L’étude suivante analyse le processus de formation du prix des fromages fins au Québec fabriqués avec du lait de vache pour déterminer la répartition du dollar alimentaire entre les différents maillons de la filière. L’objectif de la recherche n’est pas de faire une recherche exhaustive sur le sujet, mais bien de décomposer le processus de formation du prix des fromages fins dans son ensemble. La construction du prix des fromages fins de la production à la consommation au Québec demeure floue et n’a jamais été le sujet d’études publiées approfondies sur la formation du prix que payent les consommateurs. Il est donc pertinent de s’y intéresser, notamment en raison de l’arrivée du nouveau contingent de fromages fins à la suite de la signature de l’Accord économique et commercial global avec l’Union européenne qui amplifiera potentiellement la concurrence par les prix sur le marché. L’analyse effectuée avec les données récoltées lors des entretiens réalisés avec les différents intervenants du milieu (transformateur, distributeur et détaillant) démontre que les marges brutes retenues sont plus importantes chez les détaillants par rapport aux autres maillons du circuit de commercialisation, se situant entre 35 et 45 % du prix final vendu au consommateur. Quant aux distributeurs, les marges brutes s’élèvent plutôt entre 16 et 20 %. Bien qu’il existe une certaine fourchette de marge brute retenue chez les distributeurs et les détaillants, la structure de prix varie énormément selon le produit, le volume, la popularité de la fromagerie/du fromage, la capacité de production, etc. De plus, la comparaison du processus de formation du prix d’un camembert français avec son équivalent québécois révèle que malgré la différence du coût de la matière première – le prix du lait est deux fois plus élevé au Québec –, le différentiel de prix entre les deux marchés provient majoritairement des maillons en aval de la production laitière. La différence des marges de fabrication est considérable et le total des marges de la distribution et des détaillants est beaucoup plus élevé au Québec qu’en France

Le bois est un matériau traditionnellement utilisé pour l'affinage des fromages, en raison de ses propriétés hydriques spécifiques. Le caractère ubiquiste de L. monocytogenes, bactérie responsable de la listériose, rend la contamination des fromages possible à toutes les étapes de la fabrication. La maîtrise sanitaire de L. monocytogenes sur les surfaces en IAA est donc un objectif prioritaire, pour lequel les inhibitions microbiennes peuvent jouer un rôle. L'objectif de ce travail était de vérifier que les planches d'affinage en bois, en condition d'utilisation étaient capables de limiter l'implantation de Listeria monocytogenes. Après l'étude de l'environnement des planches dans les caves de l'affineur partenaire, l'étude de l'écologie microbienne de la surface des planches a mis en évidence la prédominance des flores d'intérêt technologique de surface du reblochon et les faibles dénombrements des flores indésirables. Après contact avec les fromages, le nettoyage séchage des planches entraîne des modifications du biotope de surface qui le rendent défavorable à la croissance microbienne, sauf pour les flores d'intérêt technologique. L'étude du comportement de L. monocytogenes inoculée sur des planches d'affinage a révélé un effet inhibiteur de celles-ci, lié à la présence du biofilm natif, naturellement implanté sur ces planches. Cet effet inhibiteur a été démontré pour 2 souches de L. monocytogenes et à 2 stades de prélèvement des planches, dont le stade après nettoyage, le plus exposé au risque d'introduction de L. monocytogenes dans les caves. La coexistence de plusieurs mécanismes est suggérée avec un mécanisme inhibiteur principal par compétition nutritionnelle.

En France, Staphylococcus aureus est le micro-organisme pathogène le plus souvent incriminé dans des cas de toxi-infections alimentaires collectives par le lait et les produits laitiers. L'intoxication alimentaire résulte de l'ingestion d'entérotoxines staphylococciques (SE) produites dans les aliments par des souches de S. aureus productrices de SE. Dans le but d'identifier les principaux paramètres technologiques qui affectent la croissance de S. aureus, l'expression des gènes et la production d'entérotoxines pendant la fabrication de fromage à pâte pressée non cuite, l'impact de différents paramètres du procédé a été étudié à l'aide de plans d'expériences. Pour étudier l'expression des gènes des entérotoxines au cours de la fabrication de fromage, nous avons tout d'abord développé une méthode efficace pour récupérer l'ARN total à partir de fromage et nous avons appliqué une stratégie robuste pour étudier l'expression de gènes par RT-PCR quantitative. En se basant sur les résultats d'une enquête sur les pratiques des fabricants de fromages à pâte pressée non cuite, nous avons ensuite étudié l'impact de cinq paramètres technologiques du procédé de fabrication sur le comportement de cinq souches productrices des entérotoxines A, B, C ou D, indépendamment inoculées à 10³ ufc/ml dans le lait, au cours des 72 premières heures de la fabrication. Quels que soient les paramètres testés ou les souches étudiées, la population de S. aureus atteint au moins 10⁵ ufc/g de fromage quatre heures après le moulage. Au cours des 54 fabrications fromagères, SEA et SED sont les seules entérotoxines détectées, en quantité très faible (non quantifiable pour SEA) et variable en fonction des paramètres étudiés. La production d'entétérotoxine semble corrélée à une expression précoce du gène au cours de la fabrication (moins de 6 heures après l'emprésurage du lait). Le premier plan d'expériences mis en œuvre a révélé que, parmi les cinq paramètres étudiés, la température et la durée de maturation du lait avaient le plus fort impact sur la production de SE. Par la méthodologie des surfaces de réponses, nous avons ensuite établi des modèles mathématiques pour décrire la relation entre l'expression des gènes et la production d'entérotoxines et les deux paramètres de maturation du lait. La température de maturation du lait apparaît comme le paramètre clé qui doit être contrôlé pour limiter le risque d'intoxication alimentaire par S. aureus dans les fromages à pâte pressée non cuite.

Les bactéries lactiques (BAL) ont été utilisées par l\'humanité depuis des siècles en raison de leurs propriétés technologiques et de leur capacité à améliorer les propriétés organoleptiques des aliments. En outre, la demande des consommateurs pour des produits laitiers sains et dépourvus de conservateurs chimiques est de plus en plus grande.Dans ce contexte, l\'utilisation de bactéries lactiques utilisées depuis des siècles pour la fermentation des produits laitiers semble pertinente pour améliorer la digestibilité et/ou prolonger la durée de vie des produits laitiers fermentés. L\'une des principales propriétés de ces bactéries est la production de substances antimicrobiennes telles que des bactériocines, des peptides ou des composés non protéiques de faible poids moléculaire (acides organiques, H2O2, et ainsi de suite) qui inhibent la croissance des pathogènes alimentaires et des micro-organismes d\'altération. Les bactériocines sont des peptides antimicrobiens ribosomiques produits entre autre par certaines bactéries lactiques et qui possèdent un spectre d\'inhibition étroit ciblant généralement les bactéries à Gram-positif. Les substances inhibitrices produites par BAL peuvent également inhiber les champignons qui sont en grande partie responsables pour la détérioration des aliments. Un autre propriété importante de BAL est de modifier les protéines du lait au cours du processus de fermentation. Ceci est important pour les personnes allergiques, en raison de la modification du potentiel allergénique de protéines du lait, mais également important pour la production de peptides bioactifs. Récentes découvertes ont montré que des peptides dérivés de l\'hydrolyse des protéines du lait peuvent avoir des activités biologiques, tels que des activités antihypertensives, antioxydantes, antimicrobiennes et immunomodulatrices. En résumé, les BAL sont des outils potentiels pour la production d\'aliments de haute qualité, ce qui stimule la recherche de nouvelles souches ayant des propriétés biologiques intéressantes. Ainsi, l\'objectif de cette étude était d\'isoler et de cribler de nouvelles souches de BAL possédant des activités antimicrobienne et / où protéolytique. Des souches de BAL ont ainsi été isolées de lait de vache, de buffle et de chèvre ainsi que des fromages provenant du sud-est du Brésil. À partir de 156 échantillons de lait et de fromages, 815 isolats ont été obtenus sur des géloses sélectives pour les BAL. La majorité d\'entre elles était des coques ou des bacilles à Gram-positif et négatif pour la production de catalase. La présence d\'activités antimicrobiennes a été évaluée sur des cultures pures de ces nouveaux isolats par des tests d\'antagonisme sur géloses (essai spot-on-the-lawn), et leurs activités protéolytiques on été évaluées par culture sur géloses BHI (Brian Heart Infusion) additionnée de lait écrémé. Les isolats les plus protéolytiques ont été testés par culture dans du lait écrémé suivie d\'une électrophorèse sur gel de polyacrylamide en condition dénaturante (sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis SDS-PAGE). Parmi les 815 isolats testés, quatre d\'entre eux, identifiés comme Lactobacillus paraplantarum FT 259 et Streptococcus uberis (FT86, FT126 et FT190) étaient producteurs de bactériocines, tandis que quatre autres, identifiés comme Weissella confusa FT424, Weissella hellenica FT476, Leuconostocs citreum FT671 et Lactobacillus plantarum FT723 ont montré une activité antifongique lors d\'essais préliminaires. Des analyses complémentaires ont montré que la souche la plus antifongique était L. plantarum FT723 qui inhibait Penicillium expansum sur gélose MRS modifiée (de Man, Rogosa, Sharpe, sans acétate) et dans un modèle de lait fermenté. Des activités protéolytiques ont été détectées dans 205 isolats lors des tests sur géloses supplémentées en lait écrémé. Les activités protéolytiques des 123 isolats présentant les activités les plus fortes ont été confirmées en faisant migrer les surnageants de laits fermentés sur SDS-PAGE. Les capacités protéolytiques des trois isolats les plus protéolytiques Enterococcus faecalis (FT132 et FT522) et Lactobacillus paracasei FT700 ont également été testées sur des caséines et sur deux protéines du lactosérum (?-lactoglobuline et d\'?-lactalbumine), les produits de dégradation ont été visualisés par SDS-PAGE. En raison de la grande similitude entre les deux souches d\'Enterococcus, seul E. faecalis FT132 et L. paracasei FT700 ont été sélectionnés pour des études plus poussées sur leurs activités protéolytiques en utilisant des protéines du lait comme substrats lors d\'incubations dans différentes conditions suivies de l\'analyse des produits d\'hydrolyse par SDSPAGE et par chromatographie liquide haute performance (high performance liquid chromatography, HPLC). Tant E. faecalis FT132 que L. paracasei FT700 ont montré des activités protéolytiques à un pH de 6,5, à des températures comprises entre 37 à 42 ºC. Leurs activités protéolytiques étaient dues à des métallo-protéases. Pour évaluer les activités biologiques possibles des peptides dérivés de l\'action d\'E. faecalis FT132 et L. paracasei FT700 sur les protéines du lait, les surnageants des laits fermentés par ces souches ont été purifiés sur colonnes C8 puis lyophilisés. Ces lyophilisats ont ensuite été repris dans du RPMI (Roswell Park Memorial Institute medium) et ajoutés à différentes cultures primaires (monocytes et macrophages) pour évaluer leur cytotoxicité, les mécanismes de la mort celullaire qui y étaient associés, ainsi que leurs propriétés immunomodulatrices (différenciation des monocytes en macrophages et quantification de TNF-?). Les peptides générés par les deux souches testées étaient toxiques (favorisant l\'apoptose des cellules) après 72 h d\'exposition à une concentration de 10 mg/mL. Au-dessous de ces concentrations cytotoxiques, les deux surnageants de laits fermentés produits par E. faecalis FT132 et L. paracasei FT700 ont stimulé la différenciation des monocytes en macrophages, comme observé par l\'expression accrue du marqueur CD71. Cette stimulation du système immunitaire n\'était pas inflammatoire en raison de la faible production de TNF-?. Certaines BAL peuvent contribuer à la santé des consommateurs et sont utilisées comme probiotiques. Cependant, les effets biologiques des souches ainsi que leur innocuité doivent être vérifiés avant leur utilisation comme probiotiques. Contrairement aux entérocoques, plusieurs espèces de lactobacilles sont reconnues comme GRAS (Generally Recognized as Safe). Dans cette étude, il a été montré que la souche E. faecalis FT132 hébergeait trois gènes de virulence asa1, as et gelE, et qu\'elle était résistante à l\'érythromycine et à la tétracycline, ce qui signifie que cette souche ne peut pas être ajoutée à des produits alimentaires. Cependant, L. paracasei FT700 pourrait d\'avéré un candidat potentiel pour être utilisée en tant que probiotique, ainsi que L. paraplantarum FT259, la souche bacteriocinogénique décrite précédemment. Afin d\'évaluer leur capacité de survie dans le tractus digestif en vu d\'une éventuelle utilisation comme probiotiques, les souches ont été incubées dans des milieux de culture acidifiés (pH 2,0, 2,5 et 3,5), dans des sels biliaires, dans des conditions simulant les conditions gastriques et leur capacité de survie a été testée ainsi que leur sensibilité à différents antibiotiques. En outre, la bactériocine produite par L. paraplantarum FT259 a été partiellement purifiée sur colonne remplie de résine XAD-16, suivie d\'une extraction en phase solide sur colonne C18, suivie d\'une analyse par SDS-PAGE. Des PCR avec différentes amorces ciblant la plantaricine NC8, la plantaricine S et la plantaricine W ont été effectuées suivie du séquençage des amplicons afin d\'idéntifier des gènes pour la production de bactériocines. Les résultats ont montré que L. paraplantarum FT259 tolérait des expositions à un pH de 3,5, et à une concentration en sels biliaires de 0,3% pendant une durée maximum de 180 minutes. En revanche, il n\'était plus possible de détecter de cellules viables (limite de détection de la méthode : 100 UFC / mL) après une exposition à des pH de 2,0 et de 2,5 pendant 90 minutes. Lors des expériences simulant les conditions gastriques, le nombre de cellules viables de L. paraplantarum FT259 a diminué de 8,6 log UFC/mL à 4,4 log UFC/mL après 180 minutes d\'incubation. Les résultats obtenus pour la souche L. paracasei FT700 ont montré que celle-ci a survécut à presque toutes les conditions. Après 180 minutes dans un pH de 2,0 et dans le jus gastrique simulé, la population bactériennes ont respectivement diminué de 4 et de 3 log UFC/mL. Il a également été démontré que L. paraplantarum FT259 et L. paracasei FT700 étaient sensibles à la majorité des antibiotiques testés. L\'analyse par SDS-PAGE a indiqué que la bactériocine partiellement purifiée présentait une masse moléculaire d\'environ 3900 Da et que le séquençage des amplicons d\'ADN suite aux PCR a montré que la souche possédait le gène de la plantaricine NC8. L\'ensemble de ces résultats indique que les deux souches de lactobacilles isolées lors de cette étude (L. paraplantarum FT259 et L. paracasei FT700) possèdent des caractéristiques pouvant leur conférer un intérêt d\'utilisation en tant queprobiotiques. La production de bactériocines (L. paraplantarum FT259), et l\'activité protéolytique (L. paracasei FT700) pourraient également être des caractéristiques intéressantes pour des applications alimentaires. En conclusion, les BAL obtenues dans cette étude pourraient être utiles dans l\'industrie alimentaire pour la production de nouveaux produits laitiers à durée de conservation prolongée et une digestibilité accrue, ou encore pour la production de peptides bioactifs. / As bactérias láticas (BAL) têm sido utilizadas pela humanidade há séculos devido às suas propriedades tecnológicas e potencial para conferir características sensoriais agradáveis aos alimentos. Além disso, é cada vez maior a demanda por alimentos de qualidade. Neste contexto, BAL tem grande potencial para serem utilizadas na produção de alimentos. Uma das principais características destas bactérias é a produção de substâncias que inibem a multiplicação de agentes patogênicos e micro-organismos deteriorantes em alimentos, tais como ácidos orgânicos, H2O2 e bacteriocinas. Estas últimas são um peptídeos antimicrobianos produzido via ribossomo por algumas bactérias e possuem pequeno espectro inibição. As bacteriocinas podem reduzir a multiplicação de bactérias-alvo, aumentando a segurança alimentar e a vida de prateleira de alimentos. Essas substâncias inibitórias produzidas por BAL podem também inibir fungos, que são em grande parte responsáveis pela deterioração dos alimentos. Outra importante propriedade das BAL é capacidade de modificar as proteínas do leite durante o processo de fermentação. Isto é importante para indivíduos alérgicos devido à alteração de potencial alergênico das proteínas do leite, e também é importante para a produção de peptídeos bioativos. Recentemente, resultados demonstraram que os peptídeos obtidos a partir da hidrólise de proteínas do leite podem ter diferentes atividades biológicas, tais como anti-hipertensiva, antioxidante, antimicrobiana e imunomodulatória. Em resumo, BAL apresentam potencial para a produção de alimentos de alta qualidade, o que estimula a busca de novas linhagens com propriedades tecnológicas de interesse. Assim, no presente estudo, BAL com atividade antimicrobiana e / ou proteolítica foram isoladas de leite e queijo de vaca, búfala e cabra, obtidos na região sudeste do Brasil. A partir de 156 amostras de leite e queijo, foram obtidos 815 isolados em ágar seletivo para BAL. A maioria eram cocos ou bacilos Gram-positivos, e não produziam a enzima catalase. Culturas puras destes novos isolados foram avaliadas quanto a atividade antimicrobiana por testes de antagonismo em ágar (spot-on-the-lawn), e quanto a atividade proteolítica sobre proteínas do leite pelo cultivo em placas de ágar BHI (Brain Heart Infusion suplementado com leite desnatado). Os isolados com maior atividade proteolítica também foram testados pelo cultivo em leite desnatado seguido de análise do leite fermentado por eletroforese em gel de poliacrilamida com dodecil sulfato de sódio (sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis SDS-PAGE). Entre os 815 isolados testados, quatro deles foram identificados como produtores de bacteriocinas, Lactobacillus paraplantarum FT259 (uma linhagem) e Streptococcus uberis (três linhagens, FT86, FT126 e FT190), enquanto quatro outros identificados como Weissella confusa FT424, W. hellenica FT476, Leuconostoc citreum FT671 e Lactobacillus plantarum FT723, os quais apresentaram atividade antifúngica em ensaios preliminares. Análises complementares mostraram que a linhagem com maior atividade antifúngica foi L. plantarum FT723, o qual inibiu Penicillium expansum em ágar MRS modificado (De Man, Rogosa, Sharpe, sem acetato) e em iv modelo de leite fermentado. No entanto, nenhuma inibição foi observada contra Yarrowia lipolytica. A atividade proteolítica foi detectada em 205 isolados por testes em ágar, sendo que 123 isolados com intensa atividade proteolítica foram submetidos a confirmação da atividade por SDS-PAGE. As atividades proteolíticas de três isolados identificados como Enterococcus faecalis (FT132 e FT522) e Lactobacillus paracasei FT700 foram confirmadas por SDS-PAGE, como visualizado pela digestão de caseínas e proteínas de soro de leite (?-lactoglobulina e ?- lactalbumina). No entanto, devido à alta semelhança entre as linhagens, apenas E. faecalis FT132 (juntamente com L. paracasei FT700) foram selecionados para os próximos estudos utilizando proteínas do leite como substratos em diferentes condições, seguidas de análises por SDS-PAGE e cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC, high-performance liquid chromatography). Ambos E. faecalis FT132 e L. paracasei FT700 apresentaram atividades proteolíticas em pH 6,5, entre 37 e 42 °C. A atividade proteolítica das linhagens foi devida à presença de metaloproteases. Em seguida, para avaliar as possíveis atividades biológicas dos peptídeos derivados da atividade proteolítica de E. faecalis FT132 e L. paracasei FT700 em proteínas do leite, o sobrenadante de leite fermentado produzido por estas linhagens foi purificado em cartucho C8 e liofilizado. Desse modo, os sobrenadantes de leite fermentado produzidos por estas linhagens foram adicionados às culturas de células (monócitos e macrófagos) para avaliar a sua citotoxicidade, os mecanismos de morte celular, propriedades imunomoduladoras (diferenciação de monócitos em macrófagos) e quantificação de TNF-? (do inglês tumor necrosis factor). Os sobrenadantes apresentaram toxicidade após 72 h de exposição a 10 mg/mL por apoptose. Abaixo das concentrações citotóxicas, ambos os sobrenadantes de leite fermentado estimularam a diferenciação de monócitos em macrófagos, como observado pelo aumento da expressão do marcador CD71. Esta estimulação imune não foi inflamatória visto que houve pouca produção de TNF-?. BAL também podem contribuir para a saúde dos consumidores quando utilizadas como probióticos. No entanto, algumas características das linhagens devem ser verificadas antes de serem utilizadas como probióticos, especialmente com relação aos fatores de virulência. Lactobacilos geralmente possuem um status GRAS (do inglês generally recognized as safe), ao contrário dos enterococos. Neste estudo, foi demonstrado que E. faecalis FT132 possuía três genes de virulência, asa1, ace e gelE, e que era resistente à eritromicina e à tetraciclina, indicando que esta linhagem não pode ser adicionada em alimentos. No entanto, L. paracasei FT700 seria um potencial candidato para ser utilizada como probiótico, bem como a linhagem bacteriocinogênica descrita anteriormente, L. paraplantarum FT259. As linhagens foram testadas quanto à sobrevivência em meio ácido (pH 2,0, 2,5 e 3,5), tolerância in vitro aos sais biliares, viabilidade em suco gástrico sintético e sensibilidade a antibióticos. Além disso, o peptídeo antimicrobiano produzido por L. paraplantarum FT259 foi parcialmente purificado em coluna preenchida com resina XAD-16, seguido de extração em fase sólida com cartucho de C18, e analisados por SDSPAGE. Reações em cadeia da polimerase (PCR, do inglês polymerase chain reaction) com primers para os genes estruturais da plantaricina NC8, plantaricina S e plantaricina W, seguidas de sequenciamento de DNA, foram realizados para detectar genes responsáveis pela produção de bacteriocinas. Os resultados mostraram que L. paraplantarum FT259 foi resistente ao pH 3,5 e a 0,3% de sais biliares por até 180 minutos, mas a população bacteriana em pH 2,0 e 2,5 após 90 minutos estava abaixo do limite de detecção do método (2 log UFC/mL). Em testes utilizando suco gástrico sintético, a população de L. paraplantarum FT259 reduziu de 8,6 log UFC/ v mL para 4,4 log UFC/mL após 180 minutos. Por outro lado, L. paracasei FT700 sobreviveu bem em quase todas as condições. Depois de 180 minutos em pH 2,0 e em suco gástrico sintético, a população bacteriana reduziu 4 e 3 log UFC/mL, respectivamente. Também foi demonstrado que L. paraplantarum FT259 e L. paracasei FT700 foram sensíveis à maioria dos antibióticos testados. A análise de SDS-PAGE indicou que a bacteriocina parcialmente purificada apresentava uma massa molecular de aproximadamente 3900 Da, e o sequenciamento de DNA do produto de amplificação obtido por PCR mostrou a presença do gene que codifica a produção da plantaricina NC8. De modo geral, os resultados indicaram que ambas as linhagens possuem potencial probiótico. Além disso, a produção de bacteriocinas (L. paraplantarum FT259) e a atividade proteolítica (L. paracasei FT700) podem ser características interessantes para aplicações em alimentos. As BAL obtidas neste estudo podem ser úteis na indústria de alimentos para a produção de novos produtos lácteos com maior vida de prateleira e aumento da digestibilidade de proteínas do leite, assim como para a produção de peptídeos bioativos comercializados como fórmulas parcialmente purificadas.

Depuis les années 80, la qualification des produits d’origine est devenue un élément important dans le modèle agricole européen avec le système des indications géographiques (IG), auquel s'ajoutent des systèmes promus par des organisations non gouvernementales, comme les projets Sentinelles de Slow Food. Ces initiatives publiques ou privées, ici appelées Systèmes de Valorisation de l’Origine (SVO), génèrent d’importants résultats environnementaux, sociaux et culturels, en plus d’une valeur marchande.Les décideurs politiques et la société civile s’intéressent de plus en plus aux effets des SVO sur la biodiversité, qualifiée ici de biodiversité culturelle pour souligner la pertinence accordée aux pratiques et aux connaissances locales. Or, ces effets sont encore mal connus. Cette thèse entend y contribuer en explorant l’écart entre les discours, c’est-à-dire les objectifs politiques, les connaissances systématisées et les narratives qui sous-tendent le développement des SVO, et les pratiques locales (explicites et implicites). Elle traite donc les questions de recherche suivantes : quelles sont les institutions et les logiques qui inspirent la définition et la pratique de la biodiversité culturelle ? Comment la codification des connaissances et des pratiques est-elle réalisée et comment les règles sont-elles appliquées ? Dans quelle mesure les savoirs sont-ils modifiés et re-créés ?L’analyse repose sur quatre études de cas représentées par quatre fromages de montagne sous appellation (IG) et/ou objet d’une Sentinelle Slow Food, en France (fromage d’estive du Béarn et Ossau-Iraty), en Italie (Piacentinu Ennese) et au Maroc (fromage de chèvre de Chefchaouen). La démarche de recherche a privilégié l’analyse des discours institutionnels et des cahiers des charges, des enquêtes ethnographiques multi-sites sur 24 mois, l’observation participante et « l’apprentissage » pour décrypter les pratiques locales.L’analyse des discours institutionnels sur la microbiodiversité fromagère montre que les promoteurs des SVO ont intégré la biodiversité culturelle dans leurs stratégies à différents moments et degrés. En dépit des limitations dues au rôle prépondérant du marché, la médiatisation d’un discours sur la biodiversité culturelle peut amplifier la voix politique des acteurs locaux et favoriser les relations communautaires.Résultat de négociations entre les parties prenantes qui présentent des différentes motivations, stratégies et formes de connaissance, les cahiers des charges sont des objets privilégiés pour étudier les effets des SIO. Les cahiers des charges étudiés préservent directement certaines ressources génétiques, goûts et savoirs-faire, comme la pratique de la transhumance et la production quotidienne de fromage en montage, dans la Sentinelle béarnaise. Mais néanmoins, le processus de codification aboutit toujours à l’adaptation et à la réduction de la diversité existante, y compris au sein des SVO les plus orientés vers la localisation des pratiques et la promotion de la diversité des goûts, comme observé au sujet de la réduction des temps d’affinage traditionnels dans le Piacentinu Ennese.Cependant, les connaissances et les pratiques relatives à la biodiversité culturelle sont dynamiques. Les parties prenantes des SVO interagissent dans un processus d'apprentissage, en utilisant des connaissances codifiées et tacites comme outils pour façonner une communauté. Cet apprentissage dépasse les frontières du système de gestion et englobe également les consommateurs et les producteurs qui n’appartiennent pas au SVO, dans le cadre de pratiques partagées. Le cas marocain, par exemple, montre la recréation de pratiques engendrées par une IG qui limite particulièrement la tradition. Le décalage entre ce qui est codifié et ce qui est fait conduit à une redéfinition dynamique des pratiques et des communautés. / Origin food qualification has emerged as a new institutional tendency from the 80s, becoming a relevant asset in the European model of agriculture with the Geographical Indication (GI) system. Place-based labelling led by non-governmental organisations are also multiplying, such as the Presidia projects developed by the Slow Food movement. These public or private initiatives, referred as Origin Food Schemes (OFS), generate significant environmental, social, and cultural outputs, besides producing market value. For these reasons, OFS are also becoming economically and politically relevant in the Global South.In particular, policy makers and social movements have increasingly looked at the effects of OFS on biodiversity, referred to here as cultural biodiversity to underline the relevance given to practices and local knowledge. Considering the gap in knowledge regarding the bio-cultural outcomes of different OFS, this Thesis asks which are the gaps between discourses, understood as policies, systems of knowledge, and communication tools, and both explicit and implicit practices conveyed by OFS as for cultural biodiversity. The Thesis presents the following sub-research questions: Which are the institutions and logics that determine the definition and practices related to cultural biodiversity? How are knowledge and practices codified and, then, are rules applied? To what extent are codified and tacit knowledge and practices modified and re-created within OFS?Four origin cheeses recognized as a GI and/or a Presidium and located in France, Italy and Morocco were selected as case studies and addressed with 24 month-multisite ethnographic enquiries, privileging participant observation and apprenticeship as a research tool to study the embodied and experientially grounded practices.The example of the management of cheese microbiodiversity shows that the Slow Food movement and GI promoters have integrated cultural biodiversity into their institutional discourses in different times and to different extents. Despite limitations due to the prominent role of the market, a mediatized institutional narrative on cultural biodiversity can amplify the political voice of local actors by fostering community and social relationships.The analysis of specifications – privileged places to study the effects of OFS – demonstrates that OFS differently take into account traditional practices of production, following stakeholders’ negotiations that oppose motives, strategies, and forms of knowledge. Although specifications directly preserve some genetic resources, taste, and know-how, paradoxically their codification always results in adapting and reducing existing diversity, including in the OFS that are more oriented to localise practices and promote diversity of tastes.Nevertheless, food knowledge and practices are dynamic. OFS stakeholders interact in a learning process, using codified and tacit knowledge as tools to shape communities of practice. This learning process surpasses the border of the OFS governing body and encompasses also consumers and producers who do not belong to the scheme into joint practices. The gap between what is codified and what is done leads to a dynamic redefinition of both practices and communities.

De nombreux procédés alimentaires comme l'affinage de Camembert peuvent être considérés comme des systèmes complexes. De nombreuses variables sont en interactions dynamiques à différents niveaux d'échelle (microscopique, macroscopique...). Contrôler ces procédés pour maintenir la qualité nutritionnelle, sanitaire et organoleptique des produits est un enjeu primordial pour l'industrie alimentaire. Les connaissances manquent toujours pour le permettre. Dans cette thèse, les approches utilisées par la communauté des systèmes complexes ont été envisagées pour résoudre cette problématique. La première piste a été de reconstuire les dynamiques des phénomènes pour différentes conditions de température et d'humidité relative d'affinage. Les réactions microbiologiques, physicochimiques et biochimiques ont été étudiées en hâloir pilote. Puis les évolutions des propriétés organoleptiques durant l'affinage ont été étudiées grâce au recueil de connaissances expertes et à la formalisation d'indicateurs sensoriels. Les dynamiques recueillis à ces différents niveaux d'échelle ont permis de modéliser de manière globale l'affinage. La seconde piste a été d'explorer l'affinage à partir d'un modèle mécanistique en utilisant les méthodes développées dans le cadre de la théorie de la viabilité. Cette théorie a été appliquée à l'affinage avec deux objectifs, connaître les domaines de viabilité du système en fonction des contraintes de contrôle (durée d'affinage) et évaluer la sensibilité du procédé à des perturbations dans ces domaines. Cette étude a permis de proposer une trajectoire optimisée d'affinage avec un temps réduit de 4 jours. Cette trajectoire a été testée avec succès en hâloir pilote, les équilibres microbiens ont été préservés ainsi que les propriétés organoleptiques des fromages. Les concepts, méthodes et outils des systèmes complexes ont ainsi été utilisés avec succès pour le contrôle de l'affinage de Camembert. D'autres procédés alimentaires pourront à l'avenir être étudiés de la même manière pour envisager une généralisation des méthodes.

Dans le présent travail, la pertinence de la spectroscopie moyen infrarouge à transformée de Fourier (IRTF), combinée avec des techniques chimiométriques, pour identifier quelques paramètres d'authenticité de laits et de fromages est évaluée. Les modèles discriminants, obtenus à partir des profils spectraux MIR, ont permis de : - classer les échantillons de lait et de produits similaires selon leur dénomination, - de prédire l'âge de fromages de type Camembert et Emmental, - de prédire différents paramètres physicochimiques caractéristiques de fromages de type Camembert pendant leur affinage. Les meilleurs modèles discriminants entre les échantillons de lait, en fonction de leur authenticité et de leur niveau d'adultération, ont été obtenus pour le profil des acides grases méthylés (FAMES). Les résultats montrent que la spectroscopie moyenne infrarouge à transformée de Fourier (IRTF) constitue une méthode rapide et directe pour identifier les laits et produits similaires, et pour prédire les durées d'affinage de fromages de type Camembert et Emmental. Mots Clés: Spectroscopie infrarouge, authenticité, lait, affinage de fromage, Camembert, Emmental, ACP, PLS, ADG

La mondialisation des marchés alimentaires ainsi que la facilité avec laquelle les produits sont transportés à travers et entre les pays, a pour impact que les consommateurs sont de plus en plus préoccupés par l'origine des aliments qu'ils consomment. Ainsi, un nombre croissant d'articles scientifiques ont été publiés au cours de cinq dernières années concernant l'utilisation de l'abondance naturellement variable des isotopes comme traceurs pour déterminer la provenance géographique des aliments. Le fromage fait partie des aliments qu'il est possible de retracer grâce à ces méthodes. Le concept de terroir est la combinaison des influences climatiques (isotopes stables), géologique (isotope Sr) et anthropogéniques (producteur de fromage) qui donnent un caractère (goût) particulier à un produit tel que le fromage. L'objectif premier de cette recherche est de vérifier la faisabilité d'une méthode permettant de déterminer la provenance géographique des fromages fins du Québec en utilisant les isotopes stables (H, O, C, N) et le strontium comme indicateur du climat et de provenance géologique afin de renforcer l'utilisation du concept de terroir pour les producteurs locaux. Six fromageries artisanales provenant de différentes régions du Québec ont été échantillonnées pour des fromages de vache et de chèvre. Grâce aux résultats obtenus, nous sommes en mesure de démontrer qu'il est possible de retracer les fromages québécois à l'aide d'isotopes stables et radiogéniques. L'oxygène et l'hydrogène nous permettent de différencier les différents milieux climatiques, mais dû aux variabilités saisonnières, il nous est impossible de distinguer les fromageries sur une plus petite échelle. Par contre, lorsque nous utilisons les compositions isotopiques du strontium combiné avec celles de l'oxygène, nous sommes en mesure de distinguer les fromageries appartenant au même milieu climatique jusqu'à l'échelle locale. D'autre part, le carbone et l'azote nous permettent de différencier si une fromagerie utilise des techniques de fertilisation différentes des autres ou si une fromagerie donne une alimentation particulière à ses animaux. Nous nous sommes finalement servis de ces conclusions afin de faire la distinction entre les fromages commerciaux et internationaux fournissant ainsi aux producteurs locaux du Québec des outils leur permettant de certifier la provenance de leurs fromages et de renforcer l'appellation du terroir québécois. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Fromage, Fromagerie, Isotopes stables, Isotopes radiogéniques, Hydrogène, Oxygène, Carbone, Azote, Strontium, Retraçage géographique, Terroir québécois.

La perception de la flaveur des aliments dépend de la perception de plusieurs composés en mélange dans des proportions équilibrées. Interactions perceptives entre différents odorants ainsi que la libération dynamique des odorants par la matrice alimentaire sont les principaux facteurs qui influencent la perception globale. L’objectif de cette thèse de doctorat était d’étudier la perception du mélange d’odorants qui constituent l’arôme du fromage à pâte pressée, en prenant en compte les interactions perceptives et la dynamique de libération des composés par la matrice. Une stratégie, comprenant une caractérisation complète des odorants des fromages, suivie d’une recombinaison qualitative et d’une étude détaillée des rôles respectifs des composés clés, et finalement la prise en compte de la dynamique de libération par incorporation des composés dans une matrice fromagère, a été appliquée. Des caractérisations approfondies sensorielles et instrumentales nous ont permis de mettre en évidence des relations entre la perception sensorielle et la composition des composés volatils et proposer des hypothèses. La recombinaison des différents composés a été testée afin d’étudier le rôle de chacun en mélange. Aidés par des apprentis aromaticiens durant la phase des recombinaisons nous avons pu observer particulièrement que 12 composés étaient très importants pour l’odeur du fromage. Par la suite nous avons étudié des interactions entre odeurs en appliquant des techniques de stimulation odorante en phase gazeuse, puis la dynamique de libération des composés en incorporant l’arôme dans une matrice fromagère par des techniques permettant de mesurer la quantité libérée en fonction du temps. / Perception of the aroma of food products depends both the chemical composition of food and human neurophysiology. The perception of food flavour, including cheese often relies on the perception of several aroma compounds in mixture in balanced proportions. Perceptual interactions among aroma compounds in mixtures and also the release of aroma compounds from the food product are the main factors that influence the global perceived aroma of food. Hence, the objective of this PhD study was to investigate the mixture of aroma compounds representing the aroma of semi-hard cheese by taking into account perceptual interactions among odorants and the dynamic release of the compounds by the cheese matrix. A strategy involving a complete characterisation of the cheeses followed by a recombination and investigation of the role of the key-aroma compounds and the dynamic release of the aroma compounds from the cheese matrix was taken into account. Comparison of the sensory and instrumental characteristics was made in order to highlight relationships between sensory perception of the aroma and the volatile composition of the cheeses and thus point out the molecular origins of the perceived cheese aroma. Recombination of selected aroma compounds was tested, in order to study the role of each aroma compound within the mixture. Especially 12 compounds seemed important for the semi-hard cheese aroma. To investigate the odour-odour interactions, different odour-stimulation tools were applied and dynamic release of aroma compounds was taken into account by incorporating the aroma compounds into a cheese matrix by different techniques allowing measuring the quantities released as function of time.

La fabrication fromagère a depuis longtemps réalisé sa révolution technologique avec la disparition progressive des techniques fermières et l'avènement des pratiques industrielles. Les cuves de cuivre ont été délaissées au profit du tout inox et l'utilisation du lait pasteurisé a augmenté. Néanmoins une part non négligeable des micro-organismes d'affinage provident encore d'un ensemencement spontané par le lait, l'environnement ou le matériel de fabrication. Cette flore naturelle est en grande partie à l'origine : (i) de la richesse et de la diversité organoleptiques des produits traditionnels, (ii) des différences observées entre un fromage industriel fabriqué avec du lait pasteurisé réensemencé avec un levain standard et un fromage " Apellation d'Origine Contrôlée au lait cru " de qualité. Compte tenu de l'évolution des pratiques de fabrication (renforcement des règles d'hygiène réduisant les sources naturelles d'ensemencement traitement du lait par pasteurisation ou microfiltration ; exigence de reproductibilité en utilisant des souches spécifiques présélectionnées), l'utilisation de flores d'affinage sous forme de ferments à additionner au lait doit être de plus en plus envisagée. Le secteur " artisanal " a un grand besoin de recherche et de développement (R&D) afin de conserver ses fabrications traditionnelles, comme les A.O.C qui représentent plus de 10% de la production fromagère en valeur. Les professionnels du fromage souhaitent identifier les souches les plus appropriées à chacun de leurs produits, afin de garantir leur typicité et une reproductibilité de fabrication. Les fromages à pâte molle et croûte lavée comme le Munter et l'Epoisses possèdent une croûte, appelée morge, allant du beige au brun, en passant par le jaune et le rouge-orangé. C'est cette couleur, en plus du caractère organoleptique particulier, que les fromagers cherchent à typer et à reproduire par l'utilisation des souches pigmentées. On a longtemps pensé que cette pigmentation était due uniquement au " ferment du rouge ", Brevibacterium linens. Mais des études récentes ont mis en évidence le rôle non négligeable d'autres bactéries sur la pigmentation de ces fromages, en particulier les corynébactéries et les microcoques. La recherche et la sélection de bactéries pigmentées sauvages par des méthodes simple à mettre en œuvre, la connaissance des mécanismes microbiologiques et moléculaires de la synthèse de pigments et de la coloration des fromages, permettraient de développer des cocktails de souches spécifiques à chaque production fromagère. La première phase du projet consistera en l'isolement de plusieurs centaines de souches sur des fromages issus de terroirs suivants : Epoisses, Reblochon, Munster, Livarot. Ensuite, pour chaque A.O.C., 25 souches d'Arthrobacter correspondant à des teintes variables seront caractérisées d'un point de vue pigmentation :- aspect, teinte sur milieu gélosés,- cinétiques de production en milieu solide et en milieu liquide,- cultures en masse, méthodes d'extraction des pigments,- quantité de pigments produite (production volumique mg/L de milieu) (production spécifique mg/g MS),- valeurs spectrocolorimétriques (L a*b*C*h),- profil HPLC,- HPLC-MS,- RMN des pigments purifies. Les facteurs influençant la production de pigments (substrats ; cultures mixtes-levures désacidifiantes / bactéries ; lumière…) seront étudiés, en portant l'accent sur des milieux de type fromage, voire des caillés modèles. / Smear-ripened soft cheeses, characterized by their orange-red color on rind, are dairy products widely consumed in Europe. The surface color is due essentially to carotenoids, in combination with other pigments, produced by the cheese microflora during ripening. Arthrobacter sp. is one of the major microorganisms occurred on the surface of cheeses, particularly in smear-ripened cheeses, where it is assumed to be responsible for yellow pigmentation of the cheese rind because of its characteristic overall color and its involvement at the different stages of cheese ripening. Pigment-producing microorganisms are commonly found in the nature. Nowadays, pigment-producing microorganisms have been increasing of interest in many scientific disciplines and applications have broadened in the industry because of their biotechnological advantages. As the present trend entirely the world is shifting toward the use of eco and biodegradable products, the requirement for natural ingredients, especially natural colorants, is increasing day by day. The first part of this thesis highlights the crucial role of microorganisms as potential sources of natural pigment production by reviewing a large number of research works related to pigments biosynthesized by microorganisms which were published over the past 10 years by private companies or academic laboratories, with an emphasis on pigments providing for the application in foods. Since the genus Arthrobacter is a group of metabolically versatile bacteria which widely distributed in nature, some parts of this thesis include the review presenting the possibility to produce pigmented Arthrobacter sp. biomasses as novel sources of food colorants; furthermore, the beneficial aspects of Arthrobacter sp. and their promising significances in the dairy industry are also addressed. Considering the significance of Arthrobacter sp. in smear-ripened cheeses, the economically important dairy products, the aim of research described in this thesis is to investigate the implication of this bacterium, particularly Arthrobacter arilaitensis, in the coloration of these cheeses in several aspects covering (i) diversity of pigment production among strains, (ii) kinetic of pigment synthesis, (iii) identification of chemical characteristic of pigments, (iv) colorimetric characterization of pigmentation, and (v) influences of environment i.e. light, pH, NaCl and deacidifying yeasts on the production and the color development of pigments. Among 14 strains of Arthrobacter arilaitensis studied, two groups depending on their ability of carotenoid production could be divided, carotenoid-producing and non-pigmented strains. A growth-associated pigmentation probably applied to indicate the kinetic of carotenoid synthesis by these strains. The diversity of pigment concentration among the carotenoid-producing strains was low, related to the characteristics of pigmentation determined by quantitative spectrocolorimetry. The HPLC-PDA-APCI-MS analysis of extracted pigments of a representative strains revealed 8 different carotenoids showing C50 decaprenoxanthin as the major accumulated carotenoids. Changes in the color development of A.arilaitensis strains under the influences of physical, chemical and biological factors were obtained through spectrocolorymetry. Three groups depending on a coloration behavior affected by light were illustrated e.g. positively sensitive, negatively sensitive and not sensitive to light. The acidic pH and high concentration of salt showed the efficiency inhibited effect on pigmentation of a representative strain of carotenoid-producing A. arilaitensis. In combination of pH and NaCl, deacidifying yeasts were obviously related to the pigment production of A. arilaitensis. The highest average value of color saturation were observed on the studied media deacidified by Debaryomyces hansenii at pH 7.0, displaying intense yellow.