O uso de perfis de aço formados a frio tem como objetivo a obtenção de estruturas leves. O emprego de chapas de pequena espessura na fabricação desses perfis implica facilidade de obtenção de seções de diferentes geometrias, encorajando a otimização. Porém, isso resulta, muitas vezes, numa grande esbeltez dos elementos que compõem a seção, o que os torna suscetíveis ao fenômeno da flambagem local quando submetidos a esforços de compressão. No contexto dos perfis de aço formados a frio, esse trabalho tem como objetivo a avaliação do comportamento estrutural de telhas de aço formadas a frio de perfil trapezoidal, analisando-se vários aspectos, entre eles métodos de determinação de carga crítica de flambagem elástica e de carga de colapso, influência das condições de contorno na performance estrutural e a otimização da forma da seção transversal. A carga crítica e a carga de colapso de telhas trapezoidais de perfil comercial, com diferentes condições de vinculação das bordas longitudinais, foram obtidas experimentalmente e comparadas com resultados teóricos. Para a determinação da carga crítica teórica, foram utilizados modelos de elementos finitos e de faixas finitas e, para a obtenção da carga de colapso teórica, foram empregados o Método da Resistência Direta e o procedimento da Norma Brasileira NBR 14762:2001. A otimização de forma da seção transversal das telhas foi realizada utilizando-se Algoritmos Genéticos. Foram propostas diferentes funções objetivo, relacionadas com a minimização da flecha no meio do vão, a maximização da carga crítica de flambagem elástica e a maximização da área de cobertura. Em relação a todos os aspectos citados, os resultados obtidos pelos diversos métodos de análise foram discutidos, com as limitações de cada um devidamente destacadas. As principais conclusões tiradas ao longo desse estudo estão apresentadas no final do trabalho. / The cold-formed steel members application aims at the obtaining of light gauge structures. The use of thin sheets in these members fabrication implies the facility of obtaining different cross sections, encouraging the optimization. However, several times, it results in slender section elements. These elements, when submitted to compressive stresses, have a high tendency to undergo the local buckling phenomenon. The main aim of this work is to research the structural behavior of cold-formed trapezoidal steel roofing sheets, investigating different aspects: critical elastic buckling load and collapse load evaluation methods, boundary conditions influence on the structural performance and cross section optimization. The critical buckling load and the collapse load of trapezoidal sheets with a commercialshaped cross section, with different boundary conditions of the longitudinal edges, were experimentally determined and compared with theoretical results. In order to evaluate the theoretical critical buckling load, finite element and finite strip models were used. For the collapse load determination, the Direct Strength Method and the design specification from the Brazilian Code NBR 14762:2001 were employed. The cross section optimization of the trapezoidal sheets was carried out using Genetic Algorithms. Different fitness functions were proposed, being related to the midspan deflection minimization, the critical elastic buckling load maximization and the covering area maximization. Considering all the mentioned points, the results obtained by the different analysis methods were discussed, and the limitations of each one were appropriately highlighted. The main conclusions obtained along this study are presented at the end of the work.

A utilização de perfis de aço formados a frio tem grande aplicação na atualidade, ora sendo empregados na construção civil convencional (prédios residenciais e industriais) ora em estruturas mecânicas, tais como estruturas de veículos (caminhões, ônibus, vagões, etc.). As atuais exigências econômicas fazem com que estes perfis tenham, cada vez mais, alto desempenho estrutural. Neste sentido propõe-se, na presente tese, explorar as possibilidades de otimização paramétrica da seção transversal de perfis U com e sem enrijecedores de borda formados a frio quando submetidos à compressão. As ferramentas utilizadas para cumprir tal objetivo são o Método das Faixas Finitas Restringidas (MFFr) para análise da estabilidade elástica e o Método da Resistência Direta (MRD) para determinação da resistência do perfil como uma alternativa ao Método das Larguras Efetivas. O MFFr é aqui utilizado por ser capaz de realizar a decomposição e a identificação modal. Incorpora-se a esta forma de análise uma metodologia de otimização baseada em algoritmos genéticos que se fundamenta no processo de seleção natural proposto por Charles Darwin. Exemplos considerando esta forma de trabalho mostram os ganhos que poderiam ser obtidos. Para verificar os resultados obtidos na otimização, um modelo em elementos finitos considerando a não-linearidade física e geométrica foi utilizado, o qual foi calibrado com resultados experimentais encontrados na literatura. Conclusões sobre a potencialidade da metodologia utilizada são finalmente apresentadas. / The use of cold-formed steel members has great application at the present time, such as in standard civil buildings (residential and industrial buildings) and in mechanical structures (structures of vehicles as trucks, bus, wagons, etc.). A high structural performance for profiles is a required economic demand in present days. In this sense, the present theory intends to explore the possibilities of parametric optimization of cold-formed steel channel and lipped channel members when submitted to compression. The tools used to accomplish such objective are the method of the Constrained Finite Strip method (cFSM) for analysis of the elastic stability and the Direct Strenght Method (DSM) for determination of the resistance of the profile as an alternative to the Effective Width Method. The constrained finite strip method (cFSM) is used because it is capable to accomplish the modal decomposition and identification. An optimization methodology based in genetic algorithms that is based in the process of natural selection proposed by Charles Darwin is incorporated in this form of analysis. Examples considering this methodology show the improvement that could be obtained. To verify the results obtained in the optimization, a model in finite elements considering the non-linearities, material and geometric, was used, which was calibrated with experimental results found in the literature. Conclusions about the potentiality of the used methodology are finally presented.

A cada ano que passa cresce a preocupação quanto à segurança de passageiros em veículos, isso pode ser concluído analisando a crescente exigência através de normas que determinam a resistência estrutural mínima de veículos frente a diferentes carregamentos extremos. Por outro lado, um mercado automobilístico cada vez mais competitivo exige projetos mais leves, econômicos e baratos. A preocupação ambiental também está em evidência. Com essa diversidade de objetivos, muitas vezes contraditórios, que o engenheiro deve levar em consideração ao projetar um veículo, tornou-se árdua tarefa relacionar todos esses conceitos de maneira harmoniosa. Neste contexto, se apresenta nesse trabalho uma proposta de metodologia para a otimização estrutural, utilizando Algoritmo Genético, de um ônibus sob condições de tombamento. O modelo simplificado de elementos finitos do ônibus é construído com elementos de viga e, nos locais com grande deformação plástica localizada, são acrescentadas rótulas plásticas à estrutura. Para caracterizar as rótulas plásticas são utilizados métodos experimentais e numéricos. Desse modelo numérico do ônibus sob tombamento são extraídos parâmetros que compõe as diferentes funções objetivo propostas e, assim, diversos projetos otimizados são analisados, visando encontrar o melhor projeto para cada estudo realizado. Por fim, conclui-se que a metodologia de otimização proposta representa uma ferramenta muito útil e pode ser empregada durante o desenvolvimento de projetos, agilizando o processo e facilitando a tomada de decisões importantes. / The concern about vehicle passengers’ safety increases along the years, this can be concluded analyzing the constant evolution of requirements through standards, defining minimum structural rigidity of vehicles under different extreme loads. Otherwise, highly competitive automotive market demands lighter, economic and cheaper projects. The ambient concern is also in evidence. This diversity of objectives, many times contradictory, that an engineer must handle during a vehicle development, became an arduous task to relate all these concepts in a harmonious way. In this context, is presented in this paper a proposal of methodology for a structural optimization, applying Genetic Algorithm, of a bus rollover. The simplified finite elements model of the bus is constructed with beam elements and, in places with localized large plastic deformation, plastic hinges are added to the structure. Experimental and numerical methods are used to determine the plastic hinge properties. With this numerical model of the bus rollover, parameters are extracted to compose the different proposals of objective functions and, thus, diverse optimized projects are analyzed, aiming to find the optimum project for each study. Finally, is concluded that the optimization methodology proposal represents a useful tool and can be applied during projects’ development, shortening the process and helping on important decisions.

Submitted by Cleber Casali (clebercasali@ufv.br) on 2017-06-01T19:44:54Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 168895 bytes, checksum: 7efade196ad93aa8f018ae8b2395472a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-01T19:44:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 168895 bytes, checksum: 7efade196ad93aa8f018ae8b2395472a (MD5) Previous issue date: 2004-02-10 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O objetivo deste trabalho foi avaliar cinqüenta e sete acessos de tomateiro do Banco de Germoplasma de Hortaliças da Universidade federal de Viçosa e os cultivares ‘Moneymaker’ e ‘TOM-601’ e ‘Santa Clara’ quanto a resistência por antixenose a traça do tomateiro Tuta absoluta (Meyrick) (Lepidoptera:Gelechiidae) e identificar suas possíveis causas químicas. A primeira parte do experimento foi conduzida em casa de vegetação no período de abril a julho de 2003 na Horta de Pesquisa do departamento de Fitotecnia da Universidade Federal de Viçosa. O delineamento utilizado foi o de blocos ao acaso com 3 repetições. Foram realizadas infestações semanais com adultos de T. absoluta. As avaliações foram realizadas 30, 45 e 60 dias após transplantio. As características avaliadas foram número de minas grandes (diâmetro ≥ 0,5 cm), pequenas e totais/folha e porcentagem de folhas minadas. Folíolos de tomateiro com 90 dias de idade foram coletados e levados ao laboratório onde realizou-se extração hexânica e análise cromatográfica dos extratos obtidos. Foi observada baixa infestação por T. absoluta nos primeiros 45 dias de experimento. Já aos 60 dias após transplantio verificou-se alta infestação possibilitando a discriminação dos acessos avaliados para todas as características. Nos acessos BGH-55, BGH-83, BGH-225, BGH-227, BGH-320, BGH-406, BGH- 603, BGH-674, BGH-1282, BGH-1497, BGH-1708, BGH-1532, BGH-1989, BGH- 1990, BGH-7235, BGH-7238 ocorreram os menores números de minas grandes/folha e menores porcentagens de folhas minadas, indicando que estes podem ser os acessos candidatos a resistência por antixenose a T. absoluta . Nos acessos BGH-674 e BGH-1497, não foram observados qualquer dano causado pela traça do tomateiro em nenhuma das avaliações. Foram encontrados oito picos nos extratos hexânicos dos folíolos de tomateiro, os quais foram identificados como hexadecano, heptadecano, eicosano, 2-metil-tricosano, tetracosano, hexacosano, octacosano e dotriacontano. Em dois destes identificados com índice de viisimilaridade de 94% como tetracosano e hexacosano foram observadas correlações significativas com características de suscetibilidade a T. absoluta. Em nenhum dos picos identificados foram observadas correlações significativas com resistência do tomateiro à T.absoluta. / The aims of this study were to evaluate fifty-seven tomato accesses UFV Vegetable Germoplasma Bank (BGH-UFV), and the cultivars ‘Moneymaker’ and ‘TOM-601’ and ‘Santa Clara’ to resistance to Tuta absoluta by antixenosis mechanism besides identifying possible chemical causes. The first part of this experiment was carried out in a greenhouse between April and July 2003 at Horta de Pesquisa of UFV. A completely randomized block design with three replications was used. Infestations with T. absoluta adults were made weekly and evaluations were conducted thirty, forty-five and sixty days after transplanting. The characteristics evaluated were: number of mines (large mines with diameter ≥ 0.5 cm and small mines) and total mines per leaf and percentage of mined leaves. At ninety days, tomato leaflets were collected, transported to the laboratory, extracted with hexane and analyzed by gas chromatography/mass spectrometry (GC/MS.) A lower infestation was observed in the first forty-five days after transplanting. Sixty days after transplanting, a higher infestation was observed allowing the discrimination of the accesses evaluated. Accesses, BGH-55, BGH-83, BGH-225, BGH-227, BGH-320, BGH-406, BGH-603, BGH-674, BGH-1282, BGH-1497, BGH- 1708, BGH-1532, BGH-1989, BGH-1990, BGH-7235, BGH-7238 showed a lower number of large mines and lower percentage of mined leaves, indicating possible existence of antixenosis mechanism to T. absoluta. In BGH-674 and BGH-1497 accesses, no damage was by tomato pinworm. Eight peaks were observed in all the hexane extracts of tomatoes leaflets on GC/MS analysis, which were identified by the database as hexadecane, heptadecane, eicosane, tetracosane, hexacosane, octacosane and dotriacontane. 2-methyl-tricosane, Two of the peaks, identified with a similarity index of 94%, as tetracosane and hexacosane showed ixsignificant correlations with susceptibility characteristics of T. absoluta. None of peaks showed significant correlation with resistance characteristics.

SOUZA, K. N. Otimização no cálculo da parte ativa do transformador de distribuição trifásico com uso de algoritmos genéticos visando melhor eficiência e menor custo. 2012. 101 f. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2012. / Submitted by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2015-04-27T13:38:45Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_knsouza.pdf: 5765853 bytes, checksum: fbc63305c3d0a0adefabc7164fb5c517 (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa(mmarlene@ufc.br) on 2015-04-29T12:35:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_knsouza.pdf: 5765853 bytes, checksum: fbc63305c3d0a0adefabc7164fb5c517 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-29T12:35:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_knsouza.pdf: 5765853 bytes, checksum: fbc63305c3d0a0adefabc7164fb5c517 (MD5) Previous issue date: 2012-03-29 / The present work is a study of a methodology that seeks to be more economical and efficient compared to traditional methods, the design of three phase distribution transformers. To this end, we use a tool of Computational Intelligence, based on previous calculations made in the traditional way by manufacturing industries and books that address this matter. It is evident here, another way to design the active part of the transformer, the dimension of the core and coil, for this, used Genetic Algorithms (GA) which will assist in the calculation and selection of parameters, providing the best choice of design of the transformer, minimizing, on average, 5% in the cost and losses in 2.5% as input parameters the following standard. With changes in the fitness function of GA, one can simply adapt to new requirements and standards. As a result of using the genetic algorithm can find a design solution that is more efficient than that used by the manufacturers. The losses calculated values meet established by NBR-5440 / O presente trabalho faz um estudo de uma metodologia que busca ser mais econômica e eficiente, em comparação com métodos tradicionais, no projeto de transformadores de distribuição trifásico. Para tal, utiliza-se uma ferramenta de Inteligência Computacional, tendo como base cálculos anteriores feitos de forma tradicional por indústrias fabricantes e livros que tratam desse assunto. Evidencia-se, aqui, mais uma maneira de projetar a parte ativa do transformador, ou seja, o dimensionamento do núcleo e bobinas; para isso, utiliza-se Algoritmos Genéticos (GA), que irão auxiliar no cálculo e escolha dos parâmetros, proporcionando a melhor escolha do projeto do transformador, minimizando, em média, o custo em 5 % e as perdas em 2,5 %, conforme parâmetros de entrada seguindo a norma. Com modificações na função de fitness do GA, pode-se adequar de maneira simples a novas exigências e normas. Como consequência da utilização do Algoritmo Genético pode-se encontrar uma solução de projeto que é mais eficiente do que a utilizada pelos fabricantes. As perdas calculadas atendem valores estabelecidos pela norma NBR-5440

O presente trabalho tem por objetivo apresentar uma formulação para a otimização estrutural de treliças planas e espaciais submetidas a restrições de tensão e deslocamento, combinando técnicas que consideram o espaço de busca contínuo e discreto. É implementado um algoritmo cuja finalidade é incorporar a simplicidade, eficiência e velocidade dos métodos determinísticos com a capacidade de produzir resultados mais realísticos dos métodos estocásticos. O programa desenvolvido possui módulos de elementos finitos, análise de sensibilidade e otimização. Os problemas são resolvidos em duas etapas: A primeira etapa é baseada em Programação Linear Seqüencial (PLS). Este método de programação matemática necessita que a função objetivo e as restrições sejam sucessivamente linearizadas por expansão em séries de Taylor e a análise de sensibilidade é resolvida utilizando o método analítico. A segunda etapa usa Algoritmos Genéticos (AG) e emprega o método das funções penalizadas, no qual o problema restrito é transformado em irrestrito, associando uma penalidade às restrições violadas. Os resultados encontrados na primeira etapa são utilizados para melhorar a convergência da segunda etapa. Para ilustrar o desempenho do algoritmo proposto são apresentados exemplos numéricos de problemas clássicos comparando-os com outros métodos encontrados na literatura. / The present work has as objective the presentation a formulation for structural optimization of plane or space truss with local stress and displacement constraints, combining techniques that consider the search space continuous and discrete. An algorithm was implemented with the purpose to incorporate the simplicity, efficiency and rapidity of the deterministic methods with the ability to produce more realistic results of stochastic methods. The software developed has modules for finite element, sensitivity analysis and optimization. Problems are solved in two steps: The first is based on Sequential Linear Programming (SLP). This method of mathematical programming requires that the objective function and constraints are successively linearized applying a Taylor series expansion and sensitivity analysis is solved using the analytical method. The second step uses genetic algorithms (GA) and Penalty function methods for transform the constrained problem into an unconstrained problem, associating a penalty if a constraint is violated. The results in the first stage are used to improve the convergence of the second stage. Numerical examples are presented to illustrate the performance of the proposed algorithm comparing with other methods found in literature.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-20Bitstream added on 2014-06-13T19:33:14Z : No. of bitstreams: 1 ramos_pmm_me_botib.pdf: 3067176 bytes, checksum: bb2655e0acf6fb1d0c707110baed9681 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os padrões anormais de metilação do DNA, especialmente a hipermetilação de genes com provável função supressora de tumor, representam um dos mais promissores marcadores moleculares do câncer por levarem à inativação funcional de genes críticos. Estudos prévios documentaram altos níveis de expressão do gene H19 em carcinoma de bexiga recorrentes. O gene H19 é regulado por imprinting, está localizado em 11p15.5 adjacente ao gene IGF2 (insulin-like growth factor 2 – somatomedin A) e codifica um transcrito não codificador de proteínas (micro RNA miR-675). Uma região que atua de forma coordenada no controle da expressão desses genes, chamada DMR (Differentially Methylated Region), atua na determinação do imprinting recíproco e na expressão mutuamente exclusiva dos genes IGF2 e H19. Ela encontra-se não metilada no homólogo materno e metilada no homólogo paterno e contém sete regiões de ligação da proteína CTCF (proteína bloqueadora do acentuador), que é sensível à metilação do DNA. Um relato prévio da literatura sugeriu que somente o sexto sítio de ligação do fator CTCF apresenta metilação parental específica. Este achado foi correlacionado com o padrão de expressão regulado por imprinting dos genes IGF2 e H19 em câncer de bexiga. No presente estudo, o padrão de metilação alelo-específico do gene H19 foi determinado em duas regiões distintas: no sexto sítio de ligação do fator CTCF contido na DMR e no primeiro éxon do gene H19 utilizando-se três abordagens diferentes: MSRE-PCR-RFLP (Methylation Sensitive Restriction Enzyme - Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism), qMSP (quantitative real time Methylation Specific Polymerase Chain Reaction) para o sexto sítio e MSP-CTPP (Methylation Specific Polymerase Chain Reaction with Confontring Two Pair-Primers) para a região do primeiro éxon em 52 amostras de tecidos... / Abnormal patterns of DNA methylation, especially hypermethylation of genes demonstrating tumoral suppressor functions represent one of the most promising molecular markers of cancer because they can lead to functional inactivation of critical genes. Previous studies have documented high levels of H19 gene expression in recurrent bladder carcinomas. The H19 gene is regulated by imprinting, is located at 11p15.5 adjacent to the IGF2 gene (insulin-like growth factor 2 - somatomedin A) and encodes a non-coding transcript (micro RNA miR-675). A Differentially Methylated Region (DMR) region acts in a coordinated manner to control the expression of the IGF2 and H19 genes by determining their reciprocal imprinting and mutually exclusive expression patterns. The H19-DMR contains seven potential CTCF-binding sites. These sites are located upstream to the transcriptional initiation site, and the gamete-specific methylation acts as an insulator by precluding CTCF binding in the paternal allele. A previous literature report have suggested that only the sixth CTCF-binding site shows parental specific methylation. This finding was correlated with the imprinting expression pattern of IGF2 and H19 genes in bladder cancer. In the present study, the allele-specific methylation pattern of the H19 gene was evaluated in two distinct target regions: the sixth CTCF-binding site located in the DMR and the first exon of the H19 gene using three different approaches: MSRE-PCR-RFLP (Methylation Sensitive Restriction Enzyme - Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism), qMSP (quantitative real time Methylation Specific Polymerase Chain Reaction) for the sixth CTCF-binding site, and the first exon of the H19 gene was analyzed by MSP-CTPP (Methylation Specific Polymerase Chain Reaction with Confronting Two-Pair Primers) in 52 samples of bladder tumors matched to normal adjacent tissues obtained... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-10-25Bitstream added on 2014-06-13T19:53:56Z : No. of bitstreams: 1 silveira_cgt_me_botib.pdf: 1519150 bytes, checksum: a9b385b6f94ede5c4547fc86be166f72 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A Síndrome Mielodisplásica (SMD) consiste em um grupo heterogêneo de doenças hematológicas de origem monoclonal e potencialmente maligna. É caracterizada por uma hematopoese ineficaz das células-tronco pluripotentes e morfologia displásica nas três linhagens celulares não-linfóides, evoluindo freqüentemente para leucemia mielóide aguda. A SMD é rara em crianças e adolescentes e apresentam características clínicas e laboratoriais distintas. Este estudo teve como principal objetivo a pesquisa de anormalidades cromossômicas em 23 pacientes pediátricos (0 a 18 anos) com SMD utilizando as metodologias de citogenética clássica (banda GTG) e molecular (Hibridação in situ Fluorescente - FISH). A análise após bandamento GTG revelou a presença de alterações cromossômicas envolvendo, principalmente, deleções nos cromossomos 12 e 17 e monossomia 20. Pela FISH, uma média 150 núcleos interfásicos foi analisada com as sondas RP11-275J11 (3p25) (19 casos), RP11-46J20 (7q22.3) (17 casos), D17Z1 e RP11-89D11 (17p13.1 - TP53) (5 e 19 casos, respectivamente) e RP11-62N23 (17q21) (16 casos). As perdas homozigotas e heterozigotas significativas em 3p25.1 foram observadas em 17/19 casos (acima de 30% das células). Os genes MKRN2, TSEN2, e PPARG estão mapeados em 3p25.1 e são compatíveis de função. Quinze em dezessete casos apresentaram perdas homozigotas e heterozigotas no cromossomo 7. Em 7q22.3 estão mapeados os genes candidatos a perdas DUS4L, BCAP29, SLC26A3, SLC26A4, LAMB1 e HBP1. Em 18/19 casos foram confirmadas a perda significativa do gene supressor tumoral TP53. Apenas um caso de SMD relacionada à terapia não apresentou perda deste gene. Este gene codifica uma fosfoproteína nuclear responsável pela regulação da duplicação do DNA, proliferação celular e apoptose. Assim, mutações ou deleções neste gene podem promover sua inativação gerando instabilidade... / Myelodysplasic Syndrome (MDS) is a heterogeneous and potentially malign group of hematological diseases with monoclonal origin. Inefficient hematopoesis of pluripotent stem cells, dysplasic morphology in the three non-lymphoid lineages, and progression to acute myeloid leukemia are features of the disease. MDS is rare in children and adolescents showing distinct clinical and laboratorial features. In this study we investigated chromosomal abnormalities in 23 MDS patients (age ranging from 0 to 18 years) using GTG banding and FISH (Fluorescent in situ Hybridization). The most common chromosomal alterations detected by G-banding were deletions at 12p and 17p and monosomy 20. Using FISH, a mean of 150 interphasic nuclei were evaluated with the probes RP11-275J11 (3p25) (19 cases), RP11-46J20 (7q22.3) (17 cases), D17Z1 and RP11-89D11 (17p13.1 - TP53) (5 and 19 cases, respectively), and RP11-62N23 (17q21) (16 cases). Homozygous and hemizygous losses at 3p25 were observed in 17/19 cases (over 30% of the cells). The potential candidate genes to losses MKRN2, TSEN2, and PPARG are mapped at 3p25.1. Fifteen out of 17 cases showed homozygous and hemizygous losses at chromosome 7. In 7q22.3 are mapped the putative candidates to losses: DUS4L, BCAP29, SLC26A3, SLC26A4, LAMB1, HBP1. In 18 out of 19 cases it was detected significant losses of the tumor suppressor gene TP53. Only one case of MDS therapy-related presented absence of TP53 losses. The TP53 gene codes a nuclear phosphoprotein responsible for DNA replication regulation, cell proliferation and apoptosis. Mutations or deletions on TP53 may promote its inactivation leading to genomic instability and contributing to tumor progression. According to our study, the TP53 gene may be considered a molecular marker in pediatric primary MDS. The ERBB2/HER-2 sequence... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-03-29Bitstream added on 2014-06-13T19:02:39Z : No. of bitstreams: 1 acencio_ml_dr_botib.pdf: 1267432 bytes, checksum: cf302219e637097689d48f5505b349bb (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Virtualmente, todas as células normais, com exceção das células hematopoieticas, precisam estar aderi das à matriz extracelular para que elas possam se proliferar. Na ausência de adesão, essas células não se proliferam mais e acabam sofrendo apoptose. Porém, após transformação oncogênica, as células adquirem a capacidade de proliferação na ausência de adesão à matriz extracelular. Essa capacidade, cuja base molecular está na regulação anormal da transição G tiS do ciclo celular pela adesão, é uma das propriedades fundamentais das células cancerosas e também requisito para que essas células adquiriam sua capacidade metastática. Como as metástases correspondem a aproximadamente 90% das mortes por câncer, a elucidação dos mecanismos moleculares subjacentes à regulação da transição G IIS do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular é, portanto, essencial para o desenvolvimento de drogas que possam inibir a formação das metástases. Com o intuito de elucidar esses mecanismos, nós adotamos neste trabalho uma abordagem estritamente computacional baseada em teoria das redes e aprendizado de máquina através do desenvolvimento de novos métodos de (i) construção de redes que representam a provável regulação entre dois diferentes processos (nesse caso, regulação da transição G l/S pela adesão à matriz extracelular), (á) predição de interações oncogênicas, (iii) determinação de sub-redes de vias de sinalização oncogênica entre dois genes de interesse em uma rede (batizado de graph2sig) e (iv) predição de potenciais alvos de drogas. A rede potencialmente envolvida na regulação da transição G l/S do ciclo celular pela matriz extracelular construída (Gccam) possui ~ 2000 genes e ~ 20.000 interações e representa ~ 78% dos processos biológicos conhecidamente envolvidos nessa regulação... / Virtually all normal cells, excluding the hematopoietic cells, require anchorage to the extracellular matrix for their proliferation and survival. When such cells are deprived of anchorage, they arrest in the G1 phase of the cell cycle and eventually undergo apoptosis. Cancer cells, on the other hand, acquire the ability to perform anchorage-independent proliferation as a result of the disruption of the regulation of the G1/S cell cycle transition by adhesion to extracellular matrix. Anchorage-independent proliferation is the foundation for tumorigenicity and metastatic capability of cancer cells. As metastases are the cause of 90% of human cancer deaths, it is crucial to decipher the molecular mechanisms underlying the regulation of the G1/S cell cycle transition by the adhesion to extracellular cell matrix. In order to decipher such mechanisms, we developed in this present work machine learning and graph theory-based computational methods for the (i) construction of networks representing the regulatory relationships between two biological processes of interest, (ii) prediction of oncogenic interactions, (iii) extraction of oncogenic signaling subnetworks between two genes and (iv) prediction of druggable genes. The network representing the regulatory relationships between G1/S cell cycle transition and adhesion to extracellular matrix, Gccam, is comprised by 2,000 genes and 20,000 interactions. Moreover, 78% of known biological process involved in the regulation of G1/S cell cycle transition by adhesion to extracellular matrix are embedded in Gccam. Through the prediction of oncogenic interactions and the extraction of oncogenic signaling subnetworks between EGFR and CDC6, genes that encode proteins likely to be relevant to anchorage-independent proliferation, we postulate the following hypotheses for the molecular mechanisms underlying the anchorage-independent proliferation: cancer... (Complete abstract click electronic access below)

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