No presente modelo em NetLogo, implementou-se um código onde patches genotipicamente homogêneos, reproduzem-se no mapa composto de 64 x 64 células. Buscam parceiros entre si, seguindo algumas orientações. O par reprodutivo deve estar dentro de uma determinada distância genética (G) e espacial (S). Estes parâmetros definem qual a máxima divergência genotípica permitida para a reprodução (G) e qual a distância espacial máxima entre dois possíveis parceiros reprodutivos (S). Além destes, o sliderM determina a probabilidade de ocorrer mutação nos genótipos resultantes das reproduções e A a amplitude, i.e., a quantidade de mudança sofrida pelo genótipo do agente. A princípio, geneticamente homogêneos, todos os indivíduos podem potencialmente formar pares. Contudo, com ocorrência de trocas genéticas e mutações, na formação da prole, aumenta-se a diversidade genética e há isolamento reprodutivo entre indivíduos. Obteu-se especiação dos agentes, ocorrência de corredor de fluxo gênico e mapa robusto de combinação de parâmetros. / In the present model in NetLogo, we implemented a code where genotypically homogeneous patches, reproduce in a map consisting of 64 x 64 cells. Seek partners among themselves by following some guidelines. The breeding pair must be within a certain genetic (G) and spatial (S) distance. These parameters define the maximum genotypic divergence which allowed for reproduction (G) and that maximum spatial distance between two potential reproductive partners (S). In addition, the slider M determines the probability of mutation in resulting genotypes and A the amplitude, i.e., the amount of change experienced by the genotype of the agent. Primarily, genetically homogeneous, all individuals can potentially form pairs. However, with the occurrence of genetic changes and mutations in the offspring formation, the genetic diversity increases and there is reproductive isolation between individuals. There were agents speciation, occurrence of genic flow pathway and robust map of matching parameters.

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:18:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FernandoASA_TESE.pdf: 1416076 bytes, checksum: b1c98d86beac7a63692f0bd1fd27af60 (MD5) Previous issue date: 2010-04-29 / The Brazilian melon agribusiness is in expansion, reaching almost 500 thousand tons per year and making melon the main domestic fruit in both exported volume and value, with this activity being concentrated in the Brazilian Semiarid region. However, Brazil ranks only twelfth among the producing countries in area planted and production and the twentieth-third in productivity, demonstrating that there is still much to do on melon breeding and genetic resources of this crop. Thus, the objectives of this work were to estimate the genetic diversity of melon accessions collected from the traditional agricultural areas of the Brazilian Northeastern region by using descriptors for the fruit and microsatellite markers, and to study the nature of genotype vs. environment interaction and to estimate genetic parameters and gains by selection of melon families, in the Jaguaribe/Assú irrigation projects (Ceará and Rio Grande do Norte States, Brazil). The study of genetic diversity showed great variability among accessions, within and among the botanical groups, enabling advances in genetic improvement of fruit quality traits. Cluster analysis by fruit descriptors formed eight groups, without taxonomic criteria. The characters fruit longitudinal diameter, number of fruits per plant, cavity thickness and total soluble solids were descriptors that contributed most to the dissimilarity of the genotypes. The SSR markers amplified 41 alleles with average of 2.41 alleles and three genotypes per locus. A phylogenetic molecular analysis separated the accessions into 13 groups, also without taxonomic coherence in groups formed. The degree of association between genetic distance morpho-agronomic and molecular matrices was null. Then, there was no significant association between the descriptors and SSR markers, which was predictable due the number of distinct groups, the quantitative nature of the descriptors and the distribution of SSR markers in the genome. In the study of genotype vs. environment interaction, there was heterogeneity among the families for all traits. Heritability estimates in the combined analysis were consistently lower than those estimated for each environment. The simple part of G vs. E interaction was always above 99%, except for pulp firmness, with a predominance of the large complex part between the pairs of environments A1 and A3 and A2 and A3. The direct gains by selection were higher than the indirect gains for all traits in all environments evaluated. Gains were closer to the direct genetic gains when the selection was based on the average of the three environments. Estimates of genetic parameters associated with the simple nature of the family vs. environment interaction allowed genetic progress by simple breeding methods. As the genotype-environment interaction overestimates the coefficient of genetic variation and genetic variance among families in an environment, genotype assessments in more than one location are necessary since that selection is made considering the average of the families on the environments. Therefore, the potential of genetic improvement was demonstrated for the germplasm used in the study of genetic diversity as well as for the germplasm evaluated in the analysis of genotype-environment interaction. / O agronegócio do melão brasileiro tem se expandido bastante, alcançando quase 500 mil toneladas de frutos por ano e tornando o melão a principal fruta nacional, tanto em volume de exportação quanto em valor exportado, estando esta atividade concentrada no semiárido brasileiro. Contudo, o Brasil é apenas o décimo segundo país em produção e área plantada e vigésimo terceiro em produtividade, evidenciando que ainda existe muito por ser feito em termos do melhoramento e recursos genéticos desta cultura. Assim sendo, os objetivos deste trabalho foram estimar a divergência genética de acessos de meloeiro coletados em propriedades de agricultura tradicional do Nordeste brasileiro, tanto por descritores do fruto quanto por marcadores microssatélites e estudar a natureza da interação genótipo x ambiente (G x A) bem como estimar parâmetros genéticos e ganhos por seleção de famílias de melão, no polo Jaguaribe-CE/Assu-RN. O estudo de divergência genética mostrou grande variabilidade entre os acessos, entre e dentro dos grupos botânicos, possibilitando avanços no melhoramento genético dos caracteres de qualidade dos frutos. A análise de agrupamento por descritores do fruto formou oito grupos, sem critérios taxonômicos. Os caracteres diâmetro lateral, número de frutos por planta, espessura da cavidade e sólidos solúveis foram os descritores que mais contribuíram para a dissimilaridade dos genótipos. Os marcadores SSR amplificaram 41 alelos com média de 2,41 alelos e três genótipos por loco. A análise filogenética molecular separou os acessos em 13 grupos, também sem coerência taxonômica nos grupos formados. O grau de associação entre as matrizes de distâncias genéticas morfoagronômica e molecular foi nulo, não havendo associação entre os descritores e os marcadores SSR, o que era previsível devido ao número distinto de grupos, a natureza quantitativa dos descritores e a forma de distribuição dos marcadores SSR no genoma. No estudo de interação genótipo x ambiente, houve heterogeneidade entre as famílias para todas as características avaliadas. As herdabilidades estimadas nas análises conjuntas foram sempre inferiores àquelas estimadas em cada ambiente. A parte simples da interação G x A foi sempre superior a 99%, exceto para firmeza da polpa, com amplo predomínio da parte complexa entre pares de ambientes A1 e A3 e A2 e A3. Os ganhos diretos com seleção foram maiores do que os ganhos indiretos para todas as características, em todos os ambientes avaliados. Os ganhos foram mais próximos dos ganhos genéticos diretos quando se praticou a seleção pela média dos três ambientes. As estimativas de parâmetros genéticos associadas à natureza simples da interação família x ambiente permitem progresso genético por meio de métodos de melhoramento menos sofisticados. Como a interação genótipo x ambiente superestima o coeficiente de variação genético e a variância genética entre famílias em um ambiente, são necessárias avaliações dos genótipos em mais de um local, desde que a seleção seja praticada considerando a média das famílias nos ambientes. Portanto, ficou comprovado o potencial de melhoramento genético tanto no germoplasma utilizado no estudo de divergência genética quanto do germoplasma avaliado nas análises da interação genótipo x ambiente.

Three experiments were conducted in the agricultural year of 2007 in the municipalities of Arapiraca, Rio Largo and Viçosa with the purpose of determining the genetic divergence and evaluate six populations of maize from the bank of germplasm of the CECA - UFAL. The experimental design was blocks at random, with seven treatments and four repetitions. Were evaluated on the plant height, height of insertion of ear, relationship AE/AP, diameter of the stem, number of leaves, mass of 100 grains and grain yield, individually, for each site, together with data obtained in the three locations studied, the average faced by Tukey test (P <0.05). The average productivity of grains ranged from 2,885 kg ha-1 to 3,461 kg ha-1, people in St. Louis and Viçosense respectively, with overall average of 3206.54 kg ha-1, although not statistically differ. There was the formation of two different groups, which concluded that it is a small genetic difference between populations. There was the formation of only two groups, one consisting of six people and another by the variety Asa Branca (5033). The people Viçosense and Rio Largo were genetically closer (1.7054), while the longest distance has been detected among the population Alagoano and witness Asa Branca (67.27057). / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / Três experimentos foram conduzidos no ano agrícola de 2007 nos municípios de Arapiraca, Rio Largo e Viçosa com o objetivo de determinar a divergência genética e avaliar seis populações de milho provenientes do banco de germoplasma do CECA - UFAL. O delineamento experimental foi de blocos ao acaso, com sete tratamentos e quatro repetições. Avaliaram-se a altura de planta, altura de inserção de espiga, relação AE/AP, diâmetro do colmo, número de folhas, massa de 100 grãos e produtividade de grãos, individualmente, para cada local, e conjuntamente com os dados obtidos nos três locais estudados, sendo as médias confrontadas pelo teste Tukey (P<0,05). A produtividade média de grãos variou de 2.885 kg ha-1 a 3.461 kg ha-1, nas populações São Luís e Viçosense, respectivamente, com média geral de 3206,54 kg ha-1, apesar de não diferirem estatisticamente. Houve a formação de dois grupos divergentes, onde, concluiu-se que é pequena a divergência genética entre as populações. Houve a formação de apenas dois grupos, um constituído pelas seis populações e outro pela variedade Asa Branca (5033). As populações Rio Largo e Viçosense foram as mais próximas geneticamente (1,7054), enquanto que a maior distância detectada se deu entre a população Alagoano e a testemunha Asa Branca (67,27057).

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No. of bitstreams: 2 Dissertação_Mauricio_Ferrari.pdf: 1308879 bytes, checksum: 47b7ba5b511198a17226bd8456ede375 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-02-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / No melhoramento genético de milho, a seleção precoce de progênies é uma etapa minuciosa e demanda critérios rigorosos do melhorista. Neste sentido, a utilização de técnicas biométricas auxilia na avaliação das constituições genéticas. Dessa forma, o objetivo deste trabalho é estimar e identificar associações fenotípicas, genéticas e de ambiente em progênies S1, assim como estimar a herdabilidade e quantificar a variância genética por meio de análises multivariadas em progênies S1 provenientes de populações crioulas de milho cultivadas na região Sul do Rio Grande do Sul. O experimento foi conduzido na área experimental do Centro de Genômica e Fitomelhoramento, da Universidade Federal de Pelotas, localizada no Centro Agropecuário da Palma, no munícipio de Capão do Leão – RS, sob as coordenadas geográficas: latitude 31°45’ S, longitude 52°29’ O, com altitude média de 13 metros. O delineamento experimental utilizado foi de blocos aumentados, com dez grupos de progênies S1, e duas testemunhas comerciais, os híbridos simples Pioneer 30F53 e Agroeste 1590, alocados em quatro repetições. As progênies S1 foram obtidas após a autofecundação de plantas aleatórias nas populações crioulas de milho. Sendo estas: Amarelão, Argentino Branco, Argentino Amarelo, Branco Roxo Índio, Branco Oito Carreiras, Caiano Rajado, Cateto Branco, Criolão e Dente de Ouro, e da variedade de polinização aberta (VPA) BRS Planalto. Em cada progênie S1 foram avaliadas 40 plantas. Os caracteres avaliados foram: Altura de Inserção da espiga (AE): Altura de Planta (AP); Diâmetro do colmo (DC): Comprimento da haste principal do pendão (CHP): Número de ramificações primárias do pendão (NRP): Número de dias para o florescimento (NDF): Comprimento da espiga (CE): Diâmetro da Espiga (DE): Massa da espiga (ME): Profundidade dos grãos (PFG). Realizou-se a análise de correlação fenotípica, genotípica e de ambiente, de parâmetros genéticos e distância genética. O comprimento da espiga possui correlação fenotípica e genética forte e positiva com a massa da espiga, e pode ser utilizado para seleção indireta de progênies S1 com maior massa de espiga, independentemente da origem de formação das progênies. Para as demais associações, as progênies S1 apresentam correlações genéticas e fenotípicas específicas tanto em sentido como em magnitude, dificultando a definição de estratégias abrangentes de seleção indireta baseada na correlação entre caracteres. As progênies S1 Caiano Rajado, Criolão, Branco Roxo Índio, BRS Planalto, Dente de Ouro, Amarelão e Branco Oito Carreiras possuem padrões de herdabilidade semelhantes para os caracteres estudados. Os caracteres profundidade de grão e altura de inserção da espiga expressam as maiores estimativas de herdabilidade no sentido amplo. As progênies S1 provenientes de populações crioulas de milho apresentam variabilidade genética para os caracteres de importância agronômicos estudados. / In maize genetic breeding, early progeny selection is a meticulous step, and it demands rigorous criteria from the breeder. In this sense, the use of biometric techniques assists on evaluating genetic constitutions. Therefore, the aim of this work is to estimate and identify phenotypic, genetic and environmental associations in S1 progenies, as well as to estimate heritability and to quantify the genetic variance through multivariate analyzes of S1 progenies from landrace maize populations grown in southern Rio Grande do Sul. The experiment was conducted at the experimental area of the Center of Genomics and plant breeding of the Federal University of Pelotas, located in the Palma Agricultural Center, city of Capão do Leão-RS, with geographic coordinates: 31°45’ S latitude, 52°29’ O longitude, and average altitude of 13 meters. The experimental design used was augmented blocks with ten S1 progeny groups and two commercial controls, the single cross hybrids Pioneer 30F53 and Agroeste 1590, allocated in four repetitions. The S1 progenies were obtained after self-fertilization of random plants in the landrace maize populations. Being these: Amarelão, Argentino Branco, Argentino Amarelo, Branco Roxo Índio, Branco Oito Carreiras, Caiano Rajado, Cateto Branco, Criolão and Dente de Ouro, and the open pollinated variety (OPV) BRS Planalto. 40 plants were evaluated in each S1 progeny. The evaluated characters were: Spike Insertion Height (SH); Plant Height (PH); Stem Diameter (SD), Main Tassel Stem Length (TSL); Number of Primary Ramifications of the Tassel (NPR); Number of Days for Flowering (NDF); Spike Length (SL); Spike Diameter (SD); Spike Mass (SM); Grains Depth (GD). The analysis of phenotypic, genotypic and environmental correlation of genetic parameters and genetic distance was performed. Spike length presented a strong and positive genetic and phenotypic correlation with spike mass, and may be used for indirect selection of greater spike mass S1 progenies, regardless the progeny origin. For the other associations, S1 progenies present specific genetic and phenotypic correlations in both sense and magnitude, making it difficult to define indirect selection strategies based on correlation between characters. The S1 progenies Caiano Rajado, Criolão, Branco Roxo Índio, BRS Planalto, Dente de Ouro, Amarelão and Branco Oito Carreiras present similar heritability patterns for the characters in study. The characters grain depth and spike insertion height express the largest estimates of heritability in the broad sense. The S1 progenies from landrace maize populations present genetic variability for the agronomic traits studied.

According to the "faster-X effect", X-linked genes and Z-linked genes evolve more quickly than autosomal genes. This theory is one of the currently intensively studied topics in evolutionary research. However, performing high quality tests is difficult because the results are influenced by several factors - the effective size of the population of the gonosome, sexual selection, the dependency of mutation rate and selection on sex, and the mechanism of dosage compensation. Conservation of genes and possible differences between rates of evolution of autosomes also play a role and not all studies take this fact into account. This study shows some of the difficulties of paired comparisons of dN/dS ratios traditionally used to test faster-X or faster-Z effects and introduces the basis of a new method of comparison of the rate of evolution (CREC) based on relative genetic distances between three species. The CREC method reduces the influence of conservation of genes on results and is more applicable for testing faster-X or faster Z effects in such species where two species without homologic gonosomes can be found for comparison. In means of the development of this method, the faster-Z effect was tested on a dataset of 9 autosomal and 13 Z-linked genes in the six-striped long-tailed lizard (Takydromus...

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