comparativamente com acessos cultivados no exterior. O estudo confirma a variabilidade sugerida pelos melhoristas para as populações subespontâneas de mamona e demonstra a eficiência deste tipo de marcador para estudos de caracterização de germoplasma desta importante cultura vegetal.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:07:30Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo771_1.pdf: 3603079 bytes, checksum: e7f9bd55eecca89050802ff6157c2ffd (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Devido à ocupação humana e consequente fragmentação, a floresta Atlântica nordestina constituise em um cenário de extinção local e global de espécies nativas, especialmente quando considerada a riqueza em endemismos regionais. Os gêneros Chamaesyce (Euphorbiaceae) e Xylopia (Annonaceae) destacam-se por incluir espécies pioneiras e bioindicadoras importantes no processo de regeneração de mata. No presente estudo foram analisadas duas populações da região metropolitana do Recife de duas espécies herbáceas Chamaesyce hirta (L.) Millsp. e C. thymifolia (L.) Millsp., totalizando 30 indivíduos estudados (15 de cada espécie). Para a espécie lenhosa Xylopia frutescens Aubl., 24 indivíduos de quatro populações de fragmentos de Floresta Atlântica nos municípios de Recife e Igarassu (Açude do Prata - Apr, Zambana Zam, Pezinho Pez e Piedade Pie) foram estudadas. O fragmento Apr é caracterizado por uma clareira de mata sob intensa influência antrópica ao passo que os fragmentos da Usina de São José (USJ Igarassu) são caracterizados pelo domínio de tabuleiros e terras planas sob intenso cultivo de cana-de-açúcar. Foram utilizados marcadores DAF (Impressão Genômica do DNA Amplificado) e ISSR (Sequências Simples Internas Repetidas), sendo este último tipo aplicado somente em X. frutescens. A construção dos fenogramas foi realizada pelo método de neighbor-joining (bootstrap de 1000 replicações), sendo os cálculos de diversidade genética e fluxo gênico (Nm) . Nas espécies herbáceas, 10 primers foram aplicados nos 30 indivíduos revelando 258 loci polimórficos. O fenograma gerado nas duas espécies herbáceas apresentou dois grupos principais, sendo os indivíduos separados coerentemente em níveis específicos, no entanto C. thymifolia mostrou uma maior tendência a separação entre as populações do que C. hirta. Isso foi corroborado a partir das análises de Gst (diversidade genética) e Nm (número de migrantes), tendo em C. hirta, o valor de 0.1815 e 2.2547, respectivamente, apontando uma não-estruturação, ao passo que em C. thymifolia os valores foram de 0.2977 e 1.1777, respectivamente, indicando uma estruturação entre as populações. Esses dados podem estar relacionados às distinções ecológicas de cada espécie. Por sua vez, em X. frutescens 10 primers do tipo DAF geraram 261 loci polimórficos. Os cinco primers de ISSR resultaram em 126 loci. Os Dg globais e próprios apontaram Apr como a população de maior variabilidade enquanto que as populações de Pezinho (ISSR) e Zambana (DAF) mostraram menores índices de variabilidade Os fenogramas gerados apontaram para uma maior separação dos indivíduos de Apr e uma maior miscigenação dos indivíduos de Igarassu. Os valores de Gst e Nm foram coerentes com os dados fenéticos, pois apontaram nas três formas de análises (DAF, ISSR e DAF+ISSR) uma maior tendência a estruturação da população Apr e um maior indício de conectividade entre os fragmentos de Igarassu, apesar de serem observados, também, indícios de estruturação nesta última. Os valores globais de Gst apontam uma tendência a estruturação das quatro populações. No entanto, os valores do número de migrantes (Nm) acima de 1 sugerem que a fragmentação da Floresta Atlântica deu-se antes do processo de colonização (500 anos), no período do Quaternário, a partir das expansões e retrações da mata e da coluna d água. Apesar da tendência de separação, os indivíduos ainda mantêm uma conectividade histórica. As inclusões de um maior número de variáveis aos dados aqui apresentados como aspectos fenológicos contribuiriam ainda mais no entendimento da estrutura e dinâmica de populações dessas espécies

No description available.

Master of Science / Department of Geology / Matthew W. Totten / Sands rich in volcanic ash have been encountered within the late Cenozoic sequence offshore Louisiana in the northern Gulf of Mexico. These beds are identified on well logs by their high radioactivity and low density. Paleontologic markers used to date these deposits give dates that are consistent with eruptions from the Snake River Plain (SRP) and Yellowstone calderas. Lead isotope ratios from the Gulf of Mexico samples are also consistent with the SRP-Yellowstone tuffs. The objective of this study was to compare the rare earth element (REE) and other trace element data from the GOM samples to determine whether they may be differentiated from one another, and also whether they compare to the SRP data. Well cuttings and sidewall core samples from sixteen wells known to contain volcanic ash were density separated using lithium metatungstate to isolate the low density volcanic glass from the remaining minerals. The concentrated ash was dissolved and analyzed using ICP-MS. Trace and REE variations were plotted by depositional age based upon paleontological markers. Variations in most trace elements are not useful criteria for discriminating ash by age. There is a wide spread in fairly mobile elements (i.e. Sr, Ba), suggesting that each ash bed has had a different diagenetic history. REE variations, in particular the magnitude of the Europium anomaly and the degree of fractionation between light and heavy REE, are good discriminates of each ash. A few anomalous samples plot within an older field, which might be explained by reworking of older ash into younger deposits. Direct correlation to SRP-Yellowstone eruptions is hindered by the lack of SRP samples analyzed using similar methods.

Magister Scientiae - MSc / The aim of this study was to investigate the forensic usefulness of various Y-chromosome short tandem repeat loci among South African sub-populations. Three different sets of Y-chromosome short tandem repeat loci were chosen for investigation. / South Africa

Please read the abstract in the section 00front of this document / Dissertation (MSc (Genetics))--University of Pretoria, 2007. / Genetics / unrestricted

Genetic polymorphisms can be seen as the occurrence of more than one form of a DNA- or protein sequence at a single locus in a group of organisms, where these different forms occur more frequently than can be attributed to mutation alone. The combination of genetic polymorphisms present in the genome of a particular individual is referred to as its genotype. A wide range of genotyping techniques have been developed to detect and visualize genetic polymorphisms. One such technique examines highly polymorphic repetitive DNA regions called microsatellites, also called “short tandem repeats” (STRs) and sometimes “simple sequence repeats” (SSRs) or “simple-sequence length polymorphisms” (SSLPs). A microsatellite region consists of a DNA sequence of identical units of usually 2-6 base pairs strung together to produce highly variable numbers of tandem repeats among individuals of a population. Microsatellite genotyping is a popular choice for many types of studies including individual identification, paternity testing, germplasm evaluation, genome mapping and diversity studies and can be used in many commercial, academic, social, and agricultural applications. There are, however, many obstacles in effectively managing and analysing microsatellite genotype data. Currently, researchers are struggling to effectively manage and analyse rapidly growing volumes of genotyping data. Management problems range from simply the lack of a secure, easily accessible central data repository to more complex issues like the merging and standardization of data from multiple sources into combined datasets. Due to these issues, genetic fingerprinting applications such as identity matching and relatedness studies can be challenging when data from different experiments or laboratories have to be combined into a central database. The main aim of this M.Sc study in Bioinformatics was to develop a bioinformatics resource for the management and analysis of genetic fingerprinting data from microsatellite marker genotyping studies, and to apply the software to the analysis of microsatellite marker data from ramets of Pinus patula clones with the purpose of analysing clonal identity in pine breeding programmes. The software resource developed here is called GenoSonic. It is a web application that provides users with a secure, easily accessible space where genotyping project data can be managed and analysed as a team. Users can upload and download large amounts of marker genotype data. Once uploaded to the system, DNA fingerprint data needs to be standardised before it can be used in further analyses. To do this, a two-step approach was implemented in GenoSonic. The first step is to assign standardized allele sizes to all of the input allele sizes of the microsatellite fingerprints automatically using a novel automated binning algorithm called CSMerge-1, which was designed specifically to bin data from multiple experiments. The second step is to manually verify the results from the automated binning function and add the verified data to a standardized dataset. Once the genetic fingerprints have been standardized, allele- and genotype frequencies can be viewed for any given marker. GenoSonic also provides functionalities for identity matching. One or more DNA fingerprints from unknown samples can be matched against a standardized dataset to establish identities or infer relatedness. Finally, GenoSonic implements a genetic distance tree construction function, which can be used to visualize relatedness among samples in a selected dataset. The bioinformatics resource developed in this study was applied to a microsatellite DNA fingerprinting project aimed at the re-establishment or confirmation of clonal identity of Pinus patula ramets from pine clonal seed orchards developed by a South African forestry company at one of their new agricultural estates in South Africa. The results from GenoSonic‟s automated binning function (CSMerge-1) and the results from the identity matching and tree construction exercise were compared to results obtained by human experts who have analysed the data manually. It was demonstrated that the results from GenoSonic equalled or surpassed the manual results in terms of accuracy and consistency, and far surpasses the manual effort in terms of the speed at which analyses could be completed. GenoSonic was developed with specific focus on reusability, and the ability to be modified or extended to solve future genotyping-related problems. This study not only provides a solution to current genotype data management and analysis needs of researchers, but is aimed at serving as a basic framework, or component library for future software development projects that may be required to address specific needs of researchers dealing with high-throughput genotyping data. / Dissertation (MSc)--University of Pretoria, 2011. / Biochemistry / unrestricted

Security is a key challenge for any IIoT network and more so for constrained IWSN deployments. Novel methods are thus required to enhance security, taking into consideration the lossy and low power nature of the IWSN. The use of ICMP packets is proposed as a method to generate fingerprinting information for IWSN devices. The ICMP based method uses the round-trip time information in the ICMP header as a fingerprinting metric. The results showed that the effect of the physical layer can be averaged out of the measurement if enough samples are available. A linear relationship was found between hop count and round-trip time for a static network which can be used in the design phase of the IWSN network or alternatively as a method to fingerprint routing anomalies in real-time. The ICMP method was able to differentiate between devices from different vendors, but unable to fingerprint devices from the same vendor due to physical layer interference. The work shows that fingerprinting in an IWSN using the ICMP method is possible if the timing delta under investigation is an order of magnitude larger than the timing variation introduced by the physical layer while maintaining a reasonable signal-to-noise ratio. / Dissertation (MEng (Computer Engineering))--University of Pretoria, 2021. / Electrical, Electronic and Computer Engineering / MEng (Computer Engineering) / Unrestricted

Operating System fingerprinting is a reconnaissance method used by Whitehats and Blackhats alike. Current techniques for fingerprinting do not take into account tunneling protocols, such as IPSec, SSL/TLS, and SSH, which effectively `wrap` network traffic in a ciphertext mantle, thus potentially rendering passive monitoring ineffectual. Whether encryption makes VPN tunnel endpoints immune to fingerprinting, or yields the encrypted contents of the VPN tunnel entirely indistinguishable, is a topic that has received modest coverage in academic literature. This study addresses these question by targeting two tunnelling protocols: IPSec and SSL/TLS. A new fingerprinting methodology is presented, several fingerprinting discriminants are identified, and test results are set forth, showing that endpoint identities can be uncovered, and that some of the contents of encrypted VPN tunnels can in fact be discerned. / Dissertation (MSc (Computer Science))--University of Pretoria, 2005. / Computer Science / unrestricted