Resumo: Os dados de seqüência genômicas humanas depositados em bancos públicos têm fornecido uma oportunidade sem precedentes para pesquisadores decifrarem a funcionalidade do genoma humano. Essas informações são extremamente valiosas na prevenção, diagnóstico e tratamento do câncer. O Cancer Genome Anatomy Project (CGAP), o Gene Expression Omnibus (GEO), o Genome Data Mining (GDM) e o Babelomics funtional analysis of genome-scale experiments representam quatro importantes ferramentas para o estudo da genética funcional. O objetivo do presente trabalho foi o de explorar bancos de dados públicos para selecionar e validar a expressão de genes relacionados com o desenvolvimento e a progressão de carcinoma renal de células claras (CRcc). Utilizando ferramentas de bioinformática foi analisada a expressão gênica diferencial entre duas bibliotecas de SAGE elaboradas a partir de tecidos renais normais e de CRcc. Os resultados obtidos demonstraram alterações na expressão de genes participantes de importantes vias metabólicas. Baseando-se nessas análises, os genes CDK7, CLDN1, CSTB, EPC2 e ZNF706 foram selecionados e a expressão gênica diferencial desses foi avaliada por PCR em tempo real em 35 amostras de pacientes portadores de CRcc em diferentes estágios de progressão da doença e 1 amostra metastática. Paralelamente, utilizando-se a metodologia de RaSH foram elaboradas bibliotecas subtrativas entre o tecido neoplásico e o tecidos normal, sendo selecionados os genes MATR3 e PITPNB. O ZNF706 apresentou super expressão em relação aos tecidos normais, nas amostras tumorais analisadas independentemente do grau de evolução tumoral. O mesmo comportamento foi apresentado pelo gene CSTB, sendo que os maiores níveis de expressão foram observados nas amostras de estágio III de progressão tumoral. O gene CDK7 apresentou níveis de expressão dependente do grau de evolução da... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The data of human genomic sequences available in public database have provided an unpredictable opportunity for researchers to decipher the utility of human genome. This information is extremely valuable in prevention, diagnosis and cancer treatment. The Cancer Genome Anatomy Project (CGAP), the Gene expression Omnibus (GEO), the Genome Data Mining (GDM) and the Babelomics Functional Analysis of Genome-Scale Experiments do represent four important tools for functional genetics studies. This work aimed to explore public database to select and validate expression of genes related to development and progression of Clear Cell Renal Cell Carcinoma (ccRCC). The differential gene expression of two SAGE libraries from normal renal tissues and ccRCC was analyzed using bioinformatics tools. The results showed altered gene expression pattern in genes that participate in important metabolic pathways. Based on these analysis, the genes CDK7, CLDN1, CSTB, EPC2 and ZNF706 were selected and their differential gene expression was evaluated by Real Time PCR in 35 tissue samples from patients with ccRCC in different stages of disease progression and one metastatic sample. Simultaneously through RaSH methodology were elaborated subtractive libraries between normal and neoplasic tissues so the genes MATR3 and PITPNB were selected. The ZNF706 presented over expression in tumor tissues independent of tumor progression grade. The same behavior was presented by CSTB where the higher expression levels were observed in samples from stage IV of tumor progression. The CDK7 gene presented expression levels dependent of disease evolution grade where the lowers levels were in stages I, II, III and presented over expression in samples from stage IV and retroperitoneal metastasis. This result shows a clear relationship between CDK7 expression and the aggressiveness of ccRCC and suggests that this gene... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Paulo Peitl Junior / Coorientador: Paula Rahal / Banca: Raphael Bessa Parmagiani / Banca: Sônia Maria Oliani / Mestre

Orientador: Joaquim Mansano Garcia / Banca: César Roberto Esper / Banca: Paulo Henrique Franceschini / Banca: Flávio Vieira Meirelles / Banca: Maria Angélica Miglino / Resumo: A clonagem por transferência de núcleo é freqüentemente associada a resultados insatisfatórios devido à reprogramação nuclear anormal da célula somática doadora de núcleo e à expressão gênica alterada. O primeiro objetivo deste trabalho foi estudar a freqüência dos RNAs mensageiros das DNA metiltransferases (DNMT) 1, 3A e 3B, e do gene de expressão constitutiva gliceraldeído 3-fosfato desidrogenase (GAPDH) em blastocistos bovinos isolados produzidos in vivo e in vitro por transferência nuclear (TN) de célula somática, ativação partenogenética e fertilização in vitro (FIV). O segundo objetivo foi avaliar a expressão das DNMTs e dos genes "imprinted" IGF2, IGF2R e H19 em membranas cório-alantóide e fetos bovinos produzidos in vivo e in vitro por TN, ativação partenogenética e FIV e recuperados entre os dias 33 e 36 de gestação. Houve decréscimo (P<0,05) na freqüência do GAPDH nos blastocistos TN e partenogenéticos quando comparados aos embriões fertilizados, e também diferença entre blastocistos TN produzidos com diferentes protocolos de sincronização celular (células em G0 ou G1 do ciclo celular). Com relação às DNMTs, não foram identificados transcritos da DNMT1 nos blastocistos do grupo TN-G0; ocorreu diminuição na freqüência dos transcritos da DNMT3B nos embriões TN quando comparados aos partenotos. Não se observou diferença na freqüência relativa das DNA metiltransferases em membranas cório-alantóide e fetos. Com relação aos genes "imprinted", o grupo partenogenético apresentou menor nível de expressão de IGF2 em relação aos os demais grupos; baixos níveis de expressão de IGF2 e IGF2R foram observados, respectivamente, em amostras de feto e de cório-alantóide derivadas de animais clonados por TN, quando comparadas aos grupos fertilizados in vivo e in vitro. / Abstract: Cloning by nuclear transfer is often associated with poor results due to abnormal nuclear reprogramming of somatic cell donor and altered gene expression. The first objective of this study was to evaluate the frequency of DNA methyltranferases (DNMT) 1, 3A and 3B, and the housekeeping glyceraldehyde 3- phosphate dehydrogenase (GAPDH) mRNAs in single bovine blastocysts produced in vivo or in vitro by somatic cell nuclear transfer (SCNT), parthenogenetic activation and in vitro fertilization (IVF). The second objective was to evaluate the expression of DNMTs and imprinted genes IGF2, IGF2R and H19 in chorio-alantois membrane of bovine fetuses produced in vivo or in vitro by SCNT, parthenogenetic activation and IVF, and recovered between days 33 and 36 of gestation. There was strong GAPDH downregulation (P<0.05) in parthenogenetic and cloned by SCNT blastocysts when compared to fertilized ones, and also differences between cloned blastocysts produced with different cell synchronization (G0 or G1) protocol. Regarding DNMTs expression, we did not identify DNMT1 transcrips in SCNT-G0 derived blastocysts, and observed DNMT3B downregulation in SCNT-derived embryos when compared to parthenotes. No differences in DNA methyltransferase relative frequency were seen in chorio-alantois membrane and fetuses. Regarding imprinted genes expression, downregulation of IGF2 in the parthenogenetic group was observed in comparision to all other groups, and also, downregulation of IGF2 and IGF2R in the cloned-derived fetuses and chorio-alantois samples, respectively, were observed comparing to in vivo and in vitro fertilized groups. / Doutor

Orientador: Ana Elizabete Silva / Banca: Claudia Regina Bonini Domingos / Banca: Dorotéia Rossi Silva Souza / Banca: Eny Maria Goloni Bertollo / Banca: Cláudia Aparecida Rainho / Resumo: A carcinogênese gástrica apresenta um modelo de múltiplas etapas, que pode iniciar a partir de uma gastrite crônica, frequentemente associada à infecção pela bactéria Helicobacter pylori, e progredir para atrofia gástrica, metaplasia intestinal, displasia e câncer gástrico. Outra via, trata do surgimento do câncer gástrico a partir de um sítio de úlcera péptica benigna. Há relatos de algumas alterações genéticas bem estabelecidas nos estágios iniciais e avançados da carcinogênese gástrica, mas em lesões benignas precursoras como a metaplasia intestinal e a úlcera gástrica, relativamente pouco é conhecido. Deste modo, estudos genéticos destas lesões poderão fornecer informações importantes sobre os eventos iniciais da carcinogênese do estômago e contribuir para estratégias de diagnóstico precoce e prevenção. A partir de dados da literatura foram selecionados genes envolvidos com a carcinogênese do estômago como TERT, COX-2, NOS2, HGF, MET, KRAS, TFF1 e CLDN18, que atuam na manutenção dos telômeros, processos celulares e proteção da mucosa gástrica. Diante do exposto, este trabalho teve por objetivos avaliar mudanças de expressão gênica e protéica destes genes selecionados, em metaplasia intestinal (MI - 37 casos) e úlcera gástrica (UG - 30 casos), comparadas com suas respectivas mucosas normais (MN) e com adenocarcinoma gástrico (CG - 22 casos) e verificar possíveis correlações entre a expressão destes genes nos três grupos estudados, bem como associações entre os níveis de expressão gênica e protéica e fatores como infecção pela H. pylori e tipo histológico de MI e CG. A expressão relativa do RNAm dos referidos genes foi analisada pela técnica de PCR em tempo real, enquanto a expressão das respectivas proteínas foi avaliada por imuno-histoquímica. A avaliação da expressão gênica revelou níveis médios relativos do RNAm... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Gastric carcinogenesis presents a model of multiple steps, which can be triggered by a chronic gastritis, often associated with infection caused by the bacterium Helicobacter pylori, and progress to gastric atrophy, intestinal metaplasia, dysplasia and gastric cancer. However, another pathway has attracted interest in recent decades and refers to origin of gastric cancer from one site of benign peptic ulcer. There are reports of some well-established genetic alterations in the early stages and advanced gastric carcinogenesis, however, in precursor benign lesions as intestinal metaplasia and gastric ulcer, relatively little is known. Thus, genetic studies of these lesions may provide important information regarding the initial events of carcinogenesis of the stomach and contribute to strategies for early diagnosis and prevention. The genes selected for this study TERT, COX-2, NOS2, HGF, MET, KRAS, TFF1 and CLDN18, act, usually, in cell cycle processes, telomere maintenance and protection of the gastric mucosa. So, this study aimed to evaluate changes in gene and protein expression of these genes, altered in intestinal metaplasia (IM- 37 cases) and gastric ulcer (GU- 30 cases), compared with their corresponding normal mucosa (NM) and gastric cancer (GC - 22 cases) and to verify possible correlations between the expressions of these genes among the three groups studied, and also examine associations between gene and protein expression levels and factors such as H. pylori infection and histological type of IM and GC. The relative mRNA expression of these genes was analyzed by real time PCR, while the expression of respective proteins was assessed by immunohistochemistry. Evaluation of gene expression showed mRNA relative mean levels, increased in GC compared to NM to TERT (17.3-fold), COX-2 (27.6-fold), NOS2 (12.8-fold), HGF (1.8-fold), MET (3.5-fold) and KRAS (1.7-fold). For TFF1, there was... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Ana Elizabete Silva / Banca: Dertia Villalba Freire-Maia / Banca: Spencer Luiz Marques Payao / Banca: Débora Aparecida Pires de Campos Zuccari / Banca: Mariangela Torreglosa Ruiz / Resumo: O câncer gástrico é uma doença caracterizada como multifatorial associada a fatores ambientais e genéticos. A carcinogênese do estômago pode progredir de uma inflamação crônica da mucosa gástrica, resultante da infecção pela bactéria Helicobacter pylori que ativa a resposta inflamatória do hospedeiro. Portanto, selecionamos um grupo de polimorfismos presentes em genes de citocinas pró-inflamatórias (IL8, TNFA e TNFB), anti-inflamatórias (IL10 e IL-1RN) e receptores de reconhecimento de padrões moleculares associados aos microorganismos, denominados toll like receptor (TLR). Considerando a escassez e controvérsia de estudos de polimorfismos desses genes em câncer gástrico e seu envolvimento na carcinogênese de estômago, propôs-se avaliar, pelas técnicas de PCR- alelo específico ou PCR-RFLP, a associação dos polimorfismos TLR2 -196 a -174 del, TLR4 (+896 A/G rs4986790 e +1196 C/T rs4986791), IL-1RN VNTR, TNFB 252A/G (rs909253), TNFA (-308 G/A rs1800629 e -857 C/T rs1799724), IL8 (-251 T/A rs4073 e -845 T/C rs2227532) e IL10 (-592 C/A rs1800872) com risco de câncer gástrico, gastrite crônica e fatores de risco ambientais. Também, procurou-se associar, pela técnica de qPCR em tempo real, os polimorfismos com os níveis de expressão dos genes das citocinas, cujas variantes ocorrem em regiões promotoras (TNFA, IL8 e IL10). De modo geral, a genotipagem dos referidos genes foi realizada em amostras de DNA de 723 indivíduos (207 de câncer gástrico-CG; 276 de gastrite crônica-GC e 246 controles saudáveis-C), enquanto que nas análises de expressão gênica foi utilizado o cDNA de tecido gástrico proveniente de 45 pacientes com CG e 47 com GC. Observou-se que, os SNPs TLR4+1196C/T, TNFB+252A/G, TNFA-308G/A e IL8-251T/A não foram associados com o risco de gastrite crônica e câncer gástrico. Contudo, as freqüências dos genótipos TLR2 ins/del +del/...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Gastric cancer is a multifactorial disease characterized as associated with environmental and genetic factors. The carcinogenesis of the stomach can progress to a chronic inflammation of the gastric mucosa, resulting from infection by the bacterium Helicobacter pylori that activates the inflammatory response of the host. Therefore, we selected a group of polymorphisms in genes of pro-inflammatory cytokines (IL8, TNFA and TNFB), anti-inflammatory (IL10 and IL-1RN) and receptor recognition of molecular patterns associated with microorganisms, the toll like receptors (TLR). Considering the scarcity and controversy of these polymorphisms studies in gastric cancer and their involvement in carcinogenesis of the stomach, this study proposed to evaluate, by PCR allele-specific or PCR-RFLP the association of polymorphisms TLR2 -196 to -174 del , TLR4 (rs4986790 and rs4986791), IL-1RN VNTR, TNFB 252A/G (rs909253), TNFA (rs1800629 and rs1799724), IL8 (rs4073 and rs2227532) and IL10 (rs1800872) with risk of gastric cancer, chronic gastritis and environmental risk factors. Also, we tried to associate, for the technique of real-time qPCR, polymorphisms with levels of expression of cytokine genes whose variations occur in the promoter region (TNFA, IL8 and IL10). Overall, the genotyping of these genes was performed on DNA samples from 723 individuals (207 gastric cancer-GC, 276 chronic gastritis-CG, and 246 healthy controls-C), whereas in the analysis of gene expression was used cDNA of gastric tissue from 45 patients with GC and 47 CG. It was observed that TLR4 SNPs +1196C/T, TNFB +252A/G, TNFA-308G/A and IL8-251 T/A were not associated with risk of chronic gastritis and gastric cancer. In the analysis of polymorphisms of toll like receptor, the frequencies of genotypes TLR2 ins / del + del / del and TLR4 +896 AG were significantly higher (p <0.01) in GC group (33.5% and 13% respectively)... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor