Le métabolisme du soufre, qui occupe une place centrale au sein de la cellule, est aussi important lors de la fabrication des fromages à pâte molle à croûte lavée. L'écosystème fromager assimile les acides aminés soufrés et peut ainsi produire des composés soufrés volatils (CSVs) indispensables à la flaveur de ces produits. Nous avons étudié le métabolisme du soufre chez deux micro-organismes d'affinage, les levures hémiascomycètes Kluyveromyces lactis et Yarrowia lipolytica. L'analyse in silico du phylum des hémiascomycètes nous a donné pour la première fois une vision évolutive de ce métabolisme. Nous avons relevé des différences fondamentales au niveau de la synthèse de la cystéine mais aussi au niveau des enzymes impliquées dans la production de CSVs. Cette analyse constitue une base solide pour l'étude du métabolisme du soufre. Nous avons combiné plusieurs approches exploratoires (transcriptome, métabolome, dosage des CSVs) afin d'avoir une vision globale de ce métabolisme chez K. lactis et Y.lipolytica. Les différences observées se situent notamment au niveau des voies de synthèse de la cystéine et de la taurine. La production de CSVs semble liée à la surexpression de transaminases spécifiques à chaque espèce combinée à l'accumulation de méthionine intracellulaire. L'affinage du fromage dépendant de tout un écosystème, nous avons également étudié l'interaction entre deux micro-organismes d'affinage, K. lactis et Brevibacterium aurantiacum via une approche transcriptomique, en comparant l'expression d'une co-culture à celle des cultures pures. Nous avons observé de profondes modifications métaboliques touchant notamment le métabolisme du carbone et celui de la biotine.

Les ventes des fromages AOP subissent un affaiblissement. L'utilisation de ces fromages sous forme d'ingrédient représente une alternative intéressante à la dégustation et permettrait de maintenir une activité durable aux producteurs de ces fromages. L'objectif de ce travail est d'explorer les potentialités de 4 catégories de fromages à pâte persillée AOP du Massif-Central à être utilisés comme ingrédient à chaud pour répondre à des propriétés telles que " fondant, nappant, filant, gratinant". Les fonctionnalités recherchées pour ce type d'usage ont été prospectées à l'aide de méthodes physico-chimiques et instrumentales classiques mais également à l'aide de méthodes spectrales et sensorielles afin d'enrichir les observations de la macro et microstructure fromagère et de la perception du consommateur. Dans un premier temps, les caractéristiques physicochimiques, rhéologiques et sensorielles à froid et certaines propriétés à chaud ont été décrites pour les 4 catégories de fromages. Ces premiers résultats ont permis de cataloguer les fromages selon des caractéristiques essentiellement liées à l'organisation matricielle des composants tels que les protéines, les matières grasses, les minéraux. L'analyse sensorielle a permis de décrire précisément certaines propriétés à froid qui ne sont pas mises en évidence par d'autres analyses. Les pâtes persillées ont une grande hétérogénéité de pâte due à la présence de" veines " de moisissures. La seconde partie est une étude sur la capacité de la SFS en tant que méthode d'étude de la micro structure, à prédire la diversité de composition de ces fromages. Malgré la forte hétérogénéité des fromages, la SFS permet une " empreinte " identifiable des fromages et prédit certains mais pas la totalité des paramètres physicochimiques. L'évolution de la macro et microstructure de ces fromages au cours du chauffage et du refroidissement a ensuite été étudiée par SFS et par test de compression dynamique. Ces méthodes décrivent bien la fonte de la matière grasse et de la matrice fromagère. Elles sont corrélées entre elles et démontrent une relation entre la structure moléculaire et les propriétés rhéologiques de ces fromages. Une étude comparative des propriétés sensorielles des fromages a été menée à froid et après chauffage. Les attributs décrivent des caractéristiques de texture différentes entre les 2 conditions. Cette démarche a permis de bien différencier les 4 catégories de fromages et de mettre en évidence certains attributs de qualité ou de défaut pour une utilisation à chaud. En conclusion, ces 4 catégories de fromages à pâte persillée ont des potentialités à être utilisées comme ingrédient pour usage à chaud. L'analyse sensorielle a caractérisé les perceptions des consommateurs vis à vis de ces fromages chauffés et ainsi aider à préciser leurs fonctionnalités. Les analyses rhéologiques et spectrales ont apporté des explications liées à ce traitement au niveau de la macro et microstructure de la matrice fromagère.

As políticas de valorização de produtos locais, regionais ou artesanais têm se tornado uma ferramenta na implementação de projetos de desenvolvimento em zonas rurais que se encontram empobrecidas e à margem dos modelos de desenvolvimento rural vigentes. Os novos usos do território suscitam estratégias de desenvolvimento a partir, entre outros, de processos de certificação de produtos regionais. A literatura que trata do tema enfatiza que produtos regionais podem ser entendidos como expressão de capital cultural, sendo capazes de angariar benefícios econômicos e sociais. É dentro desse marco de valorização de produtos locais que se insere este estudo, buscando assim evidenciar os elementos constituintes do modo de vida de pecuaristas familiares dos Campos de Cima da Serra (RS) associado à produção artesanal do Queijo Serrano. Nesta região se pratica um sistema de produção muito tradicional do Rio Grande do Sul, a produção pecuária em sistemas de campo nativo. As famílias rurais estudadas desenvolveram juntamente ao sistema de produção da pecuária de corte a atividade da produção artesanal de um queijo característico da região, o Queijo Serrano. A tradição secular da produção do Queijo Serrano foi passada de geração a geração, e o saber tradicional perpetuou-se ao longo dos tempos, sem sofrer grandes transformações. O trabalho busca evidenciar em especial aspectos referentes à organização do processo de trabalho, ao saber-fazer tradicional, às relações de gênero, bem como as práticas de sociabilidade, costumes e tradições associadas ao modo de vida das famílias rurais produtoras do Queijo Serrano. O recorte geográfico utilizado na pesquisa tomou a região localizada a Leste dos Campos de Cima da Serra e que engloba os municípios de Vacaria, Bom Jesus, São José dos Ausentes e Jaquirana. O procedimento metodológico consistiu na utilização do método etnográfico, com observação participante e utilização de diário de campo. Os dados analisados foram também coletados a partir de entrevistas, realizadas junto a famílias rurais produtoras de queijo, agentes de extensão rural, atravessadores, agregados de fazenda, comerciantes e moradores locais. / Les politiques de valorisation des produits locaux, régionaux ou artisanaux sont devenus un outil essentiel pour la mise en place de projets de développement en zones rurales paupérisées et en marge des modèles de développement rural en vigueur. Les nouvelles utilisations du territoire sont à l’origine de stratégies de développement basées sur les processus de certification des produits régionaux. Sur ce sujet, la littérature tend à montrer que ces produits sont une expression du capital culturel puisqu’ils peuvent procurer des bénéfices à la fois économiques et sociaux. C’est dans cette réflexion que s'inscrit cette étude, pour mettre en évidence les éléments constituants du mode de vie des producteurs familiaux et artisanaux de fromage de montagne des Campos de Cima da Serra (Rio Grande do Sul). Dans cette région il se pratique un système de production caractéristique de cet Etat du Brésil : l’élevage bovin en système de pâturages naturels. Les familles rurales enquêtées développent à côté de l’atelier d’élevage un atelier de transformation pour la production du fromage Serrano. La tradition séculière de la production de ce fromage s’est perpétuée jusqu’à aujourd’hui sans souffrir de grande transformation. Notre étude vise à montrer spécialement l’existence d’une organisation du processus de travail, du savoir-faire traditionnel, des relations de genre, des pratiques de sociabilité, des coutumes et des traditions associées au mode de vie des familles rurales des producteurs du fromage Serrano. Le découpage géographique employé pour cette analyse englobe la région localisée à l’est des Campos de Cima da Serra et contient les municipes de Vacaria, Bom Jesus, São José dos Ausentes et Jaquirana. Les données recueillies ont été analysées à partir des enquêtes faites auprès des familles de producteurs ruraux du fromage Serrano, des agents de développement agricole, des habitants, des représentants de fazenda et des commerçants. Notre méthodologie emploie des méthode ethnographique alliées à une approche à la fois descriptive et participative. Enfin, le tout est synthétisé grâce à l’utilisation d’un carnet de bord.

Pour réduire la teneur en matière grasse des aliments, et suivre en cela les recommandations du Plan National Nutrition Santé, il est nécessaire de bien comprendre les mécanismes de la perception du gras. Dans ce contexte, ce travail de thèse avait pour objectif de contribuer à la compréhension de la perception du gras au travers de l’étude de la variabilité interindividuelle de la perception du gras et de la recherche de son origine.Pour cela, une approche pluridisciplinaire mêlant physico-chimie de molécules aromatiques à connotation grasse, physiologie orale des sujets, processus en bouche et perception sensorielle au cours de la consommation a été mise en place. Une attention toute particulière a été portée sur la composante olfactive de la perception du gras et en particulier sur la potentielle contribution des métabolites produits dans la cavité nasale de l’Homme à partir de composés volatils odorants. Ce travail montre que la réduction du taux de matière grasse dans un fromage blanc diminue la perception de l’arôme crème, augmente l’amertume et l’astringence et diminue le film gras perçu, confirmant ainsi le caractère multidimensionnel de la perception du gras. Il montre également que la perception du gras est liée à la teneur en lipide du tapissage en bouche ainsi qu’à la composition de la matrice en composés d’arômes.Il met en évidence trois groupes de sujets de sensibilité au gras significativement différents. Ces groupes présentent également des différences pour plusieurs paramètres physiologiques et anatomiques pouvant intervenir sur les sensations tactiles, gustatives et olfactives et donc potentiellement sur la perception du gras.Enfin, ce travail prouve l’existence, dans la muqueuse olfactive de l’Homme, d’enzymes capables de métaboliser les composés odorants en métabolites volatils eux-mêmes odorants susceptibles d’intervenir dans la perception du gras ou de la moduler. / To reduce the fat content in food products as recommended by the National Nutrition and Health Plan, it is necessary to understand the fat perception mechanisms. In this context, this thesis work aimed to contribute to the understanding of fat perception through the study of interindividual variability in fat perception and the research of its origin.For this purpose, a multidisciplinary approach combining physico-chemistry of “fatty” aroma molecules, subjects’ oral physiology, food oral processing and sensory perception during food consumption has been established. A particular focus has been done on the olfactory component of fat perception, especially on the potential contribution of the metabolites produced in the human nasal cavity from odorous volatile compounds.This work shows that reducing fat content in cottage cheese decreases the perception of the cream aroma, increases bitterness and astringency and decreases the perceived greasy film. The results confirmed the multidimensional nature of fat perception. This work also shows that fat perception is related to the lipid content of the mouth coating as well as the aroma compounds composition of the food matrix.It highlights three groups of subjects with significant difference in fat sensitivity. These groups also differ in several physiological and anatomical parameters which can impact tactile, taste and smell sensations and therefore potentially fat perception. Finally, this work proves the existence in the human olfactory mucosa of enzymes capable of metabolizing odorous compounds into volatile metabolites. These metabolites proved to be themselves odorants could be involved in fat perception or its modulation.

As políticas de valorização de produtos locais, regionais ou artesanais têm se tornado uma ferramenta na implementação de projetos de desenvolvimento em zonas rurais que se encontram empobrecidas e à margem dos modelos de desenvolvimento rural vigentes. Os novos usos do território suscitam estratégias de desenvolvimento a partir, entre outros, de processos de certificação de produtos regionais. A literatura que trata do tema enfatiza que produtos regionais podem ser entendidos como expressão de capital cultural, sendo capazes de angariar benefícios econômicos e sociais. É dentro desse marco de valorização de produtos locais que se insere este estudo, buscando assim evidenciar os elementos constituintes do modo de vida de pecuaristas familiares dos Campos de Cima da Serra (RS) associado à produção artesanal do Queijo Serrano. Nesta região se pratica um sistema de produção muito tradicional do Rio Grande do Sul, a produção pecuária em sistemas de campo nativo. As famílias rurais estudadas desenvolveram juntamente ao sistema de produção da pecuária de corte a atividade da produção artesanal de um queijo característico da região, o Queijo Serrano. A tradição secular da produção do Queijo Serrano foi passada de geração a geração, e o saber tradicional perpetuou-se ao longo dos tempos, sem sofrer grandes transformações. O trabalho busca evidenciar em especial aspectos referentes à organização do processo de trabalho, ao saber-fazer tradicional, às relações de gênero, bem como as práticas de sociabilidade, costumes e tradições associadas ao modo de vida das famílias rurais produtoras do Queijo Serrano. O recorte geográfico utilizado na pesquisa tomou a região localizada a Leste dos Campos de Cima da Serra e que engloba os municípios de Vacaria, Bom Jesus, São José dos Ausentes e Jaquirana. O procedimento metodológico consistiu na utilização do método etnográfico, com observação participante e utilização de diário de campo. Os dados analisados foram também coletados a partir de entrevistas, realizadas junto a famílias rurais produtoras de queijo, agentes de extensão rural, atravessadores, agregados de fazenda, comerciantes e moradores locais. / Les politiques de valorisation des produits locaux, régionaux ou artisanaux sont devenus un outil essentiel pour la mise en place de projets de développement en zones rurales paupérisées et en marge des modèles de développement rural en vigueur. Les nouvelles utilisations du territoire sont à l’origine de stratégies de développement basées sur les processus de certification des produits régionaux. Sur ce sujet, la littérature tend à montrer que ces produits sont une expression du capital culturel puisqu’ils peuvent procurer des bénéfices à la fois économiques et sociaux. C’est dans cette réflexion que s'inscrit cette étude, pour mettre en évidence les éléments constituants du mode de vie des producteurs familiaux et artisanaux de fromage de montagne des Campos de Cima da Serra (Rio Grande do Sul). Dans cette région il se pratique un système de production caractéristique de cet Etat du Brésil : l’élevage bovin en système de pâturages naturels. Les familles rurales enquêtées développent à côté de l’atelier d’élevage un atelier de transformation pour la production du fromage Serrano. La tradition séculière de la production de ce fromage s’est perpétuée jusqu’à aujourd’hui sans souffrir de grande transformation. Notre étude vise à montrer spécialement l’existence d’une organisation du processus de travail, du savoir-faire traditionnel, des relations de genre, des pratiques de sociabilité, des coutumes et des traditions associées au mode de vie des familles rurales des producteurs du fromage Serrano. Le découpage géographique employé pour cette analyse englobe la région localisée à l’est des Campos de Cima da Serra et contient les municipes de Vacaria, Bom Jesus, São José dos Ausentes et Jaquirana. Les données recueillies ont été analysées à partir des enquêtes faites auprès des familles de producteurs ruraux du fromage Serrano, des agents de développement agricole, des habitants, des représentants de fazenda et des commerçants. Notre méthodologie emploie des méthode ethnographique alliées à une approche à la fois descriptive et participative. Enfin, le tout est synthétisé grâce à l’utilisation d’un carnet de bord.

Au cours des dernières années, les autorités sanitaires ont recommandé une réduction de la teneur en sel et en gras dans la consommation alimentaire quotidienne. Cependant, les aliments à teneur réduite en sel et en gras sont souvent peu appréciés par les consommateurs, ce qui a amené au développement des recherches sur les stratégies possibles pour maintenir l’acceptabilité des aliments tout en réduisant les teneurs en ces ingrédients. Dans cette thèse, l’intégration multi-sensorielle et les cinétiques de libération du sel et des arômes mesurées in vitro ont été étudiés pour évaluer leur potentialité à compenser une réduction en sel et matière grasse d’un fromage modèle de composition variable et d’un fromage réel (type trappiste).Dans une première étape, une approche sensorielle a permis d’étudier les interactions multi-sensorielles arômes-saveurs-texture pour les formages modèles et réels. La structure et la perception sensorielle de vingt-quatre modèles fromagers variant en composition (2 niveaux de gras, 2 de sel, 2 de pH à l’emprésurage) et aromatisés avec un arôme de sardine (associé au sel), d'un arôme de beurre (associé au gras) ou non aromatisés (témoin) ont été caractérisés par des mesures rhéologiques (compression uniaxiale) et des mesures sensorielles (profil descriptif). Les résultats ont montré une influence de la composition sur la structure et la texture perçue des produits. Par ailleurs, l’arôme sardine a conduit à une perception plus salé ; l’arôme de beurre a permis de renforcer la perception du caractère gras. Toutefois cette influence des arômes sur les autres dimensions sensorielles est fonction de la texture des produits donc de leur composition et de leur structure. Ces résultats ont été étendus à des fromages réels avec toutefois des spécificités. Si l’arôme sardine renforce la perception du sel, seul l’arôme de beurre associé à l’arôme de sardine permet de renforcer le caractère gras.Dans une deuxième étape, une approche physico-chimique a été développée pour explorer les cinétiques de libération des stimuli odorants et sapides dans des conditions simulant la mastication in vitro à l’aide d’un simulateur de mastication. L’objectif était d’utiliser les données ainsi obtenues pour expliquer l’influence de la structure des produits et de leur déstructuration lors de la mastication sur les effets sensoriels observés dans la première étape. Les modèles fromagers et les fromages réels ont été ainsi étudiés. La libération des composés volatils a été évaluée en connectant le simulateur de mastication à un spectromètre de masse à pression atmosphérique (PTR-MS) ; la libération du sodium a été suivie grâce à une sonde de conductivité. Les résultats ont montré une influence des trois paramètres de composition (teneur en matière grasse, en sel et pH à l’emprésurage) sur les cinétiques de la libération des arômes. Cette variation dépend néanmoins de la nature de l’arôme suivi ; les arômes plus hydrophobes étant moins sensibles aux variations de la teneur en matière grasse et plus sensibles aux variations de pH et donc à la structure du produit. La cinétique de libération du sel lors de la mastication in vitro est aussi largement influencée par la composition et la structure des produits. Outre la teneur en sel qui conditionne les quantités libérées, la teneur en matière grasse et le pH à l’emprésurage module la cinétique de libération du sel. Au final, ces travaux montrent une importante contribution de la cinétique de libération et donc probablement de la temporalité des sensations dans perception globale du sel et de la matière grasse lors de la consommation d’un aliment complexe. / In recent years, health authorities worldwide advise for a reduction of salt and fat in daily food consumption. However, foods with reduced salt and fat content are often not appreciated by consumers, Therefore, the formulation of low-salt-fat foods that maintain acceptability is a major concern in food research. In this thesis, the multi-sensory integration and release kinetics of flavor compounds were explored as strategies to compensate for salt and fat reduction in cheese products (model cheeses and real cheeses). The objective was to better understand the mechanisms leading to aroma and salt release during mastication and to evaluate how the matrix composition and structure influence salt and aroma release profile.Multisensory integration approach to compensate for salt and fat reduction was studied in a first step. The structure and sensory perception of 24 cheese models varying in composition (2 levels of fat, 2 salt, 2 pH at renneting) and flavored with either a sardine aroma (associated to salt), a butter aroma (associated to fat) or not flavoured (control) were characterised by rheological measurements (uniaxial compression) and sensory evaluation (descriptive analysis). The results demonstrated an influence of the composition on the products structure and perceived texture. Furthermore, a significant saltiness enhancement was induced by sardine aroma while significant fat perception enhancement was induced by butter aroma. However, this influence of the aroma on other sensory dimensions depends on the texture of the products thus on their composition and structure. These results have been extended to real cheeses but with specificities. If the sardine flavor enhanced the perception of salt, only butter-sardine-flavor enhanced the perception of fat.In a second step, a physico-chemical approach was developed to explore the release kinetic of flavor compounds during in vitro breakdown using a chewing simulator. The aim was to use these data to explain the influence of the structure of model cheeses and real cheeses and their breakdown during chewing on sensory effects observed in the first step. Volatile compounds release was monitored by connecting the chewing simulator to a proton transfer reaction-mass spectrometry (PTR-MS), while salt release was monitored using a conductivity probe. Results showed that product composition and structure (fat, salt and pH at renneting) influenced aroma release, which however depends on the nature of the aroma: the more hydrophobic compounds are less sensitive to variations in fat content and more sensitive to variations in pH and therefore to the products structure. The salt release kinetic during in vitro chewing was also influenced by the composition and structure of the products. Indeed, beyond salt content which determined the amount of salt released, fat content and the pH at renneting modulated the release kinetic. In conclusion, this work showed a significant impact of the flavor compounds release kinetic and probably of temporality of sensations on the overall perception of salt and fat when consuming a complex food.

53% du lait produit à Veracruz est utilisé pour la fabrication des fromages, mais ce lait n’est soumis à aucune analyse de la qualité, de sorte que le contenu des polluants tels que les pesticides et les mycotoxines pourraient se concentrer sur les fromages. Les pesticides, tels que les organochlorés (POC), peuvent augmenter l'incidence du cancer et jouer le rôle de perturbateur endocrinien ; tandis que les mycotoxines, telles que les aflatoxines (AF): l'aflatoxine M1 (AFM1) et l'aflatoxine M2 (AFM2), sont considérées comme cancérigènes. La consommation de fromage avec ces toxines peut mettre en danger la santé du consommateur, cependant, il y a peu de rapports sur la concentration de ces composés et la consommation de fromages par la population de Veracruz. L'objectif de ce travail était d'évaluer le risque pour la santé dû à la consommation de fromage (frais et Oaxaca) contaminé par les POC, AFM1 et AFM2. Pour atteindre cet objectif, des fromages frais et Oaxaca ont été échantillonnés au hasard dans 40 points de vente dans la ville de Veracruz, au cours de trois années différentes (2014, 2015 et 2016), couvrant les périodes sèches et pluvieuses. La concentration de POC (n = 20) a été quantifiée par CG-MS et celle des AF par HPLC. Pour obtenir des données sur la consommation de fromage, deux questionnaires ont été utilisés: un pour la fréquence d'achat (n = 100) et un journal alimentaire pour 7 jours (n = 309 pour chaque type de fromage). L'évaluation des risques par exposition de la population à l'AFM1 a été évaluée à l'aide de la combinaison des fonctions de densité de probabilité (PDF) de la concentration AF, de la consommation de fromage Oaxaca et du poids corporel (méthodologie probabiliste). Seulement dans 5% des échantillons de fromage Oaxaca, les POC ont été détectés mais dans des valeurs inférieures à la limite de quantification (LOQ = 0,01 mg kg-1), ce qui montre que l'exposition des consommateurs aux POC est faible. La consommation moyenne de fromage frais et Oaxaca était de 50,9 g personne-1 d-1 et 47,8 g personne-1 d-1, respectivement. Seulement dans 37% des échantillons de fromage Oaxaca, la concentration d'AFM1 et dans 10% pour l'AFM2, était supérieure à la valeur établie par la Commission européenne de 0,05 μg kg-1. L'exposition des enfants (5,9 ug de poids corporel AFM1 1 kg d-1 et 0,5 pg de poids corporel 1 AFM2 kg d-1) était supérieure à celle observée chez les adultes (2,32 g AFM1 kg de poids corporel -1 d-1 et 0,2 μg de AFM2 kg de poids corporel-1 d-1). La prise en compte d'un TDI de 1 ng kg-1 pc par jour-1 ,les résultats indiquent que la santé de 72,8% et 51% des enfants et des adultes respectivement population de la ville de Veracruz, est à risque de manger du fromage Oaxaca contaminés par l'AFM1 et environ 13% et 3% respectivement de la population des enfants et des adultes, en raison de la consommation de AFM2. La présente étude est la première enquête sur l'exposition de la population de Veracruz à des fromages contaminés par AFM1 et AFM2. / About 53 % of the milk produced in Veracruz is used for the manufacture of artisanal cheeses, however this milk is not subjected to any quality analysis, so the content of contaminants such as pesticides and mycotoxins could be found in cheeses. Pesticides, such as organochlorines (POCs), can increase the incidence of cancer and act as an endocrine disruptor; Additionally mycotoxins, such as aflatoxin M1 (AFM1) and aflatoxin M2 (AFM2), are considered carcinogenic. The consumption of cheese with these toxins can put the health of the consumer at risk; however, there are only reports on the concentration of these compounds in cheeses, and cheese data consumption by the population of Veracruz are not available. The objective of this work was to evaluate the health risk due to the consumption of contaminated cheese (fresh and Oaxaca) with POC's and AFM1. In order to attain this objective, fresh and Oaxaca cheeses were randomly sampled at 40 groceries in Veracruz city, in three different years (2014, 2015 and 2016), covering periods of drought and rain. The concentration of POC's (n= 20) was quantified by CG-MS and that of AFs by HPLC. Cheese intake data were obtained from a purchase frequency questionnaire (n = 100) and from a 7 days food diary questionnaire (n = 309 for each type cheese). The risk assessment for exposure of the population to AFM1 was calculated by the combination of probability density functions (PDF) of AFM1 concentration, Oaxaca cheese consumption and body weight (probabilistic methodology). POCs were detected only in 5 % of the samples at concentrations above the quantification limit (LOQ = 0.01 mg kg-1), which showst that consumer exposure is low. The average consumption of fresh and Oaxaca cheese was 50.9 g person-1 d-1 and 47.8 g person-1 d-1, respectively. Only in 37 % of Oaxaca cheese samples, the concentration of AFM1 and in the 10 samples of AFM2 was higher than the value established by the European Commission of 0.05 μg kg-1. The exposure of children (5.9 μg AFM1 kg body weight-1 d-1 and 0.5 μg AFM2 kg body weight-1 d-1) was higher than found in adults (2.32 μg AFM1 kg body weight-1 d-1 and 0.2 μg AFM2 kg body weight-1 d-1). Taking into account a TDI of 1 ng kg-1 pc d-1 the results indicated that health that the 72.8 % And 51% of the adult and child population, respectively, of the population of Veracruz city is at for consuming contaminated Oaxaca cheese with AFM1 and about 13% and 3% of the infant and adult population, respectively, due to the consumption of AFM2. The present study is the first research on the exposure of Veracruz population concerning contaminated cheeses with AFM1 and AFM2. / El 53 % de la leche producida en Veracruz se utiliza para fabricación de quesos artesanales, sin embargo esta leche no es sometida a ningún análisis de calidad, por lo que el contenido de contaminantes como plaguicidas y micotoxinas podrían concentrarse en los quesos. Los plaguicidas, como los organoclorados (POC’s), pueden aumentar la incidencia de cáncer y funcionar como disruptor endócrino; mientras que las micotoxinas, como las aflatoxinas (AFs): Aflatoxina M1 (AFM1) y Aflatoxina M2 (AFM2), son consideradas cancerígenas. El consumo de queso con estos tóxicos puede poner en riesgo la salud del consumidor, sin embargo, existen pocos reportes de la concentración de estos compuestos y el consumo de quesos por la población de Veracruz. El objetivo de este trabajo fue evaluar el riesgo a la salud por el consumo de queso (fresco y Oaxaca) contaminado con POC’s, AFM1 y AFM2. Para alcanzar este objetivo, se muestrearon aleatoriamente quesos fresco y Oaxaca en 40 puntos de venta de la ciudad de Veracruz, en tres años diferentes (2014, 2015 y 2016), abarcando periodos de secas y de lluvias. La concentración de POC’s (n = 20) se cuantificó por CG-MS y la de AFs por HPLC. Para la obtención de datos de ingesta de queso, se utilizaron dos cuestionarios: uno de frecuencia de compra (n = 100) y un diario de alimentos de 7 días (n = 309 para cada tipo de queso). La evaluación del riesgo por exposición de la población a AFM1 se evaluó a través de la combinación de las funciones de densidad de probabilidad (PDF) de la concentración de AFs, del consumo de queso Oaxaca y del peso corporal (metodología probabilística). Sólo en el 5 % de las muestras de queso Oaxaca se detectaron POC’s pero en valores inferiores al límite de cuantificación (LOQ = 0.01 mg kg-1), lo que muestra que la exposición del consumidor a los POC’s es baja. El consumo promedio de queso fresco y Oaxaca fue de 50.9 g persona-1 d-1 y 47.8 g persona-1 d-1, respectivamente. Sólo en el 37 % de las muestras de queso Oaxaca, la concentración de AFM1 y en el 10 % para la AFM2, fue mayor al valor establecido por la Comisión Europea de 0.05 μg kg-1. La exposición de los niños (5.9 μg de AFM1 kg de peso corporal-1 d-1 y 0.5 μg de AFM2 kg de peso corporal-1 d-1) fue mayor que la encontrada en adultos (2.32 μg de AFM1 kg de peso corporal-1 d-1 y 0.2 μg de AFM2 kg de peso corporal-1 d-1). Teniendo en cuenta una TDI de 1 ng kg-1 pc día-1 los resultados indicaron que la salud del 72.8 % y el 51 % de la población infantil y adulta, respectivamente, de la ciudad de Veracruz, está en riesgo por consumir queso Oaxaca contaminado con AFM1 y cerca del 13 % y 3 % de la población infantil y adulta respectivamente, debido al consumo de AFM2. El presente estudio es la primera investigación sobre la exposición de la población veracruzana a quesos contaminados con AFM1 y AFM2.

L'objectif de la thèse était de déterminer les paramètres impactant la croissance des bulles dans des fromages à pâte pressée non cuite et de les hiérarchiser. Ce travail s'est appuyé sur la confrontation de données complémentaires telles que la composition, les propriétés rhéologiques, le métabolisme bactérien, la microstructure et l'ouverture des fromages. La plupart des méthodologies mises en place étaient originales, notamment l'imagerie 3D couplée à un traitement d'images permettant d'obtenir le nombre et le volume des yeux mais aussi leur localisation dans les fromages et leur cinétique individuelle de croissance. Or un fort gradient de taille et de cinétique de croissance a été mis en exergue entre le centre et la périphérie des fromages, avec des bulles moins nombreuses, plus petites et croissant moins vite en périphérie qu'à cœur. Plusieurs pistes ont été explorées pour expliquer ces disparités. La microstructure des deux zones n'ayant pas présenté de différence significative, les seuls paramètres en mesure de provoquer le gradient d'ouverture étaient la teneur en sel et les propriétés rhéologiques. En effet, la périphérie des fromages est plus salée et plus dure que le centre. La combinaison d'IRM et de respirométrie a permis de démontrer que le sel influence le gradient d'ouverture des fromages via la production de CO2 en ralentissant la croissance et le métabolisme des bactéries et potentiellement via sa solubilité. La dureté plus élevée de la périphérie des fromages pourrait accentuer les écarts. Le facteur clef de contrôle du gradient d'ouverture dans les fromages type PPNC emballés serait donc le sel, bien que les étapes de procédé précédant l'affinage semblent également être un paramètre intéressant à étudier car elles déterminent l'état initial des fromages en entrée d'affinage. / The main objective of the PhD was to determine and prioritize the factors affecting the eye growth in semi-hard cheeses. To do so, a combination of protocols dedicated to the analysis of specific elements of cheese was developed: cheese composition, microstructure, and rheological properties, opening indicators and bacteria metabolism. Several methods were innovating, especially the 3D imaging techniques combined with an image processing allowing the determination of eye’s number and volume but also their location in cheese and their individual specific growth during ripening. Therefore, a strong opening gradient could be identified between under-rind and core zones, with smaller and fewer eyes under-rind, which were growing slower than in the center. Several leads were investigated to explain these differences. The microstructure of the cheese matrix in these two zones did not present any significant difference, so the only parameters left that could cause the opening gradient were the salt content and the rheological properties. Indeed, the salt content and the firmness were higher under-rind than in the center of cheese. The combination of MRI and gas pressure measurement demonstrated that the salt content influences the eye growth gradient through the CO2 production by slowing down the growth and metabolism of bacteria, and maybe also through its solubility in the cheese matrix. The higher firmness under-rind could increase the opening gradient. Therefore, the key factor to control the opening gradient in packaged semi-hard cheeses would be the salt content, even if the process steps occurring before ripening could also be interesting to study, as they set the initial state of cheeses entering ripening.

Les aliments sont des matrices de composition complexe et variée au sein desquelles les protéines possèdent diverses fonctionnalités, pour stabiliser des mousses ou des émulsions, gélifier, solubiliser certains composés menant à différentes textures finales du produit. Une modification de ces protéines par hydrolyse enzymatique ménagée permet d’améliorer certaines de ces fonctionnalités et donc de changer les propriétés rhéologiques et structurales du produit. Les peptides dérivés des protéines sont présents dans de nombreux aliments soit par production in situ soit par incorporation lors de la formulation des produits sous forme d'hydrolysats. Des questions subsistent pour savoir i) si des règles générales d’assemblage existent ou non pour expliquer comment les peptides et les protéines interagissent entre eux et ii) et si une réorganisation se fait au sein des matrices ici laitières pour induire de nouvelles propriétés fonctionnelles ou les modifierL’objectif de la thèse était de déterminer comment et jusqu’à quel niveau les peptides sont capables de modifier la texture, la rhéologie et la microstructure des matrices à haute teneur en caséines.Nous avons ainsi pu montrer i) quels changements de structure et de texture avaient lieu à différentes échelles en variant le type de peptides produits, leur proportion et la concentration de la matrice dans laquelle ils étaient ajoutés et ii) les interactions entre peptides et caséines et la non-linéarité des phénomènes expliquant les évolutions parfois contradictoires des propriétés de texture des matrices caséiniques. / Food products are matrices of complex and varied composition, among which proteins are the main molecules possessing various functionalities, i.e. foam and emulsion stabilisation, gelation, solubilisation of some components. They led to various final textural properties of the food products. Modification of proteins by mild enzymatic hydrolysis, allowed improving some of the functionalities and in turn changing the structural and rheological properties of the food product. Protein-derived peptides are present in a huge number of food products either by in situ production or by incorporation as an ingredient during food formulation. Questions remains i) whether some general rules can be put forward or not to explain the building-up of the interactions between peptides and between peptides and proteins and ii) the subsequent reorganization of the food matrices and namely dairy ones that has to be done to induce new or modified functional properties in various dairy matrices.The objective of this thesis was to determine how and to what extent casein-derived peptides are able to modify the texture, the rheology and the microstructure of highly-concentrated casein matrices. We showed i) what kinds of structural and textural changes occurred at various scales from microscopic to macroscopic ones, when we varied the type of peptides produced, their percentage in the dairy matrices and the concentration of the matrices they were incorporated in; ii) interactions between peptides and caseins and the non-linearity of the phenomena explaining some adversely evolutions of the rheol

L’objectif de ce travail était de mieux comprendre les mécanismes moléculaires de l’adaptation microbienne à l’environnement fromager par des approches de génomique fonctionnelle via le modèle de Brevibacterium, un genre bactérien largement utilisé en technologie fromagère, mais dont l’implantation est parfois difficile à maîtriser.L’analyse génomique comparative de 23 souches de Brevibacterium, dont 12 issues de fromages, a révélé des différences en déterminants génétiques impliqués dans la capacité à croître à la surface du fromage. Parmi ces différences, plusieurs sont corrélées à la phylogénie des souches, et d’autres résultent de transferts horizontaux, notamment dans le cas des gènes liés à l’acquisition du fer et à la biosynthèse de bactériocines. Nous avons identifié des îlots génomiques correspondant à des transferts de gènes d’acquisition du fer entre des souches fromagères de Brevibacterium et des bactéries d’affinage appartenant à d’autres genres. Nous avons également mis en évidence un transposon conjugatif codant pour la synthèse de bactériocines présent chez des souches de Brevibacterium d'origine fromagère mais aussi chez une souche fromagère du genre Corynebacterium.L’étude fonctionnelle des interactions biotiques entre Brevibacterium et Hafnia alvei, une autre bactérie d’affinage du fromage, a été menée dans un modèle fromager développé au cours de ce travail. En couplant des analyses microbiologiques, biochimiques et transcriptomiques (RNA-seq), nous avons mis en évidence l’existence de différents mécanismes d’interaction entre ces bactéries. Ceux-ci concernent notamment l’acquisition du fer, la protéolyse, la lipolyse, le métabolisme soufré et le catabolisme du D-galactonate. Nos résultats suggèrent que dans la relation mutualiste observée entre certaines souches de Brevibacterium et H. alvei, cette dernière sécrète des sidérophores qui sont utilisés par Brevibacterium pour capter le fer plus efficacement, stimulant ainsi sa croissance. En contrepartie, Brevibacterium sécrète des lipases et des protéases qui dégradent les caséines et triglycérides du fromage en constituants énergétiques favorisant la croissance de H. alvei. Ce type d’interaction est intéressant à considérer pour la formulation des ferments d'affinage car il en résulte une meilleure capacité de tous les partenaires à coloniser le fromage, et ainsi à générer les propriétés technologiques recherchées. / The objective of this study was to better understand the molecular mechanisms of microbial adaptation to the cheese habitat by functional genomic approaches using Brevibacterium as a model microorganism. This bacterium is widely used for the manufacturing of cheese but its growth on the cheese surface is sometimes difficult to control.Comparative genomic analysis of 23 Brevibacterium strains, including 12 strains isolated from cheeses, revealed differences in genetic determinants involved in the growth on the cheese surface. Some of them are correlated to strain phylogeny and others are the result of gene transfers, especially those involved in iron acquisition and bacteriocin biosynthesis. We identified genomic islands corresponding to transfers of genes involved in iron acquisition between cheese-associated Brevibacterium strains and cheese-associated strains belonging to other genera. We also detected a conjugative transposon encoding bacteriocin production, which is present in cheese-associated Brevibacterium strains as well as in a cheese-associated Corynebacterium strain.Functional study of biotic interactions between Brevibacterium and Hafnia alvei, another cheese-ripening bacterium, was performed in a model cheese developed in this study. By coupling microbial, biochemical and transcriptomic (RNA-seq) analyses, we revealed several interaction mechanisms between these bacteria. These concern, in particular, iron acquisition, proteolysis, lipolysis, sulfur metabolism and D-galactonate catabolism. Our findings suggest that in the mutualistic relationship between some Brevibacterium strains and H. alvei, the latter stimulates Brevibacterium growth by the secretion of siderophores, which can be used by Brevibacterium to capture iron more efficiently. In return, Brevibacterium secretes lipases and proteases, which degrade cheese caseins and triglycerides into energetic substrates that stimulate H. alvei growth. This type of interaction is interesting to consider in the formulation of ripening cultures because it results in a better ability of all partners to colonize the cheese, and thus to generate the desired technological properties.