Reproduction de : Thèse d'exercice : Médecine vétérinaire : Toulouse 3 : 2009. / Titre provenant de l'écran titre. Bibliogr. p. 46-51.

Th. doct.-ing.--Nancy, I.N.P.L., 1977.

Brevibacterium aurantiacum est une actinobactérie qui confère des propriétés organoleptiques clés aux fromages à croûte lavée lors de l’affinage. Malgré son importance industrielle, il n’existe aucun outil génétique disponible pour la modification génétique de cette espèce et seulement deux génomes complets sont disponibles à l’heure actuelle. L’acquisition de connaissances fondamentales sur le répertoire des gènes de cette espèce et sur leurs fonctions est primordiale pour comprendre son rôle dans l’affinage des fromages à croûte lavée. Lors de ce projet de maîtrise, 12 plasmides et quatre vecteurs synthétiques ont été utilisés pour transformer six souches laitières de B. aurantiacum et une souche de B. linens dans le but d’adapter l’outil génétique CRISPR-Cas9 pour ces actinobactéries. Différents protocoles de préparation de cellules électrocompétentes et de transformation par électroporation ont été testés, mais il a été impossible de transformer les souches bactériennes à l’étude. Les actinobactéries du genre Brevibacterium sont donc récalcitrantes à la transformation génétique Dans un second temps, nous avons séquencé six génomes additionnels de Brevibacterium et nous avons effectué des analyses génomiques comparatives avec les génomes publics. Nos analyses phylogénétiques ont révélé que les souches laitières précédemment considérées comme membres de l’espèce B. linens appartiennent en fait à l’espèce B. aurantiacum, mettant en évidence l’importance de cette espèce dans la production fromagère. Les génomes de B. aurantiacum sont composés de 2612 gènes de coeur et possèdent un pangénome ouvert atteignant jusqu’à 6259 gènes. Les génomes étudiés sont riches en éléments d’ADN mobiles et des transferts horizontaux de gènes (HGT) entre diverses actinobactéries d’affinage des fromages ont été observés chez tous les génomes de B. aurantiacum. Nos analyses génomiques comparatives apportent de nouvelles informations sur l’évolution et l’adaptation de B. aurantiacum à l’écosystème des fromages. / Brevibacterium aurantiacum is an orange-pigmented actinobacterium that confers key organoleptic properties to washed-rind cheeses during surface ripening. To date, only two complete and assembled genomes of B. aurantiacum are available and there is currently no genetic tool available to study this industrially relevant species. The acquisition of fundamental knowledge on the gene repertoire of this species and their functions is essential to understand its evolution and its role in cheese ripening In this study, 12 plasmids and 4 synthetic vectors were used to transform 6 B. aurantiacum dairy strains and one B. linens strain in the aim of adapting CRISPR-Cas9 tool for these bacterial species. Different electrocompetent cell preparation and electroporation methods were tested to transform various Brevibacterium strains, but no transformants were recovered with all the experiments. Therefore, it seems that Brevibacterium strains are recalcitrant to genetic transformation We sequenced six additional genomes of Brevibacterium and performed phylogenetic and pan-genome analyses. Our phylogenetic analysis revealed that cheese isolates, previously identified as B. linens, belong to the B. aurantiacum species, making this species a key player in cheese production. B. aurantiacum genomes are composed of 2612 core genes with an open pan-genome reaching now 6259 genes. Horizontal gene transfers (HGT) between cheese actinobacteria were observed in all B. aurantiacum genomes. HGT regions involved in iron acquisition were found in five B. aurantiacum genomes, which suggests cooperative evolution between smear-ripened cheese actinobacteria. Our comparative genomic analysis provides novel insights into the evolution and the adaptation of B. aurantiacum to the cheese ecosystem.

La matrice du fromage Cheddar est souvent, selon les souches, un milieu propice à la survie des probiotiques au cours de la fabrication et de l’entreposage à long terme. Elle les protégerait également lors du passage dans le tractus gastro-intestinal, leur permettant d’atteindre l’intestin sous une forme viable. Par contre, la compétition avec les lactocoques pour les nutriments, le pH acide, le sel et la présence d’oxygène pendant la fabrication sont tous des facteurs qui peuvent affecter la viabilité des probiotiques. Dans le but de vérifier les paramètres influençant la viabilité des probiotiques dans le fromage Cheddar pendant la fabrication et la maturation, six souches probiotiques commerciales ont été sélectionnées. Il s’agit des souches Lactobacillus rhamnosus GR-1, Lb. rhamnosus GG, Lb. rhamnosus R0011, Lactobacillus helveticus R0052, Lactobacillus acidophilus LA-5 et Bifidobacterium animalis ssp. lactis Bb-12. Dans un premier temps, afin de déterminer la nature des interactions possibles avec les lactocoques de fabrication, une étude de biocompatibilité a été effectuée avec quatre souches de lactocoques commerciaux ainsi qu’un mélange de lactocoques commerciaux. Il s’est avéré que la biocompatibilité des probiotiques était variable en fonction du lactocoque. Le lactocoque W62 était le plus biocompatible pour les souches probiotiques. Dans l’extrait acellulaire de la souche W62, la combinaison des souches Bb-12 et GR-1 était plus performante. La viabilité des six souches probiotiques seules et des souches Bb-12 et GR-1 fut ensuite évaluée dans des caillés modèles composés du lactocoque (W62), de deux pH (5.0 et 5.4) et de deux S/H (2.5 % et 4.5 %). Chacune des souches probiotiques étaient affectées différemment en fonction du pH, du S/H et de la présence de la souche W62. Dans les caillés modèles, la viabilité des souches de Lb. rhamnosus (GR-1, GG et R0011) était meilleure que celle des souches Lb. acidophilus LA-5, B. lactis Bb-12 et Lb. helveticus R0052. Lors de leur co-culture, la population des souches Bb-12 et GR-1 était plus élevée que lorsqu’elles étaient seules. Des fromages furent ensuite fabriqués avec ces deux souches seules ou en combinaison. Pendant la fabrication fromagère, la viabilité de la souche Bb-12 diminua de 1 log UFC/g pendant la cuisson. Des essais en mini-fromagerie confirmèrent qu’une agitation élevée pendant la cuisson diminuait la survie de la souche Bb-12. Par contre, il fut impossible de confirmer si l’oxygène était aussi en cause. Pendant l’affinage des fromages, les deux souches probiotiques ont maintenu leur population dans les fromages pendant les douze semaines d’affinage. La protéolyse ainsi que la quantité d’acides organiques étaient plus élevées dans les fromages contenant la souche GR-1. Le fromage contenant la souche Bb-12 entreposée à 4°C avait des propriétés sensorielles différentes des fromages contenant la souche GR-1. / When added to Cheddar cheese, viability of probiotic strains vary according to combination of several factors. These factors are the probiotic strain being studied, the lactic acid bacteria strain used in the manufacture of cheese, the presence of other probiotic strains, stirring while cooking, pH, salt on moisture (S/M) content and ripening temperature. The lactic acid bacteria strain used for Cheddar cheese process influence the viability of probiotic strains. In the same way, co-culture of two probiotic strains can also affect their viability. While cooking procedure, high level of agitation may affect probiotic strain viability. During ripening, each probiotic strain had a single survival profile according to the pH, S/M and ripening temperature. Moreover, depending on the probiotic strain added in cheese, proteolysis and the amount of organic acids had increase. This increase causes changes in texture and in sensory properties of Cheddar cheese.

Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2016-2017 / Le fromage Mozzarella entre dans la composition de plusieurs mets populaires d’Amérique du Nord. L’aptitude de ce fromage à être râpé et ses propriétés caractéristiques de cuisson en font un ingrédient idéal. Ces qualités sont attribuées principalement aux propriétés physiques particulières de ce fromage sous certaines conditions de cisaillement et de température. Le but de ce projet était d’évaluer l’impact de différentes stratégies couramment mises en oeuvre dans l’industrie fromagère sur la composition, la microstructure et les propriétés physiques du fromage. Diverses stratégies ont été étudiées : les conditions de filage du caillé lors du procédé de « pasta filata », l’addition de protéines sériques dénaturées, le contrôle de la minéralisation et le vieillissement du fromage. Les résultats ont démontré que le contrôle de l’intensité mécanique et thermique fournie lors du filage permettait respectivement de réduire les pertes de solides et d’améliorer la répartition de la phase aqueuse dans la matrice fromagère. L’aptitude au râpage du fromage peut être optimisée en combinant l’utilisation de plusieurs stratégies dont la réduction du calcium colloïdal, un temps de vieillissement adéquat et un râpage à basse température. Par ailleurs, des changements aux facteurs mentionnés précédemment sont apportés lors de l’ajout de protéines sériques dénaturées, ces dernières ayant un impact sur la composition et la structure du fromage. Des modèles prédictifs de l’aptitude au râpage ont été développés en sélectionnant uniquement les descripteurs de composition et de texture pertinents. La perception sensorielle du fromage cuit sur pizza et les propriétés physiques du fromage fondu ont été considérablement influencées par l'évolution physico-chimique du fromage au cours du vieillissement. L’utilisation d’une nouvelle approche pour la caractérisation des propriétés rhéologiques du fromage fondu sous fortes contraintes a permis d’établir de bonnes relations avec les descripteurs sensoriels de texture. Ce travail a permis de valider l’hypothèse que l’utilisation d’une ou plusieurs stratégies simples et accessibles pouvait être mise de l’avant afin d’optimiser les propriétés physiques du fromage Mozzarella. Cela contribue à une meilleure compréhension des facteurs pouvant être contrôlés afin de développer des fromages avec des attributs spécifiques, lorsqu’utilisés comme ingrédient. / Mozzarella cheese is expected to perform various key attributes when used as a food ingredient. The shreddability and the melting properties of cheese during and after baking are mainly governed by the physical properties of cheese when subjected to external factors such as shear and temperature. Therefore, the goal of this project was to evaluate the impact of cheese-making strategies commonly used in the dairy processing industry on the cheese composition, microstructure, and physical properties. Various strategies were studied: pasta filata process conditions, addition of denatured whey protein (WP-D) to milk, control of curd mineralization, and cheese aging. Results showed that controlling the mechanical and thermal intensity during the pasta filata process can lead to reduced cheese solid losses and a better distribution of water within cheese microstructure, respectively. The ability of cheese to be shredded can be increased using a combination of multiple factors such as lowering colloidal calcium phosphate associated with casein, proper aging, and by reducing cheese temperature before shredding. However, an optimisation of the previous factors should be done if WP-D is added because of its impact on cheese composition and structure. Predictive models to assess cheese shreddability were built using only few relevant compositional and textural descriptors. Sensory perception of baked cheese texture and physical properties of melted cheese were dramatically influenced by the physico-chemical evolution of cheese during aging. Melted cheese texture was satisfactorily related to different sensory attributes using a novel approach to determine the rheological properties under the large stress experienced during mastication. This work validated the hypothesis that simple cheese-making strategies, alone or combined, can be used to optimize the cheese physical properties. This contributes to a better understanding of the factors that can be controlled to improve or develop cheese ingredient with specific attributes.

La qualité microbiologique des produits alimentaires est primordiale, que ce soit pour la salubrité ou l'innocuité alimentaire ou la consistance de ceux-ci. Dans le cas des produits laitiers comme le fromage cheddar, il est important de s'intéresser au microbiote du lait cru et principalement aux bactéries lactiques (LAB) résistantes au traitement thermique appliqué au lait. Ces LAB font partie de la flore secondaire du fromage et sont parfois responsables de défauts organoleptiques. Comme le microbiote du lait cru est modulé par l'environnement de la ferme, il est tout indiqué d'évaluer l'impact de différentes pratiques de gestion à la ferme susceptibles d'influencer le niveau de LAB dans le lait. Cette thèse s'est intéressée premièrement à l'ensilage, des plantes fourragères fermentées en anaérobie par des LAB et l'impact de son inoculation avec Lactobacillus buchneri. Un total de 24 fermes utilisant différents fourrages (foin, ensilages inoculés ou non de graminées, de légumineuse ou de maïs) a été échantillonné à deux reprises (automne 2015 et printemps 2016). Nos résultats indiquent que l'ensilage constitue pour le lait cru une source mineure de contamination en LAB, car le typage des isolats a montré un taux de transfert des souches de 6%. De plus, Lactobacillus buchneri, très présent dans tout type d'ensilages (42%) et utilisé comme inoculant, a été rarement isolé dans les laits. Par ailleurs, une souche de Lactobacillus plantarum RKG 2-212 collectée dans le lait et qui provenait de l'ensilage de maïs a démontré une résistance à la chaleur significativement supérieure à la souche de référence L. plantarum ATCC 14917 (P < 0.0001). Son impact lors de la fabrication et l'affinage du cheddar a été évalué et comparé à une autre souche thermorésistante, Lactobacillus delbrueckii RKG R10. Bien que n'influençant pas l'acidification du lait lors de la production modèle d'un cheddar, L. plantarum RKG 2-212 a eu un effet sur l'affinage. Après 12 jours à 30 °C, l'augmentation de sa population a diminué significativement le pH de la pâte. De plus, des changements dans les composés volatils ont été observés dont certains correspondent à des flaveurs impropres au cheddar. La deuxième pratique à la ferme qui a été évaluée est l'utilisation de la litière de fumier recyclé (LFR) qui gagne en popularité. En raison de la charge bactérienne élevée du fumier et du procédé de fabrication de cette litière, il semble probable qu'elle soit une source de contamination en LAB thermorésistantes pour le lait. Des laits provenant de 84 fermes utilisant la LFR ou la paille ont été analysés au printemps 2018. Cette étude a démontré que l'abondance des spores de bactéries d'altération n'était pas supérieure dans les laits associés à la LFR. Cependant, les Streptococcus sp. et les Enterococcus faecalis thermorésistants étaient plus prévalents dans les échantillons de lait associés à la LFR. Parmi ceux-ci, trois E. faecalis et un Streptococcus thermophilus ont démontré une excellente survie durant la production expérimentale de cheddar (test de Pearce). Ces derniers pourraient avoir des effets néfastes lors de l'affinage. En conclusion, des pratiques de gestion à la ferme comme l'utilisation de l'ensilage et la LFR peuvent moduler les LAB du lait et il est possible que les bactéries thermorésistantes influencent négativement la production fromagère. Les producteurs et transformateurs laitiers devraient considérer l'impact de l'utilisation de la LFR et de l'ensilage sur les bactéries thermorésistantes du lait afin de développer des stratégies pour les minimiser. / The microbiological quality of food is essential, whether for food safety or for the product consistency. For dairy products, including cheddar cheese, the focus should be on milk microbiota and mainly on lactic acid bacteria (LAB) resistant to the heat treatment applied to milk. These LAB in cheese are called non-starter lactic acid bacteria and they are sometimes responsible for organoleptic defects. As the raw milk microbiota is modulated by the farm environment, the impact of different farm management practices that may influence the presence of LAB in milk should be assessed. This thesis firstly focused on silage, forage plant anaerobically fermented with LAB and the impact of its inoculation with Lactobacillus buchneri. A total of 24 farms using different forages (hay, grasses, legumes or corn silage inoculated or not) were sampled twice (fall 2015 and spring 2016). Silage has been shown to be a minor source of LAB contamination for milk. The typing of isolates indicated a 6% transfer rate of the strains. Also, Lactobacillus buchneri, which is often present in all types of silage (42%) and used as an inoculant, has been rarely isolated from milk. A strain of Lactobacillus plantarum RKG 2-212 collected in milk and which came from corn silage demonstrated a thermoresistance significantly higher than the reference strain L. plantarum ATCC 14917 (P < 0.0001). Its impact during the production and ripening of cheddar was evaluated and compared with another thermoresistant strain, Lactobacillus delbrueckii RKG R10. Although it did not influence the acidification of milk in the model production of a cheddar, L. plantarum RKG 2-212 impacted ripening. After 12 days at 30°C, the increase in its population significantly decreased the pH of the curd. Moreover, changes in volatile compounds have been observed, some of which correspond to unsuitable flavor. The second farm management practice that has been evaluated is the recycled manure solids bedding (RMS) which is gaining popularity. Due to the high bacterial load of the manure and the manufacturing process of this litter, it seems likely that it is a source of thermoresistant LAB for milk. Milk samples from 84 farms using RMS or straw bedding were analyzed in spring 2018. This study demonstrated that the spores of spoilage bacteria were not higher in RMS-milk samples. However, Streptococcus sp. and Enterococcus faecalis were more prevalent in RMS-milk samples. Of these, three E. faecalis and one Streptococcus thermophilus demonstrated excellent survival during experimental cheddar production (Pearce activity test). These could cause defects during cheese ripening. In conclusion, farm management practices such as the use of silage and RMS can modulate LAB in milk and may have a negative impact on cheese production. Dairy farmers and processors should consider the impact of RMS and silage on thermoresistant bacteria in milk in order to develop strategies to minimize them.

La structure et la texture des aliments solides et leur évolution pendant la digestion affectent leur désintégration et la vitesse de libération et de dégradation des protéines. Il a été démontré que la cinétique de digestion a un impact sur l’utilisation postprandiale des protéines. D'autre part, les différentes variétés de fromages présentent des caractères texturaux, variant de souple à ferme, selon les processus technologiques appliqués pour leur fabrication. Ce projet vise à étudier si, et comment, la structure et la texture des fromages affectent la désintégration et la digestion des protéines des fromages. Des fromages commerciaux de textures différentes ont été choisis pour la première étude. Leur désintégration et la digestion des protéines en modèle in vitro ont été caractérisées. Les résultats ont montré que la phase gastrique de la digestion représente l’étape clef de la désintégration. La désintégration à la fin de la digestion gastrique était corrélée négativement avec certains des paramètres texturaux du fromage initial (cohésion et élasticité). Cependant la désintégration était aussi corrélée positivement à la teneur en lipides du fromage. La libération et la dégradation des protéines variaient entre les fromages, en raison de leurs vitesses de désintégration différentes. La deuxième étude a examiné l’impact des changements de texture fromagère, induits par la réduction de la teneur en lipides du fromage seulement, sur la digestibilité des fromages de type Cheddar et Mozzarella. En réduisant la teneur en lipides du fromage Cheddar, la digestion des protéines était ralentie, en raison de sa désintégration plus lente. Par contre la réduction de la teneur en lipides n’influence pas la digestion des fromages Mozzarella, en raison de la faible réduction de la teneur en lipides du fromage qui joue un rôle limité sur la texture du fromage. La désintégration des fromages à la fin de digestion gastrique et duodénale était non seulement corrélée négativement à la cohésion et l’élasticité du fromage initial, mais aussi à la dureté du fromage initial. La troisième étude a vérifié l'impact du changement de la texture du fromage durant la digestion gastrique et son impact sur la désintégration du fromage, en utilisant les fromages de type Cheddar et Mozzarella, de composition et texture similaires, comme modèles. Dans les premières 15 min de la digestion gastrique, la contrainte de rupture (la pression nécessaire pour engendrer la rupture du fromage) était diminuée rapidement et la désintégration était rapide pour les fromages Cheddar et Mozzarella. De 15 à 120 min de la digestion gastrique, la contrainte de rupture était stable pour le fromage Cheddar, tandis qu’elle était diminuée graduellement pour le fromage Mozzarella. Cependant le fromage Cheddar était peu désintégré tandis que le fromage Mozzarella était désintégré graduellement. Ces résultats suggèrent que certaines variétés de fromages ont des cinétiques de digestion différentes qui influencent la digestion des protéines. / Recently, the food disintegration in stomach was reported to be affected by food structure and texture and their changes during digestion. This phenomenon should affect the kinetics of protein release and degradation in gastro-intestinal tract, which may affect protein postprandial utilization. Cheeses, depending on their processing parameters, have different structural and textural properties. This study aimed to understand how cheese structure and texture affect cheese disintegration and protein digestion during digestion. Firstly, cheese disintegration and cheese protein digestion were characterized for five commercial cheeses presenting different textural properties induced by different technological treatments. This study aimed to understand if cheese texture affects cheese digestibility. Results showed that gastric digestion was the critical step in cheese disintegration. Cheese disintegration at the end of gastric digestion was correlated negatively to cheese springiness and cohesiveness. Meanwhile cheese disintegration was also correlated positively to cheese initial fat content. The protein release and hydrolysis rates during gastric digestion were different among cheeses, related to their different disintegration rates. Secondly, the impact of cheese texture, induced by fat reduction only, on the digestibility of Cheddar and Mozzarella cheeses was studied. With decreasing fat content in Cheddar, the protein digestion slowed down explained by their slower disintegration. However, the reduction of fat in Mozzarella cheese had no impact on cheese disintegration and protein digestion, explained by the low fat reduction which presented limited effect on cheese texture. Cheese disintegration at the end of gastric and duodenal digestion was correlated negatively not only to cheese cohesiveness and springiness, but also to cheese initial hardness. Thirdly, the change of cheese texture during gastric digestion and its further effect on cheese disintegration were studied, using Cheddar and Mozzarella cheeses presenting similar compositional and textural properties as models. Results showed that during the first 15 min of gastric digestion, cheeses showed a sharp decrease of fracture stress (pressure at which the sample crumbles) meanwhile the disintegration was fast. From 15 to 120 min gastric digestion, the fracture stress of Cheddar remained stable while Mozzarella cheese showed a slow but gradual decrease of the fracture stress. During this time, Cheddar cheese was barely disintegrated, meanwhile the disintegration of Mozzarella was gradual. These results suggest that some cheese varieties show different digestion kinetics that modulate the digestion of cheese proteins.

Geotrichum candidum est une levure dimorphique utilisée en fromagerie pour l’affinage des fromages de spécialité. Elle s’implante à la surface des fromages et utilise les constituants de la matrice fromagère (protéines, lipides, acides organiques, etc.), ce qui confère aux fromages leurs propriétés sensorielles typiques. Ces capacités technologiques dépendent toutefois de la souche. Les études récentes basées sur l’analyse phylogénétique et transcriptomique de souches de G. candidum ont révélé une diversité génétique importante au sein de cette espèce, ce qui pourrait expliquer la variabilité des capacités technologiques. Cependant, peu d’informations sont disponibles quant aux caractéristiques génétiques des souches responsables de leurs propriétés aromatisantes et fonctionnelles lors de l’affinage des fromages. La compréhension fine des activités de G. candidum est prioritaire tant pour les artisans-fromagers que pour les grandes fromageries industrielles afin de sélectionner les souches les plus performantes pour leur produit. L’objectif principal de cette étude était de déterminer la diversité génétique entre les souches de la levure Geotrichum candidum par utilisation de la génomique comparative et de proposer une méthode moléculaire pour l’identification et la caractérisation rapide des souches. Les génomes de huit souches de G. candidum d’origine laitière ont été séquencés. Les génomes obtenus avaient une taille moyenne de 24,5 Mb et 5 230 gènes prédits. L’homologie des séquences de chaque souche a permis de les regrouper en trois groupes phylogénétiques distincts pour lesquels des gènes uniques ont pu être identifiés. Sur la base de l’analyse des séquences génomique, une méthode optimisée de génotypage par MLST a été développée et validée sur 41 souches de G. candidum. Cette méthode a permis de reproduire les résultats obtenus avec l’analyse génomique et permet une identification rapide des souches et de leurs groupements phylogénétiques. Les résultats générés dans ce projet permettront de développer des outils pour la sélection optimale des ferments d’affinages basés sur leurs capacités technologiques spécifiques. Ils serviront également à améliorer notre compréhension de la physiologie de cette levure et de décrire et optimiser l’utilisation des souches de G. candidum lors de l’affinage afin d’ultimement contrôler davantage la qualité des fromages. / The yeast Geotrichum candidum is used in several specialty cheeses varieties, such as mold and smear-ripened cheeses, and plays several roles during cheese ripening. Its ability to metabolize proteins, lipids and organic acids enables its growth on the cheese surface and participate to the development of organoleptic properties. By alkalinizing the surface duringi ts growth, it also establishes suitable conditions for the growth of other ripening microorganisms. Yet, several technological abilities of G. candidum are strains dependent. However, little information is available related to the genetic characteristics that define the flavoring and functional properties of this yeast during the ripening of cheeses. A detailed understanding of G. candidum metabolic activities is a priority for both artisanal cheese makers and large industrial cheese factories in order to detect the most efficient strains for their product. The main objective of this study was to determine the genetic diversity within the G. candidum species by comparative genomic and to propose a rapid molecular method for the identification and characterization of the strains. Eight strains of G. candidum of dairy origin was sequenced. The genomes obtained had an average of 24.5 Mb and 5,230 putative genes. The sequence homologies show that the strains divide into three distinct groups for which each contains unique genes. On the basis of the genomic sequences, a MLST method was optimized and validated for 41 G. candidum strains. This method reproduces the results obtained for the genomic analysis and allows a rapid identification of the strains and their grouping.The results generated in this project will improve our understanding of the physiology and the utility of the G. candidum strains during the ripening of cheese to ultimately be able to better control it.

Les souches microbiennes naturelles des fromages sont souvent caractérisées pour étudier leur contribution au développement des propriétés sensorielles (goût, odeur, texture) des fromages affinés. Une meilleure compréhension de ce rôle lors de l’affinage du fromage est essentielle afin de mieux contrôler la qualité de ceux-ci. Peu d’analyses génomiques en détails ont été effectuées sur les microorganismes de la microflore naturelle des fromages (microorganismes non inoculés), alors qu’un plus grand intérêt est porté sur les ferments inoculés. La caractérisation du génome complet de souches bactériennes provenant du terroir québécois permet d’en révéler le contenu en gènes et de prédire les voies métaboliques associées. Ceci permet également d’établir l’apport individuel de celles-ci à la production de composés aromatiques. Dans le cadre de ce travail, le génome complet de quatre souches Staphylococcus equorum ont été séquencés. Ensuite, une analyse détaillée du génome de ces quatre souches a été réalisée en effectuant l’assemblage et l’annotation fonctionnelle des ~2700 gènes prédits dans chacune des souches à l’étude. Des gènes impliqués potentiellement dans la protéolyse, la lipolyse et la dégradation du lactose, ont été retrouvés dans toutes les souches de S. equorum, révélant leur potentiel métabolique important dans le fromage. Plusieurs attributs intéressants des S. equorum ont également été identifiés par des analyses de génomique comparative. D’abord, la relation entre le regroupement phylogénétique des souches avec leurs sources d’isolement indique une possibilité d’adaptation des souches à leur niche écologique. La présence de gènes uniques ou peu partagés est aussi une caractéristique identifiable dans les génomes des souches étudiées et pouvant avoir un impact sur les métabolismes des souches. La caractérisation du génome de souches de S. equorum et les analyses phylogénomiques fournissent de nouvelles informations sur son rôle dans le fromage et des indices sur son potentiel métabolique. Les données génomiques obtenues permettront, lors de validations futures, de sélectionner des souches ayant des propriétés désirables en fonction des variétés fromagères afin d’obtenir des fromages de qualité optimale. / The natural microbiota of cheese has often been characterized to study their potential participation in the development of sensorial properties (taste, odour, texture) of the ripened cheeses. A better understanding of their role during cheese ripening is therefore essential in order to have a better control of its quality. Few in-depth genomic analyzes have been carried out on microorganisms of the natural microflora of cheese (non-inoculated microorganisms), while there is a greater interest for inoculated ferments. The genes possessed by bacterial strains of the Quebec terroir can be revealed by the characterization of their complete genome, leading to the prediction of the associated metabolic pathways. This also allows the establishment of the individual contribution of each strain to the production of aromatic compounds. As part of this work, the complete genome of four strains of Staphylococcus equorum were sequenced. Then, a detailed analysis of the genome of these four strains was completed by their assembly and the functional annotation of the ~ 2700 genes predicted in each of the studied strains. Genes potentially implicated in proteolysis, lipolysis and lactose degradation, were found in all S. equorum strains, revealing their potential metabolisms important for cheese. Several interesting attributes of S. equorum were also identified by comparative genomic analyses. First, the relation in between the phylogenetic grouping and the source of isolation of the strains, indicates a possible adaptation of the strains to their ecological niche. The presence of unique or barely shared genes is also a distinguishable characteristic of the studied strains and can have an impact on the metabolisms of the strains. The characterization of the genome of S. equorum strains and the phylogenomic analyzes have provided new information on their role in cheese and clues about their metabolic potential. The genomic data collected will allow during future validations the selection of strains with desirable properties in function of cheese variety to yield cheeses of optimal quality.

Les macroalgues Palmaria palmata et Saccharina longicruris sont riches en nutriments et contiennent des molécules antioxydantes ainsi que des inhibiteurs de l’enzyme de conversion de l’angiotensine (ECA). C’est également le cas du fromage de type Camembert. Cependant, l’impact de la combinaison de ces deux aliments sur la bioactivité globale est inconnu. Une analyse de la composition nutritionnelle des algues montre que P. palmata était la plus riche en protéines et en sucres totaux. S. longicruris avait un contenu plus élevé en fibres totales, minéraux totaux, sodium, potassium et lipides. Les capacités antioxydante et inhibitrice de l’ECA de l’extrait soluble > 1 kDa de S. longicruris étaient supérieures à celle de P. palmata. Trois différents traitements de fromages modèles ont été étudiés : un contrôle (CC), un modèle contenant 2 % de P. palmata (C2PP) et un autre contenant 2 % de S. longicruris (C2SL). Durant l’affinage (20 jours), l’évolution du pH du caillé des trois traitements était significativement similaire, partant de 4,89 et terminant à 6,77. La même tendance a été observée pour la capacité antioxydante (ORAC), débutant de 0 pour finir à 41,28 mmol TE/g de fromage. La capacité inhibitrice de l’ECA des trois traitements était significativement similaire au jour 0 (13,20%) et au jour 20 (58,27%). Par contre, C2SL n’avait pas la même courbe d’évolution que CC et C2PP. Ces résultats ont permis de valider la richesse nutritionnelle et des bioactivités des macroalgues. Aucun changement n’a été observé sur le développement et la bioactivité finale des deux fromages aux algues. / Seaweeds Palmaria palmata and Saccharina longicruris have high nutritional value and contain antioxidants and angiotensin-converting enzyme (ACE)-inhibitor compounds. This is also applicable to Camembert-type cheese. However, the impact of combining these two foods on the global bioactivity is unknown. The nutritional composition of the two dried seaweeds was characterized. P. palmata had the highest protein and total carbohydrate contents. S. longicruris had the highest contents in total fiber, total minerals, sodium, potassium and lipids. The antioxidant capacity (ORAC) and ACE-inhibitor activity of S. longicruris soluble extract > 1 kDa were higher than P. palmata. Three different types of cheese were studied: cheese control (CC) without seaweeds, cheese with 2% of P. palmata (C2PP) and cheese with 2% of S. longicruris (C2SL). During ripening (20 days), the curd pH of all treatments was significantly similar, starting from 4.89 and finishing at 6.77. The same trend was observed for their ORAC values, starting at 0 and then reached 41.28 mmol TE/g of cheese. The ACE-inhibitor capacity of the three treatments was significantly similar, at day 0 (13.20%) and day 20 (58.27%). On the other hand, C2SL did not have the same evolution curve as CC and C2PP. These results have shown and validated the nutritional value and bioactivities of seaweeds. Also, at the concentration of 2% of seaweeds, no impact was observed on the development and final bioactivities of the two seaweeds cheeses.