Dans le contexte industriel actuel, plusieurs entreprises éprouvent des difficultés à améliorer leur performance, et ce, en raison d’une problématique de variabilité intrinsèque de certains procédés industriels. Cette variabilité peut ainsi provenir de diverses sources, que ce soit au niveau de la matière première, l’environnement du procédé ou le procédé en soi. Dans l’objectif de mieux comprendre et gérer les impacts de cette variabilité intrinsèque, un cadre méthodologique générique et flexible a été développé en se basant sur certains principes et certaines méthodes reconnues de la littérature. Composé de quatre étapes, soit l’analyse de la situation initiale, la modélisation prédictive, la modélisation prescriptive et enfin, une étape d’implantation, ce cadre méthodologique a par la suite été appliqué à deux reprises en entreprise pour des problématiques industrielles réelles. Ainsi, l’application de ce cadre pour un procédé de teinture de tissu aux prises avec une variabilité intrinsèque qui complexifie la standardisation de la couleur finale a permis le développement d’un modèle prédictif présentant une performance de prédiction de 92%, fournissant du même coup beaucoup d’information sur les sources de cette variabilité. Une seconde application du cadre pour un procédé de découpe de fromage a permis à l’entreprise de mieux connaître les variables affectant la performance du procédé. En terminant, malgré certaines limites associées à l’application du cadre telles que des contraintes de temps et une dépendance à la quantité et à la qualité des données utilisées, il a été possible de conclure que le cadre méthodologique répondait aux objectifs initiaux.

La caractérisation du profil aromatique et technologique de souches isolées de ferments artisanaux a été effectuée afin d'identifier de nouvelles souches aromatiques et enrichir la diversité bactérienne disponible pour l'industrie fromagère. La capacité d'utilisation du citrate, l'activité protéolytique, la sensibilité aux bactériophages, la production de diacétyle en simulation fromagère, le profil enzymatique et la biocompatibilité des souches aromatiques choisies avec des souches acidifiantes ont été évalués à l'aide de diverses méthodologies. Trois souches présentant un potentiel aromatique supérieur ont été sélectionnées pour la formulation de ferments aromatiques. L'effet des conditions de production du ferment sur son activité « aromatisante » subséquente a également été étudié en culture pure avec une souche de L. lactis ssp. lactis diacetylactis. Un effet significatif de la supplémentation du milieu de culture en citrate et de la modulation du pH de fermentation sur la production de diacétyle a été observé. / Characterization of the aromatic and technological profile of lactococcal strains isolated from artisanal starters was carried out in order to identify new aromatic strains, thus enriching the bacterial variety available to the cheese industry. The ability to use citrate, proteolytic activity, bacteriophage sensitivity, production of diacetyl in cheese simulation, enzymatic profile and biocompatibility of the isolates with acidifying strains was evaluated using various methodologies. Three strains presenting a superior aromatic potential were selected for the formulation of new mesophilic aromatic starters. The effect of the culture conditions on the cells aromatic capacity was also evaluated with a of L. lactis subsp. lactis diacetylactis strain. A significant effect of the addition of citrate to the culture medium and modulation of the culture pH zone on the production of diacetyl was observed.

Les fromages de spécialités supportent un écosystème complexe regroupant des bactéries, des levures et des moisissures. Bien que des ferments d’acidification et des cultures d’affinage soient ajoutés lors du procédé de fabrication, plusieurs autres microorganismes peuvent s’y développer. Ainsi, les levures indigènes, naturellement présentes dans l’environnement laitier, pourraient contribuer de façon directe et/ou indirecte au développement des propriétés sensorielles (saveur, odeur, texture) des fromages. Une étude précédente a permis de caractériser la microflore des fromages québécois. Trois espèces de levures indigènes (Cyberlindnera jadinii, Kazachstania servazzii et Pichia k udriavzevii) ont été détectées dans le lait cru et/ou dans les fromages de spécialité provenant de la province de Québec, mais leur prédominance et leur rôle n’avaient pas été déterminés. Le but de ce projet était d’évaluer la distribution de ces trois espèces de levures indigènes dans les fromages de spécialités du Québec. Pour ce faire, une méthode spécifique et sensible utilisant la PCR quantitative en temps-réel a été développée afin de pouvoir détecter et quantifier ces trois espèces de levures. Par la suite, la croûte et la pâte de fromages québécois ont été analysées afin d’obtenir plus d’indices quant à la localisation de ces espèces dans les fromages et leur importance dans l’affinage de ceux-ci. Ce projet a permis de mettre en évidence que C. jadini iet P. k udriavzevii sont des levures fréquemment retrouvées dans la majorité des fromages de spécialités du Québec. Il serait donc intéressant d’approfondir leur impact au niveau de la production de composés aromatiques et d’analyser si le développement de nouveaux ferments qui contiendraient ces espèces serait bénéfique. / The complex fungal ecosystems of specialty cheeses are increasingly studied because of the potential contribution of indigenous yeasts to the development of the cheese’s sensory properties. They may contribute directly or indirectly by their interaction with the funga l ecosystem or the modification of the cheese matrix. Previous studies detected Cyberlindnera jadinii, Kazachstania servazzii and Pichia k udriavzeviiin both raw milk and/or artisanal specialty cheeses from the province of Québec. The aim of this project was toanalyze the distribution of these three yeast species in cheeses made in the province of Québec. A highly specific and quantitative real time PCR assay was developed to quantitate these yeast species. The rind and the core of cheeses made in the province of Québec were sampled and analyzed using this method. Tracking of C. jadinii and P. k udravzeviirevealed that these yeasts are found within the majority of the analyzed cheeses. This study is the first step toward a better understanding of the possible contribution of these indigenous yeasts species in the development of cheese flavors, and their role in the cheese’s fungal ecosystem.

L'objectif était de déterminer si et comment les populations microbiennes des laits crus pouvaient faire barrière à Listeria monocytogenes dans un fromage à pâte pressée non cuite. La comparaison des profils SSCP de fromages avec et sans développement de L. monocytogenes a permis d'identifier les pics de Lactococcus lactis, Lactococcus garvieae, Enterococcus saccharominimus, Enterococcus faecium, Chryseobacterium sp. et Corynebacterium flavescens dominants dans les profils des fromages inhibiteurs. Lc. lactis s'est révélée le plus inhibiteur en fromages par production d'acide lactique en début d'affinage. L'inventaire des populations du lait cru le plus inhibiteur a permis de reconstituer une communauté de 32 espèces. Par omission successive de groupes microbiens constituant cette communauté, il a été montré que les bactéries lactiques agissaient en synergie avec les bactéries à Gram positifs non lactiques dans l'inhibition. Le rôle des levures serait moindre et les bactéries à Gram négatif n'interviendraient pas. En cours d'affinage, l'inhibition serait plutôt attribuée à la production d'acides organiques, d'alcools et de certains esters

La souche Carnobacterium maltaromaticum LMA 28, isolée d’un fromage à pâte molle, possède des propriétés physiologiques non conventionnelles pour une bactérie lactique. Sa croissance en TSB-YE et en lait traduisent son exigence nutritionnelle en facteurs de croissance facilement assimilables et sa faible vitesse de production d’acide lactique à partir de glucose, lactose, fructose et saccharose. Le galactose n’est pas métabolisé et lors de l’hydrolyse du lactose n’est pas excrété dans le milieu de culture. Les caillés lactiques sont obtenus après des durées d’incubation non compatibles avec les cadences industrielles. De plus, ils présentent une texture très friable. La numération et l’identification de cette souche, en vue de suivre son comportement dans une matrice fromagère, ont été optimisées par la mise au point du milieu de culture sélectif CM, à l’aide de plan d’expériences, et par la technique de PCR. Le comportement de C. maltaromaticum LMA 28 a été comparé à ceux de deux souches lactiques d’intérêt technologique Lc. lactis DSM 20481 et S. thermophilus INRA 302, dans une large gamme de températures (3 à 37 °C) et de pH (5,2- 8,0). Des essais en co-culture, associant cette souche avec Lc. lactis DSM 20481 ou avec S. thermophilus INRA 302, ont montré que la production d’acide lactique était due à la croissance de la souche lactique traditionnelle. Cependant C. maltaromaticum LMA 28, souche lente, n’est pas inhibée par cette acidification. L’aptitude fromagère de C. maltaromaticum LMA 28 a été testée lors de deux fabrications de fromages à pâte molle. Inoculée à différents niveaux de population, elle a été mise en évidence à tous les stades de la fabrication. Présente à une concentration très faible dans le lait de fabrication, elle devient une flore lactique dominante après l’affinage et le stockage en réfrigération. Cette aptitude technologique est en relation avec son caractère psychrotrophe et sa faculté à se développer activement à des pH alcalins. Son « alimentarité », testée par la production d’amines biogènes, a montré des niveaux nuls ou très faibles en tyramine et en histamine, comme avec S. thermophilus INRA 302 et avec Lc. lactis DSM 20481. L’optimisation de sa production de flaveurs maltées a été abordée sur milieu TSB-YE et sur lait, supplémentés avec de la leucine, de l’isoleucine ou de la valine. La production de 3-méthylbutanal est la plus importante. Les analyses sensorielles des fromages contenant des niveaux de population importants (108-109 ufc.g-1) de C. maltaromaticum LMA 28 n’ont pas permis de mettre en évidence cet arôme. Présente dans de nombreux fromages français AOC ou non AOC, cette espèce opportuniste, de statut GRAS, pourrait être considérée comme un auxiliaire de fabrication intéressant, car elle permet un ralentissement du vieillissement des fromages, en évitant notamment l’apparition de flaveurs désagréables. Cette flore lactique psychrotrophe pourrait être retenue comme flore bactérienne d’affinage / The C. maltaromaticum LMA 28 bacteria strain, isolated from soft cheese, was observed to possess non conventional lactic bacteria physiological properties. Its growth in TSB YE medium and milk was found to be characterised by the requirements for easily assimilated growth nutrients and a low kinetic rate of lactic acid production from glucose, lactose, fructose and sucrose. In addition, it was found to not metabolise galactose or not excrete it during the hydrolysis of lactose. In the process of milk fermentation, it not only took an unusually long duration but produced products of fragile texture. In order to eventually determine the behaviour of this strain in the process of cheese-making, a selective culture medium CM was developed using an experimental design and PCR techniques for its isolation and identification. The behaviour of C. maltaromaticum LMA 28 was compared with that of two strains of lactic bacteria of technological interest namely Lc. lactis DSM 20481 and S. thermophilus INRA 302, within a wide temperature range (3 to 37°C) and of pH (5.2 – 8.0). Tests carried out in co-culture associating this strain with Lc. lactis DSM 20481 or with S. thermophilus INRA 302 showed that the lactic acid production was due mainly to the growth of the traditional lactic strain. In the process, the C. maltaromaticum LMA 28 slow strain was observed not to be inhibited by acidification. The cheese-making potential of C. maltaromaticum LMA 28 was evaluated in the process of two soft cheese manufactures. Inoculated at various levels of population, it was observed to be present at all manufacturing stages. Generally present at very weak concentrations in the starting milk, it becomes a dominant lactic flora following ripening and refrigeration storage. This technological aptitude is in relation with its psychrotrophic character and its ability to actively develop in alkaline medium. Its “alimentarity”, tested by its ability to produce biogenic amines, showed zero or very low levels in tyramine and histamine, as in the case of S. thermophilus INRA 302 and Lc. lactis DSM 20481. The optimization of its malted flavour production capacity was carried out on a TSB-YE medium and on milk supplemented with leucine, isoleucine or valine. In this process the production of 3-méthylbutanal was observed to be the most abundant product while cheese containing high levels (108-109 ufc.g-1) of C. maltaromaticum LMA 28 did not exhibit this flavour. This notwithstanding, the presence of this species of GRAS status in many French AOC and non AOC cheeses could be considered as an interesting auxiliary in cheese manufacturing process since it tends to slow down the aging process and thereby retard the development of unpleasant flavours. In this respect this strain of psychotrophic lactic bacteria could be retained as a flora for cheese ripening process

Ces travaux de thèse portent sur l'étude pluridisciplinaire (biochimique, physicochimique, microbiologique) de l'amélioration des qualités aromatiques du Poro, fromage artisanal mexicain au lait cru, afin d'en allonger sa durée de commercialisation sur le marché mexicain. Pour cela, après une caractérisation physicochimique du fromage, différentes techniques d'encapsulation dans l'enrobage de paraffine du fromage ont été testées. Par ailleurs, l'activité inhibitrice de Carnobacterium maltaromaticum LMA28, isolée à partir d'un fromage à pâte molle, a aussi été étudiée vis-à-vis de L. monocytogenes pour une application en industrie fromagère. L'évaluation sensorielle a permis de construire une cartographie des préférences internes pour le fromage Poro. Dans un second temps nous nous sommes intéressée à masquer l'apparition de défauts olfactifs dans le Poro : L'encapsulation de C. maltaromaticum LMA28 est une meilleure alternative pour la libération de 3-méthylbutanal par rapport à l'encapsulation directe du 3-méthylbutanal. Enfin, d'un point de vue microbiologique, aucune trace de contamination fécale n'a été retrouvée dans les produits. Les principales souches de bactéries lactiques isolées dans le fromage ont été : L. plantarum, L. pentosus, L. farciminis, L. rhamnosus. L'effet de quatre facteurs (C. maltaromaticum, concentration en NaCl, temps et pH) et de leurs interactions sur la croissance de L. monocytogenes inoculée dans deux milieux de culture (TSB- YE et lait écrémé) a été étudié. La concentration de C. maltaromaticum LMA28 s'est révélée être le facteur déterminant pour obtenir une inhibition de L. monocytogenes dans les deux milieux de culture testés / This thesis focuses on the interdisciplinary study (biochemical, physicochemical, microbiological) in order to improve sensory qualities and, more specifically, aromatic profile of Poro cheese in order to extend its commercialization period on the Mexican market. After cheese characterization, several encapsulations techniques were tested into cheese paraffin coating. Moreover, inhibitory activity of C. maltaromaticum LMA28 isolated from a soft cheese against L. monocytogenes was also studied. Sensory evaluation led to a preferences internal mapping. It appeared that C. maltaromaticum LMA28 encapsulation was a better alternative for the 3-methylbutanal release compared with 3-methylbutanal direct encapsulation to improve off-flavor apparition in Poro. Sensory experiments performed on Babybel® (cheese model) showed a difference between the sensory perceptions of cheese coated containing or not C. maltaromaticum LMA28. Micro-encapsulation in calcium alginate is a quick encapsulation technique, simple, inexpensive and easy to implement even for a small-scale productions. Finally, from a microbiological point of view, no trace of fecal contamination was found in the products. The main strains of lactic acid bacteria isolated were cheese: L. plantarum, L. pentosus, L. farciminis, and L. rhamnosus. The effect of four factors (C. maltaromaticum, NaCl concentration, time and pH) on L. monocytogenes growth, inoculated into two culture media (TSB -YE and skim milk). The C. maltaromaticum LMA28 concentration appeared to be the determining factor for L. monocytogenes inhibition in both media tested

La législation européenne impose la recherche d'entérotoxines staphylococciques dans les fromages si le niveau de S. aureus est supérieur à 105 ufc/g. Dans cette optique, l'objectif de cette thèse était de fournir des éléments scientifiques pour contrôler S. aureus par biopreservation. Dans un premier temps, la croissance de S. aureus a été suivie dans des fromages fermiers AOC Saint-nectaire. Dans ces fromages les populations de S. aureus se multiplient essentiellement durant les six premières heures de fabrication pour atteindre un maximum à 24 h. En fromages au lait cru, leur croissance et leur niveau maximal dépendraient de la concentration initiale dans le lait, du pH (en particulier pH à 6 h), de la température, mais le rôle des communautés microbiennes n'a pas pu être mis en évidence. Dans un deuxième temps, les capacités inhibitrices de souches de Lactococcus lactis et de Lactococcus garvieae ont été évaluées en lait microfiltré. L. lactis subsp. lactis inhiberait la croissance de S. aureus par abaissement du pH mais aussi par production d'H2O2 pour certaines souches. Par contre, le pH ne serait pas responsable de l'inhibition de S. aureus par L. garvieae. La compétition pour des acides aminés ne semblerait pas impliquée dans l'inhibition par L. lactis puisque cette espèce en synthétise de grande quantité en lait. Même si la thréonine, la phénylalanine, la méthionine, l’isoleucine et la valine deviennent limitants dans la co-culture de S. aureus avec L. garvieae, cette carence ne serait pas responsable de l'inhibition puisque leur ajout ne lève pas l'inhibition. Cependant du peroxyde d'hydrogène (3 mmol/l) produit par L. garvieae en co-culture en milieu BHI serait responsable de l'inhibition. En milieu de laboratoire, l'inhibition de S. aureus par L. garvieae est effective durant les premières heures de culture et diminue en cours d'incubation. Elle augmente avec la concentration de L. garvieae. Elle est plus forte à 24°C qu'à 30°C. Le rôle de la catalase de S. aureus dans l'interaction avec L. garvieae reste à préciser / The European legislation imposes the staphylococcal search for enterotoxins in cheeses if the level of S. aureus is higher than 105 ufc/g. Accordingly, the objective of this thesis was to provide scientific data to control S. aureus by biopreservation.In a first, the growth of S. aureus was monitored in farm cheeses AOC Saint-Nectaire. In these cheeses the populations of S. aureus multiplied mainly during the first six hours of manufacture to reach a maximum to 24 h. Their growth and their maximum level would depend on the initial concentration in milk, on the pH (in particular pH at 6 h), on the temperature, but the role of the microbial communities could not be highlighted. In the second step, the inhibiting capacities of strains of Lactococcus lactis and Lactococcus garvieae were evaluated in microfiltrated milk. L. lactis subsp. lactis would inhibit the growth of S. aureus by lowering the pH but also by the production of H2O2 for certain strain. On the other hand, the pH would not be responsible for the inhibition of S. aureus by L. garvieae. The competition for amino acids does not seem to be implied in inhibition by L. lactis since this species synthesis a great amount in milk. Even if threonine, phenylalanine, methionine, isoleucine and valin become limiting in the co-culture of S. aureus with L. garvieae, this would not be responsible for inhibition since their addition in milk does not raise inhibition. In laboratory medium the inhibition of S. aureus by L. garvieae was effective during the first hours of culture and decreases during incubation. It increased with the concentrations of L. garvieae. It was stronger at 24°C than at 30°C. It would be due to hydrogen peroxide (3 mmol/l) produced by L. garvieae in Co-culture in medium BHI. The role of the catalase of S. aureus in the interaction with L. garvieae remains to be specified

Le fromage, comme tout produit frais, doit être conservé à basse température tout au long de la chaîne du froid. Une particularité des fromages à pâte molle (camembert, par exemple) est qu’ils dégagent un flux de chaleur important à cause de la respiration des microorganismes qui y sont présent. D’un point de vue thermique, suffisamment d’air froid doit entrer dans une palette de fromage pour évacuer la chaleur dégagée afin de maintenir une température stable dans le système. D’un point de vu aéraulique, l’échauffement du produit induit de la convection naturelle à l’intérieur de la palette. Plusieurs modes de convection sont donc présents : la convection forcée imposée par les ventilateurs de la chambre froide autour de la palette et la convection mixte, combinaison de convections forcée et naturelle, à l’intérieur de la palette. Ceci augmente par conséquent la complexité de l’écoulement d’air. Le régime de convection mixte apparait surtout à faible vitesse de ventilation ce qui est souvent le cas lors du stockage en chambre froide. De plus, le système est influencé par un grand nombre de paramètres : l’orientation de la palette, l’ajourage des cartons, la vitesse de soufflage, la puissance de chauffage…L’objectif de la thèse est d'apporter de nouvelles connaissances sur les écoulements d'air et les transferts thermiques au sein d'empilements de produits dégageant de la chaleur et faiblement ventilés. Ces connaissances visent également à répondre à des problématiques industrielles. Les acquis du projet doivent contribuer à améliorer la conception aéraulique des emballages et des modes de palettisation du fromage, qui à ce jour est réalisée de manière empirique. Il convient également de noter que la problématique scientifique abordée dans ce projet (interactions aérodynamiques et thermiques entre convection forcée et naturelle autour et au sein d'empilements d’objets) présente des applications dans d’autres domaines tels que le refroidissement des circuits électroniques.La thèse se compose de deux parties principales : Une étude expérimentale et une étape de modélisation. Dans l’approche expérimentale, une maquette de palette à l’échelle 1 a été conçue dans laquelle les produits ont été remplacés par des blocs de plâtre munis de résistances chauffantes afin de simuler le flux de chaleur dégagé par le produit. Les expérimentations ont été réalisées dans une cellule à température et vitesse d’air maitrisées pour deux vitesses amont : 0.31 et 0.73 m.s-1, trois puissances de chauffage : 0.05 W, 0.15 W et 0.30 W par produit (0.25kg) et deux orientations de la palette. L’utilisation d’un vélocimètre laser par effet Doppler (LDV) et d’un anémomètre à fil chaud ont permis de caractériser les écoulements (profils de vitesses, débit d’air dans les orifices) selon la vitesse amont et la puissance de chauffage. L’implantation de 200 thermocouples répartis dans l’ensemble du montage expérimental a par ailleurs permis d’obtenir les profils de température de l’air et des produits au sein de la palette selon ces mêmes paramètres.La partie modélisation a été réalisée selon deux approches: une simulation détaillée par mécanique des fluides numériques (CFD) avec un maillage de plusieurs millions de cellules et un modèle zonal (une vingtaine de zones) assimilant le système à un réseau hydraulique. Les deux modèles ont été validés grâce aux données expérimentales. L’approche CFD a permis d’obtenir des informations non accessibles à partir des mesures expérimentales ce qui a facilité la compréhension des phénomènes. L’approche zonale, de par sa simplicité d’utilisation et son faible temps de calcul est quant à elle plus adaptée pour une utilisation industrielle. / Cheese, like any fresh product, must be kept at a low temperature throughout the cold chain. A particularity of soft cheeses (Camembert, for example) is that they generate a significant amount of heat due to the respiration of the microorganisms. From a thermal point of view, cold air must flow within a cheese pallet to remove the heat released in order to achieve better production temperature control. From an airflow point of view, heat generated by the product induces natural convection inside the pallet. Several convection modes are therefore present: the forced convection imposed by the fans of the cold room around the pallet and the mixed convection, combination of forced and natural convection, inside the pallet. This therefore increases the complexity of the airflow. The mixed convection regime appears mainly at low fan speed which is often the case during storage. In addition, the system is influenced by many parameters: the orientation of the pallet, the opening area of the cartons, the blowing speed, the heat flux...The aim of the PhD is to provide inner knowledge on air flows and heat transfer within pallets of heat-generating products with low ventilation. This knowledge also aims to answer industrial problems. The PhD’s results should contribute to improve the design of vented cheese packaging and palletizing methods, which is currently done empirically. It should also be noted that the scientific topic addressed in this project related to aerodynamic and thermal interactions between forced and natural convection around and within the pallet has applications in other areas such as the cooling of electronic circuits.The PhD consists of two main parts: an experimental and a numerical study. In the experimental approach, a full scale pallet was built in which the products were replaced by plaster blocks inserted with heating resistance to simulate the heat flow generated by cheese. The experiments were carried out in a controlled temperature and air velocity room for two air inflow velocities: 0.31 and 0.73 m.s-1, three heat fluxes: 0.05 W, 0.15 W and 0.30 W per product (0.25 kg) and two orientations of the palette. The use of a laser Doppler velocimetry (LDV) and a hot-wire anemometer allowed characterizing airflows (velocity profiles, air flow rate in the vent holes) according to the air inflow velocity and the heat flux. The implementation of 200 thermocouples distributed throughout the experimental set-up also made it possible to obtain the temperature levels of the air and the products within the pallet according to these same parameters.The numerical study was performed by two approaches: a detailed model by computational fluid dynamics (CFD) with several millions of elements and a zonal model (about twenty zones) assimilating the system to a hydraulic network. Both models were validated using experimental data. The CFD gave complement information which is not accessible by the experimental measurements, which facilitated the understanding of the phenomena. The zonal approach, by its simplicity of use and its low computing time is more suitable for an industrial use.

L’industrie des fromages de spécialité occupe une place très importante au Québec. Sa production annuelle représente plus de 60 000 tonnes de fromages. Bien que les produits québécois se démarquent par leur haute qualité, ils manquent parfois de constances au niveau de leurs propriétés sensorielles (goût, odeur, texture, couleur). Ces variations peuvent être expliquées en partie par un déséquilibre de la microflore fromagère (bactéries et mycètes). Bien que la microflore joue un rôle majeur dans le développement des fromages, très peu d’information est disponible sur sa composition (présence et abondance relative des espèces) pour les fromages du terroir québécois. Le but de ce projet de recherche est de développer une méthode de métagénomique ciblée par séquençage massif d’amplicons (metabarcoding) pour faire la caractérisation complète de la microflore de la surface (croûte) et du coeur (pâte) de ces fromages. Le métabarcoding est une méthode d’identification qui utilise une courte séquence d’ADN représentative du génome entier. Les résultats obtenus lors de ce projet montrent que la région V3-V4 de l’ADNr 16S, pour les bactéries, et la région ITS2 de l’espaceur de transcription interne, pour les mycètes, sont les régions qui permettent de dépeindre le portrait le plus fidèle des écosystèmes fromagers. La microflore de 32 fromages du terroir québécois a été caractérisée. Les régions cibles utilisées recensent les genres dominants associés aux écosystèmes fromagers et permettent aussi la détection spécifique de certains genres moins fréquents. Le nombre de genres dominants identifiés est de 20 pour la région V3-V4, de 22 pour la région V6-V8, de 12 pour la région ITS1 et de 13 pour la région ITS2. Il a également été possible de comparer la communauté microbienne de 15 fromages pour deux années de production (2015 et 2018, 30 fromages au total) afin d’observer la variation de la microflore en fonction du temps. Cette étude a permis d’observer que plus de la moitié des écosystèmes étudiés se révèle être constante. Ces nouvelles connaissances permettent de mieux décrire la typicité des fromages québécois et de proposer des leviers technologiques aux artisans pour produire des fromages de haute qualité de façon plus constante. / The speciality cheese industry plays an important role in the province of Quebec, with a production of over 60 000 tonnes of cheeses. Although these products distinguish themselves with their high quality, a lack of constancy is sometime experienced regarding their sensory properties (taste, smell, texture, color). These variations can be explained, partly, by a microflora disequilibrium (bacteria and fungi). Even though microflora plays an important role in cheese ripening, very little information is available about his composition (presence and relative abundance of different species) for Quebec’s terroir cheeses. This research project aims to develop a targeted metagenomic by massive amplicon sequencing (metabarcoding) to characterize the microflora of cheese rind and cheese core. Metabarcoding is a profiling method using short sequences representative of the entire genome. In this project, the V3-V4 region of the 16S rDNA and the ITS2 region of the rDNA ITS region were identified as the most precise molecular markers for the profiling of respectively bacterial and fungal cheese ecosystems. The microflora of 32 cheeses of the Quebec terroir has been characterized. The target regions used identified the dominant genera associated with cheese ecosystems and also allow the specific detection of some less frequent genera. The number of dominant genus assigned is 20 for the V3-V4 region, 22 for the V6-V8 region, 12 for the ITS1 region and 13 for the ITS2 region. It was also possible to compare the microbial community of fifteen cheeses for two different years of production (2015 and 2018) in order to observe the variation of the microflora over time. This study shows that over half of the ecosystems analyzed are stable. This new knowledge allows a better understanding of Quebec’s terroir cheese typicity and offers new information to cheesemakers on the way to produce high quality cheeses more consistently.

Au Mexique, les fromages de chèvre ne sont pas très consommés en dehors des zones de production. Dans cette étude a été évalué : si l’ajout de piment (Capsicum annuum var. jalapeño) pouvait rendre les fromages de chèvre plus populaires auprès des consommateurs ; l’effet antibactérien d’un extrait aqueux de piment sur des bactéries d’intérêt alimentaire et la faisabilité économique d’une entreprise intégrée production-fabrication de fromage pimenté. La technologie de fabrication a été mise au point. Onze fromages avec quatre concentrations de capsaicinoïdes (0, 5, 10 et 15 ppm) ont été évalués par deux jurys non experts : Français et Mexicains. Les Français ont bien apprécié les fromages sans piment et peu pimentés avec jalapeño rouge et capsaicinoïdes et les Mexicains les peu et moyennement pimentés, quelle que soit la provenance du caractère brûlant. L’appréciation des fromages diminue avec l’augmentation de la couleur. Les souches de yaourt (S. thermophilus et Lb. delbrueckii) se sont révélées plus sensibles à l’extrait aqueux de piment et les bactéries Gram négatives étudiées n’ont pas montré aucun effet. Une entreprise intégrée est financièrement attractive et peu sensible à une variation de 15 % des coûts de l’alimentation du troupeau, de la main d’œuvre, de la somme des deux et de 8 % sur le taux de rentabilité ; elle est sensible mais faisable à une variation (15 %) du prix de vente du produit (fromage) et très sensible à la diminution en 50 % du rendement ; elle n’est pas économiquement intéressant si produit seulement du lait / In Mexico, the goat’s cheeses are not very much consumed outside production zones. The objective of this study was to obtain a cheese with chilli pepper (Capsicum annuum var. jalapeño). The technology, sensorial parameters for acceptance, hygienic and economical aspects were analyzed. A simple manufacturing process of goat cheeses with chilli pepper was developed. Eleven cheeses with fourth concentrations of capsaicinoids (0, 5, 10 and 15 ppm) were evaluated by two untrained groups: Mexicans and French. Cheeses without chilli pepper and lightly spiced (5 ppm) with red jalapeño and capsaicinoids were well appreciated by French subjects. These cheeses as well as fairly spiced ones (10 ppm), whatever the source of spiciness, were appreciated by Mexicans. The appreciation of cheeses decrease with the increase in red colour intensity. Yoghourt bacteria (S. thermophilus and Lb. delbrueckii) appeared more sensitive to the aqueous red pepper jalapeño extract and no effect could be shown on the studied negative Gram bacteria. The economic survey showed that a goat’s exploitation production-spiced cheese manufacture is profitable. The project is not very sensitive to a variation of 15% in cost of food, labour, sum of both and to 8% of profit rate. It is sensitive but feasible with a variation (15%) of the selling price of the cheese and very sensitive to a decrease of 50% in output and it is not economically interesting if the company produces only milk