Research Doctorate - Doctor of Philosophy (PhD) / Endometrial cancer is one of the most common female cancers in industrialized countries. Traditional risk factors associated with endometrial cancer are well understood and include excessive exposure to estrogen or estrogen unopposed by progesterone. However, variations in the genes that influence these hormones and their association with endometrial cancer have not been well investigated. By studying genetic variation in endometrial cancer, novel markers of risk may be discovered that can be used to identify women at high risk and for the implementation of specialised treatments. Polymorphisms in the genes involved in the following pathways; hormone biosynthesis, hormone receptors, estrogen metabolism, DNA repair and cell cycle control, have been suggested to be involved in the initiation and development of endometrial cancer. The focus of this study was to examine genetic variants in these pathways to assess the existence of an association with the risk of endometrial cancer. In the first part of this study, the COMT V158M polymorphism was examined in a hereditary non-polyposis colorectal cancer (HNPCC) cohort to determine its association with disease expression. The heterozygous genotype was over-represented in women with endometrial/ovarian cancer that did not harbour mismatch repair (MMR) gene mutations. This result suggested that the COMT V158M polymorphism may alter the risk of developing HNPCC related endometrial/ovarian cancer in MMR mutation negative women. Since COMT is involved in the metabolism of estrogen and that estrogen is the main risk factor for endometrial cancer development, closer examination was warranted to determine the association of genetic variation involved in hormone-related pathways and endometrial cancer risk, outside of the context of an inherited predisposition to disease. In the second part of this study, a cohort of 191 women with endometrial cancer and 291 healthy control women were genotyped for polymorphisms in genes involved in hormone biosynthesis, hormone receptors, estrogen metabolism, DNA repair and cell cycle control. The results revealed that variations in estrogen receptor alpha (ESR1) and beta (ESR2), and the androgen receptor (AR), were associated with an increase and decrease in endometrial cancer risk, respectively. Additionally, polymorphisms in CYP1A1, CYP1B1, GSTM1 and GSTP1 were related to a decrease in endometrial cancer risk. A trend was observed for the cyclin D1 870 G>A polymorphism and an increase in endometrial cancer risk, however, this result did not reach significance. Taken together, these results revealed that perturbations in the hormone receptors and estrogen metabolism genes, may aid in the identification of women at high risk of developing endometrial cancer. Interestingly, stratification of the women with endometrial cancer revealed that combinations of polymorphisms in TP53 and MDM2 were associated with higher grades of cancer. This finding may possibly have significant implications as women with reduced apoptotic ability, due to combinations of polymorphisms in these genes, have an increased risk of presenting with higher grades of endometrial cancer, that are associated with lower survival rates. In summary, the results of this thesis showed that variation in the estrogen and androgen receptors, and estrogen metabolism genes, may alter the risk of developing endometrial cancer. Moreover, polymorphisms in the cell cycle control genes, TP53 and MDM2, appear to be associated with higher grades of endometrial cancer. This study of polymorphisms may help explain genetic differences in individual susceptibility to endometrial cancer and are markers of risk that aid in the development of effective and personalised strategies to prevent disease development. This study has improved the understanding of genetic variation associated with endometrial cancer risk. It has the potential to enhance our ability to treat women with endometrial cancer through improved identification and treatment strategies, by virtue of the genetic variation identified, that appears to predispose to disease.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Sveriges lantbruksuniv., 2007. / Härtill 5 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Sveriges lantbruksuniversitet, 2006. / Härtill 4 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Sveriges lantbruksuniversitet, 2007. / Härtill 4 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Sveriges lantbruksuniversitet,2008. / Härtill 4 uppsatser.

Centaurea macroptilon group includes taxa Centaurea macroptilon, Centaurea oxylepis, Centaurea indurata and hybrids. In this master thesis we compared morphological and genetic variation among taxa of this group. Based on the results of morphometric and molecular analyzes we re-considered current taxonomic concept of studied species and suggested changes.

Submitted by CELSO MACHADO null (celso.machado@cesp.com.br) on 2016-04-12T16:24:11Z No. of bitstreams: 1 Macaúba - Celso dissertação Biblioteca .docx: 12180698 bytes, checksum: 0b51e871edef061aec85296cd07c23db (MD5) / Rejected by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: A versão final da dissertação/tese deve ser submetida no formato PDF (Portable Document Format). O arquivo PDF não deve estar protegido e a dissertação/tese deve estar em um único arquivo, inclusive os apêndices e anexos, se houver. Por favor, corrija o formato do arquivo e realize uma nova submissão. Agradecemos a compreensão. on 2016-04-13T17:13:45Z (GMT) / Submitted by CELSO MACHADO null (celso.machado@cesp.com.br) on 2016-04-13T19:02:08Z No. of bitstreams: 1 Macaúba - Celso dissertação Biblioteca .pdf: 4529090 bytes, checksum: 9a9d3777ab31e5e958b9e11c9799001f (MD5) / Rejected by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: No campo “Versão a ser disponibilizada online imediatamente” foi informado que seria disponibilizado o texto parcial porém no campo “Data para a disponibilização do texto completo” foi informado que o prazo para disponibilização de texto completo não se aplica por se tratar de texto completo a ser disponibilizado imediatamente. Caso opte pela disponibilização do texto completo selecione no campo “Versão a ser disponibilizada online imediatamente” a opção “Texto completo”. Caso queira disponibilizar imediatamente apenas o texto parcial indique no campo “data para disponibilização do texto completo” o tempo em que apenas a versão parcial estará disponível. Esta opção é utilizada caso você tenha planos de publicar seu trabalho em periódicos científicos ou em formato de livro, por exemplo e fará com que apenas as páginas pré-textuais, introdução, considerações e referências sejam disponibilizadas. Por favor, corrija esta informação realizando uma nova submissão. on 2016-04-14T20:27:20Z (GMT) / Submitted by CELSO MACHADO null (celso.machado@cesp.com.br) on 2016-04-15T11:10:36Z No. of bitstreams: 1 Macaúba - Celso dissertação Biblioteca .pdf: 4529090 bytes, checksum: 9a9d3777ab31e5e958b9e11c9799001f (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-04-15T13:01:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 machado_cm_me_ilha.pdf: 4529090 bytes, checksum: 9a9d3777ab31e5e958b9e11c9799001f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-15T13:01:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 machado_cm_me_ilha.pdf: 4529090 bytes, checksum: 9a9d3777ab31e5e958b9e11c9799001f (MD5) Previous issue date: 2106-03-01 / Com o advento do PNPB (Programa Nacional de Produção de Biodiesel), novas alternativas de produção de biodiesel são de suma importância para a sustentabilidade do programa. A macaúba (Acrocomia aculeata) é uma palmeira nativa das florestas tropicais e uma das espécies mais difundidas pelo cerrado brasileiro e outros biomas que o circundam. Por muito tempo, o olhar sobre a palmeira macaúba foi tido como planta problemática e invasora, devido principalmente à presença dos espinhos pontiagudos e finos que provocam lesões. Esta planta despertou o interesse de vários setores, pelo seu alto potencial de produtividade, teor de óleo, rusticidade e a utilidade de seus vários produtos nos mais diversos setores industriais. O objetivo deste trabalho foi conhecer as características ecológicas, serviços ambientais, fenológicas, silviculturais, genéticas de uma população base de macaúba para formar uma coleção de trabalho, com alta produtividade de sementes e porcentagem de óleo. Para tanto, foi avaliada uma população de A. aculeata, localizada no antigo canteiro de obras da UHE. Eng. Sergio Motta em Rosana, no Estado de São Paulo, Brasil. Para obter estimativas de parâmetros genéticos que contribuam para seleção de genótipos superiores para a propagação e plantação em larga escala e definição de ideótipos genético-agronômicos de macaúba. Os resultados demonstram que a população de macaúba estudada tem uma ampla variabilidade genética, refletindo diretamente na produtividade de frutos, demonstrando também o potencial de utilização dos materiais existente em programas de melhoramento genético e conservação genética, além de ser uma espécie pioneira antrópica com importância na sucessão secundária com facilitadora e promotora de novos incrementos ecológicos. Essas informações são fundamentais, principalmente para uma espécie cujo trabalho de melhoramento estão apenas no começo. / With the advent of PNPB (National Program for Biodiesel Production), new biodiesel production alternatives are critical to the program's sustainability. The macaúba (Acrocomia aculeata) is a native palm of rainforests and one of the most widespread species by the Brazilian savanna and other biomes surrounding it. For a long time, look at the palm macaúba was seen as problematic and invasive plant, particularly due to the presence of sharp, thin spikes that cause injuries. This plant has sparked interest from various sectors, for its high yield potential, oil content, hardiness and usefulness of its various products in various industrial sectors. The objective of this study is to understand the ecological characteristics, phenological, forestry and select matrices of a macaúba base population to form a collection of work with high seed yield and oil percentage. To that end, it evaluated one population of A. aculeata, located in the former site of the hydroelectric works. Eng. Sergio Motta Rosana in the state of São Paulo, Brazil. For estimates of genetic parameters that contribute to select genotypes for propagation and planting on a large scale and definition of genetic agronomic ideotypes of macaúba. The results show that the population of macaúba studied has a wide genetic variability, reflecting directly on the fruit yield, also demonstrating the potential use of existing materials in breeding programs and genetic conservation, as well as being a pioneer anthropic kind of importance in secondary succession with a facilitator and promoter of new ecological increments This information is critical, especially for a species whose breeding work is just beginning.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4055.pdf: 2221514 bytes, checksum: 7deb1678d13ce68f90502cabfae9d5ca (MD5) Previous issue date: 2011-02-28 / Universidade Federal de Minas Gerais / Bees are obligatory floral visitors and are considered the main pollinators of angiosperms. The increasing interest in the services of bees has led to efforts to develop management strategies for conservation purposes. The sustainable use of pollinators requires knowledge on the regional diversity of floral visitors obtained from the identification of the agents responsible for the effective pollination of crops. Furthermore, understanding the reproductive biology and population structure of these species as well as the factors that enable the colonization of certain areas by a species of bee are necessary requirements to designing management and conservation strategies. To test the hypothesis that a certain area may be colonized by a small number of maternal lineages of female founders of a species of stingless bee, samples from 73 nests of Partamona helleri (Hymenoptera: Apidae: Meliponini) located on the Brazilian campuses of the Universidade Federal de São Carlos (UFSCar, n = 34), Universidade de São Paulo in São Paulo (USP-SP, n = 14) and Universidade de São Paulo in Ribeirão Preto (USP-RP, n = 25) were analyzed for two mitochondrial genes cytochrome b (cyt b) and cytochrome oxidase I (COI) in order to determine the number of different haplotypes. A fragment of the cytochrome b (485 bp) and cytochrome oxidase (611 bp) genes was sequenced for all nests sampled. The analysis of nucleotide sequences identified only one cyt b haplotype in samples from UFSCar and a second haplotype, distinct from the former by a base substitution, in samples from USP-SP, while samples from USP-RP exhibited three distinct haplotypes, one of which was shared by the samples from UFSCar. Among the nucleotide substitutions, some resulted in amino acid changes in the product of the cyt b gene. A similar result was observed with the COI gene. Fst values estimated for the mitochondrial DNA from the cyt b and COI genes were 31.8% and 36.1%, respectively. The estimated rate of nucleotide substitution for cyt b was higher than that found for COI. Thus, the former gene was found to be less conserved than the latter in stingless bees. The larger number of haplotypes observed in the samples from USP-RP may be due to the introduction of colonies from other regions of the country. To determine the occurrence of population structure for nuclear genes, the samples were also examined for several microsatellite loci. Among the 18 heterologous microsatellites loci tested, only four Mbi215, Mbi278, Mbi232 and Mbi254 exhibited genetic variation. The prospection of species-specific microsatellite loci for Partamona helleri using the enrichment method for the construction of DNA libraries allowed characterizing seven new loci. Samples from 73 nests (two workers per colony) were analyzed for eleven microsatellite loci. The populations exhibited significant differentiation (Fst = 0.129, P = 0.000). Fst values estimated for mitochondrial genes and nuclear genes (microsatellites) were compared to establish whether there is evidence for differential male and female dispersal ability in this species. No evidence was found of sex-asymmetrical dispersal (colonizing females are colonizers; males are dispersers). Analysis of phenotypic segregation in the progenies of several nests revealed the occurrence of monandry in the species studied and, consequently, a simple sociogenetic structure monogyny/monandry. The presence of 'foreign' workers was rarely observed in the nests analyzed. / As abelhas, por serem visitantes florais obrigatórios, são consideradas os principais agentes polinizadores das angiospermas. O crescente interesse pelos serviços das abelhas tem gerado esforços para o desenvolvimento de estratégias de manejo para fins conservacionistas. A utilização sustentável dos polinizadores requer o conhecimento da diversidade regional dos visitantes florais obtido mediante a identificação dos agentes efetivos responsáveis pela polinização das culturas. Além disso, conhecer a biologia reprodutiva e a estrutura populacional dessas espécies, bem como elucidar quais os fatores que tornam possível a colonização de certa área por uma espécie de abelha, são requisitos necessários para o delineamento de estratégias de manejo e conservação. Visando verificar a hipótese de que certa área pode ser colonizada por um número reduzido de linhagens maternas das fêmeas fundadoras de uma espécie de abelha sem ferrão , amostras de 73 ninhos de Partamona helleri (Hymenoptera: Apidae: Meliponini) localizados nos Campi da Universidade Federal de São Carlos (UFSCar, n = 34), da Universidade de São Paulo em São Paulo (USP-SP, n = 14) e da Universidade de São Paulo em Ribeirão Preto (USP-RP, n = 25) foram analisadas para dois genes mitocondriais, citocromo B (cyt b) e citocromo oxidase I (COI), com o fim de determinar o número de diferentes haplótipos. Um fragmento dos genes citocromo b e citocromo oxidase I, de 485 pb e 611 pb, respectivamente, foram seqüenciados para todos os ninhos amostrados. A análise das seqüências nucleotídicas permitiu identificar somente um haplótipo de cyt b para as amostras da UFSCar e um haplótipo, distinto do anterior por uma substituição de base, privativo das colônias do Campus da USP-SP; ao contrário, as amostras da USP-RP apresentaram três haplótipos distintos, um dos quais compartilhado com as amostras da UFSCar. Dentre as substituições nucleotídicas identificadas, algumas resultaram em alterações de aminoácidos no produto do gene cyt b. Resultado similar foi observado para o gene COI. Os valores do Fst estimado para o DNA mitocondrial a partir dos genes cyt b e COI foram iguais a 31,8% e 36,1%, respectivamente. A taxa de substituição nucleotídica estimada foi maior para cyt b em comparação com COI; dessa forma, o primeiro gene parece ser menos conservado em relação ao outro nas abelhas sem ferrão. O maior número de haplótipos observados na USP-RP pode ser resultante da introdução no local de colônias trazidas de outras regiões do país. A fim de verificar a ocorrência de estruturação populacional para genes nucleares, estas amostras foram igualmente analisadas para vários locos microssatélites. Dentre 18 microssatélites heterólogos testados, somente quatro - Mbi215, Mbi278, Mbi232 e Mbi254 - apresentaram variação genética. A prospecção de locos microssatélites específicos para Partamona helleri, utilizando o método do enriquecimento para a construção de bibliotecas de DNA, permitiu caracterizar sete locos espécie-específicos. Amostras dos 73 ninhos (duas operárias por colônia) foram analisadas para estes onze locos microssatélites. As populações apresentaram significativa diferenciação interpopulacional (Fst = 0,129; P = 0,000). Os valores do Fst estimados para genes mitocondriais e para genes nucleares (microssatélites) foram comparados para estabelecer se há evidências de dispersão diferencial de machos e fêmeas na espécie. Não foram detectadas evidências de dispersão sexo-assimétrica (fêmeas colonizadoras, marchos dispersores). Análises da segregação fenotípica nas progênies de vários ninhos revelaram a ocorrência de monandria na espécie estudada e, portanto, uma estrutura sociogenética simples - monoginia/monandria. A presença de operárias estranhas aos ninhos analisados foi raramente observada.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3396.pdf: 1502102 bytes, checksum: fd6d26f7010be2711e731c2e16e98353 (MD5) Previous issue date: 2010-11-26 / Financiadora de Estudos e Projetos / The São Francisco river comprises one of the largest and most important river basins of Brazil and one of its main characteristics is the variety of fish species. The genus Salminus (Characiformes: Characidae) constitutes a group of migratory fish with great economic importance in fishing and gastronomy. Within this genus, Salminus hilarii (tabarana), due to its high degree of selectivity for the environment and to occupy the top of the food chain, of great importance to the ecosystem and a good indicator of environmental impacts. Many studies on conservation and population genetics have been conducted using molecular markers such as microsatellites, which can provide data on the genetic processes that are acting in a given population. These markers have relatively conserved flanking sequences, which allows the use of primers that were originally designed for other phylogenetically related species. In this study, nine polymorphic microsatellite loci isolated from Salminus franciscanus were used to assess the genetic variation of S. hilarii collected in three localities in the upper São Francisco river basin, aiming to evaluate the level of genetic variation and identify evidence of population structure, providing support for conservation of this group of fish and contributing effectively to maintain the biodiversity of this ecosystem. The cross amplification results were efficient and were able to identify a relatively high level of genetic variation. Moreover, it was possible to observe the absence of genetic structure between populations, suggesting the occurrence of gene flow between them enough to maintenance of the genetic homogeneity of this populations. These results are important tools, since they can provide information for understanding the behavior and biology of these fish to fisheries management and conservation programs. / O Rio São Francisco compõe uma das maiores e mais importantes bacias hidrográficas do território brasileiro e uma de suas principais características é a variedade da ictiofauna. O gênero Salminus (Characiformes: Characidae), constitui um grupo de peixes migradores com grande importância econômica, na pesca esportiva e na gastronomia. Dentro desse gênero, destaca-se Salminus hilarii (tabarana), devido ao seu alto grau de seletividade pelo ambiente e por ocupar o topo da cadeia alimentar. Isso confere à espécie uma grande importância para o ecossistema e a coloca na posição de uma boa indicadora de impactos ambientais. Muitos estudos sobre genética da conservação e de populações têm sido realizados utilizando marcadores moleculares, tais como os microssatélites, capazes de fornecer dados sobre os processos genéticos que estão atuando em uma determinada população. Esses marcadores possuem sequências flanqueadoras relativamente conservadas, o que permite a utilização de primers que foram desenhados originalmente para outra espécie em espécies filogeneticamente próximas. Assim, utilizando nove locos polimórficos de microssatélites isolados de Salminus franciscanus, o objetivo do presente estudo foi analisar a variação genética de S. hilarii coletados em três localidades na bacia do alto São Francisco e identificar evidências de estruturação populacional, produzindo conhecimentos genéticos aos estudos de conservação deste grupo de peixes e contribuindo de maneira efetiva para a manutenção da biodiversidade desse ecossistema. Os resultados obtidos evidenciaram que a amplificação heteróloga foi eficiente e permitiu identificar uma variação genética relativamente alta na espécie em estudo. Além disso, foi possível observar a ausência de estrutura genética entre as populações, indicando a ocorrência de fluxo gênico entre as populações suficiente para manter a homogeneidade genética entre elas. Esses resultados constituem ferramentas importantes, uma vez que contribuem para o entendimento do comportamento e biologia desses peixes, e para programas de manejo de pesca e conservação da tabarana.

Orientador: Odair Aparecido Fernandes / Coorientador: Adriana Coletto Morales Corrêa e Castro / Banca: Arlindo Leal Boiça Júnior / Banca: Sônia Marli Zingaretti / Banca: Jackson Antônio Marcondes de Souza / Banca: Fábio Santos do Nascimento / Resumo: O parasitoide larval Cotesia flavipes (Cameron) (Hymenoptera: Braconidae) é um importante agente de controle biológico da broca-do-colmo, Diatraea saccharalis (Fabricius) (Lepidoptera: Crambidae), na cultura da cana-de-açúcar. Este parasitoide é criado em biofábricas para liberação no campo; porém indicadores de parasitismo e capacidade de vôo sugerem que este parasitoide não está apresentando os mesmos níveis de controle que foram observados logo após a sua introdução. Insetos criados em laboratórios ou de campo são introduzidos na criação, porém sem estudos básicos ou critério. Insetos de oito biofabricas de 6 estados brasileiros (São Paulo, Minas Gerais, Paraná, Goiás, Maranhão e Alagoas) foram caracterizados e comparados com a utilização de microssatélites. Análise de quatro loci utilizando pelo menos 22 fêmeas de cada localidade foi realizada. A tíbia posterior direita de cada fêmea utilizada na extração de DNA também foi medida. Os resultados mostraram que o tamanho da tíbia dos insetos do Paraná foi significativamente maior do que o das demais regiões e, dessa forma, dando indicação de mais vigorosos. Com a análise molecular verificou-se que os quatro loci foram polimórficos. As frequências alélicas de três loci estavam de acordo com o Equilíbrio de Hardy-Weinberg para todas as populações de todas as regiões. Foi observada a presença de cinco alelos exclusivos em apenas dois loci. Os maiores valores de Ho e He foram encontrados para os indivíduos da biofábrica no estad... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: O parasitoide larval Cotesia flavipes (Cameron) (Hymenoptera: Braconidae) é um importante agente de controle biológico da broca-do-colmo, Diatraea saccharalis (Fabricius) (Lepidoptera: Crambidae), na cultura da cana-de-açúcar. Este parasitoide é criado em biofábricas para liberação no campo; porém indicadores de parasitismo e capacidade de vôo sugerem que este parasitoide não está apresentando os mesmos níveis de controle que foram observados logo após a sua introdução. Insetos criados em laboratórios ou de campo são introduzidos na criação, porém sem estudos básicos ou critério. Insetos de oito biofabricas de 6 estados brasileiros (São Paulo, Minas Gerais, Paraná, Goiás, Maranhão e Alagoas) foram caracterizados e comparados com a utilização de microssatélites. Análise de quatro loci utilizando pelo menos 22 fêmeas de cada localidade foi realizada. A tíbia posterior direita de cada fêmea utilizada na extração de DNA também foi medida. Os resultados mostraram que o tamanho da tíbia dos insetos do Paraná foi significativamente maior do que o das demais regiões e, dessa forma, dando indicação de mais vigorosos. Com a análise molecular verificou-se que os quatro loci foram polimórficos. As frequências alélicas de três loci estavam de acordo com o Equilíbrio de Hardy-Weinberg para todas as populações de todas as regiões. Foi observada a presença de cinco alelos exclusivos em apenas dois loci. Os maiores valores de Ho e He foram encontrados para os indivíduos da biofábrica no estad... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor