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Caracterização do proteoma nuclear de folhas de cana-de-açúcar (Saccharum spp) de 1 e 4 meses de idade / Nuclear proteome characterization of one and four-month-old sugarcane (Saccharum spp) leavesSilva, Danielle Izilda Rodrigues da 26 October 2012 (has links)
A cana-de-açúcar é uma cultura economicamente importante, cultivada especialmente pelo seu colmo, que constitui a matéria-prima para produtos como o açúcar e o bioetanol. Ademais, a compreensão do proteoma nuclear é essencial para decifrar os mecanismos que governam a regulação gênica. No presente estudo, é demonstrado o isolamento e a identificação através de 1D SDS-PAGE de proteínas nucleares originadas de folhas jovens de plantas de cana-de-açúcar. Os núcleos foram isolados de folhas F+1 frescas de cana-de-açúcar de 1 e 4 meses, usando o protocolo modificado de Folta e Kaufman (2000). O experimento consistiu em um delineamento inteiramente casualizado, com três repetições de 18 plantas cada. Após a purificação usando o gradiente de percoll, a integridade do núcleo foi avaliada por meio da coloração com orceína acetolática 1% e com DAPI. Os resultados obtidos revelam os núcleos como esferas uniformes com o diâmetro médio de 5 ?m. As proteínas nucleares foram isoladas usando o reagente TRI Reagent (Sigma) e quantificadas por meio do método de Bradford. As análises de Western blot foram usadas para demonstrar o enriquecimento de proteínas nucleares. As membranas foram incubadas com a RUBISCO, PEPCase, OEE1, Histona e PCNA. A presença da PCNA e da Histona foram detectadas apenas no extrato de proteínas nucleares, já a RUBISCO, a PEPCase e a OEE1 foram detectadas de forma abundante no extrato de proteínas total e reduzida na fração nuclear. Para a caracterização do proteoma nuclear, 60 ?g de proteínas foram separadas por SDS-PAGE e cada canaleta dividida em 20 bandas. As proteínas de cada banda foram digeridas e purificadas. A identificação foi realizada por meio de espectrometria de massas (Synapt G2 HDMS) e analisadas usando o ProteinLynx e o banco de dados SUCEST. Programas como BaCelLo, WoLF PSORT, Plant-mPloc, SherLoc e PSORT foram usados para a predição da localização subcelular das proteínas identificadas. A classe de proteínas identificadas mais abundante se relaciona à montagem de nucleossomos, e é representada principalmente pelas histonas, como H2A.2, H2A.8, H3.3, H2B.1, H2B.2, dentre outras. Ademais, ainda foram encontradas classes menos abundantes relacionadas ao metabolismo do DNA, do RNA, regulação da transcrição, dentre outras. Alguns fatores de transcrição e outras proteínas nucleares típicas também foram identificadas, porém, possivelmente em decorrência de sua baixa abundância, não foram observados em todas as repetições. Os resultados encontrados mostram a aplicabilidade da metodologia para criar um perfil preciso do proteoma nuclear de cana-de-açúcar. / Sugarcane is a cash crop, cultivated for its stalks which accumulate sucrose, the raw material for products like sugar and bioethanol. Nuclear proteome comprehension is essential for deciphering the mechanisms that governs genome regulation and function. In the present study, we report the isolation and identification by 1D SDS-PAGE of nuclear proteins from young sugarcane leaves. The nuclei were isolated from fresh tissue of one and four-month-old sugarcane F+1 leaves, using the modified protocol of Folta and Kaufman (2000). The experiment consisted on a completely randomized design, three biological repetitions each with 18 plants. After purification using a percoll gradient, nucleus integrity was evaluated by staining with 1% acetolactic orcein and with DAPI. The results obtained reveal nuclei as uniform spheres with an average diameter of 5 ?m. The nuclear proteins were isolated using TRI Reagent (Sigma) and quantified by Bradford. Western blot analysis were used to prove enrichment for nuclear proteins. Membranes were incubated with RUBISCO, PEPCase, OEE1, Histone and PCNA. The presence of PCNA and Histone were detected only in the nuclear fraction. RUBISCO, PEPCase and OEE1 were very abundant in the total protein fraction and reduced in the nuclear fraction. For the characterization of nuclear proteome, 60 ?g of proteins were separated by SDSPAGE and each lane divided into 20 sections, the proteins from each section were digested and purified. Protein identification was carried out by mass spectrometry (Synapt G2 HDMS) and analyzed using ProteinLynx and SUCEST database. Softwares, such as BaCelLo, WoLF PSORT, Plant-mPloc, SherLoc and PSORT were also used to predict the subcelular localization of the identified proteins. The most abundant protein class is related to the nucleosome assembly. It is represented specially by histones like H2A.2, H2A.8, H3.3, H2B.1, H2B.2, among others. Besides, less abundant classes like the ones related to DNA and RNA metabolism, regulation of transcription and others were also found. Some transcription factors and other typical nuclear proteins were identified as well, but, possibly due to their low abundance, they were not observed in all three repetitions. These results show the applicability of this method to create an accurate sugarcane nuclear proteome profile.
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Modelos para área foliar, fitomassa e extração de nutrientes na cultura de arroz. / Models for leaf area, dry matter and nutrient extraction by rice crop.Garcia y Garcia, Axel 18 April 2002 (has links)
O objetivo do trabalho foi propor modelos para estimar índice de área foliar, fitomassa seca e extração de macronutrientes pela cultura de arroz, bem como determinar a época de máxima taxa de extração de N e K. O experimento foi conduzido na várzea do Departamento de Produção Vegetal da ESALQ/USP. O solo foi classificado como Gleissolo Eutrófico, horizonte A chernozênico, textura média a argilosa (FAO -Unesco: Gleysols; USDA: Humic Haplaquept). Foi utilizada a variedade cultivada IAC 103, caracterizada por ser de ciclo médio e de alto rendimento. As variáveis observadas foram o índice de área foliar, a fitomassa seca em diferentes compartimentos da planta (raiz, folha e colmo e panícula) e os teores de macronutrientes por unidade de fitomassa seca. Para estimativa da extração de N, P, K, Ca, Mg e S, levou-se em consideração o teor de macronutrientes na planta e a produção, por unidade de área, de fitomassa seca. Em função dos resultados obtidos, foram propostos modelos cuja base matemática é fundamentada em eventos biológicos que acontecem ao longo do ciclo da cultura. Os modelos propostos apresentaram adequado desempenho para definir ordem de grandeza dos valores de índice de área foliar, fitomassa seca, extração de macronutrientes pela cultura de arroz, bem como para estimar a máxima taxa de absorção de N e K. / The objective of this study was to propose models to estimate leaf area index, dry matter and uptake macronutrients, and to determinate the maximum N and K uptake rates moment by rice crop. The field experiment was carried out at a wetland area of the Crop Science Department, University of São Paulo, Brazil. The soil is classified as Humic Haplaquept (FAO - UNESCO: Gleysols; Brazil: Gleissolo Eutrófico). The rice variety IAC 103 (middle season cycle and high yield) was used. Observed variables were leaf area index, dry matter from different parts of the plant (root, leaf and stem, and panicle) and macronutrient content. To estimate N, P, K, Ca, Mg and S extraction, the macronutrient content and dry matter were used. As results of this study, phytotechnical models, based on biological events that occurred during the crop cycle, were proposed. These models showed a satisfactory behavior to define the magnitude of estimated leaf area index, dry matter, macronutrient extraction by rice crop and maximum N and K uptake rates.
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Modelos para área foliar, fitomassa e extração de nutrientes na cultura de arroz. / Models for leaf area, dry matter and nutrient extraction by rice crop.Axel Garcia y Garcia 18 April 2002 (has links)
O objetivo do trabalho foi propor modelos para estimar índice de área foliar, fitomassa seca e extração de macronutrientes pela cultura de arroz, bem como determinar a época de máxima taxa de extração de N e K. O experimento foi conduzido na várzea do Departamento de Produção Vegetal da ESALQ/USP. O solo foi classificado como Gleissolo Eutrófico, horizonte A chernozênico, textura média a argilosa (FAO Unesco: Gleysols; USDA: Humic Haplaquept). Foi utilizada a variedade cultivada IAC 103, caracterizada por ser de ciclo médio e de alto rendimento. As variáveis observadas foram o índice de área foliar, a fitomassa seca em diferentes compartimentos da planta (raiz, folha e colmo e panícula) e os teores de macronutrientes por unidade de fitomassa seca. Para estimativa da extração de N, P, K, Ca, Mg e S, levou-se em consideração o teor de macronutrientes na planta e a produção, por unidade de área, de fitomassa seca. Em função dos resultados obtidos, foram propostos modelos cuja base matemática é fundamentada em eventos biológicos que acontecem ao longo do ciclo da cultura. Os modelos propostos apresentaram adequado desempenho para definir ordem de grandeza dos valores de índice de área foliar, fitomassa seca, extração de macronutrientes pela cultura de arroz, bem como para estimar a máxima taxa de absorção de N e K. / The objective of this study was to propose models to estimate leaf area index, dry matter and uptake macronutrients, and to determinate the maximum N and K uptake rates moment by rice crop. The field experiment was carried out at a wetland area of the Crop Science Department, University of São Paulo, Brazil. The soil is classified as Humic Haplaquept (FAO UNESCO: Gleysols; Brazil: Gleissolo Eutrófico). The rice variety IAC 103 (middle season cycle and high yield) was used. Observed variables were leaf area index, dry matter from different parts of the plant (root, leaf and stem, and panicle) and macronutrient content. To estimate N, P, K, Ca, Mg and S extraction, the macronutrient content and dry matter were used. As results of this study, phytotechnical models, based on biological events that occurred during the crop cycle, were proposed. These models showed a satisfactory behavior to define the magnitude of estimated leaf area index, dry matter, macronutrient extraction by rice crop and maximum N and K uptake rates.
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Caracterização do proteoma nuclear de folhas de cana-de-açúcar (Saccharum spp) de 1 e 4 meses de idade / Nuclear proteome characterization of one and four-month-old sugarcane (Saccharum spp) leavesDanielle Izilda Rodrigues da Silva 26 October 2012 (has links)
A cana-de-açúcar é uma cultura economicamente importante, cultivada especialmente pelo seu colmo, que constitui a matéria-prima para produtos como o açúcar e o bioetanol. Ademais, a compreensão do proteoma nuclear é essencial para decifrar os mecanismos que governam a regulação gênica. No presente estudo, é demonstrado o isolamento e a identificação através de 1D SDS-PAGE de proteínas nucleares originadas de folhas jovens de plantas de cana-de-açúcar. Os núcleos foram isolados de folhas F+1 frescas de cana-de-açúcar de 1 e 4 meses, usando o protocolo modificado de Folta e Kaufman (2000). O experimento consistiu em um delineamento inteiramente casualizado, com três repetições de 18 plantas cada. Após a purificação usando o gradiente de percoll, a integridade do núcleo foi avaliada por meio da coloração com orceína acetolática 1% e com DAPI. Os resultados obtidos revelam os núcleos como esferas uniformes com o diâmetro médio de 5 ?m. As proteínas nucleares foram isoladas usando o reagente TRI Reagent (Sigma) e quantificadas por meio do método de Bradford. As análises de Western blot foram usadas para demonstrar o enriquecimento de proteínas nucleares. As membranas foram incubadas com a RUBISCO, PEPCase, OEE1, Histona e PCNA. A presença da PCNA e da Histona foram detectadas apenas no extrato de proteínas nucleares, já a RUBISCO, a PEPCase e a OEE1 foram detectadas de forma abundante no extrato de proteínas total e reduzida na fração nuclear. Para a caracterização do proteoma nuclear, 60 ?g de proteínas foram separadas por SDS-PAGE e cada canaleta dividida em 20 bandas. As proteínas de cada banda foram digeridas e purificadas. A identificação foi realizada por meio de espectrometria de massas (Synapt G2 HDMS) e analisadas usando o ProteinLynx e o banco de dados SUCEST. Programas como BaCelLo, WoLF PSORT, Plant-mPloc, SherLoc e PSORT foram usados para a predição da localização subcelular das proteínas identificadas. A classe de proteínas identificadas mais abundante se relaciona à montagem de nucleossomos, e é representada principalmente pelas histonas, como H2A.2, H2A.8, H3.3, H2B.1, H2B.2, dentre outras. Ademais, ainda foram encontradas classes menos abundantes relacionadas ao metabolismo do DNA, do RNA, regulação da transcrição, dentre outras. Alguns fatores de transcrição e outras proteínas nucleares típicas também foram identificadas, porém, possivelmente em decorrência de sua baixa abundância, não foram observados em todas as repetições. Os resultados encontrados mostram a aplicabilidade da metodologia para criar um perfil preciso do proteoma nuclear de cana-de-açúcar. / Sugarcane is a cash crop, cultivated for its stalks which accumulate sucrose, the raw material for products like sugar and bioethanol. Nuclear proteome comprehension is essential for deciphering the mechanisms that governs genome regulation and function. In the present study, we report the isolation and identification by 1D SDS-PAGE of nuclear proteins from young sugarcane leaves. The nuclei were isolated from fresh tissue of one and four-month-old sugarcane F+1 leaves, using the modified protocol of Folta and Kaufman (2000). The experiment consisted on a completely randomized design, three biological repetitions each with 18 plants. After purification using a percoll gradient, nucleus integrity was evaluated by staining with 1% acetolactic orcein and with DAPI. The results obtained reveal nuclei as uniform spheres with an average diameter of 5 ?m. The nuclear proteins were isolated using TRI Reagent (Sigma) and quantified by Bradford. Western blot analysis were used to prove enrichment for nuclear proteins. Membranes were incubated with RUBISCO, PEPCase, OEE1, Histone and PCNA. The presence of PCNA and Histone were detected only in the nuclear fraction. RUBISCO, PEPCase and OEE1 were very abundant in the total protein fraction and reduced in the nuclear fraction. For the characterization of nuclear proteome, 60 ?g of proteins were separated by SDSPAGE and each lane divided into 20 sections, the proteins from each section were digested and purified. Protein identification was carried out by mass spectrometry (Synapt G2 HDMS) and analyzed using ProteinLynx and SUCEST database. Softwares, such as BaCelLo, WoLF PSORT, Plant-mPloc, SherLoc and PSORT were also used to predict the subcelular localization of the identified proteins. The most abundant protein class is related to the nucleosome assembly. It is represented specially by histones like H2A.2, H2A.8, H3.3, H2B.1, H2B.2, among others. Besides, less abundant classes like the ones related to DNA and RNA metabolism, regulation of transcription and others were also found. Some transcription factors and other typical nuclear proteins were identified as well, but, possibly due to their low abundance, they were not observed in all three repetitions. These results show the applicability of this method to create an accurate sugarcane nuclear proteome profile.
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Diversidade e estrutura de comunidades bacterianas na filosfera e suas relações com a espécie vegetal e compostos orgânicos voláteis / Bacterial community structure and diversity in the phyllosphere and their relation to plant species and volatile organic compoundsNunes, Gisele Lopes 11 February 2011 (has links)
A filosfera foi considerada um ambiente extremo durante muitos anos para os microrganismos. Estudos recentes envolvendo comunidades bacterianas na superfície das plantas têm demonstrado que esta é composta por uma enorme e variável diversidade, principalmente em plantas de ambientes naturais como as da Mata Atlântica. Comparar as comunidades de bactérias de plantas de ambientes naturais com as de sistemas agrícola é de extrema importância, visto que as matas abrigam uma enorme diversidade vegetal e esta vem sendo diariamente substituída pela agricultura. Fatores ambientais como radiação UV, compostos orgânicos liberados pelas plantas em resposta à proteção, estresse osmótico e disponibilidade de nutrientes também podem induzir ou reprimir a colonização dessas bactérias na filosfera das plantas. Portanto, este trabalho traçou dois objetivos, o primeiro foi avaliar a variabilidade na comunidade bacteriana da filosfera de plantas cultivadas (soja, cana-de-açúcar, e eucalipto), localizadas em regiões geograficamente distintas, utilizando sequenciamento de bibliotecas de clones de DNA do gene rRNA 16S e comparar com as comunidades da filosfera de plantas nativas (Trichilia clausenii, Trichilia catigua e Campomanesia xanthocarpa), e o segundo, foi verificar a influência dos compostos orgânicos voláteis (COVs) emitidos pela planta, os diferentes níveis de radiação solar e a sazonalidade na seleção das comunidades bacterianas na filosfera de Trichilia clausenii, usando sequenciamento de bibliotecas de clones de cDNA do gene rRNA 16S e cromatografia gasosa acoplada à espectrometria de massas (CGEM). A análise comparativa das bibliotecas de clones do gene rRNA 16S de plantas de ambientes naturais com cultivadas, confirmou que cada espécie de planta possui sua própria comunidade de bactérias, sendo a diversidade de UTOs na filosfera de C. xanthocarpa e T. clusenii maior que a de plantas cultivadas. O filo Proteobacteria. foi predominante em ambas as filosferas de plantas cultivadas e nativas, sendo as Alphaproteobacteria dominantes na soja e na cana-de-açúcar e as Gamaproteobacteria nas filosferas das três árvores da Mata Atlântica. Este resultado sugere que a filosfera de plantas cultivadas pode selecionar grupos específicos de bactérias que não são encontradas na filosfera de espécies arbóreas da Mata Atlântica, e vice-versa, e que a substituição de florestas por culturas agrícolas pode levar a uma redução da beta-diversidade de bactérias. Já os resultados da afiliação filogenética das amostras da filosfera de Tichilia clausenii submetida a diferentes intensidades de radiações UV, também mostraram uma predominância de clones associados à Proteobacteria em todas as bibliotecas avaliadas. O fator luminosidade e o da planta, quando avaliados na mesma época, não mostraram efeito sob a comunidade bacteriana, entretanto, o efeito da sazonalidade foi bastante evidente, apresentando uma maior diversidade e riqueza de espécies durante a estação chuvosa. Os dados sugerem que as bactérias epifíticas possuem um elevado grau de adaptação a diferentes condições ambientais que são expostas. / The phyllosphere has been considered an extreme environment to microorganisms for many years. Recent studies involving bacterial communities on plant surfaces has shown that they comprise an abundant and dynamic variety, mainly in natural environments, such as the Atlantic Forest. The comparison of bacterial communities from plants in natural environments with those of agricultural systems is extremely important, since forests contain an enormous plant diversity which is being replaced daily by agricultural cultivation. Environmental factors such as UV radiation, organic compounds released by plants in response to protection, osmotic pressure, and nutrient availability can either induce or suppress the colonization of bacteria in the phyllosphere of plants. Therefore, this study aimed to evaluate the variability in phyllospheric bacterial communities of native plants (Trichilia clausenii, Trichilia catigua and Campomanesia xanthocarpa) and crops (soybean, sugar cane and eucalyptus) located in geographically distinct regions, using 16S rRNA gene sequences from clone libraries, the influence of volatile organic compounds (VOCs) emitted by each plant, the different levels of solar radiation, and seasonality in the selection of bacterial communities in the phyllosphere of Trichilia clausenii using 16S rRNA gene sequences from cDNA clone libraries and gas chromatography-mass spectrometry (GCMS). The comparative analysis of the 16S rRNA gene sequences from clone libraries of plants from natural environments confirmed that each plant species has its own community of bacteria, where the diversity of OTUs in the phyllosphere of C. xanthocarpa and T. clusenii was greater than that of cultivated plants. The phylum Proteobacteria was predominant in the phyllosphere of both cultivated and native plants, where Alphaproteobacteria was dominant in phyllospheres of soybean and sugar cane and Gamaproteobacteria was harbored on the three trees of the Atlantic Forest. These results suggest that the phyllosphere of cultivated plants can select for specific groups of bacteria that are not found in the phyllosphere of tree species in the Atlantic Forest, and vice versa, where the conversion of forests to agriculture may lead to a reduction of bacterial beta diversity. The results of the phylogenetic affiliation between the phyllospheres of Tichilia clausenii, subjected to different intensities of UV radiation, also showed a predominance of clones associated with Proteobacteria in the evaluated clone libraries. The light factor, which was evaluated during the same period, showed no effect on the bacterial community, however, seasonal effects were quite evident, showing a higher diversity and species richness during the rainy season. This data suggests that epiphytic bacteria are equipped with a high degree of adaptation to different environmental conditions that they are exposed to.
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Diversidade e estrutura de comunidades bacterianas na filosfera e suas relações com a espécie vegetal e compostos orgânicos voláteis / Bacterial community structure and diversity in the phyllosphere and their relation to plant species and volatile organic compoundsGisele Lopes Nunes 11 February 2011 (has links)
A filosfera foi considerada um ambiente extremo durante muitos anos para os microrganismos. Estudos recentes envolvendo comunidades bacterianas na superfície das plantas têm demonstrado que esta é composta por uma enorme e variável diversidade, principalmente em plantas de ambientes naturais como as da Mata Atlântica. Comparar as comunidades de bactérias de plantas de ambientes naturais com as de sistemas agrícola é de extrema importância, visto que as matas abrigam uma enorme diversidade vegetal e esta vem sendo diariamente substituída pela agricultura. Fatores ambientais como radiação UV, compostos orgânicos liberados pelas plantas em resposta à proteção, estresse osmótico e disponibilidade de nutrientes também podem induzir ou reprimir a colonização dessas bactérias na filosfera das plantas. Portanto, este trabalho traçou dois objetivos, o primeiro foi avaliar a variabilidade na comunidade bacteriana da filosfera de plantas cultivadas (soja, cana-de-açúcar, e eucalipto), localizadas em regiões geograficamente distintas, utilizando sequenciamento de bibliotecas de clones de DNA do gene rRNA 16S e comparar com as comunidades da filosfera de plantas nativas (Trichilia clausenii, Trichilia catigua e Campomanesia xanthocarpa), e o segundo, foi verificar a influência dos compostos orgânicos voláteis (COVs) emitidos pela planta, os diferentes níveis de radiação solar e a sazonalidade na seleção das comunidades bacterianas na filosfera de Trichilia clausenii, usando sequenciamento de bibliotecas de clones de cDNA do gene rRNA 16S e cromatografia gasosa acoplada à espectrometria de massas (CGEM). A análise comparativa das bibliotecas de clones do gene rRNA 16S de plantas de ambientes naturais com cultivadas, confirmou que cada espécie de planta possui sua própria comunidade de bactérias, sendo a diversidade de UTOs na filosfera de C. xanthocarpa e T. clusenii maior que a de plantas cultivadas. O filo Proteobacteria. foi predominante em ambas as filosferas de plantas cultivadas e nativas, sendo as Alphaproteobacteria dominantes na soja e na cana-de-açúcar e as Gamaproteobacteria nas filosferas das três árvores da Mata Atlântica. Este resultado sugere que a filosfera de plantas cultivadas pode selecionar grupos específicos de bactérias que não são encontradas na filosfera de espécies arbóreas da Mata Atlântica, e vice-versa, e que a substituição de florestas por culturas agrícolas pode levar a uma redução da beta-diversidade de bactérias. Já os resultados da afiliação filogenética das amostras da filosfera de Tichilia clausenii submetida a diferentes intensidades de radiações UV, também mostraram uma predominância de clones associados à Proteobacteria em todas as bibliotecas avaliadas. O fator luminosidade e o da planta, quando avaliados na mesma época, não mostraram efeito sob a comunidade bacteriana, entretanto, o efeito da sazonalidade foi bastante evidente, apresentando uma maior diversidade e riqueza de espécies durante a estação chuvosa. Os dados sugerem que as bactérias epifíticas possuem um elevado grau de adaptação a diferentes condições ambientais que são expostas. / The phyllosphere has been considered an extreme environment to microorganisms for many years. Recent studies involving bacterial communities on plant surfaces has shown that they comprise an abundant and dynamic variety, mainly in natural environments, such as the Atlantic Forest. The comparison of bacterial communities from plants in natural environments with those of agricultural systems is extremely important, since forests contain an enormous plant diversity which is being replaced daily by agricultural cultivation. Environmental factors such as UV radiation, organic compounds released by plants in response to protection, osmotic pressure, and nutrient availability can either induce or suppress the colonization of bacteria in the phyllosphere of plants. Therefore, this study aimed to evaluate the variability in phyllospheric bacterial communities of native plants (Trichilia clausenii, Trichilia catigua and Campomanesia xanthocarpa) and crops (soybean, sugar cane and eucalyptus) located in geographically distinct regions, using 16S rRNA gene sequences from clone libraries, the influence of volatile organic compounds (VOCs) emitted by each plant, the different levels of solar radiation, and seasonality in the selection of bacterial communities in the phyllosphere of Trichilia clausenii using 16S rRNA gene sequences from cDNA clone libraries and gas chromatography-mass spectrometry (GCMS). The comparative analysis of the 16S rRNA gene sequences from clone libraries of plants from natural environments confirmed that each plant species has its own community of bacteria, where the diversity of OTUs in the phyllosphere of C. xanthocarpa and T. clusenii was greater than that of cultivated plants. The phylum Proteobacteria was predominant in the phyllosphere of both cultivated and native plants, where Alphaproteobacteria was dominant in phyllospheres of soybean and sugar cane and Gamaproteobacteria was harbored on the three trees of the Atlantic Forest. These results suggest that the phyllosphere of cultivated plants can select for specific groups of bacteria that are not found in the phyllosphere of tree species in the Atlantic Forest, and vice versa, where the conversion of forests to agriculture may lead to a reduction of bacterial beta diversity. The results of the phylogenetic affiliation between the phyllospheres of Tichilia clausenii, subjected to different intensities of UV radiation, also showed a predominance of clones associated with Proteobacteria in the evaluated clone libraries. The light factor, which was evaluated during the same period, showed no effect on the bacterial community, however, seasonal effects were quite evident, showing a higher diversity and species richness during the rainy season. This data suggests that epiphytic bacteria are equipped with a high degree of adaptation to different environmental conditions that they are exposed to.
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Ferrugem asiática da soja: relações entre o atraso do controle químico, rendimento, severidade e área foliar sadia de soja (Glycine max L. Merril) / Asian soybean rust: relationship between delay of chemical control, yield, severity and healthy leaf area of soybean (Glycine max L. Merril)Calaça, Helen Alves 25 January 2008 (has links)
O controle da ferrugem asiática é altamente dependente do tratamento com fungicidas. A decisão do momento correto da aplicação é fundamental para a eficiência do tratamento, visto que atrasos na efetuação do controle podem torná-lo tão ineficaz quanto à ausência de aplicações. O dano provocado pela ferrugem asiática é decorrente da redução da área foliar, devido à destruição do tecido vegetal e desfolha precoce. Tendo em vista a influência que o atraso no controle tem sobre a ferrugem asiática, e esta sobre a folhagem das plantas de soja, o dano pode ser melhor compreendido com o uso de variáveis que captem modificações na área foliar do hospedeiro. Com os objetivos de avaliar o efeito do atraso no controle da ferrugem asiática sobre o rendimento e os componentes do rendimento, a duração (HAD), a absorção da área foliar sadia (HAA) de plantas de soja e sobre a severidade da doença e examinar as relações entre o rendimento de soja com a duração, absorção da área foliar sadia e severidade da ferrugem asiática, foram conduzidos cinco experimentos no Centro de Pesquisa e Desenvolvimento Agrícola da Arysta LifeScience, em Pereiras-SP. Os experimentos envolveram um tratamento preventivo e tratamentos que corresponderam a atrasos crescentes na efetuação do controle químico. As relações entre os parâmetros citados acima foram avaliadas por meio de testes de comparação de médias (LSD) e regressões lineares e não lineares (p<=0,05). Os resultados mostraram que nas situações em que o início da ferrugem asiática da soja ocorre próximo à fase reprodutiva, o rendimento cai à taxa de -31 kg ha-1 a -15 kg ha-1 por cada dia de atraso no controle, sendo o dano maior nos estádios mais jovens e menor nos estádios mais avançados. Na relação entre o atraso no controle da ferrugem asiática da soja e HAA, 10 MJ m-2 deixam de ser absorvidos por cada dia de atraso no controle. Na relação entre o atraso no controle da ferrugem asiática da soja e HAD, a duração da área foliar sadia diminui 2,4 a 1,4 dias por cada dia em que o controle é atrasado. Na relação entre o rendimento de soja e HAA, são ganhos 2 kg ha-1 para cada MJ m-2 absorvido pela área foliar sadia. Na relação entre o rendimento de soja e HAD, são ganhos de 13 a 9 kg ha-1 para cada dia de duração da área foliar sadia. A relação entre atraso no controle da ferrugem asiática da soja e severidade da doença é de 0,25% ponto percentual para cada dia de atraso no controle. A relação entre o rendimento de soja e severidade da ferrugem asiática é de -36 kg ha-1 por cada ponto percentual de severidade. A variável que melhor se relaciona com o rendimento de soja é a absorção da área foliar sadia (HAA). Tanto HAA quanto HAD são variáveis melhores do que a severidade para serem usadas na quantificação de danos provocados pela ferrugem asiática na soja. Nas situações em que o início da doença ocorre próximo à fase reprodutiva, atrasos no controle da ferrugem asiática superiores a 28 dias apresentam o mesmo resultado que a ausência de controle. Não há redução no rendimento de soja se o início da ferrugem asiática ocorrer a partir do estádio R5. / The control of the asian soybean rust is highly dependent of fungicides treatment. The decision of the correct moment of application is critical for the efficiency of the treatment, since delays in the control can become it so inefficacious as the absence of applications. The damage caused by asian soybean rust is decurrent of the reduction of the leaf area, due to vegetal tissue destruction and early defoliation. In view, the influence that the control delay has on the asian rust, and this on the foliage of the soybean plants, the yield loss can be better understood with the use of variable that catch modifications in the leaf area of the host plant. With the objectives to evaluate the effect of the delay in the asian soybean control on the yield and the yield components, the duration (HAD) and absorption of the healthy leaf area (HAA) of soybean plants and on the disease severity, and to examine the relationship between the soybean yield with the healthy leaf area duration, healthy leaf area absorption and asian soybean rust severity, were conducted five field experiments in Agricultural Research and Development Center of the Arysta LifeScience, in Pereiras-SP. The experiments had involved a preventive treatment and treatments that had corresponded the increasing delays in the chemical control. The relationship between the cited parameters above had been evaluated by averages comparison test (LSD) and linear and non linear regressions (p<=0,05). The results had shown that in the situations where the beginning of the asian soybean rust occurs next to the reproductive phase, the yield fall -31 kg ha-1 to -15 kg ha-1 per each day of control delay, being the loss bigger in youngest stadiums and lesser in oldier stadiums. In the relationship between control delay of the asian soybean rust and HAA, 10MJ m-2 does not absorbed per each day of control delay. In the relationship of the control delay of the asian soybean rust and HAD, the duration of the healthy leaf area reduced 2,4 to 1,4 days per each day where the control is delayed. In the relationship between soybean yield and HAA, were obtained 2 kg ha-1 for each MJ m-2 absorbed by the healthy leaf area. In the relationship between soybean yield and HAD, were obtained 9 to 13 kg ha-1 for each day of healthy leaf area duration. The relationship between control delay of the asian soybean rust and disease severity was of 0,25% percentile point for each day of delay in the control. The relationship between soybean yield and severity of the asian soybean rust were of -36 kg ha-1 for each percentile point of severity. The variable that better becomes related with the yield soybean was the healthy leaf area absorption (HAA). Even HAA as HAD are better variables than severity to be used in the yield losses quantification of the asian soybean rust. In the situations that the beginning of the disease occurs next to reproductive phase, control delay of asian soybean rust higher than 28 days show the same result that the control absence. It does not have reduction in the soybean yield if the beginning of the asian soybean rust occurs after the R5 stadium.
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Efeito de reguladores de crescimento (via tratamento de sementes e foliar) no desenvolvimento e na produtividade da cultura de algodão / Growth regulators (by seed treatment and foliar) effect on cotton crop development and productivitySoares, Leonardo Cirilo da Silva 17 January 2011 (has links)
Com o objetivo geral de verificar o efeito do uso de reguladores de crescimento, via tratamento de sementes e foliar, sobre o desenvolvimento e a produtividade da cultura de algodão foram desenvolvidos cinco experimentos durante os anos de 2009 e 2010 (quatro desenvolvidos em Piracicaba, SP e o quinto em Pedra Preta, MT) com os seguintes objetivos específicos: (Experimento 1): verificar o efeito de dois reguladores de crescimento (cloreto de mepiquat associado ou não a ciclanilida) e doses (0,00+0,00; 1,60+0,40; 4,50+0,00 e 4,50+1,13 g de cloreto de mepiquat + ciclanilida por kg de sementes) sobre o desenvolvimento de diferentes cultivares de algodão (FMT-523, FMT-701, NuOpal, FM-993 e FM-910); (Experimento 2): verificar o efeito de diferentes reguladores de crescimento (cloreto de mepiquat associado ou não a ciclanilida) e doses (0,00+0,00; 0,75+0,19; 1,50+0,00; 1,50+0,38; 2,25+0,56; 3,00+0,00; 3,00+0,75; 3,75+0,94; 4,50+0,00 e 4,50+1,13 g de cloreto de mepiquat + ciclanilida por kg de sementes), aplicado via tratamento de sementes, sobre o desenvolvimento da cultura de algodão; (Experimento 3): verificar o efeito do uso do regulador de crescimento cloreto de mepiquat via tratamento de sementes (doses de 0,0 e 4,5 g de cloreto de mepiquat por kg de sementes), combinado com diferentes doses foliares (doses de 0, 63, 126 e 189 g.ha-1 de cloreto de mepiquat aplicadas em duas épocas, sendo a primeira aplicação: [1] em V4 - aplicação precoce - e [2] em B1 - aplicação padrão), no desenvolvimento e na produtividade da cultura de algodão; (Experimento 4): verificar o efeito do uso do regulador de crescimento cloreto de mepiquat via tratamento de sementes (doses de 0,0 e 4,5 g de cloreto de mepiquat por kg de sementes), combinado com diferentes doses foliares (0, 125, 250, 375 e 500 g.ha-1 de cloreto de mepiquat), na produtividade da cultura de algodão; e (Experimento 5): verificar o efeito de diferentes reguladores de crescimento (cloreto de mepiquat associado ou não a ciclanilida) e doses (0,00+0,00; 0,75+0,19; 1,13+0,00; 1,50+0,38; 2,25+0,00; 2,25+0,56; 3,00+0,75; 3,38+0,00; 3,75+0,94; 4,50+0,00 e 4,50+1,13 g de cloreto de mepiquat + ciclanilida por kg de sementes), aplicados via tratamento de sementes, no desenvolvimento da cultura de algodão. De acordo com os resultados obtidos, conclui-se que o uso do cloreto de mepiquat, via tratamento de sementes e foliar, interfere retardando o desenvolvimento e reduzindo o crescimento e a produtividade da cultura de algodão, e que a ciclanilida, via tratamento de sementes, potencializa o efeito do cloreto de mepiquat. / With the general purpose of verifying the growth regulators (applied by seed treatment and foliar) effect on cotton crop development and productivity five experiments were carried out during 2009 and 2010 (four in Piracicaba, State of São Paulo, and one in Pedra Preta, State of Mato Grosso) with the following specific objectives: (Experiment 1): verify the effect of two growth regulators (mepiquat chloride in association with cyclanilide) and doses (0.00+0.00, 1.60+0.40, 4.50+0.00 and 4.50+1.13 g of mepiquat chloride + cyclanilide per kg of seeds) on the development of different cultivars of cotton (FMT-523, FMT-701, NuOpal, FM-993 e FM-910); (Experiment 2): verify the effect of different growth regulators (mepiquat chloride in association with cyclanilide) and doses (0.00+0.00, 0.75+0.19, 1.50+0.00, 1.50+0.38, 2.25+0.56, 3.00+0.00, 3.00+0.75, 3.75+0.94, 4.50+0.00 and 4.50+1.13 g of mepiquat chloride + cyclanilide per kg of seeds), applied by seed treatment, on the crop cotton development; (Experiment 3): verify the effect of mepiquat chloride (growth regulator) by seed treatment (doses of 0.0 and 4.5 g of mepiquat chloride per kg of seeds), associated to different foliar doses (0, 63, 126 and 189 g.ha-1 of mepiquat chloride applied in two periods, being the first application: [1] in V4 - precocious application - and [2] in B1 - standard application), on the development and productivity of cotton crop; (Experiment 4): verify the effect of mepiquat chloride (growth regulator) by seed treatment (doses of 0.0 and 4.5 g of mepiquat chloride per kg of seeds), associated to different foliar doses (0, 125, 250, 375 and 500 g.ha-1 of mepiquat chloride), on the cotton crop productivity; and (Experiment 5): verify the effect of different growth regulators (mepiquat chloride in association with cyclanilide) and doses (0.00+0.00, 0.75+0.19, 1.13+0.00; 1.50+0.38, 2.25+0.00, 2.25+0.56, 3.00+0.75, 3.38+0.00, 3.75+0.94, 4.50+0.00 and 4.50+1.13 g of mepiquat chloride + cyclanilide per kg of seeds), applied by seed treatment, on the cotton crop development. According to the results, we conclude that the use of mepiquat chloride, by seed treatment and foliar, slows the development and reduces the growth and yield of cotton crop, and the cyclanilide, applied by seed treatment, enhances the negative effect of chloride mepiquat.
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Efeito de reguladores de crescimento (via tratamento de sementes e foliar) no desenvolvimento e na produtividade da cultura de algodão / Growth regulators (by seed treatment and foliar) effect on cotton crop development and productivityLeonardo Cirilo da Silva Soares 17 January 2011 (has links)
Com o objetivo geral de verificar o efeito do uso de reguladores de crescimento, via tratamento de sementes e foliar, sobre o desenvolvimento e a produtividade da cultura de algodão foram desenvolvidos cinco experimentos durante os anos de 2009 e 2010 (quatro desenvolvidos em Piracicaba, SP e o quinto em Pedra Preta, MT) com os seguintes objetivos específicos: (Experimento 1): verificar o efeito de dois reguladores de crescimento (cloreto de mepiquat associado ou não a ciclanilida) e doses (0,00+0,00; 1,60+0,40; 4,50+0,00 e 4,50+1,13 g de cloreto de mepiquat + ciclanilida por kg de sementes) sobre o desenvolvimento de diferentes cultivares de algodão (FMT-523, FMT-701, NuOpal, FM-993 e FM-910); (Experimento 2): verificar o efeito de diferentes reguladores de crescimento (cloreto de mepiquat associado ou não a ciclanilida) e doses (0,00+0,00; 0,75+0,19; 1,50+0,00; 1,50+0,38; 2,25+0,56; 3,00+0,00; 3,00+0,75; 3,75+0,94; 4,50+0,00 e 4,50+1,13 g de cloreto de mepiquat + ciclanilida por kg de sementes), aplicado via tratamento de sementes, sobre o desenvolvimento da cultura de algodão; (Experimento 3): verificar o efeito do uso do regulador de crescimento cloreto de mepiquat via tratamento de sementes (doses de 0,0 e 4,5 g de cloreto de mepiquat por kg de sementes), combinado com diferentes doses foliares (doses de 0, 63, 126 e 189 g.ha-1 de cloreto de mepiquat aplicadas em duas épocas, sendo a primeira aplicação: [1] em V4 - aplicação precoce - e [2] em B1 - aplicação padrão), no desenvolvimento e na produtividade da cultura de algodão; (Experimento 4): verificar o efeito do uso do regulador de crescimento cloreto de mepiquat via tratamento de sementes (doses de 0,0 e 4,5 g de cloreto de mepiquat por kg de sementes), combinado com diferentes doses foliares (0, 125, 250, 375 e 500 g.ha-1 de cloreto de mepiquat), na produtividade da cultura de algodão; e (Experimento 5): verificar o efeito de diferentes reguladores de crescimento (cloreto de mepiquat associado ou não a ciclanilida) e doses (0,00+0,00; 0,75+0,19; 1,13+0,00; 1,50+0,38; 2,25+0,00; 2,25+0,56; 3,00+0,75; 3,38+0,00; 3,75+0,94; 4,50+0,00 e 4,50+1,13 g de cloreto de mepiquat + ciclanilida por kg de sementes), aplicados via tratamento de sementes, no desenvolvimento da cultura de algodão. De acordo com os resultados obtidos, conclui-se que o uso do cloreto de mepiquat, via tratamento de sementes e foliar, interfere retardando o desenvolvimento e reduzindo o crescimento e a produtividade da cultura de algodão, e que a ciclanilida, via tratamento de sementes, potencializa o efeito do cloreto de mepiquat. / With the general purpose of verifying the growth regulators (applied by seed treatment and foliar) effect on cotton crop development and productivity five experiments were carried out during 2009 and 2010 (four in Piracicaba, State of São Paulo, and one in Pedra Preta, State of Mato Grosso) with the following specific objectives: (Experiment 1): verify the effect of two growth regulators (mepiquat chloride in association with cyclanilide) and doses (0.00+0.00, 1.60+0.40, 4.50+0.00 and 4.50+1.13 g of mepiquat chloride + cyclanilide per kg of seeds) on the development of different cultivars of cotton (FMT-523, FMT-701, NuOpal, FM-993 e FM-910); (Experiment 2): verify the effect of different growth regulators (mepiquat chloride in association with cyclanilide) and doses (0.00+0.00, 0.75+0.19, 1.50+0.00, 1.50+0.38, 2.25+0.56, 3.00+0.00, 3.00+0.75, 3.75+0.94, 4.50+0.00 and 4.50+1.13 g of mepiquat chloride + cyclanilide per kg of seeds), applied by seed treatment, on the crop cotton development; (Experiment 3): verify the effect of mepiquat chloride (growth regulator) by seed treatment (doses of 0.0 and 4.5 g of mepiquat chloride per kg of seeds), associated to different foliar doses (0, 63, 126 and 189 g.ha-1 of mepiquat chloride applied in two periods, being the first application: [1] in V4 - precocious application - and [2] in B1 - standard application), on the development and productivity of cotton crop; (Experiment 4): verify the effect of mepiquat chloride (growth regulator) by seed treatment (doses of 0.0 and 4.5 g of mepiquat chloride per kg of seeds), associated to different foliar doses (0, 125, 250, 375 and 500 g.ha-1 of mepiquat chloride), on the cotton crop productivity; and (Experiment 5): verify the effect of different growth regulators (mepiquat chloride in association with cyclanilide) and doses (0.00+0.00, 0.75+0.19, 1.13+0.00; 1.50+0.38, 2.25+0.00, 2.25+0.56, 3.00+0.75, 3.38+0.00, 3.75+0.94, 4.50+0.00 and 4.50+1.13 g of mepiquat chloride + cyclanilide per kg of seeds), applied by seed treatment, on the cotton crop development. According to the results, we conclude that the use of mepiquat chloride, by seed treatment and foliar, slows the development and reduces the growth and yield of cotton crop, and the cyclanilide, applied by seed treatment, enhances the negative effect of chloride mepiquat.
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Caracterização de perfis transcricionais de folhas e da região cambial de Eucalyptus grandis usando o SAGE / Caracterization of Eucalyptus grandis leaves and cambial region transcriptomes using SAGECarvalho, Mayra Costa da Cruz Gallo de 06 February 2007 (has links)
Apenas muito recentemente estratégias genômicas e pós-genômicas têm sido utilizadas em estudos de espécies arbóreas importantes na silvicultura. Nos países tropicais, a exemplo do Brasil, as espécies de eucalipto são especialmente importantes nos plantios comerciais principalmente destinados à indústria de papel e celulose. O eucalipto é caracterizado por elevadas taxas de crescimento e alta adaptabilidade resultante da interação de mecanismos moleculares e processos metabólicos ainda pouco conhecidos. Nesse sentido, o presente trabalho teve como objetivo principal o estabelecimento de perfis transcricionais comparativos para folhas e para o xilema em formação de árvores de Eucalyptus grandis. grandis. O uso do método SAGE permitiu analisar 5864 genes dos quais 2247 (38%) puderam ser identificados. Foram encontrados 464 genes diferencialmente expressos, sendo 47 exclusivamente expressos na região cambial e 64 nas folhas. Além disso, as estratégias adotadas na identificação tags-genes permitiram que as SAGE tags fossem eficientemente utilizadas na diferenciação de isoformas gênicas tecido-específicas e de localização celular específica. Genes relacionados à fotossíntese, fotorrespiração e destoxificação celular foram preferencialmente encontrados na biblioteca SAGE de folhas, enquanto genes relacionados à síntese da parede celular, organização do citoesqueleto e respiração, foram preferencialmente expressos na biblioteca SAGE de madeira. Os níveis de expressão dos transcritos sugeriram a ocorrência de possíveis mecanismos de controle transcricional comum para grupos de genes funcionalmente relacionados e foram também utilizados para sugestão de genes e processos que representam alvos potenciais para o melhoramento do eucalipto. / Recently genomic and post-genomic strategies have been used to study important tree species in planted forests. In the tropical countries, like Brazil, Eucalyptus species are especially important in commercial plantations destined for the paper and cellulose industry. Eucalyptus species are characterized by their high growth rates and great adaptability resulting from the interaction between molecular mechanisms and metabolic processes that are still uncharacterized. Thus, the main goal of this work was the comparison of the transcriptional profiles from leaves and the cambial region of Eucalyptus grandis trees. The use of SAGE allowed the evaluation of 5864 expressed tags of which 2247 (38%) could be identified. 464 differentially expressed tags were indicated, of which 47 were exclusively expressed in the cambial region library and 64 in the leaf library. Furthermore, the strategies used in the tag mapping process allowed an efficient use of the SAGE tags to distinguish gene isoforms with tissue-specific and/or specific cell localizations. Genes related to photosynthesis, photorespiration and cellular detoxification were preferentially found in the SAGE leaf library, while genes involved in cell wall biosynthesis, cytoskeletal organization and respiration were preferentially expressed in the developing xylem. Transcript expression levels suggested the presence of a common transcriptional control for a few functionally related genes, for example, some lignin related genes. Importantly, transcript expression levels were also used for the identification of target genes and processes potentially useful in future Eucalyptus breeding programs.
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