Freshwater streams in the developed world are becoming increasingly dominated by treated wastewater. Continually discharged into most surface waters, these effluents contain a suite of bioactive man-made chemicals, including steroid and non-steroid oestrogens, which have been found to feminise male fish, skew sex ratios, and cause reproductive failure. However, the consequences of reproductive disruption remain poorly explored at the population level. This thesis was initiated to evaluate how oestrogenic contaminants might influence the population ecology of a common cyprinid, the roach (Rutilus rutilus). An investigation encompassing population structure, multigenerational exposure and the role of additional drivers of fish population dynamics was undertaken to contextualise the effects of oestrogenic effluents on wild fish populations. Population genetic analysis of UK roach found they exhibit moderately high levels of genetic diversity and significant intra-river genetic structure. Genetically differentiated local subpopulations indicate little interbreeding and limited gene flow, consistent with a typical metapopulation that has not been homogenised by restocking. Similarly, my thesis demonstrates no significant relationship between effluent exposure and Ne (effective population size) or genetic diversity of roach populations, albeit a 65% reduction in Ne is possible at highly polluted sites. River stretches contaminated with high levels of effluent can support breeding populations, which recruit successfully with minimal immigration from less contaminated sites. Multigenerational effects of effluent exposure on roach were also evaluated experimentally using reproductive success from breeding adults over three generations. Lifelong exposure to 100% treated effluent resulted in feminised phenotypes (ovarian cavities and intersex condition) in males but no observable effect on females. Additionally, despite gonadal disruption in males and effluent exposure of their mothers, I found no detrimental effect on their ability to compete with control fish. Instead, reproductive success was primarily determined by body size. A novel approach considering additional fish population drivers suggests that genetic diversity and species diversity decline in parallel with an increasing presence of disturbed land, when combined with geographical isolation. In conclusion, group assemblage and genetic structure of fish populations appears multi-causal and cannot be disaggregated, such that a single environmental characteristic can be shown to drive patterns of population success.

Thesis (Ph.D.)--Murdoch University, 2005. / Thesis submitted to the Division of Health Sciences. CD-ROM contains appendix. Bibliography: leaves 104-120.

Thesis (Ph. D.)--University of Chicago, Committee on Genetics. / Includes bibliographical references. Also available on the Internet.

Os marcadores moleculares têm sido frequentemente utilizados em estudos sobre a diversidade e a estrutura genética populacional. A introdução dos marcadores moleculares revolucionou a genética de populações na década de 50, com a técnica de isoenzimas e recentemente tem conseguido enormes avanços com a aplicação de tecnologias baseadas em DNA. Os marcadores moleculares baseados em DNA permitiram uma ampla cobertura genômica e tornaram-se poderosas ferramentas para estudos de genética de populações. Marcadores codominantes têm sido muito utilizados na genética de populações por serem mais informativos que os marcadores dominantes. O objetivo principal deste trabalho foi utilizar marcadores dominantes com o intuito de contornar o problema da dominância. Para isso, foram utilizadas neste trabalho progênies para genotipagens com RAPD visando inferir o genótipo das plantas matrizes. Foi encontrando um valor de variação entre populações de plantas jovens, igual a ST f ˆ =0,328. E estimativa similar a esta, foi calculada com os dados de freqüências alélicas das plantas matrizes, obtendo-se um valor de ST F ˆ =0,318. O objetivo secundário deste trabalho foi gerar várias estimativas de parâmetros populacionais com a finalidade de comparar os diferentes tipos de marcadores moleculares. Foram comparadas as estimativas relacionadas ao sistema reprodutivo ( tˆ ), heterozigozidade esperada ( e H ˆ ) e observada ( o H ˆ ), estatísticas F de Wrigth, o parâmetro ST f ˆ e dendrogramas obtidos com os diferentes tipos de marcadores (SSR, RAPD e isoenzimas) em diversas abordagens. A taxa de cruzamento ( tˆ ) obtida com os diferentes tipos de marcadores foram congruentes, sendo que a menor foi encontrada com isoenzimas utilizando progênies ( m tˆ =0,835), e a maior obtida com marcadores SSR ( a tˆ =1,07) utilizando indivíduos adultos. Isto levou a concluir que a espécie é alógama ou com tendência para alogamia. Com relação à estrutura genética e o fluxo gênico as estimativas não foram inteiramente concordantes. A menor estimativa de divergência foi obtida com marcadores isoenzimáticos ( p q ˆ =0,154, Nm=1,370) e a maior com RAPD ( ST f ˆ =0,328, Nm=0,512). Porém é importante ressaltar, que estas estimativas não são diretamente comparáveis, pois são obtidas de maneiras diferentes e com dados de progênies ou adultos. Quanto à estruturação da variabilidade visualizada através de agrupamentos, observou-se que os dendrogramas apresentam um padrão concordante sendo que a maior sensibilidade (maior amplitude de distâncias) foi obtida com os dados de SSR. Além disso, foram feitas correlações entre as matrizes de distâncias genéticas e geográficas e entre as matrizes de distâncias genéticas (correlações entre os diferentes marcadores). Estas correlações foram altas indicando que todos os marcadores amostram bem o genoma. Este estudo permitiu comparar dados de duas gerações e uma metodologia diferente para análise de dados com marcadores dominantes, sem impor restrições nos modelos (f =1 ou f =0). Pôde-se concluir que houve congruência entre as estimativas dos parâmetros populacionais obtidas com os diferentes tipos de marcadores, embora tenha ocorrido algumas discrepâncias como foi o caso da estimativa de fluxo gênico com marcadores isoenzimáticos. Apesar de os marcadores possuírem diferentes naturezas todos foram igualmente informativos para este estudo populacional, inclusive os dominantes quando foram usados dados de duas gerações. / Molecular markers have frequently been used in studies on diversity and population genetic structure. The introduction of the these markers revolutionized the genetics of populations in the decade of 50 with the isoenzimes technique and recently enormous progresses have been achieved with the application of technologies based on DNA. Molecular markers based on DNA allowed a wide coverage of the genome and therefore became a powerful tool for these studies. Codominant markers, being more informative than the dominant ones are now being widely used. The main objective of this work was to use dominant (RAPD) markers overcomming the problem of dominance through progeny testing. Offspring were genotyped in order to infer the maternal genotype. Using the AMOVA procedure the variation value found among populations of seedlings was equal to ST f ˆ =0.328. The corresponding F statistic, based on allelic frequencies of seed parents, was ST F ˆ =0.318. The second objective of this work was to obtain different estimates of population parameters with the purpose of comparing the different types of molecular markers. In addition to Wright’s F statistics, estimates related to the reproductive system (tˆ ), expected ( e H ˆ ) and observed heterozigozities ( o H ˆ ) and dendrograms obtained with markers SSR, RAPD and isoenzimes were compared. The outcrossing rate ( tˆ ) obtained agreed reasonably well, and the smallest value was found with isozymes using progenies ( m tˆ =0.835), and the largest one, obtained with SSR markers ( a tˆ =1.07) using adult individuals. The results led to a conclusion that the species is allogamic or with tendency to allogamy. Estimates related with the genetic structure and gene flow, however, were not entirely congruent. The smallest divergence estimate was obtained with isozymes ( p q ˆ =0.154, Nm=1.370) and the largest one with RAPD ( ST f ˆ =0.328, Nm=0.512). It is important to point out, that these estimates are not directly comparable, due to the difference in the underlying model and the basic material used (progenies or adults). About the structuring of the variability visualized through groupings, dendrograms presented a congruent pattern and the largest sensibility (larger range of distances) was obtained with SSR data. In addition, correlations were calculated among the matrices of genetic and geographical distances and among the matrices of genetic distances obtained from the different markers. High correlations were verified among these matrices, indicating that all markers sampled well the genome under study. This study allowed to compare data of two generations and a different methodology for data analysis with dominant markers, without imposing restrictions on the model ( f =1 or f =0). It could be concluded that a reasonable consistency was verified among the population parameters obtained with different types of markers, although some discrepancies existed as in the case of estimates of gene flow with isozymes markers. In spite of their different origins, the markers used here were equally informative for this population study, including the dominant one, when data of two generations were used.

Parques localizados em grandes cidades possuem potencial para manter o ciclo biológico de insetos vetores de patógenos que causam doenças. Este é o caso do Aedes fluviatilis, uma espécie de mosquito antropofílica, abundantemente encontrada na cidade de São Paulo, porém que possui sua biologia, potencial epidemiológico e características genéticas pouco conhecidas. Visando o melhor conhecimento sobre a estrutura populacional dessa espécie foram selecionados oito loci microssatélites, marcadores utilizados em estudos de genética de populações, para caracterizar as populações de Ae. fluviatilis. Objetivos: (1) Testar parâmetros de funcionalidade de marcadores microssatélites em Ae. fluviatilis, previamente utilizados com sucesso em outras espécies de culicídeos (2) Avaliar a variabilidade genética e o fluxo gênico entre populações do mosquito Ae. fluviatilis, no município de São Paulo. Material e Métodos: Foram testados 40 pares de primers de microssatélites em mosquitos Ae. fluviatilis. Os primers funcionais foram utilizados para elucidar a estruturação das populações dessa espécie coletadas em nove parques urbanos da cidade de São Paulo. Resultados: Dos primers testados, oito foram funcionais e amplificaram de forma consistente em todas as nove populações de Ae. fluviatilis. Os resultados encontrados sugerem que essa espécie possui baixa estruturação genética, alto fluxo gênico, déficit de heterozigosidade e sofreram um processo de expansão populacional. Discussão: Processos de urbanização, juntamente com mudanças climáticas, beneficiam e tendem a aumentar a abundância de espécies antropofílicas e adaptadas ao meio antrópico, como é o caso de Ae. fluviatilis, a expansão populacional dessa espécie, juntamente com o alto fluxo gênico e baixa estruturação genética, apresentam um panorama de alta adaptabilidade e sobrevivência deste culicídeo. Conclusões: Evidências, como o alto fluxo gênico, baixa estruturação populacional e déficit de heterozigosidade, indicam que as populações de Ae. fluviatilis estão em expansão populacional e que esse evento esteja ocorrendo junto com a expansão da área urbana de São Paulo. / Urban Parks have the potential to harbor and maintain the life cycle of several mosquito species such as Aedes fluviatilis, an anthropophilic mosquito very abundant in the city of São Paulo. However its biology, epidemiological potential and genetic characteristics are poorly known. Aiming at better understanding of the population structure of this species, there were selected eight microsatellite loci, previously used in Aedes aegypti, Aedes albopictus and Aedes caspius population genetic studies to genetically characterize Ae. fluviatilis populations. Objectives: (1) Test microsatellite markers functionality parameters in Ae. fluviatilis, previously used successfully in other Aedes species (2) To evaluate the genetic variability and gene flow between populations of Ae. fluviatilis mosquito in São Paulo. Materials and Methods: There were tested 40 pairs of microsatellite loci in Ae. fluviatilis samples. The functional primers were used to elucidate the populations structure of this species collected in nine urban parks located in the city of São Paulo. Results: From the tested primers, eight were functional and amplified consistently in all nine populations of Ae. fluviatilis. The results suggest that this species has low genetic structure, high gene flow, heterozygosity deficit and are expanding its population size. Discussion: Urbanization processes, along with climate change benefits and tends to increase the abundance of anthropophilic and well adapted to human environment mosquito species, such as Ae. fluviatilis. The population expansion of this species, along with the high gene flow and low genetic structure, present a panorama of high adaptability and survival of this Culicidae in urban areas. Conclusions: Evidence, as the high gene flow, low population structure and high deficit of heterozygosity, indicate that Ae. fluviatilis population are in expansion and that this event is taking place along with the expansion of the urban area of São Paulo.

Parques localizados em grandes cidades possuem potencial para manter o ciclo biológico de insetos vetores de patógenos que causam doenças. Este é o caso do Aedes fluviatilis, uma espécie de mosquito antropofílica, abundantemente encontrada na cidade de São Paulo, porém que possui sua biologia, potencial epidemiológico e características genéticas pouco conhecidas. Visando o melhor conhecimento sobre a estrutura populacional dessa espécie foram selecionados oito loci microssatélites, marcadores utilizados em estudos de genética de populações, para caracterizar as populações de Ae. fluviatilis. Objetivos: (1) Testar parâmetros de funcionalidade de marcadores microssatélites em Ae. fluviatilis, previamente utilizados com sucesso em outras espécies de culicídeos (2) Avaliar a variabilidade genética e o fluxo gênico entre populações do mosquito Ae. fluviatilis, no município de São Paulo. Material e Métodos: Foram testados 40 pares de primers de microssatélites em mosquitos Ae. fluviatilis. Os primers funcionais foram utilizados para elucidar a estruturação das populações dessa espécie coletadas em nove parques urbanos da cidade de São Paulo. Resultados: Dos primers testados, oito foram funcionais e amplificaram de forma consistente em todas as nove populações de Ae. fluviatilis. Os resultados encontrados sugerem que essa espécie possui baixa estruturação genética, alto fluxo gênico, déficit de heterozigosidade e sofreram um processo de expansão populacional. Discussão: Processos de urbanização, juntamente com mudanças climáticas, beneficiam e tendem a aumentar a abundância de espécies antropofílicas e adaptadas ao meio antrópico, como é o caso de Ae. fluviatilis, a expansão populacional dessa espécie, juntamente com o alto fluxo gênico e baixa estruturação genética, apresentam um panorama de alta adaptabilidade e sobrevivência deste culicídeo. Conclusões: Evidências, como o alto fluxo gênico, baixa estruturação populacional e déficit de heterozigosidade, indicam que as populações de Ae. fluviatilis estão em expansão populacional e que esse evento esteja ocorrendo junto com a expansão da área urbana de São Paulo. / Urban Parks have the potential to harbor and maintain the life cycle of several mosquito species such as Aedes fluviatilis, an anthropophilic mosquito very abundant in the city of São Paulo. However its biology, epidemiological potential and genetic characteristics are poorly known. Aiming at better understanding of the population structure of this species, there were selected eight microsatellite loci, previously used in Aedes aegypti, Aedes albopictus and Aedes caspius population genetic studies to genetically characterize Ae. fluviatilis populations. Objectives: (1) Test microsatellite markers functionality parameters in Ae. fluviatilis, previously used successfully in other Aedes species (2) To evaluate the genetic variability and gene flow between populations of Ae. fluviatilis mosquito in São Paulo. Materials and Methods: There were tested 40 pairs of microsatellite loci in Ae. fluviatilis samples. The functional primers were used to elucidate the populations structure of this species collected in nine urban parks located in the city of São Paulo. Results: From the tested primers, eight were functional and amplified consistently in all nine populations of Ae. fluviatilis. The results suggest that this species has low genetic structure, high gene flow, heterozygosity deficit and are expanding its population size. Discussion: Urbanization processes, along with climate change benefits and tends to increase the abundance of anthropophilic and well adapted to human environment mosquito species, such as Ae. fluviatilis. The population expansion of this species, along with the high gene flow and low genetic structure, present a panorama of high adaptability and survival of this Culicidae in urban areas. Conclusions: Evidence, as the high gene flow, low population structure and high deficit of heterozygosity, indicate that Ae. fluviatilis population are in expansion and that this event is taking place along with the expansion of the urban area of São Paulo.

Os marcadores moleculares têm sido frequentemente utilizados em estudos sobre a diversidade e a estrutura genética populacional. A introdução dos marcadores moleculares revolucionou a genética de populações na década de 50, com a técnica de isoenzimas e recentemente tem conseguido enormes avanços com a aplicação de tecnologias baseadas em DNA. Os marcadores moleculares baseados em DNA permitiram uma ampla cobertura genômica e tornaram-se poderosas ferramentas para estudos de genética de populações. Marcadores codominantes têm sido muito utilizados na genética de populações por serem mais informativos que os marcadores dominantes. O objetivo principal deste trabalho foi utilizar marcadores dominantes com o intuito de contornar o problema da dominância. Para isso, foram utilizadas neste trabalho progênies para genotipagens com RAPD visando inferir o genótipo das plantas matrizes. Foi encontrando um valor de variação entre populações de plantas jovens, igual a ST f ˆ =0,328. E estimativa similar a esta, foi calculada com os dados de freqüências alélicas das plantas matrizes, obtendo-se um valor de ST F ˆ =0,318. O objetivo secundário deste trabalho foi gerar várias estimativas de parâmetros populacionais com a finalidade de comparar os diferentes tipos de marcadores moleculares. Foram comparadas as estimativas relacionadas ao sistema reprodutivo ( tˆ ), heterozigozidade esperada ( e H ˆ ) e observada ( o H ˆ ), estatísticas F de Wrigth, o parâmetro ST f ˆ e dendrogramas obtidos com os diferentes tipos de marcadores (SSR, RAPD e isoenzimas) em diversas abordagens. A taxa de cruzamento ( tˆ ) obtida com os diferentes tipos de marcadores foram congruentes, sendo que a menor foi encontrada com isoenzimas utilizando progênies ( m tˆ =0,835), e a maior obtida com marcadores SSR ( a tˆ =1,07) utilizando indivíduos adultos. Isto levou a concluir que a espécie é alógama ou com tendência para alogamia. Com relação à estrutura genética e o fluxo gênico as estimativas não foram inteiramente concordantes. A menor estimativa de divergência foi obtida com marcadores isoenzimáticos ( p q ˆ =0,154, Nm=1,370) e a maior com RAPD ( ST f ˆ =0,328, Nm=0,512). Porém é importante ressaltar, que estas estimativas não são diretamente comparáveis, pois são obtidas de maneiras diferentes e com dados de progênies ou adultos. Quanto à estruturação da variabilidade visualizada através de agrupamentos, observou-se que os dendrogramas apresentam um padrão concordante sendo que a maior sensibilidade (maior amplitude de distâncias) foi obtida com os dados de SSR. Além disso, foram feitas correlações entre as matrizes de distâncias genéticas e geográficas e entre as matrizes de distâncias genéticas (correlações entre os diferentes marcadores). Estas correlações foram altas indicando que todos os marcadores amostram bem o genoma. Este estudo permitiu comparar dados de duas gerações e uma metodologia diferente para análise de dados com marcadores dominantes, sem impor restrições nos modelos (f =1 ou f =0). Pôde-se concluir que houve congruência entre as estimativas dos parâmetros populacionais obtidas com os diferentes tipos de marcadores, embora tenha ocorrido algumas discrepâncias como foi o caso da estimativa de fluxo gênico com marcadores isoenzimáticos. Apesar de os marcadores possuírem diferentes naturezas todos foram igualmente informativos para este estudo populacional, inclusive os dominantes quando foram usados dados de duas gerações. / Molecular markers have frequently been used in studies on diversity and population genetic structure. The introduction of the these markers revolutionized the genetics of populations in the decade of 50 with the isoenzimes technique and recently enormous progresses have been achieved with the application of technologies based on DNA. Molecular markers based on DNA allowed a wide coverage of the genome and therefore became a powerful tool for these studies. Codominant markers, being more informative than the dominant ones are now being widely used. The main objective of this work was to use dominant (RAPD) markers overcomming the problem of dominance through progeny testing. Offspring were genotyped in order to infer the maternal genotype. Using the AMOVA procedure the variation value found among populations of seedlings was equal to ST f ˆ =0.328. The corresponding F statistic, based on allelic frequencies of seed parents, was ST F ˆ =0.318. The second objective of this work was to obtain different estimates of population parameters with the purpose of comparing the different types of molecular markers. In addition to Wright’s F statistics, estimates related to the reproductive system (tˆ ), expected ( e H ˆ ) and observed heterozigozities ( o H ˆ ) and dendrograms obtained with markers SSR, RAPD and isoenzimes were compared. The outcrossing rate ( tˆ ) obtained agreed reasonably well, and the smallest value was found with isozymes using progenies ( m tˆ =0.835), and the largest one, obtained with SSR markers ( a tˆ =1.07) using adult individuals. The results led to a conclusion that the species is allogamic or with tendency to allogamy. Estimates related with the genetic structure and gene flow, however, were not entirely congruent. The smallest divergence estimate was obtained with isozymes ( p q ˆ =0.154, Nm=1.370) and the largest one with RAPD ( ST f ˆ =0.328, Nm=0.512). It is important to point out, that these estimates are not directly comparable, due to the difference in the underlying model and the basic material used (progenies or adults). About the structuring of the variability visualized through groupings, dendrograms presented a congruent pattern and the largest sensibility (larger range of distances) was obtained with SSR data. In addition, correlations were calculated among the matrices of genetic and geographical distances and among the matrices of genetic distances obtained from the different markers. High correlations were verified among these matrices, indicating that all markers sampled well the genome under study. This study allowed to compare data of two generations and a different methodology for data analysis with dominant markers, without imposing restrictions on the model ( f =1 or f =0). It could be concluded that a reasonable consistency was verified among the population parameters obtained with different types of markers, although some discrepancies existed as in the case of estimates of gene flow with isozymes markers. In spite of their different origins, the markers used here were equally informative for this population study, including the dominant one, when data of two generations were used.

Submitted by JOSIANE SANTOS DE OLIVEIRA (josianeso) on 2017-12-06T13:59:20Z No. of bitstreams: 1 Tainã Coelho Quevedo_.pdf: 1779262 bytes, checksum: 1c805c11de74d708f12d1e1a98e63886 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-06T13:59:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tainã Coelho Quevedo_.pdf: 1779262 bytes, checksum: 1c805c11de74d708f12d1e1a98e63886 (MD5) Previous issue date: 2017-08-21 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / PROSUP - Programa de Suporte à Pós-Gradução de Instituições de Ensino Particulares / Os cachalotes, Physeter macrocephalus Linnaeus, 1758, são amplamente distribuídos por todos os oceanos do mundo. Todavia, os machos e fêmeas têm diferenças marcadas em seu padrão de distribuição. Globalmente, estudos genéticos, ecológicos e de comportamento vocal comparando populações sugerem a existência de uma forte estrutura social matrilinear com alta filopatria das fêmeas nas regiões tropicais, sendo o fluxo gênico mediado pelos machos. As populações do oceano Atlântico Sul Ocidental (ASO) ainda são tidas como as menos pesquisadas e conhecidas. A fim de identificar possíveis unidades de manejo da espécie na região, o presente estudo apresentou a primeira análise da diversidade genética e a avaliação da potencial estruturação das populações de cachalotes ao longo do ASO, utilizando sequências da região controladora do DNA mitocondrial (DNAmt) de 565 pb obtidas de amostras coletadas na região. Além disso, objetivou-se também estabelecer as relações filogeográficas entre estas populações do ASO e as do resto do mundo. Para a realização deste estudo foram analisadas 58 amostras de cachalotes de três áreas geográficas na costa brasileira (nordeste =15, sudeste =3, sul = 36) e uma da costa argentina (n = 4), e comparadas com 1.577 sequências de outros oceanos, disponíveis publicamente no GenBank (Atlântico = 362, Índico = 159 e Pacífico = 1.056). Além disso, o sexo de 39 espécimes foi determinado molecularmente, a fim de se testar a existência de mais de uma população de cachalotes no ASO, a partir da detecção de fêmeas em áreas além do nordeste brasileiro. A análise das sequências do DNAmt revelou a existência de quatro grupos genéticos e sete haplótipos no ASO. As diversidades haplotípica (Hd) e nucleotídica (π) observadas para a espécie como um todo no ASO foram Hd = 0,6824 e π = 0,002296, respectivamente. Os testes de neutralidade seletiva não sugeriram mudanças significativas no tamanho efetivo e nem expansão populacional recente da espécie no ASO. Os resultados das análises de variância molecular (AMOVA) revelaram que entre 9,14% (ΦST) e 12,31% (FST) da variação genética observada deve-se a diferenças entre as populações. Contudo, essa diferenciação geográfica só foi significativa entre as populações do nordeste e sudeste-sul do Brasil, as quais possuíam altos índices de fixação entre si (nordeste e sudeste-sul do Brasil: FST = 0,1089; ΦST = 0,1378; nordeste do Brasil e Argentina: FST = -0,1076; ΦST = -0,0512; sudeste-sul do Brasil e Argentina: FST = 0,0742; ΦST = 0,1206; P<0,00001). A população do nordeste do Brasil apresentou a diversidade genética mais baixa do estudo (Hd = 0,5128 e π = 0,001796), quando comparada com as populações do sudeste-sul (Hd = 0,6659 e π = 0,002482), e Argentina (Hd = 0,8333 e π = 0,002043). A costa sudeste-sul do Brasil apresentou três haplótipos exclusivos num total de sete, enquanto a costa da Argentina apresentou um haplótipo particular. Apenas a região sudeste-sul apresentou um grupo genético exclusivo, sugerindo que a distribuição da variação genética é melhor compreendida com a existência de três grupos ao longo do ASO (nordeste, sudeste-sul e Argentina), os quais seriam considerados diferentes unidades de manejo. Em relação a comparação mundial entres as populações de cachalotes, foram recuperados 39 haplótipos e quatro grupos genéticos, sendo que apenas o oceano Pacífico apresentou um grupo genético exclusivo. A AMOVA revelou que entre 8,89% (FST) e 16,39% (ΦST) da variação genética observada deve-se a diferenças entre as populações do mundo. A AMOVA indicou que há diferenciação geográfica entre o ASO e os demais oceanos, os quais possuíam altos índices de fixação entre si (ASO e Atlântico Norte: FST = 0,1837; ΦST = 0,3142; Atlântico Sul Ocidental e Índico: FST = 0,0898; ΦST = 0,1661; Atlântico Sul Ocidental e Pacífico: FST = 0,1140; ΦST = 0,0757; P<0,00001). A amostra unificada do oceano ASO não apresentou haplótipos exclusivos. Entretanto, os indivíduos da região sudeste-sul do Brasil compartilharam seis dos seus sete haplótipos com a população do oceano Pacífico. Dos 39 cachalotes com sexo determinado molecularmente nove eram machos e 30 fêmeas, tendo sido encontradas 18 fêmeas na região sul, fora da região tropical, sugerindo que há pelo menos mais de uma população reprodutiva no ASO. Estes resultados, aliados as diferenças de variabilidade genética e ao pouco compartilhamento de haplótipos entre as populações estudadas, sugere que os cachalotes do sudeste-sul do Brasil seriam uma unidade de manejo, potencialmente isolada em termos reprodutivos das demais. Contudo, o DNAmt é um marcador matrilinear e apresenta exclusivamente a história evolutiva das fêmeas. Desta forma, a continuidade destes estudos, incluindo novas amostras e marcadores nucleares, será fundamental para a identificação de reais unidades de manejo da espécie no ASO e principalmente em águas brasileiras. / Sperm whales, Physeter macrocephalus Linnaeus, 1758, are widely distributed throughout the world's oceans. However, males and females have marked differences in their distribution pattern. Worldwide studies on genetics, ecology and vocal behavior comparing populations suggested the existence of a strong matrilineal social structure with female high philopatry in tropical regions, and gene flow mediated by males. The populations of the southwestern Atlantic Ocean (SWA) are still considered the least known and studied. In order to identify possible management units of the species in the SWA, the present study presented the first analysis of the genetic diversity and the evaluation of the potential structuring of the sperm whale populations along the SWA, using sequences from the mitochondrial DNA control region (mtDNA) of 565 bp obtained from samples collected in the region. In addition, it was also aimed to establish the phylogeographic relationships among these SWA populations and those of the rest of the world. Fifty-eight sperm whales from three geographic areas on the Brazilian coast (northeast = 15, southeast = 3, south = 36) and one from the coast of Argentina (n = 4) were analyzed and compared with 1577 sequences from other oceans and available in GenBank (Atlantic = 362, Indian = 159 and Pacific = 1056). In addition, the sex of 39 specimens was molecularly determined in order find females outside of the northeastern coast of Brazil, which would confirm the existence of more than one sperm whale population in the SWA. The analysis of mtDNA sequences revealed the existence of four genetic groups and seven haplotypes in SWA. The haplotype (Hd) and nucleotide (π) diversities observed for the species as a whole in SWA were Hd = 0.6824 e π = 0.002296, respectively. The selective neutrality tests did not suggest significant changes in the effective population size or recent population expansion for the species in SWA. The results of the molecular analysis of variance (AMOVA) revealed that between 9.14% (ΦST) and 12.31% (FST) of the genetic diversity variation observed are due to differences between populations. However, this geographical differentiation was only significant between the populations of northeast and southeast-south Brazil, which had the highest fixation index between them (northeast and southeast-south Brazil: FST = 0.1089, ΦST = 0.1378; northeast Brazil and Argentina: FST = - 0.1076; ΦST = - 0.0512; southeast-south of Brazil and Argentina: FST=0.0742; ΦST=0.1206; P<0.00001). The population of northeastern Brazil had the lowest genetic diversity of the study (Hd = 0.5128 and π = 0.001796), when compared to the southeast-south populations (Hd = 0.6659 and π = 0.002482), and Argentina (Hd = 0.8333 and π = 0.002043). The southeast-south coast of Brazil presented three exclusive haplotypes in a total of seven, while the coast of Argentina presented a particular haplotype. Only the samples from the southeast-south region of Brazil presented an exclusive genetic group, suggesting that the distribution of the genetic variation is better understand with the existence of three groups of sperm whales along the SWA (northeast of Brazil, southeast-south of Brazil and Argentina), which could be considered as different management units. Regarding the worldwide genetic structure of sperm whales, 39 haplotypes and four genetic groups were recovered, and only the Pacific Ocean presented an exclusive genetic group. AMOVA revealed that between 8.89% (FST) and 16.39% (ΦST) of the observed genetic variation was due to differences among the populations of the world. AMOVA indicated that there is a geographical differentiation between the SWA and the other oceans, which had high indexes of fixation between them (SWA and North Atlantic: FST = 0.1837, ΦST = 0.3142, SWA and Indian Ocean: FST = 0.0898; ΦST = 0.1661; SWA and Pacific: FST = 0.11140; ΦST = 0.0757; P<0.00001). The unified sample of the SWA did not present exclusive haplotypes. However, individuals from the southeast-south of Brazil only shared six of seven haplotypes with the population of the Pacific Ocean. From 39 sperm whales with sex molecularly determined, nine were males and 30 females, 18 females were found in the southern region, outside the tropical region, suggesting that there are at least more than one reproductive population in WSA. These results, together with the differences in genetic variability and the lack of sharing of haplotypes among the studied populations, suggest that sperm whales from southeast-south of Brazil would be a management unit, potentially isolated, in reproductive terms, from the others. However, mtDNA is a matrilineal marker and exclusively presents the evolutionary history of females. In this context, the continuity of these studies, including new samples and nuclear markers, will be fundamental for the identification of real units of management of the species in the SWA and particularly in Brazilian waters.

Population structure, biogeography and phylogenetic relationships of the fruit bat genus Rousettus have been studied in Africa and adjacent regions. The current population patterns of rousettine fruit bats in the Old World are influenced by several environmental attributes, namely the topography, climate and land cover. These variables are mirrored in fruit bat plesiomorphies related to the ecological niche of tropical flying frugivore, as well as apomorphies of rousettines including echolocation ability, roosting in caves and dispersal capacity in open landscapes with discontinuous tree cover. Phylogenetic relationships among species and subspecies of the genus have been indicated and confronted with the existing colonization scenarios. Insular populations (including habitat islands within desert oases) show frequent genetic differentiation from their mainland relatives suggesting successful founder events after traversing stretches of unsuitable habitats. Genetic differentiation evolving in less distant islands suggests involving behavioural mechanisms maintaining cohesion of isolated demes as site fidelity and natal habitat-biased dispersal. In sub-Saharan mainland Africa within the large range reaching from the southern border of Sahara to Cape Peninsula, Rousettus populations share a...

Population structure, biogeography and phylogenetic relationships of the fruit bat genus Rousettus have been studied in Africa and adjacent regions. The current population patterns of rousettine fruit bats in the Old World are influenced by several environmental attributes, namely the topography, climate and land cover. These variables are mirrored in fruit bat plesiomorphies related to the ecological niche of tropical flying frugivore, as well as apomorphies of rousettines including echolocation ability, roosting in caves and dispersal capacity in open landscapes with discontinuous tree cover. Phylogenetic relationships among species and subspecies of the genus have been indicated and confronted with the existing colonization scenarios. Insular populations (including habitat islands within desert oases) show frequent genetic differentiation from their mainland relatives suggesting successful founder events after traversing stretches of unsuitable habitats. Genetic differentiation evolving in less distant islands suggests involving behavioural mechanisms maintaining cohesion of isolated demes as site fidelity and natal habitat-biased dispersal. In sub-Saharan mainland Africa within the large range reaching from the southern border of Sahara to Cape Peninsula, Rousettus populations share a...