A fim de avaliar a diversidade genética, morfológica e filogeografia de tripanossomas de leptodactilídeos, analisamos diversos isolados encontrados em amostras de sangue e fígados obtidos no Brasil (Amazônia, Caatinga, Cerrado, Mata Atlântica e Pantanal), na Colômbia e na Venezuela. Inferências filogenéticas baseadas em marcadores moleculares (V7V8 SSUrDNA e gGAPDH) demonstraram uma complexa associação entre clados, biomas e hospedeiros vertebrados. Nossos resultados corroboram a monofilia dos trypanossomas de anuros e sugerem a existência de, ao menos, seis clados (An01-06) nesse grupo com 12 candidatos a novas espécies. O clado An01 compreende tripanossomas de leptodactilídeos e hilídeos de todos os biomas. Os clados An02, An05 e An06 são formados, predominantemente, por tripanossomas de leptodactlídeos de diferentes biomas brasileiros, da Colômbia e da Venezuela. O clado An03 é formado por tripanossomas de leptodactilídeos, bufonídeos e flebotomíneos, todos do bioma amazônico. O clado An04 agrupa apenas tripanossoma exóticos da América do Norte, África e Europa. / Aiming to investigate the genetic diversity, the morphology and the phylogeny of leptodactylid trypanosomes, we analyzed a number of trypanosomes from blood and liver samples from Brazil (Amazonia, Caatinga, Cerrado, Atlantic Forest and Pantanal), Colombia and Venezuela. Phylogenetic analyses based on molecular markers (V7V8 SSUrDNA and gGAPDH) demonstrated a complex association between clades, biomes and vertebrate hosts. Our results corroborated the monophyly of anuran trypanosomes and suggested the existence of, at least, six clades (An01-06) inside the anuran clade with 12 candidate new species. Clade An01 groups trypanosomes from leptodactylids and hylids collected in all biomes. Clades An02, An05 and An06 are composed, mostly, by leptodactylid trypanosomes from several Brazilian biomes, Colombia and Venezuela. Clade An03 aggregates parasites from leptodactylids, bufonids and phlebotomines from Amazonia. Clade An04 groups only exotic trypanosome species from North America, Africa and Europe.